Name: ヒト血清から小非コードRNAの分離 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-19T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 44 s
Description: 学ぶヒト血清からの高品質小非コードRNA分離法。フェーズロックチューブとフラッシュ遠心を用いてタンパク質汚染を除去し、マイクロRNAの回収率を最大化します。がん研究などの下流アプリケーションに適用可能です。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

サマンサKhouryさんとパメラAjuyahはオーストラリアの大学院賞でサポートされています。また、サマンサKhouryさんの彼らの追加サポートのためにトランスレーショナルがん研究ネットワーク、ホリボシルトランスフェラーゼがん研究センター、ニューサウスウェールズ大学と北トランスレーショナルがん研究ユニットを認識したいと思います。

注意：健康な患者や癌患者からのヒト血清サンプルを、ロイヤルプリンスアルフレッド病院シドニー（プロトコル番号X10-0016およびHREC/10/RPAH/24）技術大学から認可された人間の倫理的なプロトコルの下でインフォームドコンセントが得られたシドニー。血清試料は、種々のシドニーの病院から手術前に患者から採取し、-80℃で貯蔵中に入れた血清から1。スモールRNAの単離総RNAを、トリ-LS試薬RTプロトコルの修正版を用いてヒト血清から調製した。 <ol><li>アイスで凍結した血清サンプルを解凍した後、ラベルされたマイクロ遠心チューブに新たに解凍血清400μlのを転送します。 </li><li> RNaseを含まないH 2 O100μlの血清を希釈し、1 mg / mlの濃度でプロテイナーゼKを追加します。 </li><li>プロテイナーゼKでタンパク質消化を可能にするために20分間37℃でインキュベート</li><li> TO、完全な可溶化を確実にトライ試薬RT LSの1.5倍のボリュームを追加し、4 - ブロモアニソールを100μl。 </li><li>簡単に説明すると、ホモジネートを反転5秒間繰り返しピペッティングを行い、ラベル2ミリリットルヘビーフェーズロックチューブに移す。 </li><li> 4℃で20分間12,000×gでホモジネートを紡ぐ</li><li>慎重に新鮮なDNA Lobindチューブに得られた水溶液を少なくとも1ミリリットルをデカントします。有機および間期は、フェーズロックチューブの白色ゲルの下に閉じ込められなければならない。 </li><li> 、水溶液にグリコーゲンの5.0μL（5 mg / ml）を100％イソプロパノール500μl加え転倒混和し、-20℃でO / Nインキュベート</li><li> O / Nインキュベートした後、4℃の遠心機で12,000×gで20分間遠心分離器のサンプルを。 </li><li>透明な上澄みを捨て、4℃の遠心機で16,000×gで2分間の「フラッシュ」スピンを行う。 </li><li>慎重に透明なゾルを削除ピペットを用いてペレットを取り囲むution。 </li><li> 10分間、10,000×gで、70％エタノール及び遠心1mlでペレットを洗浄。洗浄溶液をデカントし、洗浄ステップを繰り返します。 </li></ol>溶液中に2。RNAの再懸濁<ol><li>ペレットが完全に溶解するの確保、RNaseを含まないH 2 O10μlにペレットを再懸濁します。 RNAが完全に可溶化されていることを確認するために、サンプルを5分間55℃に加熱することができる。この時間の間、繰り返してピペッティングで試料を混ぜる。高い全RNAの収量については、同一患者からの2 RNA調製プール。 </li><li> UV-可視分光光度計を用いて再懸濁RNAを定量し、2100バイオアナライザを用いてRNAの品質を評価する。ダウンストリームのアプリケーションで使用するために-80℃でプールされたRNAサンプルを格納します。 </li></ol>

<ol><li>Babu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monitoring+extraction+efficiency+of+small+RNAs+with+the+Agilent+2100+Bioanalyzer+and+the+Small+RNA+Kit%5BTitle%5D)+AND+%22Agilent+Application+Note%22%5BJournal%5D)">Monitoring extraction efficiency of small RNAs with the Agilent 2100 Bioanalyzer and the Small RNA Kit.</a> Agilent Application Note. , (2010).</li>
<li>Tran, N., Hutvagner, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biogenesis+and+the+regulation+of+the+maturation+of+miRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Essays+Biochem%22%5BJournal%5D)">Biogenesis and the regulation of the maturation of miRNAs.</a> Essays Biochem. 54, 17-28 (2013).</li>
<li>Chim, S. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+and+characterization+of+placental+microRNAs+in+maternal+plasma%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Detection and characterization of placental microRNAs in maternal plasma.</a> Clin. Chem. 54, 482-490 (2008).</li>
<li>Lodes, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+cancer+with+serum+miRNAs+on+an+oligonucleotide+microarray%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Detection of cancer with serum miRNAs on an oligonucleotide microarray.</a> PLoS One. 4, (2009).</li>
<li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+microRNAs+in+serum%3A+a+novel+class+of+biomarkers+for+diagnosis+of+cancer+and+other+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Characterization of microRNAs in serum: a novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases.</a> Cell Res. 18, 997-1006 (2008).</li>
<li>Burgos, K. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+extracellular+miRNA+in+human+cerebrospinal+fluid+by+next-generation+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Identification of extracellular miRNA in human cerebrospinal fluid by next-generation sequencing.</a> RNA. 19, 712-722 (2013).</li>
<li>Chomczynski, P., Sacchi, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-step+method+of+RNA+isolation+by+acid+guanidinium+thiocyanate-phenol-chloroform+extraction%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction.</a> Anal. Biochem. 162, 156-159 (1987).</li>
<li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alterations+in+miRNA+processing+and+expression+in+pleomorphic+adenomas+of+the+salivary+gland%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Cancer%22%5BJournal%5D)">Alterations in miRNA processing and expression in pleomorphic adenomas of the salivary gland.</a> Int. J. Cancer. 124, 2855-2863 (2009).</li>
<li>Chomczynski, P., Sacchi, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+single-step+method+of+RNA+isolation+by+acid+guanidinium+thiocyanate-phenol-chloroform+extraction%3A+twenty-something+years+on%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction: twenty-something years on.</a> Nat. Protoc. 1, 581-585 (2006).</li>
<li>Kirschner, M. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Haemolysis+during+sample+preparation+alters+microRNA+content+of+plasma%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Haemolysis during sample preparation alters microRNA content of plasma.</a> PLoS One. 6, (2011).</li>
<li>Murphy, N. R., Hellwig, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+nucleic+acid+organic+extraction+through+use+of+a+unique+gel+barrier+material%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Improved nucleic acid organic extraction through use of a unique gel barrier material.</a> Biotechniques. 21, 934-936 (1996).</li>
<li>Taylor, C. J., Satoor, S. N., Ranjan, A. K., Pereira e Cotta, M. V., Joglekar, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+protocol+for+measurement+of+noncoding+RNA+in+human+serum%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+Diabetes+Research%22%5BJournal%5D)">A protocol for measurement of noncoding RNA in human serum.</a> Experimental Diabetes Research. 2012, (2012).</li>
<li>Ichikawa, M., Akiyama, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Combination+of+Extraction+Reagent+and+DNA+Microarray+That+Allows+for+the+Detection+of+Global+MiRNA+Profiles+from+Serum%2FPlasma%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">A Combination of Extraction Reagent and DNA Microarray That Allows for the Detection of Global MiRNA Profiles from Serum/Plasma.</a> Methods Mol. Biol. 1024, 247-253 (2013).</li>
<li>Fromm, B., Harris, P. D., Bachmann, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MicroRNA+preparations+from+individual+monogenean+Gyrodactylus+salaris-a+comparison+of+six+commercially+available+totalRNA+extraction+kits%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Res.+Notes%22%5BJournal%5D)">MicroRNA preparations from individual monogenean Gyrodactylus salaris-a comparison of six commercially available totalRNA extraction kits.</a> BMC Res. Notes. 4, 217 (2011).</li>
<li>Li, Y., Kowdley, K. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Method+for+microRNA+isolation+from+clinical+serum+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Method for microRNA isolation from clinical serum samples.</a> Anal. Biochem. 431, 69-75 (2012).</li>
<li>McAlexander, M. A., Phillips, M. J., Witwer, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+Methods+for+miRNA+Extraction+from+Plasma+and+Quantitative+Recovery+of+RNA+from+Cerebrospinal+Fluid%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">Comparison of Methods for miRNA Extraction from Plasma and Quantitative Recovery of RNA from Cerebrospinal Fluid.</a> Frontiers in Genetics. 4, 83 (2013).</li>
<li>Kim, Y. K., Yeo, J., Kim, B., Ha, M., Kim, V. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Short+structured+RNAs+with+low+GC+content+are+selectively+lost+during+extraction+from+a+small+number+of+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell%22%5BJournal%5D)">Short structured RNAs with low GC content are selectively lost during extraction from a small number of cells.</a> Mol. Cell. 46, 893-895 (2012).</li>
</ol>

開示することは何もありません。

マイクロRNAの集団は、血清中に見出される総RNAの約0.4から0.5パーセントを構成する。さらに、ヒト血清中に見出される高タンパク質含量もある。 RNAを改善し、タンパク質とフェノールの両方を低減するために、我々はいくつかのステップを追加して、伝統的なアプローチをChomczynski 9を変更した汚染する。 全RNAを、標準的なトライ試薬RT-LS（モレキュラー·リサーチ·センター）を用いて血清から単離した我々の実験室で行われたときしかし、この方法は、様々な汚染物質の低量でのRNAが得られた。 図1は、230nmの280nmでのタンパク質の混入の証拠を有するUV分光光度RNAプロファイルを、270nmでのフェノールの汚染、および他の有機汚染物質を示している。試薬、グアニジンチオシアネートもまた、260nmで検出した。 低血清RNA収量の問題に対処し、汚染を減少させる、optimizat一連のイオン工程は、標準的...

近年、ヒト疾患の早期発見のための新規なバイオマーカーを発見するためのプッシュ成長があった。注目は、潜在的なマーカーのようなマイクロRNA 2（miRNAまたはのmiR）などの小さなRNAを使用して注目されている。これらの小さなRNAは、血清や研究などの体液で発見され、彼らが劣化し弾力性であり、様々な環境条件3の範囲に渡って安定しているが示されている。これらの機能は、血清中のmiRNAもしくは循環所与の理想的なバイオマーカー4,5である。現在、生物学的液体から小さなRNAの単離には主に2つのアプローチがあります。第二のアプローチは、フェノールとグアニジンチオシアネート試薬7との長年のプロトコルを使用しながら、最初のアプローチは、小さなRNA 6と結合し 、溶出するために、列ベースの技術を使用しています。我々は、ヒト血清からの低分子RNAを単離するための、シンプルで効果的な、列のないプロトコルを開発した。単離されたRNAは、直ちにですDNAオリゴヌクレオチド配列とRNAの塩基配列決定を含む下流の用途でately使用可能。 血清からRNAを単離するために、フェノールベースの​​方法を使用するときに我々はいくつかの問題に直面していたため、このプロトコルが開発されました。伝統をChomczynskiアプローチは頻繁にほとんどの商用ベンダーから入手可能な試薬の範囲で最も研究室で使用されています。しかしながら、それらの普及を考慮し、ストリンジェントなガイドラインは、一貫して、特定の血液または血清中に、体液からの高品質のRNAを産生するために開発されていない。 血清からRNAを単離に関連する一般的な問題は、低RNAの収量と分離、特にフェノールの際に使用する試薬の混入が含まれています。我々のアプローチは、例えば、定量的PCR（qPCR）およびRNA配列決定などの下流の分析のための高品質のRNAを提供するために、これらのフェノールの汚染物質を除去する。我々はさらに、miRNAアレイ上で、このRNAをテストしている。

<table><tbody><tr><td>Tri-Reagent RT LS</td><td>Molecular Research Center, USA</td><td>TR 118</td><td></td></tr><tr><td>RNase free H2O</td><td>GIBCO Invitrogen</td><td>10977-023</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Finnzymes, Finland</td><td>EO0491</td><td></td></tr><tr><td>Heavy Phase Lock tube</td><td>5PRIME</td><td>2302830</td><td>2 ml 容量</td></tr><tr><td>DNA Lobind tube</td><td>Eppendorf</td><td>0030 108.078</td><td>1.5 ml容量</td></tr><tr><td>グリコーゲン</td><td>Invitrogen, USA</td><td>10814-010</td><td>5 mg/ml</td></tr><tr><td>RNAグレード イソプロパノール</td><td>Sigma Aldrich, USA</td><td>I9516</td><td>100%</td></tr><tr><td>冷蔵遠心分離機</td><td>John Morris</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop UV-Vis 分光光度計</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック USA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>RNAグレードエタノール</td><td>Sigma Aldrich, USA</td><td>E7023</td><td>70%</td></tr><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer</td><td>Agilent, アメリカ</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

ヒト血清から小非コードrnaの分離

Isolation of Small Noncoding RNAs from Human Serum

RNAおよびその発現の分析は多くの研究室では一般的な機能です。重要なのは、哺乳動物細胞で発見されたマイクロRNAのような低分子RNAの登場です。これらの小さなRNAは、強力な遺伝子調節因子は、成長、開発、死などの重要な経路を制御し、大きな関心される体液中のそれらの発現に向けられてきた。これは、がんや血清バイオマーカーとしての可能性アプリケーションとしてのヒトの疾患での調節不全が原因です。しかしながら、血清中のmiRNA発現の分析は問題となり得る。ほとんどの場合、血清の量が制限され、血清は、小さなRNAが唯一の0.4から0.5パーセント1を構成する総RNAを少量含まれています。このように血清から品質のRNAの十分な量の単離は、今日の研究者にとって大きな課題となっています。この技術的な研究では、DNAアレイまたはqPCR分析のどちらかのために十分なRNAを得るために、ヒト血清のわずか400μLを使用する方法を示しています。 Aこの方法のdvantagesは、その単純さと高品質のRNAを得る能力である。それは、小さなRNAの精製のための特殊な列を必要とせず、一般的な研究室で見つかった一般的な試薬およびハードウェアを利用しています。我々の方法は、同時に、高品質のRNAを得ながら、フェノールの混入を排除するために、フェーズロックゲルを利用する。また、さらに、分離工程の間に、すべての汚染物質を除去するために追加のステップをご紹介します。このプロトコルは、血清から最大100 ngの/μlの総RNAの収量を単離するのに非常に有効であるだけでなく、他の生体組織に適合させることができる。

図1は、血清から単離されたRNAの典型的なUV /可視スペクトルを示している。このプロファイルから、我々はそれぞれ、両方の270 nmおよび230 nmにおけるフェノール及び有機汚染物質との280 nmでタンパク質の混入を指摘した。残留グアニジンチオシアネートも260 nmで注目された。汚染物質を減らすために、最適化の一連の工程は、標準的なトライ試薬RT-LSプロシージャに作製した。我々は、総RNAの収量の両方を増加させ、汚染（黒線、 図1A）を低減するグリコーゲンの5 mg / mlのようにした。 さらに我々は、イソプロパノールを除去した後にRNAペレットを取り囲む洗浄緩衝液の約100〜300μlのがあったことを観察した。追加の遠心分離スピンをプロトコルに追加し、残渣を洗浄溶液を注意深く除去した。これは、280nm（赤線、 図1B）への270 nmのからプロファイルシフトをもたらした。我々は、この「フラッシュ」のスピンはフェノール汚染を減少させたと推定270 nmで280 nm...

このプロトコルは、ヒト血清から低分子RNAを抽出するための方法が記載されている。私たちは、DNAアレイで使用するために、がん血清からマイクロRNAを分離してもシングルプレックス定量PCRするために、このメソッドを使用している。プロトコルは、高品質のRNAを得るために変更を加えてフェノール及びグアニジニウムチオシアネート試薬を利用する。

ヒト血清から小非コードRNAの分離

The analysis of RNA and its expression is a common feature in many laboratories. Of significance is the emergence of small RNAs like microRNAs, which are ...

本手順の全体的な目的は、血清サンプルから高品質なRNAを単離することです。これは、一般的なMRC try試薬RTLSプロトコルを最適化したバージョンを用いて行われます。まず、タンパク質による汚染を軽減させるため、血清をヌクレアーゼフリー水で1:5の比率で希釈することでこれを達成します。第2のステップは、最初の遠心分離ステップのために2 mLのフェーズロックチューブを導入することです。これにより、フェノールやタンパク質などの不純物の大部分が有機相にトラップされます。次に、第3の最終的な最適化ステップとして、12,000 ×gでのフラッシュ遠心分離を行い、エタノール洗浄前にRNAペレットから残留汚染物を除去します。より高い全RNA収量を必要とする場合は、最終ステップとして、同一患者から得られた2つの修飾RNA調製物を合わせてプールします。最終的に、核酸分解酵素フリーの水で血清を溶解させ、フェーズロックチューブを用いて主要な不純物をトラップし、フラッシュスピンを導入したこの修飾法を用いることで、血清からのRNA単離において小型の非コーティングRNAの回収率を最大化できることを示します。標準的なトリオールRNA抽出プロトコルのような既存の手法と比較して、本手法の主な利点は、簡単な修正を加えることで血清からのRNA収量を最大化できる点にあります。一般的に、この手法に不慣れな方は、血清中のスモールRNAが低濃度であるため、抽出に苦慮することがあります。最適化された手法と各ステップの可視化により、これらのRNAの回収率が向上し、初心者が抽出を成功させるためのガイドとなります。まず、あらかじめ調製した凍結血清試料を氷上で解凍し、解凍直後の血清400 µLをラベル付きのマイクロ遠心チューブに移します。次に、血清を100 µLのRNaseフリー水で希釈し、濃度1 mg/mLのProteinase Kを50 µL加えます。その後、希釈した血清を37 °Cで20分間インキュベートし、十分なタンパク質消化を行い、TRI Reagent RTL-S 1.5 mLおよび4-promo anole 100 µLによる完全な可溶化を確実にします。ホモジネートを軽く反転させ、5秒間繰り返しピペッティングします。次に、混合物をラベル付けした2 mLのヘビーフェーズロックチューブに移します。ホモジネートを4 °Cで20分間、12,000 GSで遠心分離します。次に、得られた水層1 mLを注意深くデカンテーションし、新しいDNAローバインドチューブに移します。有機層と界面層は、フェーズロックチューブの白いゲル層の下に保持されるはずです。その後、水層に5 µLのグリコーゲンと500 µLの100%isopropanolを加えます。溶液を転倒混和し、-20 °Cで一晩インキュベートします。一晩のインキュベーション後、4 °Cに設定した遠心分離機を用いて、サンプルを12,000 ×gで20分間遠心分離します。次に、透明な上清を捨て、4 °Cの遠心分離機で16,000 ×gにて2分間のフラッシュスピンを行います。ピペットを使用して、ペレット周囲の透明な溶液を注意深く取り除きます。次に、1 mLの70% ethanolでペレットを洗浄し、サンプルを10,000 gで10分間遠心分離します。ペレットを確認するために、チューブを暗い背景の前で傾け、洗浄液を捨てます。洗浄を繰り返します。次に、ペレットを10 µLのRNaseフリー水に懸濁させます。サンプルを55 °Cで5分間加熱し、ペレットが完全に溶解していることを確認します。この間に、ピペッティングを繰り返してサンプルを混合し、トータルRNAの収量を高めるため、同一患者からの2つのRNA調製物をプールします。再懸濁したRNAをUV分光光度計を用いて定量します。分光光度計を用い、2100 bioanalyzerを使用してRNAの品質を評価します。その後、プールしたRNAサンプルを、後続のアプリケーションで使用するために-80°Cで保存します。ヒト血清から抽出したRNAの分光光度プロファイルは、従来のChomsky法にいくつかのステップを追加したことで、RNAの収量が向上したことを示しています。ヒト血清から単離したRNAの典型的なUVプロファイルと、グリコゲンの添加や追加のスピンなどの最適化ステップを導入した際のプロファイルを比較すると、これらの手法を組み合わせることで不純物が減少し、全RNA回収量が増加することがわかります。さらに、フェノールやタンパク質を捕捉するフェーズロックゲルの使用により、RNAサンプルの純度が向上しました。加えて、血清の量を増やすことも、RNA回収量に顕著な影響を与えます。サンプルの品質をさらに分析するために、バイオアナライザーによるトレースを実施しました。約21ヌクレオチドに現れた単一のスパイクは、マイクロRNA分画を示しています。その後、手順に従ってアレイプロファイリングおよびQPCRを実施しました。3例の頭頸部癌と1例の正常組織のこのアレイプロファイルは、マイクロRNAの発現を示しており、階層的クラスター分析を用いて分析し、マイクロRNAのアップレギュレーション（発現上昇）とダウンレギュレーション（発現低下）が確認できるヒートマップとして提示しました。特定のmicroRNAについて、以下のようなqPCR増幅曲線が作成されました。その後、このデータを用いて正常血清の生のCT値をプロットしました。この技術を習得すれば、手順に従って適切に実施することで、多数の患者から高品質なRNAを最大限に抽出することが可能です。バイオマーカーの探索や検証といった追加の課題を解決するために、定量PCRや次世代シーケンシングなどの他の手法を用いることもできます。

isolation-of-small-noncoding-rnas-from-human-serum

Research

JoVE Journal

Biology

生物学

本論文では、エクソソームの単離、精製および検出のための方法、ならびにそれらの分子量の分析のためのテクニックを示しています。これらのメソッドは、細胞培養液や体液の両方からエキソソーム分離のための適応であり、分子量の分析を越えても機能的研究に役立ちます。...

RNA含有エキソソームの単離と解析

この原稿は、特定のオリゴヌクレオチド指向濃縮を介して真核細胞で形成された選択された同族RNPを単離するアプローチを説明しています。DHX9/RNAヘリカーゼAで構成されるレトロウイルス5'非翻訳領域に結合した同族RNPを単離することにより、このアプローチの適用性を実証します。...

オリゴヌクレオチド指向溶出を用いて細胞から同族RNA-タンパク質複合体の単離

RNA-タンパク質相互作用は、多くの細胞プロセスの中心にあります。ここでは、特定のRNAを単離し、それに関連する新規タンパク質を同定するin...

急速な手法による新規RNA結合タンパク質の単離

このプロトコルは、高密度リポタンパク質の小さなRNAの単離と定量化を説明しています。...

非コード小型RNA定量化のための高密度リポタンパク質の単離

内生的に形成された mRNA 蛋白質複合体の回復のためのタンデムの RNA 分離手順 (旅行) を説明します。具体的には、RNA 蛋白質の複合体は、生体内で架橋 polyadenylated Rna ランダムプライマー ビーズ抽出物から分離された、特定の Mrna が変更された RNA アンチセンス オリゴヌクレオチドでキャプチャされます。イムノブロット解析による蛋白質の Mrna...

真核生物 mRNA 蛋白質複合体を回復するオリゴヌクレオチド系タンデム型 RNA の隔離プロシージャ

このプロトコルは、小さな RNA ライブラリーの構築と次世代シーケンシングのための細胞培養媒体からマイクロ Rna は細胞を浄化する方法を示します。さまざまな品質管理のチェックポイントは、exRNAs...

分離、シーケンスおよびヒト間葉系幹細胞からの細胞のマイクロ Rna を分析

ここでは、小型RNAを分離し、マイクロRNAを強化し、ハイスループットシーケンス用のサンプルを準備するためのステップバイステップの戦略について説明します。次に、オープン ソース ツールを使用して、シーケンスの読み取りを処理し、マイクロRNA...

MicroRNAを分離およびシーケンシングし、オープンソースツールを使用してそれらを分析するための完全なパイプライン

円形RNA(circRNA)は、タンパク質間の転写調節および媒介相互作用に役割を有し得る非コードRNAである。circRNAシーケンシングライブラリの構築のための異なるパラメータの評価に続いて、RNase...

RNA シーケンシングを使用した円形 RNA の同定

このプロトコルは、動物およびヒト被験者の糞便サンプルから高品質のトータルRNAを分離します。市販のmiRNA分離キットは、最適化された量と質で純粋なRNAを単離するために、大幅に適応して使用されます。RNA分離株は、シーケンシング、マイクロアレイ、RT-PCRなどのほとんどのダウンストリームRNAアッセイに適しています。...

糞便(マイクロ)RNA単離

本プロトコールは、ダニ唾液腺および精製された細胞外小胞からのマイクロRNAの単離を記載する。これは、一般的に使用される試薬と消耗品を組み合わせた普遍的な手順です。この方法はまた、少数のダニの使用を可能にし、容易に配列決定することができる高品質のマイクロRNAをもたらす。...

ダニ Ex Vivo 唾液腺培養物および細胞外小胞からのマイクロRNAの単離

学ぶヒト血清からの高品質小非コードRNA分離法。フェーズロックチューブとフラッシュ遠心を用いてタンパク質汚染を除去し、マイクロRNAの回収率を最大化します。がん研究などの下流アプリケーションに適用可能です。

ヒト血清から小非コードRNAの分離

さらに動画を探す