Name: EPRは、補因子の酸化還元滴定を監視対象サッカロマイセス·セレビシエ Nar1 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-11-26T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 1 s
Description: 学ぶEPRを用いた酸化還元滴定法でSaccharomyces cerevisiaeのNar1酵素の補因子を同定する方法。複数の補因子を持つタンパク質の酸化還元特性を解析し、酵素機能の理解に貢献します。

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この作品は、財政的に化学設計（NRSC-触媒反応）によって制御オランダの国立研究学校コンビネーション、触媒反応から研究助成金によってサポートされていました。ライデン大学から博士HY Steensma博士とGPHバンフースデンは、Sの組換え発現との支援のために認められている出芽酵母 Nar1。

セットアップとソリューションの作製<ol><li> 100mMトリス、250mMのNaClおよびpH8.5の10％グリセロールを含む緩衝溶液を調製する。アルゴンでフラッシュすることによりバッファを脱気。嫌気性チャンバー内にバッファを導入する。 </li><li> 2回に分けてバッファを分割します。一部分（緩衝液A）に1mMのDL-ジチオスレイトール（DTT、Mは、154.25グラム/モルrを）および1mMのL-システインを加える。他の部分（バッファーB）は、還元剤が含まれていない。 </li><li>酸化剤と還元剤溶液を調製する。 1ミリリットルの2の溶液20、および200mMのフェリシアン化カリウムを加える（FIC、Mは、329.26グラム/モルrを）および嫌気性緩衝液B中の亜ジチオン酸ナトリウム（SD、Mは、174.11グラム/モルrの ）の</li><li>次のようにメディエーターミックスを調製する： <ol><li> Bバッファするために、以下のレドックスメディエーターおよび50mMのNaClの各160μMの追加：N、N、N &#39;、N&#39; -テトラメチル-p-フェニphenylendediamine（TMPD、Mは、237.17グラム/モルrは 、E &#39;0 0.276 V） 、2,6-ジクロロフェノールインドフェノールメチレンブルー（M rは 319.85グラム/モル、E &#39;、&#39;フェナジンエトサルフェート（PES、Mは、334.4グラム/モル、E rは 、（0 0.217 V 0 0.055 V）DCIP、Mは、290.08グラム/モル、E rを&#39;）を0 0.011 V）、レゾルフィン（M rは 235.17グラム/モル、E &#39;0 -0.051 V）、Indigodisulphonate（M rは 466.35グラム/モル、E&#39; 0 -0.125 V）、2-ヒドロキシ-1,4- naphtaquinone（ M rは 174.15グラム/モル、E &#39;0 -0.145 V）、アントラキノン-2-スルホン酸（M rは 328.28グラム/モル、E&#39; 0 -0.225 V）、フェノサフラニン（M rは 322.8グラム/モル、E &#39;0 -0.252 V）、サフラニンO（M rは 350.84グラム/モル、E &#39;0 -0.280 V）、ニュートラルレッド（M rは 288.8グラム/モル、E&#39; 0 -0.340 V）、ベンジルビオロゲン（M rは 409.4グラム/モル、E &#39;0 -0.350 Vの）、およびメチルビオロゲン（M rは 257.16グラム/モル、E&#39; 0 -0.440 V）。 </li><li>仲介者を保護するためにアルミホイルで瓶をラップ光からS。 </li></ol></li><li>準備10mg / mlのS. cerevisiaeの StrepタグNar1タンパク質バッファーAエクスプレスSに（181μM、Mは55.2 kDaのR） E.で出芽酵母 Nar1のpET24a発現ベクターを用いて、連鎖球菌タグ化タンパク質として大腸菌 。のStrep-Tactinのクロマトグラフィー媒体（IBA）を用いて、嫌気性チャンバー内のタンパク質を精製などのAkta精製装置（GE Healthcare社）のようなタンパク質精製システムを用いて精製する。 </li><li>次のように嫌気性チャンバー内酸化還元滴定のセットアップを準備します。 <ol><li> Ag / AgCl参照電極および白金線電極を滴定容器に接続する。 V.までmVのから測定することができます電圧計に両電極を接続します</li><li>小さな撹拌棒を挿入します。 </li><li>マグネチックスターラー上記滴定容器を置きます。 </li><li> すなわち、72μMタンパク質および各38μMの最終濃度までバッファーB、最大2 mlのメディエーター混合溶液及びタンパク質溶液で滴定容器に充填仲介者。注：タンパク質濃度に依存して、必要なメディエーター三つの溶液の量が調整されるべきである濃度。 </li><li> 30分間攪拌し、電圧計のスイッチを入れる。 </li></ol></li><li> 10清潔な石英ガラスEPR管を準備します。嫌気性チャンバー内チューブを導入する。 </li><li>液体窒素で（200ミリリットル年頃 ）小型の液体窒素デュワーを埋める。 </li></ol> 2.レドックス滴定を行います<ol><li>ソリューションの電位が安定するまで待ちます。注：実際には、これは、潜在的には毎分1mV未満漂うことを意味する。 </li><li>電圧計によって与えられた可能性を書き留め。 </li><li> 200μlのの最初のサンプルを描画し、EPR管に注入する。 </li><li>ゴム栓でチューブをキャップと嫌気性チャンバーからチューブを取り外します。 </li><li>注意：以下のように液体窒素中でチューブを凍結！これは、ゆっくりと行う必要があり、そうでなければ、チューブが破損します。 <ol><li>まずTを挿入液体窒素中でチューブのIP。 </li><li>シューという音が聞こえるまで待ってください。注：これは10秒ほどかかる場合があります。 </li><li>サンプル部品が完全に浸漬されるように、ゆっくりとチューブの残りの部分を挿入します。 </li></ol></li><li> -0.6 Vにソリューションの可能性を下げるために滴定容器内の溶液に2 mMのSD液の​​小アリコート1-2μLを追加 注：複数の10μlを添加しなければならない場合、20 mM溶液に切り替える。それは、特定の潜在的な値にポイズのは非常に困難であるように、電圧計に記録された実際の値は切下げと滴定曲線を構築するために使用される。 </li><li>ステップ2.3から2.5で説明したようにサンプルを描画します。 </li><li>電圧計によって与えられた実際の電位を下に注意してください。 </li><li>ポテンシャルは約 50 mVに増加しているまで、酸化剤を追加します。 2 mMのFICソリューションの小アリコート1-2μLを追加することで起動します。以上の10μlを添加しなければならない場合、20 mM溶液に切り替える。 </li><li> HOを下に注意してくださいワットソリューションの多くが追加されました。注：これは、滴定中のサンプルの希釈を補正する必要がある。 </li><li>ステップ2.3から2.5で説明したようにサンプルを描画します。 </li><li>電圧計によって与えられた実際の電位を下に注意してください。 </li><li>繰り返しますが、-0.6 Vから0.2 Vへの潜在的な範囲まで、2.9と2.12ステップがカバーされており、全10 EPR管は200μlの各充填される。 注：すべての撤退と体積が減少すると、電極の位置を調整する必要が攪拌の干渉なしに溶液との良好な接触を有することができる。これは、最後のサンプルの回収後に電位を測定することは困難であるので、そのサンプルの電位はあまり正確であってもよい。 </li><li> EPR測定が行われることができるまで、必要に応じて、液体窒素中で凍結したEPRのサンプルを格納。 </li></ol> EPR分光法およびデータ解析を使用して3.メジャー滴定サンプル<ol><li>異なるの記録EPRスペクトル滴定のサンプル次のように： <ol><li> &lt;10 -5バーに石英クライオスタットを排気する高真空ポンプを使用してください。 </li><li> EPRマグネットの水冷に切り替えます。 EPRの空洞を通して乾燥空気の流れを開きます。 </li><li>磁石への電源供給とEPRのコンピューターのスイッチをオンにします。 </li><li>周波数較正プログラムを実行します。 EPR測定パラメータを設定します。液体ヘリウムデュワーにクライオスタットを接続します。 9-16 Kに空洞を観る</li><li>キャビティ内のEPRサンプルを紹介します。 EPRスペクトルを記録します。 </li></ol></li><li>別のEPR種を同定し、シグナルを定量化するために最善のスペクトルを使用しています。スペクトルと外部銅標準溶液を10mMのCuSO 4月 10日mMの塩酸/ 2 MのNaClO 4のスペクトルとの比較の二重積分によりEPRの定量化を実現。8 </li><li>次のように滴定曲線を行います。 <ol><li>パラに特徴的なg値でEPR信号振幅をプロット潜在に対する関心の磁気種。 </li><li>ステップ3.2からEPR定量を用いてスピン/分子スケールにEPR信号振幅スケールを変更する。 </li><li>酸化または還元剤の添加により発生した希釈のため、各サンプルの信号振幅を補正する。 </li><li> Ag / AgCl参照電極の中間電位の可能性を修正する。 注：（飽和KClを含む）、Ag / AgCl参照電極は、25℃における標準水素電極（SHE）に対して0.194 Vの中点電位を有する。電圧計の電位が-0.6 V 年頃読み込みしたがって、彼女を参照して、可能性は-0.4 Vです。 </li></ol></li><li>次のようにネルンストの式に信号を合わせる： 還元状態で常磁性である種の場合： <img alt="式1" fo:content-width="2in" src="/files/ftp_upload/51611/51611eq1.jpg" width="200" /> Oで常磁性である種のためにxidized状態： <img alt="式2" fo:content-width="2in" src="/files/ftp_upload/51611/51611eq2.jpg" width="200" /> 中間状態で常磁性である種の場合： <img alt="式3" fo:content-width="2.2in" src="/files/ftp_upload/51611/51611eq3.jpg" width="220" /> これらの式は、一つの電子が転送されるレドックス反応のために有効であるので、n = 1である。 ボルトでE =潜在的な ボルトでのE、M =中間電位 F =ファラデー定数= 96480 C·モル-1 R =気体定数= 8.314 J·K -1·モル-1 Tケルビンで=温度</li></ol>

<ol><li>Lippard, S. J., Berg, J. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLippard%2C+SJ+%22Principles+of+Bioinorganic+Chemistry%22">Principles of Bioinorganic Chemistry</a>. , University Science Books. (1994).</li>
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</ol>

著者らは、開示することは何もない。

13レドックスメディエーターのシリーズは-0.45からSHEに対して0.3 V（ 表1および図3）の範囲内の溶液中での酸化還元平衡を可能にする。さて上およびこれらの電位以下のすべてのメディエーターは、どちらか完全に還元または完全に酸化、したがって、タンパク質の酸化還元活性中心との更なる平衡化が発生しないことができている。時々還元滴定は、狭い範囲11を測定することができるように、2つまたは3つのメディエーターを用いて実施された文献のように、これは重要な概念である。酸化還元補因子が年頃 ±メディエーターの中点電位の50 mVの範囲内の中間電位を持っている場合このような酸化還元滴定は唯一の信頼できる結果が得られます。別のメディエーターの中点電位の温度依存性が決定されており、それは、酸化還元滴定は、80°Cの高温で行うことができることが示された。乳首の12蒸発を飼料溶液は、ほとんどのタンパク質を含有する溶液と互換性のあるヌジョール鉱油の層を追加することによって防止することができる。 <p class="jo...

それはこの惑星、光合成、窒素固定と呼吸に生命を維持する最も基本的な化学プロセスは、有機および無機の酸化還元補因子の広い範囲を含む大きなタンパク質複合体によって触媒されることに顕著である。これは、全てのタンパク質の約30％が1つまたは複数の金属補因子を含んでいると推定されている。1,2は 、酸化還元補因子を直接電気化学（ 例えば 、タンパク質フィルムボルタンメトリー）または酸化還元滴定を使用して確立することができる識別し特徴付ける。 2の技術は、その性質や適用性で相補的である。ボルタンメトリーは電極表面と反応することができるの中点電位および補因子の電子移動速度の速い決定を提供しています。3,4は通常、このようなシトクロムcまたはフェレドキシンなどの電子伝達タンパク質、に適しています。そして、それは時々、電極表面に固定化されたより複雑なタンパク質のために働く。の詳細な知識タンパク質における補因子の性質は、ボルタングラムは、補因子のアイデンティティ上の任意の直接的な情報を与えることはありませんように、利用可能でなければならない。レドックス滴定は、タンパク質のmgの量を実行し、必要とする方が面倒である。しかしながら、それらは中間電位と補因子のアイデンティティに関する情報を提供する。 図5は、さらに、単一の滴定にタンパク質内の複数の補因子を監視することができる。 酸化還元滴定の原理は、レドックス活性タンパク質または酵素は、化学的に還元または酸化されることである。補因子は、還元剤または酸化剤の酸化還元メディエーターが使用されていると反応していることを確認するために。溶液の電位を測定することができるように、これらの酸化還元メディエーターは、電極と反応する。メディエーターは、酸化還元緩衝剤として作用し、蛋白質と電極における補因子との間で平衡化する。 AW化学的に所望の値に電位をpoisingした後、サンプルが引き出されるとすぐに液体窒素中で凍結させ分光技術とのさらなる分析をAIT。 EPR分光法は、それを定量的に常磁性金属中心または有機基を測定するために使用することができるように、この点で特に有用である。 酸化還元滴定は、二方向に実行することができます：ローからハイに、またはハイからロー中間電位に。選択は、研究対象の補因子の安定性に依存している。多くの場合、低電位で開始し、可能性を高める段階的に酸化剤を追加することが賢明です。これは、酸化滴定と呼ばれ、ここで説明されている。ここでは、 出芽酵母由来のタンパク質Nar1を含む鉄-硫黄クラスターの酸化還元滴定を示した。このタンパク質は、細胞質の鉄硫黄クラスター生合成機構（CIA経路）において、足場タンパク質として、可能性が関与している。6,7

<table><tbody><tr><td>参照電極 (Ag/AgCl)</td><td>ラジオメーター</td><td></td><td></td></tr><tr><td>化学薬品</td><td>Sigma-Aldrich</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ESR分光計</td><td>Bruker</td><td></td><td></td></tr><tr><td>N,N,N',N'-テトラメチル-p-フェニレンジアミン(TMPD)およびミドドット;(HCl)2</td><td></td><td></td><td>637-01-4</td></tr><tr><td>2,6-ジクロロフェノールインドフェノール(DCIP)、ナトリウム塩</td><td></td><td></td><td>620-45-1</td></tr><tr><td>フェナジンエトスルフェート(PES)</td><td></td><td></td><td>10510-77-7</td></tr><tr><td>メチレンブルー</td><td></td><td></td><td>122965-43-9</td></tr><tr><td>レゾルフィン、ナトリウム塩</td><td></td><td></td><td>34994-50-8</td></tr><tr><td>インジゴジスルホン酸(インジゴカルミン)</td><td></td><td></td><td>860-22-0</td></tr><tr><td>2-ヒドロキシ-1,4-ナフタキノン</td><td></td><td></td><td>83-72-7</td></tr><tr><td>アントラキノン-2-スルホン酸 Na+ H2O</td><td></td><td></td><td>153277-35-1</td></tr><tr><td>フェノサフラニン</td><td></td><td></td><td>81-93-6</td></tr><tr><td>サフラニン O</td><td></td><td></td><td>477-73-6</td></tr><tr><td>ニュートラルレッド</td><td></td><td></td><td>553-24-2</td></tr><tr><td>ベンジルviologen</td><td></td><td></td><td>1102-19-8</td></tr><tr><td>メチルviologen</td><td></td><td></td><td>1910-42-5</td></tr></tbody></table>

eprは、補因子の酸化還元滴定を監視対象<em&gt;サッカロマイセス·セレビシエ</em&gt; nar1

EPR Monitored Redox Titration of the Cofactors of Saccharomyces cerevisiae Nar1

電子常磁性共鳴（EPR）は、酸化還元滴定は、強力な方法は、タンパク質中の補因子の中点電位を決定し、それらの検出可能なレドックス状態に補因子を同定および定量するために監視されている。 それは電子伝達率に関する情報を提供していませんが、検討中のタンパク質に補因子のアイデンティティと酸化還元状態を確立しないような技術は、直接電気化学（ボルタンメトリー）のアプローチ、と相補的である。技術は、電子常磁性共鳴（EPR）検出可能な補因子を含有する任意のタンパク質に広く適用可能である。 典型的な滴定は1〜100μMの範囲の補因子の濃度が2ミリリットルのタンパク質が必要です。タンパク質は、特定の電位における試料ポイズのために、化学的還元剤（亜ジチオン酸ナトリウム）または酸化剤（フェリシアン化カリウム）で滴定する。白金線及びAg / AgCl参照電極をボルトに接続されている。タンパク質溶液の電位を測定するための計器。 13の異なるレドックスメディエーターのセットは、タンパク質の酸化還元補因子と電極との間に平衡化するために使用される。試料タンパク質の異なる酸化還元補因子に特徴的な、異なる電位および電子常磁性共鳴スペクトルで描かれているが、測定される。試料電位に対する信号強度のプロットは、補因子の中点電位を決定するために、ネルンストの式を使用して分析される。

Nar1：[3FE-4S]クラスター、[4FE-4S]クラスター及び単核鉄センター（ 図1） サッカロマイセス·セレビシエ由来のタンパク質Nar1を含む鉄-硫黄クラスターの酸化還元滴定は、3つの異なる補因子を同定した。 EPR信号は、それらのG値によって特徴付けられる：用[3FE-4S] + G Z 2.01、G クロスオーバー 2.00（ 図1B）。 [4FE-4S] +、G Z 2.02グラムyを 1.93、G のx 1.82（ 図C）、及び核のFe 3+ G 4.3および9.7（ 図1A）のためのために。 [4FE-4S] +クラスターのEPR信号はNar1について報告されているものと非常に類似している以前に。6,9核鉄のEPR信号は菱形高スピン鉄種（ <str...

このプロトコルの目標は、出芽酵母Nar1の異なる補因子を特定するために、電子常磁性共鳴(EPR)で監視される酸化還元滴定を使用することです。酸化還元滴定は、酵素やタンパク質中のさまざまな酸化還元活性補因子の中点電位を得るための非常に堅牢な方法を提供します。

EPRは、補因子の酸化還元滴定を監視対象<em&gt;サッカロマイセス·セレビシエ</em&gt; Nar1

Electron Paramagnetic Resonance (EPR) monitored redox titrations are a powerful method to determine the midpoint potential of cofactors in proteins and to ...

この手順の全体的な目的は、酵素またはタンパク質の酸化還元特性を明らかにすることです。まず、ボルトメーターに接続された作用電極および参照電極を、磁気攪拌機上の酸化還元滴定容器に挿入します。次に、タンパク質バッファーとさまざまな酸化還元メディエーターの混合物を滴定容器に加えます。次に、化学的還元剤と酸化剤を用いて電位を異なる値に調整し、電子常磁性共鳴（EPR）試料を採取します。最後のステップは、試料のEPRスペクトルを記録し、滴定曲線を作成することです。フルテレメトリーなどの既存の手法に対する本手法の主な利点は、複数の異なるコファクターを持つ複雑なタンパク質を容易に解析できる点にあります。この手順を開始するために、塩化銀参照電極と白金線電極を酸化還元滴定容器に接続します。次に、両方の電極を、ミリボルトからボルトまで測定可能な電圧計に接続します。小型の攪拌子を挿入し、滴定容器をマグネチックスターラーの上に配置します。次に、あらかじめ調製したバッファーBメディエーター混合液とタンパク質溶液を、タンパク質の最終濃度が72 µM、各メディエーターの最終濃度が38 µMとなるように、2 mLまで滴定容器に満たします。30分間攪拌した後、電圧計のスイッチを入れます。10本の洗浄済みクオーツEPRチューブを、嫌気チャンバー内に導入します。次に、小型の液体窒素ドナーに液体窒素を満たします。溶液の電位が安定するまで待ち、その後の電圧計による電位値を記録してください。最初のサンプルとして200 µLを採取し、EPRチューブに注入します。チューブをゴム栓で密閉し、嫌気チャンバーから取り出します。チューブの先端を液体窒素にゆっくりと浸し、凍結させます。シューという音が聞こえたら、サンプル部分が完全に浸るまで、チューブの残りをゆっくりと挿入します。あらかじめ調製しておいた2 millimolarのチオン酸ナトリウム溶液を1〜2 µL、滴定容器内の溶液に加え、溶液の電位を-0.6 Vまで下げます。サンプルを採取した後、電位計で表示される実際の電位を確認し、電位を約50 mV上昇させます。あらかじめ調製しておいた2 millimolarのシアン化ナトリウム溶液を1〜2 µL加えます。異なる滴定サンプルのEPRスペクトルを記録するために、石英クライオスタット内を10⁻⁵ bar以下まで真空排気します。高真空ポンプを用いてEPRマグネットの水冷装置をオンにし、次いでEPRキャビティに乾燥空気の流れを導入します。マグネットへの電源とEPRコンピューターを起動した後、周波数校正プログラムを実行します。完了後、EPR測定パラメータを設定します。次に、液体ヘリウムドーザーをクライオスタットに接続し、キャビティを9〜16 Kまで冷却します。キャビティにEPRサンプルを導入し、EPRスペクトルを記録します。

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生物学

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この記事で述べるは電気化学、電子常磁性共鳴と有機エレクトロニクス...

サイクリックボルタンメトリー、紫外-可視-近赤外、および EPR 分光電気化学を使用して有機性化合物を分析するには

ミトコンドリアは、活性酸素種 (ROS) を生成することができますいくつかのフラビン依存型酵素を含まれています。ROS を監視ミトコンドリアの個々 のサイトからのリリースは不要な副反応のために挑戦です。簡単、安価な精製フラビン酵素とマイクロ プレート蛍光分析を使用して、ROS リリース...

活性酸素・過酸化水素とフラビン含有ミトコンドリア脱水素酵素による NADH 生産の同時測定

このプロトコルの目標はオンカラム細胞外の電子受容体を用いたトランス...

C2C12 細胞によるトランス プラズマ膜電子輸送特性の測定

ここで全細胞外膜シトクロムシェワネラ oneidensis氏-1 複合体を介して細胞外の電子輸送の速度へのプロトン輸送の貢献を研究する電気化学実験のプロトコルを提案する.

電気化学検出の重水素速度論的同位体効果シェワネラ oneidensis氏 1 の細胞外電子輸送

電子常磁性共鳴 (EPR) 分光法は、フリーラジカルを測定する明確な方法です。選択的スピン プローブは、異なる細胞コンパートメント中のフリーラジカルの検出に使用します。治療、保存、および EPR...

周囲温度、77 K で生体試料の電子常磁性共鳴の使用

このプロトコールは、部分的にセグメント化された機能的CoQプールの存在を研究するために、Na+の存在または非存在下でのミトコンドリア複合体活性CI+ CIIIおよびCII +...

Na+ に対するミトコンドリア内膜感受性が部分的にセグメント化された機能的CoQプールを明らかにする

この研究では、呼吸測定および酵素アッセイを介してミトコンドリア機能に対する生体異物の影響を研究するための方法論を紹介します。さまざまな種における電子伝達鎖の調節を調べ、昆虫ベクター媒介性疾患に対する標的生物農薬開発に関する洞察を提供します。...

単離されたミトコンドリアにおける異種生物の輸送と効果の解明:呼吸器測定および酵素アッセイからの洞察

酵母全細胞におけるミトコンドリア呼吸は、細胞の生体エネルギー学の貴重な指標です。ここでは、さまざまな酵母種に適用できるこの表現型を定量化するためのプロトコルを紹介します。...

酵母全細胞におけるミトコンドリア呼吸の定量化

学ぶEPRを用いた酸化還元滴定法でSaccharomyces cerevisiaeのNar1酵素の補因子を同定する方法。複数の補因子を持つタンパク質の酸化還元特性を解析し、酵素機能の理解に貢献します。

EPRは、補因子の酸化還元滴定を監視対象

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