Name: 回復への新規マイクロダイセクションアプローチ結核菌特異的転写 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-05T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 42 s
Description: 学ぶメソディセクション技術を用いた結核菌感染肺肉芽腫からのRNA抽出法。ホルマリン固定パラフィン包埋切片を用いて、全遺伝子発現解析を実施し、病原菌の遺伝子発現を解明する。

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R01HL106790、R01HL106790-S1、R01HL106786、R01AI089323、R21AI091457、R21RR026006、P20RR020159、C06RR017563、8T32OD011124-08、およびP51OD011104：著者らは、この研究のサポートについては、次のNIH賞/ subawardsを承認したいと思います。

2IDイメージングソフトウェアを使用した1。校正Mesodissectionインストゥルメント 2IDイメージングソフトウェアは、この記事の残りの部分のためのソフトウェアまたはプログラムのどちらかと呼ぶことにする。このステップは、画像を正しく追跡するだけでなく、複数のスライドフレームを整列するために必要とされる。 <ol><li>測定器とコンピュータの電源を入れます。 </li><li>オープンなソフトウェアと「校正器」を選択します。 </li><li>ジョイスティックを使用して、ステージの移動を校正します。左上の位置にステージを移動します。プログラムのステップ1の下を押して「S​​ET」。 </li><li>右の位置を下げるために、ステージを移動します。プログラムのステップ2の下を押して「S​​ET」。 </li><li>第1ヘッドアセンブリを上げるために「Zボタン」を押すことにより吸引を校正します。ジョイスティックを押して「吸引パルス」ボタンと「解剖」ボタンを押すと、プランジャー、制御棒までトップの位置に到達する。プログラムのステップ3の下を押して「S​​ET」。 </li><li>を押して「吸引リセット＆＃8221;ボタンを押します。プランジ​​ャーは、ステップ4の一番下の位置を押して「S​​ET」で停止したら。 </li><li> 「スケールタブ」をクリックします。 </li><li>空白の側でキャリブレーション定規を置きます。 </li><li>必要に応じて、顕微鏡の焦点を合わせる。 </li><li>マウスを使用して2のスケールバーの間に線を描画します。 </li><li>ステップ2。を押して「計算」ボタンラベルのボックスに距離を入力します。 </li><li> 「十字線」タブをクリックします。 1にモータ速度をオンにします。 </li><li>ヘッドアセンブリにxScisorを挿入します。 「z軸」ボタンを押すことにより、z軸準備位置に下部ヘッドアセンブリ。注：ヘッドアセンブリは、トップ解剖機器に大きな構造体である。 xScisorは、この記事の残りの部分のための消耗品旋削ビットと呼ぶことにする。 </li><li>ジョイスティックのボタンを「解剖がかみ合う」をクリックしてください。注：このボタンは、ジョイスティックの上に位置しています。 </li><li>視覚的に回転の中心を定義します。これを行うには、定義を用いて、回転の中心に十字の中心を移動するプログラムのステップ1においてdパラメータ。十字線を整列させるためにピクセルを調整するために、「X」と「Y軸」のバーで上下の矢印を使用してください。 「完了」タブをクリックします。 </li><li> 「ホーム」アイコンをクリックしてください。注：これは、右上隅に位置して家の画像で表されます。 </li></ol> 2。参照イメージを作成<ol><li>ステージ上でのH＆Eスライドを置きます。スライドの上に不透明のカバーを置きます。 H＆Eスライドの所望の領域にジョイスティックを移動することで、機器を駆動します。生成された画像を保存します。注：「捕獲リファレンス」タブまたは「解剖」タブのいずれかが、この手順を完了するために使用することができます。 </li></ol> 3。解剖のための組織の位置を合わせます<ol><li>ホーム画面の「組織を切開」オプションをクリックします。 </li><li> 「演算子」「解剖受託番号」「参照アクセッション番号」「xScisorのバーコード番号、「＆＃必要事項を記入8220;解剖流体ロット番号」「xScisorサイズ」と「設定」タブ内の「説明」。 </li><li> 「組織の検索」タブをクリックします。 </li><li>インポートは、以前に参照画像を保存した。 </li><li>ステージ上で5ミクロンの厚さの無染色のFFPEスライドを置きます。基準画像に描かれたものと同じエリアにステージを移動します。 「イメージの挿入」タブをクリックします。 </li><li> 「ALIGN」タブをクリックします。染色されていない画像を参照画像を位置合わせするために、マウスと関連する矢印を使用してください。 </li></ol> 4スライドに注釈を付ける<ol><li> 「注釈」タブをクリックします。 </li><li>顕微解剖され、スライドの所望の領域の周りに円を描くようにマウスを使用しています。 </li></ol> 5。消耗旋削ビットのロード<ol><li>流体の動きで上下に数回、プランジャーを引いて、ここでは必要なバッファー、PKDバッファーで消耗旋削ビットを埋める。空気を除外するようにしてください泡。 </li><li> 「Z軸ボタン」を押すことにより、Z軸を上げます。 </li><li>マシンに消耗旋削ビットをロードします。機械の上部に消耗旋削ビットをスライドさせて、これを行うことにより、消耗品の旋削ビット上の黒線で最大の機器のラインに白いライン。プランジ​​ャが正しい位置に下げることができるように押して、「吸引リセット」ボタンを押します。注：消耗旋削ビットをスライドさせて簡単にする必要があります。そうでない場合は、ノッチが正しく整列していることを確認してください。 </li><li>再度「Z軸」ボタンを押すことによりZ軸低級。 </li></ol> 6。組織を切開します（ 図4） <ol><li> 「解剖」タブを開きます。 </li><li> 1モータ及び吸引速度をオンにします。 </li><li> 「ショーの追跡」チェックボックスをオンにします。注：これは、ユーザが切開プロセス中に解剖領域を可視化することを可能にする。 </li><li>解剖する準備ができたら、ボタンを「従事」だけでなく、「吸引＆＃保持し続け8221;ボタン組織を切開するために反時計方向にジョイスティックを移動しながら。 </li><li>吸引は、「フル」タブが赤くなるまで反時計方向に解剖し続ける。 </li></ol> 7。消耗旋削ビットを空にして削除<ol><li>消耗旋削ビットの先端の下に0.5μlのマイクロチューブを配置します。 </li><li>を押して「吸引」制御棒はすぐにマイクロチューブにサンプルを取り出します。 </li><li>使用済み消耗品の旋削ビットを排出するために増加の力で押します。 </li><li>バックプランジャーを引いて組織片を洗浄します。消耗ミルビットに残りのサンプルを表現するために前方にプランジャーを押してください。組織片は現在、マイクロチューブの中に含まれます。 </li></ol> 8。プロテイナーゼK消化を溶解サンプルは、熱処理が続く<ol><li>組織サンプルを回復するためにプロテイナーゼK5μgのを含む70μlのTE pHが8.5を追加します。 </li><li>プログラム可能なヒーター·シェーカーにサンプルを置き、。 </li><li>以下の設定でプログラム可能なヒーター、振とう機を用いて完全消化：1,500 rpmで30分間60˚C; 1,500 rpmで15分間、82˚C; 450 rpmで1分間25˚C。サンプルは現在、ダウンストリームアプリケーションのための準備ができています。 </li></ol>

<ol><li>Fend, F., Raffeld, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser+capture+microdissection+in+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">Laser capture microdissection in pathology.</a> J Clin Pathol. 53 (9), 666-672 (2000).</li>
<li>Esposito, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complementary+techniques%3A+laser+capture+microdissection--increasing+specificity+of+gene+expression+profiling+of+cancer+specimens%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Exp+Med+Biol%22%5BJournal%5D)">Complementary techniques: laser capture microdissection--increasing specificity of gene expression profiling of cancer specimens.</a> Adv Exp Med Biol. 593, 54-65 (2007).</li>
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<li>Paige, C., Bishai, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Penitentiary+or+penthouse+condo%3A+the+tuberculous+granuloma+from+the+microbe%27s+point+of+view%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Penitentiary or penthouse condo: the tuberculous granuloma from the microbe's point of view.</a> Cell Microbiol. 12 (3), 301-309 (2010).</li>
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<li>Kaushal, D., Schroeder, B. G., Tyagi, S., Yoshimatsu, T., Scott, C., Ko, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reduced+immunopathology+and+mortality+despite+tissue+persistence+in+a+Mycobacterium+tuberculosis+mutant+lacking+alternative+sigma+factor%2C+SigH%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Reduced immunopathology and mortality despite tissue persistence in a Mycobacterium tuberculosis mutant lacking alternative sigma factor, SigH.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. (12), 8330-8335 (2002).</li>
<li>Mehra, S., Kaushal, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+genomics+reveals+extended+roles+of+the+Mycobacterium+tuberculosis+stress+response+factor+sigmaH%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Functional genomics reveals extended roles of the Mycobacterium tuberculosis stress response factor sigmaH.</a> J Bacteriol. 191 (12), 3965-3980 (2009).</li>
<li>Rohde, K. H., Veiga, D. F., Caldwell, S., Balazsi, G., Russell, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Linking+the+transcriptional+profiles+and+the+physiological+states+of+Mycobacterium+tuberculosis+during+an+extended+intracellular+infection%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Linking the transcriptional profiles and the physiological states of Mycobacterium tuberculosis during an extended intracellular infection.</a> PLoS Pathog. 8 (6), (2012).</li>
<li>Fontan, P. A., Voskuil, M. I., Gomez, M., Tan, D., Pardini, M., Manganelli, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Mycobacterium+tuberculosis+sigma+factor+sigmaB+is+required+for+full+response+to+cell+envelope+stress+and+hypoxia+in+vitro%2C+but+it+is+dispensable+for+in+vivo+growth%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">The Mycobacterium tuberculosis sigma factor sigmaB is required for full response to cell envelope stress and hypoxia in vitro, but it is dispensable for in vivo growth.</a> J Bacteriol. 191 (18), 5628-5633 (2009).</li>
<li>Rustad, T. R., Harrell, M. I., Liao, R., Sherman, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+enduring+hypoxic+response+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The enduring hypoxic response of Mycobacterium tuberculosis.</a> PLoS One. 3 (1), (2008).</li>
</ol>

著者らは、競合する経済的利益がないことを開示している。

Mesodissectionは、病原体の広大な配列に起因する病理学的病変スライドからRNA抽出にも適用することができる技術である。これは、ユーザが画像を追跡し、画像を正しく整列させる必要があることである。これを達成するために、測定器はイメージングソフトウェアの指示に従って校正する必要があります。解剖すると解剖されている関心のスライドと面積が整列していない場合、ユーザは、機器を再調整しなければなりません。解剖プロセスの別の重要なステップは、それが前に解剖（ステップ5.1）に気泡を欠いているように消耗品旋削ビットをロードすることです。我々は、気泡の存在は、切開の収率が低下することを見出した。この問題を解決するために、我々は何回も推進し、プランジャーを表現するお勧めします。ユーザーは、メーカーが推奨するように、泡を視覚化するために練習バッファに食品着色料を追加することで、これを練習することができます。実効れると、ユーザーは、通常の解剖を進める必要があります。ラSTの重要なステップは、反時計方向にサンプルを分析することです。反時計方向に機械工場;従って、我々は、反時計回りに円を描くようにジョイスティックを動かすと、よりきれい後縁6<...

The corresponding author was changed for the article, <a href="http://www.jove.com/video/51693">A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas</a>. The corresponding author was changed from:
Teresa A. Hudock
to:
Deepak Kaushal

The corresponding author was changed for the article, <a href="http://www.jove.com/video/51693">A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas</a>.

Erratum: A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas

サンプルは、伝統的に手動で針とメスを用いて、全組織またはスライドのいずれかから顕微解剖されています。これは、対象の組織切片と周囲の組織切片2との間に明確な分離を必要とする。分子プロファイリング技術の現在の進歩により、細胞レベルで組織を評価する必要性が高まってきた。により手動マイクロダイセクションの制限のため、LCMを含む技術が高いアイソレーションの精度を可能にするために設立された。この技術は、研究者は、そのような遺伝子発現プロファイリングのような下流アッセイのために使用することができる様々な細胞及びスライド型から特定の細胞集団を単離することができる。ダウンストリームアッセイのために非常に効果的ではあるが、LCMには限界がないわけではない。まず、LCMは、高価で時間のかかるプロセスである。さらに、RNA起因の不安定な性質のために、それは多くの場合、LCM試料2から高品質のRNAを得るために挑戦している。ディによるLCMのsadvantagesは、マイクロダイセクション技術の新たな進歩はまだ手頃な価格と時間に敏感な方法で、研究者がより多くのことをよりアクセシブルにするために必要です。 利用できるようになりまし顕微解剖技術の一つは、このような進歩は、mesodissectionとして知られている技術である。この技術では、機械は工場に関心のある注釈付き組織切片を使用し、消耗品の旋削ビット3にそれを吸引する。次に、このサンプルは、収集チューブ内に吸引し、下流の用途に使用することができる。このシステムの利点は、それが大幅に少ない費用と時間が敏感であることである。我々の経験では、システムは10分で肺肉芽腫組織切片の解剖を可能にします。一方、伝統的なLCM可能性が高いプロセスを完了するために時間が必要となる。このシステムは、オペレータが比較だけでなく、注釈のためのツールと​​して使用するために、参照スライドをロードすることができます。さらに報告書はアウトライン番目に生成されます解剖したスライドのEエリア。 mesodissectionするには2つの主な欠点があります。複数のセルを抽出するのに有効であるが、単一細胞を単離するために挑戦している。また、生成された画像の精度は他のイメージング顕微鏡を使用している場合ほど明確ではありません。 結核（TB）は、世界中の人間性とマウンテンバイクでの感染からの結果の主要な感染症キラーです。 マウンテンバイクのエーロゾルに暴露された個人の大半では、感染は潜伏限られている。毎年少なくとも10万人では、活動性結核4になる。潜伏感染時に、 マウンテンバイクは、肉芽腫として知られている病的な肺病変の中に含まれている。そのためには、 マウンテンバイクの感染の結果は肉芽腫5のレベルで決定されていると主張してきた。 ここでは、mesodissectionはマウンテンバイクに起因する肉芽腫を顕微解剖するために使用することができる方法を示します。スライドを使用感染したアカゲザルからのFFPE肺組織からのものである。このデモの目的のために、我々は、その全体が肉芽腫を分析します。我々はまた、RNAを回収した組織から抽出することができることを実証している。この技術は、様々な他の標本から組織サンプルに適用し、次いで、下流の種々のアッセイのために使用することができる。

<table><tbody><tr><td>MeSectr</td><td>AvanSci Bio</td><td></td><td>Mesodissector</td></tr><tr><td>400 nm xScisors</td><td>AvanSci Bio</td><td></td><td>その他のサイズもご用意しています</td></tr><tr><td>THOR</td><td>AvanSci Bio</td><td></td><td>プログラマブルヒーターシェーカー</td></tr><tr><td>NanoDrop2000</td><td>ThermoScientific</td><td>ND-2000</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy FFPE 抽出キット&nbsp;</td><td>Qiagen</td><td>73504</td><td></td></tr><tr><td>Ovation RNA-Seq FFPEシステム&nbsp;</td><td>Nugen</td><td>7150</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick PCR 精製キット&nbsp;</td><td>キアゲン</td><td>28104</td><td></td></tr></tbody></table>

回復への新規マイクロダイセクションアプローチ<em&gt;結核菌</em肺肉芽腫、ホルマリン固定パラフィン包埋から&gt;特異的転写

A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas

顕微解剖は、10年以上にわたってDNA、RNA、およびタンパク質レベルでの組織の検査のために使用されている。レーザーキャプチャー顕微鏡（LCM）は本日、使用される最も一般的なマイクロダイセクション法である。この技術では、レーザーは、局所的に脱水された組織部1の上に重なる熱可塑性膜を溶融するために使用される。組織切片複合体は、その後持ち上げられ、膜から分離される。この技術は、組織検査のために首尾よく使用することができるが、それは時間がかかり、高価である。さらに、この技術を用いる手順が正常に完了し、したがって、その使用を制限する、レーザの使用を必要とする。 mesodissectionと呼ばれる新しい、より手頃な価格で実用的な顕微解剖法は、LCMの落とし穴に可能な解決策である。この技術は、ミルに取り付けられたスライド組織試料から所望の組織をMESO-1/MeSectr方式を採用し、同時に中に所望の組織試料を回収するための流体を分配し、吸引しながら消耗旋削ビット。解剖プロセスが始まる前に、ユーザは（FFPE）ホルマリン固定パラフィン包埋染色、ヘマトキシリン​​およびエオシン（H＆E）参照スライド摺動整列する。その後、オペレータは、所望の解剖領域に注釈し、適切なセグメントを解剖に進む。プログラムは、解剖のアーカイブされた画像を生成する。 mesodissectionの主な利点は、この実験で世代をサンプリングするように設定から10分の平均を取って、スライドを分析するのに必要な短い期間です。さらに、システムを大幅に、より効果的なコストで使いやすいです。わずかな欠点は、レーザーキャプチャー顕微鏡法ほど正確ではないことである。この記事では、mesodissectionは、FFPEからのスライドからRNAを抽出するために使用する方法を示し結核菌（MTB）に起因する肉芽腫。

上記のプロトコルは、FFPE組織スライドからRNAを抽出するために、新しいmesodissection技術を使用する方法を示しています。このプロトコルの有効性は、様々な感染段階でマウンテンバイクに感染NHPからの肺肉芽腫のFFPEスライドを通して示されている。1〜3は 、機器のイメージである図 。 図4は、解剖のプロセスがどのように発生するか示しているし、ソフトウェアで生成された結果のイメージ。 表1各感染状態でのNHPから肉芽腫とのRNA抽出の結果を示す。 RNAを、顕微解剖試料において、Mtbの増幅された、精製された16秒のRT-PCR証拠（ 表2-4）を可能にするために、表4は、Mtb のリボソームサブユニットの16Sの存在を確認した。 <p class="jove_content" fo:keep-together.within-page="alwa...

顕微解剖は、広範囲の組織内のDNA、RNA、およびタンパク質の試験のために使用されている。レーザーキャプチャー顕微鏡（LCM）は、最も一般的に使用される方法ですが、新しい製粉技術、mesodissectionは、最近になって提供されています。私たちは、 結核菌肉芽腫の組織スライドを組み込みmesodissectedホルマリン固定パラフィンからのRNA抽出を示しています。

Microdissection has been used for the examination of tissues at DNA, RNA, and protein levels for over a decade. Laser capture microscopy (LCM) is the most ...

本手順の目的は、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）スライドから組織をマイクロダイセクションすることです。まず、代表的なヘマチン・エジン染色スライドから参照画像を作成します。次に、対応する未染色のFFPEスライドを装置のステージに設置し、切除したい領域を参照画像に合わせて調整します。次に、切除領域を注釈し、使い捨てのオスビットにバッファーを充填して装置にセットします。最後のステップは、注釈された組織を切除することです。最終的に、RNA抽出、増幅、およびR-T-P-C-Rを組み合わせて、切除した組織を、感染したReeses Macaの肺肉芽腫内におけるmycobacterium tuberculosisの全般的遺伝子発現解析にどのように利用できるかを示します。この手法は、結核のさまざまな感染状態で、結核菌（mycobacterium tuberculosis）がヒトに近い生体内ニッチでどのような遺伝子を発現しているかなど、結核研究分野における重要な疑問の解決に役立ちます。さらに、これらのデータは、病原体の調節機序や、異なる疾患状態における代謝的および生理的な差異を解明するのに寄与します。これにより、特異的な薬物標的を創出することが可能になります。メゾ解剖装置には、2つのIDイメージングソフトウェアを統合したデジタル顕微鏡と、XYステージ位置を制御するためのジョイスティックが備わっています。本手順を開始する前に、付属の原稿に記載されている通り、イメージングソフトウェアを用いて装置のキャリブレーションを行い、参照画像を作成してください。まず、ヘマチン・エジン染色またはH&amp;E染色を施したスライドをステージ上に置き、スライドの上に不透明なカバーを被せます。次に、ジョイスティックを操作して、h and dスライドの目的の領域まで装置を移動させます。キャプチャリファレンスタブを使用して画像を保存し、切除する組織の位置を合わせます。ホーム画面の組織切除（dissect tissue）オプションをクリックしてください。「セットアップ」タブで、術者の解剖登録番号、参照登録番号（exci）またはバーコード番号、解剖液、ロット番号、exciサイズおよび説明を記入します。「組織検索」タブをクリックし、保存済みの参照画像をインポートします。染色していないホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）のスライド（厚さ5 µm）をステージ上に設置します。ステージを移動させ、参照画像に示されている領域と同一の領域に合わせます。「Align」タブをクリックします。マウスと関連する矢印を使用して、参照画像を未染色の画像に合わせて調整します。最後に、「Annotate」タブをクリックしてスライドに注釈を付けます。マウスを使用して、マイクロダイセクションを行うスライド上の目的領域を円で囲みます。本手順の開始に際し、プランジャーを数回スムーズに上下に動かし、消耗品メールビットに目的の緩衝液（本例ではPKD Buffer）を満たします。このとき、気泡が入らないように注意してください。Z軸ボタンを押してZ軸を上げます。使い捨てのオスビットを装置に装着します。装置の白い線と使い捨てオスビットの黒い線が一致するように、使い捨てオスビットを機械の上部にスライドさせて挿入します。アスピレーションのリセットボタンを押し、プランジャーが正しい位置まで下がるようにします。Z軸ボタンを再度押し、Z軸を下げて組織の切断を開始します。まず、「dissect」タブを開いてください。次に、モーター速度とアスピレーション速度を1に設定します。「show tracking」ボックスにチェックを入れます。これにより、切除プロセス中に切除領域を可視化して切除を行うことができます。ジョイスティックを反時計回りに動かしながら、「engage」ボタンと「aspirate」ボタンを同時に押してください。吸引器が満杯になり、タブが赤くなるまで、反時計回りに切除を続けます。切除したサンプルを最初に回収するには、Z軸ボタンを押して軸を上げ、消耗品であるオスビットの先端の下に0.5 µLマイクロ遠心チューブを配置し、吸引コントロールロッドを素早く押してサンプルをマイクロ遠心チューブに排出します。これで、組織片がマイクロ遠心チューブ内に回収されます。吸引コントロールロッドを強く押し、使用済みの消耗品マルビットを排出します。このビデオで実演しているプロトコルは、結核菌（mycobacterium tuberculosisまたはMTB）に感染し、さまざまな感染段階にあるResus Macaから肺肉芽腫をマイクロダイセクトするために使用されました。リファレンス画像は、活動性感染状態にあるResus MacaのH&amp;E染色された肉芽腫を示しており、ダイセクト対象となる関心領域が緑色で囲まれています。中央の画像は、切り出し前の厚さ5 µmの対応する無染色FFPEスライドを示しています。ソフトウェアを用いて領域の整合を行い、相関する関心領域を緑色で囲んでいます。右側の画像は、切り出し後の同じ無染色FFPEスライドであり、切り出した領域が青色で表示されています。その後、各感染状態で微量切除した肉芽腫からRNAを抽出し、その結果を本表に示します。RNA濃度はNanoDropを用いて測定しました。次に、RNAを増幅・精製し、逆転写してcDNAを調製し、16 sリボソームサブユニットに関するRT-PCRを行いました。これにより、MTBリボソームサブユニット16 sの存在、したがってMTBの存在を確認しました。この手順に従い、CDC 1551株からのゲノムDNAおよびMTBのマイクロダイセクトサンプルを標準として使用しました。ゲノミクス、トランスクリプトミクス、およびプロテオミクスに関するさらなる問いに答えるために、DNA、RNA、およびタンパク質抽出などの他の手法を行うことができます。このビデオを視聴することで、肺肉芽腫からのFFPEサンプルのマイクロダイセクト方法について十分に理解できるはずです。この手順はMTB感染肺肉芽腫にのみ限定されるものではなく、他の病原体による病変にも適用可能です。

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Research

JoVE Journal

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分子および計算研究のためのツールとしてのマウス乳腺腫瘍からの癌関連線維芽細胞

このプロトコルは、マイクロRNAおよびマルチプレックスタンパク質を同時に検出および定量するためのホルマリン固定パラフィン包埋組織を用いたタンデム免疫蛍光ハイブリダイゼーションアッセイを記述している。...

新しい検出および定量法としてのロック核酸 in situ ハイブリダイゼーションによるマイクロRNA増幅と認識

本プロトコルは、パラホルムアルデヒド固定および最適切断温度化合物埋め込みマウス肝組織の定義された組織領域からRNAをレーザーキャプチャマイクロ解剖を用いて単離し、ターゲットを絞った下流遺伝子発現解析を可能にする方法を説明しています。...

パラホルマルデヒド固定マウス肝組織のレーザーキャプチャ顕微解剖によるRNA解析

ここでは、減衰BSL-2承認の 結核菌...

初期血管内感染中のマウス肺における減弱型自生 性結核菌 のインバイタルイメージング

学ぶメソディセクション技術を用いた結核菌感染肺肉芽腫からのRNA抽出法。ホルマリン固定パラフィン包埋切片を用いて、全遺伝子発現解析を実施し、病原菌の遺伝子発現を解明する。

回復への新規マイクロダイセクションアプローチ

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