マイクロRNAトランスクリプトームの転写因子依存性調節を記述する

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2016年6月15日

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Uri Rozovski¹ , Inbal Hazan-Halevy² , George Calin³ , David Harris⁴ , Ping Li⁴ , Zhiming Liu⁴ , Michael J. Keating⁴ , Zeev Estrov⁴

¹Division of Hematology, Davidoff Cancer Center, Rabin Medical Center, ²The Center of Nanoscience and Nanotechnology, Tel Aviv University, ³Experimental Therapeutics, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, ⁴Department of Leukemia, The University of Texas MD Anderson Cancer Center

ここでは、関心のある転写因子を標的とする小さなヘアピン(sh)RNAで細胞をトランスフェクションした後、公開されているデータ、計算リソース、およびマイクロRNAアレイからのハイスループットデータを使用して、目的の転写因子がマイクロRNAトランスクリプトームに及ぼす影響を研究する戦略を提案します。

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転写因子調節

H3K4me3エピジェネティックシグネチャー

ChIPシーケンシング

shRNAトランスフェクション

マイクロRNAアレイ

STAT3ノックダウン

慢性リンパ性白血病

ウェスタンブロッティング

Chapters in this video

0:05

タイトル

1:02

マイクロRNAプロモーター領域における転写因子結合部位のデータマイニング

2:20

293ヒト胚性腎細胞株を用いたshRNA含有レンチウイルスの作製

4:03

レンチウイルス含有shRNAの細胞へのトランスフェクション

5:48

結果：STAT3のshRNAによるダウンレギュレーションがCLL細胞におけるマイクロRNAの顕著な発現変化を誘導する

6:30

結論

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