Name: 糖鎖ノード分析：グライコミクスへのボトムアップアプローチ (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-05-22T15:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 36 s
Description: 学ぶボトムアップ型グライコミクス手法で、糖鎖を連結特異的単糖に分解しGC-MSで検出する。疾患関連の糖鎖特徴を単一信号に抽出し、早期がん検出など病態解析に応用可能。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

この作業は、アリゾナ州立大学のリベラルアーツ・アンド・サイエンス学部によって、CRBへの研究室設立資金の形で支援されました。また、フリン財団からの助成金(助成金番号1977)と、国立衛生研究所の国立がん研究所による賞番号R33CA191110の支援も受けました。JAは、国立衛生研究所(NIH)の国立総合医科学研究所(National Institute of General Medical Sciences)のポストバカラル研究教育プログラム(PREP)の助成を受け、R25GM071798号で受賞しました。内容は著者の責任であり、必ずしも国立衛生研究所の公式見解を表すものではありません。

<ol><li>Li, M., Song, L., Qin, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycan+changes%3A+cancer+metastasis+and+anti-cancer+vaccines%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biosciences%22%5BJournal%5D)">Glycan changes: cancer metastasis and anti-cancer vaccines.</a> J Biosciences. 35 (4), 665-673 (2010).</li>
<li>Stanley, P., Schachter, H., Taniguchi, N. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aStanley%2C+P+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Ch. 8: N-Glycans(2009).</li>
<li>Apweiler, R., Hermjakob, H., Sharon, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+frequency+of+protein+glycosylation%2C+as+deduced+from+analysis+of+the+SWISS-PROT+database%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">On the frequency of protein glycosylation, as deduced from analysis of the SWISS-PROT database.</a> Biochim Biophys Acta. 1473 (1), 4-8 (1999).</li>
<li>Brockhausen, I., Schachter, H., Stanley, P. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBrockhausen%2C+I+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Ch. 9: O-GalNAc Glycans (2009).</li>
<li>Rini, J., Esko, J., Varki, A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aRini%2C+J+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Ch. 5: Glycosyltransferases and Glycan-processing Enzymes (2009).</li>
<li>Gercel-Taylor, C., Bazzett, L. B., Taylor, D. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Presence+of+aberrant+tumor-reactive+immunoglobulins+in+the+circulation+of+patients+with+ovarian+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gynecol+Oncol%22%5BJournal%5D)">Presence of aberrant tumor-reactive immunoglobulins in the circulation of patients with ovarian cancer.</a> Gynecol Oncol. 81 (1), 71-76 (2001).</li>
<li>An, H. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+of+glycans+in+serum+for+the+discovery+of+potential+biomarkers+for+ovarian+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Profiling of glycans in serum for the discovery of potential biomarkers for ovarian cancer.</a> J Proteome Res. 5 (7), 1626-1635 (2006).</li>
<li>Kanoh, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+serum+IgG+oligosaccharide+chains+with+prostate+cancer+progression%5BTitle%5D)+AND+%22Anticancer+Res%22%5BJournal%5D)">Changes in serum IgG oligosaccharide chains with prostate cancer progression.</a> Anticancer Res. 24 (5B), 3135-3139 (2004).</li>
<li>Kyselova, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alterations+in+the+serum+glycome+due+to+metastatic+prostate+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Alterations in the serum glycome due to metastatic prostate cancer.</a> J Proteome Res. 6 (5), 1822-1832 (2007).</li>
<li>Okuyama, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fucosylated+haptoglobin+is+a+novel+marker+for+pancreatic+cancer%3A+a+detailed+analysis+of+the+oligosaccharide+structure+and+a+possible+mechanism+for+fucosylation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Cancer%22%5BJournal%5D)">Fucosylated haptoglobin is a novel marker for pancreatic cancer: a detailed analysis of the oligosaccharide structure and a possible mechanism for fucosylation.</a> Int J Cancer. 118 (11), 2803-2808 (2006).</li>
<li>Zhao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycoprotein+microarrays+with+multi-lectin+detection%3A+unique+lectin+binding+patterns+as+a+tool+for+classifying+normal%2C+chronic+pancreatitis+and+pancreatic+cancer+sera%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Glycoprotein microarrays with multi-lectin detection: unique lectin binding patterns as a tool for classifying normal, chronic pancreatitis and pancreatic cancer sera.</a> J Proteome Res. 6 (5), 1864-1874 (2007).</li>
<li>Comunale, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+analysis+of+serum+associated+fucosylated+glycoproteins+in+the+development+of+primary+hepatocellular+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Proteomic analysis of serum associated fucosylated glycoproteins in the development of primary hepatocellular carcinoma.</a> J Proteome Res. 5 (2), 308-315 (2006).</li>
<li>Goldman, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+Hepatocellular+Carcinoma+Using+Glycomic+Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Detection of Hepatocellular Carcinoma Using Glycomic Analysis.</a> Clin Cancer Res. 15 (5), 1808-1813 (2009).</li>
<li>Aurer, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aberrant+glycosylation+of+Igg+heavy+chain+in+multiple+myeloma%5BTitle%5D)+AND+%22Coll+Antropol%22%5BJournal%5D)">Aberrant glycosylation of Igg heavy chain in multiple myeloma.</a> Coll Antropol. 31 (1), 247-251 (2007).</li>
<li>Abd Hamid, U. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+strategy+to+reveal+potential+glycan+markers+from+serum+glycoproteins+associated+with+breast+cancer+progression%5BTitle%5D)+AND+%22Glycobiology%22%5BJournal%5D)">A strategy to reveal potential glycan markers from serum glycoproteins associated with breast cancer progression.</a> Glycobiology. 18 (12), 1105-1118 (2008).</li>
<li>Kyselova, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Breast+cancer+diagnosis+and+prognosis+through+quantitative+measurements+of+serum+glycan+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Chem%22%5BJournal%5D)">Breast cancer diagnosis and prognosis through quantitative measurements of serum glycan profiles.</a> Clin Chem. 54 (7), 1166-1175 (2008).</li>
<li>Hongsachart, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycoproteomic+analysis+of+WGA-bound+glycoprotein+biomarkers+in+sera+from+patients+with+lung+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Glycoproteomic analysis of WGA-bound glycoprotein biomarkers in sera from patients with lung adenocarcinoma.</a> Electrophoresis. 30 (7), 1206-1220 (2009).</li>
<li>Arnold, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+glycan+biomarkers+for+the+detection+of+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Novel glycan biomarkers for the detection of lung cancer.</a> J Proteome Res. 10 (4), 1755-1764 (2011).</li>
<li>Bones, J., Mittermayr, S., O'Donoghue, N., Guttman, A., Rudd, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra+performance+liquid+chromatographic+profiling+of+serum+N-glycans+for+fast+and+efficient+identification+of+cancer+associated+alterations+in+glycosylation%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Ultra performance liquid chromatographic profiling of serum N-glycans for fast and efficient identification of cancer associated alterations in glycosylation.</a> Anal Chem. 82 (24), 10208-10215 (2010).</li>
<li>Kodar, K., Stadlmann, J., Klaamas, K., Sergeyev, B., Kurtenkov, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immunoglobulin+G+Fc+N-glycan+profiling+in+patients+with+gastric+cancer+by+LC-ESI-MS%3A+relation+to+tumor+progression+and+survival%5BTitle%5D)+AND+%22Glycoconj+J%22%5BJournal%5D)">Immunoglobulin G Fc N-glycan profiling in patients with gastric cancer by LC-ESI-MS: relation to tumor progression and survival.</a> Glycoconj J. 29 (1), 57-66 (2012).</li>
<li>Chen, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+IgG+Fc-glycosylation+profiling+reveals+associations+with+age%2C+sex%2C+female+sex+hormones+and+thyroid+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Human IgG Fc-glycosylation profiling reveals associations with age, sex, female sex hormones and thyroid cancer.</a> J Proteomics. 75 (10), 2824-2834 (2012).</li>
<li>Takeda, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fucosylated+haptoglobin+is+a+novel+type+of+cancer+biomarker+linked+to+the+prognosis+after+an+operation+in+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer%22%5BJournal%5D)">Fucosylated haptoglobin is a novel type of cancer biomarker linked to the prognosis after an operation in colorectal cancer.</a> Cancer. 118 (12), 3036-3043 (2012).</li>
<li>Parekh, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Association+of+rheumatoid+arthritis+and+primary+osteoarthritis+with+changes+in+the+glycosylation+pattern+of+total+serum+IgG%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Association of rheumatoid arthritis and primary osteoarthritis with changes in the glycosylation pattern of total serum IgG.</a> Nature. 316 (6027), 452-457 (1985).</li>
<li>Mehta, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increased+levels+of+galactose-deficient+anti-Gal+immunoglobulin+G+in+the+sera+of+hepatitis+C+virus-infected+individuals+with+fibrosis+and+cirrhosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Increased levels of galactose-deficient anti-Gal immunoglobulin G in the sera of hepatitis C virus-infected individuals with fibrosis and cirrhosis.</a> J Virol. 82 (3), 1259-1270 (2008).</li>
<li>Horvat, T., Zoldoš, V., Lauc, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolutional+and+clinical+implications+of+the+epigenetic+regulation+of+protein+glycosylation%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Epigenetics%22%5BJournal%5D)">Evolutional and clinical implications of the epigenetic regulation of protein glycosylation.</a> Clinical Epigenetics. 2 (2), 425-432 (2011).</li>
<li>Zoldoš, V., Novokmet, M., Bečeheli, I., Lauc, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomics+and+epigenomics+of+the+human+glycome%5BTitle%5D)+AND+%22Glycoconj+J%22%5BJournal%5D)">Genomics and epigenomics of the human glycome.</a> Glycoconj J. 30 (1), 41-50 (2013).</li>
<li>Lowe, J. B., Marth, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genetic+approach+to+Mammalian+glycan+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">A genetic approach to Mammalian glycan function.</a> Annu Rev Biochem. 72, 643-691 (2003).</li>
<li>Tuccillo, F. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aberrant+Glycosylation+as+Biomarker+for+Cancer%3A+Focus+on+CD43%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Aberrant Glycosylation as Biomarker for Cancer: Focus on CD43.</a> Biomed Res Int. , (2014).</li>
<li>Varki, A., Kannagi, R., Toole, B. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aVarki%2C+A+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Ch. 44: Glycosylation Changes in Cancer (2009).</li>
<li>Brockhausen, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin-type+O-glycans+in+human+colon+and+breast+cancer%3A+glycodynamics+and+functions%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+reports%22%5BJournal%5D)">Mucin-type O-glycans in human colon and breast cancer: glycodynamics and functions.</a> EMBO reports. 7 (6), 599-604 (2006).</li>
<li>Ohtsubo, K., Marth, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycosylation+in+cellular+mechanisms+of+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Glycosylation in cellular mechanisms of health and disease.</a> Cell. 126 (5), 855-867 (2006).</li>
<li>Bertozzi, C. R., Sasisekharan, R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBertozzi%2C+CR+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Ch 48 Glycomics (2009).</li>
<li>Borges, C. R., Rehder, D. S., Boffetta, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+surrogate+analysis+of+glycotransferase+activity+in+whole+biospecimens%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Multiplexed surrogate analysis of glycotransferase activity in whole biospecimens.</a> Anal Chem. 85 (5), 2927-2936 (2013).</li>
<li>Mcinnes, A. G., Ball, D. H., Cooper, F. P., Bishop, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+of+Carbohydrate+Derivatives+by+Gas-Liquid+Partition+Chromatography%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chromatogr%22%5BJournal%5D)">Separation of Carbohydrate Derivatives by Gas-Liquid Partition Chromatography.</a> J Chromatogr. 1 (6), 556-557 (1958).</li>
<li>Ciucanu, I., Caprita, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Per-O-methylation+of+neutral+carbohydrates+directly+from+aqueous+samples+for+gas+chromatography+and+mass+spectrometry+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">Per-O-methylation of neutral carbohydrates directly from aqueous samples for gas chromatography and mass spectrometry analysis.</a> Anal Chim Acta. 585 (1), 81-85 (2007).</li>
<li>Ciucanu, I., Kerek, F. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/0008621584852428">A simple and rapid method for the permethylation of carbohydrates.</a> Carbohydr Res. 131, 209-217 (1984).</li>
<li>Kang, P., Mechref, Y., Klouckova, I., Novotny, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solid-phase+permethylation+of+glycans+for+mass+spectrometric+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Rapid+Commun+Mass+Sp%22%5BJournal%5D)">Solid-phase permethylation of glycans for mass spectrometric analysis.</a> Rapid Commun Mass Sp. 19 (23), 3421-3428 (2005).</li>
<li>Kang, P., Mechref, Y., Novotny, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+solid-phase+permethylation+of+glycans+prior+to+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Rapid+Commun+Mass+Sp%22%5BJournal%5D)">High-throughput solid-phase permethylation of glycans prior to mass spectrometry.</a> Rapid Commun Mass Sp. 22 (5), 721-734 (2008).</li>
<li>Goetz, J. A., Mechref, Y., Kang, P., Jeng, M. H., Novotny, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycomic+profiling+of+invasive+and+non-invasive+breast+cancer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Glycoconj+J%22%5BJournal%5D)">Glycomic profiling of invasive and non-invasive breast cancer cells.</a> Glycoconj J. 26 (2), 117-131 (2009).</li>
<li>Goetz, J. A., Novotny, M. V., Mechref, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymatic%2Fchemical+release+of+O-glycans+allowing+MS+analysis+at+high+sensitivity%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Enzymatic/chemical release of O-glycans allowing MS analysis at high sensitivity.</a> Anal Chem. 81 (23), 9546-9552 (2009).</li>
<li>Mulloy, B., Hart, G. W., Stanley, P. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMulloy%2C+B+%22Essentials+of+Glycobiology%22">Essentials of Glycobiology</a>. Varki, A., et al. , 2nd, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. New York. Ch. 47: Structural Analysis of Glycans (2009).</li>
<li>Seed, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Silanizing+glassware%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Immunol%22%5BJournal%5D)">Silanizing glassware.</a> Curr Protoc Immunol. 21, A.3K.1-A.3K.2 (1997).</li>
<li>Stellner, K., Saito, H., Hakomori, S. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+aminosugar+linkages+in+glycolipids+by+methylation.+Aminosugar+linkages+of+ceramide+pentasaccharides+of+rabbit+erythrocytes+and+of+Forssman+antigen%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Biochem+Biophys%22%5BJournal%5D)">Determination of aminosugar linkages in glycolipids by methylation. Aminosugar linkages of ceramide pentasaccharides of rabbit erythrocytes and of Forssman antigen.</a> Arch Biochem Biophys. 155 (2), 464-472 (1973).</li>
</ol>

著者らは開示するものは何もない。

一般的には、ヘキソースから部分的にメチル化アルジトールアセテート（PMAAs）の成功した生産が少ないの困難をはらんでいるとN -acetylhexosamine（のHexNAc）PMAAsの成功の生産よりも堅牢です。それは、この手順のすべての段階で演じているように、この現象の背後にある正確なメカニズムは不明であるが、ヘキソースへのHexNAcの相対的に一意である（という水酸基以外）N -アセチル基のユニークな化学的性質に関係する必要があります。それは酸加水分解に関連するこの現象の背後にあるメカニズムは、要するに他の場所。43について説明したが、N個の -methylacetamidoを積極的酸加水分解中に充電になるための能力は、酸加水分解に耐性のグリコシド結合を作ります。 Nの -acetyllactosamineの分析のために上述したように、これはヘキソースへのHexNAcの相対低収率（合計のHexNAc +ヘキソース信号の11.3％ではなく、全体の50％）を説明します。注目すべきことに、この比較的LHexNAcのowerの収量は、複雑な生体...

糖脂質、糖タンパク質、プロテオグリカン、及びグリコサミノグリカンをまとめグリカンとして知られている複雑な、異種の炭水化物の4つの主要なクラスを構成しています。原形質膜、糖衣、細胞外マトリックス及び体液のようなユビキタス及び積分成分、グリカンは、エンドサイトーシス、細胞内輸送、細胞運動性、シグナル伝達、分子認識、受容体活性化、細胞接着、宿主 - 病原体相互作用のような多様な生化学的プロセスに参加、細胞間コミュニケーション、免疫学、および免疫応答の開始。生活のほぼすべてのドメイン内の1本は、グリカンポリマーを構築するグリコシルトランスフェラーゼとして知られている酵素は、改造を構築するために（もグリカンを分解するグリコシダーゼ、として知られている）グリコシドヒドロラーゼと連携して行動しますそして最終的に確定グリカンポリマー2を生成します 。各糖転移酵素は、異なる複合糖質の糖転移酵素を操作することができるが、一般的求核アクセプターの特定のカテゴリ（ 例えば、脂質、ポリペプチド、核酸、または成長に特定の活性化されたヌクレオチド糖供与体（ 例えば、GDP-フコース）の単糖類部分を転送することによってlinkage-とアノマー固有のグリコシド結合を偽造オリゴ糖）。タンパク質の50％以上（特に膜および分泌タンパク質）は、翻訳後グリコシル化によって修飾されていると推定されている3初歩的な組み合わせの計算がグリコシル化によって糖タンパク質に従うかなりのばらつき、汎用性、および特異性についての評価を提供します。例えば、ポリペプチド基質は、わずか10グリコシル化部位を持っている場合、それぞれのサイトには、還元末端のみ3つの異なる単糖の1でグリコシド結合を形成することができ、その後、理論的には、最終的な糖タンパク質は、3 10 = 59049明確なアイデンティティをとることができます。糖タンパク質では、グリコシド結合は、一般的に、側鎖の窒素Oで形成します配列Asn-X-Ser / Thr中のFのアスパラギン残基（Xはプロリンを除く任意のアミノ酸であり得る）Oの -glycans 4を得N -glycans 2及びセリン及びスレオニン残基の側鎖ヒドロキシルを得ました。いくつかの例外を除いて、グリコシルトランスフェラーゼには厳格なドナー、アクセプター、およびリンケージ特異性を示す、ため、細胞のグライコーム（ すなわち、グリコシル化製品のその相補）の組成は、ユニークで制限されています。5重要と豊富な血漿糖タンパク質は、下流の結果として異常なグリコシル化を被ります多くの病理学的状態に起因する異常な糖転移酵素の発現および活性、特に癌および炎症性疾患。6月24日の主にエピジェネティックな要因に起因して、グライコームは、哺乳動物ゲノムの約1％が形成、変更をコード化しながら。かなり25,26プロテオームとトランスクリプトームよりも、多様でダイナミック、かつ複雑であり、グリカンのアセンブリは、非テンプレート駆動型の方法でマークされた対照的に27のグリコシル化が進行は、ポリペプチドおよび核酸生合成します。グリコシル化酵素や栄養素や前駆体可用性などの環境要因の相対的な量と活動の間の相互作用は、最終的にグリコシル化の性質、速度、および程度を決定する。5,28胚（ 例えば、決意と分化）、細胞活性化、および進行を通して細胞周期に影響を与える遺伝子発現（ すなわち、転写および翻訳）とは、その活性が、細胞のグリカンプロファイルのすぐ上流の決定要因である利用可能なグリコシルトランスフェラーゼの正体と量を変えます。 （の一部）は、増殖、接着剤、および癌細胞の浸潤特性は、通常の胚形成細胞のもの、グリカン生合成経路の特定の変化（ 例えば、前駆体の蓄積、調節解除された表現、aberranに似ているので。トンの変更、構造切り捨て、または新規の形成が）ユニバーサル癌腫瘍形成の様々な段階を示すバイオマーカー、進行、遊走、および浸潤として働く29グリコシル化は非常に複雑であるが、明らかにグリコシル化における唯一の少数の変化は、発癌および転移を有効にすることができます。どう ​​やら、特定の「異常な」グリコシル化製品が実際に免疫認識を回避し、無愛想な血管内および転移性環境での移行の要求を生き残るためにそれらを可能にすることによって、癌細胞に利益をもたらす。28,30,31驚くことではないが、実験では、変更されたのパターンを中断または予防することを明らかにしました遺伝子発現および異常なグリカン形成はそれにもかかわらず。29腫瘍形成を停止させることができ、生体液試料（ 例えば、尿、唾液、および血漿または血清）で検出された異常なグリカンは、癌（または別の疾患）の直接的な指標ではないかもしれないが、むしろ下流微妙なまだ重要なの成果免疫系または予測不可能な器官における悪性状態の定量化可能な波及効果の変化。32 彼らはグライコームについて、汎用的に提供するが、多くの分子間相互作用ベースのグライコミクス技術（ 例えば、レクチン/抗体アレイおよび代謝/共有結合標識）は、全グリカン構造の検出に依存し、個々のグリカンについての詳細な構造情報を提供していません。著しく対照的に、質量分析（MS）は、個々のグリカン構造を同定し、定量化することができ、そしてポリペプチドのコアへの結合部位のような構造情報を明らかにする。唯一の糖転移酵素の調節解除された発現または活性は、複数のグリコシル化経路における有害な分子事象のカスケードを開始することができます。各糖転移酵素が複数の複合糖質基板上に、異なる成長グリカンポリマー全体に動作することができるので、調節解除された生合成カスケードがdisproporをもたらします一つだけグリカン製品のtionally増加量が、細胞内又は細胞外液中の異常なグリカンのいくつかの不均質なクラス。33大きなプールに比べて、しかし、このようなユニークな異常なグリカンは、時々 、癌または他のグリカン-感情の病状のためのバイオマーカーとして実用的でないと考えられていますよく調整されたグリカン、これらの異常なグリカンは、多くの場合であっても、質量分析などの高感度技術では検出できないままであってもよい非常に小さな割合を表します。例えば、細胞内および細胞外体液中の、（大きさの8オーダーに及ぶ）幅広いタンパク質濃度スペクトルは、より豊富な種によってマスクされる希少糖タンパク質の検出を防止することができる。 図32はまた、グリコシルトランスフェラーゼ活性を決定することは実用的でかなりのままそして多くの糖転移酵素は、臨床生体液中に存在しないか、またはex vivoで非アクティブになっているので、理論上の課題。 consistenの難しさにもかかわらず、TLYユニークな全体グリカンの超微量を検出および定量、質量分析の実践者は、臨床マーカーとしてそのままグリカンを採用に向けて多大な進歩を遂げてきました。我々は最近、一緒に各グリカンに一意性を付与するすべての構成要素の分岐点とリンケージ固有の単糖類（「グリカンノード」）の検出を容易にし、多くのでは、GC-MSを用いて、無傷のグリカンの分析に相補的なアプローチを開発しました例は、直接過失糖転移酵素（複数可）の相対活性を定量化する分子代理としての役割を果たす。 その第一は、1958年グリカン分析への直接適用を報告しているので、ガスクロマトグラフィー（GC）は、34単位のメチル化単糖および二糖の分析それらのアノマーと絶対配置を決定し、その後の質量分析のためにそれらを分離するための強力な技術であることが証明された。35 1984年と2007年、Ciucanuや同僚の間で導入し、水とクロロホルムを使用して、過メチル化グリカンの液/液抽出し、水酸化ナトリウムおよびヨードメタンを用い、固相グリカン過メチル化技術を、洗練された。2005年から2008年の間に35,36、カンと共同研究者は、時間節約のスピンを統合しました過メチル化のステップへ-カラムのアプローチ。2008年には37,38は 、ゲッツの研究グループは、比較し、潜在的に侵襲的および非区別するために、マトリックス支援レーザー脱離イオン化（MALDI）質量分析法を用いた糖鎖プロファイリング法過メチル化定量的な固相を考案しましたその後、2009年に、ゲッツチームを合わせ、酵素および化学リリース技術が高度にアルカリ性の固相過メチル化方式で、無傷の糖タンパク質からO -glycansを切断する39 40ゲッツ手続きが同時過メチル化や化学物質放出を促進しているが、-invasive乳癌細胞。 Oの -glycansの、それだけ予め絶縁糖に適用されましたタンパク質。私たちは2013年にこの技術を修正し、トリフルオロ酢酸（TFA）加水分解、還元、アセチル化手順を組み込むことによって、全体の未分画生体液と均質化した組織サンプルのためにそれを適応さ。33これらの追加の手順はまた、糖脂質からグリカンを放出し、Nは、糖タンパク質および変換からグリカンを-結合しました特徴的なメチル化およびアセチル化パターンを一意的にGC-MSにより分析を容易に元の完全なグリカンポリマー41（ 図2）で構成グリカンノードを特徴付ける部分メチル化アルジトールアセテート（PMAAs、 図1）に彼ら。33最終的に、この手順は、「コアのフコシル化」、「6 - シアル化」、「バイセクティングGlcNAc」、および「ベータ1-6分岐」などユニークなグリカンの機能を直接、相対的な定量化に基づく複雑な生体液中のすべてのグリカンの複合肖像画を生成します - 各単一GC-MSのchromatograp由来HICピーク。この記事では、相対定量のモードの改善に伴って、さらに過メチル化の最適化、アセチル化、分離、およびクリーンアップの段階を示しています。

<table><tbody><tr><td>水酸化ナトリウムビーズ&nbsp;</td><td>367176</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>20-40メッシュ、試薬グレード97%</td></tr><tr><td>0.9 ml スピンカラム</td><td>69705</td><td>ThermoFisher Scientificのピアス部門&nbsp;</td><td>含まれるもの&nbsp;プラグとポリエチレンフリット&nbsp;</td></tr><tr><td>GC-MS オートサンプラーバイアル (シラン処理)*</td><td>C4000-9</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>Target DP High Recovery Vial, 1.5&nbsp;ml、12&nbsp;mm x 32&nbsp;mm、テフロン裏地付きピアスキャップを含む</td></tr><tr><td>1.5mlポリプロピレン試験管</td><td>05-402-25</td>サー<td>モフィッシャーサイエンティフィック&nbsp;</td><td>スナップキャップ蓋</td></tr><tr><td>2mlポリプロピレン試験管</td><td>05-408-138</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック&nbsp;</td><td>スナップキャップ蓋</td></tr><tr><td>ジメチルスルホキシド(DMSO)</td><td>D8418</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>分子生物学用BioReagent、試薬グレード>99.0%</td></tr><tr><td>ヨードメタン&nbsp;</td><td>I8507</td><td>シグマ・アルドリッチ&nbsp;</td><td>安定剤として銅を配合、試薬プラス99%</td></tr><tr><td>アセトニトリル</td><td>A955-4</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック&nbsp;</td><td>OptimaのLC/MS</td></tr><tr><td>微量遠心分離75002436機</td><td>:Sorvall Legend Micro 17遠心分離機</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>24 x 1.5/2.0ローター、ClickSealバイオコンテインメントリッド付き。ローターカタログ番号:75003424</td></tr><tr><td>13 x 100ガラス試験管(シラン化)*</td> <td>53283-800</td><td>VWR</td><td>13 mm x 100 mmホウケイ酸ガラス試験管、スクリューキャップ仕上げ</td></tr><tr><td>ガラス試験管用キャップ</td><td>14-930-15D</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック&nbsp;</td><td>キンブル&トレード;ブラックフェノールスクリューキャップ;13&nbsp;mm-415 GPIスレッド;PTFE表面のゴムライナー。</td></tr><tr><td>塩化ナトリウム&nbsp;</td><td>S7653</td><td>シグマ・アルドリッチ&nbsp;</td><td>純度>99.5%</td></tr><tr><td>クロロホルム</td><td>4440-08</td><td>マクロンファインケミカル&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>トリフルオロ酢酸&nbsp;</td><td>299537</td><td>シグマ・アルドリッチ&nbsp;</td><td>タンパク質シーケンシングのための再蒸留により99%精製&nbsp;</td></tr><tr><td>水素化ホウ素ナトリウム</td><td>71321</td><td>Fluka Analytical&nbsp;</td><td>99パーセント</td></tr><tr><td>水酸化アンモニウム溶液&nbsp;</td><td>320145</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>NH3含有量:28.0-30.0%</td></tr><tr><td>メタノール</td><td>AH230-4</td><td>ハネウェルバーディック&ジャクソン</td><td>HPLCグレードの</td></tr><tr><td>酢酸&nbsp;</td><td>320099</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>99.70パーセント</td></tr><tr><td>プラスチック製真空デシケーター&nbsp;</td><td>適切なサイズの任意のモデル</td><td>FoodSaver</td><td></td></tr><tr><td>無水酢酸&nbsp;</td><td>539996</td><td>シグマ・アルドリッチ&nbsp;</td><td>99.50パーセント</td></tr><tr><td>ジクロロメタン&nbsp;</td><td>D143SK-4</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック&nbsp;</td><td>安定化HPLCグレード</td></tr><tr><td>アセトン&nbsp;</td><td>9006-03</td><td>J.T.ベイカー</td><td>ベイカー 分析済み&nbsp;</td></tr><tr><td>加熱蒸発マニホールド(本体)</td><td>pi18823</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック&nbsp;</td><td>Thermo Scientific* Reacti-Therm* 加熱および攪拌モジュール。加熱・攪拌機能付きトリプルブロックモデル</td></tr><tr><td>加熱蒸発マニホールド(オーバーヘッドエバポレーター)</td><td>pi18826</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>ThermoScientific* Reacti-Vap エバポレーター、27 ポート;トリプルブロックReacti-Therm加熱モジュール用</td></tr>、<tr><td>蒸発マニホールド用アルミニウムサンプルホルダーブロック</td>、<td>pi18816</td>、<td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>ブロック、アルミニウム、Reacti-Block S-1、13個入り&nbsp;mm径試験管、13穴(14&nbsp;mm径×45&nbsp;mm deep)</td></tr><tr><td>ガスクロマトグラフ</td><td>A7890型</td><td>Agilent&nbsp;</td><td>CTC PALオートサンプラー搭載</td></tr><tr><td>質量分析計&nbsp;</td><td>GCTプレミア(Time-of-Flight)</td><td>ウォーターズ&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>スプリットモードライナー(非活性化/シラン化)</td><td>5183-4647</td><td>アジレント</td><td>シラン化グラスウールの小さなプラグを含む</td></tr><tr><td>DB-5ms GCカラム</td><td>122-5532</td><td>アジレント</td><td>30 m x 0.25 mm ID x 0.25 ミクロン 膜厚</td></tr><tr><td>クロロトリメチルシラン</td><td>95541</td><td>シグマ-アルドリッチ&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>ガラス製真空デシケーター(ガラス製品のシラン化用)</td><td>EW-06536-30</td><td>コールパーマー</td><td>12インチ幅; 230 mm プレートサイズ</td></tr><tr><td colspan="4">*ガラス製品のシリカン化は、大型のガラス製真空デシケーターでクロロトリメチルシラン蒸気を使用して社内で一晩中行われます。</td></tr></tbody></table>

糖鎖ノード分析：グライコミクスへのボトムアップアプローチ

Glycan Node Analysis: A Bottom-up Approach to Glycomics

糖鎖は、糖転移酵素と呼ばれる酵素によって非テンプレート駆動型のプロセスで合成され、さまざまな重要な細胞内および細胞外のイベントの主要なプレーヤーです。多くの病的状態、特に癌は遺伝子発現に影響を及ぼし、その結果、配糖体加水分解酵素およびグリコシルトランスフェラーゼ酵素の相対的な存在量と活性レベルが調節解除される可能性があります。糖転移酵素の制御が解除された結果、全糖鎖が異常に発生することが多く、複雑な生体液中に微量に存在することが多く、その検出が困難で、時には確率的になることもあります。しかし、適切なサンプル調製により、最も古い形態の質量分析の1つ(ガスクロマトグラフィー-質量分析、GC-MS)は、複雑な生体液中に存在する分岐点および連鎖特異的な単糖(「糖鎖ノード」)の収集を日常的に検出できます。従来のトップダウングライコミクス技術を補完するアプローチでは、サンプル中の各構成糖鎖ノードを収集して単一の独立した分析シグナルに凝縮することで、グライコーム全体の変化に関する詳細な構造的および定量的情報を提供し、制御解除される可能性のある糖転移酵素を明らかにします。本明細書で提供されるペルメチル化およびその後の液体/液体抽出段階の改善により、パーメチル化グリカンのアルカリ性水性条件への曝露が最小限に抑えられることにより、再現性および全体的な収率が向上する。アセチル化段階の修飾により、反応の程度と全体的な収率がさらに増加します。その再現性にもかかわらず、N-アセチルヘキソサミン(HexNAc)の部分的パーメチル化アルジトールアセテート(PMAA)の全体的な収率は、ヘキソースPMAAと比較して予想される理論値よりも本質的に低いことが示されています。個々のヘキソースPMAA(またはHexNAc PMAA)の抽出イオンクロマトグラム(XIC)下の面積と、すべてのヘキソース(またはHexNAcs)のXIC面積の合計の比を計算することで、サンプル中の個々の糖鎖ノードの相対定量を容易にする新しい標準化方法が得られます。現在、検出の絶対限界の点で制約されていますが、この方法は臨床生体液の分析を迅速化し、従来のトップダウングライコミクスを補完するアプローチとして大きな期待を示しています。

相対的な2つの重要な過メチル化のステップが正しく実行された場合に成功した過メチル化、加水分解、還元、およびヒト血漿サンプルのアセチル化を示す全イオン電流クロマトグラム（TIC）は、 図3に示されています。 ヘキソースへのHexNAcの相対の絶対収量 ： N -acetylhexosamine（のHexNAc）部分メチル化アルジトールアセテート（PMAAs）はヘキソースよりも低い利回りを有する傾向がある。43ヘキソースへのHexNAcの相対的な絶対的な収量を推定するために、N個の -acetyllactosamineの6の10μgのサンプル（Gal1-4GlcNAc二糖）で10μlの水を分析しました。末端ガラクトース（T-...

この記事は、GC-MSによる検出のために、糖鎖をそれらの構成結合特異的単糖類に化学的に分解することにより、未分画生体流体中の糖鎖のプール組成プロファイルを分析するように設計された新しいボトムアップグライコミクス技術の強化形を提示します。潜在的なアプリケーションには、がんやその他の糖鎖影響性疾患の早期発見が含まれます。

Synthesized in a non-template-driven process by enzymes called glycosyltransferases, glycans are key players in various significant intra- and ...

本手順の全体的な目的は、単糖組成および結合情報を保持したまま、生物学的サンプル中のすべての糖鎖を分解することです。これにより、シアル酸の過剰修飾や分枝型のN-アセチルグルコサミンといった興味深い糖鎖の特徴を、単一の分析シグナルへと集約することが容易になります。本手法は、特定の疾患状態でどの特異的な糖鎖特徴が変化しているかなど、グリコミクス分野における重要な疑問に直接的に答えるのに役立ちます。この手法の主な利点は、β 1-6分岐やコアフコシル化など、疾患において変化しやすい糖鎖の特徴が、複数の完全な糖鎖に分散することなく、単一の分析シグナルとして抽出されることです。一般的に、この方法を行う個人は、新鮮にパーメチル化された糖鎖の処理不備によるN-アセチルシステインの収率低下に非常に苦慮します。まず、各生体分析物を9 µLずつ別々の1.5 mL試験管に移し、サンプルを調製します。各サンプルに、脱イオン水 1 µL と高純度 DMSO 270 µL を加えます。その後、ボルテックスミキサーで激しく混合します。サンプルの調製後、テキストプロトコルに従って水酸化ナトリウムを充填したスピンカラムを組み立てます。分析用シリンジを用いて、各分析物に105 µLのヨードメタンを加え、直ちにチューブにキャップをします。サンプルを十分にボルテックスします。あらかじめ準備しておいたスピンカラムを脱着し、2,400 Gで15秒間遠心分離します。リザーバーチューブと流出液を廃棄した後、カラムを再度装着し、各分析物ごとにラベルを貼った新しいチューブに入れます。1000 µLのピペットチップを使用して、各分析物溶液を対応するスピンカラムに分注します。分析物溶液を添加した後、200 µLのピペットチップの先端から約2 mL分を曲げ、撹拌棒として使用するためにチップをカラム内に残しておきます。ピペットチップを用いて、2〜3分ごとに1回、カラム内を穏やかに撹拌してください。11分後、カラムのプラグを抜き、2,400 Gsで15秒間遠心分離します。直ちにスピンカラムを取り出し、新しいリザーバーチューブに移します。このとき、ろ液は保存し、プラグは廃棄してください。カラムに300 µLのアセトニトリルを加え、9,600 Gsで30秒間遠心分離します。次に、最初のパーメチル化ろ液を、3.5 mLのリン酸ナトリウム緩衝液を含むシラン処理済みガラス試験管に移します。この際、移した上清が透明であり、固形物が混入していないことを確認してください。プラスチックチューブの底に、小さな白いペレットが形成されます。目に見える固形物を移さないように注意してください。これを怠ると、N-Acetylcysteine-glucosamine glycan notesの収率が低下します。すべてのサンプルの移送が完了したら、直ちにバッチ内の全サンプルをボルテックスします。次に、アセトニトリルのフロースルー液を、それぞれの試験管内の残りの液と合わせます。この際、ここでも固体の白い残渣が混入しないように注意してください。次のサンプルに移る直前に、混合溶液の蓋を閉め、振とうおよびボルテックス処理を行います。パーメチル化後、ドラフトチャンバー内で各試験管に1.2 millilitersのクロロホルムを加えます。その後、試験管の蓋を閉め、内容物を激しく混合します。層を分離させるため、溶液を3,000 Gsで短時間遠心分離します。パスツールピペッティングヘッドを使用して、上層の水層の大部分を抽出して廃棄し、約three millilitersを残します。0.2 molarのリン酸ナトリウム緩衝液を3.5 milliliters加え、試験管に蓋をして混合し、遠心分離します。この液液抽出ステップを計3回繰り返します。最終抽出時に水層を約1 mL残します。次に、クリーンなシラン化パスチャーパイプヘッドを用いて、テキストプロトコルに記載されている通り、クロロホルム層をラベル付きのクリーンなシラン化ガラス試験管に慎重に移します。75 °Cに設定して予熱したエバポレーションマニホールド内で、緩やかな窒素ガス流下でサンプルを乾燥させます。ガスフローが液面に干渉するように調整しますが、液が飛散しないようにしてください。サンプルが乾燥したら、加水分解の準備が完了です。各サンプルに2 Mのトリフルオロ酢酸（TFA）を325 µL加え、十分に混合します。TFAの蒸発およびその後の加熱ステップにおけるサンプルの損失を防ぐため、すべてのサンプルに添加した直後に各サンプルチューブのキャップをしっかりと締めます。糖鎖を加水分解させるため、サンプルを121 °Cで2時間インキュベートします。サンプルのインキュベーション中に、再度、蒸発マニホールドを75 °Cに準備します。インキュベーション後、エバポレーションマニホールド内で窒素気流を当ててサンプルを乾燥させます。乾燥時間を最小限に抑えるため、サンプルの乾燥状態を頻繁に確認してください。各サンプルに 10 g/L 水素化ホウ素ナトリウムを 475 µL 加えます。その後、サンプルを十分に混合し、残渣を完全に溶解させます。試験管に蓋をし、還元反応を1時間継続させます。次に、各サンプルに63 µLのメタノールを加えます。サンプルを混合し、窒素気流下、75 °Cで乾燥させる。各サンプルに125 µLの酢酸メタノール溶液を加える。再度サンプルを混合し、窒素気流下、75 °Cで乾燥させる。サンプルを真空下に20分間置き、完全に乾燥させます。乾燥後、各サンプルに18 µLの脱イオン水を加えます。次に、サンプルを短時間遠心分離し、沈殿物を溶解させるためによく混合します。次に、各チューブに250 µLの無水酢酸を加えます。チューブにキャップをし、十分にボルテックスした後、ウォーターバスで2分間超音波処理を行い、残渣を完全に溶解させます。その後、サンプルを50 °Cで10分間インキュベートします。次に、各サンプルに230 µLの濃縮TFAを加えます。サンプルにキャップをして混合した後、内部温度50 °Cで10分間インキュベートします。各サンプルに1.8 mLのジクロロメタンを加え、十分に混合します。次に、チューブに2 mLの脱イオン水を加え、液液抽出を2回行います。シラン化処理したパスチャーピペットでジクロロメタン層を回収します。オートサンプラーバイアルに移し、74 °Cで窒素気流下でサンプルを乾燥させます。GC-MS分析の前に、各サンプルを120 µLのアセトンで再構成し、キャップを閉めて十分に混合します。スプリットモードにおいて、オートサンプラーを用いて各サンプル1 µLをGCスプリットモードライナーに注入します。飛行時間型質量分析計の場合、スプリット比40、ヘリウムガスの定流量モード0.8 mL/minを推奨します。325 °Cに達する2段階のグラジエントを用いてサンプルを分析します。溶出するサンプル成分に電子イオン化を施します。飛行時間型質量分析計を用い、パルス合算時間を0.1秒として、m/z 40から800のフラグメントを分析します。本プロトコルの感度を実証するため、生物学的サンプルを慎重に処理しました。得られたクロマトグラムでは、比較および分析を容易にするため、目的生成物のピーク間に適切な強度が得られています。その後、同一の開始生物学的サンプルを用いて、同様の手順で処理を行いました。しかし、NaOHカラムでろ過されたパーメチル化溶液中の白色残渣が、その後の液液抽出用混合液に混入しました。その結果、クロマトグラムでは、同一の主要サンプル生成物のピーク強度の比率に差が生じています。直接比較すると、その差は顕著です。2番目のクロマトグラムにおいて、4位結合N-アセチルグルコサミンのピークが明らかに低下していることは、パーメチル化および抽出が不成功であったことを示す特徴です。疾患状態における糖鎖組成の差異を検出する本アプローチの有用性を評価するため、正常血漿検体およびがん患者血漿検体から得られた抽出イオンクロマトグラムを2位結合マンノースで標準化し、重ね合わせました。これにより、β1-6分岐やシアル化などの固有の糖鎖特徴における定量的な差異が容易に明らかになります。このビデオを視聴することで、ボトムアップ形式のグリコミクスによる糖鎖ノード解析の実施方法について十分に理解できるはずです。これにより、コアフコシル化、シアル酸の結合状態、および二分枝型グリカンなどの興味深い糖鎖の特徴を、単一の分析シグナルへと集約させることが可能になります。

glycan-node-analysis-a-bottom-up-approach-to-glycomics

Research

JoVE Journal

Chemistry

化学

免疫臓器や細胞内のスフィンゴ糖脂質抗原の発現プロファイルを洞察するための特異的かつ高感度の方法が記載されている。この方法は、化学的に合成された基準と比較して、構造解析のためのスフィンゴ糖脂質分子の段階的な断片化を許可するイオントラップ質量分析法を活用しています。...

スフィンゴ糖脂質抗原の質量分析

マイクロアレイを用いた植物細胞壁ポリマーの糖鎖プロファイリング

O結合型糖鎖の多様性を包括的に探求するために、ペルメチル化および迅速な相分配法と組み合わせた新しいゲル内還元的β除去の手順を、SDS-PAGEによって分離され、その後の質量分析による糖鎖分析に適した糖タンパク質から直接放出されるO結合型糖鎖の分析に適用されます。...

質量分析法による総合的なO-結合およびスルホグライコミクスのための改良されたゲル内還元β脱離

血漿中のプロテオミクスとグライコミクスの精製、およびLC-MS/MS定量を組み合わせたハイスループットプロトコルが開発されました。N-結合型グリコシル化モチーフの脱アミド化解析は、脱グリコシル化部位に特異的でした。糖鎖ヒドラジドタグ法による標識では、フィルターを用いたN型糖鎖分離と個別性標準化を組み合わせることで、N型糖鎖の正確な定量が達成されました。...

定量的グライコミクスおよびプロテオミクス複合精製戦略

この作品は、小動物の反炭水化物抗体の解析のための印刷された糖鎖アレイ (PGA)...

印刷された糖鎖の配列: 小動物対策炭水化物抗体のレパートリーの分析のための高感度な技術

オープン検索は、これまで知られていなかった糖鎖組成で装飾された糖ペプチドの同定を可能にする。この記事では、 アシネトバクター・バウマンニを...

アシネトバクター・バウマンニO結合型糖ペプチドの同定のためのオープンサーチに基づくアプローチの適用

このプロトコルは、オンラインリソースでヒトタンパク質グリカムを探索、比較、および解釈する方法を示しています。...

グリカン媒介タンパク質相互作用の研究のためのバイオインフォマティクスリソース

マイクロアレイポリマープロファイリング(MAPP)は、生体サンプル中の糖鎖の組成分析のためのハイスループット技術です。...

ハイスループット糖鎖分析のためのマイクロアレイポリマープロファイリング(MAPP)

このプロトコールでは、がんの糖鎖生物学をより深く理解するために必要な複雑な腫瘍微小環境における不均一なグリコプロテオームに関する包括的な洞察を提供する統合オミクス技術である、グライコミクスガイド下グライコプロテオミクス法について詳しく説明します。...

グライコミクスガイド下グライコプロテオミクスは、複雑な腫瘍微小環境におけるグリコプロテオームの包括的なプロファイリングを容易にします 

製造の新たなピン印刷法を用いてゾル - ゲル由来のタンパク質ドープされたマイクロアレイを開発するための誘導物質のスクリーニング手法が記載されている。この方法は、費用対効果の高い小分子のスクリーニングのために使用されるアセチルコリンエステラーゼ及びマルチキナーゼマイクロアレイの開発により実証されている。...

定量ゾルゲル由来のタンパク質マイクロアレイを開発するためのガイド材料スクリーニングアプローチ

学ぶボトムアップ型グライコミクス手法で、糖鎖を連結特異的単糖に分解しGC-MSで検出する。疾患関連の糖鎖特徴を単一信号に抽出し、早期がん検出など病態解析に応用可能。

糖鎖ノード分析：グライコミクスへのボトムアップアプローチ

さらに動画を探す