Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues

Rohit R. Jadhav; Yao V. Wang; Ya-Ting Hsu; Joseph Liu; Dawn Garcia; Zhao Lai; Tim H. M. Huang; Victor X. Jin

doi:10.3791/54131

JoVE Journal
Genetics

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JoVE Journal Genetics

Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues

患者の組織のためのメチル結合DNA捕捉シーケンシング

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08:40 min

October 31, 2016

DOI: 10.3791/54131-v

Rohit R. Jadhav¹, Yao V. Wang¹, Ya-Ting Hsu¹, Joseph Liu¹, Dawn Garcia², Zhao Lai², Tim H. M. Huang¹, Victor X. Jin¹

¹Department of Molecular Medicine,University of Texas Health Science Center at San Antonio, ²Greehey Children's Cancer Research Institute,University of Texas Health Science Center at San Antonio

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

ここでは、メチルDNA結合キャプチャシーケンシング（MBDCap-seqのかMBD-seqの）技術とその後のバイオインフォマティクス解析パイプラインを使用して大規模な臨床患者スクリーニング研究におけるゲノムワイドDNAメチル化を調査するためのプロトコルを提示します。

この手法の全体的な目標は、大規模な患者コホートにおけるゲノム全体のDNAメチル化の状況を体系的に調査することです。この方法は、エピジェネティックな分野、特にDNAメチル化ランドスケープのどの領域が患者内で制御緩和されるかに関する重要な質問に答えるのに役立ちます。この技術の主な利点は、多数の患者を費用対効果の高い方法で調査できることです。

この技術は、既存のバイオマーカーを調査し、新しいバイオマーカーを特定できるため、患者の治療と診断にプラスの影響を与えることができます。この方法は、患者コホートに関する洞察を提供することができますが、マウス由来サンプルの培養細胞株に由来する細胞のDNAメチル化など、他のシステムにも適用できます。Ya-Ting Hsu博士とともにこの手順を実演するのは、当研究室の技術者であるJoseph Liu氏です。

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