Name: タンパク質 - タンパク質相互作用を研究するためのツールとしての蛍光異方性 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-21T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 44 s
Description: 学ぶ蛍光異方性を用いたタンパク質間相互作用の定量的・定性的解析法。SBDSとEFL1の相互作用を評価し、Shwachman-Diamond症候群の細胞機能理解に貢献する生化学・生物物理学的手法を習得できます。

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著者は、CONACyTプロジェクト番号167359と177138、およびDGAPA-UNAMプロジェクト番号IN201615からの財政的支援に感謝します。

1. SBDS-FLASHタグタンパク質の発現および精製注：異方性実験のために、フラッシュタグのCysが-のCys-Proの-Glyを-のCys-CysををPCRによってコード配列人間SBDSのC末端に付加された配列に対応します。この構築物は、発現ベクターをpRSET-Aにサブクローニングし、N末端ヘキサヒスチジンタグ（Hisタグ）をコードするタンパク質を発現する大腸菌 C41細胞に形質転換した、配列およびC末端フラッシュタグ10を符号化ヒトSBDS。 <ol><li> SBDSフラッシュタンパク質発現 <ol><li>コンピテントE.トランスフォーム標準的な熱ショックプロトコル19を用いてプラスミドをpRSET-HisSBDS-Flashで大腸菌 C41細胞。プレートを100μg/ mlアンピシリンを補足した固体ルリア - ベルターニ（LB）培地中の細胞。 LB固体培地組成物10、G 1 Lボリューム用のNaCl、5gの酵母エキス、10gのトリプトン、および20gの寒天から成ります。 </li><li> 37℃で培養形質転換された細菌まで600nmの（600）での吸光度を、100μg/ mlのアンピシリンを添加したLB液体培地1リットル中に0.5から0.7に達します。 </li><li>培養液に0.5 mMのイソプロピルβ-D-1-チオガラクトピラノシドを添加することにより、タンパク質発現を誘導し、さらに5時間のインキュベーションを続けます。 </li><li> 4℃で10分間、3800×gで遠心分離することによって細菌懸濁液を収集します。上清を取り除きます。この時点で、-20℃で細胞ペレットを保存するいずれか、またはタンパク質精製のためにすぐに使用しています。 </li></ol></li><li> SBDSフラッシュタンパク質精製 注：すべてのクロマトグラフィー工程は、高速タンパク質液体クロマトグラフィー（FPLC）システムまたは蠕動ポンプを使用して実行されます。 Ni 2+ -アフィニティークロマトグラフィーは、5ミリリットルFast Flowカラムを使用しています。アニオン交換クロマトグラフィーは、5ミリリットル強いスルホプロピル陽イオン交換カラムを使用しています。 3 mlと流量/分のすべてのクロマトグラフィー工程に使用しました。 <ol><li> SBDS溶解Bの35ミリリットル中に細胞を再懸濁uffer 4分OFF 10秒オン、30秒のサイクルを用いて合計時間の超音波処理によって、1mMのフェニルメチルスルホニルフルオリド（PMSF）および溶解を補充した（50 mMリン酸緩衝液pH 7.5、300mMのNaCl、20mMのイミダゾール）、4時°C。 </li><li> 4℃で50分間、9000×gでサンプルを遠心。 </li><li>上清を保持し、細胞破片を除去するために、ペレットを捨てます。 </li><li> SBDS溶解緩衝液の3カラム容量（CV）のNi 2+アフィニティーカラムを平衡化し、カラムに上清を明らかに全体をご紹介します。 </li><li> SBDS溶解緩衝液の3 CVで洗浄して未結合タンパク質を除去し、SBDS溶出バッファーの3 CV（50 mMリン酸緩衝液pH 7.5、300mMのNaCl、250mMのイミダゾール）で溶出します。 </li><li> 50 mMリン酸緩衝液pH 6.5で溶出したタンパク質を6倍に希釈し、0.22μmのセルロース膜を通して濾過することによって可能な凝集体を除去。 </li><li>低塩S列の3 CVとスルホプロピル陽イオン交換カラムを平衡化バッファー（50 mMリン酸緩衝液pH 6.5、50mMのNaCl）と、前のステップからのタンパク質サンプルを紹介します。 </li><li>洗浄結合していない低塩Sカラムバッファーの3 CVを有する材料及び50mMリン酸緩衝液pH 6.5、1 M NaClで一段階でタンパク質を溶出させます。 </li><li> 50mMリン酸緩衝液pH 6.5で溶出した蛋白質3.3倍に希釈します。 15分間、3800×gで遠心分離することによって限外濾過装置を有するタンパク質を濃縮します。フラッシュは、液体窒素中でタンパク質を凍結し、さらに使用するまで-80℃で保管します。 </li><li> SDS-PAGE分析およびクマシー染色20によってタンパク質の純度を確認してください。 </li></ol></li></ol> 2. EFL1タンパク質の発現および精製注：EFL1は、ベクターpRS426でギャル1/10発散プロモーター21およびサッカロマイセス・セレビシエMAT A 3&#39;UTRの制御下で発現させました。組換えタンパク質は、タバコエッチウイルスプロテアーゼに融合したヒトEFL1アイソフォーム1（エンコードTEV）認識部位およびC末端にヘキサヒスチジンタグ。 <ol><li> EFL1タンパク質発現 <ol><li> S.トランスフォーム標準的な酢酸リチウムプロトコル22を用いてプラスミドpRS426-EFL1TevHisとセレビシエ BCY123細胞。プレートウラシルを含まない培地て合成ドロップ内のすべての形質転換された細胞（SD-URA）が、2％（w / v）のグルコースを補充しました。 SD-URA培地の組成、8グラムの酵母窒素塩基アミノ酸なしで11グラムのカザミノ酸、55mgのアデニン硫酸塩、55mgのチロシン、60mgのロイシンと1 Lボリュームの60mgのトリプトファンから成ります。 </li><li> 600 0.5％（w / v）のグルコースを補充したSD-URA培地の1.8 1 Lに達するまで培養物を30℃で酵母を形質転換しました。 </li><li>培養し、ガラクトース（w / v）の2.8％を添加することによってタンパク質の発現を誘導し、30℃でさらに18時間インキュベーションを続けます。 </li><li> 4℃で10分間、3800×gで遠心分離することによって酵母懸濁液を収集します。上清を取り除きます。この時点で、-20℃で細胞ペレットを保存するいずれか、またはタンパク質精製のためにすぐに使用しています。 </li></ol></li><li> EFL1タンパク質精製 注：すべてのクロマトグラフィーステップはFPLCシステムまたは蠕動ポンプを使用して実行されます。 Ni 2+ -アフィニティークロマトグラフィー/分3ミリリットルの流量で5ミリリットルFast Flowカラムを使用しています。サイズ排除クロマトグラフィーを125 mLのカラムを1ml /分の流速でのSuperdex 200樹脂で予め充填を使用します。 <ol><li> 1mMのPMSFおよび1mMベンズアミジンを補充EFL1溶解緩衝液（50mMのトリス-HCl pHが8、300mMのNaCl、20mMのイミダゾール、5mMのMgCl 2、10％グリセロール）50mlに細胞を再懸濁によって細胞を破壊4℃で、ON 2分および15分OFFのサイクルを使用して6分の合計時間を、ガラスビーズ（φ= 0.5 mm）を使用して、ビーズビーターの摩擦。 </li><li> 4℃で50分間、9000×gでサンプルを遠心。 </li><li>上清を保持し、細胞破片を除去するために、ペレットを捨てます。 </李&gt; <li> EFL1溶解緩衝液の3 CVでのNi 2+アフィニティーカラムを平衡化し、カラムにすべて明らかにした上清を紹介。 </li><li> EFL1溶解緩衝液の3 CVで洗浄することにより未結合タンパク質を除去し、3 EFL1溶出バッファーのCV（50 mMトリス-塩酸pHが8、300mMのNaCl、250mMイミダゾール、5mMのMgCl 2、10％グリセロール）で溶出します。 </li><li>異方性緩衝液（50mMのTris-HCl pH7.5で、300mMのNaCl、5mMのMgCl 2、10％グリセロール、5mMのβメルカプトエタノール）1.5 CVを有するサイズ排除カラムを平衡化します。 </li><li>所望の体積に3800×gで遠心分離することによって限外濾過装置のNi 2+アフィニティーカラムから溶出された1ミリリットルEFL1タンパク質に集中します。サイズ排除カラム上のサンプルをご紹介します。 </li><li>溶出したタンパク質を収集し、約30μMの最終濃度に限外濾過によって濃縮します。 Flashは、さらに使用するまで-80℃で液体窒素とストア内のタンパク質を凍結します。目を確認してくださいSDS-PAGE分析およびクマシー染色20によるタンパク質の電子純度。 </li></ol></li></ol> FlAsH蛍光色素4 &#39;、5&#39;-ビス（1,3,2- dithioarsolan -2-イル）フルオレセインでSBDSフラッシュの3ラベリング<ol><li>異方性バッファー5μlの容量で4 &#39;、5&#39;-ビス（1,3,2- dithioarsolan -2-イル）フルオレセイン色素の3ナノモルでSBDSフラッシュタンパク質の3ナノモルを混ぜます。 </li><li>反応は4℃で8時間進行してみましょう。遊離色素を除去するために一晩異方性バッファーに対してサンプルを透析。 </li><li>標識タンパク質の％を定量化するためにランベルト・ベールの法則を使用してください。 280 nmおよび適切な量の石英キュベットを使用して分光光度計で508 nmの吸光度を測定します。注：以下のモル吸光係数（M -1センチ-1）考えてみましょう： <img alt="Equation1B" src="/files/ftp_upload/54640/54640eq1B.jpg" /></li><li>式2を用いて標識SBDSフラッシュタンパク質の濃度を計算します。 <img alt="Equation2" src="/files/ftp_upload/54640/54640eq2.jpg" /></li><li>前のステップから計算されたC SBDS-FLASHを代入して式（3）を用いて全SBDSタンパク質の濃度を計算します。 <img alt="Equation3" src="/files/ftp_upload/54640/54640eq3.jpg" /></li><li>式4を用いて、標識されたタンパク質の割合を計算します。 <img alt="Equation4" src="/files/ftp_upload/54640/54640eq4.jpg" /></li></ol> 4.蛍光異方性実験注：異方性実験は、分極ツールボックスとデータ収集は、機器のソフトウェアに設けられた異方性のプログラムを用いて行った装備分光蛍光光度計で行いました。励起波長は、8ナノメートルのスペクトル帯域幅と494 nmに設定し、発光を530±25nmのバンドパスフィルタを用いて記録しました。測定は、5mmの経路長10を有する200μlのキュベット中、25℃で行いました。 <ol><li><html>蛍光キュベットでは、異方性バッファに30 nMのSBDS-FLASHの200μLを配置し、30μMEFL1の2μLを滴定します。完全に混合し、反応が異方性値を測定する前に、3分間放置しました。 </li><li> EFL140μlの総容量になるまで繰り返しステップ4.1が追加されました。 </li></ol> 5.データ解析<ol><li>非線形最小二乗回帰アルゴリズムを用いて、適切な結合モデルにデータをフィット。最も一般的な結合モデルの式は、表1に示されています。 </li><li>フィット23の残差を検査することにより、タンパク質間の相互作用を説明する最良のモデルを評価します。追加の実験で選択されたモデルをサポートしています。 </li></ol> 表1.一般的なタンパク質間相互作用の結合モデルとそれらを記述する数式。0 / 54640table1large.jpg &quot;ターゲット=&quot; _空白 &quot;&gt;この表の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。 <img alt="表1" src="/files/ftp_upload/54640/54640table1.jpg" />

<ol><li>Krogan, N. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+landscape+of+protein+complexes+in+the+yeast+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae.</a> Nature. 440 (7084), 637-643 (2006).</li>
<li>Fields, S., Song, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+genetic+system+to+detect+protein-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A novel genetic system to detect protein-protein interactions.</a> Nature. 340, 245-246 (1989).</li>
<li>Michnick, S. W., Hien Ear, P., Landry, C., Malleshaiah, M. K., Messier, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+toolkit+of+protein-fragment+complementation+assays+for+studying+and+dissecting+large-scale+and+dynamic+protein-protein+interactions+in+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">A toolkit of protein-fragment complementation assays for studying and dissecting large-scale and dynamic protein-protein interactions in living cells.</a> Methods in Enzymology. 470, 336-366 (2010).</li>
<li>Puig, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+tandem+affinity+purification+%28TAP%29+method%3A+a+general+procedure+of+protein+complex+purification%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">The tandem affinity purification (TAP) method: a general procedure of protein complex purification.</a> Methods. 24, 218-229 (2001).</li>
<li>Dwane, S., Kiely, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tools+used+to+study+how+protein+complexes+are+assembled+in+signaling+cascades%5BTitle%5D)+AND+%22Bioeng+Bugs%22%5BJournal%5D)">Tools used to study how protein complexes are assembled in signaling cascades.</a> Bioeng Bugs. 2 (5), 247-259 (2011).</li>
<li>Snider, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fundamentals+of+protein+interaction+network+mapping%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Fundamentals of protein interaction network mapping.</a> Mol Syst Biol. 11 (12), 848(2015).</li>
<li>Fersht, A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFersht%2C+A+%22Structure+and+mechanism+in+protein+science%3A+a+guide+to+enzyme+catalysis+and+protein+folding%22">Structure and mechanism in protein science: a guide to enzyme catalysis and protein folding</a>. Baldwin, R. L. , W. H. Freeman and Company. 191-214 (2002).</li>
<li>Menne, T. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Shwachman-Bodian-Diamond+syndrome+protein+mediates+translational+activation+of+ribosomes+in+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">The Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein mediates translational activation of ribosomes in yeast.</a> Nat Genet. 39 (4), 486-495 (2007).</li>
<li>Boocock, G. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mutations+in+SBDS+are+associated+with+Shwachman-Diamond+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Mutations in SBDS are associated with Shwachman-Diamond syndrome.</a> Nat Genet. 33 (1), 97-101 (2003).</li>
<li>Garcia-Marquez, A., Gijsbers, A., de la Mora, E., Sanchez-Puig, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Defective+Guanine+Nucleotide+Exchange+in+the+Elongation+Factor-like+1+%28EFL1%29+GTPase+by+Mutations+in+the+Shwachman-Diamond+Syndrome+Protein%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Defective Guanine Nucleotide Exchange in the Elongation Factor-like 1 (EFL1) GTPase by Mutations in the Shwachman-Diamond Syndrome Protein.</a> J Biol Chem. 290 (29), 17669-17678 (2015).</li>
<li>Gijsbers, A., Garcia-Marquez, A., Luviano, A., Sanchez-Puig, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Guanine+nucleotide+exchange+in+the+ribosomal+GTPase+EFL1+is+modulated+by+the+protein+mutated+in+the+Shwachman-Diamond+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Guanine nucleotide exchange in the ribosomal GTPase EFL1 is modulated by the protein mutated in the Shwachman-Diamond syndrome.</a> Biochem Biophys Res Commun. 437 (3), 349-354 (2013).</li>
<li>Lakowicz, J. R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLakowicz%2C+JR+%22Principles+of+fluorescence+spectroscopy%22">Principles of fluorescence spectroscopy</a>. , Third, Springer US. (2010).</li>
<li>Nishigaki, T., Treviño, C. L. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aNishigaki%2C+T+%22Tools+to+understand+protein-protein+interactions%22">Tools to understand protein-protein interactions</a>. Gòmez, I. 37, Transworld Research Network. 1-14 (2012).</li>
<li>Johnson, I. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aJohnson%2C+I+%22The+Molecular+Probes+Handbook%3A+A+Guide+to+Fluorescent+Probes+and+Labeling+Technologies%22">The Molecular Probes Handbook: A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Technologies</a>. , 11th, Life Technologies Corporation. (2010).</li>
<li>Sabnis, R. W. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSabnis%2C+RW+%22Handbook+of+Fluorescent+Dyes+and+Probes%22">Handbook of Fluorescent Dyes and Probes</a>. , Wiley. (2015).</li>
<li>Adams, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+biarsenical+ligands+and+tetracysteine+motifs+for+protein+labeling+in+vitro+and+in+vivo%3A+synthesis+and+biological+applications%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">New biarsenical ligands and tetracysteine motifs for protein labeling in vitro and in vivo: synthesis and biological applications.</a> J Am Chem Soc. 124 (21), 6063-6076 (2002).</li>
<li>Griffin, B. A., Adams, S. R., Tsien, R. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Specific+covalent+labeling+of+recombinant+protein+molecules+inside+live+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Specific covalent labeling of recombinant protein molecules inside live cells.</a> Science. 281 (5374), 269-272 (1998).</li>
<li>Rashidian, M., Dozier, J. K., Distefano, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymatic+labeling+of+proteins%3A+techniques+and+approaches%5BTitle%5D)+AND+%22Bioconjug+Chem%22%5BJournal%5D)">Enzymatic labeling of proteins: techniques and approaches.</a> Bioconjug Chem. 24 (8), 1277-1294 (2013).</li>
<li>Maniatis, T., Fritsch, E. F., Sambrook, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aManiatis%2C+T+%22Molecular+cloning%3A+A+laboratory+manual%22">Molecular cloning: A laboratory manual</a>. , 3rd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. (2001).</li>
<li>Neuhoff, V., Arold, N., Taube, D., Ehrhardt, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+staining+of+proteins+in+polyacrylamide+gels+including+isoelectric+focusing+gels+with+clear+background+at+nanogram+sensitivity+using+Coomassie+Brilliant+Blue+G-250+and+R-250%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Improved staining of proteins in polyacrylamide gels including isoelectric focusing gels with clear background at nanogram sensitivity using Coomassie Brilliant Blue G-250 and R-250.</a> Electrophoresis. 9 (6), 255-262 (1988).</li>
<li>West, R. W. Jr, Chen, S. M., Putz, H., Butler, G., Banerjee, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GAL1-GAL10+divergent+promoter+region+of+Saccharomyces+cerevisiae+contains+negative+control+elements+in+addition+to+functionally+separate+and+possibly+overlapping+upstream+activating+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">GAL1-GAL10 divergent promoter region of Saccharomyces cerevisiae contains negative control elements in addition to functionally separate and possibly overlapping upstream activating sequences.</a> Genes Dev. 1 (10), 1118-1131 (1987).</li>
<li>Ito, H., Fukuda, Y., Murata, K., Kimura, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transformation+of+intact+yeast+cells+treated+with+alkali+cations%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Transformation of intact yeast cells treated with alkali cations.</a> J Bacteriol. 153 (1), 163-168 (1983).</li>
<li>Eftink, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+methods+for+studying+equilibrium+macromolecule-ligand+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Fluorescence methods for studying equilibrium macromolecule-ligand interactions.</a> Methods Enzymol. 278, 221-257 (1997).</li>
<li>Han, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Binding+of+Substrates+to+the+Central+Pore+of+the+Vps4+ATPase+Is+Autoinhibited+by+the+Microtubule+Interacting+and+Trafficking+%28MIT%29+Domain+and+Activated+by+MIT+Interacting+Motifs+%28MIMs%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Binding of Substrates to the Central Pore of the Vps4 ATPase Is Autoinhibited by the Microtubule Interacting and Trafficking (MIT) Domain and Activated by MIT Interacting Motifs (MIMs).</a> J Biol Chem. 290 (21), 13490-13499 (2015).</li>
<li>Sanchez-Puig, N., Veprintsev, D. B., Fersht, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Binding+of+natively+unfolded+HIF-1alpha+ODD+domain+to+p53%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Binding of natively unfolded HIF-1alpha ODD domain to p53.</a> Mol Cell. 17 (1), 11-21 (2005).</li>
<li>Trusch, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+N-terminal+Region+of+the+Ubiquitin+Regulatory+X+%28UBX%29+Domain-containing+Protein+1+%28UBXD1%29+Modulates+Interdomain+Communication+within+the+Valosin-containing+Protein+p97%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">The N-terminal Region of the Ubiquitin Regulatory X (UBX) Domain-containing Protein 1 (UBXD1) Modulates Interdomain Communication within the Valosin-containing Protein p97.</a> J Biol Chem. 290 (49), 29414-29427 (2015).</li>
<li>Kamp, F., Beyer, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Binding+of+alpha-synuclein+affects+the+lipid+packing+in+bilayers+of+small+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Biological+Chemsitry%22%5BJournal%5D)">Binding of alpha-synuclein affects the lipid packing in bilayers of small vesicles.</a> The Journal of Biological Chemsitry. 281, 9251-9259 (2006).</li>
<li>Bujalowski, W. M., Jezewska, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+Intensity%2C+Anisotropy%2C+and+Transient+Dynamic+Quenching+Stopped-Flow+Kinetics%5BTitle%5D)+AND+%22Spectroscopic+Methods+of+Analysis%22%5BJournal%5D)">Fluorescence Intensity, Anisotropy, and Transient Dynamic Quenching Stopped-Flow Kinetics.</a> Spectroscopic Methods of Analysis. 875, 105-133 (2012).</li>
<li>Asano, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+interaction+between+EFL1+and+SBDS+is+mediated+by+an+intrinsically+disordered+insertion+domain%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Direct interaction between EFL1 and SBDS is mediated by an intrinsically disordered insertion domain.</a> Biochem Biophys Res Commun. 443 (4), 1251-1256 (2014).</li>
</ol>

著者らは開示するものは何もなく、競合する金銭的利益もありません。

タンパク質のほとんどの生化学的実験に関係なく使用される技術の、純粋なタンパク質だけでなく、それらの大量ではないだけを必要とします。それは、ここで提示する場合であったように、この理由のために、実験のこのタイプのために使用されるタンパク質は、異種発現によって得られます。蛍光分光法が研究され、分子内にフルオロフォアの存在を必要とします。芳香族残基は、それらがほとんどのタンパク質に一般的であり、両方とも、受容体タンパク質およびリガンド中に存在するので、タンパク質 - タンパク質相互作用を研究するために、それらの信号を使用して分析を複雑に、タンパク質の固有の蛍光団を構成しています。さらに、トリプトファンの寿命は蛍光異方性実験のためには短すぎます。このため、研究したタンパク質のいずれかに外因性のフルオロフォアを添加することが一般的です。この目的のために、フルオロフォア、色素4 &#39;、5&#39;-ビス（1,3,2- dithioarsolan -2-イル）fとの配位結合を介しSBDSのC末端に付加しました。遺伝子工学によるタンパク質に導入されたテトラモチーフにしたluorescein。蛍光団をむくタンパク質を選択すると、ランダムな問題ではあり...

細胞は常に互いに相互作用の生体高分子の多くが含まれています。この関連付けは、シグナル伝達、遺伝子発現、およびとりわけ、細胞遊走の調節におけるそれらの機能を担当する細胞経路に関与する複合体を生じさせます。細胞内で発生するすべてのタンパク質 - タンパク質相互作用は、インタラクトームと呼ばれるネットワークを含みます。 サッカロミセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）におけるそのタンパク質の70％以上は、相互作用パートナー1を有することが示されています。セルとその機能のインタラクトームを理解することは、生物の複雑さと多様性に関連する情報を提供しています。いくつかの方法は、タンパク質 - タンパク質相互作用を同定し、特徴付けるために記載されています。このような酵母ツーハイブリッド2、タンパク質断片相補アッセイ3、質量分析およびタンパク質microarraに結合されたアフィニティー精製4として置く方法による高異なりますYSは対話5,6を識別するために使用されます。識別されると、それを検証するために必要であり、これはケースバイケースで変動し得ます。典型的には、これらの実験は、タンパク質の一つの遺伝子の欠失または過剰発現により、例えば 、相互作用ペアの個々のメンバーのレベルの相互作用自体を破壊し、その後で他のメンバーの性質又は機能の変化を探し含みます細胞レベル。その後、生物物理学的技術7は、分子レベルでのタンパク質-タンパク質相互作用を特徴付けるために使用されます。熱量測定及び蛍光分光法を定量的及び機械的にそれらを記述するために使用されるこの目的のために、タンパク質複合体の構造は、X線結晶学、核磁気共鳴及び低温電子顕微鏡によって決定されます。 本研究では、蛍光異方性は、GTPアーゼEFL1とSBDとの間の相互作用を特徴づけるための手法として使用しましたSタンパク質。これらのタンパク質は、60Sリボソームサブユニット8の表面から真核生物の開始因子6のリリースを促進することによってリボソームの合成に参加しています。 SBDSタンパク質はShwachmanダイヤモンド症候群9として知られている疾患で変異し、EFL1がグアノシン二リン酸10,11との親和性を減少させるためのグアニンヌクレオチド交換因子として作用します。 SBDSにおける疾患変異はEFL1との相互作用を廃止し、したがって、その活性化を防ぎます。 蛍光異方性は、一般的に、タンパク質 - ペプチド又はタンパク質 - 核酸相互作用を研究するために、生物学的用途で使用されます。これは、フルオロフォアは、部分的に偏光放射の偏光の結果で励起という原理に基づいています。蛍光異方性は、式1で定義されています。 <img alt="Equation1" src="/files/ftp_upload/54640/54640eq1.jpg" /> I VVと私VHがある場所サンプルが垂直偏光12で励起されたときに、水平垂直（VV）及び（VH）の蛍光強度は、放射を偏光。蛍光異方性は、フルオロフォアの回転拡散の速度に影響を与える要因に敏感であり、したがって、温度、溶液の粘度およびフルオロフォアのみかけの分子サイズに依存します。それは他のタンパク質とそのような変化と相互作用するとき、フルオロフォア増加を含むタンパク質の見かけの大きさは、その後、異方性の変化として評価することができます。具体的には、その蛍光寿命を解決に相対ゆっくりと回転するフルオロフォアは、大きなI VV値と小さなI VHの値を持つことになりますので、比較的大きな異方性を示すであろう。急速に蛍光寿命を基準に転落蛍光団のために、私VVと私VHは同様であろうとその異方性値が小さい12になります</sup&gt;（ 図1）。また、ノイズ測定に優れた異方性信号のために、目的の分子の回転相関時間と同様の蛍光寿命を有する蛍光団を有することが必要です。そうでなければ、正確に遊離タンパク質との複合体中のそれとの間の異方性の差を記録することは不可能です。例えば、100ダの低分子量化合物に結合し、フルオレセインやローダミンなどの4ナノ秒に近い寿命を持つ蛍光プローブの異方性が0.05です。 160キロダルトンの分子に結合すると、0.29にその異方性値が増加します。正確に測定することができる差。これとは対照的に、その増加分子の大きさで変化する65〜1000キロダルトンへの結合反応に関与し、同じ蛍光プローブは正確に測定するには小さすぎるです0.3から0.28の異方性の変化、になります。このシナリオでは、400ナノ秒の寿命を有するプローブは、12より適切であろう。 <pクラス= &quot;jove_content&quot;&gt; <img alt="図1" src="/files/ftp_upload/54640/54640fig1.jpg" /> 蛍光異方性と手続きを測定するために使用される装置の1概略図。蛍光異方性を測定し、タンパク質-タンパク質相互作用の実験を行うために用いられる装置の概略図。相互作用パートナーに結合すると増加し、高速表示、小さな異方性をタンブルフルオロフォア。 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54640/54640fig1large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> 蛍光用途が研究分子のいずれかでフルオロフォアの存在を必要とします。フルオロフォアの三種類があるタンパク質 - タンパク質相互作用を研究するために：1）タンパク質中に存在するトリプトファン残基、2）、緑色蛍光タンパク質（GFP）およびそのderivaように化学的に結合フルオロフォアおよび3）、蛍光融合パートナーティブ。ほとんどのタンパク質は、その構造上のトリプトファン残基を有し、従って、相互作用を測定する最も簡単な方法は、対応する蛍光スペクトルの変化を監視することにより、またはトリプトファン残基の蛍光強度の変化を監視することによってです。しかし、トリプトファン残基の分析を複雑に両方のタンパク質中に存在してもよいです。フルオロフォアによる相互作用、その蛍光特性を変化する一方、または結合部位の近くに位置する必要があり、それが相互作用自体を妨害する可能性があります。 GFPなどのかさばるフルオロフォアを使用する場合に特別な注意が必要です。これらの蛍光体のいずれもが結合研究のために使用できない場合には、その後、関連するタンパク質の一つに外因性蛍光団を導入することが必要です。多くの化学的に合成されたフルオロフォアが存在し、共有結合、アミン基（リジンまたはN末端の側鎖）およびシステイン中のチオール基のようなそれらの反応基を介してタンパク質に結合させることができます。 Fヨードアセトアミドおよびマレイミドは、チオール反応性基13でありながら、イソチオシアネートおよびスクシンイミジルエステルとluorophore誘導体は、アミド基と反応します。蛍光用途で使用される最も一般的な色素は、フルオレセインの誘導体およびローダミングリーン色素、クマリン、BODIPYフルオロフォアおよびアレクサフルオロ色素です。市販のフルオロフォアおよびその使用の詳細なリストは、参考文献14,15に記載されています。成功した標識のために、反応性基は、タンパク質の表面に露出する必要がありますが、原因のポリペプチドに典型的に存在する反応性官能基の数が多いため、部位特異的修飾を得ることは非常に困難です。本研究における目的のタンパク質は、SBDS、複数のサイトの標識をもたらすことができる5遊離システインと33のリジンが含まれています。不均一な標識は、結合に影響を与えることができ、異なるフルオロフォア分子が結合時に異なる蛍光強度信号を引き出すことができるようにデータ解析を複雑にします。 OVEするにはこの問題をrcome、我々はサイトの直接ラベルに、SBDSタンパク質を4 &#39;、5&#39;-ビス（1,3,2- dithioarsolan -2-イル）フルオレセインをフラッシュフルオロフォアを使用していました。これは、フラッシュタグは、Xは、システイン16,17以外の任意のアミノ酸である配列CCXXCCからなるとしても知らモチーフの4つの離間したシステインに対して高い親和性を有するarsenoxide色素です。このテトラシステインモチーフは、タンパク質の全体的な折り畳みの破壊を防止するために一緒に適切なリンカーとN末端または遺伝子工学によるタンパク質のC末端に付加されています。フラッシュ染料とフラッシュタグのペアは、もともと生細胞17に、サイト固有のラベルタンパク質に設計されていたが、それはここで例示されているとして、また、 インビトロで精製されたタンパク質を標識するために使用することができます。また、酵素の戦略はまた、タンパク質18の部位特異的官能化を可能にするために開発されてきました。 本稿では、我々は、蛍光異方性aの有用性を説明しますタンパク質 - タンパク質相互作用を研究するためのSAツール。定量的情報は、実験データのフィットから得られることができるが、結合は、結合曲線の形状の単純な検査によって評価することができます。

<table><tbody><tr><td>0.5 mm ガラス</td>ビーズ <td>Biospec 製品</td><td>11079105</td><td></td></tr><tr><td>Tris Base</td><td>Formedium</td><td>TRIS01</td><td>超高純度</td></tr><tr><td>グリセロール</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G5516</td><td></td></tr><tr><td>染料 4',5'-ビス(1,3,2 ジチオアルソラン-2-イル) フルオレセイン</td><td>ThermoFischer Scientific</td><td>LC6090</td><td>このキットには、FlAsHタグAmpicilineをラベルするための色素が含まれています</td></tr><tr><td></td><td>IBI Shelton Scientific, Inc</td><td>IB02040</td><td></td></tr><tr><td>D(+)-グルコース無水</td><td>Formedium</td><td>GLU03</td><td></td></tr><tr><td>D(+)-ガラクトース</td><td>Formedium</td><td>GAL03</td><td></td></tr><tr><td>L-ロイシン</td><td>Formedium</td><td>DOC0157</td><td></td></tr><tr><td>L-トリプトファン&nbsp;</td><td>Formedium</td><td>DOC0189</td><td></td></tr><tr><td>Bezamidine 塩酸塩</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>B6506-5G</td><td></td></tr><tr><td>PMSF</td><td>Gold Biotechnology, Inc</td><td>P-470-25</td><td>フェニルメチルスルホニルフッ化物</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Formedium</td><td>NAC02</td><td>塩化ナトリウム&nbsp;</td></tr><tr><td>グリセロール</td><td>Tecsiquim、SAのCV</td><td>GT1980-6</td><td></td></tr><tr><td>MgCl2</td><td>Merck Millipore Corporation</td><td>1725711000</td><td>塩化マグネシウム</td></tr><tr><td>イミダゾール</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I2399-500G</td><td></td></tr><tr><td>2-メルカプトエタノール</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M6250-100ML</td><td></td></tr><tr><td>K2HPO4</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P3786-500G</td><td>リン酸カリウム二塩基性</td></tr><tr><td>NaH2PO4</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S3139-500G</td><td>リン酸ナトリウム 一塩</td></tr>基性<tr><td>酵母 アミノ酸なし窒素塩基</td><td>フォーメディウム</td><td>CYN0410</td><td></td></tr>酵母<tr><td>抽出物</td><td>フォーメディウム</td><td>YEM03</td><td>マイクロ粒状</td></tr><tr><td>L-チロワネ</td><td>フォーメディウム</td><td>DOC0193</td><td></td></tr><tr><td>アデニン硫酸塩</td><td>Formedium</td><td>DOC0230</td><td></td></tr><tr><td>Casamino acids</td><td>Formedium</td><td>CAS03</td><td></td></tr><tr><td>Tryptone</td><td>IBI Shelton Scientific, Inc</td><td>IB49182</td><td></td></tr><tr><td>IPTG</td><td>Formedium</td><td>IPTG025</td><td></td></tr><tr><td>Filtration units</td><td>Merck Millipore</td><td>Corporation UFC901096</td><td>Amicon Ultra-15, membrana PLGC Ultracel-PL, 10&nbsp;kDa</td></tr><tr><td>メンブレンフィルター</td><td>Merck Millipore Corporation</td><td>GSWP04700</td><td>メンブレンフィルター、混合セルロースエステル、親水性、0.22&nbsp;&マイクロ;メートル、47&nbsp;mm、白、プレーン</td></tr><tr><td>Ni2+ アフィニティーカラム</td><td>QIAGEN</td><td>30760</td><td>カートリッジ 5&nbsp;ml Ni-NTA Superflow</td></tr><tr><td>強スルホプロピルカチオン交換カラム</td><td>GE Healthcare Life Science</td><td>17-5157-01</td><td>HiTrap SP Sepharose FF 5 ml</td></tr><tr><td>サイズ排除カラム</td><td>GE Healthcare Life Science</td><td>28989335</td><td>HiLoad 16/600 Superdex 200 PG</td></tr><tr><td>蛍光細胞</td><td>Hellma Analytics</td><td>111-057-40</td><td></td></tr><tr><td>分光光度計</td><td>Agilent Technologies</td><td>G6860AA</td><td>Cary 60 UV-Vis</td></tr><tr><td>シェーカー</td><td>ThermoFischer Scientific</td><td>SHKA4000-7</td><td>MaxQ 4000 ベンチトップ温度範囲 周囲-15°Cから60°C;C</td></tr><tr><td>遠心分離機</td><td>ThermoFischer Scientific</td><td>75004271</td><td>Heraeus Megafuge 16R</td></tr><tr><td>FPLC</td><td>Pharmacia Biotech</td><td>生産終了</td><td>FPLCシステム 導電率 UV-MM II モニター P500 ポンプ分画</td></tr><tr><td>分光蛍光光度計</td><td>Olis</td><td>該当なし</td><td>Olis DM 45 with Polarization Toolbox</td></tr></tbody></table>

タンパク質 - タンパク質相互作用を研究するためのツールとしての蛍光異方性

Fluorescence Anisotropy as a Tool to Study Protein-protein Interactions

タンパク質 - タンパク質相互作用は、生体の機能において重要な役割を果たす。相互作用が同定され、検証された後には、構造的および機構的レベルでそれを特徴付けることが必要です。いくつかの生化学的および生物物理学的方法は、そのような目的のために存在します。中でも、蛍光異方性は、フルオロフォアで標識されたタンパク質の蛍光強度は、タンパク質 - タンパク質相互作用の際に一定のままである場合に特に使用される強力な技術です。この技術では、フルオロフォアで標識されたタンパク質は、選択的に入射ビームとの相対的な向きに応じて蛍光体のサブセットを励起する適切な波長の垂直偏光で励起されます。得られた発光はまた、関係垂直方向と水平方向の面で次のように異方性（r）を定義して方向性があります：私はVVとI R =（I VV -I VH）を /（I VV + 2I VH）、 <sUB&gt; VHは、それぞれ、垂直および水平成分の蛍光強度です。蛍光異方性は、フルオロフォアの回転拡散、タンパク質 - タンパク質相互作用の際に変更されるタンパク質に結合フルオロフォアの、すなわち見かけの分子サイズに敏感です。本テキストでは、タンパク質 - タンパク質相互作用を研究するためのツールとしての蛍光異方性の使用はShwachmanダイヤモンド症候群（SBDS）で変異タンパク質など-1 GTPアーゼ（EFL1）伸び率との間の結合に対処するために例示しました。従来は、フルオロフォアを用いたタンパク質の標識は、チオール基（システイン）、またはタンパク質のアミノ基（N末端アミンまたはリジン）で行われます。しかし、SBDSはそれの部位指向性標識化を許可していませんでしたいくつかのシステイン及びリジンを有しています。代替技術、色素4 &#39;としては、5&#39;-ビス（1,3,2- dithioarsolan -2-イル）フルオレセインは、具体的にはテトラモチーフ、Cys-を標識するために使用しました。遺伝子組換えSBDSタンパク質のC末端に操作されたCys-PRO-グリシン - システイン - システイン、。実験データのフィッティングは、これらのタンパク質間の結合様式の定量的および機構的情報を提供しました。

種の混合物の観察された異方性は式（5）で表されるので、任意の異方性の実験を行うためには、フルオロフォアの蛍光強度の大きな変化を排除することが重要です。 <img alt="式5" src="/files/ftp_upload/54640/54640eq5.jpg" /> F iは 、各コンポーネントとrの端数蛍光を表し、ここで、iは、対応する異方性です。各成分の分別蛍光は、両方に依存する式6によって定義され、その濃度と相対蛍光。 <img alt="Equation6" src="/files/ftp_upload/...

タンパク質相互作用は、細胞の機能の中心にあります。熱量分光技術は、一般に、それらを特徴付けるために使用されます。ここでは、Shwachman-ダイヤモンド症候群（SBDS）で変異タンパク質と伸長因子様1 GTPアーゼ（EFL1）間の相互作用を研究するためのツールとして蛍光異方性を説明します。

Protein-protein interactions play an essential role in the function of a living organism. Once an interaction has been identified and validated it is ...

この実験の全体的な目的は、蛍光異方性を用いて、注目する2つのタンパク質間の相互作用を評価および定量化することです。これらの測定は、細胞機能に重要な役割を果たすタンパク質相互作用など、タンパク質生化学およびタンパク質生物物理学分野における重要な疑問を解決するのに役立ちます。この手法の主な利点は、タンパク質間相互作用に関する定量的および定性的な情報を得られることです。精製SBDS-FlAsHタンパク質を調製するには、まず100 µg/mLのアンピシリンを添加したLB液体培地を1 L調製します。そこに形質転換菌を加え、600 nmにおける吸光度（OD₆₀₀）が0.5から0.7に達するまで37 °Cで培養します。培地に0.5 millimolar IPTGを添加してSBDS-FlAsHタンパク質の発現を誘導し、さらに5時間インキュベーションを継続します。次に、4°Cにて3800 ×gで10分間遠心分離を行い、細菌懸濁液を回収します。上清を除去します。1 mMのPMSFを添加した35 mLのSBDS溶解バッファーで細胞を再懸濁します。4℃で、10秒間の処理と30秒間の休止を繰り返すサイクルで、計4分間超音波破砕して溶解させます。その後、サンプルを4℃で9,000 ×gにて50分間遠心分離します。細胞破砕物を除去するため、上清を回収し、ペレットを廃棄します。ニッケルアフィニティークロマトグラフをSBDS溶解バッファー3回分（カラム体積）で平衡化した後、精製した上清の全量をカラムに導入します。SBDS溶解バッファー3回分（カラム体積）で洗浄し、未結合のタンパク質を除去します。カラムの洗浄後、3カラムボリュームのSBDS溶出バッファーを用いて、結合したタンパク質を溶出させます。タンパク質をさらに精製するため、スルホプロピル陽イオン交換カラムを3カラムボリュームのLow salt S column bufferで平衡化します。タンパク質を50 millimolar リン酸バッファー（pH 6.5）で6倍に希釈し、カラムに導入します。未結合物をLow salt S column buffer 3カラム分で洗浄します。次に、50 millimolar phosphate buffer PH 6.5および1 molar sodium chlorideをカラムに添加し、タンパク質を一段階で溶出させます。溶出液を50 millimolar phosphate buffer PH 6.5で3倍に希釈します。次に、超ろ過装置を用い、3800 ×g で15分間遠心分離してタンパク質を濃縮します。この種の実験に使用されるタンパク質の品質は非常に重要です。使用するタンパク質サンプルの純度が高くない場合、データの解釈が困難になります。SDS-PAGE分析およびクマシー染色により、SBDS-FlAsHタンパク質の純度を確認します。タンパク質を液体窒素で急速凍結し、次回の使用まで-80 °Cで保存します。精製EFL1タンパク質を調製するには、まず、ウラシル不含の合成ドロップアウト培地1 L（0.5%グルコース添加）を用い、600 nmにおける吸光度が1.8に達するまで、形質転換酵母を30 °Cで培養します。培地に2.8%のガラクトースを添加してタンパク質発現を誘導し、30°Cで18時間培養を継続します。4°C、3800 ×gで10分間遠心分離し、酵母懸濁液を回収します。遠心分離後、上清を除去します。1 mM PMSFおよび1 mM ベンザミジンを添加した50 mLのEFL1溶解バッファーで細胞を再懸濁する。ガラスビーズを用いたビードビーターによる摩擦で細胞を破砕する。この際、4 °Cで2分間の作動と15分間の休止を繰り返し、合計6分間行う。その後、サンプルを4 °C、9,000 ×gで50分間遠心分離する。上清を回収し、細胞残渣を除去するためにペレットを廃棄します。次に、ニッケル親和性カラムをEFL1溶解バッファー 3 カラム分で平衡化します。精製した上清すべてを平衡化したカラムに導入します。EFL1溶解バッファーで3カラム分量洗浄して未結合タンパク質を除去した後、EFL1溶出バッファーを3カラム分量流して結合タンパク質を溶出させます。EFL1タンパク質をさらに精製するため、サイズ排除カラムをAnisotropyバッファーで1.5カラム分量平衡化します。ニッケルアフィニティーカラムから溶出したEFL1タンパク質を、超ろ過装置を用いて3800 ×gで遠心分離し、1 mLまで濃縮します。その後、濃縮したサンプルをサイズ排除カラムに注入します。溶出したタンパク質を回収し、超ろ過により最終濃度が約30 µMになるまで濃縮します。SDS-PAGE解析およびクマシー染色により、EFL1タンパク質の純度を確認します。タンパク質を液体窒素で急速冷凍し、次回の使用まで-80 °Cで保存します。3 nmoleのSBDS-FlAsHタンパク質と3 nmoleのlumio green色素を、5 µLのアニソトロピー緩衝液中で混合します。4 °Cで8時間、反応させます。8時間後、遊離色素を除去するために、サンプルをアニソトロピー緩衝液に対して一晩透析します。クォーツキュベットを用い、分光光度計で280 nmおよび508 nmの吸光度を測定します。その後、テキストプロトコルに記載されている通り、ランベルト・ベールの法則を用いてラベル化タンパク質の割合を定量します。アニソトロピー値を測定する前に、タンパク質溶液からの各ろ過ステップを慎重に行い、サンプル全体が溶液中に分注され、均一になるようにしてください。蛍光キュベットに、アニソトロピー緩衝液で調製した 30 nanomolar SBDS-FlAsHを 200 microliters 分入れ、30 micromolar EFL1を 2 microliters 分滴定します。十分に混合し、アニソトロピーおよび蛍光値を測定する前に、反応液を 3分間静置します。EFL1の総添加量が 40 microliters に達するまで、この操作を繰り返します。最終ステップとして、テキストプロトコルに記載されている通り、データを推定結合モデルにフィッティングさせます。アニソトロピー実験を行う際は、蛍光強度の大きな変化がないことを確認することが重要です。ここで示すように、SBDS-FlAsHの蛍光は、EFL1への結合によって顕著な変化は示しません。SBDS-FlAsHを含む石英キュベットにEFL1を滴定すると、初期の観測異方性が増加します。EFL1を数回添加することで得られた結合曲線は、非線形最小二乗法を用いて推定結合モデルに適合させることができます。本ケースでは、1つの結合部位モデルでは実験データを適切に説明できませんでした。むしろ、2つの異なる結合部位を持つモデルが実験データを適切に記述します。習得すれば、蛍光異方性結合実験は適切に実施することで3時間で完了できます。この手順を試みる際は、精製タンパク質を大量に用意することが重要です。この手順と並行して、適切な結合モデルを裏付けるために、フラグメントベースの相補性アッセイや、研究対象タンパク質の異なるドメインを用いた蛍光異方性測定などの他の方法を実施することができます。このビデオを視聴することで、結合実験およびそれに続く蛍光異方性測定の実施方法について十分に理解できるはずです。

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