Question 1

RNA-seqとは何で、マイクロアレイとどのように異なりますか？

Accepted Answer

RNA-seqは、細胞集団で発現するすべてのRNAの配列と量を測定する、トランスクリプトームと呼ばれる高スループットシーケンシング技術です。既知のRNA配列を探索するマイクロアレイとは異なり、RNA-seqは配列決定されていないゲノムを持つ生物のプロファイルを作成し、特に非常に低いレベルまたは非常に高いレベルで、より広い範囲の転写物発現レベルを正確に測定することができます。

Question 2

RNA-seq ライブラリの準備の前に rRNA が除去されるのはなぜですか？

Accepted Answer

細胞内の大部分のRNAはリボソームRNA（rRNA）で、これは細胞のタンパク質生成装置の中心的な構成要素です。rRNAを取り除くことで、正確な測定のために他の転写物タイプの回収が容易になります。rRNAは通常、サンプルを磁気ビーズに付着した相補的なオリゴヌクレオチドにハイブリッド化させ、次に磁石を使用してrRNAをサンプルの残りから分離します。

Question 3

RNAサンプルはどのようにしてDNAに転換されてシーケンシングに使用されるのでしょうか？

Accepted Answer

RNAは本質的に劣化しやすいため、まず二本鎖DNAに逆転写されます。次に、アダプターと呼ばれるオリゴヌクレオチド配列がDNAフラグメントに結合されます。これらのアダプターには、PCR増幅のためのプライマー結合部位として機能する定常領域と、各サンプルからのフラグメントを識別するバーコードと呼ばれる一意の配列が含まれています。

Question 4

RNA-seqライブラリ調製におけるバーコードの役割は何ですか？

Accepted Answer

バーコードは、1つのサンプルから発生したすべてのDNA断片を識別するアダプタ内に含まれる一意のオリゴヌクレオチド配列です。これにより、異なるサンプルからのライブラリを一緒に混ぜて同時にシーケンシングすることができます。シーケンシング後、バーコードにより研究者は、そのソースサンプルによってリードを分類し分析することができます。

Question 5

RNA-seqデータの品質は、シーケンシングの間どのように評価されますか？

Accepted Answer

シーケンシングの品質はQスコアで示され、これは不正確な塩基が識別される確率を反映しています。Qスコアが30より大きい場合、不正確な読み取りの確率は1,000分の1以下に相当します。さらに、低濃度で追加されるリファレンスDNAシーケンスは品質管理として機能し、予想される率で回収されると、すべてのライブラリシーケンスが均等に表されていることを示します。

Question 6

RNA-seqはサンプル間の遺伝子発現の違いについて何を明らかにできるか？

Accepted Answer

RNA-seqは、サンプル間のトランスクリプトームを比較することで、異なる条件下で発現が変化する遺伝子を特定できます。研究者は転写物ごとの読み取り数を数えてRNAの豊富さを測定できます。ゲノム配列決定されていない生物でも、トランスクリプトーム情報を他の配列決定された種と比較して、発現レベルが増加または減少した遺伝子を特定できます。

Question 7

RNA-seqはRNA-タンパク質相互作用を研究するためにどのように使用されますか？

Accepted Answer

RNA-seqは、タンパク質と抗体で免疫沈降を行い、結合したRNAをシーケンシングで定義することで、目的のタンパク質が結合する転写物を同定するために適応できます。RNA-タンパク質複合体が最初に交差結合されている場合、シーケンシング解析により交差結合部位をマッピングし、RNA上のタンパク質結合部位をヌクレオチドレベルまで特定できます。

RNA シーケンス - 評価クイズ