Name: クリニックベースのバイオリポジトリの設立 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-05-29T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 50 s
Description: 学ぶ皮膚科クリニックでの皮膚腫瘍サンプルの処理・保存プロトコル。医療補助スタッフが日常業務を妨げずに切除組織を収集し、タンパク質・RNAバイオマーカー研究のためのバイオリポジトリを構築する方法です。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

この研究は、中西部大学健康科学研究助成助成金、EEHに授与された資金、およびKJLに授与された中西部大学研究およびスポンサープログラムの教員補助プログラムの助成を受けて行われました。 Affiliated LaboratoriesおよびAffiliated Dermatologyが追加サポートを提供しました。彼らの技術的支援のためにSarah Potekhen、Jamie Barto、Stefani Fawks、Cody Jording、Stacie Schimke、Heather Kissel、Ali Zaidiに感謝します。

ヒト組織サンプルに関する全ての実験は、Western IRB（WIRB Protocol＃20142461）によって承認された。これらの処置のための組織収集の単一の基準は、生検で証明されたSCCの診断である。除外基準は元のIRBプロトコルで概説されていませんが、血液媒介性伝染性疾患の患者のサンプルは使用されませんでした。皮膚組織、血液、および唾液の採取に先立ち、インフォームドコンセントが得られた。 Midwestern Institutional Review Boardは、Midwestern University（AZ＃807）の診療所ベースのバイオリポジトリサンプルでの検証作業を承認しました。 1.皮膚腫瘍組織の処理注：これは、モズの組織学者によって行われます。 <ol><li> RNAおよび外植片培養のための新鮮な扁平上皮癌（SCC）組織の処理 <ol><li>組織をモース外科医が切除した後、10〜50mg（≧10mm 3 </sup&gt;）組織サンプルを、追加の処理の前に、弛緩の間に組織の先端側の中心から除去する（これは、スライドを平らにするように組織を操作するプロセスである）。 注：これは、腫瘍がMohs手術の一部である組織学的評価の前に10〜50mgのサイズの試料（10mm 2以上 ）を除去するのに十分な大きさである場合にのみ可能です。腫瘍の大きさが最小で2mm 3を除去するのに十分でない場合は、RNAの処理を続行しないでください（ステップ5をスキップしてください）。 </li><li>ピンセットを用いて、培養培地（DMEM：Ham&#39;s F-12,25mM HEPES、100IU / mLペニシリン、および100μg/ mLストレプトマイシンの1：1混合物）を含有する標識1.5mLチューブに生存可能な組織を移し、組織は完全に培地に浸される。このチューブを4℃で保存してから処理してください。 </li><li>組織をRNA単離および発現解析（ステップ5を参照）および/または構築するために使用する24時間以内に外植培養（ステップ6参照）を行う。 </li><li>クライオスタットの組織ホルダー（または「チャック」）に、患者から取り出した腫瘍サンプルの残りの部分（ステップ1.1.1）を置きます。最適な切断温度（OCT）の化合物に組織を埋め込み、モース組織学の完成および実験分析のためのさらなる組織学的スライドの調製を可能にするために、ホルダー内の組織を凍結する。 </li></ol></li><li> 組織学的スライドの調製 <ol><li>クライオスタットを使用して7μmの厚さの組織切片を切断し、各腫瘍サンプルに対して2つ（またはそれ以上）のスライドを作成する。各スライドに完全腫瘍の3つのセクションが含まれていることを確認します。 注：2つのスライドのうちの1つは、Mohs histotechnologistによってH＆Eで染色され、追加のスライドはIF、IHC、またはFISH解析で処理されます。 </li><li>スライドを1〜2秒間アセトンに入れて組織を固定する。これらのスライドを乾燥させておく。 H＆Eをしないでください実験プロトコルに応じて、将来の免疫蛍光（IF）、免疫組織化学（IHC）、または蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）分析に使用するスライドを染色またはカバースリップする。 </li></ol></li><li> モホ組織の処理 <ol><li>モースの処理が完了したら（ステップ1.1-1.2）、クライオスタットチャンバー内で作業し、クライオ包埋培地からサンプルを取り出し、標識された極低温チューブに組織を入れる。 </li><li>組織が融解する前に、ラベルされたバイアルを液体窒素に入れます。サンプルをタンパク質および/またはDNA分析に使用する場合は、液体窒素または-80℃のフリーザーに数分以内で移して、将来のタンパク質発現およびDNA変異解析のために保存することができます（ステップ4-5を参照） 。 注：ポストモースサンプルからインタクトなRNAが望まれる場合は、クライオ包埋培地からの除去中にサンプルを凍結した状態に保つことが不可欠です。極端な注意が行使されない場合このステップでは、モース後サンプルは、タンパク質および/またはDNA分析のために予約する必要があります。 </li></ol></li><li> 新しいANTの処理 <ol><li>モースの閉鎖時に、モース外科医からANTを入手する。 </li><li>正常組織の頂端側からSCCサンプル（上記参照）から採取したものと等しいかそれ以上の量のANTを除去し、それを培地（DMEM：Ham&#39;s F- 12に、25mM HEPES、100IU / mLのペニシリン、および100μg/ mLのストレプトマイシンを補充したもの）を使用した。 </li><li>同じ培養液に組織を完全に浸し、その後の処理まで4℃で保存します（ステップ4-6参照）。 </li></ol></li></ol> 2.血液、唾液および口腔スワブ処理<ol><li>約10mLの血液を静脈穿刺を介してEDTA採取チューブで採取する。 </li><li> 収集チューブから滅菌した15または50 mLの遠心チューブに血液を移します。気泡を避けて、約200μLを1.5mLの極低温管に移す。この全血サンプルを-80°Cで保存し、必要に応じて将来の遺伝子型同定および組織マッチングに使用します。 <ol><li>残りの血液を1000 xgで30分間遠心し、標準的な手順に従って血漿画分を集める。 </li><li>分注した血漿を1.5 mLの低温チューブで1 mL刻みに分け、将来の液体生検分析で使用するために-80°Cで保存します。 </li></ol></li><li>口腔内スワブサンプルを得るために滅菌スワブを使用し、室温で滅菌チューブにスワブを保存する。 </li><li>必要に応じて、唾液サンプルを入手し、室温で滅菌チューブに保存します。 注：これらのサンプルは、必要に応じて、将来の遺伝子型同定および組織マッチングに使用することができます。 </li></ol> 3.サンプルの記録保管<ol><li>情報を患者サンプルのチェックリストからバイオリポジトリデータベースに転送する。患者情報と診断情報を含める患者の表からの鼻。 </li><li>各サンプルのバーコード付きラベルを印刷し、データベースにそれぞれ記録して、収集した各サンプルを患者データとリンクさせます。 </li><li>サンプルを研究室に移す前に、識別されていないサンプルの分布をバイオリポジトリデータベースに記録する。 </li></ol> 4.タンパク質単離およびウエスタンブロット分析<ol><li>各組織サンプル（SCCおよび/またはANT）を、100mgの組織当たりプロテアーゼインヒビターを含む500μLの細胞溶解バッファーを含むバイアルに入れ、組織を溶解する。 注：50mMトリスpH8.0,150mM NaCl、0.5％デオキシコール酸ナトリウム、1.0％NP-40、および0.1％SDSからなるラジオイムノ沈降アッセイ（RIPA）緩衝液を使用した。他の細胞溶解緩衝液を使用することができる。 </li><li>組織ホモジナイザーを用いて4℃で20秒間隔で5分間組織をホモジナイズする。サンプルを21,000 xgおよび4℃で20分間スピンし、タンパク質を含む上清を新鮮なtuに集めるさあ。同じ条件を用いて上清を再遠心し、最終上清を新しいチューブに集める。 </li><li>電気泳動4〜20％SDS-ポリアクリルアミドグラジエントゲルを用いて各サンプルから30〜50μgのタンパク質を抽出する。必要に応じて、クーマシーブルーでゲルを染色し、タンパク質バンドを可視化します。 </li><li>発現されたタンパク質のウェスタンブロット分析が必要な場合は、標準プロトコールに従ってゲルからポリビニリデンジフルオリド（PVDF）膜にタンパク質を移す。移動後、PonceauはPVDF膜を染色して、必要に応じてタンパク質バンドを可視化する。 </li><li> PVDF膜とプローブをブロックして、標準プロトコールに従って目的のタンパク質を検出します。ウェスタンブロット分析のために製造業者が推奨する濃度で、主要な抗体に特異的な対応する二次抗体と共に、目的のタンパク質に特異的な一次抗体を使用する。 </li><li>化学発光基質を用いてプローブされた膜を露出させ、imagiシステム。 </li></ol> RNA単離および定量的ポリメラーゼ連鎖反応（qPCR） <ol><li>直ちに、RNA安定化溶液を含む1.5mLチューブに新鮮な組織サンプル（SCCおよび/またはANT）を置き、凍結組織転移溶液を入れた1.5mLチューブにMohs組織サンプルを置き、製造元の推奨に従ってください。組織が完全に浸漬されていることを確認します。これらのサンプルは、使用するまで-80℃で保存してください。 </li><li> RNAサンプルを-80℃から取り出し、氷上で解凍する。 50〜100mgの組織当たり1mLのRNA抽出バッファー（フェノール/グアニジンチオシアネート）を含む新しい1.5mLチューブに組織を移す。 </li><li>組織ホモジナイザーを用いて組織を溶解する。 6サイクルのホモジナイゼーションを行い、続いてサンプルを冷却します。各サイクルは、4℃および40秒の冷却期間で20秒の均質化からなる。ホモジナイゼーション後、サンプルを室温で5分間インキュベートする。 </li><li> 0.2を加える1mLのRNA抽出バッファーあたり1mLのクロロホルムで洗浄し、チューブを15秒間手で激しく振とうする。室温で2〜3分間インキュベートする。 </li><li>サンプルを12,000 xg、4℃で15分間スピンします。サンプルの水相を取り出し、新しい1.5 mLチューブに入れます。 </li><li>水相にステップ5.2で使用したRNA抽出バッファー1 mLあたり100 mLのイソプロパノール0.5 mLを加え、室温で10分間インキュベートする。 注：RNA収量が低いと予想される場合（ すなわち、開始組織量が10mg未満の場合）、サンプルは-80℃で一晩沈殿する可能性があります。さらに、500μLのRNA抽出バッファーあたり5μgのRNaseフリーグリコーゲンを、イソプロパノール沈殿工程の間に添加してRNA収量を改善することができる。 </li><li>サンプルを12,000 xgで4℃で10分間スピンします。上清を除去し、ペレットを1mLの75％エタノールで洗浄する。 </li><li>サンプルを短時間ボルテックスしてから、7,500 xgと4°で回転させます5分間Cで処理した。洗浄液を捨て、ペレットを5〜10分間風乾します。 </li><li> RNAペレットを20μLのRNaseフリー水に再懸濁します。 <ol><li>必要に応じて、製造元の推奨に従ってRNAクリーンアップキットを使用して各RNAサンプルを精製します。 注：このステップを実行すると、サンプルからRNAが失われます。 </li></ol></li><li> 1.2％ホルムアルデヒド-MOPSアガロースゲルを用いて1μgのサンプルを電気泳動し、RNAの品質を分析する。 注：代替として、バイオアナライザーを使用してサンプルを分析し、RIN番号13を得る。 </li><li>関心対象の標的mRNA（またはmiRNA）のqPCR分析のために逆転写プロトコールを用いてRNAをcDNAに逆転写する。 </li></ol> 6.組織外植片培養<ol><li>組織を70％エタノールに浸すことにより、培養前に切除した組織を滅菌する。 </li><li>スライドまたはディッシュ上に組織を置き、十分な培地（DMEM：Ham＆＃1の1：1混合物）組織を（組織の乾燥を防ぐために）覆うために、10％FBS、25mM HEPES、100IU / mLペニシリン、および100μg/ mLストレプトマイシンを補充したF-12。メスを用いて、組織を砕いて（&lt;1 mm 3 ）破砕します。 </li><li>組織断片を35mm組織培養皿に移し、各断片の上に約20μLの胎児ウシ血清（FBS）を加える。 </li><li>培養フード内で20〜30分間、またはほとんど乾燥するまで、ディッシュを開いたままにしておきます。 </li><li>各ディッシュに1mLの培地（10％FBS、25mM HEPES、100IU / mLペニシリンおよび100μg/ mLストレプトマイシンを補充したDMEM：Ham&#39;s F-12の1：1混合物）を添加し、37℃でインキュベートする5％CO 2中のC。必要に応じて継代培養するか、培養物をサブクローニングする。 </li></ol>

<ol><li>Baker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biorepositories%3A+Building+better+biobanks%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Biorepositories: Building better biobanks.</a> Nature. 486, 141-146 (2012).</li>
<li>Ambrosone, C. B., Nesline, M. K., Davis, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishing+a+cancer+center+data+bank+and+biorepository+for+multidisciplinary+research%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Epidemiol+Biomarkers+Prev%22%5BJournal%5D)">Establishing a cancer center data bank and biorepository for multidisciplinary research.</a> Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 15, 1575-1577 (2006).</li>
<li>Baird, P. M., Gunter, E. W., Vaught, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26974264">Building a biobank.</a> Biopreserv Biobank. 14, 87-88 (2016).</li>
<li>National Cancer Institute. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://biospecimens.cancer.gov/practices">http://biospecimens.cancer.gov/practices</a> (2016).</li>
<li>Caixeiro, N. J., Lai, K., Lee, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quality+assessment+and+preservation+of+RNA+from+biobank+tissue+specimens%3A+a+systematic+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">Quality assessment and preservation of RNA from biobank tissue specimens: a systematic review.</a> J Clin Pathol. 69, 260-265 (2016).</li>
<li>Campbell, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+the+ISBER+best+practices+for+repositories%3A+Collection%2C+storage%2C+retrieval+and+distribution+of+biological+materials+for+research%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreserv+Biobank%22%5BJournal%5D)">Development of the ISBER best practices for repositories: Collection, storage, retrieval and distribution of biological materials for research.</a> Biopreserv Biobank. 10, 232-233 (2012).</li>
<li>Neumeister, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tools+to+assess+tissue+quality%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Biochem%22%5BJournal%5D)">Tools to assess tissue quality.</a> Clin Biochem. 47, 280-287 (2014).</li>
<li>Vaught, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+NCI+perspective+on+creating+sustainable+biospecimen+resources%5BTitle%5D)+AND+%22J+Natl+Cancer+Inst+Monogr%22%5BJournal%5D)">An NCI perspective on creating sustainable biospecimen resources.</a> J Natl Cancer Inst Monogr. 2011, 1-7 (2011).</li>
<li>Fu, T., Aasi, S. Z., Hollmig, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Management+of+high-risk+squamous+cell+carcinoma+of+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Treat+Options+Oncol%22%5BJournal%5D)">Management of high-risk squamous cell carcinoma of the skin.</a> Curr Treat Options Oncol. 17, (2016).</li>
<li>Rasmussen, C., Thomas-Virnig, C., Allen-Hoffmann, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Classical+human+epidermal+keratinocyte+cell+culture%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Classical human epidermal keratinocyte cell culture.</a> Methods Mol Biol. 945, 161-175 (2013).</li>
<li>Purdie, K. J., Pourreyron, C., South, A. P. Cancer cell culture: Methods and protocols. , Humana Press. 151-159 (2011).</li>
<li>Berglund, S. R., Schwietert, C. W., Jones, A. A., Stern, R. L., Lehman, J., Goldberg, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+methodology+for+sequential+extraction+of+RNA+and+protein+from+small+human+skin+biopsies%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Optimized methodology for sequential extraction of RNA and protein from small human skin biopsies.</a> J Invest Dermatol. 127, 349-353 (2007).</li>
<li>Schroeder, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RIN%3A+an+RNA+integrity+number+for+assigning+integrity+values+to+RNA+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The RIN: an RNA integrity number for assigning integrity values to RNA measurements.</a> BMC Mol Biol. 7, 1-14 (2006).</li>
<li>Cooper, H. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+and+glycosylation+of+MUC1+in+epidermolysis+bullosa-associated+and+sporadic+cutaneous+squamous+cell+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Br+J+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Expression and glycosylation of MUC1 in epidermolysis bullosa-associated and sporadic cutaneous squamous cell carcinomas.</a> Br J Dermatol. 151, 540-545 (2004).</li>
<li>Riihila, P. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complement+factor+H%3A+a+biomarker+for+progression+of+cutaneous+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Complement factor H: a biomarker for progression of cutaneous squamous cell carcinoma.</a> J Invest Dermatol. 134, 498-506 (2014).</li>
<li>Ha Lan, T. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+the+p40+isoform+of+p63+has+high+specificity+for+cutaneous+sarcomatoid+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cutan+Pathol%22%5BJournal%5D)">Expression of the p40 isoform of p63 has high specificity for cutaneous sarcomatoid squamous cell carcinoma.</a> J Cutan Pathol. 41, 831-838 (2014).</li>
<li>Alomari, A. K., Glusac, E. J., McNiff, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((p40+is+a+more+specific+marker+than+p63+for+cutaneous+poorly+differentiated+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cutan+Pathol%22%5BJournal%5D)">p40 is a more specific marker than p63 for cutaneous poorly differentiated squamous cell carcinoma.</a> J Cutan Pathol. 41, 839-845 (2014).</li>
<li>Qiao, B., Johnson, N. W., Gao, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epithelial-mesenchymal+transition+in+oral+squamous+cell+carcinoma+triggered+by+transforming+growth+factor-beta1+is+Snail+family-dependent+and+correlates+with+matrix+metalloproteinase-2+and+-9+expressions%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Epithelial-mesenchymal transition in oral squamous cell carcinoma triggered by transforming growth factor-beta1 is Snail family-dependent and correlates with matrix metalloproteinase-2 and -9 expressions.</a> Int J Oncol. 37, 663-668 (2010).</li>
<li>Vaught, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developments+in+biospecimen+research%5BTitle%5D)+AND+%22Br+Med+Bull%22%5BJournal%5D)">Developments in biospecimen research.</a> Br Med Bull. 114, 29-38 (2015).</li>
</ol>

著者は何も開示することはない。

著者らの知る限り、このプロトコールは、費用対効果と迅速なアプローチの両方で皮膚組織サンプルの臨床調達に焦点を当てた最初のものです。 Mohsマイクロサージャリーを受けている患者は、通常、特定の時間帯にスケジュールされ、収集はこれらの期間に限定されます。サンプル収集には、患者のケアに携わる医療補助員、腫瘍サンプルを処理するモース組織学者、サンプルの採取および血液処理を担当する指定検査スタッフからの努力が含まれる。 収集チームの3人のメンバー（ すなわち、医療アシスタント、モースの組織工学者、および実験技師）との間の綿密な調整により、既存の医療支援スタッフは、3-5個の組織サンプルの収集に関連する追加の作業を完了できることを見出したクリニックの手術で明らかな遅れを伴わずに1日あたり。患者の同意を得る<html>口腔内綿棒および血液の採取は、モース顕微鏡手術に伴う通常の待機期間中に完了する。サンプルをどのように処理するかについての意思決定以外に、モースの組織工学者が担当するタスクは、患者サンプルのモース処理の終了時に完了し、通常、毎日のスケジュールに約30分を追加します...

がんやバイオマーカーの研究は質の高いヒトの組織サンプルの供給に依存しており、限られた供給は研究1,2を妨げている。多くの皮膚科学的研究は、供給不足、品質の変化、およびヒト組織の使用に関連するコストによって制限される。大規模な専用バイオバンクを構築するコストは約200万ドルと推定されており、これらのコストは人体組織の使用を多くの研究者の手の届かないところに置きます。さらに、研究サンプルを生成し保存するプロセスは、注意深く実行されなければ、臨床操作に影響を与え、患者のケアを遅らせるリスクをもたらす。推奨されるベストプラクティスとサンプルのバリデーション4,5,6に従って、皮膚癌サンプルに焦点を当てた費用効果の高いクリニックベースのバイオリポジトリが確立されました。 <pこのプロトコルは、扁平上皮癌（SCC）、基底細胞癌（BCC）およびメラノーマ皮膚癌を除去するために多量のモース顕微鏡手術を行う皮膚科診療所で開発されました。ボランティアドナーは、この患者集団から募集することができます。収集場所にバイオリポジトリを設置して、治療を遅らせることなく、同意された患者の組織や血液を迅速に採取することが重要です。同じ診療所から採取した検体を集めることは、採取技術のばらつきを最小限に抑え、検体の品質のばらつきを最小限に抑えます。これは、下流のアプリケーション7,8で問題になります。 Mohs顕微鏡手術技術の目標は、可能な限り多くの健康な組織を保存しながら、すべての癌組織を確実に除去することです。この手順は、腫瘍組織の薄層の漸進的除去を含む。それぞれの連続する層は彼のものです皮膚科医によって（腫瘍組織を凍結切除し、H＆E染色を行った後に）論理的に検査して、すべての癌組織が除去されたかどうかを決定する。患者がオフィスに留まる間、組織の次の層の切除および検査が実行される。この手法は、SCC 9の最良の治療選択肢と考えられています。この時点で、創傷は閉鎖され、治癒および美容的外観を改善するために、隣接する正常組織（ANT）が頻繁に摘出される。したがって、腫瘍を除去するためのこの外科的処置は、将来の研究のために組織学的に特徴付けられた組織を収集するのに理想的に適している。 腫瘍組織、隣接する正常組織、唾液、および血液サンプルを取得するための調達手順は、通常の職務に最小限の影響を及ぼすように設計されています（ 図1 ）。医療アシスタントは、手順のために患者を準備しながら血液採取を行う。 Mohs手順の完了後、M<html>オハイオ組織学者は標本の追加の組織スライドを準備し、その組織をバイオリポジトリに移す。バイオリポジトリの確立に関連するコストには、凍結保存フリーザの購入、適度な臨床検査スペースの作成、および在庫追跡プログラムの開発が含まれる。 <img alt="図1" src="/files/ftp_upload/55583/55583fig1.jpg" /> 図1：サンプル収集と責任スタッフのシーケンス。患者のチェックインと患者の同意が得られると、医療アシスタントは頬の綿棒を採取して採血を行う。皮膚科医および医療補助員は、腫瘍を切除し、創傷を閉鎖し、その間SCCおよびANT標本をそれぞれ収集する。専用の実験技術者が血液を処理し、組織培養、保存、およびバイオリポジトリへの入室についてSCCおよびANT標本を区分する。ftp_upload / 55583 / 55583fig1large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt;この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。 収集されたサンプルの多様性は、さまざまな実験的アプローチを可能にします（ 図2 ）。患者から採取した試料は、頬拭き（唾液も必要に応じて採取することができる）、全血、および切除組織である。口腔スワブおよび全血由来のサンプルは、遺伝子タイピングおよび組織適合のために、処理することなく保存される。将来の分析のために、全血を白血球（WBC）と血漿画分に分離する。モース処理後、凍結した腫瘍を液体窒素に直接入れ、-80℃の冷凍庫に移す。新鮮な生存可能な腫瘍組織およびANT試料を、以前の技術10,11の改変を用いて培養し、次いで凍結保存する。収集中、各サンプルタイプの数は、スプレッドシートに記録されてから<html>正確な処理を容易にする在庫追跡プログラム（ 表1 ）。 <img alt="図2" src="/files/ftp_upload/55583/55583fig2.jpg" /> 図2：臨床医ベースのバイオリポジトリのサンプル収集と処理の概要。頬側スワブおよび血液サンプルを患者から採取し、下流の遺伝子型決定および組織適合のために保存する。全血は、白血球（WBC）単離およびCTC分析ならびに血漿採取および液体生検分析のためにさらに処理される。 Mohs手順中に切除された組織は、診断目的のために組織学的に処理され、その後、組織学的スライドはさらなる免疫組織化学的分析のために実験的に使用され得る。切除された組織試料が十分に大きい場合、新鮮な組織の一部を取り出し、タンパク質およびRNAの単離および培養細胞系の確立のために切片化する。55583 / 55583fig1large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt;この図の拡大版を見るには、ここをクリックしてください。 <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>コレクション日： </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td>患者1 </td><td>患者2 </td><td>患者3 </td><td>患者4 </td><td>患者5 </td></tr><tr><td>頭文字と誕生日</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>目の色</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>サンプルタイプ</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>サンプルの場所</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>唾液</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> W穴の血</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>プラズマ</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>腫瘍の生存率</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>組織正常Viable </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>腫瘍モース液体窒素</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>組織正常液体窒素</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>スライド</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table> 表1：サンプルコレクションを記録するチェックリスト収集された各サンプルと共に追跡され、記録されたデータには、患者のイニシャル、生年月日、および肌の色のための目の色、試験片除去のオン。唾液サンプル数、採血量、および採取した生存および保存された組織標本の数も、後の使用のための参考文献として記録される。 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55583/Table1.xlsx">このファイルをダウンロードするにはここをクリックしてください。</a> サンプル収集手順を検証するために、各サンプルタイプはダウンストリームアプリケーションでテストされています。以前の技術12の改変を用いて、腫瘍およびANTはタンパク質およびRNA単離に首尾よく用いられ、DNA単離のために潜在的に使用され得る。組織切片から確立された生存外植片を顕微鏡検査し、保存された組織スライドを免疫組織化学および免疫蛍光のために使用した。 本明細書に記載されたプロトコールに従って、このモデルを他の皮膚科診療所、他の腫瘍型（メラノーマなど）にまで拡張することが可能であり、、およびヒト癌への多面的研究のためのヒト組織サンプルを提供するための他の外科的専門性および実践を含む。このプロトコルのわずかな変更は、他のプラクティスにとって必要である可能性が高いが、原則として、このプロトコルは、患者治療の過程で収集された患者サンプルを日常的に廃棄する任意の外科手術に適用可能である。

<table><tbody><tr><td>BDバキュテイナープラスチック採血チューブ、K3EDTA付き</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>02-685-2B</td><td></td></tr><tr><td>電子顕微鏡科学 ダブルエッジブレード</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>50-949-411</td><td></td></tr><tr><td>湾曲したミディアムポイント汎用鉗子</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>16-100-110</td><td></td></tr><tr><td>プレミアムマイクロ遠心チューブ</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-138</td><td></td></tr><tr><td>Lonza Walkersville KGM Keratinocyte Medium</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>NC9791321</td><td></td></tr><tr><td>Electron Microscopy Sciences Tissue TEK OCT Compound</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>50-363-579</td><td></td></tr><tr><td>Leica CM1950 Cryostat</td><td>Leica Biosystems</td><td>14047743909</td><td></td></tr><tr><td>Frosted Microscope Slides</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12-550-343</td><td></td></tr><tr><td>シャンドン ラピッドクローム H&E 凍結切片染色キット</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>99-900-01</td><td></td></tr><tr><td>ナルゲン長期保存極低温チューブ</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>03-337-7X</td><td></td></tr><tr><td>ファルコン 15 mL 円錐形遠心チューブ</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>14-959-53A</td><td></td></tr><tr><td>ボカサイエンティフィック BuccalT-スワブ&nbsp;</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィ</td>ック <td>NC9679349</td><td></td></tr><tr><td>細胞シグナル伝達技術 10x RIPA バッファー</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>50-195-822</td><td></td></tr><tr><td>停止プロテアーゼおよびホスファターゼ阻害剤 カクテル</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>PI78443</td><td></td></tr><tr><td>エッペンドルフ 5424R 微量遠心分離機</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>05-401-203</td><td></td></tr><tr><td>ペレットモルター コードレスホモジナイザー</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィ</td>ック <td>12-141-3</td><td></td></tr><tr><td>RNAse フリーペレット・ペトル</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>121-141-364</td><td></td></tr><tr><td>Forma SteriCycle CO2 インキュベーター</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>13-998-089</td><td></td></tr><tr><td>HyClone ウシ胎児血清</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>SH30071.02</td><td></td></tr><tr><td>Gibco Advanced DMEM/F-12</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>12-634-028</td><td></td></tr><tr><td>Gibco ペニシリン-ストレプトマイシン</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15140148</td><td></td></tr><tr><td>Gibco 1 M Hepes</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15-630-130</td><td></td></tr><tr><td>Nunc Cell Culture 35 mm with Vent</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>1256591</td><td></td></tr><tr><td>Anti-CFH monoclonal antibody clone OX-24</td><td>Abnova</td><td>MAB12583</td><td></td></tr><tr><td>Anti-p40 (p63 delta)抗体</td><td>Abnova</td><td>ABX-144A</td><td></td></tr><tr><td>抗MUC-1抗体</td><td>Santa Cruz Biotech</td><td>sc-7313</td><td></td></tr><tr><td>抗カタツムリ+ナメクジ (リン酸化 S246)</td><td>Abcam</td><td>Ab63568</td><td></td></tr><tr><td>ヤギ抗ウサギIgG, Alexa Fluor 488</td><td>Invitrogen</td><td>A-11034</td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 568 ファロディン</td><td>分子プローブ&nbsp;</td><td>A12380</td><td></td></tr><tr><td>ProLong Gold 退色防止封入剤 DAPI</td><td>分子プローブ付き&nbsp;</td><td>P36941</td><td></td></tr><tr><td>Axioカメラ付きZeiss Axio Imager Z1顕微鏡</td><td>Zeiss</td><td>4300009901</td><td></td></tr><tr><td>Olympus IX51 位相差とDP72カメラ</td><td>Olympus</td><td>IX511F3</td><td></td></tr></tbody></table>

クリニックベースのバイオリポジトリの設立

Establishment of a Clinic-based Biorepository

皮膚癌（ 例えば、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌および黒色腫）の発生率は、過去数年間にわたって増加している。生物医学研究研究のための皮膚腫瘍サンプルが並行して要求されることが期待される。しかしながら、組織の入手可能性は、バイオリポジトリを確立するコストと、臨床操作を妨害しない臨床サンプルを得るために利用可能なプロトコルがないために限定されている。モース外科手術の日にルーチンの臨床手順に最小限の影響を与える皮膚腫瘍および関連する血液および唾液サンプルを収集および処理するためのプロトコルが確立された。腫瘍試料は、モース組織工学者による生検で証明された皮膚悪性腫瘍のための第1層のモース手術を受けている患者から収集され、処理される。隣接する正常組織は、手術終了時に収集される。採取することができる追加のサンプルは、全血および口腔スワブ。通常は廃棄される組織サンプルを利用することにより、診療所と臨床検査室の設定に基づいていくつかの重要な利点を提供するバイオリポジトリが生成された。これらには、幅広い収集サンプルが含まれています。病理学的報告を含む、識別されていない患者記録へのアクセス;典型的なドナーの場合、フォローアップ訪問中の追加サンプルへのアクセス。

腫瘍およびANTは、タンパク質単離において首尾よく使用され、ウェスタンブロッティングによって試験された。 図3に示すように、皮膚扁平上皮癌腫マーカー（Muc1 14 、FHL-1 15 、およびp40 16,17 ）は、本発明者らの診療所ベースのバイオリポジトリに収集および保存された患者サンプルで検出することができる。 <img alt="図3" src="/files/ftp_upload/55583/55583fig3.jpg" /> 図3：ANTおよびSCCから抽出されたタンパク質の分析。全タンパク質をANTおよびSCC試料から単離し、SCCについての既知のマーカーの発現をウエスタンブロットによって調べた。ムチン1（MUC1）...

皮膚腫瘍は、しばしば、モース顕微鏡手術後に捨てられる。臨床支援スタッフが、臨床操作を妨害することなく、下流の実験室用途のための皮膚腫瘍（ 例えば、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、および黒色腫）試料を効果的に処理および保存することを可能にするプロトコールがここに記載される。

The incidence of skin cancer (e.g., squamous cell carcinoma, basal cell carcinoma, and melanoma) has been increasing over the past several years. It is ...

本プロトコルの全体的な目的は、皮膚科クリニックの臨床サポートスタッフが、日常的な診療業務を妨げることなく、後続のラボアプリケーションに向けて皮膚腫瘍サンプルを効果的に処理および保存できるようにすることです。本プロトコルは、医療助手やMohs組織技師が日々の診療業務の一環として、将来の生物医学研究プロジェクトのために皮膚腫瘍サンプルを収集し保存できるように設計されました。本プロトコルの主な利点は、通常であれば廃棄・処理される切除組織を、日常的な診療業務への影響を最小限に抑えた手順を用いて、研究用に収集および保存できる点にあります。収集された多様なサンプルにより、組織および血漿サンプル中のタンパク質とRNAのバイオマーカーと、患者の転帰データとの相関関係を明らかにすることが可能になります。原則として、このプロトコルをわずかに修正すれば、患者の治療過程で収集され、通常は廃棄されるサンプルを扱うあらゆる外科的診療に適用できます。本手順の実演は、Mohs組織技術者のStefani Fawks氏と、当診療所のリサーチフェローであるMitchell Manway博士が担当します。まず、Mohs外科医から受け取った組織を使用し、メスで組織の尖端側の中央から10～50 mgのサンプルを切り出します。ピンセットを用いて、生存組織を培地があらかじめ充填されたラベル付きの1.5 mLチューブに移します。組織が完全に培地に浸っていることを確認してください。サンプルを冷蔵庫に入れ、さらなる処理を行うまで4 °Cで24時間以内に保存します。腫瘍サンプルのサイズが十分に大きく、かつその採取がルーチンのMohs手術の処理を妨げない場合に、切除組織の尖端側から少なくとも10 cubic millimeterの組織片を採取します。次に、未処理の残りの腫瘍サンプルをクライオスタットの組織ホルダーに設置します。組織を最適切片作製温度（OCT）コンパウンドに埋め込み、ホルダー内で凍結させて組織切片標本を作成します。クライオスタットを用いて組織を7 µmの厚さに切断し、スライドガラス上に最大3枚の切片を重ねます。切断後、スライドをアセトンに1〜2秒間浸し、組織を固定します。その後、スライドを自然乾燥させます。残りのサンプルをクライオスタットチャンバー内に保持したまま、組織を凍結包埋剤から剥離させ、ラベル付きの凍結保存チューブに移します。ラベル付きバイアルを直ちに液体窒素に投入してください。Mohs処理後の組織のクライオバイアルへの移送は、-20°Cのクライオスタットチャンバー内で行う必要があります。適切に実施し、組織を凍結状態で維持することで、Mohs処理後の組織サンプルからRNAを正常に抽出することが可能になります。次に、Mohs外科医から隣接する正常組織を入手します。隣接する正常組織の尖端側からサン

establishment-of-a-clinic-based-biorepository

Research

JoVE Journal

Medicine

医学

私たちは、小さな腸の陰窩からヒトの腸を、手術組織と生検の両方から採取した結腸の陰窩からコロノイドを確立する方法を説明しています。この方法論の記事では、ヒトエンテロイドとコロノイドの成長と維持を成功させるために不可欠な培養モダリティを紹介します。...

全組織生検からヒト上皮EnteroidsとColonoidsの確立

この方法は、ラジカル前立腺切開術後のバイオバンキング組織のサンプリング手順を導くために前立腺癌患者の臨床診断データの利用を含む。これにより、より広範な下流アプリケーション向けの新鮮な組織の効率性と可用性に関する以前に公開された方法の問題を克服できます。...

前立腺癌バイオバンキングのサンプリング手順を導く磁気共鳴イメージングと生検データの使用

以下の研究では、大腸癌および膵臓癌の大型バイオバンクの確立に必要な連続したステップについて述べています。...

生きたバイオバンクの創造と維持 - 私たちはそれを行う方法

バイオバンクは生物医学研究にとって重要なリソースであり、欧州腫瘍学研究所のトランスレーショナルおよびデジタルメディシンユニットのバイオバンクはこの分野のモデルです。ここでは、さまざまな種類のヒト生体サンプルを管理するためのバイオバンクの標準操作手順について詳しく説明します。...

トランスレーショナルメディシンのためのバイオバンク:最適なサンプル管理のための標準操作手順

このプロトコルは、根治的前立腺全摘除術標本からのサンプルの収集を容易にする方法を説明しています。目標は、バイオバンクに保存する前に、解剖病理学的基準に基づいて標本から組織サンプルをマッピング、特性評価、およびミクロマクロで解剖することです。...

改善されたサンプリング技術と組織学的特性評価による前立腺腫瘍バイオバンキングの信頼性の向上

このプロトコルは、プロテオミクス、メタボロミクス、グライコミクスなどの分子ダウンストリーム分析のための高品質のヒト房水および硝子体リキッドバイオプシーの標準化された収集、アノテーション、およびバイオバンキングのための統合バイオリポジトリプラットフォームを提供します。...

分子解析のためのヒト水および硝子体リキッドバイオプシーのバイオバンキング

このプロトコルは、さまざまな病期からの卵巣がんオルガノイドを確立するための体系的なフレームワークを提供し、患者固有の変動性の課題に対処して、収量を増やし、その後のアプリケーションのための堅牢な長期拡張を可能にします。これには、組織処理、播種、培地要件の調整、および免疫蛍光染色の詳細な手順が含まれています。...

卵巣がんオルガノイドのバイオバンキング戦略:組織学的サブタイプと疾患病期にわたる患者間の不均一性への対処

この記事では、バイオバンキング、個別化医療、その他の研究用途での有用性を最適化するように設計された、乳がんサンプルを収集するための詳細なプロトコルを紹介します。乳房生検や乳房切除術などのサンプル採取のワークフローについて、組織損傷の最小化とサンプル品質の最大化に重点を置き、詳細に説明します。...

バイオバンキング、個別化医療、研究アプリケーションのための乳房生検および乳房切除術のサンプル収集手順の最適化

主な侵襲的同所性膀胱癌異種移植片を接種するために確立された技術は、開腹手術と膀胱の動員を必要とします。この手順では、マウスに有意な病的状態を負わせる技術的に困難であり、時間がかかる。したがって、我々は、経皮的アプローチは、超音波誘導を利用して、高精度を開発した。...

マウス同所性膀胱異種移植片の最小侵襲性の確立

細菌の病因を理解し、新しい治療法の開発を生み出すためには、尿路感染症(UTI)をモデル化する能力が重要です。この研究の目標は、ヒトで見られる所見を再現および予測する実験的UTIおよびカテーテル関連UTIのマウスモデルを実証することです。...

マウスモデルにおけるUTIとCAUTIの樹立とその性状

学ぶ皮膚科クリニックでの皮膚腫瘍サンプルの処理・保存プロトコル。医療補助スタッフが日常業務を妨げずに切除組織を収集し、タンパク質・RNAバイオマーカー研究のためのバイオリポジトリを構築する方法です。

クリニックベースのバイオリポジトリの設立

さらに動画を探す