Name: その場でサルヴィ、TOF-SIMSシェワネラ oneidensis MR1 バイオ フィルムの特性 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-08-18T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: 学ぶSALVIを用いたShewanella oneidensisバイオフィムの培養とTOF-SIMSによる化学空間分布の可視化手法。この方法は環境微生物学において生きたバイオフィムのin situ分析を可能にし、多様な研究応用が期待されます。

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太平洋の北西国立研究所 (なり) 地球と生物科学 (EBD) ミッション種監督研究と開発 (LDRD) 基金へのサポート感謝しております。インストゥルメンタル アクセスが w. r. ワイリー環境分子科学研究所 (EMSL) 一般ユーザーの提案書を提供されました。EMSL はオフィスの生物と環境研究 (BER) なりで主催国立科学ユーザー施設です。著者は博士 『 鼎の証拠、原稿を読んで、有用なフィードバックを提供することをありがちましょう。バテル契約 DE AC05 76RL01830 下 DOE のなりが運営しています。

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著者が明らかに何もありません。

ログ段階で接種後数日とバイオ フィルムが 3.1 の手順で説明するよう健康とイメージングのため十分な厚さだ前に拡大する温度をテストすることが重要です。S. oneidensis 室温; MR1 バイオ フィルムを養殖具体的手順します。しかし別の部屋の温度の成長率に影響を与えます。したがって、バイオ フィルムは TOF-SIMS 解析に進む前に準備ができているかどうかを理解する光イメージング技術を使用する重要です。同様に、異なった緊張細菌の生育条件と解析のための望ましい厚さを達成するために長さが必要です。図 1 b の成長曲線がログ 12-32 h をする細菌相 200 を示し、これはプロシージャ全体で 24 h で使用されていた、それは今回使えないというログ相として細菌の他の株の成長曲線を確立せずに注意してくださいすることが重要 独立。ログ相は、12 と 33 h s. oneidensis の成長の間でしたが、24 h は酸素がログ フェーズの終わりに、有機体の成長速度制限始めていた成長の部分にだったという事実のために選ばれました。これが時間の細胞であることを示した実験はナノワイヤー、こうして低酸素環境で生き残ることができるフォーム成...

細菌バイオ フィルム細菌前記細胞が接続し、多くの可能な環境の中で生き残ることができる有害な物理的・機械的刺激の変化を生き残るためにための防衛として時間をかけて進化してきた表面関連のコミュニティであります。1,2バイオ フィルム大幅に調査した、生体臨床医学、医用生体工学、農業、産業の研究・開発など多くの分野のアプリケーションがあります。1,2セルフ プロデュースに細胞外高分子物質 (EPS) と、ローカル水クラスター環境などを含むこれらの複雑な微生物の化学マッピングを理解する正確を得る不可欠ですな彼らの生物学的活動の描写です。2
バイオ フィルムは存在し、高含水状態の内で育ちます。これは、揮発性液体の真空の勉強の難しさのため飛行時間二次イオン質量分析 (TOF-SIMS) など真空表面解析テクニックを使用して偉大な課題を提示します。その結果、真空ベースの表面分析技術は、乾燥状態だけでバイオ フィルム サンプルを勉強にほとんど専ら限られています。しかし、乾燥状態でバイオ フィルムを勉強して、真の生物学的微小環境の正確な調査を阻害します。それはしばしば、EPS の整合性とバイオ フィルム形態、その場で液体研究にバイオ フィルムの乾燥質量スペクトル結果を比較した後示されている抜本的な変更が発生します。3,4この記事分析液体真空インターフェイス (サルヴィ)、5,6マイクロ流体リアクターでの我々 のシステムの使用を採用することにより自然な水和状態内のバイオ フィルムを勉強するためのソリューションを提示します。したがって真空内液体マトリックスの構造の整合性を維持しながら二次イオンビーム プローブへの直接アクセスを提供するマイクロ ポリジメチルシロキサン (PMDS) の薄いシリコン窒化 (罪) 膜の下で液体が入っています。商工会議所。7,8
S. oneidensis氏 1 緑色蛍光タンパク質 (GFP) を表現する変異は、その代謝の多様性と環境、応用微生物学、基づいていたで一般的な使用のためこのバイオ フィルムの手順図のモデル生物として選ばれました。大きく上金属還元剤や細胞外の電子転送のための独自の機能。9,10,11また、GFP の存在は簡単連続バイオ フィルム厚蛍光顕微鏡による監視、フルオレセイン イソチオ シアン酸 (FITC) フィルターを使用しての許可。私たちの以前の研究では、最大 100 μ m の厚さにバイオ フィルムの成長のためoperando の蛍光イメージングを使用して罪ウィンドウに添付ファイルを好むこの細菌の証拠を示しています。4,12本稿が蛍光顕微鏡によるバイオ フィルムの存在の確認を説明するだけのサルヴィは超解像などその他の光学撮像方法と互換性のある蛍光イメージング (すなわち、構造化照明顕微鏡 (SIM)9) および共焦点レーザー走査顕微鏡 (CLSM) 画像4)。光イメージングは、バイオ フィルムの厚さを測定する機能し、それは、その厚さと罪ウィンドウへの付着を確認する表示されます、バイオ フィルムの形状の 3 D イメージを取得できます。9 GFP は、SIMS 分析で使用された、GFP なしS の oneidensisを成長曲線光学密度のこの唯一の必要な測定として使用され、任意の蛍光イメージングを必要としません。一般的に、タグ付きの GFP の違いと成長曲線のタグの付いていない種が重要ではありません。さらに、このプロトコルは、手順を記述するモデル生物としてs. oneidensis氏 1 GFP を使用して、この手順はサルヴィ内栽培のために必要とされるすべての菌株の設計されています。とはいえ、必要な細菌株の知識を与え、時間、温度、酸素環境など生育条件が使用される細菌の歪みに合わせて変更する必要があります。成長媒体のためこの手順は養殖で、ブドウ糖とブドウ糖なしトリプシン大豆寒天 (TSA) なし「ナノワイヤー」中, トリプシン大豆スープ (TSB) を使用します。成長のため、膜の拡張を監視するため、「ナノワイヤ」中の組成は、特別策定されていますと、細いワイヤと培地成分形を取るように見えるs. oneidensisのペリプラズムがされている以前の研究で確立。13,14
その場で当社の以前の議定書液体 TOF-SIMS サルヴィは、タンパク質の固定化と TOF-SIMS 解析およびデータ圧縮に関する詳細なプロトコルと同様に、罪に添付ファイルを提供している利点について説明しました。12データ削減の手順を繰り返しよりもむしろ本稿になる代わりにセットアップおよびバイオ フィルムの存在と事前の厚みを検出する画像処理の手順と同様に、私たちのサルヴィのマイクロ チャネル内のバイオ フィルムを育成のユニークなアプローチに焦点を当てるTOF-SIMS 解析。バイオ フィルムが以前のみ真空ベース表面分析技術のチャンバ内でサンプルを乾燥する限定されていました、ライブ バイオ フィルムの詳細な EPS とバイオ化学マッピング今入手できますその場でこの新しい機能であるためです。

<table><tbody><tr><td>ToF-SIMS</td><td>IONTOF</td><td>TOF.SIMS 5</td><td>解像度:>10,000 m/&Delta;mは質量分解能。>4,000 m/&デルタ;</td></tr><tr><td>液体真空界面(SALVI)での分析のための</td>高空間分解能システム太平洋<td>北西部国立研究所</td><td>N/A</td><td>SALVI は、ユニークな自己完結型のポータブル分析ツールで、ToF-SIMS(Time-of-Flight secondary Ion Mass Spectrometry)などの真空ベースの科学機器で初めて、分子レベルでの自然な状態での液体表面の分析を可能にします。</td></tr><tr><td>-80°CC冷凍庫</td><td>ニューブランズウィックサイエンティフィック</td><td>N / A</td><td>U410プレミアムエネルギー効率の高い超低温冷凍庫</td></tr><tr><td>4&deg;C 冷蔵庫</td><td>BioCold Scientific</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>COLDBOX1 オービタルシェーカー</td><td>ニューブランズウィックサイエンティフィック</td><td>N/A</td><td>イノーバ 4900 マルチティア環境シェーカー、血清ボトルとフラスコの培養のために摂氏 30 度に設定、150rpm に設定。</td></tr><tr><td>シリンジポンプ</td><td>コールパーマー</td><td>EW-74905-02</td><td>コールパーマー シリンジポンプ、輸液のみ、タッチスクリーン制御 74905-02、チューブシステムとSALVIに一定の流量で液体を注入するために使用されます。</td></tr><tr><td>インキュベーター</td><td>バーンステッドインターナショナル</td><td>LT1465X3</td><td>Lab-Lineインキュベーター、プレート培養のために摂氏30度に設定</td></tr>。<tr><td>オートクレーブ</td><td>Getinge</td><td>533LS</td><td>PEEKフィッティング、チューブシステム、血清バイアル、培地の滅菌に使用されます。モデル533LS真空蒸気滅菌器</td></tr><tr><td>分光光度計</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>4001-000</td><td>GENESYS 20分光光度計、成長曲線のキュベットのOD600読み取り用。</td></tr><tr><td>生物学的安全キャビネット</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>1385</td><td>1300 シリーズ AZ 生物学的安全キャビネット</td></tr><tr><td>蛍光顕微鏡</td><td>ニコン</td><td>N/A</td><td>ニコン OPTIPHOT-2 蛍光顕微鏡、カメラと超高圧水銀ランプ電源付き。</td></tr><tr><td>pHメーター</td><td>メトラー・トレド</td><td>51302803</td><td>「ナノワイヤー」終了後、オートクレーブ前の培地。</td></tr><tr><td>PEEKユニオン</td><td>Valco</td><td>ZU1TPK</td><td>SALVIの入口と出口、シリンジをチューブシステムに接続し、SALVIの入口をチューブシステムのドリップチャンバーに接続します。</td></tr><tr><td>5軸サンプルステージ</td><td>IONTOF</td><td>N/A</td><td>Stageは、ToF-SIMSにSALVIを実装するための自作です。</td></tr><tr><td>バーンステッドナノ純水精製システム</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>D11921</td><td>ROpure LP 逆浸透ろ過モジュール (D2716)</td></tr><tr><td>ピペット</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>21-377-821</td><td>範囲: 100 〜 1,000 μL。</td></tr><tr><td>ピペットチップ</td><td>Neptune</td><td>2112.96.BS</td><td>1,000 &micro;Lピペットチップ</td></tr><tr><td>カミソリブレードハンドル</td><td>スタンレー</td><td>N/A</td><td>スタンレー・ボスティッチ カミソリブレードスクレーパー、片刃刃5枚付き、PTFEチューブの切断に使用</td></tr><tr><td>シリンジ</td><td>BD</td><td>309659</td><td>1mL</td></tr> シ<tr><td>リンジ</td><td>BD</td><td>309657</td><td>3mL</td></tr> シ<tr><td>リンジ</td><td>BD</td><td>309646</td><td>5mL;ドリップチャンバー</td></tr>シ<tr><td>リンジ</td><td>BD</td><td>309604</td><td>10 mL</td></tr><tr><td>シリンジ</td><td>BD</td><td>302830</td><td>20 mL</td></tr>使い捨て<tr><td>ピペット</td>サー<td>モフィッシャーサイエンティフィック</td><td>13-678-11</td><td>25 mLフィッシャーブランド&trade;滅菌ポリスチレンディスポーザブル血清ピペット、拡大鏡ストライプ付き、血清ボトルの充填用。</td></tr><tr><td>電動ピペットフィラー</td><td>ピペットエイド</td><td>P-57260</td><td>真空圧電動血清ピペットフィラー</td></tr><tr><td>セラムボトル</td><td>シグマ</td><td>33109-U</td><td>培養増殖用の液体を約69mL保持し、1本あたり20mLの培養液の使用に最適です。</td></tr><tr><td>嫌気性培養チューブ</td><td>VWR</td><td>89167-178</td><td>嫌気性チューブ、18 x 150 mm、20 mm ブルーブチルゴムストッパーとアルミニウムシールが付属しています。</td></tr><tr><td>ラバーストッパー</td><td>シグマ</td><td>27235-U</td><td>シリコンストッパーは、血清ボトルのシールやチューブシステム/ドリップチャンバーの作成に使用されます。</td></tr><tr><td>アルミクリンプシール(セプタムなし)</td><td>シグマ</td><td>27227-U</td>血清<td>ボトルクリンパーで使用するための血清ボトルの上部用アルミニウムシール。</td></tr><tr><td>血清ボトル アルミ シール クリンパー</td><td>ウィートン 224307</td><td></td><td>30 mm クリンパー 標準シール付き。</td></tr><tr><td>PTFEチューブ</td><td>Supelco</td><td>58697-U</td><td>1.58 mm OD x 0.5 mm ID 50フィートPTFEテフロンチューブ、チューブシステムの作成に使用されます。</td></tr><tr><td>分光光度計で使用するための</td><td>使い捨てキュベット</td><td>GMBH</td><td>759085D</td> 1.5 Ml。</tr><tr><td>ニードル</td><td>BD</td><td>303015</td><td>22G;血清ボトル注射に使用。</td></tr><tr><td>ニードル</td><td>BD</td><td>305120</td><td>23G;ドリップチューブシステムを作成するためのパンチスルーラバーストッパーに使用されます。</td></tr><tr><td>Shewanella oneidensis MR-1 with GFP</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>Matthysse AG, Stretton S, Dandie C, McClure NC, &Goodman AE (1996) 大腸菌以外のグラム陰性菌で使用するためのGFPベクターの構築.FEMS Microbiol Lett 145(1):87-94.&nbsp;</td></tr><tr><td>エタノール</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィ</td>ック<td>&nbsp;S25310A</td><td>95% 変性</td></tr><tr><td>TSA</td><td>BD</td><td>212305</td><td>このプロトコルで使用されるモデル生物 (S. oneidensis) を培養するためのトリプシン大豆寒天</td></tr>培地 <tr><td>PIPES バッファー</td><td>Σ</td><td>P-1851</td><td>「ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>水酸化ナトリウム</td><td>Σ</td><td>S-5881</td><td>"ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>塩化アンモニウム</td><td>Sigma</td><td>A-5666</td><td>「ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>塩化カリウム</td><td>Sigma</td><td>P-4504</td><td>「ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>リン酸ナトリウム Monobasic</td><td>Sigma</td><td>S-9638</td><td>の用途ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>塩化ナトリウム</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>S271-3</td><td>「ナノワイヤー」媒体、および「」に使用されるミネラル溶液を作るために使用されます。ナノワイヤー」ミディアム{Hill、E.A. 2007}</td></tr><tr><td>乳酸ナトリウム</td><td>シグマ</td><td>L-1375</td><td>60%(w / w)シロップ@ 98%純粋、d = 1.3 g / mL、7M、ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>重炭酸ナトリウム</td><td>Sigma</td><td>S-5761</td><td>非鉄NTA溶液の製造に使用され、ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>ニトリロ三酢酸三ナトリウム塩</td><td>シグマ</td><td>N-0253</td><td>非鉄NTA溶液の製造に使用され、ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>鉄 (III) 塩化</td>シ<td>グマ</td><td>451649</td><td>NTA第二鉄溶液の製造に使用され、"ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>硫酸マグネシウム</td><td>シグマ</td><td>208094</td><td>鉱物溶液の製造に使用され、"ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>マンガン (II) 硫酸塩一水和</td><td>物 Sigma</td><td>M-7634</td><td>鉱物溶液の製造に使用され、"ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>鉄(II) 硫酸塩七水和物</td><td>シグマ</td><td>215422</td><td>鉱物溶液を作るために使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>塩化カルシウム二水和物</td><td>シグマ</td><td>223506</td><td>鉱物溶液を作るために使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>コバルト(II) 塩化物</td><td>シグマ</td><td>60818</td><td>鉱物溶液の製造に使用され、"ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>塩化亜鉛</td><td>シグマ</td><td>229997</td><td>鉱物溶液の製造に使用され、"ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>銅(II) 硫酸五水和物</td><td>Sigma</td><td>C-8027</td><td>鉱物溶液の製造に使用され、ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>アルミニウム カリウム硫酸カリウム Dodecahydrate</td><td>シグマ</td><td>237086</td><td>鉱物溶液を作るために使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>ホウ酸</td><td>シグマ</td><td>B-6768</td><td>鉱物溶液の製造に使用され、"ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>モリブデン酸ナトリウム二水和物</td><td>シグマ</td><td>331058</td><td>鉱物溶液を作るために使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>ニッケル(II) 塩化物</td><td>シグマ</td><td>339350</td><td>鉱物溶液の製造に使用され、"ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>タングステン酸ナトリウム二水和物</td><td>シグマ</td><td>14304</td><td>鉱物溶液の製造に使用され、"ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>D-ビオチン</td><td>Sigma</td><td>47868</td><td>ビタミン溶液の製造に使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>葉酸</td><td>シグマ</td><td>F-7876</td><td>ビタミン溶液の製造に使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>ピリドキシン塩酸塩</td><td>シグマ</td><td>P-9755</td><td>ビタミン溶液の製造に使用され、"ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>リボフラビン (B2)</td><td>Sigma</td><td>47861</td><td>ビタミン溶液の製造に使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>チアミン塩酸塩</td><td>シグマ</td><td>T-4625</td><td>ビタミン溶液の製造に使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>ニコチン酸</td><td>シグマ</td><td>N4126</td><td>ビタミン溶液の製造に使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>D-パントテン酸ヘミカルシウム塩</td><td>シグマ</td><td>21210</td><td>ビタミン溶液を作るために使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>ビタミンB12</td><td>Sigma</td><td>V-2876</td><td>ビタミン溶液の製造に使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>4-Amino安息香酸</td><td>Sigma</td><td>A-9878</td><td>ビタミン溶液の製造に使用され、 "ナノワイヤー」中 {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>チオクト酸</td><td>シグマ</td><td>T-1395</td><td>ビタミン溶液の製造に使用され、"ナノワイヤー」ミディアム{ヒル、EA 2007}</td></tr></tbody></table>

その場でサルヴィ、tof-simsシェワネラ oneidensis mr1 バイオ フィルムの特性

In Situ Characterization of Shewanella oneidensis MR1 Biofilms by SALVI and ToF-SIMS

細菌バイオ フィルムの自主制作に細胞外高分子物質 (EPS) と環境微生物学での自分の役割を理解する研究が大幅に表面関連のコミュニティであります。本研究は、バイオ フィルムの添付ファイル分析液体真空インターフェイス (サルヴィ) でのシステムを開拓し、飛行時間二次イオン質量分析 (TOF-SIMS) によってその場で生きているバイオ フィルムの化学マッピングを実現する方法をについて説明します。これは外側と専門のセットアップでは、サルヴィ チャネル内の両方の細菌の培養と同様、バイオ フィルムの存在と TOF-SIMS 解析の前に厚さを検出する光イメージング技術です。我々 の結果は自然な水和状態でシェワネラバイオ フィルムの特徴的なピークを表示によってローカライズされた水クラスター環境、EPS の強調表示のフラグメントは、同じバイオ フィルムから大幅に異なって脱水状態です。これらの結果は、真空ベースの化学イメージング装置とその場観察バイオ イメージングは、サルヴィの画期的な機能を示しています。

これらの代表的な結果は、TOF-SIMS を通じて得られた添付のバイオ フィルムの化学物質のプロファイルを識別して、解釈方法を示すのに役立ちます。質量スペクトル TOF-SIMS データ集録、簡潔に手順セクションで強調表示を印刷後各それぞれ m/z 値識別情報を割り当てるためにピークの同定を実施しなければなりません。これは、細菌や様々 な水のクラスター、脂肪酸、蛋白質のフラグメントなどを学び、細菌内に存在すると予想される特定の化学断片の質量に関する広範な文献レビューを通じて行うことができます。16,17,18,19,20これらの代表的な結果は、 s. oneidensis氏-1 バイオ フィルムと DI 水サンプルによって得られた、...

マイクロ流体リアクター、液体真空界面解析システムにより水和状態の化学マッピングのための in situ飛行時間二次イオン質量分析のためのバイオ フィルムの成長のための手法を提案します。緑色蛍光タンパク質を持つシェワネラ oneidensis氏 1 は、モデルとして使用されました。

その場でサルヴィ、TOF-SIMSシェワネラ oneidensis MR1 バイオ フィルムの特性

Bacterial biofilms are surface-associated communities that are vastly studied to understand their self-produced extracellular polymeric substances (EPS) ...

本手順の全体的な目的は、液体真空界面（SALVI）での解析に向けてシステム内で細菌を培養し、飛行時間型二次イオン質量分析法（Time-of-Flight Secondary Ion Mass Spectrometry）などの真空ベースの技術を用いて、バイオフィルムを天然の水和状態で後続のイメージングに供することです。我々は、SIMSのようなイメージング質量分析法を用いて生存しているバイオフィルムの化学的・空間的分布を可視化することにより、環境微生物学における重要な疑問への回答に寄与する方法を提示します。本手法の主な利点は、バイオフィルムを生きたまま質量分析計やその他の多くの分析プラットフォームに導入でき、マルチプレックス測定が得られることです。本ビデオではShewanella oneidensisを使用していますが、この手法はバイオフィルム育成用の嫌気チャンバーにも適用可能です。後者の場合は、より厳格な育成環境が必要となります。チューブのセットアップ手順は習得が困難であるため、本手法を視覚的に提示することが極めて重要です。バイオセーフティキャビネットへの移送時には、チューブの正確な配置と取り扱いが必要です。22ゲージの針を用いて、血清瓶のゴム栓に慎重に穴を開けます。1/32インチのPTFEチューブを20インチ分、カッターで片端が尖るように切り出します。尖端側から、PTFEチューブをゴムストッパー上部の穴に通します。チューブをストッパーから約2cm出たところで止め、カミソリでPTFEチューブの尖端を切り落として端面を平らにします。5mLシリンジのプランジャーを取り外し、シリンジの開口部にゴムストッパーを装着します。PTFEチューブの端2 cm分をシリンジのバレル内に挿入します。これがバブルトラップとなります。バブルトラップをアルミホイルで包み、オートクレーブ用テープで固定します。次に、フォイルパッケージをオートクレーブし、重力サイクルにて121 degrees celsiusで30分間処理してチューブを滅菌します。密封したフォイルパッケージは、使用直前まで室温で保存してください。本手順では、24時間のインキュベーション後、室温でShewanella oneidensis MR-1バイオフィルムを培養する方法について具体的に説明します。ただし、細菌の菌株によって、分析に適した厚さを得るために必要な増殖条件や期間は異なります。SALVIチューブシステムは、液体リザーバーを含むシリンジと、それをPTFEチューブに接続するPEEKインジェクターで構成されています。これはドリップチャンバーに接続されており、ドリップチャンバーにはSALVI入口チューブに接続されるPEEKインジェクターフィッティングが取り付けられています。ドリップチャンバーは、SALVI流出チューブが密閉

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Research

JoVE Journal

Chemistry

化学

歯の表面に形成されたバイオフィルムは非常に複雑で、そのアーキテクチャを調節する定数先天性および外因性の環境上の課題、、生理学およびトランスクリプトームにさらされている。我々は、バイオフィルムの研究の他の領域に適合させることができる口腔バイオフィルムの組成、構造、組織および遺伝子発現を調べるためにツールボックスを開発しました。...

オーラルバイオフィルムの包括的、生化学的構造とトランスクリプトーム評価のための分析ツールボックスは、ミュータンス連鎖球菌によって仲介

我々は、バイオフィルム形成を調べるために、シンプルな半定量方法を提供...

しわコロニーの開発を使用したバイオフィルム形成を評価するための半定量的アプローチ

出典:Tokunou, Y. ら、『Shewanella oneidensis MR-1における細胞外電子輸送における重水素の動態同位体効果の電気化学的検出』。J. Vis.

電気化学反応器を用いた細菌単分子層バイオフィルムの発生

ポテンショスタットによって制御される3電極セットアップを使用したフェッドバッチリアクターでの陽極電気活性微生物バイオフィルムのクロノアンペロメトリック成長が実証されています。細胞外電子移動は、電子供与体の存在下および電子供与体の存在下でのサイクリックボルタンメトリーを用いて特徴付けられます。基本的なデータ分析が実証されています。...

廃水由来の電気活性微生物バイオフィルム:成長、維持、および基本的な特性評価

バイオフィルムは、周囲の環境と複雑な相互作用を持っています。バイオフィルムと環境の相互作用を包括的に研究するために、バイオフィルム開発のための不均一な化学環境を作り出すための一連の方法、局所的な流速の定量化、およびバイオフィルムコロニー内および周囲の物質輸送を分析するための一連の方法を紹介します。...

バイオフィルムと生息地異質の共同開発を特徴付けるための方法

この研究は、バイオフィルム阻害剤とそのBacillus...

研究のための方法論<em&gt; B。枯草菌</em小分子バイオフィルム阻害剤を特徴付けるためのモデルとしての&gt;バイオフィルム

生理学的に関連する条件の下で生きている細菌によるバイオ...

生きているバイオ フィルムにおける電子輸送特性評価

このプロトコルにより、腸管病原体の付着、細胞外高分子物質マトリックス形成を評価することによって細菌のバイオ フィルムの動的な性質をキャプチャする多面的なアプローチを使用しての胆汁酸塩によるバイオ...

腸管病原体の胆汁酸塩によるバイオ フィルム形成: 同定及び定量化の手法

ここで全細胞外膜シトクロムシェワネラ oneidensis氏-1 複合体を介して細胞外の電子輸送の速度へのプロトン輸送の貢献を研究する電気化学実験のプロトコルを提案する.

電気化学検出の重水素速度論的同位体効果シェワネラ oneidensis氏 1 の細胞外電子輸送

私たちは、植物や真菌のバイオマスを含む非常に不均一で繊細なサンプルを、微生物叢やバイオフィルムとともに視覚化するための最適化された走査型電子顕微鏡プロトコルを提案します。このプロトコルにより、微生物叢組織の空間的次元を記述できます。...

Attine Ants' Gardensの微生物叢:走査型電子顕微鏡による微生物の風景の可視化

この記事では、 Proteus mirabilis...

膨張顕微鏡による Proteus mirabilis バイオフィルムの超解像イメージング

学ぶSALVIを用いたShewanella oneidensisバイオフィムの培養とTOF-SIMSによる化学空間分布の可視化手法。この方法は環境微生物学において生きたバイオフィムのin situ分析を可能にし、多様な研究応用が期待されます。

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