Name: 血清およびリアルタイム PCR を用いたプラズマ コピー数検出 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-12-15T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 21 s
Description: 学ぶリアルタイムPCRを用いた血清・プラズマDNAのコピー数変異解析法。前立腺がんの薬剤耐性予測に応用でき、臨床研究における個別化医療の推進に貢献します。

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データ解析のサポート、キアラ モリナーリとフィリッポ アングイッラーラに感謝します。

コピー数解析のリアルタイム PCR を実行する血清または血漿サンプルからの DNA の隔離のプロトコルの構成します。特定のターゲットのためのリアルタイム PCR、DNA 量制御 (分光光度計) DNA の抽出を行った。図 1手順とタイム ラインの概要について報告する.
プロトコルは、IRST 人間研究倫理委員会のガイドラインに従います。
1. 血清の収集と処理
<ol>
	<li>血清管血清を取得する抗凝固剤なしで約 5 mL 全血を収集します。処理まで血液チューブ 4 ° c を維持します。</li>
	<li>4 ° C で 15 分間 1,000 × g で遠心管</li>
	<li>慎重に 2 mL チューブに血清を転送します。</li>
	<li>収集の管を破棄し、すぐに使用するまで-80 ° C で上清を凍結します。</li>
</ol>
2. プラズマの収集と処理
<ol>
	<li>EDTA 血漿を入手するとプラズマ チューブで約 10 mL の全血を収集します。チューブを完全に記入し、それに 8 回を反転します。処理まで血液チューブ 4 ° c を維持します。</li>
	<li>1,800 x g 室温で 15 分間遠心でブレーキ設定なしでチューブを遠心します。</li>
	<li>慎重に 2 mL チューブにプラズマの上部を転送します。白血球層の上清 1 mL 以上を残して転送を繰り返します。 注: 上清の上の部分を転送する細胞または細胞の残骸による汚染のリスクが軽減されます。</li>
	<li>収集の管を破棄し、すぐに使用するまで-80 ° C で上清を凍結します。</li>
</ol>
3 血清または血漿から DNA の隔離
注: 血清または血漿からの DNA の分離は、次の手順で変更された商業のプロトコルを使用して実行する必要があります。
<ol>
	<li>血清または血漿室温での (0.5 から 2 ml を含む) 1 つの因数分解しなさい。</li>
	<li>渦とサンプルをミックスし、クリア 1.5 mL チューブに 0.5 mL の血清または血漿を転送します。-80 ° C の材料の残りの部分を凍結します。</li>
	<li>サンプルに直接プロティナーゼ k (20 mg/mL) の 50 μ L を追加します。</li>
	<li>サンプルに 0.5 mL の溶解バッファーを追加し、ピペッティングでよく混ぜます。</li>
	<li>チューブを閉じて熱ブロックで 15 分間 56 ° C でサンプルをインキュベートします。</li>
	<li>製造元の指示に従って、洗浄バッファー 1 と 2 で 100% エタノールの指示された量を追加します。</li>
	<li>サンプルを室温に戻すとエタノール 0.5 mL を追加し、ピペッティングでよく混ぜます。</li>
	<li>分離カラムと 6,000 × g で 1 分間遠心するステップ 3.7 で得られた混合物の 650 μ L を追加します。</li>
	<li>管内流れを破棄し、新しいクリーンなコレクションの管に列を配置します。3.8、3.9 の手順をもう一度繰り返します。</li>
	<li>列と 6,000 × g で 1 分間遠心の縁を濡らすことがなく洗浄バッファー 1, 500 μ L を追加します。</li>
	<li>管内流れを破棄し、新しいクリーンなコレクション チューブを置き換えます。</li>
	<li>列とフルスピード (20,000 x g) で 3 分間遠心の縁を濡らすことがなく洗浄バッファー 2 の 500 μ L を追加します。</li>
	<li>管内流れを破棄し、新しいクリーンなコレクション チューブを置き換えます。</li>
	<li>フルスピード (20,000 x g) 残留洗浄バッファーを削除する 3 分間遠心します。</li>
	<li>きれいな 1.5 mL チューブに列を配置します。溶出バッファーの 150 μ L を追加し、そのバッファーが列を濡らすように 7 分を待ちます。</li>
	<li>1 分の 8,000 × g で遠心分離機します。</li>
	<li>DNA の最大回復を確実に 1 分間、同じ列とフルスピード (20,000 x g) 遠心分離機に再度ステップ 3.16 から、想定し, 浸出液をピペットします。</li>
</ol>
4. DNA の定量化と希釈
<ol>
	<li>分光光度計を用いた DNA の定量化を実行します。製造元の指示に従ってベンチトップ分光光度計に 2 μ L のサンプルを使用します。 注: DNA 量がリアルタイム PCR を続行するのに十分ではないかどうか (少なくとも 120 ng)、新しい DNA の分離プロセスを実行します。</li>
	<li>2.5 ng/μ L (約 50 μ L) 全てのリアルタイム PCR のため十分な最終巻にする血清または血漿から DNA を希釈します。</li>
</ol>
5. リアルタイム PCR
<ol>
	<li>コピー数の試金、参照遺伝子アッセイ、希釈した DNA サンプル、および氷のプールのキャリブレータを解凍します。4 ° C で保存されているマスター ミックスを室温で平衡します。</li>
	<li>各サンプルのプールのキャリブレータ 3 複製のターゲット分析、1 μ L 参照遺伝子アッセイのマスター ミックスの 10 μ L の 1 μ L のミックスを準備します。ネガティブ コントロール (水) および 2 の余分なサンプルを含むミックスを準備します。</li>
	<li>96 ウェル プレートで、各ウェルにミックスの 12 μ L 分注。ないピペットやスピン チューブを行います。</li>
	<li>各 DNA のサンプルおよびプールを各ウェルにキャリブレータの 8 μ L (2.5 ng/μ L の濃度) を追加します。ないピペットやスピン チューブを行います。各ウェルのヒントを変更します。 注: 30 の DNA サンプルは、96 ウェル プレート各リアルタイム実験処理できる: 30 x 3 サンプル + 1 × 3 のキャリブレータ プール + マイナス コントロール = 94。</li>
	<li>1,000 x g でプレートを簡単にスピンします。</li>
	<li>次のプロトコルを使用してプレートを実行: 15 95 ° C で 40 サイクル 95 ° C 10 分でステージを保持する s、および 60 ° C で 1 分。</li>
</ol>
6. データの分析と解釈
<ol>
	<li>増幅プロット結果の下の「オプション」セクションでには、最初ターゲット遺伝子を分析の 0.2 で Ct のしきい値を設定します。各ターゲットまたは参照の遺伝子のセットを繰り返します。拡張子 .txt でリアルタイム PCR ファイルをエクスポートするには、ツールバーに「エクスポート」を押します。「結果」だけを選択でフラグ → をエクスポートするデータを選択ファイルの種類として、拡張子 .txt プレス」輸出開始」→ すぐエクスポート ツール。</li>
	<li>解析ソフトウェアを開くし、ファイル .txt (ツールバー → インポート) をインポートします。</li>
	<li>分析ツールバー (再生記号) によって解析設定を選択してファイル名を選択します。</li>
	<li>校正サンプルと知られているターゲット (例えば、 1 AR遺伝子のコピー) のコピー数を指定します。「適用」を押す</li>
	<li>各サンプルは、他の井戸と比較して異なるデルタ Ct (ΔCt) と 1 つの井戸を省略します。</li>
	<li>実験 (プレス再生シンボル) を再分析します。</li>
	<li>バーのプロットまたはテーブルのコピー数で結果を評価します。 注: 検索結果の表には、自信、Z スコア、および分析結果の解釈に役立つことができる複製のような多数のパラメーターが含まれています。</li>
</ol>

<ol><li>Salvi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+DNA+as+a+diagnostic+marker+for+cancer%3A+current+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Onco+Targets+Ther%22%5BJournal%5D)">Cell-free DNA as a diagnostic marker for cancer: current insights.</a> Onco Targets Ther. 9, 6549-6559 (2016).</li>
<li>Heitzer, E., Ulz, P., Geigl, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+tumor+DNA+as+a+liquid+biopsy+for+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Circulating tumor DNA as a liquid biopsy for cancer.</a> Clin. Chem. 61 (1), 112-123 (2015).</li>
<li>Murtaza, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-invasive+analysis+of+acquired+resistance+to+cancer+therapy+by+sequencing+of+plasma+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Non-invasive analysis of acquired resistance to cancer therapy by sequencing of plasma DNA.</a> Nature. 497 (7447), 108-112 (2013).</li>
<li>Heitzer, E., Ulz, P., Geigl, J. B., Speicher, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-invasive+detection+of+genome-wide+somatic+copy+number+alterations+by+liquid+biopsies%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Oncol%22%5BJournal%5D)">Non-invasive detection of genome-wide somatic copy number alterations by liquid biopsies.</a> Mol. Oncol. 10 (3), 494-502 (2016).</li>
<li>Diaz, L. A. Jr, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+molecular+evolution+of+acquired+resistance+to+targeted+EGFR+blockade+in+colorectal+cancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The molecular evolution of acquired resistance to targeted EGFR blockade in colorectal cancers.</a> Nature. 486 (7404), 537-540 (2012).</li>
<li>Dawson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+circulating+tumor+DNA+to+monitor+metastatic+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22N.+Engl.+J.+Med%22%5BJournal%5D)">Analysis of circulating tumor DNA to monitor metastatic breast cancer.</a> N. Engl. J. Med. 368 (13), 1199-1209 (2013).</li>
<li>Salvi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+cell-free+AR+and+CYP17A1+copy+number+variations+may+associate+with+outcome+of+metastatic+castration-resistant+prostate+cancer+patients+treated+with+abiraterone%5BTitle%5D)+AND+%22Br.+J.+Cancer%22%5BJournal%5D)">Circulating cell-free AR and CYP17A1 copy number variations may associate with outcome of metastatic castration-resistant prostate cancer patients treated with abiraterone.</a> Br. J. Cancer. 112 (10), 1717-1724 (2015).</li>
<li>Salvi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+AR+copy+number+and+outcome+to+enzalutamide+in+docetaxel-treated+metastatic+castration-resistant+prostate+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncotarget%22%5BJournal%5D)">Circulating AR copy number and outcome to enzalutamide in docetaxel-treated metastatic castration-resistant prostate cancer.</a> Oncotarget. 7 (25), 37839-37845 (2016).</li>
<li>Romanel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plasma+AR+and+abiraterone-resistant+prostate+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Transl.+Med%22%5BJournal%5D)">Plasma AR and abiraterone-resistant prostate cancer.</a> Sci. Transl. Med. 7 (312), (2015).</li>
<li>Conteduca, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Androgen+receptor+gene+status+in+plasma+DNA+associates+with+worse+outcome+on+enzalutamide+or+abiraterone+for+castration-resistant+prostate+cancer%3A+a+multi-institution+correlative+biomarker+study%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Oncol%22%5BJournal%5D)">Androgen receptor gene status in plasma DNA associates with worse outcome on enzalutamide or abiraterone for castration-resistant prostate cancer: a multi-institution correlative biomarker study.</a> Ann Oncol. , (2017).</li>
<li>Attard, G., Antonarakis, E. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prostate+cancer%3A+AR+aberrations+and+resistance+to+abiraterone+or+enzalutamide%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Urol%22%5BJournal%5D)">Prostate cancer: AR aberrations and resistance to abiraterone or enzalutamide.</a> Nat. Rev. Urol. 13 (12), 697-698 (2016).</li>
<li>Lee, T. H., Montalvo, L., Chrebtow, V., Busch, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitation+of+genomic+DNA+in+plasma+and+serum+samples%3A+higher+concentrations+of+genomic+DNA+found+in+serum+than+in+plasma%5BTitle%5D)+AND+%22Transfusion%22%5BJournal%5D)">Quantitation of genomic DNA in plasma and serum samples: higher concentrations of genomic DNA found in serum than in plasma.</a> Transfusion. 41 (2), 276-282 (2001).</li>
<li>Chan, K. C., Yeung, S. W., Lui, W. B., Rainer, T. H., Lo, Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+preanalytical+factors+on+the+molecular+size+of+cell-free+DNA+in+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Effects of preanalytical factors on the molecular size of cell-free DNA in blood.</a> Clin. Chem. 51 (4), 781-784 (2005).</li>
</ol>

著者は競合する金銭的な利益を宣言しません。

ARCN における血清と血漿中のサンプルは、去勢抵抗性前立腺癌 (CRPC) 患者の層別化のための新しい非侵襲的アプローチを表します。それは最近AR CN は CRPC 患者アビラテロンおよび enzalutamide、化学療法7,8,9,10前後の結果を予測することが実証されています。
我々 のアプローチの主な利点は、DNA 分離プロセス 1 つのリアルタイム PCR 解析、簡単にデータの解釈から成るプロトコルが実行する非常に単純なことです。また、テストはすぐに実行に 1 営業日、かもしれない、プロシージャは高価な ($20 ドル、各サンプルの約)。我々 は、このメソッドは再現性の高いデジタル PCR7、<sup clas...

循環血液の細胞 DNA (cfDNA) は、がんの診断、予後、監視、および治療抵抗1,2の予測のためのバイオ マーカーの最適なソースであること実証されています。多くの研究は、DNA 変異 (突然変異、コピー数変異組織におけるエピジェネティック修飾) と対応するプラズマ サンプル1、腫瘍 DNA (葉緑体) の循環があることを確認で見つけられるそれらと良い一致を示しています。原発巣と転移腫瘍組織変化3のための情報。葉緑体を勉強の可能性こうしてゲノムの語順換えおよび特定遺伝子4、潜在的転移のクローンと subclonal のセルを識別するコピー数変化 (CNVs) の再構築が可能します。葉緑体は、がん治療のモニタリングとして特定の突然変異および関連の特定の目標とされた療法5,6CNVs を抱いてそれに特に有用であること示されています。また、組織生検の必要性を克服し、非侵襲的な方法で特定のがんの治療の間に異なった時に取得される結果をことができます。
前立腺癌細胞のアンドロゲンを循環の相関について受容体 (AR) CNVs と治療、アビラテロンおよび enzalutamide への応答が示されていることを示すAR遺伝子のコピー数 (CN) cfDNA 可能性があります、有望なバイオ マーカー治療抵抗7,8,9,10,11を予測できます。別の感度、コスト、速さとさまざまなアプローチを使用して緯度における特定遺伝子の CNVs を評価できる (e.g。 リアルタイムでデジタル PCR および次世代シーケンス)。
ここで二重の試金, 血清と血漿サンプル7,8から cfDNA のAR CN を評価するため、リアルタイム PCR の技術に基づいて、シンプルで高速なアプローチについて述べる。前立腺癌 (RNaseP、通常コピー番号ステータスを持っている知られていた内部標準遺伝子としてAR (Xq12) の 5 イントロンと他の 2 つの遺伝子内にある 2 つの異なるゲノム領域に設計された PCR の試金が 2 つと考えてください。14q11; に位置します。前1、1 にある p 34)。精度と結果の感度を高めるためのものではなく、2 つの参照の遺伝子を選びました。60 の DNA 量 ng は、アッセイの組み合わせ (結合アッセイAR assay_1 + RNasePとAR assay_2 + AGO1) ごとに増幅されました。健康な男性から 3 つの血清または血漿 DNA サンプルはプールされ、校正器として使用します。カットオフと考えた &#62; AR利得の 1.5 と &#60; 削除の 0.5。この方法の主な利点の 1 つは、それが柔軟なことと他の遺伝子も評価できるということ、腫瘍の種類と特性に基づいて、内部標準遺伝子の変更です。

<table><tbody><tr><td>BDバキュテナー血清チューブ</td><td>ベクトン・ディキンソン367814</td><td></td><td>血清用全血チューブ</td></tr><tr><td>BDバキュテナーEDTAチューブ</td><td>ベクトン・ディキンソン</td><td>366643</td><td>血漿用全血チューブ</td></tr><tr><td>エタノール絶対</td><td>VWR</td><td></td><td>ユーザーは他の会社も使用できます</td></tr><tr><td>TaqManコピー数アッセイ</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>4400291</td><td>FAM色素を用いた事前設計および検証済みのアッセイ。以下のアッセイを使用しました: AR_assay1: hs04107225 および AR_assay2: hs04511283</td></tr><tr><td>TaqMan コピー番号アッセイ (改変)</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>4467084</td><td>VIC 色素で改変した設計済みアッセイ: AGO1:</td></tr><tr><td>Hs02320401_cn TaqMan Copy Number Reference Assay, ヒト, RNase P</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>4403326</td><td></td></tr><tr><td>TaqMan ユニバーサル PCR マスターミックス</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック 4326708</td><td></td><td>リアルタイムPCR用マスターミックス</td></tr><tr><td>QIAamp DNAミニキット (50)</td><td>Qiagen</td><td>51304</td><td>DNA抽出キット</td></tr><tr><td>MicroAmp 96ウェルプレート</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>リアルタイム</td><td>PCR</td>用N8010560プレート</tr><tr><td>NanoDrop 1000 分光光度計</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>-</td><td>ユーザーは、他の分光光度法を使用してDNA</td></tr><tr><td>7500 高速リアルタイムPCRシステムを</td><td>定量化することもできますApplied Biosystem</td><td>-</td><td>ユーザーは、コピー</td></tr><tr><td>数分析のために</td>他のリアルタイム機器<td>CopyCallerソフトウェア</td>Applied <td>Biosystem</td><td>-</td>ソフトウェア</tr>も使用できます</tbody></table>

血清およびリアルタイム pcr を用いたプラズマ コピー数検出

Serum and Plasma Copy Number Detection Using Real-time PCR

血清と血漿細胞 DNA (cfDNA) は、がんの診断、予後、監視、および治療抵抗性の予測のためのバイオ マーカーの報知的な非侵襲的なソースとして示されています。頻度の高いイベントは、アンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子コピー数 (CN) を得る仮説から始まって転移性去勢抵抗性前立腺癌 (mCRPC)、提案する潜在的な予測バイオ マーカーとしての cfDNA でこのイベントを分析します。
AR CN 2 別のリアルタイム PCR の試金および 2 遺伝子 (RNasePと前1) を使用して cfDNA の評価を行った。60 の DNA 量 ng は、アッセイの組み合わせごとに使用されました。ARCN の利得より正確な方法としてデジタル PCR を使用して確認されました。CN 変動解析はすでに mCRPC の設定で治療抵抗性の予測のために有益であること実証されているが、ことができる役に立つことも異なる患者の設定で他の目的のため。CfDNA CN 分析いくつかの利点があります: それは非侵襲的な迅速かつ簡単に実行、および血清または血漿材料の少量から開始します。

合計 cfDNA 濃度は 6.12 ng/μ L の中央値を示すすべてのサンプル分析、吸光光度法による定量 (範囲: 2.00 23.71 ng/μ L) 血清サンプルの 3.21 ng/μ L の中央値 (範囲: 2.31 8.49 ng/μ L) 血漿検体の。リアルタイム PCR 実験による検体の合計を行った。
テスト感度は、コピー数解析の校正サンプルとしても使用されている健康なドナーからAR、および DNA の高または低利得患者から DNA を混合血清を使用して査定されました。図 2で表される、健康なドナー DNA 遺伝子の利得検出 (図 2) を混ぜてAR利得を持つAR CN が十分に患者から DNA の 0.375% で検出されました。したがって、このアプローチは、コピー...

本稿では、血清または血漿 dna のリアルタイム PCR のアプローチを使用して実行されるコピー数変動解析について説明します。去勢抵抗性前立腺癌患者への薬剤耐性予測に適していますが、それはまた他の病気のために有益かもしれない。

血清およびリアルタイム PCR を用いたプラズマ コピー数検出

Serum and plasma cell free DNA (cfDNA) has been shown as an informative, non-invasive source of biomarkers for cancer diagnosis, prognosis, monitoring, ...

この方法の全体的な目標は、血清または血漿サンプル中の遺伝子コピー数多型を検出することです。この方法は、胞子の減少を予測または監視するのに役立つマーカーの検出など、進行性前立腺がん分野の重要な質問に答えるのに役立ちます。この手法の主な利点は、簡単かつ迅速に実行できることです。この技術の意味は、アンドロゲン受容体遺伝子のコピー数多型が頻繁なイベントであるため、進行性前立腺がんの治療にまで及びます。一般に、この方法に不慣れな人は、無細胞DNAの濃度と品質が予想よりも低いことが多いため、苦労します。血清コレクションのために、1、000 g.Theの上清で15分間サンプルを遠心分離することによって4°C.Startで維持される抗凝固剤なしで全血および血清の5ミリリットルのサンプルからの仕事をする。それを2ミリリットルのチューブに移し、ペレットを捨てます。血清がすぐに処理されない限り、サンプルは80で凍結します

serum-and-plasma-copy-number-detection-using-real-time-pcr

Research

JoVE Journal

Cancer Research

がん研究

ここでは、T細胞受容体切除サークル(TREC)とK-欠失組換え切除サークル(KRECs)の同時定量化の方法について説明します。TREC/KRECアッセイは、胸腺および骨髄出力のマーカーとして使用できます。...

リアルタイムPCRによるT細胞受容体切除サークル（TRECs）とK-削除換え切除サークル（KRECs）の同時定量

循環マイクロRNAは、最近様々な癌および他の疾患のための有望で新規なバイオマーカーとして浮上している。この記事の目的は、マイクロRNAの循環の豊富さを定量化し、決定するために利用可能である三つの異なるプローブベースのリアルタイムPCRプラットフォームと方法を議論することです。...

プローブベースのリアルタイムPCRは、マイクロRNAの定量的測定のためのアプローチ

色素ベースの化学および液滴デジタルPCR技術を使用した無細胞マイクロRNA定量のための高感度で正確な方法が説明されています。...

DNA結合色素化学と液滴デジタルPCRを使用したマイクロRNA定量循環

このレポートでは、中古増幅の有無、定量的リアルタイム逆転写 PCR を用いたプラズマ miRNA の絶対レベルを測定するためのプロトコルについて説明します。このプロトコル プラズマ miRNAs...

定量的リアルタイム逆転写 PCR を用いたカニクイザルにおける血中マイクロ Rna の絶対定量

原稿では、新鮮凍結ノーマルに珍しいCDH1転写バリエーション (CDH1a) および胃癌患者から得られた腫瘍組織を検出するチップを使ったデジタル PCR...

チップを使ったデジタル PCR による新鮮凍結胃癌組織内CDH1まれなトラン スクリプト変種の検出

ここでは、ドロップオフ ddPCR と加水分解プローブの一意のペアを使用して単一の反作用で対象地域の複数の遺伝子の変異を正確に定量化するためのプロトコルを提案する.

ホット スポット領域の変異の包括的かつ同時検出のための単一液滴デジタル ポリメラーゼの連鎖反応

ここでは、患者の生体液(生体流体)に存在する循環DNAにおける腫瘍体細胞変異を検出するプロトコルを提示する。当社の液滴デジタルポリメラーゼ連鎖反応(dPCR)ベースの方法は、腫瘍変異アレーリン周波数(MAF)の定量化を可能にし、腫瘍応答の診断および時間的モニタリングに最小限に侵襲的な補体を促進する。...

患者の生体流体における腫瘍関連循環DNAの検出とモニタリング

ここでは、単一細胞における絶対ミトコンドリア(mt)DNAコピー数とmtDNA欠失ヘテロプラスミーレベルを測定するためのプロトコルを紹介します。...

デジタル液滴ポリメラーゼ連鎖反応を用いた単一細胞ミトコンドリアDNAコピー数とヘテロプラスミーの測定(英語)

本稿では葉緑体 ER 以下の低頻度の変異を検出するための手法を説明しますこのメソッドは、2 方向エラー訂正、特別なバック グラウンド...

次世代シーケンシングによる葉緑体の稀な遺伝子変異の検出

ここで前の活性化 cd8 陽性の細胞毒性を調査するプロトコルについて述べるリアルタイム顕微鏡を介してアポトーシスがん細胞を検出することにより癌細胞に対して細胞の+ T。このプロトコルは、骨髄細胞による T 細胞抑制の背後にあるメカニズムを調査し、免疫抑制の骨髄系細胞の封鎖を介してT...

CD8 による培養腫瘍細胞のアポトーシスのリアルタイム検出+ T 細胞腫瘍浸潤骨髄細胞の免疫抑制機能を勉強するには

学ぶリアルタイムPCRを用いた血清・プラズマDNAのコピー数変異解析法。前立腺がんの薬剤耐性予測に応用でき、臨床研究における個別化医療の推進に貢献します。

血清およびリアルタイム PCR を用いたプラズマコピー数検出

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