Name: 同時マッピングとヒトのミトコンドリア DNA のリボヌクレオチドの定量 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-11-14T13:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 35 s
Description: 学ぶヒトミトコンドリアDNA中のリボヌクレオチドの同時マッピングと定量法。酵素処理とアルカリ加水分解を組み合わせた単一ヌクレオチド分解能の手法で、DNA複製・修復機構と疾患関連性を解明します。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

本研究は、スウェーデンの研究評議会によって支えられたアークに助成金 (www.vr.se) (2014-6466 とアーク (ICA14-0060) 戦略的研究 (www.stratresearch.se) のためのスウェーデンの財団。チャルマース工科大学は、この作業中に MKME に財政援助を提供します。資金提供者には、研究デザイン、データ収集と分析、意思決定を発行し、または原稿の準備の役割はなかった。

このプロトコル概要を 図 1 と gDNA、アルカリ加水分解処理リボヌクレオチド、数を量的に表わすことができるに制限の酵素と消化の分離が含まれていますgDNA、無料 5´-オハイオ州の端のリン酸化、アダプター、2 番目の鎖の合成、およびシーケンスの前に PCR 増幅の ssDNA 結紮組み込まれてリボヌクレオチドのリン酸ジエステル結合。
 1 アダプターおよびインデックス プライマー <ol><li>ARC78 ARC107、アダプター ARC76/77 オリゴヌクレオチド ARC140 を取得 ARC49 のインデックス プライマー (表 1 を参照)。 。
	注: オリゴヌクレオチドは、HPLC 精製をする必要があります。ARC76/77 二重として並べ</li>。
	<li>トリス EDTA (TE) バッファー内の各のオリゴヌクレオチドの準備 100 μ M 原液 (材料表 参照)-20 デパートと ° C</li>
	<li>は、溶出バッファー (EB; 参照 テーブルの材料) で希釈することによって ARC67/77 の 10 μ M ソリューションと ARC49、インデックスのプライマーの 2 μ M ソリューションを準備します。-20 ° C にてストア</li>
</ol> 2。成長と細胞の収穫 <ol><li>70 mL ダルベッコの成長 HeLa 細胞 &#39; s 修正イーグル培地 (DMEM) 37 で 250 mL スピナー フラスコの 10% 牛胎児血清を添加した ° C</li>
	<li>セルの数を数えると 200 x g で 5 分間遠心分離 50 mL チューブに 5 x 10 の 6 セルを収集し、上澄みを廃棄します</li>。
	<li>20 mL の 1x PBS、200 x g で 5 分間遠心分離と細胞を洗浄し、上澄みを廃棄します</li>。
	<li>-20 ° C でペレットを凍結または DNA の浄化を続行します</li>。
</ol> 3。DNA の精製と定量 <ol><li>フェノール-クロロホルム抽出法を使用して下記のとおり gDNA を浄化します。
	<ol><li>は、2 mL の溶解バッファーで細胞を再懸濁します (材料の表 を参照) と暖房のブロックの 42 ° C で 30 分間インキュベートします 。
		注意: 換散バッファーには、有害なコンポーネントが含まれています。SDS ソリューションは刺激、プロテイナーゼ K は感、刺激、および有毒です。防護服と手袋を着用します</li>。
		<li>2 つの 2 mL チューブにサンプルを分割し、フェノール ・ クロロホルム ・ イソアミル アルコール (25:24:1) の 1 巻 (V) を追加します 。
		注意: フェノール ・ クロロホルム ・ イソアミル アルコールは毒性、変異原性、腐食性、水生環境に危険をもたらすです。発煙のフードを使用して、防護服と手袋を着用、特殊フェノール クロロホルム廃棄物の破棄します</li>。
		室温で 30-60 秒の逆転や 15,000 x で 5 分間遠心分離による <li>ミックス g. 
		注: 結果を歪める、ランダムな鎖切断を導入することを避けるためにない渦 DNA はありません</li>。
		<li>上、水性相を新しい 2 mL のチューブに転送し、フェノール ・ クロロホルム ・ イソアミル アルコール (25:24:1) の 1 V を追加します</li>。
		<li>ミックスの逆転や 4 で 15,000 × g で 5 分間遠心 ° C</li>
		<li>を新しい 2 mL チューブ 20 μ L を追加し上部の水様段階転送塩化ナトリウム (5 M) と冷たいイソプロパノールの 1 V 。
		注意: イソプロパノールは、刺激性、可燃性、有毒です。換気されたキャビネットに格納、防護服と手袋を着用、炎から離しておく</li>。
		<li>反転でミックスし-20 で少なくとも 1 時間インキュベート ° C</li>
		<li>G、4 ° C と破棄清 x 15,000 で 20 分間遠心します</li>。
		<li>200 μ L 冷たい 70% エタノールで洗浄 DNA の餌は 4 ° C で 15,000 × g で 20 分間遠心し、上澄みを廃棄します 。
		注意: 70% のエタノールは可燃性および刺激です。換気されたキャビネット、防護服と手袋、-20 ° C、それ以外の店で働く解決策を保持し、炎から離しておく</li>。
		<li>20-25 分の室温で DNA ペレットを乾燥</li>
		<li>溶解 DNA ペレット 100 μ L TE バッファーに格納し、プールの 1 つの管のサンプル</li>。
	</ol></li> <li>メーカーによると dsDNA 定量試薬を用いた量的 DNA 濃度 &#39; s 仕様 (材料の表 を参照してください). 
	注: 残留フェノールによって DNA の吸光光度定量に影響するので dsDNA 定量試薬を使用しています</li>。
	<li>-20 ° C でストア DNA HincII 治療を続行か</li>。
</ol> 4。HincII 治療とアルカリ加水分解 5 μ L 10 x バッファー 3.1、1 μ L (10 U) を含む <ol><li>反応における DNA のダイジェスト 1 μ g ミックス HincII とヌクレアーゼ フリー H 2 O 50 μ L の最終巻にします 。
	注: 結紮のための最適な条件を達成するために 2 番目の鎖合成や PCR 増幅、必要がありますそれはリボヌクレオチドの数が非常に少ないが、DNA に含まれていることが予想される場合、入力の DNA の量を増やすには。同様に、リボヌクレオチドの数が非常に高い場合、入力の DNA を減少する必要があります</li>。
	<li>37 ° C で 30 分間インキュベート</li>
	<li>浄化 HincII 常磁性ビーズで DNA を扱われます 。
	注意: チューブ チューブを開くことでペレットを邪魔しないように次の手順で蓋を開きます。
	<ol><li>常磁性ビーズをそれぞれの 1.8 V を追加サンプル、ピペッティング、ミックスを慎重に、10 分間室温でインキュベート</li>
		<li>5 分のビーズをペレット、削除し、上澄みを廃棄する磁気ラックを使用します</li>。
		<li>約 30 s し削除破棄上清の 70% のエタノール (室温) の 150 μ L でペレットを洗うです</li>。
		<li>洗浄の 70% のエタノール (室温) 約 30 の 200 μ L でペレット s を削除し、上清を捨てる 。
		注: 残留エタノールを 10 μ L ピペットを削除できます。水滴が簡単にあらかじめスピンダウンを</li>。
		<li>乾燥室温約 15-20 分のサンプル 
		注: 正確な時間量のビーズ、ペレットの形状に依存し、したがってペレットが視覚的にチェックする必要があります</li>。
		<li>磁気ラックからチューブを外し、45 μ L EB、慎重にピペッティングによるミックスでペレットを溶出します</li>。
		<li>インキュベート 5 分、磁気ラックのビーズをペレットし、4.4 の手順で浄化された DNA の 45 μ L を使用します</li>。
	</ol></li> <li>島 (3 M) または KCl (3 M) DNA を 50 μ L の総ボリュームを作成するための追加の 5 μ L. 
	注意: 3 M KOH 溶液は腐食性です。防護服と手袋を着用します</li>。
	氷 5 分続いて、交配で 55 ° C で 2 時間加温 <li>オーブン 
	メモ: それはチューブの均一加熱を維持し、蓋に結露を防ぐため暖房のブロックではなくオーブンで島治療を実行する勧めします</li>。
	酢酸ナトリウム 10 μ L を追加することによって <li>を沈殿させる DNA (3 M, pH = 5.2) と 125 μ L 冷たい 100% エタノール。氷上で 5 分間インキュベート 
	注意: 100% エタノールは可燃性および刺激です。換気されたキャビネットに格納、防護服と手袋を着用、炎には近づかない</li>。
	<li>21,000 x g、5 分の 4 ° C で遠心分離によって gDNA をペレットし、上澄みを廃棄します</li>。
	<li>洗浄 DNA ペレット 250 μ L 冷たい 70 %etoh、21,000 x g、5 min のための 4 ° C で遠心し、上澄みを廃棄します 。
	注: 液滴を削除するチューブがスピン ダウン簡単に再びし、10 μ l ピペットで上澄みを削除できます</li>。
	<li>任意の目に見える流体が蒸発するまで約 5-10 分のための開いた管の乾燥ペレットをしましょう</li>。
	<li>20 μ L EB 室温で 30 分間で聞かせて DNA ペレット溶解します</li>。
</ol> 5。 5´ リン酸化エンド <ol><li>が事前に短所は、各サンプルで反応混合物を備えます。T4 ポリヌクレオチド キナーゼ反作用バッファー、1 μ L (10 U) 3´ ホスファターゼ マイナス T4 ポリヌクレオチド キナーゼおよび 2.5 μ L ATP (10 mM) x 2.5 μ 10 の置かれて</li>。
	<li>転送 19 μ L 各 DNA の新しい 200 μ L チューブにサンプルし、熱 cycler で 85 ° C で 3 分間変性します</li>。
	<li>クールな DNA が氷の上をサンプリングし、各サンプルに反作用の組合せの 6 μ L を追加します</li>。
	<li>30 分の停止反応 65 ° C 20 分でサンプルをインキュベートし 37 ° C で加温反応ミックス</li>
	<li>としての DNA の浄化は 4.3、常磁性ビーズの 1.8 V を使用して説明されていますが、14 μ L EB で溶出します</li>。
</ol> 6 ssDNA 結紮 <ol><li>が 0.5 μ l ATP (2 mM)、5 μ l 10 T4 RNA リガーゼの反応バッファー、5 μ l CoCl 3 (NH 3) 6 (10 mM)、x から成る事前に各サンプルの反応混合物を準備。0.5 μ L ARC140 (100 μ M)、および 25 μ L 50% PEG 8000。ピペッティングで混ぜるします 。
	注意: CoCl 3 (NH 3) 6 は感作、発癌性、水生環境に有害です。防護服と手袋を着用します</li>。
	<li>転送 13 μ L から浄化された DNA の新しい 200 μ L チューブ ステップ 5.5 と熱 cycler で 85 ° C で 3 分間変性します</li>。
	<li>氷の DNA をクールな各サンプルは、ピペッティングにより混合反応混合物を 36 μ l 添加し、簡潔にスピンダウンします</li>。
	<li>追加 1 μ L (10 U) T4 RNA リガーゼの各反応に、ピペッティングで混ぜるし、簡単にスピンダウンします</li>。
	<li>暗い夜間の室温でサンプルをインキュベートします</li>。
</ol> 7。第 2 鎖合成 4.3 で説明したように、<ol><li>浄化が DNA を結紮が 0.8 V 常磁性ビーズを使用して、10 分のビーズをペレットし、20 μ L EB で溶出します 。
	注: ライゲーション反応混合物の粘度が高いためペレット化の第一歩は延長します</li>。
	新しい 200 μ L の PCR チューブに DNA サンプルの <li>転送 20 μ L。0.8 V 次の製造元常磁性ビーズを用いた浄化手順 &#39; s 仕様には 14 μ L EB と</li>。
	<li>10 x T7 DNA ポリメラーゼ反応バッファー、2 μ L の 2 μ L から成る事前に各サンプルの反応混合物を準備 ARC76/77 (2 μ M)、2 μ L dNTPs (2 mM) と 0.8 μ L BSA (1 mg/mL).</li>
	<li>転送 12.8 μ L が新しい 200 μ L 管へ DNA を精製し、熱 cycler で 85 ° C で 3 分間変性します</li>。
	<li>氷の DNA を冷却し、それぞれのサンプル、ピペッティングで混ぜる、簡潔に、スピンダウン、室温で 5 分間インキュベートする反作用の組合せの 6.8 μ L を追加します</li>。
	<li>各反応に 0.4 μ L (4 U) T7 DNA ポリメラーゼを追加し、室温で 5 分間インキュベートします</li>。
	<li>常磁性ビーズの 0.8 V を使用して 4.3、記載としての DNA の浄化し、11 μ L EB で溶出します</li>。
</ol> 8。PCR 増幅とライブラリ定量 前もって 7.5 μ L から成る <ol><li>準備新しい 200 で各サンプルに対して反作用の組合せ μ 管 ARC49 (2 μ M)、7.5 μ L インデックス プライマー (2 μ M、サンプルごとにユニークな)、およびホット スタート x 25 μ L 2レディ ミックス</li>。
	<li>各反応する DNA のサンプルの追加 10 μ L。次の条件を使用してライブラリを増幅する: 45 95 ° C で変性 15 98 ° C の 18 サイクルに続いて s s、65 ° C、30 s 72 ° C、30 秒、2 分保持するサンプル 4 ° 72 ° C で最終伸長で終わる増幅後 C.</li>
	<li>4.3、0.8 V 常磁性ビーズを使用しての説明に従ってライブラリを浄化し、20 μ L TE バッファーで溶出します</li>。
	<li>、メーカーによると dsDNA 定量試薬を使用してライブラリを量的に表わす &#39; s 仕様 (材料の表 を参照してください).</li>
	<li>-20 ° C でサンプルを格納またはライブラリの分析を続行します</li>。
</ol> 9。ライブラリの分析とプール <ol><li>各ライブラリの品質を決定する、デジタル電気泳動システムを使用してフラグメントの平均サイズを予測します 。
	注: 平均フラグメントのサイズは一塩の曲線下面積は半分になる、推定による評価はマーカーからピークを無視して。島または KCl 治療後適切なライブラリ プロファイルの代表の結果は、 図 2 a で与えられる</li>。
	<li>計算ライブラリとしての濃度 (nM): 
	(c/10 3)/(p*650)] * 10 9 c が ng/μ L のライブラリの濃度にあり、p は bp、平均フラグメント サイズに推定される 9.1</li>。
	<li>プール モルの平等な金額まで 24 ライブラリは、別のインデックス配列のプライマーで増幅。25 μ L の最終巻と 10 の濃度に TE バッファーを追加 nM 。
	注: プールするライブラリの数、に応じて各ライブラリからの DNA の量が調整されます。約 130 の明瞭なピークとして 9.1 をステップしたプライマー二量体が検出された場合 0.8 V 常磁性ビーズを用いた 4.3 で説明されているように精製ステップが繰り返されますので 25 μ L TE buf に DNA を溶出、bp、ライブラリ プールの最終巻は 25 μ L を超えることfer。
	<ol><li>を決定するメーカーによると dsDNA 定量試薬を用いた新しいライブラリ プール濃度 &#39; s 仕様と平均ピーク サイズ上記のよう。シーケンスとデータ解析 (セクション 10 および 11) に進みます</li>。
	</ol></li></ol> 10。シーケンス <ol><li>プールされたライブラリ 12 75 ベース ペアエンド シーケンスを実行します</li></ol>。
 11 データ分析 <ol><li>トリム アダプター シーケンスを削除するすべての読み取りフィルターの品質と長さを読む。 。
	メモ: これは実行することができますコマンドで cutadapt 1.2.1 20 を使用 ' cutadapt -f fastq - 試合-読み取り-ワイルドカード - 静かな m 15 - q 10-、NNNNNNN &#60; ファイル &#62;' NNNNNNN は実際アダプター シーケンスに置き換えられます場所、および &#60; ファイル &#62; はfastq ファイル名に置き換えられます</li>。
	<li>カスタム スクリプトを使用して、前の手順で廃棄された読み取りの合致を削除します</li>。
	<li>残りの合わせメイト 1 組ライブラリの準備で使用されるすべてのオリゴヌクレオチドのシーケンスを含むインデックスを (例えば、 ボウタイ 0.12.8 21 とコマンド ・ ラインを使用してオプション - m1-v2)。成功した線形のすべてのペアを破棄します</li>。
	<li>生物参照ゲノムをコマンドラインでボウタイを使用して残りのペアを揃えるオプション - v2 X 10000--最高</li>。
	<li>地図が不整列のすべてのペアのメイト 1 を合わせ、そのミトコンドリアの分子の先頭と末尾の間を読み取り (ボウタイを用いたコマンド ライン オプション - v2).</li>
	<li>は、すべてのシングルとペアの最後の線形の 5´ エンドの数を決定します。加水分解のリボヌクレオチドがいた位置に一塁上流によってこれらの位置をシフトします</li>。
	<li>ボウタイ ファイルからデータをエクスポートは、ゲノム ブラウザー共通の可視化のためのカスタム スクリプトを使用して bedgraph ファイル形式にフォーマットします。読み取りごとに各ストランドの読み取りを正規化百万</li>。
	<li>Incorp のアイデンティティを決定する有機体のゲノム塩基配列を参照位置とカウントを使用して、bedgraph ファイルからリボヌクレオチドの代表 orated 。
	注: 16,200 300 の 5,747 5,847 の地域から人間のミトコンドリアのゲノムを読み取りのそれぞれの鎖除外すべきこれらの地域を含む多くの無料 5´ の両端が DNA ポリメラーゼ γ によってリボヌクレオチド定款とは無関係なので</li>。
	<li>ない 11 HincII サイトを単一鎖切断、(すなわち ミトコンドリア分子当たりリボヌクレオチドの数) あたりのリボヌクレオチドの番号を取得する HincII サイトごとの読み取りの平均数と読み取りを含めて合計読み取りを分割します</li>。
</ol>

<ol><li>Traut, T. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Physiological+Concentrations+of+Purines+and+Pyrimidines%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Physiological Concentrations of Purines and Pyrimidines.</a> Mol. Cell. Biochem. 140, 1-22 (1994).</li>
<li>McElhinny, S. A. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abundant+ribonucleotide+incorporation+into+DNA+by+yeast+replicative+polymerases%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">Abundant ribonucleotide incorporation into DNA by yeast replicative polymerases.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 107, 4949-4954 (2010).</li>
<li>Williams, J. S., Lujan, S. A., Kunkel, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Processing+ribonucleotides+incorporated+during+eukaryotic+DNA+replication%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Mol.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Processing ribonucleotides incorporated during eukaryotic DNA replication.</a> Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 17, 350-363 (2016).</li>
<li>Clausen, A. R., Zhang, S., Burgers, P. M., Lee, M. Y., Kunkel, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribonucleotide+incorporation%2C+proofreading+and+bypass+by+human+DNA+polymerase+delta%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Repair%22%5BJournal%5D)">Ribonucleotide incorporation, proofreading and bypass by human DNA polymerase delta.</a> DNA Repair. 12, 121-127 (2013).</li>
<li>Potenski, C. J., Klein, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+the+misincorporation+of+ribonucleotides+into+genomic+DNA+can+be+both+harmful+and+helpful+to+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">How the misincorporation of ribonucleotides into genomic DNA can be both harmful and helpful to cells.</a> Nucleic Acids Res. 42, 10226(2014).</li>
<li>Vengrova, S., Dalgaard, J. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNase-sensitive+DNA+modification%28s%29+initiates+S.+pombe+mating-type+switching%5BTitle%5D)+AND+%22Gene.+Dev%22%5BJournal%5D)">RNase-sensitive DNA modification(s) initiates S. pombe mating-type switching.</a> Gene. Dev. 18, 794-804 (2004).</li>
<li>Lujan, S. A., Williams, J. S., Clausen, A. R., Clark, A. B., Kunkel, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribonucleotides+Are+Signals+for+Mismatch+Repair+of+Leading-Strand+Replication+Errors%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell%22%5BJournal%5D)">Ribonucleotides Are Signals for Mismatch Repair of Leading-Strand Replication Errors.</a> Mol. Cell. 50, 437-443 (2013).</li>
<li>Ghodgaonkar, M. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribonucleotides+Misincorporated+into+DNA+Act+as+Strand-Discrimination+Signals+in+Eukaryotic+Mismatch+Repair%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell%22%5BJournal%5D)">Ribonucleotides Misincorporated into DNA Act as Strand-Discrimination Signals in Eukaryotic Mismatch Repair.</a> Mol. Cell. 50, 323-332 (2013).</li>
<li>DeRose, E. F., Perera, L., Murray, M. S., Kunkel, T. A., London, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solution+Structure+of+the+Dickerson+DNA+Dodecamer+Containing+a+Single+Ribonucleotide%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Solution Structure of the Dickerson DNA Dodecamer Containing a Single Ribonucleotide.</a> Biochemistry. 51, 2407-2416 (2012).</li>
<li>Li, Y. F., Breaker, R. R. <a target="_blank" href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja990592p">Kinetics of RNA degradation by specific base catalysis of transesterification involving the 2 '-hydroxyl group.</a> J. Am. Chem. Soc. 121, 5364-5372 (1999).</li>
<li>McElhinny, S. A. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+instability+due+to+ribonucleotide+incorporation+into+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Chem.+Biol%22%5BJournal%5D)">Genome instability due to ribonucleotide incorporation into DNA.</a> Nat. Chem. Biol. 6, 774-781 (2010).</li>
<li>Berglund, A. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleotide+pools+dictate+the+identity+and+frequency+of+ribonucleotide+incorporation+in+mitochondrial+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+Genet%22%5BJournal%5D)">Nucleotide pools dictate the identity and frequency of ribonucleotide incorporation in mitochondrial DNA.</a> Plos Genet. 13, (2017).</li>
<li>Brown, J. A., Suo, Z. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unlocking+the+Sugar+%22Steric+Gate%22+of+DNA+Polymerases%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Unlocking the Sugar "Steric Gate" of DNA Polymerases.</a> Biochemistry. 50, 1135-1142 (2011).</li>
<li>Sparks, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNase+H2-Initiated+Ribonucleotide+Excision+Repair%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell%22%5BJournal%5D)">RNase H2-Initiated Ribonucleotide Excision Repair.</a> Mol. Cell. 47, 980-986 (2012).</li>
<li>Miyabe, I., Kunkel, T. A., Carr, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Major+Roles+of+DNA+Polymerases+Epsilon+and+Delta+at+the+Eukaryotic+Replication+Fork+Are+Evolutionarily+Conserved%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+Genet%22%5BJournal%5D)">The Major Roles of DNA Polymerases Epsilon and Delta at the Eukaryotic Replication Fork Are Evolutionarily Conserved.</a> Plos Genet. 7, (2011).</li>
<li>Clausen, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tracking+replication+enzymology+in+vivo+by+genome-wide+mapping+of+ribonucleotide+incorporation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Struct.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Tracking replication enzymology in vivo by genome-wide mapping of ribonucleotide incorporation.</a> Nat. Struct. Mol. Biol. 22, 185-191 (2015).</li>
<li>Koh, K. D., Balachander, S., Hesselberth, J. R., Storici, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribose-seq%3A+global+mapping+of+ribonucleotides+embedded+in+genomic+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Ribose-seq: global mapping of ribonucleotides embedded in genomic DNA.</a> Nat. Methods. 12, 251(2015).</li>
<li>Keszthelyi, A., Daigaku, Y., Ptasinska, K., Miyabe, I., Carr, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+ribonucleotides+in+genomic+DNA+and+exploring+replication+dynamics+by+polymerase+usage+sequencing+%28Pu-seq%29%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Mapping ribonucleotides in genomic DNA and exploring replication dynamics by polymerase usage sequencing (Pu-seq).</a> Nat. Protoc. 10, 1786-1801 (2015).</li>
<li>Ding, J., Taylor, M. S., Jackson, A. P., Reijns, M. A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+mapping+of+embedded+ribonucleotides+and+other+noncanonical+nucleotides+using+emRiboSeq+and+EndoSeq%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Genome-wide mapping of embedded ribonucleotides and other noncanonical nucleotides using emRiboSeq and EndoSeq.</a> Nat. Protoc. 10, 1433-1444 (2015).</li>
<li>Martin, M. <a target="_blank" href="http://journal.embnet.org/index.php/embnetjournal/article/view/200">Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads.</a> EMBnet.journal. 17, 10-12 (2011).</li>
<li>Langmead, B., Trapnell, C., Pop, M., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+and+memory-efficient+alignment+of+short+DNA+sequences+to+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.</a> Genome Biol. 10, (2009).</li>
</ol>

著者は、彼らは競合する金銭的な利益があることを宣言します。

同時にマップし、特に、確立された HydEn seq プロトコルに付加としてゲノムのシーケンス特定のサイトでの DNA 切断の簡単な紹介で gDNA、mtDNA のリボヌクレオチドを定量化する手法をご紹介します。本研究は、人間の mtDNA に焦点を当てて、もともと HydEn seq メソッドは酵母、他の生物12,16メソッドの翻訳を示す開発されました。
このアプローチから得られる信頼性の高い結果を得るのためいくつかの重要なステップがあります: (A) シーケンス アダプターは、すべての利用可能な 5´ エンドに縛るので、それは非常に無傷の DNA を操作することが重要です。DNA を分離する必要があります、ライブラリできるようにできれば DNA 分離直後後や DNA は、-20 ° C で保存できます。長い時間冷蔵庫の中に DNA を保存するか、凍結し、解凍を繰り返すことはお勧めしません。(B) この方法で適切なライブラリを生成するためサンプル全体と定量加水分解の均一な暖房を確保する暖房のブロックよりもむしろインキュベーション オーブン、DNA の島治療を実行することが重要です。(C) さらに、プーリングとシーケンスの前にライブラリの品質を制御するため重要です。DNA 定量化する必要があります、ライブラリ、DNA の十分な量を確保するため自動電気泳動システムを用いて適切なフラグメント サイズを確認し、プライマー二量体のチェックします。
意味のあるデータ分析のため、このメソッドの有益な値はバック グラウンドのカウントとシーケンスまたは鎖の先入観を評価するために適切なコントロールに依存に注意してくださいすることが重要ですも。日常的にのみシーケンス特定エンドヌクレアーゼ (図 2 b、左パネル) と消化時 70% 近くの KCl のサンプルのマッピングの効率を実現します。エンドヌクレアーゼ処理が全体に影響されていないことを確認することが重要ですさらに、HincII を比較することによって法人リボヌクレオチドの検出処理し、未処理のサンプル (図 3 b).これらの実験で使いました HincII サイト固有のカットを紹介するのに他の忠実度の高い制限酵素を使用することも。
プロトコルは合わせることができる 5´ リン酸または 5´-オハイオ州に処理することができます DNA 損傷の他の種類の研究を終了します。結果の精度は処理の特異性に依存して、適切な制御を必要とする (例えば野生型または未処理) 確認のため。また、他アプリケーション、または他の有機体で使用するため、このメソッドを適用するときは、その現在の設定の方法がライブラリに処理される DNA の約 1 μ g を必要とする 1 つ検討してください。端の数は埋め込みリボヌクレオチドの数に依存して、のでサンプル リボヌクレオチドの低い番号を含む有機体または変異体によって異なりますが必要になります以上の入力の終了の十分な数を生成する DNA、その後図書館の建設。同様に、DNA のサンプルのより多くリボヌクレオチドの場合必要も少ない入力 DNA を使用して結紮、第 2 鎖合成、PCR 増幅に最適な条件を取得します。それが注目されるは、このプロトコルで記述されている、図書館の建設も生成されます (図 2 Dで表示)、核ゲノムをカバーするデータ、データ解析のみ mtDNA に集中していた。これは、リボヌクレオチドに適度に低い周波数でより大きいゲノムがまたこのメソッドによってキャプチャされる示しています。
このメソッドを考慮するとき特定の制限する必要があります考慮する: このメソッドする必要があります、理論的には、事実上すべての有機体に適用される適切な参照ゲノムは読み取りを配置するために必要な。さらに、提案手法から得られた結果は、多数のセルから読み取りを表します。このアプローチによって、セルのサブセットの特定リボヌクレオチド設立パターンを識別できません。リボヌクレオチドの数が非常に少ないより大きいゲノムのリボヌクレオチドをマップすると、ランダムな刻み目からリボヌクレオチドを差別することが難しいし、適切なコントロールが必要と。
ここで述べる方法は、HydEn Seq16、リボース Seq17、Pu Seq18emRiboSeq19など生体内で利用できる技術を拡張します。これらのアプローチを活用する埋め込みリボヌクレオチドの感度アルカリまたは H2 RNase 処理をそれぞれのマッピングとの比較を可能にするリボヌクレオチド ゲノム全体を識別するために次世代シーケンサーを用いた相対設立。DNA シーケンスを具体的に切断し埋め込みリボヌクレオチドでアルカリ加水分解に加え、上記のようリボヌクレオチドの読み取りすることができますに正規化するそれらの胸の谷間サイトだけでなく特定できるとのマッピングリボヌクレオチド、しかし各 DNA 分子の定量DNA 複製関連疾患において本手法の応用 DNA 修復、および TLS は、一般に分子機構とゲノムの維持と、元のリボヌクレオチドの役割のより深い理解を提供できます。

真核細胞のリボヌクレオチド (rNTPs) の濃度は、ナノメーター (dNTPs)1の濃度よりはるかに高いです。DNA ポリメラーゼは、リボヌクレオチドを差別しますが、この差別は完璧ではないし、代わりにデオキシリボヌクレオチド リボヌクレオチド結果として、DNA の複製中にゲノムに組み込むことができます。2ゲノムに組み込む最も一般的な非正規ヌクレオチド リボヌクレオチドがあります。RNase H2 開始リボヌクレオチド切除修理 (RER) または (参照3の見直し) トポイソメラーゼ 1、岡崎フラグメントの成熟に伴うこれらのリボヌクレオチドのほとんどが削除されます。削除できませんリボヌクレオチドいて DNA2,4に安定的に組み込まれ (レビュー5レビュー) 両方の有害、有益な方法でそれに影響を与える可能性があります。肯定的な信号として使用するほかに、たとえば交配型のスイッチで分裂酵母6 (MMR)7、8を修復の不一致の中に新生 DNA 鎖をマーキング、リボヌクレオチドに影響を与える、構造9複製ストレスとゲノム不安定性11の結果として彼らのリボースの10、2´ ヒドロキシル グループによる周辺の DNA の安定性。Genomic DNA (gDNA) のリボヌクレオチドとレプリケーション修復機構とゲノム安定性への影響の関連性の豊かさは、ゲノムワイドな方法で彼らの正確な出現頻度と頻度を調査する理由を与えます。
人間のミトコンドリアの RNase H2 アクティビティが見つかりません、リボヌクレオチドのため効率的な削除されるミトコンドリア DNA (mtDNA) に。いくつかの経路は、ヒトのミトコンドリアにヌクレオチドの供給に関与しているし、ミトコンドリア ヌクレオチド プールの障害が人間の mtDNA のリボヌクレオチドの上昇数を発生するかどうかを調べるには、我々 は開発をマップし、量的に表わすのためのプロトコルこれらのリボヌクレオチド由来の線維芽細胞、HeLa 細胞と患者の細胞ライン12ヒト ・ ミトコンドリア Dna の。
(見直し見直し13) rNTPs に対して DNA ポリメラーゼの選択性を決定するほとんどの in vitroアプローチ競合 rNTPs が反応に含まれている単一のリボヌクレオチド挿入またはプライマー拡張の実験に基づいています。ミックス、短い DNA テンプレートの識別やリボヌクレオチド定款の相対的な定量分析を許可します。短い配列の定量的アプローチ可能性がありますいない細胞濃度で dNTP と rNTP のプールを反映し、したがって全体のゲノムに関する限られた意義がポリメラーゼ選択性に洞察力を提供します。配列のゲル radiolabeled dNTPs を使用し、アルカリ環境14で DNA を加水分解で、プラスミドなどの長い DNA テンプレートの複製中に組み込むリボヌクレオチドの相対量を視覚化できることが示されています。さらに、南しみアルカリ加水分解、アンチセンス プローブと15体内リボヌクレオチド定款の絶対的な率の決定に gDNA を分析されています。これらのアプローチ混入頻度の相対的な比較を許可するが、位置または法人リボヌクレオチドのアイデンティティへの洞察を提供します。最近の gDNA体内埋め込みリボヌクレオチドの HydEn Seq emRiboSeq19, Pu Seq18やリボース Seq1716を活用のようなリボヌクレオチド内容の分析方法アルカリへの感受性または H2 RNase 処理をそれぞれ、リボヌクレオチド ゲノム全体を識別するために次世代シーケンスを採用し、。これらのメソッドは、検出されたリボヌクレオチドの絶対混入頻度に洞察力を提供していません。シーケンス特定酵素胸の谷間のステップを HydEn seq プロトコルに追加すると、便利なここについて述べるメソッドが拡張同時マッピングを許可する配列のアプローチから得られる情報との定量が埋め込まれました。リボヌクレオチド12。このメソッドは、高度そのまま DNA 抽出を生成でき、適切な参照ゲノムが利用可能なことを考えるあらゆる生物に適用されます。メソッドは、量的に表わすヌクレアーゼによって消化することができます、5´ リン酸塩や 5´ ああ終わり葉病変の位置を確認して合わせることができます。
マップは、リボヌクレオチド genomic DNA の量的に表わすメソッドはシーケンス特定エンドヌクレアーゼで胸の谷間を結合し、5´-リン酸を生成するアルカリ加水分解はエンドヌクレアーゼの特定の認識配列があると 5´ のサイトで終了ああリボヌクレオチドが置かれた位置で終わります。生成された自由端がアダプターと組み合わされてその後、次世代シーケンサーを使用してシーケンスされたので、高い無傷の DNA を使用し、DNA の抽出やライブラリの準備作業中にランダムな断片化を避けるために重要なのです。同時定量および検出されたリボヌクレオチドのマッピングできますエンドヌクレアーゼ胸の谷間サイトで読み取りに正規化されたこれらの読み取りを評価します。無料 5´-終了は、KCl 処理による DNA のアルカリ加水分解を交換する場所のコントロール実験で検出されます。集録したデータ リボヌクレオチド場所と量に洞察力を提供でき、リボヌクレオチド コンテンツと混入頻度に関して分析。

<table><tbody><tr><td>10x T4ポリヌクレオチドキナーゼ反応バッファー</td><td>New England Biolabs</td><td>B0201S</td><td></td></tr><tr><td>10x T4 RNAリガーゼ反応バッファー</td><td>New England Biolabs</td><td>B0216L</td><td></td></tr><tr><td>1x PBS</td><td>Medicago</td><td>09-9400-100</td><td>H2Oに1錠を溶解し、最終容量1 L</td></tr><tr><td>2-Propanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>33539-1L-GL-R</td><td></td></tr><tr><td>2100バイオアナライザー</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2940CA</td><td></td></tr><tr><td>50 mL 遠心分離チューブ</td><td>VWR</td><td>525-0610</td><td></td></tr><tr><td>アデノシン 5'-三リン酸 (ATP, 10 mM)</td><td>ニューイングランド バイオラボ</td><td>P0756S</td><td>EB で希釈 2 mM</td></tr><tr><td>アジレント DNA 1000 キット</td><td>アジレント テクノロジー</td><td>ズ 5067-1504</td><td></td></tr><tr><td>BSA、分子生物学グレード (20 mg/mL)</td><td>ニューイングランド バイオラボ</td><td>B9000S</td><td>ヌクレアーゼフリーの H2O から 1 mg/mL</td></tr><tr><td>バッファー EB</td><td>QIAGEN</td><td>19086</td><td>(EB</td></tr><tr><td>CleanPCR 常磁性ビーズ</td>と呼ばれる) <td>CleanNA</td><td>CPCR-0050</td><td></td></tr><tr><td>デオキシヌクレオチド (dNTP) 溶液ミックス (各 10 mM)</td>New <td>England Biolabs</td><td>N0447L</td><td>で EB から 2 mM</td></tr><tr><td>DMEM、高グルコース、GlutaMAX サプリメント</td><td>Gibco</td><td>61965026</td><td></td></tr><tr><td>DynaMag 96 Side</td><td>Thermo Fisher</td><td>12331D</td><td></td></tr><tr><td>エタノール 99.5% 分析グレード</td><td>Solveco</td><td>1395</td> ミリ<td>Q水で70%</td></tr><tr><td>エチレンジアミン四酢酸溶液(EDTA、0.5 M)</td><td>に希釈 Sigma-Aldrich</td><td>03690-100ML</td><td></td></tr><tr><td>ウシ胎児血清</td><td>Gibco</td><td>10500056</td><td></td></tr><tr><td>HEPES 緩衝液 pH 8.0 (1 M) 滅菌 BC</td><td>AppliChem</td><td>A6906,0125</td><td></td></tr><tr><td>塩化ヘキサミンコバルト(III)(CoCl3(NH3)6)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>H7891-5G</td><td>ヌクレアーゼフリーのH2Oに10日間溶解します。M溶液、滅菌フィルター。注意:発がん性、感作性、水生環境に有害です。</td></tr><tr><td>HincII</td><td>New England Biolabs</td><td>R0103S</td><td>は、NEBuffer 3.1</td></tr><tr><td>Hybridiser HB-1D</td><td>Techne</td><td>FHB4DD</td><td></td></tr><tr><td>KAPA HiFi HotStart ReadyMix (2X)</td><td>Kapa Biosystems</td><td>KK2602</td><td></td></tr><tr><td>溶解バッファー</td><td></td><td></td><td>50 mM EDTA、20 mM HEPES、NaCl 75 mM、プロテイナーゼ K (200 &micro;g/mL)、1% SDS</td></tr><tr><td>マイクロチューブ 1.5 mL</td><td>Sarstedt</td><td>72.690.001</td><td></td></tr><tr><td>微量遠心分離機 5424R</td><td>Eppendorf</td><td>5404000014</td><td></td></tr><tr><td>Microcentrifuge MiniStar silverline</td><td>VWR</td><td>521-2844</td><td></td></tr><tr><td>Multiply&nbsp;&マイクロ;StripPro 0.2 mL チューブ</td><td>Sarstedt</td><td>72.991.992</td><td></td></tr><tr><td>ヌクレアーゼフリー水</td><td>Ambion</td><td>AM9937</td><td></td></tr><tr><td>フェノール &ndash; クロロホルム &ndash; イソアミルアルコール (25:24:1)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>77617-500ML</td><td></td></tr><tr><td>塩化カリウム (KCl)</td><td>VWR</td><td>26764.232</td><td>ヌクレアーゼフリー H2O に 3&nbsp;M溶液、滅菌フィルター</td></tr><tr><td>水酸化カリウム(KOH)</td><td>VWR</td><td>26668.296</td>は<td>、ヌクレアーゼフリーのH2Oに3&nbsp;M 溶液、滅菌フィルター</td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Ambion</td><td>AM2546</td><td></td></tr><tr><td>Qubit 3.0 Fluorometer</td><td>Invitrogen</td><td>Q33216</td><td></td></tr><tr><td>Qubit Assay Tubes</td><td>Invitrogen</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>Qubit dsDNA BR Assay Kit</td><td>Invitrogen</td><td>Q32850</td><td>注意: 可燃性および毒性成分が含まれています</td></tr><tr><td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td><td>Invitrogen</td><td>Q32851</td><td>注意:可燃性および有毒成分が含まれています</td></tr><tr><td>冷蔵遠心分離機 4K15</td><td>Sigma Laboratory Centrifuges</td><td>No. 10740</td><td></td></tr><tr><td>SDS Solution, 10%</td><td>Invitrogen</td><td>15553-035</td><td></td></tr><tr><td>酢酸ナトリウム緩衝液, pH 5.2, 3 M (NaAc)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>S7899</td><td></td></tr><tr><td>塩化ナトリウム (NaCl)</td> <td>VWR</td><td>27810.295</td><td>ヌクレアーゼフリーのH2Oに5&nbsp;M 溶液、滅菌フィルター</td></tr><tr><td>T100 サーマルサイクラー</td><td>バイオ・ラッド</td><td>1861096</td><td></td></tr><tr><td>T4 ポリヌクレオチドキナーゼ (3' ホスファターゼマイナス)</td><td>ニューイングランドバイオラボ</td><td>M0236L</td><td></td></tr><tr><td>T4 RNA リガーゼ 1 (ssRNA リガーゼ)</td><td>ニューイングランドバイオラボ</td><td>M0204L</td><td>PEG 8000 (50%)</td></tr><tr><td>T7 DNA ポリメラーゼ (未修飾)</td> ニュー<td>イングランドバイオラボ</td><td>M0274S</td><td>10x T7 DNA Polymerase Reaction Buffer</td></tr><tr><td>TEバッファー</td><td>Invitrogen 12090015</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ThermoMixer F2.0</td><td>Eppendorf</td><td>5387000013</td><td></td></tr>が付属</tbody></table>

同時マッピングとヒトのミトコンドリア dna のリボヌクレオチドの定量

Simultaneous Mapping and Quantitation of Ribonucleotides in Human Mitochondrial DNA

リボヌクレオチド ゲノムに存在の数を推定する確立された方法は法人リボヌクレオチド短い合成 DNA のフラグメントかプラスミッドをテンプレートとして使用し、全体の結果を推定の定量に限定されます。ゲノム。また、リボヌクレオチド ゲノムに存在の数が推定するアルカリ ゲルまたは南しみ。最近の体内アプローチは、位置と埋め込みリボヌクレオチドの id を提供するリボヌクレオチドのゲノム マッピングを許可する次世代シーケンスを採用しています。しかし、彼らは、リボヌクレオチド ゲノムに組み込まれている数の定量できないようにします。ここで同時にマップし、次世代シーケンサーによる人間ミトコンドリア DNA体内に組み込まれているリボヌクレオチドの数を量的に表わす方法をについて説明します。高い無傷の DNA を使用し、エンドヌクレアーゼ、アルカリ加水分解後法人リボヌクレオチドの消化によってシーケンス特定の二重鎖切断を導入します。生成された端がアダプターと組み合わされて、これらの端が次世代シーケンス コンピューターでシーケンス処理されました。リボヌクレオチドの絶対数は、シーケンス特定エンドヌクレアーゼの認識サイトで読み取りの平均数ごとに認識サイト外の読み取りの数として計算することができます。このプロトコルはまたマップし、DNA で無料のニックネームを量的に利用することがあり、適応 5´ OH に処理することができます他の DNA の損害をマップすることができます終了または 5´ リン酸終了。さらに、このメソッドは適切な参照ゲノムが利用できることを考える、どんな有機体に適用できます。このプロトコルしたがって、DNA 複製、5´ エンドの処理、DNA 損傷と DNA 修復を研究する重要なツールを提供します。

12を細胞 hela 細胞からの人間のミトコンドリア DNA を分析、代表的な上記のデータが生成された方法論を示します。図 2 bは、要約の読み取りすべての HincII サイト重い (HS) と人間の mtDNA の軽鎖 (LS) KCl 治療 (左側パネル) の後です。約 70% すべての検出された 5´ 端を HincII 消化の効率を示すカット サイトにローカライズします。埋め込みリボヌクレオチドで DNA を加水分解する島のライブラリを扱う約 40% (図 2 b、右パネル) HincII サイトで読み取りの数が減少します。これはリボヌクレオチド定款サイトで生成される 5´ エンドの数が多いので期待は、十分なライブラリの品質を示すものです。図 2を示していますローカリゼーションと 5´ 端 (緑) の周波数 KCl 処理と読み取りを生成した後 HydEn seq (マゼンタ) によって島治療後無料 5´ 両端とリボヌクレオチドでアルカリ加水分解によって生成される終了を検出します。無料 5´ エンドと人間の mtDNA の HS にローカライズするリボヌクレオチドを左パネルに表示し、LS にローカライズするそれらが右側のパネルに表示されます。リボヌクレオチド (図 2 D、上部のパネル) や HS と mtDNA の LS HincII サイト (下段) で raw 読み取りの相対数中に表示、それぞれ、HS、相対的な LS の 14-fold または 31-fold より強力な報道と同様のバイアスが観察されなかった核の DNA。この鎖のバイアスは 2 つの繊維の基本組成の違いによって説明されるかもしれないし、HincII サイトで読み取りに正規化の重要性を示しています。
ミトコンドリアゲノム (図 3 a) あたりリボヌクレオチドの数の量的な測定 HincII 与えるカウント読み取りを正規化します。各ストランドのシーケンス構成に正規化された各リボヌクレオチドの島治療後読み込み比率と異なるリボヌクレオチドを示唆して読み取りの非ランダムな分布を示す 1 異なる表示図 3Bに示すように、パターンとライブラリの高品質。その比率は HincII、酵素の切断特異性を確認すると以前の消化によって影響を受けるです。1,000 相補的な塩基 (あたり組み込まれているどのように各リボヌクレオチドの多くの量的な測定を生成する HincII 切断点がある人々 にだけでなく、ゲノム塩基配列のコンテンツに埋め込まれたリボヌクレオチドのサイトで読み取りを正規化図 3)。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56551/56551fig1.jpg"> 
図 1: DNA の処理やライブラリの準備のためスケマティック。(1) 全 genomic DNA は鈍端 HincII サイト (黒矢印) を生成、リボヌクレオチドの後続の定量での正規化 HincII による切断され。(2) DNA は、2´、3´ 環状リン酸 (赤米国防総省) 3´ 終了で無料 5´ OH 終了につながるリボヌクレオチドのサイトで分解する島と扱われます。(3) 5´-オハイオ州の端は T4 ポリヌクレオチド キナーゼ 3´ ホスファターゼ マイナスによりリン酸化されます。(5´ 末端のリン酸基を運ぶ 4) すべてが T4 RNA リガーゼによって ARC140 オリゴヌクレオチドに組み合わされて。(5) の 2 番目のストランドは、T7 DNA ポリメラーゼとランダムな N6シーケンスを含んでいる ARC76 77 オリゴヌクレオチドを使用して合成されます。(6) ライブラリは、ARC49 と多重化に対する一意のバーコードを含む ARC107 インデックス プライマーに ARC78 のいずれかを使用して、忠実度の高い DNA ポリメラーゼによって増幅されます。(ペアエンド シーケンスによって 7) 5´ エンドがあります。<a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56551/56551fig1large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56551/56551fig2.jpg"> 
図 2: 法検証します。(A) 代表的なエレクトロフェロの品質を決定する自動電気泳動システムを使用して生成された生成 HincII 重 (HS) と軽鎖 (LS) のサイトで島または集計 KCl (B) 信号処理ライブラリ。ヒト ・ ミトコンドリア Dna KCl (左側パネル) や島 (右側のパネル) 治療後。(C) Circos 無料 5´-端 (緑), 及び HydEn Seq (無料 5´ エンドとリボヌクレオチド、マゼンタ) HS (左のパネル)、LS (右側のパネル) ヒト ・ ミトコンドリア Dna からの図します。ピークが百万読み取りごとに正規化された、最大のピークは HydEn seq ライブラリの読み取りの最大数に調整。(D) 集計 raw 読み取りリボヌクレオチド (上部パネル) で重い (H) と光 (L) 鎖ヒト ・ ミトコンドリア Dna (水戸.) または逆 (RV) や核の (Nuc) フォワード (FW) 鋳 HincII サイト (下段)DNA。図 B、C および D は、参照12から適応されます。誤差範囲は、平均値の標準誤差を表しています。<a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56551/56551fig2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56551/56551fig3.jpg"> 
図 3: 代表結果。重い (H) やライト (L) 鎖島処理ライブラリ HincII サイトで読み取りに正規化されたリボヌクレオチドの相対的な (A) 数です。(B) 比島の mtDNA ゲノム構成するリボヌクレオチド id の処理 (KOH) と HincII 切断処理コ (KOH + HincII) と mtDNA の軽 (L) 鎖や重い (H) 上のライブラリ。(C) HincII と島扱われる mtDNA のライト (L) 鎖や重い (H) 上のライブラリのリボヌクレオチド周波数が 1,000 の相補的な塩基を正規化します。数字は、参照12から適応されます。誤差範囲は、平均値の標準誤差を表しています。<a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56551/56551fig3large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>名</td>
			<td colspan="4">シーケンス</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC49</td>
			<td colspan="4">AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC76</td>
			<td colspan="4">GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTNNNN * N * N</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC77</td>
			<td colspan="4">AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTC * A * C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC78</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGTGATGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC84</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATACATCGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC85</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGCCTAAGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC86</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTGGTCAGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC87</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCACTGTGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGA</td></tr></tbody></table>TCT
		
		<tr>
			<td>ARC88</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATATTGGCGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC89</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGATCTGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC90</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTCAAGTGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC91</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCTGATCGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC93</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATAAGCTAGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC94</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGTAGCCGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC95</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTACAAGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC96</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTGTTGACTGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC97</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATACGGAACTGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC98</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTCTGACATGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC99</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGGGACGGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC100</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGTGCGGACGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC101</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGTTTCACGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC102</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATAAGGCCACGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC103</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTCCGAAACGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC104</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTACGTACGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC105</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATATCCACTCGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC106</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATATATCAGTGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC107</td>
			<td colspan="4">CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATAAAGGAATGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ARC140</td>
			<td colspan="4">/5AmMC6/ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT</td>
		</tr>
	

表 1: オリゴヌクレオチド。HydEn シーケンス用オリゴヌクレオチドのとおり太字は、インデックスを示します。* ホスホロチオエート結合を示します。ARC140 には、C6 リンカーとの組み合わせでの 5´-オハイオ州グループではなく 5´ アミノ グループが含まれています。この変更は、結紮 ARC140 コンカテマーの形成を軽減します。

ここで同時に量的に従うメソッドとアルカリ加水分解とその後 5´ エンド ゲノム DNA の酵素の開裂を組み合わせて単一ヌクレオチド分解能で高度そのまま DNA のゲノム地図リボヌクレオチドについて述べるシーケンス。

同時マッピングとヒトのミトコンドリア DNA のリボヌクレオチドの定量

Established approaches to estimate the number of ribonucleotides present in a genome are limited to the quantitation of incorporated ribonucleotides using ...

この実験の全体的な目標は、取り込まれたリボヌクレオチドの位置を単一ヌクレオチドの分解能レベルでマッピングし、ヒトミトコンドリアDNAに存在するリボヌクレオチドの数を定量化することです。この方法は、DNAの完全性、DNA複製メカニズム、DNA修復メカニズム、およびこれらのメカニズムのいずれかの欠陥がどのように病気を引き起こすかに関する重要な質問に答えるのに役立ちます。この方法の主な利点は、ミトコンドリアDNAに取り込まれたリボヌクレオチドの位置と数の両方を1回の実験で決定できることです。この方法は、ヒトミトコンドリアDNAのリボヌクレオチド含量に関する洞察を提供しますが、他のモデル生物の核DNAおよび配列ゲノム中のリボヌクレオチド含量の研究にも適用できます。この実験では、以前にHeLa細胞から単離され、テキストプロトコルのセクション2および3に記載されているゲノムDNAを使用します。DNAを消化するには、マイクロチューブで以下を慎重に混合します。1マイクログラムのDNA、5マイクロリットルの10Xバッファー3.1、1マイクロリットルのHincII、およびヌクレアーゼフリー水で最終容量は50マイクロリットルです。摂氏37度で30分間インキュベートします。消化が完了したら、各サンプルに1.8容量の常磁性ビーズを加え、ピペッティングで慎重に混合し、室温で10分間インキュベートします。チューブを磁気ラックに5分間置いてビーズをペレット化し、上清を取り出して廃棄します。ペレットを150マイクロリットルの70%エタノールで約30秒間洗浄し、上清を取り出して廃棄します。200マイクロリットルの70%エタノールでさらに30秒間洗浄を繰り返します。サンプルを室温で約15〜20分間乾燥させます。次に、マグネティックラックからチューブを取り外します。各ペレットを45マイクロリットルの溶出緩衝液で溶出し、ピペッティングで慎重に混合し、5分間インキュベートします。磁気ラック上のビーズをペレット化し、各DNAサンプルの45マイクロリットルを新しいチューブに移します。単離または精製されたDNAの45マイクロリットルごとに、5マイクロリットルの3モル水酸化カリウムまたは5マイクロリットルの3モル塩化カリウムを追加し、合計50マイクロリットルを作成します。8つの反応を次の表にまとめます。摂氏55度のハイブリダイゼーションオーブンで2時間インキュベートし、次にサンプルを氷上で5分間インキュベートします。pH 5.2で10マイクロリットルの3モル酢酸ナトリウムと125マイクロリットルの冷、100%エタノールを加えてDNAを沈殿させ、氷上で5分間インキュベートします。DNAを4°Cで21, 000倍のGで5分間遠心分離してペレット化します。上清を捨て、各DNAペレットを250マイクロリットルの冷水、70%エタノールで洗浄し、再度遠心分離し、上清を捨てます。ペレットを開いたチューブ内で約5〜10分間乾燥させ、目に見える液体が蒸発するまで待ちます。最後に、20マイクロリットルの溶出バッファーを加え、DNAペレットを室温で30分間溶解させます。この手順は、各サンプルの反応ミックスをマスターミックスとして調製することから始めます。各サンプルについて、2.5マイクロリットルの10x T4ポリヌクレオチドキナーゼ反応バッファー、2.5マイクロリットルのATP、および3つのプライムホスファターゼマイナスT4ポリヌクレオチドキナーゼ1マイクロリットルを追加します。各DNAサンプルの19マイクロリットルを新しい200マイクロリットルのチューブに移し、サーモサイクラーで摂氏85度で3分間変性させます。次に、DNAサンプルを氷上で冷却し、調製した反応混合物を6マイクロリットル各サンプルに加えます。反応をインキュベートし、摂氏37度で30分間、続いて摂氏65度で20分間混合して反応を停止します。前述したように常磁性ビーズを用いてDNAを精製しますが、14マイクロリットルの溶出バッファーで溶出します。反応ミックスをあらかじめマスターミックスとして調製し、サンプルごとに以下を含んでください。5マイクロリットルの10x T4 RNAリガーゼ反応バッファー、5マイクロリットルの塩化ヘキサミンコバルト(III)、0.5マイクロリットルのARC140オリゴヌクレオチド、0.5マイクロリットルのATP、および25マイクロリットルの50%PEG 8000。ピペッティングでよく混ぜます。精製した各DNAの13マイクロリットルを新しい200マイクロリットルのチューブに移し、サーモサイクラーで摂氏85度で3分間変性させます。氷上でDNAを冷却し、各サンプルに36マイクロリットルの反応混合物を加え、ピペッティングで混合し、短時間スピンダウンします。各反応に1マイクロリットルのT4 RNAリガーゼを加え、ピペッティングで混合し、短時間スピンダウンします。サンプルを室温で暗所で一晩インキュベートします。一本鎖DNAライゲーションが完了したら、前に示したようにDNAを精製しますが、0.8容量の常磁性ビーズを使用し、ビーズを10分間ペレット化します。20マイクロリットルの溶出バッファーで溶出し、各DNAサンプルの20マイクロリットルを新しい200マイクロリットルのチューブに移します。0.8容量の常磁性ビーズで精製を繰り返し、14マイクロリットルの溶出バッファーで溶出します。各サンプルについて、2マイクロリットルの10x T7 DNAポリメラーゼ反応バッファー、2マイクロリットルのARC76/77、2マイクロリットルのdNTP、および0.8マイクロリットルのBSAからなるマスターミックスとして反応ミックスを調製します。精製したDNA12.8マイクロリットルを新しい200マイクロリットルのチューブに移し、サーモサイクラーで摂氏85度で3分間変性させます。氷上でDNAを冷却し、各サンプルに6.8マイクロリットルの反応混合物を加え、ピペッティングで混合し、短時間スピンダウンし、室温で5分間インキュベートします。各反応に0.4マイクロリットルのT7 DNAポリメラーゼを添加し、室温で5分間インキュベートします。常磁性ビーズを用いてDNAを精製した後、11 μLの溶出バッファーで溶出します。PCR増幅を開始するには、7.5マイクロリットルのARC49、7.5マイクロリットルのユニークインデックスプライマー、および25マイクロリットルの2Xホットスタートレディミックスで構成される新しい200マイクロリットルのチューブで、各サンプルに対して反応ミックスを別々に調製します。各反応に10マイクロリットルのDNAサンプルを加えます。以下の条件でライブラリを増幅します。摂氏95度で45秒間変性し、その後、摂氏98度で15秒、摂氏65度で30秒、摂氏72度で30秒間の18サイクル、そして摂氏72度で2分間の最終的な離角で終了します。増幅後、サンプルを摂氏4度に保持します。テキストプロトコルに記載されているようにライブラリを精製し、20マイクロリットルのTEバッファーで溶出します。デジタル電気泳動システムを使用して、各ライブラリの品質と平均フラグメントサイズを決定します。水酸化カリウムまたは塩化カリウム処理後の適切なライブラリープロファイルの代表的な結果を示します。各ライブラリの濃度を計算した後、テキストプロトコルのセクション9および10で説明されているように、シーケンシングのために異なるインデックスプライマーで増幅された最大24のライブラリを同モル量で引きます。TEバッファーを最終容量25マイクロリットル、濃度10ナノモルに添加します。シーケンシング後、テキストプロトコルのセクション11で指定されているバイオインフォマティクスデータ解析を実行します。これらのグラフは、塩化カリウム処理後の軽鎖および重鎖ヒトミトコンドリアDNAのすべてのHincII部位で要約されたリードを示しています。全体の約70%が切断部位に局在する5つのプライムエンドを検出し、HincII消化の高効率を実証しました。埋入リボヌクレオチドでDNAを加水分解するために水酸化カリウムでライブラリを処理すると、HincIIでの読み取り数が約40%に減少しますミトコンドリアおよび核DNAの相対的なリード数は、カバレッジの違いを明らかにし、鎖バイアスを除去するための適切な標準化の重要性を示しています。リードカウントをHincIIに正規化すると、重鎖または軽鎖のミトコンドリアゲノムあたりのリボヌクレオチドの数を定量的に測定できます。各リボヌクレオチドの水酸化カリウム処理後のリードは、各鎖の配列組成に正規化され、1とは異なる比率を示し、リードの非ランダム分布を示し、明確なリボヌクレオチドパターンと高いライブラリー品質を示唆しています。埋め込まれたリボヌクレオチドの部位での読み取りをHincII部位のリード、およびゲノムヌクレオチド含有量に正規化すると、1, 000の相補塩基あたりに組み込まれる各リボヌクレオチドの数の定量的測定が生成されます。このプロトコルは、一度マスターすれば、適切に実行すれば2日で完了します。この手順を試みる際には、DNAを高度に維持し、ライブラリ調製中に二本鎖切断が発生しないように注意することが重要です。この手順に続いて、リボヌクレオチドの定量データを確認するために、他の方法を実行することができます。このビデオを見れば、次世代シーケンシングを使用したリボヌクレオチドとDNAのマッピングと定量のためのライブラリの調製方法について十分に理解できるはずです。水酸化カリウムのような化学物質を扱うことは危険な場合があり、この手順を実行するときは常に目の保護具や手袋を着用するなどの予防措置を講じる必要があることを忘れないでください。

simultaneous-mapping-quantitation-ribonucleotides-human-mitochondrial

Research

JoVE Journal

Biology

生物学

ヒトmRNA前駆体上にマッピングリボ核の迅速なハイスループット法（RNPS）

我々は、ミトコンドリアDNAの生合成を研究するために、個々の細胞内で新しく合成されたミトコンドリアDNA（mtDNA）を標識するために感度の高い手法を開発した。テクニックは、ニューロンの細胞内コンパートメント内にミトコンドリアDNAの複製を視覚化するチラミドシグナル増幅（TSA）プロトコルと一緒にEDUの取り込みを兼ね備えています。...

EDU信号増幅による個別細胞におけるミトコンドリアDNAの複製の可視化

ここでは、ミトコンドリア DNA (mtDNA) のメチル化の定量の正確さを許可するプロトコルを提案する.このプロトコルではミトコンドリア Dna の二次構造によって引き起こされるミトコンドリア Dna のメチル化レベルの過大評価を避けるために使用することができますバイオ情報解析パイプラインと相まって病原が付いている DNA...

ミトコンドリア DNA のメチル化の正確な検出のための方法論

このプロトコルは、市販のDNAゲル染色を有するミトコンドリアヌクレオイドの特異的標識、超分解能構造照明顕微鏡(SR-SIM)による生細胞のタイムラプスシリーズの取得、およびヌクロイド運動の自動追跡を記述する。...

タイムラプス構造照明顕微鏡のためのミトコンドリアヌクレオイドの特異的標識

円形RT-PCRベースの戦略を用いたトウモロコシミトコンドリオンにおける一次写物と処理された転写物の判別とマッピング

パイロシーケンシングアッセイは、ヘテロプラズマ細胞または組織におけるミトコンドリアDNA一塩基多型の堅牢かつ迅速なジェノタイピングを可能にします。...

パイロシークエンシングによるミトコンドリアゲノムの一塩基多型のジェノタイピング

mtDNAの合成と分布を検出および定量するためのマルチウェルプレートフォーマットおよび自動免疫蛍光イメージングを使用して、細胞内のミトコンドリアDNA(mtDNA)代謝のダイナミクスを研究する手順について説明します。これはさらに、mtDNA代謝に対するさまざまな阻害剤、細胞ストレス、および遺伝子サイレンシングの影響を調べるために使用できます。...

ミトコンドリアDNA合成と分布のハイスループット画像ベースの定量

このビデオでは、我々は、ヒト胚性幹細胞のミトコンドリアの呼吸鎖複合体は、ゲルの活性アッセイに使用して分析できる方法を紹介します。...

ヒト胚性幹細胞のミトコンドリア複合体活性の状態調査

特定の細胞へのヒトES細胞の監督分化、再生医療に大きな関心を生成しています。我々は決定するための簡潔な、ステップバイステップのプロトコルを提供する...

テラトーマ形成により、ヒト胚性幹細胞の運命のマッピング

γH2AX巣に基づいてDNA二本鎖切断の定量は、組織の放射線感受性と放射線修正する化合物の作用の評価に、特に放射線の生物学では、非常に貴重なツールとなっています。ここでは、組織サンプルにおけるγH2AX病巣の定量のための免疫蛍光アッセイの使用方法を示しています。...

組織サンプルのγH2AX病巣の定量

学ぶヒトミトコンドリアDNA中のリボヌクレオチドの同時マッピングと定量法。酵素処理とアルカリ加水分解を組み合わせた単一ヌクレオチド分解能の手法で、DNA複製・修復機構と疾患関連性を解明します。

同時マッピングとヒトのミトコンドリア DNA のリボヌクレオチドの定量

さらに動画を探す