心筋細胞のシステム生物学における細胞構造の役割を研究する心筋細胞の構造的に現実的な有限要素の幾何学的なモデルを作成します。

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2018年4月18日

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Vijay Rajagopal¹^,²^,³ , Gregory Bass²^,³ , Shouryadipta Ghosh¹^,²^,³ , Hilary Hunt²^,⁴ , Cameron Walker⁵ , Eric Hanssen⁶ , Edmund Crampin²^,³^,⁴^,⁷^,⁸ , Christian Soeller⁹

¹Cell Structure and Mechanobiology Group, University of Melbourne, ²Systems Biology Laboratory, Melbourne School of Engineering, University of Melbourne, ³Department of Biomedical Engineering, University of Melbourne, ⁴School of Mathematics and Statistics, Faculty of Science, University of Melbourne, ⁵Department of Engineering Science, University of Auckland, ⁶Advanced Microscopy Facility, Bio21 Molecular Science and Biotechnology Institute, University of Melbourne, ⁷ARC Centre of Excellence in Convergent Bio-Nano Science and Technology, University of Melbourne, ⁸School of Medicine, Faculty of Medicine, Dentistry and Health Sciences, University of Melbourne, ⁹Living Systems Institute, University of Exeter

このプロトコルでは、電子顕微鏡や共焦点顕微鏡画像から心筋細胞の細胞内構造の空間的有限要素モデルを作成する手法について説明します。カルシウムシグナルと生体エネルギー転換の事例を使用してこの空間詳細モデルの力を発揮します。

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有限要素モデル

心筋細胞構造

電子トモグラフィー

共焦点顕微鏡法

カルシウムシグナリング

ミトコンドリア生体エネルギー論

RyRクラスターシミュレーション

画像セグメンテーション

メッシュ生成

Chapters in this video

0:04

Title

1:19

Segment Myofibrils and Mitochondria Regions from the EM 3D Image Dataset

3:05

Create a Finite Element Mesh from the Segmented Components

4:36

Mathematically Map the Spatially Varying Density of Ion-channels of Interest onto the Finite Element Mesh

6:51

Results: A Structurally Realistic Finite Element Geometric Model of a Cardiomyocyte

8:13

Conclusion

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