Guided Protocol for Fecal Microbial Characterization by 16S rRNA-Amplicon Sequencing

Ayelet Di Segni; Tzipi Braun; Marina BenShoshan; Sarit Farage Barhom; Efrat Glick Saar; Karen Cesarkas; James E. Squires; Nathan Keller; Yael Haberman

doi:10.3791/56845

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Biology

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Guided Protocol for Fecal Microbial Characterization by 16S rRNA-Amplicon Sequencing

16S rRNA 増幅配列による糞便の微生物評価ガイドのプロトコル

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08:05 min

March 19, 2018

DOI: 10.3791/56845-v

Ayelet Di Segni¹, Tzipi Braun¹, Marina BenShoshan¹, Sarit Farage Barhom¹, Efrat Glick Saar¹, Karen Cesarkas¹, James E. Squires², Nathan Keller^1,3, Yael Haberman^1,4

¹Sheba Medical Center, ²Children's Hospital of Pittsburgh of UPMC, ³Ariel University, ⁴Cincinnati Children's Hospital Medical Center

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

本稿では、高スループット 16S rRNA 増幅シーケンスの詳細な標準化されたプロトコルについて説明します。プロトコルには、データ分析を通じて糞便サンプルコレクションから統合、制服を着た、実現可能な安価なプロトコルが導入されています。このプロトコルには、厳格な基準とサンプルの多数の分析といくつかのコントロールができます。

このハイスループット16S rRNA-Amplicon Sequencingの全体的な目標は、糞便サンプルから始まるグローバルなマイクロバイオーム組成を特徴づけることです。この方法は、代謝、消化、腸および全身の炎症など、多くの関心分野に関連する全体的な微生物組成に関する重要な質問に答えるのに役立ちます。この技術の主な利点は、培養が困難な細菌を含む糞便サンプルに存在する好気性および嫌気性の微生物群集のセンサスを提供することです。

この方法は、迅速な結腸フリー処理ポンプラインにより、大量の糞便サンプルを同時に処理でき、堅牢で再現性の高い16S rRNA-Ampliconシーケンシングが実現しました。このプロトコルでは、鉛筆の消しゴムとほぼ同じサイズの凍結糞便サンプルを用意します。サンプルは、コレクションスワブの先端を切り取った状態で2ミリリットルのチューブに保管する必要があります。

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