Name: In Vivoモデル システムとしてゼブラフィッシュを用いた DNA 複製タイミングのプロファイリング (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-30T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 17 s
Description: 学ぶゼブラフィッシュ胚を用いた全ゲノムDNA複製タイミングマップの作成法。発生段階ごとのクロマチン変化とDNA複製開始の関係を解明し、細胞周期研究に応用可能な手法を習得できます。

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ゼブラフィッシュでは、DNA 複製タイミングを勉強する新しい、ユニークな体内モデル システムを提供します。時限を行うときはこの実験的プロトコルの詳細は、その胚の何千もを実験のため 1 日で集めることができます。これらの胚は、開発の正確にタイミングとはっきりと特徴付けられる段階を通じて同期的に開発します。ゼブラフィッシュは、ゼブラフィッシュ胚は外部開発、光学的に透明に、顕微鏡を用いて形態で容易にかつ正確にステージングできます。このプロトコルは、脊椎動物全体のレプリケーション タイミングを勉強するゼブラフィッシュ胚の使用を詳しく説明します。
ゼブラフィッシュ胚の同期開発、準備、FACS の並べ替え、およびライブラリの準備の間に細胞の損失を確保する問題を提示する可能性がありますプロトコルの領域が含まれます。ゼブラフィッシュの開発のタイミングは温度依存、したがって使用ゼブラフィッシュの明暗サイクルに適応し、実験 28.5 ° C であります。同期の開発をように正確に時限交配を実行し、非常に小さな時間 windows で胚を収集 (10 分以下)。28.5 ° C で胚を維...

正常に分裂する細胞、彼らする必要があります最初正確かつ忠実に複製の全体のゲノム。再現パターンは、DNA 複製タイミングのプログラム1として知られているゲノム重複が発生します。DNA 複製タイミングのクロマチン組織、エピゲノム、遺伝子表現2,3と相関しています。レプリケーションのタイミングの変更、開発全体を通して発生して転写に大幅に関連するプログラムとクロマチン マークと組織4,5に変更。さらにレプリケーション タイミングが変異の頻度と相関して、タイミングの変化が癌6,7,8の様々 なタイプ。これらの観測にもかかわらずメカニズムとレプリケーション タイミング設立と規制の要因はまだほとんど分かっていないとそれが開発に果たす役割と病気は断固としたではないです。さらに、ゲノム全体のレプリケーションでは最近まで脊椎動物の開発中に発生する変更のタイミングのみ検討されていた細胞モデルに。
哺乳類の開発9、多くの類似点と急速に開発の胚の数百のもたらすことができる一つの交配組み合わせ、ゼブラフィッシュ、動脈分布開発中にレプリケーション タイミング生体内研究に適して 10。さらに、ゼブラフィッシュの開発を通して細胞周期、クロマチン組織および DNA 複製タイミング11との関係を共有する転写プログラムに変更があります。ゼブラフィッシュは、また優秀な遺伝モデル、彼らは標的突然変異、突然変異、遺伝子導入による操作に特に適しているし、遺伝的画面は脊椎動物の発生12に必要な多くの遺伝子を識別しました。したがって、ゼブラフィッシュは、複製タイミングの確立と維持に関与する遺伝子を識別するために、脊椎動物の発生にレプリケーション タイミングを規制緩和の効果を確認する使用できます。トランスジェニックは行は、異なる発達縦長や病状を分離した個々 のセルの種類からのレプリケーション タイミングを評価するために使用できます。重要なは、人間の病気病気の形成と進展9,13,14にレプリケーション タイミングの役割を調査するための様々 なゼブラフィッシュ モデルがあります。
最近では、最初のレプリケーション タイミング プロファイルは、ゼブラフィッシュ、複製を生体内で15のタイミングを研究するモデル システムとして確立することから生成されました。これを達成するためには、アダルト ゼブラフィッシュから分離された細胞型、開発の複数の段階でゼブラフィッシュ胚から細胞を採取されました。セルされた FACS (蛍光活性化細胞ソーティング) DNA の内容に基づいて G1、S 相の個体群を分離するによって並べ替えられます。G1 のサンプルを使用すると、コピー数コントロールとして、S 相集団でコピー数変異が決定され、相対のレプリケーション タイミング16を推測するために使用します。レプリケーションのタイミングの変化が直接比較発達の異なるサンプルやセルの種類間、これは生体内で脊椎動物全体で発生するレプリケーションのタイミングで変更を確認する使用されました。このメソッドは、チミジン類似体や免疫沈降 DNA4,6のラベル表示は必要ありませんが、他のゲノムの方法に比べていくつかの利点を主に提供します。
ここでは、プロファイル ゲノム DNA 複製タイミングの時にプロトコルの詳細なゼブラフィッシュの高解像度。これらのプロトコルは、開発中に発生するこれらの関係の変化のプロファイリングと同様、ゼブラフィッシュ ゲノム ゲノムとエピジェネティックな特徴との関係を決定するために使用されています。これらのプロトコルは、ゼブラフィッシュ突然変異系統と疾患モデルにレプリケーション タイミングの変化を勉強するも簡単に合わせられます。さらに、これらのメソッドは、ゼブラフィッシュから個々 のセルの種類を第 1 のソートによって特定のセルタイプにレプリケーション タイミングを勉強する時に拡張できる基盤を提供します。ゼブラフィッシュは、生体内で優れたモデル システムとしてレプリケーションのタイミングを研究し、最終的にこの重要なエピジェネティック特性の生物学的機能を明らかにする使用できます。

<table><tbody><tr><td>NaCl</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>BP358-10</td><td></td></tr><tr><td>KCl</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>P217-500</td><td></td></tr><tr><td>CaCl2</td><td>フィッシャー・サイエンティフィ</td>ック <td>C79-500</td><td></td></tr><tr><td>MgSO4</td><td>EMD ミリポア</td><td>MMX00701</td><td></td></tr><tr><td>NaHCO3</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>BP328-500</td><td></td></tr><tr><td>プロナーゼ</td><td>Sigma</td><td>10165921001</td><td>プロテアーゼ溶液</td></tr><tr><td>リン酸緩衝生理食塩水 (PBS)</td><td>Sigma</td><td>D1408</td><td></td></tr><tr><td>エタノール (EtOH)</td><td>KOPTEC</td><td>V1016</td><td></td></tr><tr><td>ウシ血清アルブミン (BSA)</td><td>Sigma</td><td>A9647-100G</td><td></td></tr><tr><td>ヨウ化プロピジウム (PI)</td><td>Invitrogen</td><td>P3566</td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>フィッシャーサイエンティフィック</td><td>BP153-500</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Σ</td><td>E9844</td><td></td></tr><tr><td>SDS</td><td>Santa Cruz</td><td>sc-24950</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>NEB</td><td>P8107S</td><td></td></tr><tr><td>Phenol:Chloroform</td><td>Σ</td><td>P3803-100ML</td><td></td></tr><tr><td>Nadium acetate</td><td>J.T.Baker</td><td>3470</td><td></td></tr><tr><td>グリコーゲン Ambion</td><td></td><td>AM9510</td><td></td></tr><tr><td>RNase A</td><td>Thermo Scientific</td><td>EN0531</td><td></td></tr><tr><td>Quanit-iT</td><td>Invitrogen</td><td>Q33130</td><td>蛍光ベースのDNA定量用試薬</td></tr><tr><td>Covaris AFA microTUBE</td><td>Covaris</td><td>520045</td><td>超音波処理用特殊チューブ</td></tr><tr><td>Covaris E220 超音波処理</td>装置 <td>Covaris</td><td>E220</td><td>焦点超音波処理装置</td></tr><tr><td>Agilent 4200 Tapestation</td><td>Agilent</td><td>G2991AA</td><td>全自動電気泳動装置</td></tr><tr><td>D1000 ScreenTape</td><td>Agilent</td><td>5067-5582</td><td>全自動電気泳動装置用試薬</td></tr><tr><td>NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina</td><td>NEB</td><td>Cat#E7370L</td><td>DNA Library preparation kit</td></tr><tr><td>NEBNext Multiplex Oligos Kit for Illumina (Index Primers Set 1)</td> <td>NEB</td><td>Cat#E7335S</td><td>Multiplex Oligos for DNA Library preparation kit</td></tr><tr><td>NEBNext Illumina用マルチプレックスオリゴキット(インデックスプライマーセット2)</td><td>NEB</td><td>Cat#E7500S</td><td>DNA用マルチプレックスオリゴ ライブラリー調製キット</td></tr><tr><td>NEBNext Library Quant Kit for Illumina</td><td>NEB</td><td>E7630L</td><td>quantification kit for library</td></tr><tr><td>preparation Agencourt AMPure XP beads</td><td>Beckman Coulter</td><td>A63882</td><td>magnetic beads</td></tr><tr><td>Illumina HiSeq 2500</td><td>Illumina</td><td>SY&ndash;401&ndash;2501</td><td>次世代DNAシーケンシングプラットフォーム</td></tr><tr><td>40&micro;m Falcon ナイロン セル ストレーナー</td><td>フィッシャー サイエンティフィ</td>ック <td>08-771-1</td><td></td></tr><tr><td>VWR 使い捨てペトリ皿 100 x 25 mm</td><td>VWR</td><td>89107-632</td><td></td></tr><tr><td>6.0 mL 日領モデル 8100</td><td>VWR</td><td>89078-446</td><td></td></tr><tr><td>ポジクリック チューブ用シリンジ、1.7 mL、ナチュラル カラー</td><td>デンビル サイエンティフィック</td><td>C2170 (1001002)</td><td>Dnase/Rnase フリー</td></tr><tr><td>Vortex Genie 2</td><td>サイエンティフィック インダストリーズ</td><td>SI-0236</td><td></td></tr>ウォ<tr><td>ッシュボトル</td><td></td><td>VWR16650-022</td>低<td>密度ポリエチレン、広口</td></tr><tr><td>ス</td><td>トレーナーVWR470092-440</td><td></td><td>6.9 cm、細かいメッシュ</td></tr><tr><td>のコルシングタンク</td><td>アクアニアリングZHCT100</td><td></td><td>個々の繁殖タンク</td></tr><tr><td>iSpawn</td><td>テクニプラスト</td><td>N / A</td><td>大型繁殖タンク</td></tr><tr><td>FACSAriaII</td><td>BDバイオサイエンス</td><td>N / A</td><td>細胞選別機</td></tr><tr><td>Wild M5a steromicroscope</td><td>Wild Heerbrugg</td><td>N/A</td><td>解剖顕微鏡</td></tr><tr><td>Qubit 3 Fluorometer</td><td>Thermo Scientific</td><td>Q33216</td><td>DNA濃度を決定するための定量的蛍光ベースの方法</td></tr><tr><td>Matlab</td><td>Mathworks</td><td>バージョン2017a</td><td></td></tr><tr><td>Matlab Statistics Toolbox</td><td>Mathworks</td><td>バージョン11.1</td><td></td></tr><tr><td>Matlab Curve Fitting Toolbox</td><td>Mathworks</td><td>バージョン3.5.5</td><td></td></tr></tbody></table>

in vivoモデル システムとしてゼブラフィッシュを用いた dna 複製タイミングのプロファイリング

Profiling DNA Replication Timing Using Zebrafish as an In Vivo Model System

DNA 複製タイミングが重要な携帯電話の特性、クロマチン構造、転写、DNA 突然変異率と有意な関係を展示です。がん、開発中に発生するレプリケーションのタイミングの変化、発展に果たしている役割のレプリケーション タイミングと疾患は知られていません。ゼブラフィッシュを最近レプリケーションのタイミングを研究する体内モデル システムとして開設ここでは、ゼブラフィッシュを使用して DNA 複製タイミングを判断するプロトコルの詳細。アダルト ゼブラフィッシュ胚から細胞を並べ替え後、次世代シーケンス データの解析による DNA コピー数の変化を調べることによって高解像度ゲノム DNA 複製タイミングのパターンを構築できます。ゼブラフィッシュ モデル システムでは、レプリケーションのタイミング変更、開発全体を通して体内に発生し、個々 の細胞の種類、病モデル、または突然変異系統の変化を評価するためにも使用できます評価ができます。これらのメソッドが開発中に機構と複製タイミングの確立と維持の決定要因を調査し、研究を有効にすると、突然変異と腫瘍形成、摂動の効果を果たしている役割のレプリケーション タイミング開発と疾患にレプリケーション タイミング。

タイミング データをパブリッシュされたレプリケーションを使用すると、代表的なレプリケーション タイミング プロファイルと品質への取り組みは、15が提供されます。処理の最初の手順は、ゲノム、読み込む長さとゲノム カバレッジの統計情報を計算して、対になっていない低品質をフィルタ リングし、PCR 重複読み取りシーケンス データの配置を含みます。典型的なゼブラフィッシュ シーケンス サンプルの読み取りの統計情報は、図 2のとおりです。フィルター処理後カウントは可変ウィンドウ サイズおよびデータで決定されます読み取りは平滑化、正規化します。図 3 aは、代表ゼブラフィッシュ染色体生物の複製のための典型的な平滑化正規化のレプリケーション タイミング プロファイルを示しています。生物学的および実験的複製のプロファイルで視覚的に非常に似ている (図 3 aを参照...

ゼブラフィッシュは、開発中に DNA 複製タイミングを勉強する体内モデル システムとして最近使用されました。ここでは、プロファイル レプリケーション タイミングにゼブラフィッシュ胚を使用してのためのプロトコルの詳細。このプロトコルは、変異体、個々 の細胞の種類、病モデル、および他の種にレプリケーション タイミングを勉強する簡単に適合できます。

In Vivoモデル システムとしてゼブラフィッシュを用いた DNA 複製タイミングのプロファイリング

DNA replication timing is an important cellular characteristic, exhibiting significant relationships with chromatin structure, transcription, and DNA ...

この手順の全体的な目標は、発生のさまざまな段階にあるゼブラフィッシュの胚から全ゲノムDNA複製タイミングマップを生成することです。この方法は、胚発生中に発生するクロマチンの変化がDNA複製フォークの開始にどのように影響するかなど、細胞周期およびクロマチン生物学の分野における重要な質問に答えるのに役立ちます。この手法の主な利点は、胚発生の定義された段階でin vivoで発生する複製変化をマッピングすることです。この方法は、ゼブラフィッシュの発生中にDNA複製がどのように変化するかについての洞察を得ることができますが、他のシステムやモデル生物(チュニケート、カエル、ハエなど)にも適用できます。一般的に、この方法に不慣れな人は、ゼブラフィッシュの胚から単一細胞懸濁液を生成するためにある程度の練習が必要なため、苦労するかもしれません。胚が収集される前夜、ほぼ同数のオスとメスを使用して、数十匹の繁殖成体を繁殖タンクに入れます。実験に応じて、次のいずれかの育種戦略を使用します。最初の繁殖戦略では、ゼブラフィッシュのオスとメスを数匹ずつそれぞれの飼育水槽に入れ、仕切りを使ってオスとメスを分離します。このアプローチを使用する場合は、多くの異なる繁殖タンクを設置し、それぞれから胚をプールして、生物学的多様性が集団を代表するようにします。繁殖戦略その2は、数十匹のオスとメスのゼブラフィッシュを大きな飼育水槽に組み合わせることです。この戦略は、十分な数の胚がある限り使用してください。彼らがさまざまな創設者から来たため、遺伝的に人口を代表していると考えるのが妥当です。時間指定の交配を行うには、朝の光サイクルが始まるとすぐに開始します。魚を浅瀬で10分間繁殖させ、胚が逃げるための偽の底を付けます。10分後、ストレーナーに胚を注ぎ、ウォッシュボトルを使用して10センチメートルのプレートにすすぎます。同時に採取したすべての胚をプールし、採取時に印をつけて、すぐに摂氏28.5度のインキュベーターに入れます。同期的に発生する胚を確実に収集するには、胚のバッチを10分ごとに収集することが重要です。これは、胚発生の最も初期の段階で特に重要です。1日に1組の交配ペアから数百の胚が生まれることが予想されます。得られた胚の数が20未満になるまで、成虫を10分周期で繁殖させます。採取後約1時間から1.5時間後に、胚を選別し、インキュベーターから取り出し、解剖顕微鏡で観察し、死卵や未受精卵を選別します。胚を数え、10cmプレートあたり100個の胚の密度で配置します。新鮮なE3培地を加え、胚を摂氏28.5度のインキュベーターに戻します。胚が所望の発生段階に到達したら、ゼブラフィッシュの胚発生段階に従って、光学顕微鏡で形態学的に段階を確認します。胚が48 hpf以下の場合は、最大1500個の段階的胚を15ミリリットルの円錐管に移し、E3を使用して数回洗浄します。100個の胚ごとに、1ミリリットルのE3と20マイクロリットルのプロナーゼ溶液を追加し、穏やかに渦巻きます。最大1500個の胚を15ミリリットルのE3を含む1本のチューブでデコリオネーションすることができます。チューブを横向きに置き、胚を均一な層に配置して、表面と体積の比率を最大化します。すべての絨毛膜が胚から落ちるまで、2〜3分ごとにチューブを静かに攪拌します。総デコレーション時間は、プロナーゼの活動によって異なります。.上清を取り除き、10ミリリットルのE3で胚を3回穏やかにすすいでください。胚を氷の上に置いて残りのE3を取り除いた後、500個の胚ごとに1ミリリットルの調製したばかりの氷冷脱ヨールク緩衝液を使用してサンプルを洗浄します。次に、P1000を使用して、胚を5〜10回ゆっくりと上下にピペットで動かし、卵黄の袋を破壊します。その後、1ミリリットルを1.5ミリリットルのマイクロチューブに移し、4°C、500倍の重力で5分間遠心分離します。サンプルは、細胞を溶解せずに単一細胞懸濁液を作成するのに十分なだけ激しくピペットで移動する必要があります。このステップには、ある程度の練習が必要です。上清を取り除き、氷冷した1x PBSの1ミリリットルを使用してペレットを洗浄し、リンガー溶液を取り除きます。その後、サンプルを再度遠心分離します。上清を慎重に取り除き、細胞を1×PBSの1ミリリットルに再懸濁します。次に、チューブを氷の上に置きます。15ミリリットルの円錐管に3ミリリットルの氷冷エタノールを加え、EtOHのチューブを低い設定で穏やかにボルテックスします。P1000を使用して、ゼブラフィッシュの胚細胞懸濁液をゆっくりとEtOHに滴下し、ボルテックスを続けます。合計1ミリリットルの胚細胞懸濁液を添加し、75%EtOHの最終固定溶液を得ます。1ミリリットルの細胞懸濁液を加えた後、チューブを静かに攪拌して混合し、マイナス20°Cで少なくとも1時間横向きに置くか、懸濁液を冷凍庫で2〜3週間保存します。胚性DNAを染色するには、マイナス20°CからEtOH固定胚細胞を取り除いた後、重力1500倍、摂氏4°Cでチューブを5分間遠心分離します。チューブを氷の上に置き、上清を慎重に取り除きます。次に、P1000を使用して、調製したばかりの冷たいPBS-BSAの1ミリリットルに細胞を穏やかに再懸濁します。細胞を重力1500倍、摂氏4度で5分間遠心分離し、サンプルを氷上に置きます。次に、上清を取り除き、1, 000個の胚ごとに、200マイクロリットルのヨウ化プロピジウム染色溶液を加えて細胞を再懸濁します。細胞をPI溶液で氷上で30分間インキュベートし、5分ごとに穏やかに混合します。40 μmのナイロン製セルストレーナーを、氷上の50 mmLの円錐形チューブの上に置きます。次に、細胞を静かにピペットで動かして、メッシュを通して細胞溶液を混合し、ろ過します。シリンジプランジャーの平らな内側の端を使用して、メッシュ上に残っている細胞の塊を穏やかに破壊します。1, 000個の胚ごとに、500マイクロリットルの冷たいPBS-BSAを使用して、フィルターを通して細胞をすすぎます。氷上の15ミリリットルの円錐管の上に40マイクロメートルのメッシュを置き、50ミリリットルの円錐管からの細胞懸濁液を15ミリリットルのチューブにもう一度ろ過します。最後に、適切な細胞選別装置を使用して、レーザー励起を561ナノメートルに設定し、発光検出を610オーバー20に設定して、ヨウ化プロピジウムを検出します。セルをソートし、テキストプロトコルに従って追加の分析を実行します。リードマッピングの品質を判断するには、まず、mapQ 値の統計を使用して、シーケンシングデータをゲノムにアラインメントする必要があります。さらに、計算された読み取り長統計は、すべてのシーケンシング読み取りの挿入サイズの分布のヒストグラムとしてプロットされます。この実験では、中央値が170bpでした。この棒グラフは、マッピングされたリードの合計、低品質フラグを含むリード、異なる染色体にマッピングされたペアを持つリード、距離しきい値を超えるペアを持つリード、および PCR 重複の読み取り統計を示しています。ここには、ゼブラフィッシュサンプルの一般的なシーケンシングランにおけるマッピング済み、マッピングなし、およびペアになっていないリードの合計、カバレッジ、およびリード解像度の代表的な数がリストされています。フィルタリング後、読み取りカウントは可変サイズのウィンドウで決定され、データは平滑化および正規化されます。ここでは、代表的なゼブラフィッシュ染色体の生物学的複製のための典型的な平滑化および正規化された複製タイミングプロファイルを示します。生物学的反復と実験的反復のプロファイルは非常に類似している必要があり、染色体の長さに沿って高い相関も示しています。また、プロファイルは、ゲノム全体のタイミング値間で高い相関関係を示す必要があります。カラーマップはピアソンの相関係数を表します。この手順を試行する際には、同期的に発生する胚が収集されていることを確認することを覚えておくことが最も重要です。この手順に続いて、モルフォリノ注射やCRISPR-Cas9突然変異誘発などの他の方法を実行して、DNA複製が他の発生プロセスと協調するメカニズムは何かなどの追加の質問に答えることができますか?このビデオを見れば、同期発生中のゼブラフィッシュ胚から細胞周期の特定の段階で細胞を採取する方法を十分に理解できるはずです。これらのサンプルを収集することは、全ゲノムDNA複製タイミングマップを生成するために重要です。

profiling-dna-replication-timing-using-zebrafish-as-an-vivo-model

Research

JoVE Journal

Genetics

遺伝学

ゼブラフィッシュは、代謝の研究のために十分に利用されている強力な脊椎動物のモデルを表しています。ここでは、測定するための迅速な方法を記述...

ゼブラフィッシュ胚の代謝プロファイル解析

ここでは、生理的に、関連する高感度で特異的な開発のための体系的なアプローチを提示...

ゼブラフィッシュを用いた病的ヒトゲノムの in vivoモデルで

高解像度融解分析（HRMA）と合わせPCRは、ゼブラフィッシュの遺伝子型を決定するための迅速かつ効率的な方法として示されている。...

高解像度メルト解析を用いたPCRを使用して、迅速かつ効率的なゼブラフィッシュ遺伝子型決定

ゼブラフィッシュは、高等脊椎動物との遺伝的類似性から、発生生物学およびヒト疾患研究のための強力なモデルシステムです。このプロトコルは、初期胚形成に不可欠な遺伝子の劣性突然変異を特定するためのフォワードスクリーニング戦略に利用できる一倍体ゼブラフィッシュ胚を作成する方法論を説明しています。...

半数ゼブラフィッシュ胚の生成により<em&gt;体外</em&gt;受精

細胞および組織中のタンパク質レベルは、多くの場合、緊密にタンパク質産生及びクリアランスのバランスによって調節される。光変換した後、蛍光減衰（FDAP）を使用して、タンパク質のクリアランス速度は、実験的にin vivoで測定することができる。...

光変換後の蛍光減衰を使用して生活ゼブラフィッシュ胚におけるタンパク質の安定性の測定（FDAP）

有糸分裂はすべての生物にとって重要であり、欠陥はしばしば癌や発達障害を引き起こします。このイメージングプロトコルとゼブラフィッシュをモデルシステムとして使用することで、研究者は生きた脊椎動物の有糸分裂と、有糸分裂プロセスに欠陥がある場合に生じる多数の欠陥を視覚化することができます。...

ライブゼブラフィッシュ胚における有糸分裂とダイナミクスを観察します

ゼブラフィッシュは、遺伝子編集技術の登場により、特に、生物医学研究における信頼性の高い遺伝モデル有機体として使用されています。幼虫の表現型の場合は、DNA 抽出と遺伝子型同定は挑戦できます。ここでは、尾クリッピング、早ければ 72 時間後受精によるゼブラフィッシュの幼虫、効率的なジェノタイピング手順について述べる.

ハイスループット DNA の抽出およびフィン クリッピングが 3dpf ゼブラフィッシュ仔のジェノタイピング

核表面の拡散は、間見下がれの間に染色体の事象を研究するために不可欠なツールです。ゼブラフィッシュの精子から前相Iの間にマイオサイト染色体を調製し、可視化する方法を実証する。...

ゼブラフィッシュの精子細胞からのマイオサイト染色体の広がりの調製

骨格筋再生は、筋ジストロフィーなどの多くの筋疾患で障害を受ける組織常駐筋幹細胞によって駆動され、筋肉が再生できないことが生じる。ここでは、筋疾患のゼブラフィッシュモデルにおける筋再生の検討を可能にするプロトコルについて述べる。...

ゼブラフィッシュモデルの筋肉再生を調べる

この論文では、無傷のゼブラフィッシュ胚内の正常および異常なシトシンメチル化の迅速かつ効率的な時空間モニタリングのためのプロトコルについて説明します。...

無傷ゼブラフィッシュ胚における正常および異常なシトシンメチル化の迅速かつ効率的な時空間モニタリング

RASopathyiesは、RAS-MAPK経路の過剰活性化によって引き起こされる多系統遺伝性症候群です。検証を待っている潜在的に病原性の多様体が次々と出現する一方で、前臨床のエビデンスが乏しいため治療が制限されています。ここでは、Teen-reporter ZebrafishのライブFRETイメージングにより、RASopathy関連ERK活性化レベルとその薬理学的調節を胚発生時に試験および交差検証するためのin...

ライブFRET顕微鏡法および免疫蛍光法による初期ゼブラフィッシュヌーナン症候群モデルにおけるERK活性調節を評価するための効率的なプロトコール

学ぶゼブラフィッシュ胚を用いた全ゲノムDNA複製タイミングマップの作成法。発生段階ごとのクロマチン変化とDNA複製開始の関係を解明し、細胞周期研究に応用可能な手法を習得できます。

In Vivoモデルシステムとしてゼブラフィッシュを用いた DNA 複製タイミングのプロファイリング

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