Name: キイロタマホコリカビの選択に基づいて細胞と細菌の成長の遺伝子工学 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-01-25T14:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 8 s
Description: 学ぼう、Dictyostelium discoideumの遺伝子導入プロトコル。電穿孔法により液体培地で増殖しない株も含む多様な株への遺伝子操作が可能です。蛍光タンパク質発現やPCR検証で迅速に結果を確認できます。

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著者は、このメソッドへの入力のケイ ラボと LMB 顕微鏡と流れ cytometry 施設優れた科学的、技術的なサポートをありがとうございます。この仕事医学研究評議会 MC_U105115237 r. r. ケイ、BBSRC (バイオ テクノロジー ・生物科学研究会議) に助成 BB/K009699/1 r. r. ケイによって資金が供給された、がん研究英国 r. h. 窶、Wellcome の信頼シニア親睦 A15672 を付与します。202867/Z/16/Z はジョナサン ・ R チャブと MRC UCL で MRC の LMCB 大学の単位 (MC_U12266B) の資金。

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<li>De Lozanne, A., Spudich, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Disruption+of+the+Dictyostelium+myosin+heavy+chain+gene+by+homologous+recombination%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Disruption of the Dictyostelium myosin heavy chain gene by homologous recombination.</a> Science. 236, 1086-1091 (1987).</li>
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<li>Lloyd, M. M., Ceccarelli, A., Williams, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+conditions+for+the+transformation+of+nonaxenic+Dictyostelium+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Developmental+Genetics%22%5BJournal%5D)">Establishment of conditions for the transformation of nonaxenic Dictyostelium strains.</a> Developmental Genetics. 11, 391-395 (1990).</li>
<li>Bloomfield, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neurofibromin+controls+macropinocytosis+and+phagocytosis+in+Dictyostelium%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Neurofibromin controls macropinocytosis and phagocytosis in Dictyostelium.</a> eLife. 4, (2015).</li>
<li>Veltman, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+plasma+membrane+template+for+macropinocytic+cups%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">A plasma membrane template for macropinocytic cups.</a> eLife. 5, (2016).</li>
<li>Veltman, D. M., Lemieux, M. G., Knecht, D. A., Insall, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PIP%283%29-dependent+macropinocytosis+is+incompatible+with+chemotaxis%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">PIP(3)-dependent macropinocytosis is incompatible with chemotaxis.</a> The Journal of Cell Biology. 204 (4), 497-505 (2014).</li>
<li>Hoeller, O., Kay, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemotaxis+in+the+absence+of+PIP3+gradients%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">Chemotaxis in the absence of PIP3 gradients.</a> Current Biology. 17, 813-817 (2007).</li>
<li>Chubb, J. R., Wilkins, A., Thomas, G. M., Insall, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Dictyostelium+RasS+protein+is+required+for+macropinocytosis%2C+phagocytosis+and+the+control+of+cell+movement%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Science%22%5BJournal%5D)">The Dictyostelium RasS protein is required for macropinocytosis, phagocytosis and the control of cell movement.</a> Journal of Cell Science. 113, 709-719 (2000).</li>
<li>Schaap, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+phylogeny+and+evolution+of+morphology+in+the+social+amoebas%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Molecular phylogeny and evolution of morphology in the social amoebas.</a> Science. 314, 661-663 (2006).</li>
<li>Du, Q., Kawabe, Y., Schilde, C., Chen, Z. H., Schaap, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Evolution+of+Aggregative+Multicellularity+and+Cell-Cell+Communication+in+the+Dictyostelia%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">The Evolution of Aggregative Multicellularity and Cell-Cell Communication in the Dictyostelia.</a> Journal of Molecular Biology. 427 (23), 3722-3733 (2015).</li>
<li>Hirose, S., Benabentos, R., Ho, H. I., Kuspa, A., Shaulsky, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Self-recognition+in+social+amoebae+is+mediated+by+allelic+pairs+of+tiger+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Self-recognition in social amoebae is mediated by allelic pairs of tiger genes.</a> Science. 333 (6041), 467-470 (2011).</li>
<li>Strassmann, J. E., Queller, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution+of+cooperation+and+control+of+cheating+in+a+social+microbe%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Evolution of cooperation and control of cheating in a social microbe.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (2), 10855-10862 (2011).</li>
<li>Wolf, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fitness+Trade-offs+Result+in+the+Illusion+of+Social+Success%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">Fitness Trade-offs Result in the Illusion of Social Success.</a> Current Biology. 25 (8), 1086-1090 (2015).</li>
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<li>Southern, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+specific+sequences+among+DNA+fragments+separated+by+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis.</a> Journal of Molecular Biology. 98 (3), 503-517 (1975).</li>
<li>Paschke, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+and+efficient+genetic+engineering+of+both+wild+type+and+axenic+strains+of+Dictyostelium+discoideum%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rapid and efficient genetic engineering of both wild type and axenic strains of Dictyostelium discoideum.</a> PLoS One. 13 (5), 0196809(2018).</li>
<li>Woznica, D., Knecht, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Under-agarose+chemotaxis+of+Dictyostelium+discoideum%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Under-agarose chemotaxis of Dictyostelium discoideum.</a> Methods in Molecular Biology. 346, 311-325 (2006).</li>
<li>Dubin, M., Nellen, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+versatile+set+of+tagged+expression+vectors+to+monitor+protein+localisation+and+function+in+Dictyostelium%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">A versatile set of tagged expression vectors to monitor protein localisation and function in Dictyostelium.</a> Gene. 465 (1-2), 1-8 (2010).</li>
<li>de Hostos, E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dictyostelium+mutants+lacking+the+cytoskeletal+protein+coronin+are+defective+in+cytokinesis+and+cell+motility%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Dictyostelium mutants lacking the cytoskeletal protein coronin are defective in cytokinesis and cell motility.</a> Journal of Cell Biology. 120, 163-173 (1993).</li>
<li>Sekine, R., Kawata, T., Muramoto, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR%2FCas9+mediated+targeting+of+multiple+genes+in+Dictyostelium%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">CRISPR/Cas9 mediated targeting of multiple genes in Dictyostelium.</a> Scientific Reports. 8 (1), 8471(2018).</li>
<li>Sadelain, M., Papapetrou, E. P., Bushman, F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Safe+harbours+for+the+integration+of+new+DNA+in+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Cancer%22%5BJournal%5D)">Safe harbours for the integration of new DNA in the human genome.</a> Nature Reviews Cancer. 12 (1), 51-58 (2011).</li>
<li>Rosengarten, R. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Leaps+and+lulls+in+the+developmental+transcriptome+of+Dictyostelium+discoideum%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Leaps and lulls in the developmental transcriptome of Dictyostelium discoideum.</a> BMC Genomics. 16, 294(2015).</li>
<li>Tunnacliffe, E., Corrigan, A. M., Chubb, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Promoter-mediated+diversification+of+transcriptional+bursting+dynamics+following+gene+duplication%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Promoter-mediated diversification of transcriptional bursting dynamics following gene duplication.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 115 (33), 8364-8369 (2018).</li>
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</ol>

著者はある利益相反を開示します。

非無菌、野生型の細胞性粘菌の使用は、分子生物学の研究にところ非常に制限されています。信頼性と効率23、彼らの一般的な養子縁組を防止するこれらの系統の遺伝子工学の使用可能なメソッドを欠いていた。生成された材料およびここに示すプロトコルは、液体媒体の成長する能力の独立したD. キイロタマホコリカビ緊張に使用できます。特筆すべきはこのプロトコルは NC4 由来細胞株が最適です。トランスフェクションの効率は野生から新鮮単離株の異なる NC4、我々 は前に観察するいるし、V12M2 と WS21628,9を次に示します。エレクトロポレーションの条件は、特にトランスフェクションの効率に大きな影響を持っているようだし、いくつかの系統のさらなる最適化を必要があります。一般に、これらのメソッドが実行可能なことを示すこれまでのところ、テストすべての系統の形質転換細胞の十分な量が観測されています。NC4 から派生した系統を使用して得られた肯定的な形質転換細胞の数はくらべると他の非無菌の野生型株がすべてのケースで、さらに実験を許可する形質転換細胞の十分な数字が得られます。これに加えて、我々 のプロトコルのシンプルさは、以前の試み8,9と比較して大きな改善です。
これらの新しい非無菌プロトコルは、すべての標準的な遺伝的手続きをカバーし、transfections 迅速かつ効率的に並列で実行できるので、それ以上の利点を追加します。肯定的なクローンは、細菌半分成長部門の時間以来、週間ではなく、日で取得できます。新しく設立されたプラスミドも無菌条件の下で働くし、日常的に使用できる両方の成長条件の下でこの方法22のもう一つの進歩であります。プロトコルの導入、細菌の選択に使用されるプラスミド必要特別な遺伝子導入の成功のために重要であります。特に、式および抵抗のカセットを運転プロモーター、成功の transfection のため重要です。抵抗または式カセットを駆動するため頻繁に使用される, act6 (アクチン 6) プロモーター24は、細菌のセルは育つとき効率を欠いています。プラスミド体制で高活性act15 (アクチン 15) プロモーター ドライブすべて式カセットのcoA (coactosin A) プロモーター、無菌条件下で、アクティブであるの両方の制御の下で抵抗のカセットが細菌の成長のセル。記者の表現のための要件をノックで、構築し、ノックアウト構造が私たちのプラスミッドのレパートリーを使用する必要が、残念なことに使用する非効率的な, act6プロモーターを既に作成ベクトルの使用は制限されます。
プロモーターの効率は正しい genomic 位置に単一の統合イベントに依存している transfections 特に重要です。プロモーターが耐性遺伝子発現を運転の改善のためのため十分な抵抗性蛋白質は単一軌跡インテグレーション環境から生成されます。主要な関心事だった hygromycin または G418 に従って使用する場合、ゲノムに複数の統合の支持します。複数の統合の支持は観察されていないところ、G418 の選択で古いプロモーター システム25を使用して以前に報告します。つまり、両方 hygromycin G418、マーカーが選択可能な世代のきれいなノックアウトおよびノック保険の残念なことに、選択可能なマーカー ブラストサイジンは非無菌条件の下では動作しません。ブラストサイジン抵抗カセットを日常的に使ってD. キイロタマホコリカビでノックアウトの構成要素を生成するので、これは私たちの方法の主な欠点です。ブラストサイジン耐性カセットを既に生成された構造体は、実行可能な選択可能なマーカーの 1 つを使用して rederived する必要があります。この限定を克服するもう一つの可能性は、最近設立された無菌D. キイロタマホコリカビCRISPR を結合するこのトランスフェクション プロトコル26技術。適切な単一ガイド Rna (sgRNAs) の生成は、簡単かつ完全なノックアウト構造の復元よりも高速です。今後の方向性、可能性の複数のノックアウトを生成する CRISPR/Cas9 このトランスフェクション プロトコルと組み合わせてを使用して魅力的で、細胞性粘菌のコミュニティで多くの研究者のための道を開く可能性があります。ただし、無菌栽培セルに CRISPR/Cas9 に使用される確立された一過性発現システムの施工性を慎重に検討する必要があります。
紹介システム ノックでact5 D. キイロタマホコリカビで安定したセルラインの他生物22年同様のサイトの利点との世代のため信頼性の高い、安全なシステムを提供しています。また、ゲノムの単一の統合イベントに依存し、多くの異なる研究の方向性の可能性を提供しています。Act5のプロモーターが強くアクティブで、栽培条件の独立したほぼ同種式27を保証します。蛍光レポーター蛋白質は、設計されたターゲット プラスミドを使用してこの安全な避難所の軌跡に簡単に統合できます。これことができます、たとえば、細胞追跡用ミックス実験で示すよう。セル自動細胞を追跡を支援することができます最小限のセルに式の可変性を示します。重要なは、行為5 遺伝子座に必要なシーケンスの挿入表現型中性28,29が表示されます。ランダムな配合成分または染色体外ベクトル軸受け細胞に見られるように、式は蛋白質の表現を維持するために選択可能なマーカーに依存しない、 act5システムはレスキュー実験できます。細胞は均一なので、すべてのセルが分析できます。これは染色体外プラスミドを用いた式でかなりの不均一性が表現可能ではありません。
すべての緊張のためのこれらの一般的な改良に加えて分子研究に非無菌の野生型細胞を使用する能力は、現在の実験室の緊張の蓄積された突然変異の効果の評価をことができます。複数遺伝子の再配列は、以前に公開されたマイクロ アレイ解析26に示すよう 1970 年に ax2 横型ひずみの採用以来発見されています。これらの突然変異の存在のため、合成の表現型が観察されます。たとえば、報告されたphg2 変異は 1 研究室ひずみのバック グラウンドで別の3で粘着性が向上減少接着を示しています。このような競合しているデータは、(この例では、DdB) で共通の祖先ひずみの実験を繰り返すことによって今解決できます。このアプローチの強さは、小さい gtp アーゼ RasS30,31の最近示されています。
D. キイロタマホコリカビ緊張で遺伝子実験を実行する機能は、社会の進化、血縁認識、および性的サイクル22を含む特にそれら野生株の使用に依存する新たな研究方向性の可能性を展開します。

細胞性粘菌属は、主に細菌の餌土生活社会アメーバです。門アメーボゾアに置かれて、種の数が多いは、分離されている 4 つの異なるクレード1をグループ化できます。種キイロタマホコリカビ(D. キイロタマホコリカビ) 細胞遊走、貪食など複雑な細胞プロセスを勉強する人気モデル生物となっています。制御し、細菌2の不在で複雑なまたは定義された液体培地で成長することができる考案されている無菌の細胞実験条件を標準化します。特に重要な Ax3、ax2 横型、すべては 1970 年代に生成され、最終的に単一の野生から派生された Ax4 系統分離 NC43。19874,5で最初公開されたノックアウトの結果、これらの無菌系統の遺伝子工学のためのツールが開発されました。プロトコルさらに開発され無菌条件6、7の下での使用に最適します。
適応プロトコル野生型D. キイロタマホコリカビを液体スープで育つことができない系統は、いくつかの研究所で試行されています。しかし、トランスフェクション プロトコルは複雑であり、選択的試薬8,9のシンクとして機能する細菌の能力による部分で効率性に欠けるので完全成功したこのないなっています。その結果、 D. キイロタマホコリカビの本質的にすべて分子データは単一の野生型分離株の子孫から来ています。この制限を克服し、遺伝的液体媒体の成長する能力の独立したD. キイロタマホコリカビセルを変更する方法を開発したいです。そのような方法の必要性は、無菌の成長を許可する突然変異は主に中立的だった過去に就任したし、細胞生理学を損なわないか観察によって説明できます。この仮定は部分的に正しいのみです。一般に、2 つの顕著な違いがあります。最初、違い無菌系統と第二に、これらの無菌系統は非無菌野生菌株8,9と比較した時に分離されました。
おそらく最も重要な因子は、キー無菌遺伝子、斧B、RasGAP NF1 として最近識別されました。NF1、RasGAP としての主要な機能は、Ras アクティビティ3を抑制することです。すべて無菌系統で酵素の削除は、明らかに大規模なアクティブな Ras パッチ形成として過度の Ras の活性につながります。これらの拡大の Ras のパッチは、細胞膜で PIP3 の蓄積に します。PIP3 およびアクティブな Ras のそれらの偶然現れるパッチは、最終的に終了し、macropinosomes10の形成につながる円形フリルの形成のためのテンプレートです。結果は、macropinocytic の活動の過度な増加です。マクロピノサイトーシスはアクチン ドリブン プロセスです。Macropinosomes または仮足の細胞骨格分子の形成のための競争は、結果です。細胞挙動への影響は、葉酸11栄養細胞の走化性のほぼ完全な予防に反映されます。大きく拡大された PIP3 パッチが非常にしつこいです。でも飢餓状態の細胞、PIP3 パッチが残る、仮のキャンプに走化性に関する研究の解釈の問題を引き起こすことができると誤解されることができます。
場合によっては、NF1 変異実験に便利です。これは細菌によって成長したD. キイロタマホコリカビのトランスフェクション法を開発するための 2 番目の動機につながる細胞、マクロピノサイトーシス率の増加は、無菌細胞がこのプロセス12 の基本的な側面を調査するため貴重なので.ただし、マクロピノサイトーシス Ras と PI3 キナーゼ10などに必要な遺伝子の突然変異はほとんど細菌の成長を介してこれらの細胞を操作する必要がある、無菌の成長を廃止しています。貴重な細菌ベースの transfections をレンダリングする別の理由は多細胞型13,14、血縁認識15,16進化の質問を探検する細胞性粘菌の使用の増加新鮮単離野生型の使用に主に依存する利他的な細胞行動され17。すべては、研究分野が非無菌と液体スープで、成長しない野生株の遺伝的操作のための効率的な方法で促進することを述べた。
説明の制限を克服するため私達のプロトコルを許可します。まとめると、高速ために選択プロセスの高速化だけだ場合でも、細菌の細胞性粘菌研究者のd. キイロタマホコリカビ細胞保持している利点を成長と遺伝子操作を実行の可能性無菌メディア (倍加時間 10 h) の成長と比較して菌のアメーバ (4 h 倍加時間) の成長。

<table><tbody><tr><td>Equipment</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Eppendorf Microcentrifuges 5424/5424R</td><td>ThermoScientific</td><td>05-400-002</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf 5702R Centrifuges with A-4-38 Model Rotor</td><td>ThermoScientific</td><td>12823252</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf Mastercycler Nexus Thermal Cyclers</td><td>Sigma Aldrich</td><td>EP6331000025</td><td></td></tr><tr><td>Gene Pulser X Cell,CEを含む &PCモジュール</td><td>BioRad</td><td>1652660</td><td></td></tr><tr><td>Safety Cabinet Foruna - SCANLAF</td><td>Labogene</td><td></td><td></td></tr><tr><td>BioPhotometer Plus</td><td>Eppendorf</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CLSM 710</td><td>Zeiss</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Media &アガロース</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LoFlo ミディア</td>ム <td>フォーミディア</td>ム <td>LF0501</td><td></td></tr><tr><td>シーケム GTG アガロース</td><td>ロンザ</td><td>50071</td><td></td></tr><tr><td>低 EEO アガロース</td><td>BioGene</td><td>300-200</td><td></td></tr><tr><td>精製寒天</td><td>オキソイド</td><td>LP0028</td><td></td></tr><tr><td>SM ブロス</td><td>フォーミディアム</td><td>SMB0102</td><td></td></tr><tr><td>2x LB ブロス</td><td>フォーミディアム</td><td>LBD0102</td><td></td></tr><tr><td>Chemicals</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SYBR Safe DNA Gel Stain</td><td>ThermoScientific</td><td>S33102</td><td></td></tr><tr><td>1 Kb Plus DNA Ladder</td><td>ThermoScientific</td><td>10787018</td><td></td></tr><tr><td>1 Kb DNA Ladder</td><td>NEB</td><td>N3232L</td><td></td></tr><tr><td>HEPES 遊離酸</td><td>Sigma Aldrich/Merck</td><td>391340 EMD</td><td></td></tr><tr><td>KH2PO4</td><td>VWR</td><td>P/4800/53</td><td></td></tr><tr><td>Na2HPO4 * 2 H2O</td><td>VWR</td><td>10028-24-7</td><td></td></tr><tr><td>MgCl2 * 6 H2O</td><td>Sigma Aldrich/Merck</td><td>5982 EMD</td><td></td></tr><tr><td>CaCl2 * 2 H2O</td><td>Sigma Aldrich</td><td>442909</td><td></td></tr><tr><td>葉酸</td><td>Sigma Aldrich</td><td>F7876</td><td></td></tr><tr><td>KOH</td><td>VWR</td><td>26668.263</td><td></td></tr><tr><td>Cultur Dishes</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>96 Well Cell Culture Cluster, Flat Bottom with Low Evaporation Lid, Tissue Culture Treated</td><td>Corning Incorporated</td><td>3595</td><td></td></tr><tr><td>6ウェル細胞培養クラスター、蓋付き平底、組織培養処理</td>済み<td>コーニング社製</td><td>3516</td><td></td></tr><tr><td>100 x 20 mmスタイル組織培養皿、組織培養処理</td><td>済みコーニング社製</td><td>353003</td><td></td></tr><tr><td>50 mmガラス底マイクロウェル皿 No1.5</td><td>MatTek Corporation</td><td>P50G-1.5-30-F</td><td></td></tr><tr><td>Antibiotics</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Geneticin G418-sulphate</td><td>Gibco by Life Technologies</td><td>11811-023</td><td></td></tr><tr><td>ハイグロマイシン B ゴールド</td><td>InvivoGen</td><td>ant-HG-1</td><td></td></tr><tr><td>Additional Consumables</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>2 mm gap electroporation cuvettes, long electrode</td><td>Geneflow Limited</td><td>E6-0062</td><td></td></tr><tr><td>10 & micro;L 接種ループ、青色 10 μL</td><td>ThermoScientific</td><td>129399</td><td></td></tr><tr><td>スプレッダー、L 字型、滅菌</td><td>greiner bio-one</td><td>730190</td><td></td></tr><tr><td>Combitips advanced 5 mL</td><td>Eppendorf BIOPUR</td><td>30089669</td><td></td></tr><tr><td>Kits</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ZR Plasmid Miniprep Classic</td><td>Zymoresearch</td><td>D4016</td><td></td></tr><tr><td>Quick DNAMiniprepのキット</td><td>Zymoresearch</td><td>D3025</td><td></td></tr><tr><td>ZymocleanのDNAの回復のキット</td><td>Zymoresearch</td><td>D40002</td><td></td></tr><tr><td>Enzymes</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Restriction酵素</td><td>NEB</td><td></td><td></td></tr><tr><td>OneTaq 2Xのマスターミックス標準的な緩衝液</td><td>NEB</td><td>M0482L</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNAのリガーゼ</td><td>NEB</td><td>M0202S</td><td></td></tr><tr><td>PrimeSTAR Max DNAポリメラーゼ</td><td>TakaraBio</td><td>R045A</td><td></td></tr></tbody></table>

キイロタマホコリカビの選択に基づいて細胞と細菌の成長の遺伝子工学

Genetic Engineering of Dictyostelium discoideum Cells Based on Selection and Growth on Bacteria

キイロタマホコリカビは開発、細胞のシグナル伝達、および他の重要な細胞生物学の質問中に細胞分化プロセスの調査のための魅力的なモデル生物です。細胞性粘菌を遺伝子操作するための技術はよく発達しました。Transfections は、別の選択可能なマーカーとマーカーの再循環、相同組換えと挿入変異を含むを使用して実行できます。これはよく注釈ゲノムによってサポートされます。ただし、これらのアプローチは液体文化で育つ無菌細胞は最適化されており、細菌にのみフィード非無菌の野生型細胞に適用しにくい。無菌系統に存在する突然変異は、Ras シグナリング、授乳に必要な過剰マクロピノサイトーシスの原因を邪魔し、シグナル伝達とそれらの系統の化学走性実験の解釈を混同する細胞の移動を低下させます。非無菌細胞を遺伝子操作する以前の試み効率と複雑な実験手続きを欠いていた。これらの制限を克服して初めて、簡単なトランスフェクション プロトコルを開発しました。それら一連の細胞性粘菌の分子遺伝学に大きな改善を簡単に標準的な実験室の緊張として操作できる野生型細胞を許可します。破損していないシグナル伝達と運動性のプロセスを研究するための利点に加えてマクロピノサイトーシス ベースの成長を混乱させる突然変異体今容易に分離することができます。さらに、週間ではなく、日を生成する遺伝子組換え細胞と、全体のトランスフェクション ワークフローは大きく加速します。別の利点は、分子遺伝学を環境から新鮮単離の野生型細胞性粘菌のサンプルをさらに実行できます。これはこれらの研究分野で使用されているアプローチの範囲を拡張することができます。

染色体外プラスミドはレポーター研究セルまたは変異細胞の細胞構造の変化内のある特定の蛋白質のローカリゼーションを識別する目的に使用されます。細胞周期のモニタリングなど、多くのアプローチ記者 2 人を同時に表現することが重要です。これはデュアル レポーター染色体外プラスミド システム (表 1) を使ってられるようになりました。1 日目、細胞は後 5 時間 (図 1) G418 の選択のマーカーを追加する前に導入させた。独立して派生の野生菌株 V12M2 と WS2162、ax2 横型、DdB NC4 例 (補足表 1) GFP-TubulinA、微小管とはタンパク質 mCherry PCNA のマーカーを符号化するプラスミド pPI289 を導入させた細胞周期 (図 2A) を監視するために使用されます。32 時間後細胞は顕微鏡の下で観察されました。セルの大半は両方の蛍光融合タンパク質を表明した一貫性のある前の表現を報告その同じプラスミドを示しています同じような発現量からの 2 人のレポーターの異なる 2 種のプラスミドを使用する場合、ほぼ不可能であります。18,19。代表的なセル (NC4、DdB、ax2 横型、V12M2、および WS2162) 各セルライン図 2Bに示す目的デュアル レポーターを表現します。トランスフェクションの効率は、図2 Cにまとめます。NC4 由来細胞株は、最高のトランスフェクション効率を示します。ただし、V12M2 と WS2162 の細胞、形質転換細胞の数がかなり多いが得られました。
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58981/58981fig2.jpg"> 図 2: 染色体外プラスミドの式。(A) 染色体外プラスミドは、円形のフォームのトランスフェクション直接。たとえば、デュアル レポーター pPI289 が表示されます。NgoMIV サイトを示す染色体外発現プラスミドに 2 番目の記者を挿入。(B) GFP TubulinA (細胞質) と 5 別の野生型細胞ラインの使用 (NC4、DdB、ax2 横型、V12M2、WS2162)、mCherry-PCNA (主核) を表現する代表的なセルの Z 投影。写真 (B) の 5 つのセルラインの (C)、トランスフェクション効率を算出しました。2 つの実験の平均値は、示されています。誤差範囲を示す ± SD.<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58981/58981fig2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
ターゲット ベクトルの指定された genomic 位置への統合は難しく、生成された細胞ラインのより慎重な分析が必要です。図 3、 act5- mCherry NC4 で氣が試みられます。まず、プラスミッドをトランスフェクション再結合事象の頻度を増やす線形補間する必要があります。このため、 NgoMIV でプラスミド pDM1514 を切ります。Agarose のゲルのダイジェストを実行した後は、2 つのバンドが得られます。4127 bp のバンドには、目的の構成 (図 3) が含まれています。トランスフェクション、消化の DNA ゲルから抽出する必要があり、製造元の指示、次ゲル抽出キットを使用して浄化します。
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58981/58981fig3.jpg"> 図 3: トランスフェクションのact5のノックで、DNA の準備。プラスミド pDM1514行動5 ノックの使用の例を示します。準備のための手順は次のとおりです。(A) 穿孔前に示されたNgoMIV サイトを使用してプラスミッドをリニア化します。(B、C)2 つの予想されるバンドは正しく区切らまで agarose のゲルのカットのプラスミドを実行します。4127 bp のバンドが再結合腕、mCherry、および耐性カセットを含むを切り取って、ゲルの DNA を抽出します。DNA は、transfection のため準備が整いました。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58981/58981fig3large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
精製した DNA は NC4 セルの transfection のために使用されました。選択の 5-6 日後のクローンが得られました。代表的なトランスフェクションの効率は、いくつかの試みのノックでact5の肯定的な識別されたクローンの量は、表 3にまとめます。両方示した予測バンド パターンはノックでの予想し、南しみ分析を単一の統合と検証されてさらに、NC4 トランスフェクションの 2 つのクローンがランダムに選択され (図 4A) pcr 法による分析ゲノム20に構成のイベントです。しみは、望ましいact5軌跡 (図 4B) の明確な単一の統合を示しています。生成されたNC4::act5 mCherryセルの行は、実験で今すぐ使用できます。
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58981/58981fig4.jpg"> 図 4: Act5mCherry NC4 で KIs の検証します。 (A) 方式と制御 PCRs act5軌跡に肯定的な統合の検証。指定されたプライマーは、2 つの独立したクローンと親を分析する使用されました。両方のクローンは、親株には存在しない抵抗カセットと下流 (P1) または上流のプライマー (P2) の期待のバンドを示します。プライマーの組み合わせ (P1 ・ P2) は、 act5の軌跡への mCherry と抵抗のカセットの正しい統合を確認します。両方 KI クローンこのバンドがない代わりに大きい 1400 塩基対について PCR の製品を表示し、野生型 NC4 は予想 2800 bp のバンドを示しています。使用制限のダイジェストと南しみ (B) 方式です。両方のノックでクローン表示小さい 3400 bp のバンド 5 を行動の軌跡への構築の統合の結果である、私はサイトの具体的追加Bclhygromycin 抵抗カセット。私のサイト、野生型のコントロールに表示される 2 つの下流に位置するBclの結果予想される 5.8 kb。しみは、トリミングされ、わかりやすくするためにスプライシングします。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58981/58981fig4large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<table fo:keep-together.within-page="1"><tbody>
<tr>
<td>act5 の軌跡にターゲットを絞った構築</td>
			<td>プラスミドの名称</td>
			<td>占められた井戸の数</td>
			<td>チェックのクローン数</td>
			<td>肯定的なクローン</td>
			<td>正しいクローン (%)</td>
			<td>細胞性粘菌のひずみを使用</td>
			<td>トランスフェクション効率 (形質転換細胞/2 x 10 ^6/1 μ g DNA)</td>
		</tr>
<tr>
<td>LifeAct mCherry</td>
			<td>pPI226</td>
			<td>7</td>
			<td>7</td>
			<td>1</td>
			<td>14.2</td>
			<td>AX2 横型</td>
			<td>3.5 x 10 ^-6</td>
		</tr>
<tr>
<td>LifeAct GFP</td>
			<td>pPI227</td>
			<td>12</td>
			<td>12</td>
			<td>5</td>
			<td>41.6</td>
			<td>AX2 横型</td>
			<td>6 x 10 ^-6</td>
		</tr>
<tr>
<td>GFP</td>
			<td>pDM1513</td>
			<td>3</td>
			<td>3</td>
			<td>2</td>
			<td>66.6</td>
			<td>AX2 横型</td>
			<td>1.5 x 10 ^-6</td>
		</tr>
<tr>
<td>mCherry</td>
			<td>pDM1514</td>
			<td>3</td>
			<td>3</td>
			<td>1</td>
			<td>33.3</td>
			<td>AX2 横型</td>
			<td>1.5 x 10 ^-6</td>
		</tr>
<tr>
<td>GFP</td>
			<td>pDM1513</td>
			<td>66</td>
			<td>9</td>
			<td>5</td>
			<td>55.5</td>
			<td>AX2 横型</td>
			<td>3.3 x 10 ^-5</td>
		</tr>
<tr>
<td>mCherry</td>
			<td>pDM1514</td>
			<td>221</td>
			<td>12</td>
			<td>10</td>
			<td>83.3</td>
			<td>AX2 横型</td>
			<td>1.1 × 10 ^-4</td>
		</tr>
<tr>
<td>H2B mCherry</td>
			<td>pPI420</td>
			<td>3</td>
			<td>3</td>
			<td>1</td>
			<td>33.3</td>
			<td>AX2 横型</td>
			<td>1.5 x 10 ^-6</td>
		</tr>
<tr>
<td>H2B mCherry</td>
			<td>pPI420</td>
			<td>7</td>
			<td>7</td>
			<td>6</td>
			<td>85.7</td>
			<td>AX2 横型</td>
			<td>3.5 x 10 ^-6</td>
		</tr>
<tr>
<td>mCherry</td>
			<td>pDM1514</td>
			<td>10</td>
			<td>10</td>
			<td>7</td>
			<td>70</td>
			<td>DdB</td>
			<td>5 x 10 ^-6</td>
		</tr>
<tr>
<td>mCherry</td>
			<td>pDM1514</td>
			<td>240</td>
			<td>12</td>
			<td>11</td>
			<td>91.6</td>
			<td>DdB</td>
			<td>1.2 × 10 ^-4</td>
		</tr>
<tr>
<td>mCherry</td>
			<td>pDM1514</td>
			<td>320</td>
			<td>12</td>
			<td>12</td>
			<td>100</td>
			<td>NC4</td>
			<td>1.6 x 10 ^-4</td>
		</tr>
</tbody></table>テーブル 3: トランスフェクションの効率は、数世代の肯定的な形質転換細胞を得られるact5別の系統の背景にキシュ22.
行動5 軌跡統合記者21の比較的均質な表現を提供しています。生成されたNC4::act5 mCherryセルには、GFP など異なる蛍光タンパク質を用いた他のact5ノックと同様実行ミックス実験が可能します。このシステムの大きな利点を強調するには、 Ax2::act5 GFPの混合実験のとおりです。非無菌の野生型細胞を使ってできないのためこのタイプのアプローチをする前に実行できませんでした。ミックス実験は、彼らは同一の実験条件が発生して細胞間の直接比較を許可するセルの動作を分析するための重要なツールです。NC4 細胞成長速く、ax2 横型細胞 (図 5A) よりも細菌の芝生の上に。細菌や移動、食料源に向けて走化性を表示する機能の強化を貪食能力が高い可能性があります。下の寒天葉酸走化性の試金を使用して、 NC4::act5 mCherryが葉酸のセンシングではるかに効率的であることを示すNC4::act5 mCherry Ax2::act5 GFPの人口の直接比較は実行されました。4 時間後よりNC4::act5 mCherry細胞Ax2::act5 GFPの細胞 (図 5B) よりも agarose の下にクロールすることができた。NC4::act5 mCherry細胞が速くなったし、 Ax2::act5 GFPの細胞 (図 5C E よりも強力な走化性反応を示したことを明らかにした agarose 下移行細胞の走化性の標準的な指標を分析).
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58981/58981fig5.jpg"> 図 5: 走化性のイメージ ベース ミックス実験による行動5 キシュ。(A) NC4::act5 mCherryとAx2::act5 GFP表現行動5 軌跡から指定された蛍光タンパク質が細菌の芝生の成長する能力の分析しました。4 日後メッキ細胞性粘菌細胞から生じたプラーク直径を測定しました。非無菌act5:: NC4 細胞作る無菌Ax2::act5 GFPの細胞よりもかなり大きな斑 (± SD を意味 * * * p &lt; 0.0001、n = 3、棒 5 mm スケール)。(B) agarose の下で葉酸走化性の使用は、22 NC4::act5 mCherryとAx2::act5 GFP (a) 使用の走化性の能力を直接比較するアッセイの細菌 - 両系統のアメーバを成長した混合されました。50: 50 の比率。セルは agarose の下にクロールを許可されました。4 h 後、葉酸グラデーションを移行した細胞は、共焦点顕微鏡を用いたをイメージしました。NC4::act5 mCherryとAx2::act5 GFPの細胞の数は、定められました。NC4::act5 mCherry細胞が効率よく葉酸をセンシングします。Ax2::act5 GFPの細胞と比較して 10 倍以上NC4::act5 mCherryについて細胞が見いだされた (± SD を意味 * * * p &lt; 0.0001、n = 6、スケール 100 μ m バー)。(C, D)60 分間撮影されたセルとの速度と走化性指数を算出しました。走最も応答性細胞 (agarose 下移行ものだけ) の事前選択後Ax2::act5 GFPの細胞セル速度と走化性の低い値を示した。細胞あたり 50 セルを行った。(平均 ± SD、* p &lt; 0.01, n = 3)。(E) NC4::act5 mCherryとAx2::act5 GFPact5 ノック ins の軌跡プロットNC4::act5 mCherry細胞の chemoattractent ソースに向かってもっと監督の動きを示す 60 分以上 (平均 ± SD、* ** p &lt; 0.0001、n = 6)。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58981/58981fig5large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
フローサイトメトリー用act5ノックイン細胞株を使用もできます。細菌の成長と同様、無菌系統と非無菌野生型の開発の主要な違いがあります。後の発展を NC4 細胞の子実体が約 2 倍ものと大 ax2 横型細胞から派生しました。セルが混在している場合は、中間の大きさで分類された子実体が取得されます。両方の細胞の寄与をより定量的に解析、フローサイトメトリーを使用しました。これらの解析は明らか、両方の細胞から異なるレベルの貢献のため中間サイズの子実体であります。NC4::act5 mCherry細胞測定の胞子の約 75% 間、 Ax2::act5 GFPは非無菌系統 (図 6) のための潜在的なフィットネスの利点を明らかに 25% だけを貢献しました。分析は、茎セル人口を監視しません、ax2 横型 NC4 と開発の不均衡を説明する 2 つの可能性があります。1 つの可能性は、ax2 横型細胞が胞子細胞集団に入るのではなく、茎セル人口に主に寄与することです。また、NC4 セルは比較的遅延、ax2 横型と発達のサイクルを入力可能性があります、彼らは従って子実体のアセンブリに貢献することができません。非無菌の野生型細胞を使って可能性はさらに他のアプローチを開発し、実験手順を大幅に簡略化します。
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58981/58981fig6.jpg"> 図 6:法5 キシュ フローサイトメトリーを用いたミックス実験の分析が可能です。(A) NC4::act5 mCherryとAx2::act5 GFP個別にまたは非栄養寒天版で 50: 50 の混合物を開発しました。NC4::act5 mCherry細胞Ax2::act5 GFPより大型の子実体を形成します。ミックスは代わりに中間サイズを示します (棒 5 mm スケール)。共焦点レーザー蛍光顕微鏡では、ミックスから派生した胞子ヘッドNC4::act5 mCherry胞子の高い量を示唆しています。(B) この観察は、(A) の混合の実験から頭いたフローサイトメトリーで分析した収穫の胞子の胞子の量を定量化します。胞子の約 75% に由来NC4::act5 mCherry細胞Ax2::act5 GFPの細胞から 25% だけ。(C) 代表的な分布流れの cytometry の散布図に示すように両方の細胞からの胞子。約 0.05% を示す正 mCherry と GFP の信号、有性融合プロセスが発生したことまたは互いに胞子を固執していることを示唆しています。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/58981/58981fig6large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<table fo:keep-together.within-page="1"><tbody>
<tr>
<td>セルライン</td>
			<td>遺伝的背景</td>
			<td>参照番号</td>
			<td>前に公開されました。</td>
			<td>タイプ</td>
		</tr>
<tr>
<td>Ax2 横型 (Ka)</td>
			<td></td>
			<td>DBS0235521</td>
			<td>ブルーム フィールド et al., 2008</td>
			<td>野生型</td>
		</tr>
<tr>
<td>NC4 (S)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>ブルーム フィールド et al., 2008</td>
			<td>野生型</td>
		</tr>
<tr>
<td>act5::mCherry クローン 5</td>
			<td>NC4</td>
			<td>HM1912</td>
			<td>Paschke et al., 2018</td>
			<td>act5 のノックで</td>
		</tr>
<tr>
<td>act5::GFP クローン 2</td>
			<td>AX2 横型</td>
			<td>HM1930</td>
			<td>Paschke et al., 2018</td>
			<td>act5 のノックで</td>
		</tr>
<tr>
<td>V12M2</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>ブルーム フィールド et al., 2008</td>
			<td>野生型</td>
		</tr>
<tr>
<td>WS2162</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>ブルーム フィールド et al., 2008</td>
			<td>野生型</td>
		</tr>
</tbody></table>補足表 1: 異なる系統細胞性粘菌検討します。

キイロタマホコリカビは細胞遊走、エンドサイトーシス、開発など複雑な細胞プロセスを勉強する人気モデル生物です。生物のユーティリティは、遺伝子操作の可能性に依存しています。液体培地における培養細胞の既存の制限を克服するキイロタマホコリカビの細胞を使っての方法を紹介します。

Dictyostelium discoideum is an intriguing model organism for the study of cell differentiation processes during development, cell signaling, and other ...

このプロトコルの価値は、その株が液体培地で無比に成長するかどうかに関係なく、ジクチオステリウム・ディスコジウムのほぼすべての株を分子遺伝学によって操作することができるということです。この手法のもう 1 つの利点は、高速で簡単なことです。ジクチオステリウムを混合し始める前に、エキソコモソームプラスミドを用いてトランスフェクト細胞に移調する。結果は、顕微鏡を使用してトランスフェクションの2日後に既に検証することができます。ジクチオステリウム細胞や細菌懸濁液で動作することは珍しいです.視覚化は、実験者に、プロトコルの異なるステップがどのように実行されているかを知るのに役立ちます。私と一緒に手順を実証することは、私の研究室のポスドクであるSoudabeh Imanikiaです。まず、テキストプロトコルに従って、1000ミリリットルのソレンセンバッファーを、塩化マグネシウムと塩化カルシウムで処理液を調製します。この後、1リットルのLB培地を接種するためにKエアロゲネスの単一コロニーを使用する。細菌が揺れで摂氏37度で一晩成長することを許可します。細胞を収穫するために2つの500ミリリットル遠心管で細胞を回転させます。その後、500ミリリットルの緩衝液で細菌を1回洗う。ペレットを20ミリリットルのバッファーに再懸濁します。光量計を使用してサンプルの光学濃度を確認し、光学密度が約100になるまでサンプルをバッファーで希釈します。この後、テキストプロトコルに従ってH40エレクトロポレーションバッファを準備します。室温で一晩SM培地を合流させるためにKエアロゲネスを成長させます。400マイクロリットルの細菌懸濁液をSM寒天プレートに加え、均等に広げます。次いで、滅菌ループを取り、ジクチオステリウム細胞で接種し、プレートの片端に細胞を広げます。成長ゾーンがトランスフェクションに十分な大きさであることを確認するために、2日間摂氏22度でプレートをインキュベートします。10センチメートルの組織培養ペトリ皿にKエアロジーン懸濁液の10ミリリットルを加えます。次いで、10マイクロリットルの使い捨て接種ループを用いて、培養プレートの成長ゾーンから細胞を掻き取る。細胞を氷冷H40バッファーを含む1.5ミリリットルチューブに移します。重力10000倍で細胞を2秒間回転させます。その後、上清を廃棄し、H40バッファー内の細胞を再懸濁する。次に、1~2マイクログラムのDNAを含むチューブに100マイクロリットルの細胞を加えます。ピペットを上下にして、細胞DNA混合物を混合し、冷やしたエレクトロポレーションキュベットに移します。DNAの2マイクログラム以上を追加しないでください。より高いDNA濃度は細胞にとって有毒であり、効率を低下させる。エレクトロポレーション後、すぐに調製した10センチメートルのペトリ皿に細胞を移し、細胞が5時間回復することを可能にする。ノックアウト、ノックイン、または5つのノックインのためのトランスフェクタントを選択するには、表面上の液体をピペット処理することによってペトリ皿から細胞を取り外します。次に、テキストプロトコルに従って選択エージェントの3つの希釈液を設定する。最後に、調製した希釈液の150マイクロリットルを96ウェル平底組織培養プレートの各ウェルに分配する。このプロトコルでは、二重レポーターの染色体外プラスミド系が実証された。トランスフェクションの32時間後、大部分の細胞は両方の蛍光標識融合タンパク質を発現した。5つのMチェリーノックインとNC4も試みた。アガロースゲルで消化を実行した後に2つのバンドが得られた。4127 基本ペアバンドには、目的の構成が含まれています。精製されたDNAをNC4細胞のトランスフェクションに使用した。NC4トランスフェクションの2つのクローンをPCRを介して分析し、両方とも予測されたバンドパターンを示した。その後、サザンブロットを使用してPCRの結果を検証しました。NC4は、Ax2細胞よりも細菌の芝生でより速く成長しました。4時間後、NC4細胞の多くはAx2細胞よりもアガロース下を這うことができました。NC4細胞はより速く、Ax2細胞よりも葉酸に対するより強い化学戦術応答を示した。常に設定したてのSMプレートのセルを使用してください。4日より古い細胞を使用しないでください、そうでなければ効率が低下します。新鮮に単離された、ノビテニック、白いHAP株は、一般的にジクチオステリウムのフリルまたは社会的行動に関する質問に対処するために使用されます。私たちは、これらの分離株を介して分子遺伝学を適用することができます。

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Research

JoVE Journal

Genetics

遺伝学

のために導入遺伝子を産生する能力...

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ここでは、特定の標的配列のランダム変異体ライブラリーを作成する単純なプロトコルを示しています。我々は、大腸菌の中で、生体内で行われるこの方法は、、新たな酵素活性を進化させ、機能の選択と結合することができる方法を示します。...

内タンパク質の定方向進化のための変異導入と機能選択プロトコル E.大腸菌</em

体系的、大規模合成遺伝子（遺伝子遺伝子またはエピスタシス）対話画面が遺伝的冗長性と経路のクロストークを探索するために使用することができます。ここで、我々は上位性の関係を解明するとの遺伝的相互作用ネットワークを探索するために開発されeSGAと呼ばれるハイスループット定量合成遺伝子配列のスクリーニング技術を記述...

細菌機能ネットワークとPathwaysでのマッピング<em&gt;大腸菌</em&gt;合成遺伝子配列を用いて

出典:Paschke、P.、 et al. 細菌の選択と増殖に基づく Dictyostelium discoideum 細胞の遺伝子工学。J. Vis. Exp.

細菌摂食支援によるエレクトロポレーションによる野生型アメーバのトランスフェクション

細菌は、その生涯の間に有害または有益な突然変異のいずれかを蓄積することができます。細胞の集団では、有益な突然変異を蓄積した個体は、急速に仲間を上回る可能性があります。ここでは、蛍光標識された個体を用いて、時間の経過とともに細菌細胞集団における種内競争を可視化する簡単な手順を提示する。...

蛍光標識株の共同栽培による細菌細胞集団における種内競争のモニタリング

線虫は通常、固形寒天プレート上で増殖させ、または液体培養で大腸菌を接種されている大腸菌 。毒物および栄養研究交絡からの細菌の副生成物を防ぐために、我々はダウンストリームのアプリケーションの範囲のためのワームを大量に成長し、同期させるために、無菌液体培地、CeHRを利用した。...

培養線虫（Caenorhabditis elegans）微小粒子衝撃による無菌液体培地およびトランスジェニックワームの作成に

ストレス耐性は、長寿のための顕著な特徴の一つであり、遺伝的に支配されることが知られています。ここでは、寿命試験のためのマウスモデルを開発したとのES細胞におけるストレス耐性を付与する突然変異をスクリーニングするために公平な高スループットの方法を開発しました。...

ES細胞におけるハイスループットスクリーニングを - マウスにおけるストレス抵抗性遺伝子を明らかにフォワード遺伝的アプローチ

最近、タンパク質のミスフォールディングとタンパク質の静止を研究するシステムとして、社会性アメーバDictyostelium discoideumが確立されました。ここでは、D.

タンパク質の品質管理システムを学びます<em&gt; D。 discoideumの</em&gt;温度制御された生細胞イメージングを用い

本論文では、遺伝子操作された細胞およびプログラマブル材料表面を制御し、操作するために、合成遺伝子操作大腸菌を有効に官能基化表面を開発するための一連のプロトコルを提示します。...

プログラム可能な材料とのインタフェースリビング細胞を操作するために合成生物学を使用して、

ここで我々 は急性の機械的刺激に対する細胞応答を評価するための方法を説明します。顕微鏡ベースのアッセイでは、蛍光標識したバイオ センサー シアー流を含む簡単な刺激の局在を調べる。我々 はまた、生化学的急性の機械的刺激に対する応答の興味の様々...

キイロタマホコリカビ急性の機械的刺激に対する応答の評価

このメソッドは、任意の二倍体のひずみから四倍体、三倍体線虫寄生線虫の生成できます。このメソッドによって生成される倍数体の系統は、減数分裂の前期では、染色体の相互作用の研究に使用されているし、このメソッドはセル、発達、進化、および癌生物学の重要な基本的な質問を調べる際に役立ちます。...

カエノラブディティス ・ エレガンスにおける倍数性の操作

学ぼう、Dictyostelium discoideumの遺伝子導入プロトコル。電穿孔法により液体培地で増殖しない株も含む多様な株への遺伝子操作が可能です。蛍光タンパク質発現やPCR検証で迅速に結果を確認できます。

キイロタマホコリカビの選択に基づいて細胞と細菌の成長の遺伝子工学

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