複数の公的にアクセス可能なデータベースを用いた乳癌におけるバイオマーカーのデータマイニングと統合的解析の実行

ここでは、さまざまな公共のアクセス可能なデータベースの解析に基づいて、乳がんのバイオマーカーと生存予測を探索するプロトコルを提示する。この方法は、結論の信頼性と代表性を向上させ、それによって関心のある遺伝子に関する有益な視点を提示することができる。この方法の利点は、乳癌における遺伝子の潜在的役割の迅速な視覚化と解釈を可能にすることです。

さらに、この手順で得られたすべての結果は、対応するWebサイトに問い合わせするだけですぐにテストされ、繰り返すことができます。我々は、この方法の実現可能性をテストするために研究で乳癌を選択した。乳癌は異種疾患であるため、診断は、乳癌の異なる分子サブタイプの治療および予後が異なる場合がある。

したがって、乳がんの異なるサブタイプを反映する情報を含む効率的なオンラインツールまたはデータベースを見つけることが特に重要です。この手順を開始するには、ONCOMINE Web インターフェースに進みます。検索ボックスに「ID1」と入力して、さまざまなタイプの悪性腫瘍における遺伝子ID1の相対的発現レベルを取得します。

プライマリフィルターメニューで分析タイプを選択し、次に「がん」と「正常分析」を選択します。他のビューメニューで、遺伝子の概要ビューを選択します。

P値のしきい値を 0.01 に設定します。フォールド変更のしきい値を 2 に設定します。遺伝子ランクのしきい値を All に設定します。

データ型を [すべて] に設定します。図をダウンロードしてください。まず、BC遺伝子発現マイナーのウェブインターフェイスにアクセスします。

分析メニューで、相関を選択し、網羅ボタンを押します。検索ボックスに「ID1」と入力し、送信ボタンと[分析開始]ボタンを押します。BC遺伝子発現マイナーのサブグループ解析については、BC遺伝子発現マイナーインタフェースにアクセスしてください。

解析メニューで式を選択し、網羅ボタンを押します。検索ボックスに「ID1」と入力し、送信ボタンと分析開始ボタンを押します。節点ステータスとスカーフブルームリチャードソングレードのステータスサムネイルをクリックして、完全な画像を表示します。

スカーフ・ブルーム・リチャードソンの画像で、下のボタンを押して、図のP値を視覚化します。その後、図をダウンロードします。乳がんオンラインの遺伝子発現ベースのアウトカムによるサブグループ分析については、GOBOウェブインターフェースにアクセスしてください。

対象の遺伝子シンボルの ID1 と入力し、遺伝子セットをアップロードします。遺伝子/プローブ識別子を遺伝子シンボルに定義するための検索範囲を設定します。腫瘍選択ですべてを設定し、多変量パラメータで階層化されたノードステータスとグレードを選択します。

その他の項目はデフォルトのままです。さて、お問い合わせを提出し、数字をダウンロードしてください。BC遺伝子発現マイナーの生存解析については、BC遺伝子発現マイナーウェブインターフェースにアクセスしてください。

解析メニューで、予後を選択し、網羅ボタンを押します。検索ボックスに「ID1」と入力し、送信ボタンを押してから分析開始ボタンを押します。徹底的な予後分析で、母集団およびイベント基準で Nm、ERm、MR を選択し、送信ボタンを押して詳細情報を取得します。

この後、カプランマイヤー曲線のサムネイルをクリックして、グラフ全体をエクスポートします。ヒトタンパク質アトラスの生存解析については、ヒューマンプロテインアトラスウェブインターフェースをご覧ください。検索ボックスに「ID1」と入力し、検索ボタンをクリックします。

次に、病理サブアトラスを選択します。乳がんのラベルをクリックすると、インタラクティブな生存散布図と生存解析を示す詳細ページが表示されます。これらの図をダウンロードしてください。

カプラン・マイヤー・プロッタサバイバルでの生存解析については、カプラン・マイヤー・プロッターのウェブインターフェースにアクセスしてください。mRNA遺伝子チップゾーンで、乳がんのKMプロッタを開始するをクリックします。検索バーに「ID1」と入力し、候補メニューで緑色の項目を選択します。

次に、生存タイプとして RFS を選択し、その他の項目はデフォルト設定のままにします。[カプランマイヤープロットを描く]をクリックして、図をダウンロードします。本研究では、乳がんバイオマーカーのデータマイニングおよび統合分析の代表的な結果を、阻害剤のDNA結合ファミリーメンバーの1つであるID1を用いて行う。

腫瘍と正常組織のID1 mRNA発現の違いは、まず、合計445のユニークな分析を含むONCOMINEデータベースを使用して分析されます。乳がん組織よりも正常組織において有意に高いID1のmRNA発現レベルを明らかにする研究は5件しかなく、これは乳癌におけるID1の発現調節不調節があることを示している。次に、BC遺伝子発現マイナーを使用して、ID1のmRNA発現と乳癌患者の臨床病理学的パラメータとの相関関係を同定する。

ID1のmRNAレベルは、リンパ節転移を有する患者と比較して、リンパ節転移のない乳癌患者において有意に増加することが分かる。GOBOでの分析は、ID1のmRNAレベルの増加が低腫瘍グレードに相関することを示している。これらの結果は、ID1の発現の増加が乳癌における低転移電位および低病理的グレードに関連していることを示唆している。

BC遺伝子発現マイナーデータベースからの分析は、ID1のより高いmRNAレベルが乳癌患者におけるより長い遠隔転移のない生存期間に相関していることを示している。ヒトタンパク質アトラスからの分析はまた、ID1のタンパク質レベルの上昇が乳癌患者のより良い生存結果に関連していることを示唆している。カプラン・マイヤー・プロッターの生存解析はこれらの知見と一致しており、ID1発現のmRNAレベルが高いほど乳がん患者の再発のない生存期間が高いことを示している。

ますます多くのオンラインデータベースが利用可能になるか、研究者がアクセスできるようになります。このプロトコルは、研究者が潜在的な標的遺伝子および関連するシグナル伝達経路を同定するための効率的な方法を提供するかもしれない。