Name: 水サンプル中のウイルス検出のための利用ポイント方法VirWaTest (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-05-11T14:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 32 s
Description: 学ぶVirWaTest法による水サンプル中の腸管ウイルス検出技術。現場での濃縮・核酸抽出・PCR検出を含む簡便で携帯可能なプロトコルで、人道支援現場の水質モニタリングと公衆衛生の安全性向上に貢献します。

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VirWaTestは、ELHRA(人道支援のための学習と研究の強化)プログラム(人道支援のための学習と研究の強化)プログラムによって資金提供された研究プロジェクトです。著者らは、この研究に親切に協力したWASHチームを認めている。エクアドルのサンプルの分析は、オックスファム・エクアドルとディレクシオン・デ・インベチガシオネス・デ・ラ・ユニバーシダ・デ・ラス・アメリカス(AMB)によって資金提供されました。BRT.17.01) S.ボフィルマスは、バルセロナ大学のセラハンターの仲間です。

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著者は何も開示していない。

VirWaTest法は、経験のないユーザーが使用する時点で水試料からのウイルスおよび核酸抽出の濃度を可能にする。これは、手頃な価格、迅速かつシンプルなプロトコルです。濃度は、スキムミルクを使用した有機凝集の原理に基づいており、低pHおよび高導電性条件により、脱脂乳タンパク質がウイルスに凝集してウイルスが吸着するフロッホに凝集する。フロッキング堆積物の場合、それらを収集することが容易であり、10Lの水を濃縮することが可能であるのに対し、従来の超遠心分離は大きな水量を扱うことができない。
この方法は、バッテリ駆動の磁気撹拌機を除き、電気機器を使用せずにサンプリングの時点で実行可能に変更されています。水ろ過に基づくいくつかの他のアプローチは、ウイルスの濃度に適応されており、また、使用の時点で行うことができます。しかし、水サンプルに存在する懸濁材料は、多くの場合、フィルタを詰まらせる。したがって、これらのシステムに集中してもよい小さなボリュームは、深刻な制限です。
これは、サンプルの濁度に関係なく、使用時点で水サンプルからウイルスを濃...

人道的緊急事態の最初の段階では、被災者の生存のためには、清潔な水の供給、衛生、衛生へのアクセスが不可欠です。したがって、水質の監視は、水媒介性の発生を防ぐための優先事項です。汚染水が病気の原因になることはよく知られていますが、従来の実験法が利用できる場合でも、E型肝炎ウイルス(HEV)などのウイルス発生源を特定することは困難です。水質の制御は、FIB1、2、3、4の定量に基づいています。しかしながら、FIBの不在とロタウイルス(RoV)、ノロウイルス(NoV)、またはHEV5、6などのウイルス水媒介病原体の存在との間に相関関係がないことが広範囲に文書化されている。したがって、FIBに基づく水質基準を使用すると、水媒介性ウイルス病原体の存在に関連するリスクを過小評価する可能性があります。ヒトアデノウイルス(HAdV)、または特定の病原体などの指標ウイルスのサーベイランスは、ウイルス病原体への曝露を定義し、ヒト感染の潜在的な原因を特定するのに役立つだろう7,8, 9,10および衛生対策の有効性を検証する 11.
これまで、これらのシナリオでのウイルスの検出は、熟練したスタッフと複雑なロジスティクスに依存していました。VirWaTest(virwatest.org)は、使用時点で水サンプルからのウイルスの濃度およびその後の検出のためのシンプルで手頃な価格の、ポータブルな方法の開発を目的としています。
ウイルス濃度は、10L水サンプルの有機凝集の原理に基づいており、それによってウイルスは小さな体積12、13で回収される。フロッハを採取し、ウイルスを分解し、2週間以内に室温で保存すると核酸の劣化を防ぐバッファーに添加されます。
核酸抽出法は、核酸が吸着する磁性粒子の使用に基づいている。それらは、粒子が付着する磁気ピペットを使用して、ある洗浄バッファーから別の洗浄バッファーに移され、最後に溶出バッファーに移すことができます。得られたウイルス核酸懸濁液は、PCRに基づく分子法を用いて検出を行うことができる基準実験室に出荷することができる。各核酸抽出について、2つの異なる量が試料によって生じた酵素阻害を排除するために試験される。また、機器の可用性を最小限に抑えながら、使用時点で PCR テストを実行することもできます。プロセス全体は、電源装置とは無関係に実行するように設計されています (図1)。
ヒトによって排泄され、高濃度の排水サンプル中に見られるHAdVを検出する定量的なPCRアッセイは、使用時に実行されるように適合されている。HAdV は、ヒトの fecal ウイルスインジケーターとして使用されます。.MS2バクテリオファージの定量化のためのPCRは、MS2がプロセス制御としてVirWaTestで使用されているので、適応されています。この方法は、目的の任意のウイルスの検出のためにカスタマイズすることができます。
開発後、VirWaTestメソッドは、中央アフリカ共和国(RCA)とエクアドルの2つの異なる設定でユーザーによって適用され、実際の状況でプロトコルの適用に関するフィードバックを提供しています。
私たちの知るところによれば、これは、電源、大型機器、凍結/冷却条件に依存しない、使用時点でのウイルスの濃度と検出を可能にする最初の手順です。堅牢な結果を得るために、各水サンプルの2つの反復を収集することをお勧めします。

<table><tbody><tr><td>5x HOT FIREPol Probe qPCR Mix Plus (ROX)</td><td>Solis BioDyne</td><td>08-14-00001</td><td>含まれるもの Solis Biodyneの5x HOT FIREPol Probe qPCR Mix Plus (qPCR Mix)、50</td></tr>反応 <tr><td>キャップ付き8マイクロチューブストリップ</td><td>dD Biolab</td><td>840637</td><td>薄型、薄壁、定量的および定性的なPCR</td></tr><tr><td>バッテリーとマグネチックスターラーGenIU 900011674 L用電源アダプター</td><td></td><td></td>に対応 <td>12Vカーパワーを含むアダプター</td></tr><tr><td>バケツ サポート</td><td>GenIUL</td><td>900011648</td><td>アルミニウム サポート</td></tr><tr><td>バケツ、10 L</td><td>Cater4You</td><td>10LTR</td><td>ポリプロピレン、改ざん防止、クリアカラー</td></tr><tr><td>遠心分離チューブ、50 mL</td><td>LabBox</td><td>CTSP-E50-050</td><td>ポリプロピレン、滅菌、目盛り付き、スカート付き</td></tr><tr><td>クエン酸 1-水和物、500 g</td><td>PanReac AppliChem</td><td>1410181211</td><td>Pure、医薬品グレード、1 キログラム</td></tr><tr><td>クリアペットボトル</td><td>LabBox</td><td>FPET-500-088</td><td>クリアカラー、PET、キャップ別売</td></tr><tr><td>Difco スキムミルク、500 g</td><td>ベクトン ディキンソン</td><td>232100</td><td>脱水</td></tr><tr><td>DNA/RNA シールド、250 mL</td><td>Zymo Research</td><td>R1100-250</td><td>DNA/RNA 保存培地、250 mL</td></tr><tr><td>Easy9 ピペット コントローラー</td><td>LabBox</td><td>EAS9-001-001</td><td>0.3 &μ;mフィルター、0.1〜100 mLのピペット、オートクレーブ可能なシリコンピペット</td></tr><tr><td>ホルダーEppendorfチューブ、0.5 mL</td>エ<td>ッペンドルフ</td><td>0030121023</td><td>ポリプロピレン、Safe-Lock</td></tr><tr><td>エッペンドルフチューブ、2 mL</td>エ<td>ッペンドルフ</td><td>0030120094</td><td>ポリプロピレン、Safe-Lock</td></tr><tr><td>エッペンドルフチューブ、5 mL</td><td>dD Biolab</td><td>999542</td><td>ポリプロピレン、滅菌、目盛り付き</td></tr><tr><td>エタノール96%V/V、1 L</td><td>Panreac AppliChem</td><td>361085-1611</td><td>UV、IR&nbsp;およびHPLC</td></tr><tr><td>実験室用ピンセット</td><td>LabBox</td><td>FORS-007-002</td><td>薄く、湾曲した端、L = 120 mm</td></tr><tr><td>磁気スターラー</td><td>GenIUL</td><td>900017000</td><td>電池式</td></tr><tr><td>マーカー</td><td>dD Biolab</td><td>929203</td><td>ブラック、極細チップ、耐水性、速乾性、プラスチックおよびガラス製品用</td></tr><tr><td>マイクロチューブ用マイクロロタラック</td><td>dD Biolab</td><td>37782</td><td>4モジュール、長さ×幅×高さ= 208×100×100</td></tr>ミリメートル<tr><td>Mini8リアルタイムPCRサイクラーコ</td><td>ヨーテバイオサイエンス、中国</td><td>Mini-8</td><td>ポータブル、12V電源または外部電池で動作し、2チャンネル、8チューブの容量</td></tr><tr><td>NucliSens</td>溶解<td>バッファーBiomerieux</td><td>200292</td>最大<td>48分離のための試薬、周囲温度での保存</td></tr>オープン<tr><td>チップ血清ピペット、10mL</td>デルタ<td>ラボ</td><td>900136N</td><td>滅菌済み、個別包装(紙/プラスチック)</td></tr><tr><td>PEスクリューキャップ PP28</td><td>LabBox</td><td>TP28-004-020</td><td>ペットボトル用</td></tr><tr><td>pHインジケータストリップ</td><td></td><td>LabBox WSPH-001-001</td><td>範囲 pH 2.8 〜 pH 4.4、パックあたり50ストリップ</td></tr><tr><td>プラスチック試験管</td><td>Quimikals 300913</td><td></td><td>キャップが含まれています</td></tr><tr><td>ポリエチレンパスツールピペット</td><td>LabBox</td><td>PIPP-003-500</td><td>目盛り付き、7mLの全量、スクリューキャップ付き非滅菌</td></tr><tr><td>ポリプロピレンスクリューフラスコ、150 mL</td><td>Deltalab</td><td>409726</td><td>スクリューキャップ、滅菌済み、目盛り付き100 mL</td></tr>ポリプロピレン<tr><td>製スクリューフラスコ、スクリューキャップ付き、60 mL</td><td>Deltalab</td><td>409526G</td><td>スクリューキャップ、滅菌済み、目盛り付き50 mL</td></tr><tr><td>まで粉末粉末洗剤</td><td>-</td><td>-</td><td>衣類洗浄用レギュラー粉末石鹸</td></tr><tr><td>、マグネチックスターラーGenIUL</td><td></td><td>用電源ケーブル900011692</td><td>電池とマグネチックスターラーの接続</td></tr><tr><td>クイックピック マグネティックツール</td><td>BioNobile</td><td>24001</td><td>磁性粒子用ハンドヘルドツール</td></tr><tr><td>ボックス内のクイックピックのヒント</td><td>BioNobile</td><td>24296</td><td>RNaseフリー、オートクレーブ、96 ユニット</td></tr><tr><td>QuickPick XL gDNA 磁性粒子</td><td>BioNobile</td><td>SN51100</td><td>3.2 mL</td></tr><tr><td>海塩</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S9883-500G</td><td>海水の溶存塩の組成によく似た人工塩混合物</td></tr><tr><td>シリコーンチューブ</td><td>LabBox</td><td>SILT-006-005</td><td>5メートルのロール、内側&nbsp; &oslash; x 外側&nbsp; &oslash;= 6 x 10 mm</td></tr><tr><td>水酸化ナトリウムペレット、98.5 - 100.5%</td><td>VWR 化学薬品</td><td>28244295</td><td>ペレット、1 kg</td></tr><tr><td>ソーラーロータリープラットフォーム</td><td>SOL-EXPERT Group</td><td>70020</td><td>アクリルプレート、10 RPM、最大300グラムをサポート</td></tr><tr><td>SOLIScript 1ステッププローブキット</td><td>Solis BioDyne</td><td>08-57-00250</td><td>含まれるもの Solis Biodyneの5x One-Step Probe Mix(qPCR Mix)および40x One-Step SOLIScript Mix(逆転写酵素)、250</td></tr>反応 <tr><td>SPEEDTOOLS RNAウイルス抽出キット</td><td>BioTools</td><td>21.141-4197</td><td>BioToolsのBAWバッファー(洗浄バッファー1)、BAV3バッファー(洗浄バッファー2および3)、BREバッファー(溶出バッファー)が含まれています。</td></tr><tr><td>SpinBar Octhaedral Stirring Magnet</td><td>dD Biolab</td><td>045926</td><td>Pivot Ring, L x&nbsp; &oslash; = 38 x 8 mm, 青色</td></tr><tr><td>テープエンド血清ピペット, 10 mL</td><td>Deltalab</td><td>PN10E1</td><td>滅菌済み, 個別包装 (紙/プラスチック)</td></tr><tr><td>テープエンド血清ピペット, 50 mL</td><td>Deltalab</td><td>900043</td><td>滅菌済み, 個別包装 (紙/プラスチック)</td></tr><tr><td>Termi-DNA-Tor - 核酸除去剤</td><td>BioTools</td><td>22001-4291</td><td>材料および表面からの核酸、細菌、真菌およびマイコプラズマの除去剤、450 mL</td></tr><tr><td>水分子生物学試薬、1L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W4502-1L</td><td>ヌクレアーゼおよびプロテアーゼフリー、0.1 &μ;m フィルター付き</td></tr><tr><td>ワールパックバッグ、540 mL</td><td>デルタラブ</td><td>200361</td><td>安定底</td></tr><tr><td>ジップロックプレーンバッグ</td><td>LabBox</td><td>BZIP-080-100</td><td>ポリエチレン、L x W= 120 x 80 mm</td></tr></tbody></table>

水サンプル中のウイルス検出のための利用ポイント方法virwatest

VirWaTest, A Point-of-Use Method for the Detection of Viruses in Water Samples

人間や動物によって排泄されるウイルスは、水源を汚染し、この水を飲み物、食品灌漑、洗濯などに使用すると、人間の健康に危険をもたらす可能性があります。古典的な大腿菌の指標は、常にウイルス病原体の存在をチェックしないので、ウイルス病原体とウイルス指標の検出は、特に人道的なシナリオや地域でリスク軽減の対策を採用するために関連しています水媒介ウイルスの発生が頻繁に発生する場所。
現在、フェカル指標細菌(FIB)の定量を可能にするいくつかの市販試験が、使用時点での試験に利用可能である。しかし、このような商用テストは、ウイルスの検出には利用できません。環境水サンプル中のウイルスの検出には、数リットルを少量に濃縮する必要があります。さらに、いったん濃縮されると、ウイルスの検出は、ウイルスゲノムの核酸抽出および分子検出(例えば、ポリメラーゼ連鎖反応[PCR]ベースのアッセイ)などの方法に依存する。
ここで説明する方法は、10L水サンプルからのウイルスの濃度、ならびに使用時点でのウイルス核酸の抽出を、シンプルで携帯可能な装置と可能にする。これにより、複数のウイルスの使用時点での水サンプルの検査が可能になり、人道的なシナリオや、設備の整った実験室が利用できない状況で役立ちます。あるいは、この方法は、水サンプルに存在するウイルスを濃縮し、さらに分析するために室温で実験室に濃縮物を輸送することを可能にする。

メソッド開発
この手順は、GenIULとオックスファム・インターモンの協力を得て、水と食品のウイルス汚染物質の研究室で開発されました。それは3つの異なったステップから成っている。第1の、ウイルス粒子濃度は、前述の12、17、18の脱脂乳凝集法の適応である。元の方法は、電源から独立し、より簡単で、遠心分離ステップなしで変更されました。
VirWaTest濃度法の回収をHAdVおよびMS2バクテリオファージスパイク地下水サンプルで試験した。VirWaTest濃度および抽出方法のウイルス回収は、MS2で3.01%~18....

ここでは、使用時点での水サンプルからのウイルスの濃度と検出のためのシンプルで手頃な価格でポータブルな方法であるVirWaTestを紹介します。

水サンプル中のウイルス検出のための利用ポイント方法VirWaTest

Viruses excreted by humans and animals may contaminate water sources and pose a risk to human health when this water is used for drinking, food ...

腸内ウイルスは、地下水、静水、河川、河川、r水など、さまざまな水生貯水池で主に見られます。彼らは健康上のリスクに関連付けられており、人間の感染症の責任があります。腸内ウイルスは一般的に胃腸炎を引き起こし、主に便経口経路を介して伝染する。他の水媒介性疾患は、A型肝炎ウイルスおよびE型肝炎ウイルスによって急性肝炎を引き起こし、特に妊婦のE型肝炎に関して有意な関連死亡率を有する。人道的文脈のために提案された水質を監視するための実際のプロトコルは、便汚染の指標として大腸菌などの細菌を維持するように設計されています。しかし、多くの活性化プロセスに対してより耐性のあるウイルスなどの他の微生物との相関関係は既に知られていません。これまで、人道危機の場面でウイルスの検出を行うには、既存のプロトコルをその状況に適合させ、サンプルをウイルスの分子検出のための参照ラボに送り込んでいきました。公衆衛生上のリスクを軽減し、発生を防ぎ、人道的介入の効率を高めるために、ウイルス病原体とウイルス指標を検出する方法が必要です。ウイルス濃度、核酸抽出、ウイルス検出の3段階に分けられる10リットルの水サンプル中のウイルス検出方法を提案する。これらのステップはすべて、現在当研究室で使用されている方法から適応されており、携帯用試薬や機器を使用して、電源や冷凍庫の依存物を生産することによって、視点で行うことができます。また、必要に応じて参照研究所に出荷するための核酸の安定性を保証する方法に防腐剤溶液が追加されました。我々が提案する方法はVirWaTestと呼ばれ、GenIULとインターモンオックスファムのコラボレーションで開発されました。開始する前に、試薬および材料の調製のために試験するサンプルの数を考慮する必要があります。代表的な結果を得るために、各水サンプルの2つの複製を収集することをお勧めします。適切な量の材料が利用可能であれば、複数のサンプルを同時にテストすることができます。試薬と材料は、方法が必要な場所に移動または出荷する前に準備し、梱包する必要があります。梱包する必要がある材料と小型機器のリストは、表1に記載されています。対応するISO法に従って、各水サンプルに添加するバクテリオファージMS2ストックをプロセス制御として用意します。次に、10~10個のプラットホームユニットを含む懸濁液を10~10個のプラットホームユニットを10mLチューブに分配し、水を乾燥させます。水サンプルごとに1つのチューブが必要になります。さらに、採取したサンプルごとに10mの無菌蒸留水を含む1つのチューブを準備します。フロキュラ付きスキムミルク液の場合は、スキムミルクを含むチューブ、海塩を含むジッパービニール袋、蒸留水を含むペットボトルを準備します。pH調整のために、クエン酸を含むチューブ、水酸化ナトリウムを含むチューブ、および25および50mLの蒸留水を含む2つのプラスチック容器を調製する。試験する水サンプルごとに、海塩とクエン酸をジッパービニール袋に加えてコンディショニング小袋を用意し、リシスバッファーと核酸保存剤を5mLチューブに加えて保存液を用意します。最後に、4つの中和袋を準備し、4つのジッパービニール袋にパワー洗剤を加えます。抽出する水サンプルごとに、磁性粒子とエタノールを含む5つのmLチューブ1つと、500、600、および200マイクロリットルの洗浄バッファーをそれぞれ1、2、および3個の200マイクロリットルを含む3つの2mLチューブと、溶出バッファーを含む1つのチューブを調製する。ニューウェルサーモサイクラーを使用する場合、2つの異なる核酸抽出を各PCRアッセイで同時に分析することができます。すべてのPCRアッセイに対して、分子生物学水を調製してください。プロトコルに記載された量と濃度に従って、各標的ウイルスに対して2つのプライマーと1つの証明を含む混合物を準備する。各ウイルスについて、示されたボリュームをチューブトレイの1〜8個に追加します。ストリップを切り取り、2つのストリップに分割します。チューブ1〜5とチューブ6〜8。ウイルスごとに、10〜5、10〜7、および10〜9を含む空気乾燥DNA懸濁液および公知のコピーをチューブ6、7、および8に事前に作られた。この濃度プロトコルは、低pHおよび高伝導性条件がスキムミルクタンパク質を駆動してウイルスが吸収するフロックに組織化する有機凝集の原理に基づいています。フロクが解決されると、簡単に収集することができます。蓋をした平底バケットに10リットルの水サンプルを集めます。パイプから集める場合は、水を集める前に数秒間水を流してください。ペレットを視覚化するには、クリア バケットを使用することが重要です。直射日光から遠く離れた新鮮な場所で平らな空間を探す バケットサポートの下のバッテリーに接続された磁気スターラーを置き、各サポートに水サンプルを含むバケツを置きます。クエン酸と水酸化ナトリウムを再考し、完全に溶解するまで振ります。500mLの蒸留水をスタンドアップバッグに注ぎ、磁気スターラーに袋を置きます。海塩小袋1個の内容物と1つのスキムミルクチューブの内容物を加え、中速で5分間かき混ぜます。クエン酸と水酸化ナトリウムを使用して凝集スキムミルクのpHを3.4〜3.6の間のpHに調整します。磁気スターラーをオフにし、フロックが見えるようにします。懐中電灯は、フロックを視覚化するのに役立ちます。かき混ぜる磁石を水に落とします。磁気攪拌機を最高速度で設定し、オンにします。プロセス制御チューブに10mLの蒸留水を加えます。それを数回反転し、水に溶液を注ぎます。1つのサンプルコンディショニング小袋の内容物を水に注ぎ、5分間かき混ぜます。3.4と3.6の間にする必要があります水サンプルのpHを確認してください。必要に応じて pH を調整します。100mLのフロキュラ付きスキムミルク溶液を加え、蓋でバケツを密封し、水を最低速度で8時間攪拌したままにします。8時間後、磁気スターラーをオフにし、フロクが少なくとも5時間余分に落ち着くようにします。ピペットコントローラ、プラスチックチューブ、ピペットのカップルの使用に基づくシステムでは、バケット底部のフロクを邪魔しないように注意して、上清を捨てます。水位が攪拌磁石に達しそうだときは、プラスチックチューブを絞って水の流れを止め、バケツからピペットを離します。バケツを振ってフロックを再中断し、スタンドアップビニール袋に注ぎます。フロクが1時間余分に落ち着くことを許可します。慎重にフロックを邪魔することを避けるピペットを使用して水上清を吸引します。ピペットを使用してフロクを吸引し、円錐形のチューブに移します。サンプル濃縮物の最終容積を書き留め、保存液を含むチューブに1mLを移します。懸濁液は、現場で核酸抽出を行うために使用するか、またはさらなる分析のために参照実験室に出荷することができる。フロクを収集している間に廃棄された水は、処分前に処理する必要があります。廃棄された水を含むバケツに中和剤の袋の内容を追加します。水を混ぜて、30分間静かにしておきます。その後、処理水を一般廃棄物として処分する。磁性粒子は、磁性ピペットを使用してチューブ間を移動することができます。抽出を行う前に磁気ピペットの操作に慣れよ。抽出に必要な試薬を含むチューブをラックに並べ替えます。すなわち、左から右へ:結合バッファー、洗浄バッファー、および溶出バッファー。使い捨てのプラスチックピペットを使用して、結合バッファーを含むチューブに濃縮サンプル 1 mL を移します。チューブを10回反転して、ソリューションを最適化します。単独の軌道または手動で連続的に混合しながら、室温で10分間溶液をインキュベートします。磁気ピペットと3つの洗浄バッファーに再利用できるクリーンチップを使用して磁性粒子を収集し、洗浄バッファー1を含むチューブに磁性粒子を放出します。先端で溶液を30秒間軽く振って洗い、回収します。バッファー 2 と 3 を洗浄する場合は、この洗浄手順を繰り返します。洗浄バッファー 3 に磁性粒子を集め、溶出バッファーを含むチューブに放出します。その後、チップを破棄します。ソロ軌道を使用して連続的に混合しながら、室温で5分間溶液をインキュベートします。磁気ピペットの先端を任意のチップに交換し、溶出バッファーからすべての磁性粒子を収集します。パーティクルを取り付けた状態で、先端を廃棄します。核酸は溶出バッファーに残り、さらなる分析または出荷のために保管する必要があります。ヒトアデノウイルスを検出するために準備された5チューブと3チューブストリップを使用してください。プロトコルに従って、チューブ1~5に水、PCRミックス、核酸外挿を加えます。その後、6~8本のチューブに水とPCRミックスを加えます。両方のストリップをサーモサイクラーに入れ、適切なランを選択します。実行が完了したら、結果を収集し、取得したデータを分析します。ウイルス検査が陰性になった場合にのみ、MS2検出を行う必要があります。MS2検出用に用意されたチューブストリップを使用し、PCRに適した熱プロファイルを選択します。VirWaTest磁気核酸抽出をQIAgenウイルスRNAと比較し、ヒトアデノウイルスおよびMS2でスパイクされた水サンプルを試験することによってそれを模倣した。還元試験p値は、試験した両方のウイルスの抽出方法としてQiAgenよりもVirWaTestを使用して有意に高いウイルス回復を示す。ウイルス濃度の開発された方法は、中央アフリカ共和国バンギとエクアドルのペデルナレスにあるオックスファム洗浄チームの協力を得て現場で試験され、水サンプルを採取し、開発された濃縮方法を適用して濃縮し、核酸抽出とウイルス定量のためにバルセロナの研究室に送った。エクアドルでは、試験されたすべてのサンプルでヒトアデノウイルスが検出されたのに対し、バンギで採取して濃縮された5つのサンプルのうち1つがヒトアデノウイルスに陽性反応を示した。開発された方法は、中央アフリカ共和国バンギのオックスファム・インターモンのウォッシュチームとエクアドルのペデルナレスの別のチームによって評価されたときに有用であることが証明されました。VirWaTest は早期警戒システムの一部である場合も、水の衛生に関与する組織によるアウトブレーク調査に使用される場合もあります。この装置は、人道危機の文脈におけるウイルス性疾患の事故を減らすことを目的として、水中のウイルス病原体の分析と水の安全性管理の改善を促進する。

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Research

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Source: Fout, G. S., Cashdollar, J. L. EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. II. Total Culturable Virus Assay. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the use of a total culturable virus assay to quantify infectious viruses in water samples. It outlines host cell inoculation, observation of cytopathic effect, and statistical quantification of infectious virus concentration.

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水サンプル中のウイルス検出のための利用ポイント方法VirWaTest

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