Name: ビブリオ・フィシェリ・アイシス間の競争的相互作用を定量化するためのコインキュベーション・アッセイ (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-07-22T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 43 s
Description: 学ぶ 細菌間競争のメカニズムをVibrio fischeriを用いて定量化する方法。蛍光タンパク質と抗生物質耐性遺伝子を活用し、混合培養における空間構造と集団動態を解析する実験プロトコルです。

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私たちは、彼らの有用なフィードバックのためのレビュー担当者に感謝したいと思います。A.N.S.は、ライフサイエンス研究財団への助成金GBMF 255.03を通じてゴードンとベティムーア財団によって支援されました。

<ol><li>Hibbing, M. E., Fuqua, C., Parsek, M. R., Peterson, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+competition%3A+surviving+and+thriving+in+the+microbial+jungle%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Bacterial competition: surviving and thriving in the microbial jungle.</a> Nature Reviews Microbiology. 8 (1), 15-25 (2010).</li>
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<li>Maclntyre, D. L., Miyata, S. T., Kitaoka, M., Pukatzki, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Vibrio+cholerae+type+VI+secretion+system+displays+antimicrobial+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">The Vibrio cholerae type VI secretion system displays antimicrobial properties.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (45), 19520-19524 (2010).</li>
<li>Salomon, D., Gonzalez, H., Updegraff, B. L., Orth, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Vibrio+parahaemolyticus+type+VI+secretion+system+1+is+activated+in+marine+conditions+to+target+bacteria%2C+and+is+differentially+regulated+from+system+2%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Vibrio parahaemolyticus type VI secretion system 1 is activated in marine conditions to target bacteria, and is differentially regulated from system 2.</a> PloS One. 8 (4), e61086(2013).</li>
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<li>García-Bayona, L., Guo, M. S., Laub, M. T. J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Contact-dependent+killing+by+Caulobacter+crescentus+via+cell+surface-associated%2C+glycine+zipper+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Contact-dependent killing by Caulobacter crescentus via cell surface-associated, glycine zipper proteins.</a> Elife. 6, 24869(2017).</li>
<li>Stubbendieck, R. M., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multifaceted+interfaces+of+bacterial+competition%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+bacteriology%22%5BJournal%5D)">Multifaceted interfaces of bacterial competition.</a> Journal of bacteriology. 198 (16), 2145-2155 (2016).</li>
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<li>Dey, A., Vassallo, C. N., Conklin, A. C., Pathak, D. T., Troselj, V., Wall, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sibling+rivalry+in+Myxococcus+xanthus+is+mediated+by+kin+recognition+and+a+polyploid+prophage%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+bacteriology%22%5BJournal%5D)">Sibling rivalry in Myxococcus xanthus is mediated by kin recognition and a polyploid prophage.</a> Journal of bacteriology. 198 (6), (2016).</li>
<li>Danka, E. S., Garcia, E. C., Cotter, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Are+CDI+systems+multicolored%2C+facultative%2C+helping+greenbeards%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Are CDI systems multicolored, facultative, helping greenbeards?</a> Trends in Microbiology. 25 (5), 391-401 (2017).</li>
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<li>Cianfanelli, F. R., Monlezun, L., Coulthurst, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aim%2C+load%2C+fire%3A+the+type+VI+secretion+system%2C+a+bacterial+nanoweapon%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Aim, load, fire: the type VI secretion system, a bacterial nanoweapon.</a> Trends in Microbiology. 24 (1), 51-62 (2016).</li>
<li>Joshi, A., Kostiuk, B., Rogers, A., Teschler, J., Pukatzki, S., Yildiz, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rules+of+engagement%3A+the+type+VI+secretion+system+in+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+microbiology%22%5BJournal%5D)">Rules of engagement: the type VI secretion system in Vibrio cholerae.</a> Trends in microbiology. 25 (4), 267-279 (2017).</li>
<li>Speare, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+symbionts+use+a+type+VI+secretion+system+to+eliminate+competitors+in+their+natural+host%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Bacterial symbionts use a type VI secretion system to eliminate competitors in their natural host.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (36), E8528-E8537 (2018).</li>
<li>Shank, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+coculture+to+detect+chemically+mediated+interspecies+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Using coculture to detect chemically mediated interspecies interactions.</a> Journal of Visualized Experiments. (80), (2013).</li>
<li>Long, R. A., Rowley, D. C., Zamora, E., Liu, J., Bartlett, D. H., Azam, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antagonistic+interactions+among+marine+bacteria+impede+the+proliferation+of+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Antagonistic interactions among marine bacteria impede the proliferation of Vibrio cholerae.</a> Applied and Environmental Microbiology. 71 (12), 8531-8536 (2005).</li>
<li>Dunn, A. K., Millikan, D. S., Adin, D. M., Bose, J. L., Stabb, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+rfp-and+pES213-derived+tools+for+analyzing+symbiotic+Vibrio+fischeri+reveal+patterns+of+infection+and+lux+expression+in+situ%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">New rfp-and pES213-derived tools for analyzing symbiotic Vibrio fischeri reveal patterns of infection and lux expression in situ.</a> Applied and Environmental Microbiology. 72 (1), 802-810 (2006).</li>
<li>Sana, T. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+second+type+VI+secretion+system+of+Pseudomonas+aeruginosa+strain+PAO1+is+regulated+by+quorum+sensing+and+Fur+and+modulates+internalization+in+epithelial+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">The second type VI secretion system of Pseudomonas aeruginosa strain PAO1 is regulated by quorum sensing and Fur and modulates internalization in epithelial cells.</a> Journal of Biological Chemistry. 287 (32), 27095-27105 (2012).</li>
<li>Bachmann, V., Kostiuk, B., Unterweger, D., Diaz-Satizabal, L., Ogg, S., Pukatzki, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bile+salts+modulate+the+mucin-activated+type+VI+secretion+system+of+pandemic+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS%22%5BJournal%5D)">Bile salts modulate the mucin-activated type VI secretion system of pandemic Vibrio cholerae.</a> PLoS. 9 (8), e0004031(2015).</li>
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<li>Ishikawa, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathoadaptive+conditional+regulation+of+the+type+VI+secretion+system+in+Vibrio+cholerae+O1+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Infection+and+immunity%22%5BJournal%5D)">Pathoadaptive conditional regulation of the type VI secretion system in Vibrio cholerae O1 strains.</a> Infection and immunity. 80 (2), 575-584 (2012).</li>
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<li>Meibom, K. L., Blockesh, M., Dolganov, N. A., Wu, C. Y., Schoolnik, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chitin+induces+natural+competence+in+Vibrio+cholerae%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Chitin induces natural competence in Vibrio cholerae.</a> Science. 310 (5755), 1824-1827 (2005).</li>
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<li>Townsley, L., Mangus, M. P. S., Mehic, S., Yildiz, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Response+of+Vibrio+cholerae+to+low-temperature+shift%3A+CpsV+regulates+type+VI+secretion%2C+biofilm+formation%2C+and+association+with+zooplankton%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Response of Vibrio cholerae to low-temperature shift: CpsV regulates type VI secretion, biofilm formation, and association with zooplankton.</a> Applied and Environmental Microbiology. 82 (14), 00807-00816 (2016).</li>
<li>Huang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+characterization+and+conditional+regulation+of+the+type+VI+secretion+system+in+Vibrio+fluvialis%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+microbiology%22%5BJournal%5D)">Functional characterization and conditional regulation of the type VI secretion system in Vibrio fluvialis.</a> Frontiers in microbiology. 8, 528(2017).</li>
</ol>

著者は何も開示していない。

上記のコインcubationアッセイは、細菌間の競合を発見するための強力な方法を提供する。このアプローチは、V.fischeri分離と競争メカニズム19の特性特性間の特異的競争の同定を可能にした。記載された方法は海洋細菌V.フィシェリ用に最適化されたが、臨床および環境分離を含む他の細菌種に対応するように容易に改変することができる。競争メカニズムは、多くの場合、条件付きで規制されていることに注意することが重要です 5,6,23,24,25,26,27,<sup class="...

この原稿は、2つの細菌単離物が競合相互作用が可能であるかどうかを決定する培養ベースの方法を概説する。混合集団を研究する場合、細菌単離物がどの程度相互作用するか、特に分離分離が干渉メカニズムを介して直接競合しているかどうかを評価することが重要です。干渉競争とは、1 つの集団が直接成長を阻害したり、競合する集団1を殺したりする相互作用を指します。これらの相互作用は、微生物コミュニティの構造と機能2、3に大きな影響を及ぼす可能性があるため、識別することが重要です。
微生物競争のメカニズムは、宿主関連細菌と自由生殖細菌4、5、6、7、および両方を含む多様な環境からの細菌のゲノムで広く発見されている。 8,9.殺菌化学物質1、12、分泌抗菌ペプチド13などの拡散性メカニズムを含む様々な競争戦略が記載されている10、11 阻害エフェクターを標的細胞に移すために細胞接触を必要とする接触依存性機構と同様に、9,14,15,16,17 、18.
培養ベースのコインキュベーションは微生物学5、8、19で一般的に使用されていますが、この原稿は、アッセイを使用して競争のメカニズムを特徴付ける方法と適応のための提案を概説しています。他の細菌種と使用するためのプロトコル。さらに、この方法では、競合インタラクションの性質に関するさまざまな質問に答えるために、データを分析および提示するための複数のアプローチについて説明します。ここで説明する技術は、以前にコビオビブリオ・フィシェリ属細菌19の共生性対称的競争の根底にある細菌間殺菌機構を同定するために用いられたが、それらは、それらのために適している環境分離物およびヒト病原体を含む多くの細菌種は、接触依存性および拡散性の両方の競争メカニズムを評価するために利用することができる。プロトコルのステップは、他の細菌種の最適化を必要とする場合があります。より多くのモデルシステムが異なる種型10、16、20、21を含むように同種生物の使用を超えて研究を拡大していることを考えると、この方法は貴重な資源となるでしょう。競争が多重株や多種系に与える影響を理解しようとする研究者のために。

<table><tbody><tr><td>1.5 mL 微量遠心チューブ</td><td>Fisher</td><td>05-408-129</td><td></td></tr><tr><td>10 &mu;Lマルチチャンネルピペット</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>100 &mu;Lマルチチャンネルピペット</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>300 &mu;L マルチチャンネルピペット</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 &mu;L シングルチャンネルピペット</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>20 &mu;L シングルチャンネルピペット</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>200 &mu;L シングルチャンネルピペット</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1,000 &mu;L シングルチャンネルピペット</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>24 ウェルプレート</td><td>Fisher</td><td>07-200-84</td><td>滅菌済み 蓋付き</td></tr><tr><td>96 ウェルプレート</td><td>VWR</td><td>10062-900</td><td>滅菌済み 蓋付き</td></tr><tr><td>計算機</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Chloramphenicol</td><td>Sigma</td><td>C0378</td><td>ストック (20 mg/mL エタノール中); 培地中の最終濃度 (2 &mu;</td></tr><tr><td>カメラおよびイメージングソフトウェア</td><td></td><td></td><td></td>を備えた蛍光解剖顕微鏡</tr><tr><td>Forceps</td><td>Fisher</td><td>08-880</td><td></td></tr><tr><td>Kanamycin Sulfate</td><td>Fisher</td><td>BP906-5</td><td>ストック (水中 100 mg/mL、フィルター滅菌); 培地中の最終濃度 (1 &mu;g/mL LBS)</td></tr><tr><td>ニトロセルロースメンブレン (FS MCE, 25MM, NS)</td><td>Fisher</td><td>SA1J788H5</td><td>0.22 &mu;mニトロセルロース膜(100のpk)</td></tr><tr><td>ペトリプレート</td><td>フィッシャー</td><td>FB0875713</td><td>蓋付き無菌</td></tr><tr><td>分光光度計</td><td></td><td></td><td></td></tr>半<tr><td>マイクロキュベット</td><td>VWR</td><td>97000-586</td><td></td></tr><tr><td>TipOne 0.1-10 &mu;Lスターターシステム</td><td>USAサイエンティフィック</td><td>1111-3500</td><td>10ラックTipOne</td></tr><tr><td>200 &mu;Lスターターシステム</td><td>USA Scientific</td><td>1111-500</td><td>10ラック</td></tr><tr><td>TipOne 1000 &mu;L スターター システム</td><td>USA Scientific</td><td>1111-2520</td><td>10 ラック</td></tr><tr><td>Vortex</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>名前</td><td>会社名</td><td>カタログ番号</td><td>コメント</td></tr><tr><td>LBS 培地</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1 M トリス バッファー (pH ~7.5)</td><td></td><td></td><td>50 mL 1 M ストックバッファー (62 mL HCl、938 mL DI 水、121 g Trizma Base)</td></tr><tr><td>寒天 Technical</td><td>Fisher</td><td>DF0812-17-9</td><td>15 g (プレートのみ追加)</td></tr><tr><td>DI 水</td><td></td><td></td><td>950 mL</td></tr><tr><td>塩化ナトリウム</td><td>Fisher</td><td>S640-3</td><td>20 g</td></tr><tr><td>トリプトン</td><td>フィッシャー</td><td>BP97265</td><td>10 g</td></tr><tr><td>酵母抽出物</td><td>Fisher</td><td>BP9727-2</td><td>5 g</td></tr></tbody></table>

ビブリオ・フィシェリ・アイシス間の競争的相互作用を定量化するためのコインキュベーション・アッセイ

Coincubation Assay for Quantifying Competitive Interactions between Vibrio fischeri Isolates

この原稿は、2つの細菌集団間の競合相互作用を検出し特徴付けるための培養ベースのコインcubationアッセイについて説明する。この方法は、各集団の選択と視覚的判別のための明確な抗生物質耐性能力と蛍光タンパク質をそれぞれ差別化してタグ付けすることを可能にする安定したプラスミドを採用しています。ここでは、競合するビブリオ・フィシェリ株の調製とコインキュベーション、蛍光顕微鏡イメージング、および定量データ解析について説明する。このアプローチは簡単で、迅速な結果をもたらし、ある集団が別の集団の増殖を殺すか阻害するか、また、競合が拡散性分子を介して媒介されるか、または直接細胞間接触を必要とするかを決定するために使用することができます。各細菌集団は異なる蛍光タンパク質を発現するので、アッセイは混合コロニー内の競合する集団の空間的な判別を可能にする。記載された方法は、この種に最適化された条件を用いて共生細菌V.fischeriで行われるが、プロトコルは、ほとんどの培養可能な細菌単離物に適応することができる。

細菌集団間の競合相互作用を評価するために、V.fischeri用に最適化されたコインcubationアッセイプロトコルが開発され、最適化された。この方法は、抗生物質耐性遺伝子および蛍光タンパク質をコードする安定したプラスミドを利用し、各株の差異選択および視覚的判別を可能にする。コインベーションアッセイから収集したデータを分析することで、相互作用の競合結果と相互作用のメカニズムを特定することができます。一例として、以下の実験は、V.フィシェリ単離物を用いて行った。コインキューバ行き株は、カナマイシン耐性およびGFP+を発現するpVSV102、またはクロラムフェニコール耐性およびDsRed+を発現するpVSV208の2つの安定なプラスミドのうちの1つを保有した。試料データでは、株を1:1比で混合し、LBS寒天プレート上で5時間インキュベートした。対照処理として、参照株の分化タグ付きバージョンを互いにコインキューバックスした。実験処置は、基準株(ハーピングpVSV102)および競合株1または競合株2(ハーピングpVSV208)のいずれかで行っ...

細菌は、細菌間の競争に従事するための多様なメカニズムをコードします。ここでは、細菌単離物間の競合相互作用を特徴付け、それらが混合集団の空間構造にどのように影響するかを特徴付ける培養ベースのプロトコルを提示する。

This manuscript describes a culture-based, coincubation assay for detecting and characterizing competitive interactions between two bacterial populations. ...

当社のプロトコルは、ビブリオフィシェリ菌の異なる株間の競合メカニズムを同定し、特徴付けるためのシンプルで堅牢なアプローチを提供します。この方法では、異なる抗生物質耐性遺伝子をコードする安定したプラスミドと、混合培養中の各細菌株の差動選択と視覚的識別を可能にする蛍光タンパク質を使用します。まず、無菌の爪楊枝を使用して、米粒の大きさで寒天プレートから細胞を削ります。1ミリリットルのLBSブロスを含む1.5ミリリットルマイクロ遠心分離管で細胞を再懸濁する。細胞の塊を分解するには、チューブの側面にそれらを押し込み、ピペットを激しく上下に押し込む。チューブと渦を 1 ~ 2 秒間閉じ、サンプルが視覚的に均一になるまでセルの束が見える場合は繰り返します。すべてのサンプルについて、細胞の掻き取りから渦までのこれらの準備手順を繰り返します。すべてのサンプルの600ナノメートルで光学密度を測定し、記録します。正確なOD測定を得るために、LBSブロスを使用してサンプルを最大10倍に希釈します。次に、各サンプルを目的のOD 600に正規化する。1対1の比率で基準株と競合株を混合するには、1〜2秒間標識された1.5ミリリットル遠心管と渦にOD 1.0に正規化された各株の100マイクロリットルを加えます。コントロールとして、参照歪みを、それ自体と渦のタグ付けされたバージョンと同様に混ぜます。実験の結果を大幅に変えることができるので、正しい開始比率を達成することが重要です。成功を確実にするために、このステップは、特定の細菌種の最適化を必要とするかもしれません。各生物学的複製についてこのステップを繰り返した後、コントロールとして差異タグ付けされた参照株を有する4つの生物学的複製と、差異タグ付けされた参照株および競合株を有する4つの生物学的複製が必要である。インキュベーション後に蛍光顕微鏡に使用される培養スポットを作るために、各コントロールと実験混合物の10マイクロリットルをLBS寒天を含むペトリプレートに加えます。ベンチでスポットが完全に乾燥した後、24時間摂氏24度でプレートをインキュベートします。実験終了時に各株のコロニー形成単位を定量化するために使用される培養スポットを作るために、各対照および実験混合物の10マイクロリットルを井戸あたり1ミリリットルのLBS寒天を含む24のウェルプレートに加える。スポットが完全に乾燥した後、5時間摂氏24度でプレートをインキュベートします。開始コインキュベーション混合物の連続希釈を実行するには、96ウェルプレートを90度回転させて8列と12列になるようにします。各行に、ひずみ ID、反復番号、および t 0 から始まる時間をラベル付けします。各抗生物質プレートが選択している株を特定するために確認しながら、希釈シリーズを見つけるために適切な抗生物質を補充LBS寒天プレートにラベルを付けます。マルチチャンネルピペットを使用して、希釈されていないコインキュベーション混合物の最初のカラムを空のままにして、各ウェルにLBSスープ180マイクロリットルを加えます。200マイクロリットル単一チャネルピペットを使用して、100マイクロリットルのコインキュベーション混合物をチューブから最初のカラムの最初のウェルに移し、その後、チップを捨ててすべてのコインキュベーション混合物について繰り返します。マルチチャンネルピペットを使用して、20マイクロリットルを列1から列2に移し、ピペットを上下に混ぜます。各希釈のピペット数と一致しながら、各列のヒントを破棄し、繰り返します。最後に、各行には初期混合物の10倍の連続希釈が含まれます。希釈シリーズの各ウェルから5マイクロリットルを吸引し、基準株を選択するカナマイシン補充LBS寒天プレートにスポットする8つの先端を取り付けたマルチチャンネルピペットを使用してください。このステップを繰り返して、クロラムフェニコール補充プレート上の競合株スポッティングを選択します。スポットが完全に乾燥した後、24°Cのインキュベーターにプレートを置きます。コインキュベーションスポットと24ウェルプレートを摂氏24度で5時間インキュベートした後、各井戸に1ミリリットルのLBSスープを加えます。すべての細胞が再懸濁されるまで上下にピペット化して再中断し、細胞がすべての反復で再懸濁される活力と一致する。各コインキュベーションスポットが再懸濁されたら、シリアル希釈のための96ウェルプレートとLBS寒天プレートに適切な抗生物質を用意し、以前と同じ方法で希釈を見つけます。24ウェルプレートのt最終測定のためのシリアル希釈を完了するには、開始イノキュラムの連続希釈に使用されるステップを実行し、以前に行われたLBS寒天プレート上の各希釈をスポットします。原稿に記載されているように、ペトリプレート上のコインキュベーションスポットのイメージングとデータ分析を進めます。実験処理では、基準株および競合株1は、対照処理と一致する実験の開始時および終了時に0.5の割合で存在する。Log RCI値は、対照処理のために、または基準株が競合株1とインキュベートされたときのゼロと統計的に異ならなかった。これらのデータは、参照株と競合株の間に競合が存在しなかったことを示唆している。対照的に、基準株を競合株2でインキュベートした場合、基準株は最初の0.5の割合から実験終了時の0.01未満の割合に減少した。さらに、対数RCI値は、基準株を競合株2でインキュベートした場合に0より有意に大きかった。これらのデータは、一緒に、株間の競合を示唆する競合株2の存在下で参照株の割合が減少したことを示す。基準株を競合株1と共にインキュベートした場合、両株のCFUsは5時間にわたって増加し、競合が起こらなかったことを示唆する有意な違いはなかった。また、対照と統計的に異なっていない約3200%の回収率が観察された。しかし、基準株を競合株2とインキュベートした場合、参照株CFUsは5時間でコントロール中の2つのCFUs株よりも有意に低かった。また、約4%の回収率が制御よりも有意に低く観察された。全体として、これらのデータは、2つの株がその細胞を殺すことによって参照株を競合したことを示している。この手順で最も重要なステップは、結果に大きな影響を与える可能性がある、正しい開始率を達成することです。

coincubation-assay-for-quantifying-competitive-interactions-between

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

免疫学と感染症

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トリフェニルテトラゾリウム塩化物を用いた ビブリオ・コレラ 菌株比較のための運動性アッセイ

出典: Brumfield, K. D. ら、臨床および環境分離株のビ ブリオ・コレラ 菌バイオタイプの維持および鑑別に用いられる実験技術。 J. Vis. Exp. (2017年)。このビデオでは、 Vibrio cholerae の3つの生物型、古典型、野生型El Tor、El...

ビブリオ・コレラ菌のバイオタイプを区別するためのVoges-Proskauerアッセイ

出典: Nag, D.ら 。 成体ゼブラフィッシュモデルにおけるビブリオ・コレラ菌の定着と下痢の定量化。 J. Vis. Exp. (2018年)このビデオは、抗生物質耐性菌ビ...

ビブリオ・コレラ菌に感染したゼブラフィッシュの腸内細菌負荷の定量化

このビデオは、単一細胞レベルでの細菌の競争を研究するための蛍光顕微鏡法に基づく方法を示しています。この方法は、細菌群集の構造と機能に関する洞察を提供します。...

Bacterial Co-Incubation Assay:単一細胞レベルでの種内細菌の競合を可視化するための蛍光顕微鏡ベースの技術

我々は競争によって媒介される細菌を監視するための定性分析を記述...

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細菌 - 宿主相互作用を特徴づけるために、バイオミメティック材料

臨床的に関連するビブリオ種の検出と分離には、選択的で分別的な培地が必要です。この研究では、V.

の検出のためのより高感度で特異的な発色性寒天培地の開発<em&gt;腸炎ビブリオ</em&gt;その他<em&gt;ビブリオ</em&gt;種

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バイオタイプの維持と差別化に使用される実験技術<em&gt;コレラ（Vibrio cholerae）</em&gt;臨床分離株

この原稿は、単細胞蛍光顕微鏡を用いて、コカルチャーにおける細菌の競合を可視化し定量する方法を説明する。...

単細胞蛍光イメージングによる細菌間競争の定量化

学ぶ 細菌間競争のメカニズムをVibrio fischeriを用いて定量化する方法。蛍光タンパク質と抗生物質耐性遺伝子を活用し、混合培養における空間構造と集団動態を解析する実験プロトコルです。

ビブリオ・フィシェリ・アイシス間の競争的相互作用を定量化するためのコインキュベーション・アッセイ

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