化学架橋質量分析による第四次構造モデリング:TX-MSジュピターレポートの拡張

この方法は、Jupyter Notebookの機能を使用して、有益で視覚的に魅力的なレポートを提供しながら、ユーザーが再現可能で追跡可能な方法でレポートを拡張およびカスタマイズできるようにします。この柔軟な技術により、すべてのユーザーの変更を十分な詳細でキャプチャして、後の時間枠で、または別のユーザーによって再現することができます。この方法は一般的にあらゆる研究分野に適用できますが、主に複雑なデータを生成することができる研究分野であるケカビの生命科学のために設計されています。

分析を開始する前に、ターゲット架橋質量分析のウェブサイトを開きます。Web サイトに移動すると、TX MS.web サービスの概要を説明するようこそ画面が表示されます。チュートリアルタブでは、サービスの使用方法や結果の分析方法に関する情報など、提供されるサービスの詳細な説明を確認できます。

[ダウンロード] タブでは、ソフトウェアとリソースをダウンロードできます。すべてのソフトウェアは、オープンソースライセンスの下で利用可能です。「ライセンス」タブでは、BSD 3 節ライセンスがソフトウェアを可能な限り広く使用できるように明示的にしています。

[連絡先] タブには、質問やコメントを送信するための連絡先情報が表示されます。ユーザーの資格情報を要求する電子メールを送信するには、[Cheetah] タブに戻り、ページの下部にある電子メール アドレスのハイパーリンクをクリックします。メール本文の件名に関連情報を入力します。

返信はできるだけ早く送信されます。ユーザー資格情報が記載された確認メールを受信したら、ログインして質量分析データをウェブサイトにアップロードします。[ワークフローの送信] をクリックし、タイトルと説明を入力します。

次に、[ワークフローの表示] をクリックし、[チーター] ワークフローを選択します。ウィザードを実行した後、オンライン ビューアーを使用して Jupyter ノートブックを検査します。JupyterHub をインストールするには、指示に従って Docker をインストールし、Jupyter openBIS 拡張子を持つ JupyterHub Docker コンテナーをダウンロードします。

Dockerを起動した後、P8171:8000 malmstroem/jove:latest コンテナを実行します。指定されたWebアドレスに移動し、ユーザー名とパスワードユーザーでログインします。レポートをダウンロードするには、Python 3 で [新規] をクリックして、タイトルのないノートブックを含む新しいタブを開きます。

[Jupyter ツール] メニューの [openBIS 接続の構成] をクリックし、名前に TX MS、URL に TX MS Web アドレス、ユーザーの場合はゲスト、パスワードには G-U-E-S-T-P-A-S-S-W-D と入力します。新しい接続を選択し、[接続の選択] をクリックしてレポートを検索します。次に、クリックし、セルにダウンロードし、すべてを実行してレポートを返します。

レポートを拡張するには、セルをクリックし、下に挿入して下部に新しいセルを追加します。次に、コードをクリックし、Shift キーを押しながら Enter キーを押してセルを実行します。レポートをアップロードするには、アップロード ボタンをクリックして新しいデータセットを作成します。

M1およびアルブミンの代表的な構造を、その構造上にマッピングされたトップ架橋とともに、ここに示す。すべての架橋は、高分解能MS1データ依存および独立した取得データを解析した後、標的架橋質量分析によって得られ、計算モデルはRosettaDockプロトコルによって提供された。タンパク質タンパク質の相互作用は、その安定性の点で多様であることを覚えておくことが重要です。

したがって、結果は異なる場合があります。現在の方法論は二項相互作用に限定されているため、より複雑なタンパク質第四級構造には適用できない。ただし、個々のペアをモデル化することは、より複雑な構造を構築するための優れた基盤を提供できます。

結合界面に関する詳細は、多くの点で有用であり得、例えば、タンパク質相互作用を安定化または不安定化させることができる変異を示唆する。したがって、これはタンパク質間相互作用の役割をよりよく理解するのに役立ちます。