Name: 元素イメージングのための湿地根と根層圏を保存する方法 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-02-15T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 29 s
Description: 学ぶスラム凍結と凍結乾燥を用いた湿地植物根と根層圏の元素イメージング保存法。根構造と化学種を正確に保持し、鉄やヒ素などの元素分布を可視化します。

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著者らは、デラウェア大学とブルックヘブン国立研究所との共同研究を支援するシーファースとタペロへの共同シード交付金を認めている。この研究の一部は、ブルックヘブン国立研究所が契約No.1のDOE科学局のために運営する米国エネルギー省(DOE)科学ユーザー施設である国立シンクロトロン光源IIのXFM(4-BM)ビームラインを使用しました。DE-SC0012704.

1. スラム凍結装置の準備
<ol><li>液体窒素を保持できるクリーンクーラーの内側に2つの銅ブロック(約5cm x 5 cm x 15 cm)を水平に置き、ブロックを水没させるのに十分な液体窒素を注ぎます。バブリングが沈静化したら、両端の1つの銅ブロックの上に2つのスペーサーを置きます。 注: スペーサーの高さによって、凍結するサンプルの高さが決まります。この例では、2 cm のスペーサーを使用して、約 3 cm x 3 cm x 2 cm のキューブを作成します。液体窒素の体積は、クーラーサイズに依存します。この例では、約 5 つのキューブに対して約 1 L を使用します。 注意:液体窒素は凍結剤と窒息剤であるため、適切な個人用保護具と換気を使用してください。</li>
	<li>トングと極低温手袋を使用して、サンプルが所定の位置にあるときに検索を容易にするために、その端に他の銅ブロックを立たせます。</li>
</ol>2. サンプル収集とスラム凍結
<ol><li>シャベルを使用して湿った土壌から所望の植物と根圏を抽出し、掘られた穴が所望の根の体積よりもはるかに大きいことを確認します。土と植栽を容器に入れ、ベンチトップに置きます。 注:ポットスタディから全体の鉢植えの土壌や植物を使用することができます。</li>
	<li>根を取る所で所望の土壌位置(すなわち、深さと撮影への近接性)を決定します。鋼鉄刃を使用して余分な土を切り取り、所望の区域の土を邪魔しないように注意してください。目的の領域に達したら、約3 cm x 3 cm x 2 cmのルート「立方体」をカットし、水平銅ブロック上の2つのスペーサーの間に直ちに立方体を配置します。極低温手袋を使用して、垂直銅ブロックをピックアップし、根茎立方体をスラム凍結するためにスペーサーの上に置きます。</li>
	<li>バブリングが沈静化した後(約5分)、銅ブロックからスラム冷凍根茎球立方体を取り出し、あらかじめラベル付けされたアルミホイルスクエアの内側にラップします。必要に応じて、ホイル上のブロックの方向をマークします。-80°Cの冷凍庫に貯蔵するまで、液体窒素の第二の容器に入れます。</li>
	<li>必要に応じて繰り返し、フィールド サイトまたは実験から必要な数のルート キューブを取得します。両方の銅ブロックがサンプル間で冷却する時間を与えられていることを確認します。</li>
</ol>3. 凍結乾燥と埋め込み根球キューブ
<ol><li>メーカーの指示に従って、凍結乾燥機を準備します。80°Cの冷凍庫からサンプルを取り出す前に、適切な真空圧と温度を得たか確認してください。</li>
	<li>凍結乾燥機がサンプルを受け取る準備ができたら、清潔で酸洗いした50 mLチューブの中に凍結根球キューブを1つ置き、きれいな使い捨てワイプでゆるく覆います。ゴムバンドで拭き取りを固定します。必要に応じて繰り返し、チューブごとに1つの立方体を確保します。 注:サンプルがチューブに対して大きすぎる場合は、サンプルホルダーとしてアルミホイルを使用して凍結乾燥機容器に直接配置することができます。</li>
	<li>サンプルを含むチューブを凍結乾燥機の容器に入れ、数日間凍結乾燥します。正確な乾燥時間は土壌特性に依存します。 注:水分補給を避けるために、乾燥したサンプルを凍結乾燥機またはデシケータに保管してください。</li>
	<li>鋼鉄刃を使用して乾燥した土立方体を適切な形に収まるようにサイズに切り取ります(例えば、直径25mmの形はほとんどの用途に最適です)。各フォームにラベルを付け、フォームに土壌キューブを配置し、真空デシケーターの中にフォームを配置します。</li>
	<li>メーカーの指示に従ってエポキシを準備します。選択したエポキシが汚染されていないことを確認し、所望の要素20、29、30の種分化変更を引き起こさないようにしてください。 </li>
	<li>ドロッパーを使用して、土壌の片側のフォームにエポキシを加え、サンプルを完全に覆うまで使用します。エポキシが土壌を濡らすと、土壌は色が暗くなります。 注:土壌中の空気が逃げるためにゆっくりとエポキシを追加します。</li>
	<li>フォームにエポキシが充填されたら、真空デシケータを閉じて真空をオンにします。土壌中に閉じ込められた空気の量に応じて、より多くのエポキシを定期的にフォームに追加する必要があります。最初の1-4時間のエポキシのレベルを30〜90分ごとに確認し、必要に応じてエポキシを加えます。</li>
	<li>エポキシが硬化したら、サンプルをフォームから取り出します(〜5日)。</li>
</ol>4. 根球立方体の切断と切除
<ol><li>ダイヤモンドブレード精密ウェットソーを使用してサンプルをカットします。前のカットで根が得られない場合は、異なる場所でサンプルをカットします。</li>
	<li>カット側のカット側に、徐々に細かいサンドペーパー(例えば、220、500、1000、1500グリット)を使用して、カットサンプルを手動でサンドします。</li>
	<li>LA-ICP-MSなどの技術を用いてサンプルの表面イメージングを行います。 注:S-XRF用の薄いセクションを準備するには、薄いセクションを準備できる会社にサンプルを送るか(シングルまたはダブルサイド研磨)か、または以下に説明する 手順4.4から4.6 に従ってください。</li>
	<li>スーパーグルーを使用して石英スライドに所望のサンプル側を接着し、一晩硬化させます。</li>
	<li>薄い切削機を使用して、スライドの土を2mmの厚さにカットし、希望の厚さ(通常は30μm)に粉砕します。サンプル表面は、必要に応じて研磨することができる。</li>
	<li>セクションのS-XRFイメージングを実行します。目的のシンクロトロン施設とビームラインで適切な手順に従って、イメージング時間を適用し、利用します。</li>
</ol>

著者らは開示するものは何もない。

本論文では、元素イメージングや化学種分マッピングに使用できるスラム凍結技術を用いて、湿地植物根の保存バルク土壌+根球を得るためのプロトコルについて説明する。
既存の方法よりも、この方法のいくつかの利点があります。まず、この方法により、根と周囲の根層圏を同時に調査することが可能となる。土壌を洗い流し、根31、32を保存したり、人工環境(例えば根茎)で植物を栽培したり、DGT法を用いて根と土壌の相互作用を調べることによって、土壌環境から根を保存し、化学的にイメージングする方法が現在存在するが、根自体を観察する能力がない。ここで説明する方法は根土と土の関係を観察するためにその場で根および周囲の根層の土を直接調査することを可能にする。同様の技術は、その場の稲根とその周辺の根茎を調べるために...

根とそれらの根球は、植物がミネラル栄養素と汚染物質を得る方法を理解するために、動的、異種、および非常に重要です1,2,3.根は、栄養素(例えば、リン)と汚染物質(例えば、ヒ素)が土壌から植物に移動し、このプロセスを理解することは、食品の量と質、生態系機能、植物修復に影響を与える一次経路です。しかし、根は栄養摂取のニーズに応じて空間および時間が成長する動きであり、それらはしばしば機能、直径、および構造(例えば、横根、外見的な根、根毛)2で変化する。根系の異質性は、細胞から生態系レベルまでの空間スケールと、時間単位から10年までの時間スケールで研究することができます。したがって、根とその周囲の土壌、または根圏のダイナミックで不均一な性質は、時間の経過とともに根圏化学を捕捉するための課題を提起する。この課題にもかかわらず、この重要な植物と土壌の関係を特徴付けるために、土壌環境の根を研究することが不可欠です。
湿地植物の根圏化学は、バルク土壌から根まで存在する急激な酸素勾配が存在し、空間と時間が変化するため、特に調査が困難です。根は酸素を吸い込む必要があるため、湿地植物は、アエレンチマ4,5を作り出すことで湿地土壌の低酸素状態に適応している。アエレンチマは、芽から根まで広がる空洞化皮質組織であり、植物を通して根に空気を拡散させる。しかし、この空気の一部は、根の根のあまり茎に漏れ、特に根の根の接合部の近くで、成熟した根の先端と伸び帯6、7、8、9が少ない。この放射状酸素損失は、根層圏(生物ジオ)化学に影響を与える湿地植物の根層に酸化されたゾーンを作り出し、還元バルク土壌10、11、12とは異なる。湿地の根球や根の栄養成分や汚染物質の運送と輸送を理解するためには、化学的に還元されたバルク土壌、酸化された根球、湿地植物の根を分析するために保存することが重要です。しかし、バルク土壌には酸素感受性の還元土壌成分が含まれているため、根および土壌の保存方法は根構造を維持し、酸素感受性反応を最小限に抑える必要があります。
植物組織を固定し、イメージングのための超構造を維持する方法が存在しますが、これらの方法は、湿地土壌に成長している根を化学的に保存するために適用することはできません。植物細胞内の元素分布のみが望まれる調査では、植物は一般的に水耕的に成長し、根を溶液から容易に除去し、高圧凍結および凍結置換下で固定し、高解像度二次イオン質量分析(nanoSIMS)、電子顕微鏡、シンクロトロンX線蛍光(S-XRF)分析を含む様々なイメージングアプリケーションに切除することができる。 14、15.湿地根の外側にあるFeプラークを調査するために、これらの水耕栽培研究は、溶液16においてFeプラーク形成を人工的に誘導しなければならないが、これは、Feプラーク形成および関連元素の分布および鉱物組成の不均一性を正確に表さない。凍結採点21で湿地土および関連微生物を保存する方法が存在するが、この技術では根を得ることは困難である。土壌中に生育する根を可視化する現在の方法とその根茎圏化学は、元素束と全元素濃度(および種分化)の2つの主要な測定タイプで構成されています。前者は、通常、薄膜(DGT)22、23、24の拡散勾配を使用して測定され、土壌は実験室での植物の成長を支えるために根茎に入れられ、土壌中の不安定な元素はゲルを介して結合層に拡散する。この結合層は、その後、対象の陰唇要素を定量化するために画像化することができます。この技術は根と根茎24、25、26、27との関係をうまく示すことができますが、根の境界からのアーティファクトは根茎の植物を育てることによって存在し、根内部の情報はDGTでは捕捉されません。後者は、根と根圏のサンプリング、サンプルを保存し、サンプルセクション上の元素分布を直接分析することを含みます。湿地植物の根とその周囲の根層のこの環境サンプリングのために、サンプル調製からアーティファクトを避けるために慎重なサンプル処理が必要です。
ここでは、スラム凍結と凍結乾燥によって湿地植物の根構造と根圏化学を効果的に保存するプロトコルが記載されています。フラッシュフリーズは酸素感受性の溶質の変換を劇的に遅くすることができますが、根を損傷し、サンプルが乾燥すると動員を引き起こす可能性があります。しかしながら、液体窒素であらかじめ冷却された銅ブロック間で試料が凍結されたスラム凍結は、根の損傷およびサンプル歪みを最小限に抑える28。保存されたサンプルは、その後、種分化20、29を保存するエポキシ樹脂に埋め込まれ、根茎の土壌内の根のイメージングのために切断および研磨することができます。このレポートのサンプルは、薄い断面化後のS-XRF化学種分イメージングによって分析された。しかし、レーザーアブレーション誘導結合プラズマ質量分析(LA-ICP-MS)、粒子誘導X線放出(PIXE)、二次イオン質量分析(SIMS)、レーザー誘導分解分光法(LIBS)イメージングなど、他のイメージング技術も使用できます。

<table><tbody><tr><td>銅ブロック</td><td>マクマスターカー</td><td>89275K42</td><td></td></tr><tr><td>ダイヤモンドブレード</td><td>ビューラー</td><td>15 LC、102 mm x 0.3 mm</td><td>動作速度:225 rpm</td></tr><tr><td>エポキシフォーム</td><td>ストルアス</td><td>40300085</td><td>FixiForm</td></tr><tr><td>エポキシ</td><td>Epotek</td><td>301-2FL</td><td></td></tr><tr><td>瞬間接着剤</td><td>ロックタイト</td><td>404</td><td></td></tr><tr><td>薄切片機</td><td>ビューラー</td><td>PetroThin</td><td></td></tr><tr><td>ウェット</td><td>ソーBuehler</td><td>IsoMet 1000</td><td></td></tr></tbody></table>

元素イメージングのための湿地根と根層圏を保存する方法

A Method to Preserve Wetland Roots and Rhizospheres for Elemental Imaging

根は土壌環境と幅広く相互作用しますが、根と周囲の根層の相互作用を視覚化することは困難です。湿地植物の根圏化学は、根からバルク土壌への急激な酸素勾配のために捕獲することが特に困難である。ここでは、スラム凍結と凍結乾燥を通じて湿地植物の根構造と根圏化学を効果的に保存するプロトコルが記載されています。液体窒素であらかじめ冷却された銅ブロック間でサンプルを凍結するスラム凍結は、化学種分化の変化を最小限に抑えながら、フラッシュフリーズで発生する可能性のある根の損傷とサンプル歪みを最小限に抑えます。サンプルの歪みは引き続き可能ですが、複数のサンプルを迅速かつ最小限のコストで取得できるため、満足のいくサンプルを得ることができ、イメージング時間が最適化されます。このデータは、この方法が鉄のプラークに関連する米の根および根層圏の減少ヒ素種を保存することに成功したことを示している。この方法は、微量元素循環から植物修復用途まで、濃度範囲に及ぶ広範囲の湿地環境における植物と土壌の関係の研究に採用することができます。

この方法は、湿地植物の根と根層の根と化学種の保存とバルク土壌を可能にします。本研究では、この方法を用いて、米の根層圏におけるFeおよびMn酸化物および植物栄養素(オリザ・サティバ L.)との種分化および共局在化を評価した。米はデラウェア大学のRICE施設で栽培され、30個の水田メソコム(それぞれ2m x 2m、49植物)を使用して、AsとCdの取り込み量を米粒に下げることを目標に、様々な土壌や水管理条件下で米を栽培しています。この実験は、成長期を通じて根球をサンプリングできる1470の個々の植物を提供した。
十分な数のサンプルを与えられた薄いセクションは、様々な根形形態を捕捉することができた。 図1Aは 、横断部として土マトリックス内に存在するいくつかの根径を示す。しかし、一部の土壌セクションには、根が含まれていない場合があります。この研究では、63個の土壌ブロックを処理し、ウェットソーで1回切断し、薄い切断に適したサンプルのサブセットを決定しました。63個のサンプルのうち、14個は根を含み、31は1〜3...

我々は、米(Oryza sativa L.)をモデル種として使用して湿地環境から無傷の根と周囲の根球土壌をサンプリング、保存、および切除するためのプロトコルを記述する。保存後、このサンプルは、放射光蛍光X線(XRF)化学種分イメージングなどの元素イメージング技術を使用して分析することができます。

Roots extensively interact with their soil environment but visualizing such interactions between roots and the surrounding rhizosphere is challenging. The ...

この方法は、水生植物の根、周囲の根層圏およびバルク土壌を元素イメージング技術用に準備する新しい方法を研究者に提供する。この方法の主な利点は、比較的迅速かつ手頃な価格で、関心のある要素の分布と種分化も正確に維持することです。この技術は、農業システムの栄養素から胎児期系における汚染物質の運命および輸送に多くの要素および植物系に関する質問に答えるために使用することができる。また、サンプリングのためのルートシステムの所望の領域や領域を念頭に置きながら、迅速に動作するようにしてください。そして、ルートシステムごとに複数のサンプルを取ります。実験のためにスラム凍結装置を準備するには、液体窒素を保持できるクリーンクーラーに水平に2、5、15センチメートルの銅ブロックを配置します。そして、適切なPPEを着用し、ブロックを水没させるためにクーラーに十分な液体窒素を注ぎます。バブリングが沈静化したら、1つの銅ブロックの両端に1つのスペーサーを置きます。その後、トングと極低温手袋を使用して、サンプルが所定の位置にあるときに検索を容易にするために、その端に他の銅のブログを立ちます。サンプルを収集するには、鉢植えの植物を使用するか、またはシャベルを使用して湿った土壌から所望の植物と根球の抽出を開始し、掘られた穴が所望の根量よりもはるかに大きいことを考慮します。鋼鉄刃を使用して余分な土壌を切り取り、所望の領域内の土壌を乱さないで注意してください。目的の領域が到達したら、約 3 を 2 センチのルート立方体で切り、水平銅ブロック上の 2 つのスペーサーの間に直ちに立方体を配置します。サンプルのスラム凍結のために、極低温手袋を使用して、垂直銅ブロックをスペーサーに約5分間置いた。バブリングがおさまるときにスラム凍結根茎立方体サンプルをあらかじめラベル付けされたアルミニウム箔の正方形に移します。土壌キューブを凍結乾燥するには、凍結乾燥機が適切な真空圧と温度に達した場合、50ミリリットルチューブまたは凍結乾燥機に直接洗浄されたクリーンで酸洗浄用の凍結根球キューブサンプルを1個置き、真空ポンプにほこりが入るのを防ぐためにきれいな使い捨てワイプを使用します。サンプルを乾燥するまで少なくとも数日間凍結乾燥機容器に入れます。組織が凍結乾燥したら、鋼製ブレードを使用して、真空デシケーター内のラベル付きフォームにキューブを配置する前に、分析に適したサイズの土壌キューブを乾燥させます。メーカーの指示に従ってエポキシを準備した後、エポキシがサンプルを完全に覆うまで、ゆっくりと土壌の片側の形態にエポキシを加えるためにドロッパーを使用してください。エポキシが土壌を濡らすと、土壌は色が暗くなります。フォームにエポキシが充填されたら、デシケータを閉じて真空をオンにします。エポキシのレベルを最初の1~4時間30~90分ごとに確認し、必要に応じてエポキシを追加します。エポキシが硬化したら、サンプルを取り出します。埋め込み後、ダイヤモンドブレード精密ウェットソーを使用してサンプルをカットします。前のカットで根が得られない場合は、サンプルを別の方向に切ります。トリミング後、各サンプルのカット側を、グリットサイズあたり30秒間、徐々に細かいサンドペーパーで手動でサンドします。この図では、複数の根径が横断断面として土壌マトリックス内で観察される。根は、品質の様々なレベルを示す可能性があります。例えば、この画像では、よく保存されたルート、凍結乾燥プロセスによって歪んだ根、および薄い断面化プロセス中に引き出されたルートが観察される。この根の横切り部を縦方向の断面で、示したように放射光X線蛍光イメージングにより分析することで、鉄、マンガン、ヒ素の検出が可能になります。土壌内の鉄の存在と鉄のプラークの根を囲む光顕微鏡写真画像でも見ることができます。マンガンは、側面根の皮質内に独特に存在するが、また、緑色の青い色相として鉄のプラーク内の一部の領域で鉄と共局化する。ヒ素は主に、主根の血管系にマージする側面根の脈管系内に見られる。化学種分化イメージングは、ヒ素種の局在化におけるばらつきを明らかにする。この三色プロットで観察されるように、アルセイン酸とアルセネストグルタチオンは血管系に密接に関連し、アルミネは主に鉄のプラークに関連する根の外側に局地的に関連している。サンプル収集の前に、元素イメージング用のルートシステムの目的の部分を決定します。これにより、削除されたルート キーの位置方向が決まります。このプロトコルに従って、サンプルは、特定の研究の質問、興味の要素、または計測器に応じて、さまざまな手法を使用して、ミクロンスケールまたは粗大で画像化することができます。

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