Name: 無細胞自己誘導ワークフローを使用した24時間以内に細胞から無細胞タンパク質合成へ (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-07-22T15:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 8 s
Description: 学ぶ、無細胞自己誘導法を用いたEscherichia coliからの高収率細胞抽出物調製プロトコルです。24時間以内に機能的な抽出物を得られ、研究者の負担を軽減し、無細胞タンパク質合成の普及を促進します。

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著者らは、技術サポートのためにJennifer VanderKelen博士とAndrea Laubscherに感謝したいと思います。著者はまた、有益な議論のためにニコール・グレゴリオ、マックス・レヴァイン、アリッサ・マリン、ビョンチョル・ソ、オーガスト・ブルックウェル、エリザベス(リジー)ヴォイヴォダ、ローガン・バリントン、ジリアン・カスマンに感謝したいと思います。著者らはまた、Bill and Linda Frost Fund、Center for Applications in BiotechnologyのChevron Biotechnology Applied Research Endowment Grant、Cal Poly Research、Scholarly、およびNational Science Foundation(NSF-1708919)からの資金援助を認めている。

1. メディアの成長
<ol><li>表1に記載したように960mLのCFAI培地を調製し、KOHを用いてpHを7.2に調整した。</li>
	<li>培養培地を2.5 Lバッフルフラスコに移し、121°Cで30分間オートクレーブした。</li>
	<li>表1に記載したように40mLの糖液を調製する。溶液をフィルター滅菌して、別のオートクレーブ処理されたガラス容器に入れます。 注:糖液は、さらに使用するまで30°Cのインキュベーターに保存することができます。</li>
	<li>オートクレーブ処理後、メディアを40°C未満まで完全に冷却します。</li>
	<li>CFAI培地の接種前に、糖溶液をCFAI培地に直接加える。</li>
	<li>培地を接種するには、以前に縞模様の 大腸菌 BL21スター(DE3)プレートからコロニーのループフルをスワイプし、培地に直接挿入します。ループをメディアに渦巻きますが、容器の側面には触れないでください。ストリークプレートが新鮮で、生細胞があることを確認します。</li>
	<li>接種培地を入れたフラスコを200rpmで振とうしながら30°Cのインキュベーターに入れる。文化が一晩で成長するのを許してください。細胞を夕方に接種した場合、培養物は、翌朝10の600nm(OD600)で測定されたおおよその光学濃度に達する。接種および収穫時間は、必要に応じて調整することができる。</li>
</ol>2. 細胞採取
<ol><li>S30バッファを事前に準備し、冷たく保ちます。表2に従ってS30緩衝液を調製し、最終pHが 8.2になるまでにする。 注:S30バッファーは、細胞回収の数日前に調製することができます。これを行った場合は、ジチオスレイトールなしで調製し、4°Cで保存する。 使用直前にジチオスレイトールを加えます。</li>
	<li>この時点から、すべての溶液と材料を氷の上に保管してください。1 L の培地を 1 L 遠心分離機ボトルに移し、5,000 x g で 4 ~ 10 °C で 10 分間遠心分離します。デカントし、上清を処分する。滅菌ヘラを用いて、ペレットを予め冷却し、予め秤量した50mL円錐管に移す。</li>
	<li>30〜40mLの冷たいS30緩衝液で1回洗浄し、氷上の休息期間で30秒間バーストでボルテックス を介して ペレットを再懸濁する。 注: ペレットの量が多いため、セルペレットを 2 本の 50 mL 円錐形チューブに分割すると、洗浄工程に役立ちます。セルをより小さなアリコートに格納することで、ダウンストリーム処理に柔軟性も提供されます。</li>
	<li>細胞再懸濁液を5000 x g で4〜10°Cで10分間遠心分離する。</li>
	<li>上澄み液を処分し、きれいな組織を使用して50mL円錐管の内壁から余分なものを拭き取り、ペレット自体に触れないようにします。ペレットを液体窒素中で秤量し、急速凍結する。さらに使用するまで-80°Cで保存してください。 注:ペレットは、ユーザーが抽出物調製プロトコルを続行する予定の場合、フラッシュ凍結を必要としない場合があります。</li>
</ol>3. エキス調製
<ol><li>凍結ペレットを細胞ペレット1gごとに1mLのS30緩衝液と組み合わせ、氷上で約30〜60分間融解させる。融解したペレットを30秒のバーストでボルテックスで再懸濁し、氷上で休息する。目に見える細胞の塊が残らなくなるまで渦。 注:より小さな凝集塊は、ピペットを使用して混合することによって再懸濁することができる。</li>
	<li>1.4 mLの細胞再懸濁液のアリコートを細胞溶解のために1.5 mLマイクロフュージチューブに移す。氷浴に囲まれたサイクルあたりの休息の59秒で45秒の3つのバーストのための20 kHzと50%の振幅の周波数で各チューブを超音波処理します。サイクル間のチューブを反転し、すぐに最後の超音波処理サイクルの後に1 Mジチオスレイトールの4.5 μLを追加します。 注:超音波処理から放出される熱のために、超音波処理されていないときにすべてのアリコートが氷上に保たれていることを確認することは非常に重要です。氷浴は、超音波処理プロセス全体を通して涼しく保つために常に補充または十分に大きくする必要があります。</li>
	<li>各チューブを18,000 x g および4°Cで10分間遠心分離する。上清とアリコートを600 μLアリコートの1.5 mLマイクロフュージチューブに取り出す。アリコートをフラッシュフリーズし、さらに使用するまで-80°Cで保存する。上清のみをピペットにするには注意が必要です。</li>
</ol>4. 無細胞タンパク質合成
<ol><li>前の工程からの抽出物の1つのアリコートを解凍し、1.5mLマイクロフュージチューブで15μLの無細胞タンパク質合成反応を4連で実行した。</li>
	<li>240 ng の DNA (最終濃度 16 μg/mL)、2.20 μL の A 液、2.10 μL の B液、5.0 μL の抽出液、およびさまざまな量の分子級水を組み合わせて各反応を調製し、反応液を 15 μL に充填します。この反応は、より高い体積にスケーリングすることができる。比率については 、表 3 を参照してください。<ol>
<li>表4に従って溶液AおよびBを調製する。各溶液は、100 μL〜1 mLのバッチで調製し、小分けし、さらに使用するまで-80°Cで保存することができる。 注:DNA量は、目的のタンパク質によって異なる可能性がある。この場合、使用したプラスミドpJL1-sfGFPは、16 μg/mL、つまり597 μMでの動作が最適化されています。</li>
	</ol>
</li>
	<li>反応を37°Cで少なくとも4時間実行させる。</li>
</ol>レポータータンパク質、スーパーフォルダグリーン蛍光タンパク質(sfGFP)の定量
<ol><li>半面積96ウェル黒色ポリスチレンプレートを用いて、各無細胞タンパク質合成反応産物2 μLをpH 7.2で48 μLの0.05 M HEPES緩衝液と組み合わせます。各反応管の3~4回の反復が推奨されます。</li>
	<li>励起波長485nm、発光波長528nmのsfGFPの蛍光強度を定量する。</li>
	<li>相対蛍光単位をsfGFPの体積収量(μg/mL)に変換するには、精製pJL1-sfGFPを用いて標準曲線を確立します。</li>
</ol>

<ol><li>Gregorio, N. E., Levine, M. Z., Oza, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+user%27s+guide+to+cell-free+protein+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+and+Protocols%22%5BJournal%5D)">A user's guide to cell-free protein synthesis.</a> Methods and Protocols. 2 (1), 1-34 (2019).</li>
<li>Silverman, A. D., Karim, A. S., Jewett, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+gene+expression%3A+an+expanded+repertoire+of+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Genetics%22%5BJournal%5D)">Cell-free gene expression: an expanded repertoire of applications.</a> Nature Reviews Genetics. 21 (3), (2020).</li>
<li>Swartz, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expanding+biological+applications+using+cell-free+metabolic+engineering%3A+An+overview%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolic+Engineering%22%5BJournal%5D)">Expanding biological applications using cell-free metabolic engineering: An overview.</a> Metabolic Engineering. 50, 156-172 (2018).</li>
<li>Jared, B., Dopp, L., Tamiev, D. D., Reuel, N. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+supplement+mixtures%3A+Elucidating+the+history+and+biochemical+utility+of+additives+used+to+support+in+vitro+protein+synthesis+in+E.+coli+extract%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+Advances%22%5BJournal%5D)">Cell-free supplement mixtures: Elucidating the history and biochemical utility of additives used to support in vitro protein synthesis in E. coli extract.</a> Biotechnology Advances. 37 (1), 246-258 (2019).</li>
<li>Jewett, M. C., Swartz, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mimicking+the+Escherichia+coli+cytoplasmic+environment+activates+long-lived+and+efficient+cell-free+protein+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+and+Bioengineering%22%5BJournal%5D)">Mimicking the Escherichia coli cytoplasmic environment activates long-lived and efficient cell-free protein synthesis.</a> Biotechnology and Bioengineering. 86 (1), 19-26 (2004).</li>
<li>Calhoun, K. A., Swartz, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Energizing+cell-free+protein+synthesis+with+glucose+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+and+Bioengineering%22%5BJournal%5D)">Energizing cell-free protein synthesis with glucose metabolism.</a> Biotechnology and Bioengineering. 90 (5), 606-613 (2005).</li>
<li>Levine, M. Z., Gregorio, N. E., Jewett, M. C., Watts, K. R., Oza, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Escherichia+coli-based+cell-free+protein+synthesis%3A+Protocols+for+a+robust%2C+flexible%2C+and+accessible+platform+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Escherichia coli-based cell-free protein synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology.</a> Journal of Visualized Experiments. (144), e58882(2019).</li>
<li>Sun, Z. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocols+for+Implementing+an+Escherichia+coli+Based+TX-TL+Cell-Free+Expression%5BTitle%5D)+AND+%22System+for+Synthetic+Biology%22%5BJournal%5D)">Protocols for Implementing an Escherichia coli Based TX-TL Cell-Free Expression.</a> System for Synthetic Biology. , 1-14 (2013).</li>
<li>Pardee, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Portable%2C+on-demand+biomolecular+manufacturing%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Portable, on-demand biomolecular manufacturing.</a> Cell. 167, 248-254 (2016).</li>
<li>Moore, S. J., Macdonald, J. T., Freemont, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+synthetic+biology+for+in+vitro+prototype+engineering%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Society+Transactions%22%5BJournal%5D)">Cell-free synthetic biology for in vitro prototype engineering.</a> Biochemical Society Transactions. 45 (3), 785-791 (2017).</li>
<li>Cole, S. D., Miklos, A. E., Chiao, A. C., Sun, Z. Z., Lux, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methodologies+for+preparation+of+prokaryotic+extracts+for+cell-free+expression+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Synthetic+and+Systems+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Methodologies for preparation of prokaryotic extracts for cell-free expression systems.</a> Synthetic and Systems Biotechnology. 5 (4), 252-267 (2020).</li>
<li>Didovyk, A., Tonooka, T., Tsimring, L., Hasty, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+and+scalable+preparation+of+bacterial+lysates+for+cell-free+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Synthetic+Biology%22%5BJournal%5D)">Rapid and scalable preparation of bacterial lysates for cell-free gene expression.</a> ACS Synthetic Biology. 6 (12), 2198-2208 (2017).</li>
<li>Dopp, J. L., Reuel, N. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Process+optimization+for+scalable+E.+coli+extract+preparation+for+cell-free+protein+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+Engineering+Journal%22%5BJournal%5D)">Process optimization for scalable E. coli extract preparation for cell-free protein synthesis.</a> Biochemical Engineering Journal. 138, 21-28 (2018).</li>
<li>Kwon, Y. C., Jewett, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+preparation+methods+of+crude+extract+for+robust+cell-free+protein+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">High-throughput preparation methods of crude extract for robust cell-free protein synthesis.</a> Scientific Reports. 5, 8663(2015).</li>
<li>Endo, Y., Sawasaki, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+expression+systems+for+eukaryotic+protein+production%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Cell-free expression systems for eukaryotic protein production.</a> Current Opinion in Biotechnology. 17 (4), 373-380 (2006).</li>
<li>Zemella, A., Thoring, L., Hoffmeister, C., Kubick, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+protein+synthesis%3A+Pros+and+cons+of+prokaryotic+and+eukaryotic+systems%5BTitle%5D)+AND+%22ChemBioChem%22%5BJournal%5D)">Cell-free protein synthesis: Pros and cons of prokaryotic and eukaryotic systems.</a> ChemBioChem. 16 (17), 2420-2431 (2015).</li>
<li>Laohakunakorn, N., Grasemann, L., Lavickova, B., Michielin, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bottom-up+construction+of+complex+biomolecular+systems+with+cell-free+synthetic+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Bioengineering+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Bottom-up construction of complex biomolecular systems with cell-free synthetic biology.</a> Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 8, (2020).</li>
<li>Ahn, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+synthesis+of+recombinant+proteins+from+PCR-amplified+genes+at+a+comparable+productivity+to+that+of+plasmid-based+reactions%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemical+and+Biophysical+Research+Communications%22%5BJournal%5D)">Cell-free synthesis of recombinant proteins from PCR-amplified genes at a comparable productivity to that of plasmid-based reactions.</a> Biochemical and Biophysical Research Communications. 338 (3), 1346-1352 (2005).</li>
<li>Kim, T. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+procedures+for+the+construction+of+a+robust+and+cost-effective+cell-free+protein+synthesis+system%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Simple procedures for the construction of a robust and cost-effective cell-free protein synthesis system.</a> Journal of Biotechnology. 126 (4), 554-561 (2006).</li>
<li>Hunt, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Streamlining+the+preparation+of+%22endotoxin-free%22+ClearColi+cell+extract+with+autoinduction+media+for+cell-free+protein+synthesis+of+the+therapeutic+protein+crisantaspase%5BTitle%5D)+AND+%22Synthetic+and+Systems+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Streamlining the preparation of "endotoxin-free" ClearColi cell extract with autoinduction media for cell-free protein synthesis of the therapeutic protein crisantaspase.</a> Synthetic and Systems Biotechnology. 4 (4), 220-224 (2019).</li>
<li>Studier, F. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+production+by+auto-induction+in+high-density+shaking+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Expression+and+Purification%22%5BJournal%5D)">Protein production by auto-induction in high-density shaking cultures.</a> Protein Expression and Purification. 41, 207-234 (2005).</li>
<li>Shrestha, P., Holland, T. M., Bundy, B. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Streamlined+extract+preparation+for+Escherichia+coli-based+cell-free+protein+synthesis+by+sonication+or+bead+vortex+mixing%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">Streamlined extract preparation for Escherichia coli-based cell-free protein synthesis by sonication or bead vortex mixing.</a> BioTechniques. 53 (3), 163-174 (2012).</li>
<li>Bosdriesz, E., Molenaar, D., Teusink, B., Bruggeman, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+fast-growing+bacteria+robustly+tune+their+ribosome+concentration+to+approximate+growth-rate+maximization%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Journal%22%5BJournal%5D)">How fast-growing bacteria robustly tune their ribosome concentration to approximate growth-rate maximization.</a> FEBS Journal. 282 (10), 2029-2044 (2015).</li>
<li>Zawada, J., Swartz, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maintaining+rapid+growth+in+moderate-density+Escherichia+coli+fermentations%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+and+Bioengineering%22%5BJournal%5D)">Maintaining rapid growth in moderate-density Escherichia coli fermentations.</a> Biotechnology and Bioengineering. 89 (4), 407-415 (2005).</li>
<li>Kim, J., Copeland, C. E., Padumane, S. R., Kwon, Y. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+crude+extract+preparation+and+optimization+from+a+genomically+engineered+Escherichia+coli+for+the+cell-free+protein+synthesis+system%3A+Practical+laboratory+guideline%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+and+Protocols%22%5BJournal%5D)">A crude extract preparation and optimization from a genomically engineered Escherichia coli for the cell-free protein synthesis system: Practical laboratory guideline.</a> Methods and Protocols. 2 (3), 1-15 (2019).</li>
<li>Failmezger, J., Rauter, M., Nitschel, R., Kraml, M., Siemann-Herzberg, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+protein+synthesis+from+non-growing%2C+stressed+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Cell-free protein synthesis from non-growing, stressed Escherichia coli.</a> Scientific Reports. 7 (1), 1-10 (2017).</li>
<li>Levine, M. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activation+of+energy+metabolism+through+growth+media+reformulation+enables+a+24-h+workflow+for+cell-free+expression%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Synthetic+Biology%22%5BJournal%5D)">Activation of energy metabolism through growth media reformulation enables a 24-h workflow for cell-free expression.</a> ACS Synthetic Biology. 9 (10), 2765-2774 (2020).</li>
<li>Martin, R. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+protein+synthesis+from+genomically+recoded+bacteria+enables+multisite+incorporation+of+noncanonical+amino+acids%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Cell-free protein synthesis from genomically recoded bacteria enables multisite incorporation of noncanonical amino acids.</a> Nature Communications. , 1-9 (2018).</li>
<li>Soye, B. J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resource+A+highly+productive%2C+One-pot+cell-free+protein+synthesis+platform+based+on+genomically+recoded+Escherichia+coli+resource%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Resource A highly productive, One-pot cell-free protein synthesis platform based on genomically recoded Escherichia coli resource.</a> Cell Chemical Biology. 26 (12), 1743-1754 (2019).</li>
<li>Ezure, T., Suzuki, T., Ando, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+cell-free+protein+synthesis+system+from+insect+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">A cell-free protein synthesis system from insect cells.</a> Methods in Molecular Biology. , 285-296 (2014).</li>
<li>Heide, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((development+and+optimization+of+a+functional+mammalian+cell-free+protein+synthesis+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Bioengineering+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">development and optimization of a functional mammalian cell-free protein synthesis platform.</a> Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 8, 1-10 (2021).</li>
</ol>

著者らは、競合する金銭的利益相反はないと宣言している。

細胞増殖中の2つの重要な行動、すなわちT7 RNAPの誘導と特定のOD600での細胞の採取には、研究者の監督が伝統的に必要です。CFAIは、高品質の細胞抽出物を調製するために必要な研究者の時間と技術トレーニングを減らすために、これらの要件の両方をなくします。T7 RNAPの自己誘導は、グルコースを培地中の第一糖としてラクトースで置換することによって達成され、増殖を積極的に監視し、次いで細胞増殖中の正確な時点でIPTGで誘導する以前の必要性を排除する。特定のOD600で収穫するために細胞培養物を積極的に監視する必要性もなくなり、研究者を細胞培養から切り離すことができます。これは、非伝統的な時期に収穫された高品質の抽出物の生産を実証した最近の研究にも追加されます 13,25,26.新しい培地製剤は、緩衝能と炭素源を改善し、細胞培養が静止期に近づく中でも活性エネルギー代謝をサポートします。高OD600</...

An erratum was issued for:&#160;<a href="https://www.jove.com/t/62866">From Cells to Cell-Free Protein Synthesis within 24 Hours using Cell-Free Autoinduction Workflow</a>. The Authors&#160;section was&#160;updated.
The Authors section was updated from:
Philip E.J. Smith1,2, Taylor Slouka1,2,&#160;Javin P. Oza1,2 
1Department of Chemistry and Biochemistry, California Polytechnic State University 
2Center for Application in Biotechnology, California Polytechnic State University
to:
Philip E.J. Smith1,2, Taylor Slouka1,2, Mona Dabbas 1,2, Javin P. Oza1,2 
1Department of Chemistry and Biochemistry, California Polytechnic State University 
2Center for Application in Biotechnology, California Polytechnic State University

An erratum was issued for:&#160;<a href="https://www.jove.com/t/62866">From Cells to Cell-Free Protein Synthesis within 24 Hours using Cell-Free Autoinduction Workflow</a>. The Authors&#160;section was&#160;updated.

Erratum: From Cells to Cell-Free Protein Synthesis within 24 Hours using Cell-Free Autoinduction Workflow

バイオテクノロジー用途のための無細胞タンパク質合成(CFPS)の使用は、過去数年間で大幅に増加しています1,2,3。この開発は、CFPSで発生するプロセスと各コンポーネントの役割を理解するための努力の増加に一部起因する可能性があります4,5。さらに、最適化されたセットアップと代替エネルギー源に起因するコスト削減により、無細胞技術は新規ユーザーの実装が容易になりました6,7,8,9。タンパク質合成に必要な転写および翻訳因子を実施するために、細胞抽出物は、無細胞反応10を駆動するためにしばしば使用される。最近公開されたユーザーガイドは、機能的な抽出を生成するための簡単なプロトコルを提供しており、新規ユーザーでも経験豊富なユーザーでも簡単に実装できます1,11,12,13,14。細胞抽出物は、通常、細胞培養物の溶解を通して得られ、これは、所望の特定の用途に応じて異なる生物を用いて増殖させることができる1、15、16。
大腸菌(E. coli)は、機能性抽出物17を生産するために最も一般的に使用される宿主生物の1つとして急速になっている。BL21スター(DE3)株は、外膜(OmpTプロテアーゼ)および細胞質(ロンプロテアーゼ)からプロテアーゼを除去し、組換えタンパク質発現に最適な環境を提供するため好ましい。さらに、DE3は、lacUV5プロモーターの制御下でT7 RNAポリメラーゼ(T7 RNAP)の遺伝子を保持するλDE3を含む。スター成分は、mRNAの切断を防止する変異RNaseE遺伝子を含む 4,14,18,19.lacUV5プロモーターの下で、イソプロピルチオガラクトピラノシド(IPTG)誘導は、T7 RNAP20、21の発現を可能にする。これらの株は、細胞を増殖および収穫するために使用され、抽出物調製のための原料を与える。細胞溶解は、ビーズ叩解、フレンチプレス、均質化、超音波処理、および窒素キャビテーション1、11、12、22を含む様々な方法を用いて行うことができる。
大腸菌を使用する場合、細菌の培養と収穫のプロセスはほとんどのプラットフォームで一貫していますが、数日と激しい研究者の監督が必要です1,11,13。このプロセスは、一般に、LBブロス中での一晩の種子培養から始まり、一晩の成長時に、翌日に2xYTPG(酵母、トリプトン、リン酸緩衝液、グルコース)のより大きな培養物に接種される。このより大きな培養物の成長は、光学密度(OD)2.514,20で、初期から中期の対数段階に達するまで監視される。転写および翻訳の成分が、初期から中期の対数相において高度に活性であることが以前に実証されている23,24ので、一定の測定が必要である。このプロセスは再現性のある抽出物を生成することができますが、私たちの研究室は最近、研究者の監督を減らし、所定の1リットルの細胞培養に対する抽出物の総収量を増加させ、経験豊富ユーザーと新規ユーザーの両方のための大腸菌ベースの抽出物調製へのアクセスを改善する無細胞自動誘導(CFAI)培地を使用する新しい方法を開発しました(図1).ここでは、CFAIワークフローを実装するためのステップバイステップガイドを提供し、細胞のストリークプレートから24時間以内に完了したCFPS反応に移行します。

<table><tbody><tr><td>1.5 mLマイクロチューブ</td><td>Phenix</td><td>MPC-425Q</td><td></td></tr><tr><td>1L 遠心分離チューブ</td><td>ベックマン・コールター</td><td>A99028</td><td></td></tr><tr><td>Avanti J-E 遠心分離機</td><td>ベックマン・コールター</td><td>369001</td><td></td></tr><tr><td>CoA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C3144-25MG</td><td></td></tr><tr><td>Cytation 5 セルイメージング マルチモードリーダー</td><td>Biotek</td><td>BTCYT5F</td><td></td></tr><tr><td>D-Glucose</td><td>フィ</td><td>ッシャーD16-3</td><td></td></tr><tr><td>D-ラクトース</td><td>アルファエー</td><td>ザーJ66376</td><td></td></tr><tr><td>DTT</td><td>サーモフィッシャー</td><td>15508013</td><td></td></tr><tr><td>フォリン酸</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F7878-100MG</td><td></td></tr><tr><td>グリセロール</td><td>フィ</td><td>ッシャーBP229-1</td><td></td></tr>グリ<tr><td>シン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G7126-100G</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>サーモフィッシャー</td><td>11344041</td><td></td></tr><tr><td>IPTG</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I6758-1G</td><td></td></tr><tr><td>JLA-8.1000 ローター</td><td>ベックマン コールター</td><td>366754</td><td></td></tr><tr><td>K(Glu)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G1501-500G</td><td></td></tr><tr><td>K(OAc)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P1190-1KG</td><td></td></tr><tr><td>KOH</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P5958-500G</td><td></td></tr><tr><td>L-アラニン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A7627-100G</td><td></td></tr><tr><td>L-アルギニン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A8094-25G</td><td></td></tr><tr><td>L-アスパラギン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A0884-25G</td><td></td></tr><tr><td>L-アスパラギン酸</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A7219-100G</td><td></td></tr><tr><td>L-システイン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C7352-25G</td><td></td></tr><tr><td>L-グルタミン酸</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G1501-500G</td><td></td></tr><tr><td>L-グルタミン</td><td>シグマ-アルドリッチ</td><td>G3126-250G</td><td></td></tr><tr><td>L-ヒスタディン</td><td>シグマ-アルドリッチ</td><td>H8000-25G</td><td></td></tr><tr><td>L-イソロイシン</td><td>シグマ-アルドリッチ</td><td>I2752-25G</td><td></td></tr><tr><td>L-ロイシン</td><td>シグマ-アルドリッチ</td><td>L8000-25G</td><td></td></tr><tr><td>L-リジン</td><td>シグマ-アルドリッチ</td><td>L5501-25G</td><td></td></tr><tr><td>L-メチオニン</td><td>シグマ-アルドリッチ</td><td>M9625-25G</td><td></td></tr><tr><td>L-フェニルアラニン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P2126-100G</td><td></td></tr><tr><td>L-プロリン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P0380-100G</td><td></td></tr><tr><td>L-セリン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S4500-100G</td><td></td></tr><tr><td>L-スレオニン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T8625-25G</td><td></td></tr><tr><td>L-トリプトファン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T0254-25G</td><td></td></tr><tr><td>L-チロシン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T3754-100G</td><td></td></tr><tr><td>ルリアブロス</td><td>サーモフィッシャー</td><td>12795027</td><td></td></tr><tr><td>L-バリン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>V0500-25G</td><td></td></tr><tr><td>Mg(Glu)2</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>49605-250G</td><td></td></tr><tr><td>Mg(OAc)2</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M5661-250G</td><td></td></tr><tr><td>Microfuge 20</td><td>Beckman Coulter</td><td>B30134</td><td></td></tr><tr><td>Molecular Grade Water</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>7732-18-5</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>アルファ Aesar</td><td>A12313</td><td></td></tr><tr><td>NAD</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>N8535-15VL</td><td></td></tr><tr><td>ニューブランズウィック イノーバ 42/42R インキュベーター</td><td>エッペンドルフ</td><td>M1335-0000</td><td></td></tr><tr><td>NH4(Glu)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>09689-250G</td><td></td></tr><tr><td>NTPs</td><td>ThermoFisher</td><td>R0481</td><td></td></tr><tr><td>シュウ酸</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P0963-100G</td><td></td></tr><tr><td>PEP</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>860077-250MG</td><td></td></tr><tr><td>リン酸カリウム二塩基性</td><td>アクロス、有機物</td><td>A0382124</td><td></td></tr><tr><td>リン酸カリウム一塩基性</td><td>アクロス、有機物</td><td>A0379904</td><td></td></tr><tr><td>PureLink HiPure プラスミド調製キット</td><td>サーモフィッシャー</td><td>K210007</td><td></td></tr><tr><td>プトレシン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D13208-25G</td><td></td></tr><tr><td>スペルミジン</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S0266-5G</td><td></td></tr><tr><td>トリス(OAc)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6066-500G</td><td></td></tr><tr><td>tRNA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>10109541001</td><td></td></tr><tr><td>Tryptone</td><td>Fisher Bioreagents</td><td>73049-73-7</td><td></td></tr><tr><td>Tunair 2.5L バッフルシェイクフラスコ</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z710822</td><td></td></tr><tr><td>超音波プロセッサ</td><td>QSonica</td><td>Q125-230V/50HZ</td><td></td></tr><tr><td>の酵母のエキス</td><td>の漁師の生物試薬</td><td>1/2/8013</td><td></td></tr></tbody></table>

無細胞自己誘導ワークフローを使用した24時間以内に細胞から無細胞タンパク質合成へ

From Cells to Cell-Free Protein Synthesis within 24 Hours Using Cell-Free Autoinduction Workflow

無細胞タンパク質合成(CFPS)は、 インビトロで転写および翻訳機構を捕捉するバイオテクノロジープラットフォームとして成長してきました。数多くの開発により、CFPSプラットフォームは新規ユーザーにとってよりアクセスしやすくなり、アプリケーションの範囲が拡大しました。溶解物ベースのCFPSシステムの場合、細胞抽出物を様々な生物から生成することができ、その宿主のユニークな生化学を利用してタンパク質合成を増強することができる。過去20年以内に、 大腸菌 (E. coli) は、その手頃な価格と汎用性のためにCFPSをサポートするために最も広く使用されている生物の1つになりました。多くの重要な進歩にもかかわらず、 大腸菌 細胞抽出物調製のワークフローは、新規ユーザーがアプリケーションにCFPSを実装するための重要なボトルネックであり続けています。抽出準備ワークフローは時間がかかり、再現性のある結果を得るためには技術的な専門知識が必要です。これらの障壁を克服するために、私たちは以前、ユーザー入力と必要な技術的専門知識を減らす24時間無細胞自動誘導(CFAI)ワークフローの開発を報告しました。CFAIワークフローは、細胞抽出物を生成するために必要な労力と技術的スキルを最小限に抑えながら、得られる細胞抽出物の総量も増加させます。ここでは、アクセスを改善し、 大腸菌 ベースのCFPSの広範な実装をサポートするために、そのワークフローを段階的に説明します。

CFAI培地を調製するとき、グルコースは、培地中の主要なエネルギー基質としてのラクトースおよびグリセロールの増加と交換された。さらに、CFAI培地の緩衝能も増加した。これらの具体的な成分を 表1に示す。
次いで、細胞をCFAI培地中でOD600 of 10および標準2.5の両方に増殖させ、抽出物量が異なるにもかかわらず抽出物品質との一貫性を示した。5OD600 CFAI培地を、種培養物からLBブロスに接種した後、37°C、200rpmで増殖させ、一方、OD600 10培養物をプレートから直接植菌した。 次いで、CFAI培地の各バッチをモニターし、それぞれのOD600で収穫した。OD600が10になるまでの増殖は、2.5 OD600への成長から得られた2.10 mLの抽出物に対して9.60 mLの抽出物を産生したので、より高い量の細胞ペレットおよび得られた抽出物全体の増加をもたらした(<...

この研究は、 大腸菌(E.coli )からの細胞抽出物の調製とそれに続く無細胞タンパク質合成(CFPS)反応を24時間未満で記載する。無細胞自己誘導(CFAI)プロトコルの説明は、研究者の監督を減らし、得られる細胞抽出物の量を増やすために行われた改善を詳述する。

Cell-free protein synthesis (CFPS) has grown as a biotechnology platform that captures transcription and translation machinery in vitro. Numerous ...

無細胞自己誘導法は、研究者の監督と機能的な細胞抽出物の生産に必要な時間を短縮します。これにより、より時間と負荷のかかる以前のインビトロタンパク質合成プロトコルが簡素化されます。この手法は、それほど複雑ではなく、収率も高いため、より多くの聴衆が無細胞表現を実装することができます。この方法は、細胞増殖中および無細胞反応におけるエネルギー代謝の重要性を強調する。まず、960ミリリットルの無細胞自己誘導培地を調製することから始めます。その後、2.5リットルのバッフル付きフラスコで、摂氏121度で30分間オートクレーブ処理して培地を滅菌した。次に、40ミリリットルの糖化液を調製した後、それを別のオートクレーブ処理されたガラス容器に濾過滅菌する。オートクレーブ処理後、培養培地が摂氏40度以下に冷却されたら、フィルター滅菌した糖溶液を培地に直接加える。次に、以前に縞模様の新鮮な大腸菌BL21スタープレートからコロニーでいっぱいのループをスワイプし、ループを培地に直接挿入することによって、培地を接種する。容器の側面に触れずにループをメディアに渦巻きます。次いで、接種培地を摂氏30度のインキュベーター内に一晩入れ、200RPMで振とうした。翌日、1リットルの培地を1リットルの遠沈瓶に移し、4〜10°Cの間で5,000倍Gで10分間遠心分離することによって細胞を回収する。上清を捨てた後、滅菌ヘラを使用してペレットを予め冷却し、予め秤量した50ミリリットルの円錐管に移す。次に、氷上の休息期間とともに30秒間のバーストでボルテックスを介してペレットを再懸濁させることによって、ペレットを30〜40ミリリットルの冷たいS30緩衝液で1回洗浄する。ペレットが完全に再懸濁された後、細胞再懸濁液を遠心分離し、上清を捨て、そしてきれいな組織を用いて、ペレットに触れることなく50ミリリットルチューブの内壁から余分な上清を拭き取る。その後、液体窒素中で急速凍結する前にペレットを計量し、さらに使用するまでマイナス80°Cで保管してください。細胞抽出物を調製するために、凍結細胞ペレットのグラム当たり1ミリリットルのS30緩衝液を添加し、ペレットを氷上で30〜60分間融解させる。その後、融解したペレットを30秒間のバーストでボルテックスで再懸濁し、目に見える細胞凝集塊が残らなくなるまで氷上で休息期間をとります。細胞溶解のために、細胞懸濁液の1.4ミリリットルアリコートを1.5ミリリットルのマイクロフュージチューブに移す。その後、氷浴中でサイクルごとに59秒の休息で45秒の3つのバーストのための20キロヘルツと50%の振幅の周波数で各チューブ内の細胞懸濁液を超音波処理サイクル間でチューブを反転させ、最後の超音波処理サイクルの後、すぐに1モルジチオスレイトールの4.5マイクロリットルを追加します。すべてのチューブで細胞懸濁液を超音波処理した後、チューブを遠心分離し、新鮮な1.5ミリリットルマイクロフュージチューブに600マイクロリットルのアリコートで上清を収集します。アリコートをフラッシュフリーズし、さらに使用するまでマイナス80°Cで保管してください。1.5ミリリットルのマイクロフュージチューブで15マイクロリットルの無細胞タンパク質合成反応を4連で行うには、細胞抽出液の1アリコートを解凍する。各15マイクロリットルの反応混合物を調製した後、反応を摂氏37度で少なくとも4時間実行させる。レポータータンパク質を定量するには、pH 7.2で48マイクロリットルの50ミリモルHEPES緩衝液を、黒色ポリスチレン96ウェルプレート中の各無細胞タンパク質合成反応産物2マイクロリットルと組み合わせる。スーパーフォルダー緑色蛍光タンパク質、またはsfGFPの蛍光強度を、励起波長485および発光波長528ナノメートルを用いて定量する。次いで、精製pJL1 sfGFPプラスミドを用いて標準曲線を作成することによって相対蛍光単位をsfGFPの体積収率に変換する。ここに示されているのは、600ナノメートルで測定された異なる光学密度での細胞回収後の無細胞自己誘導培地ペレットである。光学密度10に成長した培地は、光学密度2.5に成長した培地よりも、抽出物全体でより多くの量の細胞ペレットを生成した。総タンパク質濃度のさらなる分析は、両方の抽出物間の全体的なタンパク質に有意差を示さなかった。培地を異なる光学密度レベルに増殖させたにもかかわらず、両方の抽出物は、sfGFPを発現する無細胞反応において同様の結果を示した。培地および糖溶液を調製しながら滅菌条件を維持することは重要である。このCFAI細胞抽出法は、無細胞発現のほとんどの用途に使用することができる。これらは、バイオテクノロジー教育からタンパク質工学、ポイントオブケア診断まで多岐にわたります。この方法は、必要な時間と技術的スキルの量を減らし、再現性を向上させ、そしてより多くの量の抽出物を生成する。

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無細胞自己誘導ワークフローを使用した24時間以内に細胞から無細胞タンパク質合成へ

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