Name: トリパノソーマ・クルジまたは他の病原性生物由来のDNAを検出するためのすぐに使用できるqPCR (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-01-20T12:30:00.000+00:00
Duration: 5 min 50 s
Description: 学ぶ、ゲル化プロトコルを用いた即使用可能なqPCR反応の調製法。メレジトース溶液の調製と視覚的品質管理により、Trypanosoma cruzi DNA検出の効率と再現性を向上させ、長期保存も可能な診断技術を確立する方法です。

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著者らは、真空オーブンの技術支援を提供してくれたAline Burda Farias氏と、同機器へのアクセスを許可してくれたパラナ分子生物学研究所(IBMP、クリチバ、ブラジル)の管理に感謝の意を表したいと思います。この作業は、助成金CNPq 445954 / 2020-5によって部分的に資金提供されました。

1.原液およびゲル化混合物の調製
注:4つのストック溶液(400 mg / mLのメレジトース、400 mg / mLのトレハロース、0.75 mg / mLのリジン、および200 mg / mLのグリコーゲン)を調製し、 表1 に示す割合に従って混合してゲル化混合物を生成します。プロトコルには10 mLのストック溶液の生産が記載されていますが、少量または多量に適合させることができます。
<ol><li>メレジトース溶液<ol><li>15 mLのプラスチックチューブに4 gのメレジトースを計量し、6 mLのヌクレアーゼフリー水を加え、粉末が可溶になるまで装置の最高速度でボルテックスします。 注意: 最終容量を超えないように注意しながら、可溶化を促進するためにさらに水を加えることができます(以下を参照)。</li>
		<li>ヌクレアーゼフリーの水で最終容量を10 mLにします。ラベルを付けて2〜8°Cで最大6か月間保管します。</li>
	</ol></li>
	<li>トレハロース溶液<ol><li>15 mLのプラスチックチューブに4 gのトレハロースを量り、6 mLのヌクレアーゼフリー水を加え、粉末が可溶になるまで装置の最高速度でボルテックスします。 注意: 最終容量を超えないように注意しながら、可溶化を促進するためにさらに水を加えることができます(以下を参照)。</li>
		<li>ヌクレアーゼフリーの水で容量を10 mLに構成し、0.2 μmフィルターで溶液をろ過します。ラベルを付けて2〜8°Cで最大6か月間保管します。</li>
	</ol></li>
	<li>グリコーゲン溶液<ol><li>15 mLのプラスチックチューブに2 gのグリコーゲンを量り、6 mLのヌクレアーゼフリー水を加え、粉末が可溶になるまで装置の最高速度でボルテックスします。 注意: 最終容量を超えないように注意しながら、可溶化を促進するためにさらに水を加えることができます(以下を参照)。</li>
		<li>グリコーゲンの可溶化により大量の気泡が発生するため、溶液を2〜8°Cで8〜12時間静止させます(図1)。ヌクレアーゼフリーの水で容量を10 mLに構成します。ラベルを付けて2〜8°Cで最大6か月間保管します。</li>
	</ol></li>
	<li>リジン溶液<ol><li>15 mLのプラスチックチューブに7.5 mgのリジンを量り、6 mLのヌクレアーゼフリー水を加えます。粉末が可溶化するまで、機器の最高速度で渦巻きます。 注意: 最終容量を超えないように注意しながら、可溶化を促進するためにさらに水を加えることができます(以下を参照)。</li>
		<li>ヌクレアーゼフリーの水で容量を10 mLに構成し、0.2 μmフィルターで溶液をろ過します。溶液を琥珀色のフラスコに移すか、光から保護します。ラベルを付けて、2〜8°Cで最大6か月間保管します。</li>
	</ol></li>
	<li>ゲル化混合物(GM)<ol><li>50 mLのプラスチックチューブで、 表1に従って容量のストック溶液を混合します。</li>
		<li>チューブの10個のエンドツーエンド反転によって試薬を混合します。 注意: このステップが層流安全フードで実行される場合、ろ過ステップは必要ありません。このステップがクリーンな環境で実行されない場合は、溶液を琥珀色のフラスコに移す前に、0.2 μmフィルターでろ過します。</li>
		<li>溶液を琥珀色のフラスコに移すか、光から保護します。ラベルを付けて、2〜8°Cで最大3か月間保管します。 注意: ゲル化混合物を調製するための品質管理ステップとして、測定されたpH、導電率、および密度の値が次の範囲内にあることを確認してください:pH 5.55-6.66;導電率0.630-0.757 mS/cm;密度1.08-1.11 g / cm3。すべての測定は25°Cで行う必要があります。</li>
	</ol></li>
</ol>2. ゲル化用qPCRマスターミックスの調製
注:このステップでは、ゲル化用のqPCRマスターミックスが調製されます。したがって、水は混合物に添加されず、代わりにゲル化混合物が添加される(表2)。
<ol><li>冷蔵容器で試薬を解凍します。 表2に従って、1.5 mLチューブで試薬を混合します。5 μLのDNAサンプルを含む最終容量25 μLでの反応の例を以下に示します。 注:このステップでは、DNAサンプルは混合物に添加されません。ここでは、qPCRマスターミックスの各試薬の最終容量を計算するためにのみ使用されます。DNAサンプルは、実行を開始する直前に追加する必要があります(以下のステップ4を参照)。</li>
</ol>3. 反応容器上の試薬のゲル化
<ol><li>8チューブストリップまたは96ウェルプレートの調製のために 表2 に示す容量を適宜乗算する。</li>
	<li>表2に示すゲル化マスターミックスのピペット18.5 μLを各反応ウェル上に。 注:この容量は、1回の反応に使用されるオリゴヌクレオチドミックス、PCRバッファー、およびゲル化混合物の量を表し( 表2による)、試薬の濃度と1回の反応に必要な量によって異なります。ゲル化マスターミックスの最終容量は、水が添加されていないため、通常のマスターミックスの体積とは異なります。</li>
	<li>チューブ/プレートを真空オーブン内の熱伝導性支持体(アルミニウムなど)に置きます。 注意: 熱伝導性サポートはオプションです。オペレーターは、チューブの底部が真空オーブンの棚と接触していることを確認して、迅速な熱平衡を可能にする必要があります。</li>
	<li>2つの96ウェルプレートごとに1つのベントナイトクレイバッグを配置します。 注:ベントナイトクレイバッグは、真空によって加えられる差圧によってゲル化マスターミックスから除去された水を吸収するために使用されます。ベントナイト粘土バッグは、2枚未満の96ウェルプレートには不要であることがわかりました。</li>
	<li>ゲル化マスターミックスを含むチューブ/プレートを、制御された温度(30°C±1°C)で、大気圧(900〜930 mBar)に達するまで真空解放交互に、それぞれ30分間の30つの真空サイクル(30 ± 5 mBar)にかけます(図2)。 注意: 機器はソフトウェアを使用してパラメータを制御し、サイクルの例を 図2に示します。ユーザーは、選択したパラメーターを指定して、実行のプロファイルを作成する必要があります。</li>
	<li>サイクルが完了したら、体積が目に見えて減少し(図3)、指でチューブ/プレートを軽くたたいたときに液体が動かないことを確認して、試薬が適切にゲル化しているかどうかを確認します。 注意: ゲル化が起こらなかった場合、チューブをタップしたときに溶液がチューブの壁に飛び散ります(図3)。</li>
	<li>使用前に、チューブ/プレートを2〜8°Cで8〜12時間密封して保管してください。</li>
</ol>4. ゲル化 qPCR を使用する
<ol><li>チューブストリップまたはプレートを冷蔵庫から取り出し、ワークステーションで開いてサンプル操作を行います。各反応容器に15 μLのヌクレアーゼフリー水を加えます。 注:ゲル化試薬の容量は約5μLと考えられています。したがって、DNAサンプル量(下記参照)と合わせて、最終反応量は25μLです。</li>
	<li>5 μLのDNAサンプルを追加します。 注:任意のqPCR品質のDNAテンプレートを使用できます。本研究では、108T. cruzi エピマスティゴテス(株Dm28c)からDNAを抽出し、TEバッファーを使用して1:10の比率で段階希釈しました。</li>
	<li>チューブ/プレートをシールし、選択した機器に進みます。実験を実行し、通常のデータ分析に進みます。</li>
</ol>

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</ol>

著者は利益相反を宣言しません。

近年、熱帯病や顧みられない病気の診断に役立つ、より感度が高く具体的な技術を見つける必要性が浮き彫りになっています。疫学的管理には重要ですが、寄生虫学的(光学顕微鏡検査)および血清学的検査には、特に感度とポイントオブケアの適用性に関して制限があります。PCR、等温増幅、およびそれぞれのバリエーションなどのDNA増幅技術は、実験室の設定で長い間使用されてきましたが、技術的なハードルにより、フィールドの設定では使用できません。主な障害の1つは、試薬の輸送と保管のために-20°Cの温度が必要であることです。この状況を改善するために、凍結乾燥およびゲル化などの技術が、PCR反応を冷凍庫16、18、19から保存するために使用されてきた。
本研究は、qPCR反応をゲル化して、チューブ、チューブストリップ、マイクロ流体チップ、プレートなどの反応容器内の T. cruzi DNAを検出するために必...

シャーガス病は、貧困が蔓延していたブラジルの農村地域で20世紀初頭に発見されました1,2。今日でも、この病気は南北アメリカの健康の社会的および経済的決定要因に関連し続けています。シャーガス病は二相性で、急性期と慢性期で構成されています。これは、トリパノソーマクルジ寄生虫による感染、昆虫ベクターによる感染、先天性経路を介した輸血、または汚染された食品の経口摂取によって引き起こされます3,4。
シャーガス病の診断は、臨床症状(特にロマーニャ徴候)の観察、血液塗抹顕微鏡検査、血清学、およびリアルタイムPCR(qPCR)または等温増幅4,5,6,7,8,9などの分子検査によって行うことができます。臨床症状と血液塗抹顕微鏡検査は急性感染症の疑いのある症例に使用されますが、抗体の検索は無症候性患者のスクリーニングツールとして使用されます。qPCRは、その感度と特異性から、慢性患者のモニタリングツール、血液中の寄生虫負荷を測定する治療を受けている急性患者、および治療失敗の代理マーカーとして使用することが示唆されています6,8,10,11,12 .qPCRは、現在利用可能な検査よりも感度が高く特異的ですが、輸送および保管のための凍結温度の要件により、世界中の恵まれない地域では診断ツールとして知られることを効果的に妨げられています13,14,15。
この障害を回避するために、凍結乾燥やゲル化などの保存技術が検討されている16,17。凍結乾燥は何年にもわたって保存を提供しますが、酵素の安定化/保存に一般的に使用されるグリセロールの存在なしに特別に作られた試薬を必要とします18。ゲル化は数ヶ月間の保存を提供することが示されているが、それは通常の試薬の使用を可能にする19。ゲル化溶液は4つの成分を含み、それぞれがプロセスにおいて特定の役割を有する:糖トレハロースおよびメレジトースは、溶液中の遊離水分子を減少させることによって乾燥プロセス中に生体分子を保護し、グリコーゲンはより広い保護マトリックスを生成し、アミノ酸リジンは、生体分子のカルボキシル間の酸化反応を阻害するフリーラジカルスカベンジャーとして使用される。 アミノ基およびリン酸基。これらの成分は、乾燥プロセス中の三次または四次構造の喪失を防ぐゾル-ゲル混合物を定義し、したがって、再水和時に生体分子の活性を維持するのに役立ちます19。反応管内で安定化したら、反応物を通常の-20°Cではなく21-23°Cで2-8°Cで数ヶ月間、または数週間保存することができます。 このアプローチは、シャーガス病、マラリア、リーシュマニア症、結核、シクロスポリア症などの疾患の診断に役立つように設計されたテストにすでに組み込まれています13、14、15、20。
本研究では、ゲル化手順に必要な溶液を調製するためのすべてのステップ、プロセスの落とし穴、および8チューブストリップ内のすぐに使用できるゲル化qPCRの予想される最終側面について説明します。同じプロトコルをシングルチューブまたは96ウェルプレートに適合させることができます。最後に、 T. cruzi DNAの検出がコントロールランとして示されます。

<table><tbody><tr><td>ベントナイト粘土袋(活性化)</td><td>Embamatグローバルパッケージングソリューションズ(バルセロナ、スペイン)</td><td>026157/STD</td>シ<td>リカゲルパックと混同しないでください</td></tr><tr><td>グリコーゲン</td><td>アマシャムバイオサイエンス</td><td>キャット#US16445</td><td></td></tr><tr><td>リジン</td><td>アクロスオーガニック</td><td>キャット#365650250</td><td></td></tr><tr><td>メレジトーゼ</td><td>シグマアルドリッチ</td><td>キャット#63620</td><td></td></tr><tr><td>ヌクレアーゼフリーウォーター</td><td>優先ベンダー</td><td></td><td></td></tr><tr><td>オリゴヌクレオチド</td><td>優先ベンダー</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PCR マスターミックス</td><td>優先ベンダー または Instituto de Biologia Molecular do Paran&aacute;(IBMP、クリチバ、ブラジル)</td><td>Chagas NATキット</td><td></td></tr><tr><td>PCRサーモサイクラー</td><td></td> 真空オーブン用推奨ベンダー<td></td><td></td></tr><tr><td>ソフトウェア</td><td>Memmert Gmbh</td><td>Celsius v10.0</td><td></td></tr><tr><td>Trehalose</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Cat# T9531</td><td></td></tr><tr><td>Trypanosoma cruzi 自社</td><td>培養寄生虫由来のDNA、またはATCC</td><td></td><td></td>などの認定ベンダーから購入</tr> 真空<tr><td>オーブン</td><td>MemmertGmbh</td><td>VO-400</td><td></td></tr></tbody></table>

トリパノソーマ・クルジまたは他の病原性生物由来のdnaを検出するためのすぐに使用できるqpcr

Ready-To-Use qPCR for Detection of DNA from Trypanosoma cruzi or Other Pathogenic Organisms

リアルタイムPCR(qPCR)は、多数のサンプルから微量の核酸ターゲットを増幅できる、非常に高感度で正確な技術です。多くの研究分野で広く使用されており、遺伝子組み換え生物(GMO)作物の作物におけるヒト診断や形質選択などの分野での産業応用を達成しています。ただし、qPCRはエラー防止技術ではありません。すべての試薬を1つのマスターミックスに混合し、その後通常のqPCRプレートの96ウェルに分配すると、試薬の誤った混合やウェルへの不正確な分注などのオペレーターミスにつながる可能性があります。ここでは、ゲル化と呼ばれる技術が提示されており、マスターミックスに存在する水の大部分は、真空に提出されたときにゾル-ゲル混合物を形成する試薬によって置換されます。その結果、qPCR試薬は室温で数週間、または2〜8 °Cで数ヶ月間効果的に保存されます。 各溶液の調製の詳細は、T. cruzi 衛星DNA(satDNA)を検出するために設計されたゲル化反応の予想される側面とともにここに示されています。同様の手順を他の生物の検出にも適用できます。ゲル化qPCRランの開始は、プレートを冷蔵庫から取り出し、サンプルをそれぞれのウェルに追加し、ランを開始するのと同じくらい簡単で、フルプレート反応のセットアップ時間をサンプルのロードにかかる時間に短縮します。さらに、ゲル化PCR反応はバッチで製造および品質を制御できるため、時間を節約し、ルーチンPCR反応を実行する際の一般的なオペレーターのミスを回避できます。

ゲル化混合物を形成する3つの試薬は、激しいボルテックスで容易に可溶化されます。ただし、グリコーゲンは、粉末が完全に可溶化されていることを確認するために慎重なボルテックスを必要とします。残念ながら、激しい渦流は大量の気泡を生成するため、溶液の実際の体積を決定することは困難です(図1A-B)。したがって、気泡内に閉じ込められた溶液のほとんどがメイン溶液本体に移動するまで、グリコーゲン溶液を冷蔵庫に置かせることが不可欠です。生産プロトコルとラボルーチンを考慮すると、ゲル化したプレートは冷蔵庫に一晩(または約8〜12時間)保管されるため、ほとんどの気泡が沈降するため、正しい容量を決定し、目的の最終容量に調整することが容易になります(図1C)。図1B-Cのグリコーゲンチューブ間の気泡の体積の違いを、それぞれ可溶化直後と一晩沈降させた後に注目してください。
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本研究では、反応容器にプリロードして冷蔵庫に数ヶ月間保存できる 、T. cruzi DNA検出用のすぐに使用できるqPCRを製造するための手順について説明します。

トリパノソーマ・クルジまたは他の病原性生物由来のDNAを検出するためのすぐに使用できるqPCR

Real-time PCR (qPCR) is a remarkably sensitive and precise technique&#160;that allows for amplifying&#160;minute amounts of nucleic acid targets from a ...

ゲル化プロトコルは、すぐに使用できるqPCR反応を生成し、実行を開始するために必要な時間とステップを削減します。このプロトコルにより、qPCR反応を一度に生成および制御して品質と量を測定できるため、レシピ計算中またはウェルへの分注中にオペレーターエラーが発生する可能性が低くなります。この方法は、従来の凍結フォーマットですでに完全に最適化されているすべてのqPCRに適用できます。2つの主要な品質管理ステップが視覚的であるため、この方法の視覚的なデモンストレーションは重要です。メレジトース溶液を調製するには、15ミリリットルのプラスチックチューブに4グラムのメレジトースを秤量し、6ミリリットルのヌクレアーゼ遊離水を加え、粉末が可溶になるまで最高速度でボルテックスします。ヌクレアーゼを含まない水で最終容量を10ミリリットルにし、溶液にラベルを付けて摂氏2〜8度で最大6か月間保管します。トレハロース溶液を調製するには、15ミリリットルのプラスチックチューブに4グラムのトレハロースを秤量し、粉末が可溶化するまで6ミリリットルのヌクレアーゼ遊離水とボルテックスを最高速度で加えます。次に、ヌクレアーゼを含まない水で容量を10ミリリットルに構成し、0.2ミクロンのフィルターで溶液をろ過します。溶液にラベルを付け、摂氏2〜8度で最大6か月間保管します。グリコーゲン溶液を調製するには、15ミリリットルのチューブに2グラムのグリコーゲンを秤量し、6ミリリットルのヌクレアーゼ遊離水を加え、粉末が可溶になるまでボルテックスします。グリコーゲンの可溶化により大量の気泡が発生するため、溶液を摂氏2〜8度に8〜12時間保ちます。翌日、インキュベーションから溶液を取り出し、ヌクレアーゼを含まない水で容量を10ミリリットルに構成し、標識した溶液を摂氏2〜8度で最大6か月間保存します。リジン溶液を調製するには、15ミリリットルのチューブに7.5ミリグラムのリジンを量り、6ミリリットルのヌクレアーゼ遊離水を加え、粉末が可溶になるまでボルテックスします。ヌクレアーゼを含まない水で容量を10ミリリットルに構成します。溶液を0.2ミクロンのフィルターでろ過し、摂氏2〜8度で最大6か月間保管します。ゲル化混合物を調製するには、50ミリリットルのプラスチックチューブに適切な量のストック溶液を混合します。チューブを10回反転させて試薬を混合し、標識した溶液を摂氏2〜8度で最大3か月間保管します。ゲル化用のqPCRマスターミックスを調製するには、冷蔵容器で試薬を解凍します。次に、1.5ミリリットルのチューブで適切な量の試薬を混合して、8本のチューブストリップまたは96ウェルプレートに十分なマスターミックスを調製します。次にピペット18.5マイクロリットルのゲル化マスターを各反応ウェルに混合し、チューブまたはプレ

ready-to-use-qpcr-for-detection-dna-from-trypanosoma-cruzi-or-other

Research

JoVE Journal

Biochemistry

生物化学

このビデオでは、デュプレックスデジタルPCR(ddPCR)技術を示しています。これは、従来のPCR技術の修正版で、2つの異なる遺伝子マーカーを同時に検出するのに役立ちます。1つのPCR反応をナノリットルサイズの乳化液滴に分割し、それぞれに増幅し、液滴画分から異なる色の蛍光増幅シグナルを検出することで、標的配列の初期濃度を算出します。...

デュプレックスデジタルPCRによるデュアル遺伝マーカーの同時定量

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定量PCRは、ホルマリン固定、パラフィン包埋された生検組織中のサイトメガロウイルスDNAの検出のための高感度かつ迅速な方法であり、

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内部陽性対照との定量的リコンビナーゼポリメラーゼ増幅アッセイの開発

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ハイスループット遺伝子タギングで<em&gt;トリパノソーマ</em

シャーガス病のcruziエージェントには、長期的な無症候性感染症臨床的に認められた病理に突然発展するが生成されます。次の研究プロトコルでは、親から子孫に性的送信T.

男性と女性からのナイーブの仲間にアメリカトリパノソーマの性行

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インビトロ β-ガラクトシダーゼを発現する寄生虫を用いた トリパノソーマクルジ のすべてのライフサイクル段階に対する薬物スクリーニング

このプロトコルは、サンプル収集、代謝産物抽出、液体クロマトグラフィー -...

トリパノソマチド感染を研究するための化学地図作成アプローチ

アシネトバクター・バウマニーの迅速かつ正確な検出を容易にするために、A.

Recombinase Polymerase Amplification/Cas12aベースシステムを用いた Acinetobacter baumannii 感染症の迅速かつ特異的な検出

ここでは、増幅可能な細胞溶解、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅、およびCRISPR/Cas12aアッセイを使用して、 Lotmaria passim や Nosema ceranae...

RPA/CRISPR/Cas12aシステムへのアルカリ溶解によるトリパノソーマ科寄生虫および Nosema ceranae のオンサイトDNA検出

ここでは、 in situ Proximity Ligation Assay（PLA）を使用して、遺伝毒性ストレスに曝された懸濁細胞培養におけるATMとp53との間の直接タンパク質 - タンパク質相互作用の検出および可視化を実証する。...

近接ライゲーションアッセイを用いた懸濁細胞培養におけるDNA損傷誘発タンパク質複合体の検出と可視化

学ぶ、ゲル化プロトコルを用いた即使用可能なqPCR反応の調製法。メレジトース溶液の調製と視覚的品質管理により、Trypanosoma cruzi DNA検出の効率と再現性を向上させ、長期保存も可能な診断技術を確立する方法です。

トリパノソーマ・クルジまたは他の病原性生物由来のDNAを検出するためのすぐに使用できるqPCR

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