Rを用いた聴覚脳幹応答波形のピーク振幅と潜時の半自動解析

聴覚脳幹反応は、聴覚閾値を決定するために日常的に収集されます。ABR波形には脳幹活動に関する追加情報が含まれていますが、以前は多くの研究者がこれらを手動で分析する必要がありました。R スクリプトは、RStudio フレームワークの R ソフトウェアと連携して、ABR 波形解析を半自動化します。

それらは無料で使いやすいです。私たちの希望は、ABR波形のルーチン分析により、後の研究が診断におけるこの認知前聴覚処理の関連性を評価できるようになることです。まず、聴覚脳幹反応またはABR記録をASCIIファイルとしてエクスポートします。

IHSの場合は、コンピュータプログラムを開き、目的のファイルをロードして、目的の波形を1ページに表示します。[データ] タブで、[ページを ASCII として保存] を選択して txt ファイルを取得します。データ ファイルに ID を使用して適切な名前を付けたら、ID とサブジェクト情報を info という名前のメタデータ ファイルに記録します。

csv、遺伝子型、性別、年齢、治療などの情報がIDに含まれないようにします。分析するすべてのファイルを個別のIDファイルとして使用して手順を繰り返し、メタデータを取得します。RおよびRStudioプログラムをそれぞれのWebサイトからダウンロードしてインストールします。次に、必要なライブラリ tidyverse、Shiny、Plotly、および Zoo を、RStudio のコマンド ウィンドウで必要なコマンドを使用してインストールします。

次に、スクリプトのダウンロード findpeaks.rとsee_trace_click。ホワイトラボGitHubのr、および関連するファイルtime.csv。

すべてのASCIIファイルを配置するためのテストフォルダという名前の新しいフォルダを作成します。csv、および時間.csv。テスト フォルダー内に、ASCII フォルダーという名前のサブフォルダーを作成し、ASCII ファイルを配置します。

ファインドピークを開きます。RStudio のスクリプトで、ツールバーのスクリプトのタブを右クリックして、設定された作業ディレクトリを選択し、それを Test フォルダ に設定します。スクリプトウィンドウで、ツールバーの右上にある [ソース] をクリックしてプログラムを読み込みます。

次に、コマンドウィンドウで、コマンドを使用して、個別処理モードとバッチ処理モードで波形を分析します。コマンドを使用して、特定の個人の波形データをロードします。次に、see_trace_clickの開いたウィンドウで。

r スクリプトで、ヘッダーの [アプリの実行] ボタンをクリックし、新しい対話型ウィンドウが表示されるのを待ちます。左上のボックスに、修正が必要な波形のサウンドレベルを入力し、ウィンドウに表示されている波形を探します。波形の周りでカーソルを動かすと、任意のポイントでのレイテンシと振幅が表示されます。

レイテンシと振幅のデータを記録するには、正しいピークをクリックしてから、データをコピーしてcsvファイルに貼り付けます。このプロセスを繰り返して、即時ピークに続くトラフのデータを保存し、スプレッドシートセルのピーク振幅からトラフ振幅を差し引いて振幅測定値を計算します。検証済みを転送します。

csv ファイルを Test フォルダー内の Peak Data という名前の新しいサブフォルダーに保存して、データを追加します。次に、コマンドを実行してメタデータを結合します。コンパイルされたデータに対して統計分析を実行するには、Shapiro-Wilk検定などの正規性の検定を使用して、関数を実行してデータの分布を評価します。

Shapiro-Wilk検定が有意でない場合は、データセットの正規分布があることを意味します。したがって、関数を実行して、ANOVAなどのパラメトリック検定でデータを評価します。Shapiro-Wilk検定のPが0.05に等しい場合は、クラスカル-ウォリス順位和検定または別の適切なノンパラメトリック測度を使用します。

最後に、コマンドを実行して平均波形を表示します。若いF1マウスの75デシベルクリック刺激の波形応答では、ピークとトラフがfindpeaks.rで自動的に識別されました。手動で識別されたピークとファインドピークから得られた5〜75デシベルの波形。

rを比較した。平均は太線としてプロットされ、影付きの領域は1つの標準偏差を表し、結果はfindpeaksによって得られます。Rは手動の結果と強く相関しています。

この手順を実行するときは、作業ディレクトリが非常に重要であるため、忘れずに設定してください。R スクリプトは、時間とともに実装されたマウス ABR の待機時間ウィンドウに基づいてピークと谷を指定します。CSV ファイルにエクスポートします。

これは、他のEEG波形を定量化するためにユーザによって変更され得る。