Name: DNA-タンパク質架橋とその翻訳後修飾の定量的検出 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-04-21T13:40:00.000+00:00
Duration: 10 min 12 s
Description: 学ぶDNA-タンパク質架橋と翻訳後修飾の定量検出法。トポイソメラーゼ阻害剤やホルムアルデヒド誘導DPCに対するユビキチン化やSUMO化の動態をウェスタンブロットで解析し、DNA損傷修復メカニズムの解明に貢献します。

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この研究の一部は、国立がん研究所がん研究センターポスドク研究移行賞の優秀さによってサポートされました。

1. ヒト胚性腎臓293(HEK293)細胞株における細胞培養と薬物処理
<ol><li>10%ウシ胎児血清、1%2 mM L-グルタミン、および100単位/mLペニシリン-ストレプトマイシンを添加した培養培地、ダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)を準備します。</li>
	<li>処理条件とコントロールごとに、60 mmプレートまたは6ウェルプレートに1 x 106 細胞をシードします。</li>
	<li>翌日、選択したDPC誘導物質で細胞を処理します。<ol><li>TOP1-DPCとそのユビキチン化およびSUMO化を誘導するには、TOP1阻害剤カンプトテシンを20 μMで細胞に添加し、20、60、および180分で細胞を回収します。</li>
		<li>TOP2αおよびβ-DPCおよびそれらのユビキチン化およびSUMO化を誘導するには、細胞を露出させてTOP2阻害剤エトポシドを200 μMで細胞に添加し、20、60、および180分で細胞を回収します。</li>
		<li>非酵素的DPCとそのユビキチン化およびSUMO化を誘導するには、1 mMでFAを添加し、曝露の2時間後に細胞を収集します。</li>
		<li>TOP1-DPCのPAR化を誘導するには、細胞を1時間前処理して、10 μMのポリ(ADP-リボース)グリコヒドロラーゼ(PARG)阻害剤PDD00017273による脱PAR化をブロックし、続いて20 μMのカンプトテシンと20、60、および180分間共処理します。</li>
	</ol></li>
</ol>2. 架橋タンパク質を含むDNAの単離と標準化
<ol><li>処理後、吸引ピペットで培地を迅速に吸引し、氷冷した1xリン酸緩衝生理食塩水(PBS)で細胞を洗い流します。1xプロテアーゼカクテル阻害剤、1 mMジチオスレイトール(DTT)、および20 mM N-エチルマレイミド(脱SUMO化および脱ユビキチル化酵素の阻害剤)を含む600 μLのDNAzol試薬で細胞を直ちに溶解します。</li>
	<li>振動プラットフォーム上でプレートを4°Cで10分間ゆっくりと攪拌します。</li>
	<li>1/2容量の100%冷エタノール(0.3 mL)をプレートに直接加え、不透明な核酸凝集体が見えるようになるまでステップ2.2を繰り返します。細胞ライセートを1.5 mLマイクロ遠心チューブに移し、チューブを最高速度(20,000 x g)にかけ、4°Cで15分間遠心分離して、核酸とその架橋タンパク質を沈殿させます。</li>
	<li>吸引ピペットを使用して上清を吸引し、核酸ペレットを1 mLの75%エタノールで洗浄した後、4°Cで20,000 x g の2分間遠心分離を行います。</li>
	<li>上清を吸引し、同じ速度でスピンダウンし、P20ピペットを使用して残りの液体を除去します。ペレットを5分間風乾します。</li>
	<li>核酸ペレットを0.1 mLのddH2Oに素早く溶解し、ピペッティングを繰り返してペレットを再懸濁し、ペレットが少なくとも3倍(約30分)膨潤するまで37°Cの水浴中でインキュベートします。</li>
	<li>ペレットを完全に溶解するために10秒間30%の振幅で超音波プロセッサプローブでサンプルを超音波処理します。</li>
	<li>オプションの手順:サンプルをRNase A/T1ミックス(10 μgのRNase Aと25 UのRNase T1)で処理し、37°Cで15分間インキュベートします。1/10容量の3 M酢酸ナトリウムと2容量の氷冷100%エタノールをチューブに加え、20,000 x g で10分間遠心分離してDNAを回収します。上清を除去し、沈殿したDNAを0.1mLのddH2Oに溶解する。</li>
	<li>オプションステップ:サンプルを20,000 x g で5分間遠心分離し、上清を新しいチューブに移します。</li>
	<li>紫外可視(UV-Vis)分光計を使用してDNA濃度を定量します。典型的なDNA収量は約600〜800 ng / μLです。RNA除去後、A260 / A280比を2.0-2.1から1.8-1.9に減らす必要があります。</li>
	<li>0.12 mLのddH 2 O中のDNAの濃度を400〜500 ng / μLに調整し、未消化DNAローディングコントロールとして20 μLのサンプルを新しいマイクロ遠心チューブに移します(ステップ2.4を参照)。</li>
	<li>残りの100 μLのddH2Oに溶解したDNAを消化するには、2,000ゲル単位のミクロコッカスヌクレアーゼと1/10容量(~11 μL)の10xカルシウムミクロコッカスヌクレアーゼ反応バッファーをサンプルに追加します。37°Cで30分間インキュベートします。</li>
</ol>3. 消化DNAサンプルのウェスタンブロッティング
<ol><li>4x Laemmli サンプルバッファーを添加し、サンプルを 5 分間煮沸します。</li>
	<li>5-6 μgの消化サンプル(~15 μL)を4%-20%ポリアクリルアミドゲルにロードし、続いてSDS-PAGE42 をロードして、未修飾およびPTM結合DPCを分離します。</li>
	<li>FA誘導性の非酵素的DPC種を検出するには、室温で一晩クマシーブルーステインを含むゲルをインキュベートします。ゲルをddH 2 Oで2時間洗浄し、イメージングシステムを使用して画像を取得します。</li>
	<li>ゲルを移し、ブロッキングバッファーで一次抗体を適切に希釈しながら、メンブレンを4°Cで一晩インキュベートします。<ol><li>ユビキチン化を検出するには、抗ユビキチン抗体を1:100に希釈します。</li>
		<li>SUMO-1またはSUMO-2/3修飾を検出するには、抗SUMO-1または抗SUMO-2/3抗体を1:250に希釈します。</li>
		<li>ADPリボシル化を検出するには、抗PAR抗体を1:500に希釈します。</li>
		<li>TOP1、TOP2α、またはTOP2β-DPCの合計を検出するには、抗TOP1、抗TOP2α、または抗TOP2β抗体を1:500に希釈します。 注:抗体希釈の詳細については、 材料表 を参照してください。</li>
	</ol></li>
	<li>1x PBS-T(0.1%トゥイーン20)洗浄メンブレンを、ブロッキングバッファーで5,000倍に希釈した二次抗体とともに室温で60分間インキュベートします。</li>
	<li>化学発光増強(ECL)試薬でメンブレンを開発し、イメージングシステムを使用して画像を取得します。</li>
</ol>4. 未消化DNAサンプルのスロットブロッティング
<ol><li>20 μLの未消化DNAサンプルを180 μLのリン酸ナトリウムバッファー(25 mM、pH 6.6)で希釈します。</li>
	<li>ニトロセルロースメンブレン(0.45 μm)を切断し、リン酸ナトリウム緩衝液中で5分間平衡化します。</li>
	<li>製造元の指示に従ってスロットブロット装置を組み立て、真空システムに接続します。</li>
	<li>真空を適用してリン酸ナトリウム緩衝液でウェルを洗浄する。ウェルの漏れがないことを確認してください。</li>
	<li>真空を停止し、サンプルあたり200 μLのDNA(1 μg)をロードします。空のウェルに200 μLのリン酸ナトリウムバッファーを満たします。</li>
	<li>真空を適用します。</li>
	<li>すべてのウェルが完全に空になったら、真空を停止し、各ウェルに200 μLのリン酸ナトリウムバッファーをロードし、ステップ4.6を繰り返します。</li>
	<li>メンブレンを回収し、5%ブロッキングバッファーで室温で0.5時間ブロックします。</li>
	<li>抗二本鎖DNA(dsDNA)抗体を1:5,000希釈で4°Cで一晩プローブします。</li>
	<li>1x PBS-Tで3倍洗浄し、1:5,000希釈西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)結合抗マウス二次抗体でインキュベートします。</li>
	<li>化学発光増強(ECL)試薬でメンブレンを開発し、イメージングシステムを使用して画像を取得します。</li>
</ol>5. デンシトメトリー分析
<ol><li>ImageJを使用して、未消化DNAのスロットの強度に対する各バンド/塗抹標本の強度の比率を計算し、薬物処理なし/治療前の細胞の比率を正規化します。</li>
</ol>

ユビキチン化、SUMO化、およびADPリボシル化DNA-タンパク質架橋の測定

<ol><li>Jackson, S. P., Bartek, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+DNA-damage+response+in+human+biology+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The DNA-damage response in human biology and disease.</a> Nature. 461 (7267), 1071-1078 (2009).</li>
<li>Klages-Mundt, N. L., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Formation+and+repair+of+DNA-protein+crosslink+damage%5BTitle%5D)+AND+%22Science+China.+Life+Sciences%22%5BJournal%5D)">Formation and repair of DNA-protein crosslink damage.</a> Science China. Life Sciences. 60 (10), 1065-1076 (2017).</li>
<li>Weickert, P., Stingele, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA-protein+crosslinks+and+their+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">DNA-protein crosslinks and their resolution.</a> Annual Review of Biochemistry. 91, 157-181 (2022).</li>
<li>Tretyakova, N. Y., Groehler, A., Ji, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA-Protein+cross-links%3A+formation%2C+structural+identities%2C+and+biological+outcomes%5BTitle%5D)+AND+%22Accounts+of+Chemical+Research%22%5BJournal%5D)">DNA-Protein cross-links: formation, structural identities, and biological outcomes.</a> Accounts of Chemical Research. 48 (6), 1631-1644 (2015).</li>
<li>Pommier, Y., Nussenzweig, A., Takeda, S., Austin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+topoisomerases+and+their+roles+in+genome+stability+and+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Molecular+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Human topoisomerases and their roles in genome stability and organization.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 23 (6), 407-427 (2022).</li>
<li>Pommier, Y., Sun, Y., Huang, S. N., Nitiss, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Roles+of+eukaryotic+topoisomerases+in+transcription%2C+replication+and+genomic+stability%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Molecular+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Roles of eukaryotic topoisomerases in transcription, replication and genomic stability.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 17 (11), 703-721 (2016).</li>
<li>Ruggiano, A., Ramadan, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA-protein+crosslink+proteases+in+genome+stability%5BTitle%5D)+AND+%22Communications+Biology%22%5BJournal%5D)">DNA-protein crosslink proteases in genome stability.</a> Communications Biology. 4 (1), 11(2021).</li>
<li>Hoffman, E. A., Frey, B. L., Smith, L. M., Auble, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Formaldehyde+crosslinking%3A+a+tool+for+the+study+of+chromatin+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Formaldehyde crosslinking: a tool for the study of chromatin complexes.</a> The Journal of Biological Chemistry. 290 (44), 26404-26411 (2015).</li>
<li>Moretton, A., Loizou, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interplay+between+cellular+metabolism+and+the+DNA+damage+response+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Interplay between cellular metabolism and the DNA damage response in cancer.</a> Cancers. 12 (8), 2051(2020).</li>
<li>Stingele, J., Schwarz, M. S., Bloemeke, N., Wolf, P. G., Jentsch, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+DNA-dependent+protease+involved+in+DNA-protein+crosslink+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A DNA-dependent protease involved in DNA-protein crosslink repair.</a> Cell. 158 (2), 327-338 (2014).</li>
<li>Maskey, R. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spartan+deficiency+causes+accumulation+of+topoisomerase+1+cleavage+complexes+and+tumorigenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Spartan deficiency causes accumulation of topoisomerase 1 cleavage complexes and tumorigenesis.</a> Nucleic Acids Research. 45 (8), 4564-4576 (2017).</li>
<li>Stingele, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanism+and+regulation+of+DNA-protein+crosslink+repair+by+the+DNA-dependent+metalloprotease+SPRTN%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Mechanism and regulation of DNA-protein crosslink repair by the DNA-dependent metalloprotease SPRTN.</a> Molecular Cell. 64 (4), 688-703 (2016).</li>
<li>Vaz, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metalloprotease+SPRTN%2FDVC1+orchestrates+replication-coupled+DNA-protein+crosslink+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Metalloprotease SPRTN/DVC1 orchestrates replication-coupled DNA-protein crosslink repair.</a> Molecular Cell. 64 (4), 704-719 (2016).</li>
<li>Lopez-Mosqueda, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SPRTN+is+a+mammalian+DNA-binding+metalloprotease+that+resolves+DNA-protein+crosslinks%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">SPRTN is a mammalian DNA-binding metalloprotease that resolves DNA-protein crosslinks.</a> eLife. 5, e21491(2016).</li>
<li>Kojima, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FAM111A+protects+replication+forks+from+protein+obstacles+via+its+trypsin-like+domain%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">FAM111A protects replication forks from protein obstacles via its trypsin-like domain.</a> Nature Communications. 11 (1), 1318(2020).</li>
<li>Dokshin, G. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GCNA+interacts+with+spartan+and+topoisomerase+II+to+regulate+genome+stability%5BTitle%5D)+AND+%22Developmental+Cell%22%5BJournal%5D)">GCNA interacts with spartan and topoisomerase II to regulate genome stability.</a> Developmental Cell. 52 (1), 53-68 (2020).</li>
<li>Borgermann, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SUMOylation+promotes+protective+responses+to+DNA-protein+crosslinks%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+Journal%22%5BJournal%5D)">SUMOylation promotes protective responses to DNA-protein crosslinks.</a> The EMBO Journal. 38 (8), e101496(2019).</li>
<li>Sun, Y., Zhang, Y., Schultz, C. W., Pommier, Y., Thomas, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CDK7+inhibition+synergizes+with+topoisomerase+I+inhibition+in+small+cell+lung+cancer+cells+by+inducing+ubiquitin-mediated+proteolysis+of+RNA+polymerase+II%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cancer+Therapeutics%22%5BJournal%5D)">CDK7 inhibition synergizes with topoisomerase I inhibition in small cell lung cancer cells by inducing ubiquitin-mediated proteolysis of RNA polymerase II.</a> Molecular Cancer Therapeutics. 21 (9), 1430-1438 (2022).</li>
<li>Sun, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Requirements+for+MRN+endonuclease+processing+of+topoisomerase+II-mediated+DNA+damage+in+mammalian+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Molecular+Biosciences%22%5BJournal%5D)">Requirements for MRN endonuclease processing of topoisomerase II-mediated DNA damage in mammalian cells.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 9, 1007064(2022).</li>
<li>Sun, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PARylation+prevents+the+proteasomal+degradation+of+topoisomerase+I+DNA-protein+crosslinks+and+induces+their+deubiquitylation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">PARylation prevents the proteasomal degradation of topoisomerase I DNA-protein crosslinks and induces their deubiquitylation.</a> Nature Communications. 12 (1), 5010(2021).</li>
<li>Sun, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Excision+repair+of+topoisomerase+DNA-protein+crosslinks+%28TOP-DPC%29%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Repair%22%5BJournal%5D)">Excision repair of topoisomerase DNA-protein crosslinks (TOP-DPC).</a> DNA Repair. 89, 102837(2020).</li>
<li>Sun, Y., Saha, L. K., Saha, S., Jo, U., Pommier, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Debulking+of+topoisomerase+DNA-protein+crosslinks+%28TOP-DPC%29+by+the+proteasome%2C+non-proteasomal+and+non-proteolytic+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Repair%22%5BJournal%5D)">Debulking of topoisomerase DNA-protein crosslinks (TOP-DPC) by the proteasome, non-proteasomal and non-proteolytic pathways.</a> DNA Repair. 94, 102926(2020).</li>
<li>Sun, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+conserved+SUMO+pathway+repairs+topoisomerase+DNA-protein+cross-links+by+engaging+ubiquitin-mediated+proteasomal+degradation%5BTitle%5D)+AND+%22Science+Advances%22%5BJournal%5D)">A conserved SUMO pathway repairs topoisomerase DNA-protein cross-links by engaging ubiquitin-mediated proteasomal degradation.</a> Science Advances. 6 (46), (2020).</li>
<li>Saha, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+and+RNA+cleavage+complexes+and+repair+pathway+for+TOP3B+RNA-+and+DNA-protein+crosslinks%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">DNA and RNA cleavage complexes and repair pathway for TOP3B RNA- and DNA-protein crosslinks.</a> Cell Reports. 33 (13), 108569(2020).</li>
<li>Swan, R. L., Cowell, I. G., Austin, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+to+repair+stalled+topoisomerase+II-DNA+covalent+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Pharmacology%22%5BJournal%5D)">Mechanisms to repair stalled topoisomerase II-DNA covalent complexes.</a> Molecular Pharmacology. 101 (1), 24-32 (2022).</li>
<li>Swan, R. L., Poh, L. L. K., Cowell, I. G., Austin, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+molecule+inhibitors+confirm+ubiquitin-dependent+removal+of+TOP2-DNA+covalent+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Pharmacology%22%5BJournal%5D)">Small molecule inhibitors confirm ubiquitin-dependent removal of TOP2-DNA covalent complexes.</a> Molecular Pharmacology. 98 (3), 222-233 (2020).</li>
<li>Sciascia, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Suppressing+proteasome+mediated+processing+of+topoisomerase+II+DNA-protein+complexes+preserves+genome+integrity%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Suppressing proteasome mediated processing of topoisomerase II DNA-protein complexes preserves genome integrity.</a> eLife. 9, e53447(2020).</li>
<li>Anand, J., Sun, Y., Zhao, Y., Nitiss, K. C., Nitiss, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+topoisomerase+covalent+complexes+in+eukaryotic+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Detection of topoisomerase covalent complexes in eukaryotic cells.</a> Methods in Molecular Biology. 1703, 283-299 (2018).</li>
<li>Subramanian, D., Furbee, C. S., Muller, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ICE+bioassay.+Isolating+in+vivo+complexes+of+enzyme+to+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">ICE bioassay. Isolating in vivo complexes of enzyme to DNA.</a> Methods in Molecular Biology. 95, 137-147 (2001).</li>
<li>Nitiss, J. L., Kiianitsa, K., Sun, Y., Nitiss, K. C., Maizels, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Topoisomerase+assays%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Protocols%22%5BJournal%5D)">Topoisomerase assays.</a> Current Protocols. 1 (10), e250(2021).</li>
<li>Kiianitsa, K., Maizels, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+and+sensitive+assay+for+DNA-protein+covalent+complexes+in+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">A rapid and sensitive assay for DNA-protein covalent complexes in living cells.</a> Nucleic Acids Research. 41 (9), e104(2013).</li>
<li>Cowell, I. G., Tilby, M. J., Austin, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+overview+of+the+visualisation+and+quantitation+of+low+and+high+MW+DNA+adducts+using+the+trapped+in+agarose+DNA+immunostaining+%28TARDIS%29+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Mutagenesis%22%5BJournal%5D)">An overview of the visualisation and quantitation of low and high MW DNA adducts using the trapped in agarose DNA immunostaining (TARDIS) assay.</a> Mutagenesis. 26 (2), 253-260 (2011).</li>
<li>Leng, X., Duxin, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+DNA-protein+crosslinks+via+post-translational+modifications%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Molecular+Biosciences%22%5BJournal%5D)">Targeting DNA-protein crosslinks via post-translational modifications.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 9, 944775(2022).</li>
<li>Kuhbacher, U., Duxin, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+to+fix+DNA-protein+crosslinks%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Repair%22%5BJournal%5D)">How to fix DNA-protein crosslinks.</a> DNA Repair. 94, 102924(2020).</li>
<li>Stingele, J., Bellelli, R., Boulton, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+DNA-protein+crosslink+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Molecular+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of DNA-protein crosslink repair.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 18 (9), 563-573 (2017).</li>
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<li>Krastev, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ubiquitin-dependent+ATPase+p97+removes+cytotoxic+trapped+PARP1+from+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">The ubiquitin-dependent ATPase p97 removes cytotoxic trapped PARP1 from chromatin.</a> Nature Cell Biology. 24 (1), 62-73 (2022).</li>
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著者は競合する利益を宣言しません。

記載された方法は、哺乳動物細胞における酵素的および非酵素的DNA-タンパク質架橋の測定を可能にし、それらのユビキチン化、SUMO化、およびADPリボシル化を研究するための唯一の適切なアプローチである。ICEまたはRADARアッセイに続くスロットブロッティングにより、抗体を使用してTOP-DPCなどの特定の酵素DPCを迅速に検出できます。ただし、この方法では、分子量の異なるタンパク質を分離できないため、PTM結合DPCのサイズを決定することができないという注意点があります。記載された方法は、DNAを末端3'-リン酸を有するオリゴヌクレオチドに分解するミクロコッカスヌクレアーゼを有する架橋タンパク質を放出することによって問題を解決し、それによってSDS-PAGEによるタンパク質(オリゴヌクレオチドと結合体化)の完全な分離を可能にする。したがって、ユビキチン、SUMO、またはADP-リボースモノマーおよび異なるサイズのポリマーで修飾されたDPCは、これらのPTMを標的とする抗体によって視覚化および定量することができ、それらの形成および動態の詳細な調査が可能になります。再現性を確保し、統計的有意性を計算するには、実験の生物学的反復が必要です。
このアッセイの最も一般的な問題の1つは、エタノール沈殿後のDNA収率が低いことです。一方では、DNA収量は、より多くの出発物質(細胞)で増加させることができる。一方、細胞ライセートをエッペンドルフチューブではなく平板でエタノールとともにインキュベートすると、DNA分子の凝集が著しく改善され、沈殿が促進されます。薬物処理をしていないサンプルで観察された非特異的シグナルは、非共有結合タンパク質汚染を示している可能性があります。この場合、超音波処理の前に汚染物質を除去するために高塩緩衝液でDNAペレットを洗浄することを検討することができる。また、超音波処理とミクロコッカスヌクレアーゼ消化後にDNAサンプルをスピンダウンし、不溶性物を廃棄することもお勧めします。信号が弱いかまったくない場合は、いくつかの解決策を試すことができます。まず、SDS-PAGEおよびイムノブロッティングのためのDNAの負荷量を増やすことができます。SUMO化およびユビキチン化DPC種を検出可能にするには、少なくとも4 μgのDNAをゲルにロードすることをお勧めします。第二に、薬物濃度を上げて、より高いレベルのDPCとそれに関連するPTMを誘導することができます。 第三に、バンド/塗抹標本が弱いと思われる場合は、一次抗体でブロットを別の日にインキュベートすることをお勧めします。2日間のインキュベーションは、シグナルを有意に増強することができ、したがって、独立した実験からの生物学的変動性を減少させる23。再染色のためのメンブレンストリッピングは、必然的に、すでに存在量が少ないPTM結合DPC種の一定量の損失をもたらします。したがって、1つのブロットを再プローブするのではなく、ユビキチンとSUMOの検出のために別々のゲルを実行することを強くお勧めします。さらに、DNAペレットを75%エタノールで洗浄して、H2Oまたはその他の溶媒に溶解する前に残りのDNAzol含有グアニジン塩を除去する必要があります。
記載された方法のワークフローは、ゲノムDNAを単離するために時間のかかる塩化セシウム超遠心分離の代わりに高速エタノール沈殿に依存するため、面倒なICEアッセイと比較してはるかに時間効率が高い。代償として、エタノールベースの精製は、免疫検出のために通常無視できる少量のタンパク質汚染物質をもたらします。しかし、質量分析ベースのプロテオーム解析や次世代シーケンシングなど、精度と精度を必要とする分析研究に関しては、塩化セシウム密度勾配遠心分離は、純粋で高存在量のDNAを単離するためのより信頼性の高いアプローチです。この方法は、架橋タンパク質上の修飾部位のプロファイリングや、適切な質量分析ベースの方法を用いたポリユビキチル化およびポリSUMOイル化の結合タイプの決定にも適用できる可能性があります。
注目すべきことに、このアッセイは、DPC修復のためのPTMを調節する因子の同定および特性評価を可能にする。例えば、偏りのないハイスループットスクリーニング法(RNA干渉およびCRISPR)は、ユビキチンE3リガーゼ、SUMO E3リガーゼ、およびDPC誘導物質の細胞毒性を軽減するそれらに関連する補因子を発見するための強力なツールです。記載された方法は、それらがDPCを修復することによって細胞がDPC誘導物質を生き残るのを助けるかどうかを決定することによってこれらのタンパク質の分子検証を可能にする。 例えば、仮想スクリーニングによって同定されたこれらのタンパク質を標的とする新規な低分子阻害剤も、このプロトコルを用いてバリデーションすることができる。トポイソメラーゼ阻害剤が最も処方されている化学療法薬の一つであることを考えると、この堅牢なアッセイは、臨床トポイソメラーゼ阻害剤と相乗効果を発揮する薬剤を開発するためのツールとして開発することができます。

ゲノムDNAの損傷は、自然崩壊、内部損傷、および環境要因によって発生します1。結果として生じるDNA病変は、損傷した塩基、ミスマッチ、一本鎖および二本鎖の切断、鎖間および鎖内架橋、およびDNA-タンパク質架橋(DPC)で構成されます。DPCは、クロマチン結合タンパク質が共有結合によってDNA上にトラップされると形成されます。DPCは、内因性DNA病変および反応性代謝物、ならびに化学療法薬および二官能性架橋剤などの外因性薬剤によって誘導される。特定の状況下では、酵素機能障害もDPCの形成につながる可能性があります2。DPC誘導物質の大きな違いは、共有結合タンパク質の同一性、DPCが形成される染色体領域、タンパク質に架橋されたDNAの構造タイプ、およびタンパク質とDNA間の共有結合の化学的性質に違いをもたらします2,3,4。
DPCは、その化学的性質に基づいて、一般に酵素DPCと非酵素DPCの2つのグループに分類されます。 トポイソメラーゼ、グリコシラーゼ、メチル/アシルトランスフェラーゼなどの特定の酵素は、通常の触媒反応中に可逆的な酵素-DNA共有結合中間体を形成することによって作用します。これらは短寿命の酵素-DNA中間体であり、内因性または外因性の薬剤、特に化学療法薬によってトラップされると、長寿命の酵素DPCに変換できます3。トポイソメラーゼDPCは、真核細胞において最も頻繁に使用される酵素DPCの一つであり、臨床的に有用なトポイソメラーゼ阻害剤(トポイソメラーゼI [TOP1]の場合はトポテカンおよびイリノテカン、トポイソメラーゼII [TOP2]の場合はエトポシドおよびドキソルビシン)によって生成することができ、これらの阻害剤の主要な治療メカニズムです5,6.DNAメチルトランスフェラーゼ(DNMT)1、3A、および3Bは、5-アザ-2'-デオキシシチジン(デシタビンとしても知られている)の標的であり、薬物7への曝露時にDPCを形成します。反応性薬剤は、紫外線および電離放射線と同様に、タンパク質をDNAに非特異的に架橋することによって非酵素的DPCを誘導する。アセトアルデヒドやホルムアルデヒド(FA)などの反応性アルデヒドは、細胞代謝の副産物として生成されることが多く、その中でFAはメタノール代謝、脂質過酸化、ヒストン脱メチル化の際にマイクロモル濃度で生成されます。また、FAは世界中で製造されている大量生産の化学物質であり、多くの人々が環境的および職業的にさらされています8,9。
酵素的および非酵素的DPCはどちらも、そのかさばるタンパク質成分が複製および転写を含むほぼすべてのクロマチンベースのプロセスを効率的に妨げ、修復せずに放置すると細胞周期の停止およびアポトーシスを引き起こすため、細胞に対して非常に毒性があります。過去20年間、DPCの修復は精力的に研究されており、DPCを直接修復するか、修復プロセスを調節する重要な要因として、いくつかのタンパク質/経路が特定されています。例えば、DPCのタンパク質バルクのタンパク質分解がDPC修復の重要なステップであり、タンパク質分解がプロテアーゼSPRTN 10、11、12、13、14、FAM111A15、GCNA16、17、または26Sプロテアソーム複合体18、19、20、21、22によって触媒され得ることは十分に確立されている,23,24,25,26,27は、細胞型または細胞状況依存的に。これらのプロテアーゼの同定および特性評価は、酵素(ICE)アッセイ28,29およびDNA付加体回収への迅速なアプローチ(RADAR)アッセイ30,31のin vivo複合体に大きく依存しており、どちらも遊離細胞タンパク質からDNA分子およびその共有結合タンパク質を単離し、架橋タンパク質を標的とする抗体を用いたスロットブロットによるDPCの検出を可能にする。また、トラップインアガロースDNA免疫染色(TARDIS)アッセイは、単一細胞レベルでDPCを検出および定量する手段として使用されました32。現在、ICEアッセイは非常に時間がかかる塩化セシウム勾配超遠心分離を使用した核酸の精製に依存しているのに対し、レーダーアッセイはエタノールを使用して核酸をはるかに短い期間で沈殿させるため、研究者はICEアッセイよりもレーダーアッセイを選択してDPCを測定しています。
近年、DPC標的プロテアーゼのシグナル伝達と動員に複数の翻訳後修飾(PTM)が関与しているという証拠が増えています3,33,34,35。例えば、TOP1-DPCとTOP2-DPCの両方が、DNA複製と転写とは無関係に、低分子ユビキチン様修飾因子(SUMO)-2/3によって結合し、次にSUMO-1によってSUMO-3リガーゼPIAS4によって結合することがわかりました。逐次SUMO修飾はユビキチンの標的であると考えられ、ユビキチンはSUMO化TOP-DPCに沈着し、RNF4と呼ばれるSUMO標的ユビキチンリガーゼによってリジン48残基を介してポリマー鎖を形成します。続いて、ユビキチンポリマーは、26Sプロテアソームへのシグナルを惹起し、TOP-DPCs23,36に動員する。同じSUMOユビキチン経路が最近、DNMT1-DPCおよびPARP-DNA複合体に作用して修復することが示されました37,38。さらに、ユビキチンE3リガーゼTRAIPによるSUMO非依存性ユビキチン化は、複製共役様式でプロテアソーム分解のためにDPCをプライムすることが報告されています39。TOP-DPCのプロテアソーム分解と同様に、複製共役メタロプロテアーゼSPRTNによる酵素的および非酵素的DPCのタンパク質分解も、SPRTN40,41を係合させるメカニズムとしてDPC基質のユビキチン化を必要とします。SUMO化とユビキチン化の役割を説明するには、これらのPTMでマークされたDPCを検出する必要があります。オリジナルのICEアッセイとRADARアッセイは、未消化のDNAサンプルを測定するためにスロットブロット/ドットブロット装置に依存しているため、これら2つのアッセイはどちらも、分子量の異なるPTM結合DPC種を分解して視覚化することはできません。この問題を克服するために、エタノール沈殿による精製とミクロコッカスヌクレアーゼ、DNAおよびRNAエンドエキソヌクレアーゼによるサンプル正規化によってDNAサンプルを消化し、架橋タンパク質を遊離させ、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)でタンパク質とその共有結合性PTMを分離することができました。電気泳動により、PTMを標的とする特異的抗体を用いてPTM結合DPCを検出および定量することができました。当初、この改良されたメソッドをDUSTアッセイと名付け、ユビキチル化およびSUMO化TOP-DPCの検出における堅牢性を強調しました23。その後、ポリADP-リボースポリマー20に対する抗体を用いて、インビボでTOP1-DPCのADPリボシル化を定量的に評価するためにアッセイの使用を拡大しました。
ここでは、ユビキチル化、SUMO化、およびADPリボシル化DPCを検出および測定するアッセイの詳細なプロトコルを示し、阻害剤によって誘導される修飾TOP-DPCおよびFAによって誘導される非特異的/非酵素的DPC用に最適化されています。このアッセイでは、カオトロピック剤で細胞を溶解し、エタノールでDNAを沈殿させ、架橋タンパク質とその修飾因子をミクロコッカスヌクレアーゼで放出することにより、PTM結合DPCを単離します。それ以外のDNA結合タンパク質とそのPTMは、特異的抗体を用いたイムノブロッティングによって定量されます。このアッセイは、細胞が酵素的および非酵素的DPCの両方を修復する分子メカニズムを解明するための新しい道を開きます。 具体的には、TOP-DPCの分解と修復の制御に重要なPTMの誘導と動態の詳細な研究を可能にし、PTMを決定するE3リガーゼなどの新規因子の発見を可能にします。 これらの因子を標的とする阻害剤と同様に。TOP-DPC修復に関与するPTMの一部は、プラチナベースの薬物などの他の化学療法薬によって誘導されるDPCの修復に関与している可能性が高いため22、このアッセイは、新薬の発見への応用や、治療計画を導くために患者細胞内のトポイソメラーゼ阻害剤またはプラチナベースの抗腫瘍薬との併用療法の合理的な最適化にも応用できる可能性があります。

<table><tbody><tr><td>10x リン酸緩衝生理食塩水(PBS)</td><td>Thermo Fisher</td><td>70011069</td><td></td></tr><tr><td>4&ndash;20% プレキャストポリアクリルアミドゲル</td><td>Bio-Rad</td><td>4561096</td><td></td></tr><tr><td>4x Laemmli サンプルバッファー</td><td>Bio-Rad</td><td>1610747</td><td></td></tr><tr><td>AcquaStain (coomassie blue)</td><td>Bulldog Bio</td><td>AS001000</td><td></td></tr><tr><td>anti-dsDNA (mouse monoclonal)</td><td>Abcam</td><td>27156</td><td>1:5,000 dilution is recommended</td></tr><tr><td>anti-PAR (mouse monoclonal)</td><td>R&Dシステム</td><td>4335-MC-100</td><td>1:500希釈が推奨されます</td></tr><tr><td>抗SUMO-1(ウサギモノクローナル)</td><td>細胞シグナル伝達技術</td><td>4940</td><td>1:250希釈が推奨されます</td></tr><tr><td>抗SUMO-2 / 3(ウサギモノクローナル)</td><td>細胞シグナル伝達技術</td><td>4971</td><td>1:250希釈が推奨されます</td></tr><tr><td>抗TOP1(マウスモノクローナル)</td><td>BDバイオサイエンス</td><td>556597</td><td>1:500希釈をお勧めします</td></tr><tr><td>抗TOP2&α;(マウスモノクローナル)</td><td>サンタクルス</td><td>バイオテクノロジーSC-365799</td><td>1:250希釈は</td></tr><tr><td>抗TOP2&betaをお勧めします。(マウスモノクローナル)</td><td>サンタクルス</td><td>バイオテクノロジーSC-25330</td><td>1:250希釈が推奨されます</td></tr><tr><td>抗ユビキチン(マウスモノクローナル)</td><td>サンタクルーズ</td><td>バイオテクノロジーSC-8017</td><td>1:100希釈が推奨されます</td></tr><tr><td>塩化カルシウム</td><td>シグマ-アルドリッチ</td><td>499609</td><td>マイクロコッカスヌクレアーゼ消化に使用されます</td></tr><tr><td>カンプトテシン</td><td>シグマ-アルドリッチ</td><td>PHL89593</td><td></td></tr><tr><td>ChemiDo MPイメージングシステム</td><td>バイオ・ラッド</td><td>12003154</td><td></td></tr><tr><td>リン酸二ナトリウム</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>5438380100</td><td>リン酸ナトリウムバッファー</td></tr><tr><td>DNAzol</td><td>Thermo Fisher</td><td>10503027</td><td></td></tr><tr><td>DTT (ジチオスレイトール)</td> <td>Thermo Fisher</td><td>R0861</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco's modified eagle's medium</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>11965084</td><td></td></tr><tr><td>エチルアルコール、200プルーフ</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td></td></tr><tr><td>エトポシド</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>1268808</td><td></td></tr><tr><td>ホルムアルデヒド</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>47608</td><td></td></tr><tr><td>Graphpad Prism Software</td><td>GraphStats</td><td>Prism 9.0.0</td><td></td></tr><tr><td>HRPリンクマウス IgG</td><td>Cytiva</td><td>NA931</td><td>1:5,000希釈を推奨</td></tr><tr><td>HRPリンクウサギIgG</td><td>Cytiva</td><td>NA934</td><td>1: 5,000 希釈を推奨</td></tr><tr><td>ImageJ Software</td><td>NIH, USA</td><td>ImageJ 1.53e</td><td></td></tr><tr><td>L-Glutamine</td><td>Fisher Scientific</td><td>25030081</td><td></td></tr><tr><td>最高感度 ECL 基質</td><td>Thermo Fisher</td><td>34095</td><td></td></tr><tr><td>Micrococcal nuclease</td><td>New England BioLabs</td><td>M0247S</td><td></td></tr><tr><td>Monosodium phosphate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S3139</td><td>リン酸ナトリウム緩衝液の製造に使用</td></tr><tr><td>NanoDrop 2000 分光光度計</td><td>Thermo Scientific</td><td>ND-2000</td><td></td></tr><tr><td>N-エチルマレイミド</td><td>Thermo Fisher</td><td>23030</td><td>DeSUMOylation/deubiquitylation inhibitor</td></tr><tr><td>Nitrocellulose membrane, 0.45 & micro;m</td><td>バイオ・ラッド</td><td>1620115</td><td></td></tr><tr><td>脱脂粉乳</td><td>バイオ・ラッド</td><td>1706404XTU</td><td></td></tr><tr><td></td><td>PDD00017273 Selleckchem</td><td>S8862</td><td>ポリ(ADP-リボース)グリコヒドロラーゼ阻害剤</td></tr><tr><td>ペニシリン-ストレプトマイシン</td><td>サーモフィッシャー</td><td>15140122</td><td></td></tr><tr><td>プロテアーゼ阻害剤 カクテル</td><td>サーモフィッシャー</td><td>78430</td><td></td></tr><tr><td>Q700 ソニケーター</td><td>Qsonica</td><td>Q700-110</td><td></td></tr><tr><td>Ready-to-assemble PVDF transfer kit</td><td>Bio-Rad</td><td>1704274</td><td></td></tr><tr><td>Slot-blot apparatus</td><td>Bio-Rad</td><td>1706542</td><td></td></tr><tr><td>Slot-blot filter paper</td><td>Bio-Rad</td><td>1620161</td><td></td></tr><tr><td>Trans-Blot turbo transfer system</td><td>Bio-Rad</td><td>1704150</td><td></td></tr><tr><td>Tris/Glycine/SDS electrophoresis buffer</td><td>Bio-Rad</td><td></td><td></td>1610732</tr><tr><td>Tween-20</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P3179</td><td></td></tr><tr><td>縦型電気泳動セル</td><td>Bio-Rad</td><td>1658004</td><td></td></tr></tbody></table>

dna-タンパク質架橋とその翻訳後修飾の定量的検出

Quantitative Detection of DNA-Protein Crosslinks and Their Post-Translational Modifications

DNA-タンパク質架橋(DPC)は、内因性DNA損傷、酵素(トポイソメラーゼ、メチルトランスフェラーゼなど)の機能不全、または化学療法薬や架橋剤などの外因性薬剤から生じる、頻繁で遍在する有害なDNA病変です。DPCが誘導されると、いくつかのタイプの翻訳後修飾(PTM)が早期応答メカニズムとして迅速にそれらに結合されます。DPCは、ユビキチン、小型ユビキチン様修飾因子(SUMO)、およびポリ-ADP-リボースによって修飾され、基質にプライミングしてそれぞれの指定された修復酵素にシグナルを送り、場合によっては修復を順次調整することが示されています。PTMは急速に発生し、可逆性が高いため、通常は低レベルにとどまるPTM結合DPCを分離して検出することは困難でした。ここでは、ユビキチル化、SUMO化、およびADPリボシル化DPC(薬物誘導性トポイソメラーゼDPCおよびアルデヒド誘発性非特異的DPC) をin vivoで精製および定量的に検出するためのイムノアッセイを紹介します。このアッセイは、エタノール沈殿によるDPCを含むゲノムDNAの単離に使用されるRADAR(DNA付加体回収への迅速なアプローチ)アッセイに由来します。標準化およびヌクレアーゼ消化に続いて、ユビキチル化、SUMOイル化、およびADP-リボシル化を含むDPCのPTMは、対応する抗体を用いたイムノブロッティングによって検出されます。この堅牢なアッセイは、酵素的および非酵素的DPCを修復する新しい分子メカニズムの同定と特性評価に利用でき、DPCを修復するためにPTMを調節する特定の因子を標的とする低分子阻害剤を発見する可能性があります。

図1に示す代表的な結果は、薬物誘発性TOP1-DPCの形成と動態、およびそれらのSUMO化とユビキチン化を示しています。TOP1はDNA二本鎖の1本鎖を切断し、TOP1切断複合体(TOP1cc)と呼ばれる酵素-DNA共有結合中間体を形成した。TOP1阻害剤であるカンプトテシン(CPT)の治療は、TOP1ccに結合して安定化し、長寿命のTOP1-DPCの形成につながります。TOP1-DPCは、CPTへの曝露後20分で誘導され、ピークに達することが観察されました。 同時に、TOP1-DPCはSUMO-2/3によって修飾され、これもCPT処理の20分後にピークに達しました。SUMO-2とSUMO-3は95%の配列同一性を共有するため、抗体は互いに区別しません。60分後、TOP1-DPCとそのSUMO-2/3修飾は減少し、SUMO-1修飾とユビキタス化の頂点を伴いました。60分間の薬物治療後、TOP1-DPC SUMO-1修飾およびユビキチン化のレベルは低下し始めた。哺乳類では、TOP2アイソザイムαおよびβは、DNA二本鎖切断を導入することによって、ならびに一過性で可逆的な酵素-DNA共有結合複合体(TOP2cc)の形成を介して作用する。エトポシド(ETOP)などのTOP2阻害剤は、TOP2ccをTOP2-DPCに変換し、それらのSUMO化およびユビキチル化を誘導します。TOP1-DPCとそのPTMの速度論と同様に、TOP2αおよびβ-DPCとそのSUMO-2/3修飾は20分でピークに達し、その後減少し始めました。一方、SUMO-1とユビキチンの修飾は60分でピークに達しました(図2)。TOP-DPCのクリアランスはプロテアソーム分解に起因することが実証されており、TOP-DPCのSUMO化とユビキチン化のクリアランスは、それぞれ逆転酵素による脱SUMO化と脱ユビキチン化によるリサイクルによる可能性が高い。図3の実験では、FA誘導性の非酵素的DPCとそのPTMを調べました。DPCとそのSUMO-2/3、SUMO-1、およびユビキチン化は、FA用量依存的に形成および蓄積されることが観察されました。最後に、同じ方法を用いて抗PAR抗体でTOP1-DPCのPAR化を定量的に検出しました(図4)。TOP1-DPCのPAR化は、PARG阻害剤を細胞に添加しない限り検出できず、PAR化が迅速に発生し、非常に動的であることが示唆されました。以前の発見と一致して、PARGiによる脱PAR化の阻害は、おそらくタンパク質分解分解をブロックすることによって、TOP1-DPCを蓄積するように見えました。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65315/65315fig1v2.jpg"> 図1:HEK293細胞におけるCPT処理時のTOP1-DPCの形成と動態、およびそれらのSUMO化とユビキチン化の定量的解析 。 (A)HEK293細胞を20 μM CPTで所定の期間処理した。細胞ライセートを回収し、指示された抗体を用いて改変レーダーアッセイおよびウェスタンブロッティングに供した。未消化DNAサンプルは、ローディングコントロールとして抗dsDNA抗体を用いたスロットブロッティングを行った。(B)バンド強度はImageJソフトウェアで定量化し、Prismソフトウェアでプロットしました。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65315/65315fig1v2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65315/65315fig2v2.jpg"> 図2:HEK293細胞におけるETOP処理におけるTOP2-DPCの形成と動態、およびそれらのSUMO化とユビキチン化の定量的解析 。 (A)HEK293細胞を200 μM ETOPで指示された期間処理した。細胞ライセートを回収し、指示された抗体を用いて改変レーダーアッセイおよびウェスタンブロッティングに供した。未消化DNAサンプルは、ローディングコントロールとして抗dsDNA抗体を用いたスロットブロッティングを行った。(B)バンド強度はImageJソフトウェアで定量化し、Prismソフトウェアでプロットしました。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65315/65315fig2v2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65315/65315fig3v2.jpg"> 図3:HEK293細胞における非酵素的DPCとそのFA処理によるSUMO化およびユビキチン化の定量的解析 。 (a)HEK293細胞を指示濃度のFAで2時間処理した。細胞ライセートを回収し、指示された抗体を用いて改変レーダーアッセイおよびウェスタンブロッティングに供した。未消化DNAサンプルは、ローディングコントロールとして抗dsDNA抗体を用いたスロットブロッティングを行った。(B)バンド強度はImageJソフトウェアで定量化し、Prismソフトウェアでプロットしました。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65315/65315fig3v2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65315/65315fig4v2.jpg"> 図4:HEK293細胞におけるCPT処理時のTOP1-DPCとそのPAR化の定量分析 。 (A)HEK293細胞を10 μM PARGiで1時間前処理した後、CPTと一定期間同時処理しました。細胞ライセートを回収し、指示された抗体を用いて改変レーダーアッセイおよびウェスタンブロッティングに供した。未消化DNAサンプルは、ローディングコントロールとして抗dsDNA抗体を用いたスロットブロッティングを行った。(B)バンド強度はImageJソフトウェアで定量化し、Prismソフトウェアでプロットしました。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65315/65315fig4v2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>

本プロトコルは、トポイソメラーゼ阻害剤およびホルムアルデヒドによって誘導されるユビキチン化、SUMO化、およびADPリボシル化を含む、DNA-タンパク質架橋(DPC)およびそれらの翻訳後修飾(PTM)を検出および定量するための改変方法を強調し、それによってDPCおよびそのPTMの形成および修復の研究を可能にする。

DNA-タンパク質架橋とその翻訳後修飾の定量的検出

DNA-protein crosslinks (DPCs) are frequent, ubiquitous, and deleterious DNA lesions, which arise from endogenous DNA damage, enzyme (topoisomerases, ...

さて、私の研究はDNA損傷修復に焦点を当てています。特に、トポイソメラーゼ阻害剤、PARP阻害剤、およびアルデヒドによって誘導されるDNA損傷の修復。私は、細胞がこれらの薬剤によって誘導されるDNAタンパク質架橋を修復する分子メカニズムを説明しようとしています。DNAタンパク質架橋の修復における最近の進歩には、DNAタンパク質架橋の新しい修復経路の同定と、これらの修復経路を制御する移植後修飾メカニズムが含まれます。酵素アッセイのin vivo複合体およびDNA付加体回収アッセイへの迅速なアプローチは、DNAタンパク質架橋を測定するために最もよく使用される方法であり、トポイソメラーゼ1つのDNAタンパク質架橋などの特定のDNAタンパク質架橋は、特異的抗体を用いた免疫蛍光によって検出することができる。最大の課題の1つは、DNAタンパク質架橋の修復における翻訳後修飾の役割の研究です。翻訳後修飾因子結合DNAタンパク質クロスリンクの存在量が非常に少ないため、濃縮および検出は非常に困難でした。このプロトコルは、脱ユビキチル化、SUMO化、およびADPリボシル化DNAタンパク質架橋の検出の詳細を提供し、研究者がさまざまなソースからのDNAタンパク質架橋の修復におけるこれらの修飾の速度論と形成を研究することを可能にします。DNAタンパク質架橋の検出のための他のプロトコルには、それらの翻訳後修飾の検出を記述するステップは含まれていません。このプロトコルは、修飾を誘発するための薬物濃度および期間、修飾を分離および検出する方法、ならびに修飾を安定化する方法などの詳細を提供する。そのため、DNAタンパク質架橋の修復において、移植後のいくつかの修飾が確認されています。彼らがどのように修理を調整するかはほとんど不明のままです。したがって、結果として、これらの変更間の相互作用はさらなる調査を必要とします。

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ヌクレオソームELISA（NU - ELISA）は、ネイティブ、無傷のヌクレオソームの調製品で、翻訳後修飾のグローバルなパターンを検出する高感度かつ定量的な方法です。これらの変更は、メチル化、アセチル化、および特定のヒストンのアミノ酸残基でリン酸化が含まれており、それ故にNU -...

ELISAによるネイティブ無傷ヌクレオソーム上の翻訳後修飾の検出

この記事では、目的のタンパク質と大腸菌の他の因子との間の相互作用を監視するために、パルスチェイス無線標識と部位特異的なフォトクロスリンクを組み合わせて使用する方法を示します。従来の化学的架橋法とは異なり、このアプローチは、生細胞内の秩序あるアセンブリ経路の高解像度の「スナップショット」を生成します。...

部位特異的架橋法を用いた分泌細菌病原性因子の集合体のモニタリング

ここでは、 in situ Proximity Ligation Assay（PLA）を使用して、遺伝毒性ストレスに曝された懸濁細胞培養におけるATMとp53との間の直接タンパク質 - タンパク質相互作用の検出および可視化を実証する。...

近接ライゲーションアッセイを用いた懸濁細胞培養におけるDNA損傷誘発タンパク質複合体の検出と可視化

タンパク質複合体の建築はその機能は欠かせません。様々...

化学架橋と複合体タンパク質複合体の建築を学びそのまま蛋白質の複合体の質量分析法を組み合わせた

このプロトコルの目的は、プラスミド DNA を定義された dna-タンパク質クロスリンクの修理を定量化します。破壊のプラスミドは受信者哺乳類セルラインと複数時間ポイント後トランスフェクションで収穫される低分子の重量に導入しました。DNA 修復速度は qPCR...

シンプル、迅速、かつ定量的アッセイのプラスミド dna-タンパク質クロスリンクのメジャー修理に哺乳類細胞にトランスフェクション

ジスルフィド結合は長い間多くのタンパク質の構造を安定化させることが知られている。これらのリンケージによって安定化された多量体複合体を分析する簡単な方法は、非還元 SDS − PAGE 分析を介して行う。ここで、この方法は、ヒト骨骨肉腫細胞株 dUTPase OS...

非還元 SDS − PAGE 分析と化学的架橋を組み合わせて、培養中の哺乳動物細胞におけるジスルフィド結合によって安定化された多量体複合体を検出する

このワークフローは、定量的なグローバルプロテオーム分析のために、複数のタンパク質翻訳後修飾(PTM)を同時に時間効率とコスト効率の高い濃縮のパフォーマンスを説明します。このプロトコルは、ペプチドレベルPTM濃縮を複数の結合抗体で利用し、続いてデータ非依存の獲得質量分析を行い、PTMクロストークに関する生物学的洞察を得る。...

定量化とサイトローカリゼーションのための2つの翻訳後修飾の同時アフィニティエンリッチメント

ここでは、架橋器の存在下でのグリセロール勾配遠心分離であるグラフィックス(勾配固定)の利用について、一過性にスプライセソーム複合体に結合するスプライシング因子間の相互作用を同定する。...

サッカロミセス・セレビシエ・スプライセソソーム・サブコンプレックスの過渡性インターアクター検出のためのグラフィックスの利用

液体クロマトグラフィー、トラップ型イオンモビリティー分光、飛行時間型質量分析(LC-TIMS-ToF...

液体クロマトグラフィー、トラップ型イオンモビリティー分光分析、飛行時間型質量分析を用いたヒストン修飾スクリーニング(英語)

ここでは、DNA損傷部位でのタンパク質相互作用を検出するためのシンプルで迅速なプロトコールを紹介します。...

DNA損傷部位におけるタンパク質の局在化のための近接リガンドアッセイ

学ぶDNA-タンパク質架橋と翻訳後修飾の定量検出法。トポイソメラーゼ阻害剤やホルムアルデヒド誘導DPCに対するユビキチン化やSUMO化の動態をウェスタンブロットで解析し、DNA損傷修復メカニズムの解明に貢献します。

DNA-タンパク質架橋とその翻訳後修飾の定量的検出

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