Name: 食道扁平上皮がんに対する大要の開発 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-04-12T12:50:00.000+00:00
Duration: 3 min 36 s
Description: 学ぶ GEO 2Rを用いた食道扁平上皮がんの差次的発現遺伝子解析手法。バイオインフォマティクスツールで網羅的データ解析を行い、がん分子機構の理解と新規診断・治療戦略の開発に貢献する。

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<meta charset="utf8"></head><body>食道がん研究におけるマイクロアレイデータ解析パイプライン

<table><tbody><tr><td>NCBI-PUBMED</td><td>NCBI</td><td></td> https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed <td>セクション 1 を参照。文献の検索に必要</td></tr><tr><td>インターネット設備と Web ブラウザを備えたラップトップ/Macbook またはパーソナル コンピューター。</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>g:Profiler</td><td>ELIXIR infrastructure</td><td>https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost</td><td>セクション 4.10 を参照。GO:MF、GO:BP、および GO:CC 遺伝子</td></tr><tr><td>発現オムニバス</td><td>NCBI</td> の濃縮に必要 <td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/</td> <td>セクション 3.1 を参照。マイクロアレイ研究データベース</td></tr><tr><td>GEO2R</td><td>NCBI</td> <td>の検索に必要https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/</td> <td>セクション3.2を参照。GEO2Rツールを使用したデータの分析に必要</td></tr><tr><td>Google</td><td></td><td>Google https://www.google.com</td><td>セクション1.1を参照。文献の検索に必要</td></tr><tr><td>HGNC</td><td>はヒトゲノム機構(HUGO)の委員会です</td> <td>https://www.genenames.org</td><td>DEGs&nbspの公式遺伝子記号を知るために必要なセクション6.1を参照します。</td></tr><tr><td>HPRD</td><td>バイオインフォマティクス研究所、バングルル</td><td>&nbsp;http://hprd.org</td><td>タンパク質の構造に関する情報に必要なセクション5.1を参照&nbsp;</td></tr><tr><td>OMIM&</td><td>nbsp;ジョンズ・ホプキンス大学ボルチモア校</td><td>http://www.omim.org/entry</td><td>特定の遺伝子のOMIM IDを知るために必要なセクション8.1を参照 / DEG</td></tr><tr><td>Pangloss プログラム</td><td>Chris Seidelによって開発</td><td>http://www.pangloss.com/seidel/Protocols/venn.cgi</td><td>セクション4.9を参照。ベン図の生成に必要</td></tr> 南<tr><td>カリフォルニア</td><td></td><td>大学のPANTHER Thomasラボhttp://www.pantherdb.org/geneListAnalysis.do</td><td>セクション 4.10 を参照します。GO:MF、GO:BP、および GO:CC</td></tr><tr><td>ShinyGO&nbsp</td> のエンリッチメントに必要。<td>サウスダコタ州立大学</td><td>http://bioinformatics.sdstate.edu/go</td><td>セクション4.10を参照。染色体上のDEGの割り当てに必要</td></tr></tbody></table>

食道扁平上皮がんに対する大要の開発

Development of Compendium for Esophageal Squamous Cell Carcinoma

一例として、GEOアクセッションGSE161533は、ESCCで差次的に探索された遺伝子を研究するために使用されました。解析の代表的な結果を 図3に示します。GEO2R は、実験対象の 2 つのグループ間で大きく異なるイベントを特定するのに役立つ火山プロットを生成します。ボルケーノプロットは、y軸に-log10 の変換された有意性(p値)、x軸にfold changes(log2 transformed fold change)を持つ遺伝子全体の分布を示しており(図3A)、差次的に発現する遺伝子を可視化するのに有用です。強調表示された遺伝子は、デフォルトの調整済みp値カットオフ値0.05(青=ダウンレギュレーション、赤=アップレギュレーション)で有意に異なる発現を示します。
平均差(MD)プロットは、対数2 の倍率 変化を表示します。平均<sub...

Esophageal cancer (EC) ranks as the 8th most aggressive malignancy, and its treatment remains challenging due to the lack of biomarkers facilitating early ...

development-of-compendium-for-esophageal-squamous-cell-carcinoma

Research

JoVE Journal

Cancer Research

がん研究

このプロトコルは、単一細胞消化の有無にかかわらず食道腺癌オルガノイドの継代培養および凍結保存の方法を記述し、研究者が実験計画に基づいて適切な戦略を選択できるようにする。...

食道腺癌オルガノイドの継代培養と凍結保存:単一細胞消化の長所と短所

このプロトコルでは、化学的発がんによって誘発される正常、腫瘍前、および扁平上皮がんの病変を表すマウスの口腔食道3Dオルガノイドを生成および特性評価するための重要なステップについて説明します。...

3Dオルガノイドによる口腔食道扁平上皮癌のモデリング

本プロトコルは、腫瘍進行のさまざまな段階を表す食道オルガノイドモデルの確立と組織学的分析について説明しています。この方法により、研究者は、正常組織からがん組織への移行中の細胞形態、空間構成、および分子マーカー発現パターンの変化を研究することができます。...

正常組織から癌組織への進行をモデル化する食道オルガノイドの樹立と組織学的解析

このプロトコルは、食道扁平上皮癌(ESCC)患者から、がん性オルガノイド、がん関連線維芽細胞(CAFs)、非腫瘍関連線維芽細胞(CF)を同時に分離する方法を説明しています。これらの患者に合わせた材料の採用は、患者間変動の問題を回避し、ESCC研究に適した実験プラットフォームを提供する可能性があります。...

同一食道がん患者からの腫瘍オルガノイド、がん関連線維芽細胞および対応する線維芽細胞の確立

卵巣癌の腹膜播種の多段階プロセスを明確にするために、現在の研究では、これらの腫瘍細胞と同所接種を介して元の腫瘍の開発と腹膜転移のマウス実験モデルを提示します。...

オリジナル腫瘍の開発のマウス実験モデルと腹膜転移<em&gt;経由で</em卵巣癌細胞で&gt;同所接種

神経周囲浸潤(PNI)は、頭頸部扁平上皮癌(HNSCC)の一般的な特徴であり、生存率を低下させます。そのメカニズムはよく理解されていません。半固体マトリックスに閉じ込められたマウスの後根神経節から生成された神経突起を利用して、HNSCC細胞株のPNIに関与する経路を調べることができます。...

頭頸部扁平上皮癌における神経周囲の浸潤のためのモデル

免疫適格マウスにおける腎細胞癌の同所性モデルの実装では、研究者、同じ動物における原発性腎腫瘍および肺転移の存在によって定義される臨床的に関連するシステムを提供します。このシステムは、前臨床in vivoでの様々なトリートメントをテストするために使用することができます。...

定量的および前臨床治療の縦評価のための転移性腎細胞癌の同系マウスモデル

多パラメータ蛍光免疫組織化学を用いて、腫瘍微小環境における免疫細胞集団の数、相対分布、および局在を評価することができる。この文献は、口腔咽頭癌におけるT細胞亜集団を分析するためのこの技術の使用を記載している。...

ホルマリン固定パラフィン包埋ヒト卵黄扁平上皮癌試料におけるT細胞亜集団の四色蛍光免疫組織化学

療法の評価を目指して私たち頭頸部扁平上皮癌細胞株に対する実験的治療レジメンの現在の規格をテストすることができる回転楕円体に基づく、三次元の in...

治療の頭頸部扁平上皮癌に対する回転楕円体に基づく 3 D 細胞培養モデルのテスト

効率的な decellularization による舌の細胞外マトリックス (TEM) の準備のためのメソッドを示しています。TEM は、静的または撹拌培養条件下で舌扁平上皮癌 (TSCC)...

舌の細胞外マトリックスと舌扁平上皮癌生体外の再構成の作製

学ぶ GEO 2Rを用いた食道扁平上皮がんの差次的発現遺伝子解析手法。バイオインフォマティクスツールで網羅的データ解析を行い、がん分子機構の理解と新規診断・治療戦略の開発に貢献する。

食道扁平上皮がんに対する大要の開発

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