Populus trichocarpaの樹皮の内生細菌および着生細菌マイクロバイオームの定量的評価のためのワークフロー

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2025年6月27日

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2025年6月27日

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Tianyu Ma^*¹^,² , Weixiong Wang^*¹^,² , Shuang Li^*¹^,³ , Dong Li¹^,² , Lishi Shen¹^,³ , Guanzheng Qu¹^,³ , Vincent L. Chiang¹^,⁴ , Qiang Zhang⁵ , Di Wu¹^,² , Ben Niu¹^,²

¹State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Northeast Forestry University, ²College of Life Science, Northeast Forestry University, ³College of Forestry, Northeast Forestry University, ⁴Forest Biotechnology Group, Department of Forestry and Environmental Resources, North Carolina State University, ⁵Institute of Economic Forest of Xinjiang Academy of Forestry Sciences

^* These authors contributed equally

このプロトコルは、 Populus trichocarpaの樹皮に存在する内生細菌および着生細菌のマイクロバイオームをプロファイリングするためのサンプル収集からデータ解析まで、信頼性と効率性に優れたワークフローを提供します。

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樹皮マイクロバイオーム

16S rRNAシーケンシング

アンプリコンライブラリ

アガロースゲル電気泳動

微生物多様性

Chapters in this video

0:00

Introduction

1:11

Sample Collection

1:39

Sample Processing

3:10

Pretreatment of the Sample for DNA Extraction

3:48

Genomic DNA Extraction

5:03

PCR Amplification

6:39

Mix the Amplified Products and Determine the Concentration

7:13

Build the Amplicon Library

7:31

Perform Gel Extraction

9:01

Confirm Purified Amplicon Library's Quality

9:25

Sequence Processing and Statistical Analysis

9:46

Representative Results

11:29

Conclusion

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