Name: 低分子化合物のタンパク質標的予測と検証 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-02-23T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 21 s
Description: 学ぶ分子ドッキングと細胞熱シフトアッセイを組み合わせた低分子化合物のタンパク質標的予測と検証法。時間とコストを削減し、再現性の高い実験プロトコルを提供します。

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この研究は、中国国家自然科学基金会(82004031)と四川省科学技術プログラム(2022NSFSC1303)の支援を受けました。成都中医薬大学漢方薬学革新研究所のJiayi Sun氏には、ウェスタンブロットの支援に心から感謝いたします。

ドッキングおよびCETSAによるキサンタチン-Keap1相互作用の検証

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<li>Chen, G., Seukep, A. J., Guo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+molecular+docking+for+the+research+and+discovery+of+potential+marine+drugs%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Drugs%22%5BJournal%5D)">Recent advances in molecular docking for the research and discovery of potential marine drugs.</a> Mar Drugs. 18 (11), 545(2020).</li>
<li>Li, T., Guo, R., Zong, Q., Ling, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+molecular+docking+in+elaborating+molecular+mechanisms+and+interactions+of+supramolecular+cyclodextrin%5BTitle%5D)+AND+%22Carbohydr+Polym%22%5BJournal%5D)">Application of molecular docking in elaborating molecular mechanisms and interactions of supramolecular cyclodextrin.</a> Carbohydr Polym. 276, 118644(2022).</li>
<li>Martinez Molina, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monitoring+drug+target+engagement+in+cells+and+tissues+using+the+cellular+thermal+shift+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Monitoring drug target engagement in cells and tissues using the cellular thermal shift assay.</a> Science. 341 (6141), 84-87 (2013).</li>
<li>Tu, Y., Tan, L., Tao, H., Li, Y., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CETSA+and+thermal+proteome+profiling+strategies+for+target+identification+and+drug+discovery+of+natural+products%5BTitle%5D)+AND+%22Phytomedicine%22%5BJournal%5D)">CETSA and thermal proteome profiling strategies for target identification and drug discovery of natural products.</a> Phytomedicine. 116, 154862(2023).</li>
<li>Dai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Horizontal+cell+biology%3A+Monitoring+global+changes+of+protein+interaction+states+with+the+proteome-wide+cellular+thermal+shift+assay+%28CETSA%29%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">Horizontal cell biology: Monitoring global changes of protein interaction states with the proteome-wide cellular thermal shift assay (CETSA).</a> Annu Rev Biochem. 88, 383-408 (2019).</li>
<li>Lade, D. M., Nicoletti, R., Mersch, J., Agazie, Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+synthesis+of+improved+active-site+SHP2+inhibitors+with+anti-breast+cancer+cell+effects%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Design and synthesis of improved active-site SHP2 inhibitors with anti-breast cancer cell effects.</a> Eur J Med Chem. 247, 115017(2023).</li>
<li>Jiang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+chemical-structure+TPOR+agonist%2C+TMEA%2C+promotes+megakaryocytes+differentiation+and+thrombopoiesis+via+mTOR+and+ERK+signalings%5BTitle%5D)+AND+%22Phytomedicine%22%5BJournal%5D)">Novel chemical-structure TPOR agonist, TMEA, promotes megakaryocytes differentiation and thrombopoiesis via mTOR and ERK signalings.</a> Phytomedicine. 110, 154637(2023).</li>
<li>Mateus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Thermal+proteome+profiling+for+interrogating+protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Thermal proteome profiling for interrogating protein interactions.</a> Mol Syst Biol. 16 (3), 9232(2020).</li>
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<li>Liu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Xanthatin+inhibits+STAT3+and+NF-%CE%BAB+signalling+by+covalently+binding+to+JAK+and+IKK+kinases%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Xanthatin inhibits STAT3 and NF-κB signalling by covalently binding to JAK and IKK kinases.</a> J Cell Mol Med. 23 (6), 4301-4312 (2019).</li>
<li>Liu, Y., Chen, W., Zheng, F., Yu, H., Wei, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Xanthatin+alleviates+LPS-Induced+inflammatory+response+in+RAW264.7+macrophages+by+Inhibiting+NF-%CE%BAB%2C+MAPK+and+STATs+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Xanthatin alleviates LPS-Induced inflammatory response in RAW264.7 macrophages by Inhibiting NF-κB, MAPK and STATs activation.</a> Molecules. 27 (14), 4603(2022).</li>
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<li>Chakraborty, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SARS-CoV-2+protein+drug+targets+landscape%3A+A+potential+pharmacological+insight+view+for+the+new+drug+development%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Rev+Clin+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">SARS-CoV-2 protein drug targets landscape: A potential pharmacological insight view for the new drug development.</a> Expert Rev Clin Pharmacol. 14 (2), 225-238 (2021).</li>
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<li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+effective+identification+of+drug+targets+at+the+proteome+level+by+pH-dependent+protein+precipitation%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Sci%22%5BJournal%5D)">Highly effective identification of drug targets at the proteome level by pH-dependent protein precipitation.</a> Chem Sci. 13 (42), 12403-12418 (2022).</li>
<li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simplified+thermal+proteome+profiling+approach+to+screen+protein+targets+of+a+ligand%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">A simplified thermal proteome profiling approach to screen protein targets of a ligand.</a> Proteomics. 20, 1900372(2020).</li>
<li>Hou, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salidroside+intensifies+mitochondrial+function+of+CoCl2-damaged+HT22+cells+by+stimulating+PI3K-AKT-MAPK+signaling+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Phytomedicine%22%5BJournal%5D)">Salidroside intensifies mitochondrial function of CoCl2-damaged HT22 cells by stimulating PI3K-AKT-MAPK signaling pathway.</a> Phytomedicine. 109, 154568(2022).</li>
<li>Wang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salidroside%2C+a+phenyl+ethanol+glycoside+from+Rhodiolacrenulata%2C+orchestrates+hypoxic+mitochondrial+dynamics+homeostasis+by+stimulating+Sirt1%2Fp53%2FDrp1+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22J+Ethnopharmacol%22%5BJournal%5D)">Salidroside, a phenyl ethanol glycoside from Rhodiolacrenulata, orchestrates hypoxic mitochondrial dynamics homeostasis by stimulating Sirt1/p53/Drp1 signaling.</a> J Ethnopharmacol. 293, 115278(2022).</li>
</ol>

著者らは何も開示していない。

疾患標的の同定と医薬品の発見および開発は密接に関連しています27。特定の標的を正確に標的とすることにより、特定の疾患をより効果的に治療すると同時に、薬物に関連する副作用を最小限に抑えるための薬剤候補を開発することができます28,29。最も一般的に使用される標的はタンパク質標的である30。しかし、細胞内のタンパク質の多様性が広範囲にわたるため、特別なタンパク質標的の同定は大きな課題となる30,31。この論文では、分子ドッキングとCETSAを組み合わせて、タンパク質標的を特定して検証するアプローチを採用しました。その結果、キサンタチンとKeap1タンパク質の直接的な相互作用が明らかになりました。コンピュータ技術と生物学的実験の統合は、他の薬物およびタンパク質標的の調査にも採用され、薬物と標的との間の直接的な相互作用の存在を確認することができる。予測と検証を組み合わせたこのアプローチは、時間と経済コストの両方を効果的に削減します。さらに、実験装置や材料が入手しやすく、操作工程も複雑ではありません。最後に、CETSAサンプルは、ウェスタンブロット法による調製と試験が容易で、サンプルの再現性を保証します。
私たちの経験では、実験手順中に特別な注意を必要とするいくつかの重要な側面があります。まず、分子ドッキング前のタンパク質構造を選択する際には、X線分析で分解したタンパク質の結晶構造を選択することが不可欠です。第二に、細胞密度と凍結/融解時間はCETSA実験の重要な要素です。対数増殖期の細胞は、増殖状態が安定しており、実験結果への影響が最小限であるため、CETSA実験用に選択する必要があります。細胞の凍結と融解を繰り返す間は、液体窒素を使用して白色の固体になるまで凍結し、その後室温で直ちに解凍してから、その後の凍結サイクルでタイミングを適切に制御する必要があります。最後に、タンパク質の分解を防ぐために、CETSAサンプルを調製した後、ウェスタンブロット実験を速やかに完了する必要があります。
分子ドッキングとCETSAは、どちらも医薬品開発の分野で重要な役割を果たす確立された技術です。分子ドッキングは、化合物とその標的との間の分子レベルの相互作用を予測するのに役立ち、潜在的な結合モードに関する貴重な洞察を提供します10,11。対照的に、CETSAは、タンパク質の熱安定性に対する薬物の影響を評価することに焦点を当てており、薬物とタンパク質の相互作用を検証するためのツールとして機能します17。CETSAは検証のための比較的簡単な方法ですが、薬物-タンパク質複合体の熱シフトの研究にウェスタンブロットを使用するという低スループットの方法であり、これだけに頼るべきではありません。さらに、CETSAのステップは複雑であり、操作中のステップエラーは結果に大きな影響を与える可能性があります。さらに、CETSA法は、タンパク質標的への化合物の特異的結合部位および結合様式を決定することができず、結合が共有結合であるか非共有結合であるかを示すことができない17,18,23。熱シフトアッセイ以外にも、pH依存性タンパク質沈殿(pHDPP)などの他の種類のエネルギーアッセイも、リガンド-タンパク質相互作用の研究に使用することができます32。さらに、熱プロテオームプロファイリングは、リガンド-タンパク質相互作用を明らかにするためのエネルギーベースの方法であり、プロテオミクスとCETSA33を組み合わせることで、タンパク質-薬物相互作用のハイスループットで大規模な分析を可能にします。
さらに、局在表面プラズモン共鳴(LSPR)は、さらなる定性的および定量的分析を提供することができる34,35。薬物とその標的との相互作用の存在を判定するだけでなく、これらの分子間相互作用の親和性パラメータや速度論パラメータを測定し、より包括的な理解を提供します。
熱シフトアッセイを超えて、pH依存性タンパク質沈殿(pHDPP)は、リガンド-タンパク質相互作用の研究にも使用できます32。分子ドッキングは、低分子と生体分子の間の相互作用を予測するための物理力学ベースのシミュレーション手法です。この手法は、低分子の立体配座と配向を最適化し、低分子と生体分子との間に最良の相補性を生じさせることで、結合を実現することを目的としています。ターゲット予測は、人工知能技術を利用して、低分子と生体分子の間の結合部位を予測します。この2つのアプローチには、メソッドの適用と予測精度に大きな違いがあります。メソッドアプリケーション:分子ドッキングは、主に医薬品の設計と最適化に使用され、新しい創薬の理論的基礎を提供します。より高度な人工知能の助けを借りて、ターゲット予測は、創薬の効率を向上させるために、ハイスループットスクリーニングとリード化合物の迅速な発見にもっと頻繁に適用されます。予測精度:分子ドッキングは物理シミュレーションに基づいているため、予測精度は高くなりますが、計算コストも比較的高くなります。ターゲット予測は計算コストが低くなりますが、予測精度はトレーニング データの量とモデルの選択に依存します。

タンパク質は生体において非常に重要な高分子であり、膜組成、細胞骨格形成、酵素活性、輸送、細胞シグナル伝達、細胞内および細胞外メカニズムへの関与など、細胞内で多様な固有の機能を持っています1,2,3。タンパク質は、主に他のタンパク質、核酸、低分子配位子、金属イオンなど、さまざまな分子との特異的な相互作用を通じて生物学的機能を示します1,4。リガンドは、生物のタンパク質に特異的に結合する低分子化合物です。タンパク質とリガンドの間の相互作用は、結合部位と呼ばれるタンパク質の特定の部位で発生し、結合ポケット5としても知られています。医薬品化学の研究では、医薬品の標的となる疾患と明らかに関連している重要なタンパク質を特定することに焦点が当てられています6。したがって、タンパク質とリガンドの間の結合部位を深く理解することは、創薬、設計、および研究を促進する上で最も重要である7,8。
分子ドッキングは、タンパク質-リガンド結合を研究するために広く使用されている計算ツールであり、タンパク質とリガンドの三次元構造を使用して、安定した複合体を形成する際の主要な結合モードと親和性を調べます9,10,11。分子ドッキング技術の応用は1970年代に始まりました。ロックとキーのペアリング原理に基づき、分子ドッキングソフトウェアのアルゴリズムを利用して、ドッキング結果を解析することで、化合物と分子標的との相互作用を判定することができます。このアプローチにより、化合物と標的分子の両方の活性結合部位を予測できます。その結果、リガンド-受容体相互作用の最適な結合構造(ここでは結合モデルと呼ばれる)の同定が容易になり、これはこれらの分子結合のメカニズムを理解するために重要である12,13,14,15。分子ドッキングは、リガンドと受容体の相互作用の貴重なコンピューターベースの予測を提供しますが、これらは予備的な発見であることに注意することが重要です。したがって、これらの相互作用を確認するためには、さらなる実験的検証が不可欠です。
細胞熱シフトアッセイ(CETSA)は、2013年にPär Nordlundの研究チームによって最初に提案され、薬物と標的タンパク質の相互作用を検証するための方法として機能します。この技術は、薬物結合によって誘導される標的タンパク質の熱安定性を特異的に試験し、分子相互作用を確認するための実用的なアプローチを提供する16,17,18。このアプローチは、リガンド結合が標的タンパク質内の熱シフトを開始するという基本原理に基づいており、細胞溶解物、無傷の生細胞、および組織19,20を含む幅広い生物学的サンプルに適用できます。CETSAは、リガンド結合によるタンパク質の熱力学的安定化を検出し、観察された表現型応答を標的化合物に結び付けることにより、無傷の細胞における低分子の直接的な標的関与をサポートします21,22。CETSAから派生したさまざまな方法論の中で、ウェスタンブロット-CESA(WB-CETSA)は古典的なアプローチと見なされています。CETSA法を用いたサンプル前処理に続いて、ウェスタンブロット分析を利用して、標的タンパク質の熱安定性の変化を検出します。これにより、細胞系内の薬物-タンパク質相互作用の正確な決定が可能になります17,23。
キサンタチンは、植物から単離された生理活性化合物です キサンチウムL.は、鼻副鼻腔炎や関節炎などの病気を治療するために伝統的な漢方薬で使用されてきた抗炎症などの特性を持っています24,25。ケルチ様ECH関連タンパク質1(Keap1)は、Cullin3ベースのCullin-RING E3ユビキチンリガーゼマルチサブユニットタンパク質複合体の構成要素であり、細胞内酸化還元状態を調節することによって炎症反応の強度と持続時間に影響を与える細胞内酸化還元恒常性の重要な調節因子である26。本研究では、まず分子ドッキングを利用してキサンタチン(低分子)とKeap1タンパク質の相互作用を調べ、それらの結合様式を予測することを目指しました。その後、CETSA法を採用して、キサンタチンがKeap1タンパク質の熱安定性に与える影響を評価することにより、この相互作用を検証しました。

<table><tbody><tr><td>0.45 μ;m ポリフッ化ビニリデン膜</td><td>ミリポア</td><td>PR05509</td><td></td></tr><tr><td>無水エタノール</td><td>Chron 化学薬</td>品 <td>64-17-5</td><td></td></tr><tr><td>ウシ血清アルブミン</td><td>BioFroxx</td><td>4240GR100</td><td></td></tr><tr><td>広域スペクトル プロテアーゼ阻害剤混合物</td><td>Boster Biological Technology Co., Ltd</td><td>AR1193</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>Boster Biological Technology Co., Ltd</td><td>PYG0040</td><td></td></tr><tr><td>強化された化学発光試薬</td><td>Beyotime Biotechnology Co., Ltd</td><td>P0018S</td><td></td></tr><tr><td>GAPDH 抗体</td><td>ProteinTech Group Co., Ltd</td><td>10494-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>ゲルイメージング装置</td><td>E-BLOT</td><td>Touch Imager Pro</td><td></td></tr><tr><td>Gradient PCR instrument</td><td>Biometra TADVANCED</td><td>Biometra Tadvanced 96SG</td><td></td></tr><tr><td>高速凍結遠心分離機</td><td>ベックマン・コールター</td><td>アレグラ X-30R</td><td></td></tr><tr><td>西洋わさびペルオキシダーゼ結合アフィニピュアヤギ抗体</td><td>プロテインテックグループ株式会社</td><td>SA00001-2</td><td></td></tr><tr><td>イソプロピルアルコール&nbsp;</td><td>Chron chemicals</td><td>67-63-0</td><td></td></tr><tr><td>Keap1 antibody</td><td>Zen BioScience Co., Ltd</td><td>R26935</td><td></td></tr><tr><td>Metal bath</td><td>Analytik Jena</td><td>TSC</td><td></td></tr><tr><td>Methanol</td><td>Chron chemicals</td><td>67-56-1</td><td></td></tr><tr><td>Ncmblot rapid transfer buffer (20&times;)</td><td>NCM Biotech Co., Ltd</td><td>WB4600</td><td></td></tr><tr><td>Omni-Easy OneStep PAGE gel fast preparation kie</td><td>Epizyme Biotech Co., Ltd</td><td>PG212</td><td></td></tr><tr><td>Phosphate buffer saline</td><td>Boster Biological Technology Co., Ltd</td><td>PYG0021</td><td></td></tr><tr><td>Prestained Color Protein Marker</td><td>Biosharp&nbsp;</td><td>BL741A</td><td></td></tr><tr><td>タンパク質ブロッティング電気泳動システム</td><td>Bio-Rad</td><td>MiniPROTEAN&Ograve;テトラセル</td><td></td></tr><tr><td>RAW264.7 セル</td><td>ビヨタイムバイオテクノロジー株式会社</td><td>C7505</td><td></td></tr><tr><td>RAW264.7 細胞特異的培地</td><td>プロセルライフサイエンス&Technology Co., Ltd</td><td>CM-0597</td><td></td></tr><tr><td>SDS-PAGE タンパク質ローディングバッファー</td><td>Boster Biological Technology Co., Ltd</td><td>AR1112-10</td><td></td></tr><tr><td>SDS-PAGE ランニングバッファーパウダー</td><td>Servicebio</td><td>G2018</td><td></td></tr><tr><td>Tris buffered saline powder</td><td>Servicebio</td><td>G0001</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>BioFroxx</td><td>1247ML100</td><td></td></tr><tr><td>ウォーターバス</td><td>Memmert</td><td>WNE10</td><td></td></tr><tr><td>浄水器</td><td>Millipore</td><td>Milli-IQ 7005</td><td></td></tr><tr><td>Xanthatin</td><td>ChemConst Biotechnology Co., Ltd</td><td>CONST210706</td><td></td></tr></tbody></table>

低分子化合物のタンパク質標的予測と検証

Protein Target Prediction and Validation of Small Molecule Compound

タンパク質は人間の生理学の基礎であり、その標的は研究や医薬品開発において非常に重要です。重要なタンパク質標的の同定と検証は、医薬品開発に不可欠なものとなっています。分子ドッキングは、特に薬物とタンパク質の標的相互作用の文脈で、タンパク質-リガンド結合を研究するために広く利用されている計算ツールです。結合の実験的検証、および薬物とその標的の結合に直接アクセスするために、細胞熱シフトアッセイ(CETSA)法が使用されます。この研究は、分子ドッキングをCETSAと統合して、薬物と重要なタンパク質標的との間の相互作用を予測および検証することを目的としていました。具体的には、分子ドッキング解析により、キサンタチンとKeap1タンパク質の相互作用とその結合様式を予測し、CETSAアッセイを用いて相互作用を検証しました。その結果、キサンタチンがKeap1タンパク質の特定のアミノ酸残基と水素結合を確立でき、Keap1タンパク質の熱安定性を低下させることが示され、キサンタチンがKeap1タンパク質と直接相互作用できることが示されました。

分子ドッキング解析により、キサンタチンとKeap1タンパク質の相互作用が予測されました。 図2 は、キサンタチンとKeap1タンパク質のアミノ酸残基Gly-367およびVal-606との間の水素結合の形成を示しており、水素結合長はGly-367では2.17 Å、Val-606では2.13 Åです。さらに、計算された-5.69 kcal/molのドッキングスコアは、キサンタチンとKeap1タンパク質の間の良好な結合親和性を意味します。
CETSA法は、キサンタチン結合がKeap1タンパク質の熱安定性をシフトさせ、キサンタチンとKeap1タンパク質の相互作用を確認することを示しました21。 図3 は、キサンタチンがDMSO基と比較して、48°Cから57°Cの温度範囲内でKeap1タンパク質の熱安定性を著しく変化させることを示しています。サンプル負荷量を均等にするために、まず、実験を行った細胞接種の密度は一貫していました。第二に、DMSO群とキサンタチン群の細胞サンプルを細胞培養皿でよく混合した後、2本の微量遠心チューブに均等に分配することで、細胞サンプルの量が一定になり、各PCRチューブに添加した上清の量は60μL、最後にウェスタンブロットにアップロードされた各サンプルの容量は20μLでした。 これにより、加熱されたサンプルに均等な負荷がかかりました。約51°Cからのサンプルでのタンパク質分解は、主にタンパク質構造の変化と高温による化学反応の加速によるものです。上記の結果は、キサンタチンがKeap1タンパク質に直接結合できることを示しています。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66564/66564fig01.jpg"> 図1:ウェスタンブロットのロード順序。 温度は左から順に45°C、48°C、51°C、54°C、57°C、60°C、63°Cでした。 最初の車線はマーカーで追加されました。各温度には2つのレーンが使用されました。最初のレーンはDMSOグループで、2番目のレーンはキサンタチングループでした。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66564/66564fig01large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を見るには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66564/66564fig02.jpg"> 図2:キサンタチンとKeap1(PDB:2FLU)タンパク質の相互作用。(A) キサンタチンのKeap1への結合の2D表現。 (B) キサンタチンとKeap1タンパク質の3D可視化。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66564/66564fig02large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を見るには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66564/66564fig03.jpg"> 図3:Keap1タンパク質の熱安定性に対するキサンタチンの影響。(A)Keap1の熱安定性に対するキサンタチンの影響は、CETSAによって検出されました。(B)Keap1の光学濃度は、45°Cで得られたものに正規化されました。 データは平均値±SDで表され、統計解析は一元配置分散分析(一元配置分散分析)によって行われました。n = 3 です。*p &lt; 0.05、**p &lt; 0.01、p &lt; 0.001、p &lt; 0.0001。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66564/66564fig03large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を見るには、ここをクリックしてください。</a>

ここで使用した実験は、低分子とタンパク質標的の間の相互作用を予測および検証するために、細胞の熱シフトアッセイと組み合わせた分子ドッキングの方法を示しています。

Proteins are fundamental to human physiology, with their targets being crucial in research and drug development. The identification and validation of ...

私たちの研究は、タンパク質標的、低分子化合物の予測と検証に焦点を当てています。ここで使用した実験は、分子ドッキングと同様の熱シフトアッセイを組み合わせて、低分子とタンパク質標的の間の相互作用を予測および検証する方法を示しています。CETSAのこれらのステップは複雑であり、操作中のステップエラーは結果に大きな影響を与える可能性があります。当社のプロトコルは、予測と検証を組み合わせて、時間と経済コストの両方を効果的に削減します。さらに、実験装置や材料は簡単に選択できます。最後に、CETSAサンプルはテストで簡単に準備できるため、サンプルの再現性が保証されます。

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Medicine

医学

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低分子化合物のタンパク質標的予測と検証

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