抗菌薬耐性の包括的評価のための廃水からの低分子量DNAの抽出の強化

私たちは、抗生物質耐性の根底にある進化、伝播、および分子メカニズムに興味を持っています。具体的には、この論文につながっている仕事は、環境耐性への関心から来ています。現在、1年分のデータを用いて、抗菌薬耐性の空間的な時間的変動を追跡するためのローカルデータベースの構築を試みています。

培養ベースの技術とゲノミクスの組み合わせを使用して、抗菌薬耐性を検出および監視します。サンプルから採取したDNAは、PCRまたはショットガンシーケンシングを受け、微生物の多様性をプロファイリングし、耐性遺伝子を検出します。さらに、メタバーコーディングおよび遺伝子ベースのAMRパネルは、高度なAMR検出に使用されます。

断片化された低分子量DNAはAMR遺伝子の貯蔵庫であることが知られていますが、直鎖状および低分子量DNAの高収量抽出に特化した方法の開発にはほとんど注目されていませんでした。私たちの仕事は、このギャップに対処することに焦点を当てています。私たちのプロトコールでは、廃水から抽出された低分子量DNAの割合を濃縮するための簡単な前処理ステップを導入しています。

その結果、遊離DNA画分を除外することなく、環境AMR全体を捕捉することができます。このプロトコルは、もう少し手間をかければキット不要の方法に発展させることができます。これにより、環境AMRを捕捉するための費用対効果の高い技術の開発への道が開かれます。

私たちは、突然変異耐性を超えて、抗生物質耐性に対する非遺伝的メカニズムの寄与を探求したいと考えています。特に、遺伝子の水平導入とゲノム変異の相対的な寄与が、さまざまな環境での抗生物質への適応に及ぼす影響を比較することに関心があります。