Name: CMGヘリカーゼによるDNA巻き戻しの1分子リアルタイム可視化 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-09-27T14:20:00.000+00:00
Duration: 7 min 37 s
Description: 学ぶCMGヘリカーゼによるDNA巻き戻しの1分子リアルタイム可視化手法。TIRF顕微鏡と蛍光標識を用いて、Drosophila melanogaster由来CMGヘリカーゼのDNA複製動態を解析し、複製ストレス下での分子メカニズムを解明する。

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<meta charset="utf8"></head><body>ssDNA-RPAトラクト成長によるCMG媒介DNA巻き戻しの観察

<ol><li>Bell, S. P., Labib, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromosome+Duplication+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Chromosome Duplication in Saccharomyces cerevisiae.</a> Genetics. 203 (3), 1027-1067 (2016).</li>
<li>Costa, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+structural+basis+for+MCM2-7+helicase+activation+by+GINS+and+Cdc45%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The structural basis for MCM2-7 helicase activation by GINS and Cdc45.</a> Nat Struct Mol Biol. 18 (4), 471-477 (2011).</li>
<li>Jones, M. L., Baris, Y., Taylor, M. R. G., Yeeles, J. T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+a+human+replisome+shows+the+organisation+and+interactions+of+a+DNA+replication+machine%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Structure of a human replisome shows the organisation and interactions of a DNA replication machine.</a> EMBO J. 40 (23), e108819(2021).</li>
<li>Moyer, S. E., Lewis, P. W., Botchan, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+the+Cdc45%2FMcm2-7%2FGINS+%28CMG%29+complex%2C+a+candidate+for+the+eukaryotic+DNA+replication+fork+helicase%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Isolation of the Cdc45/Mcm2-7/GINS (CMG) complex, a candidate for the eukaryotic DNA replication fork helicase.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 103 (27), 10236-10241 (2006).</li>
<li>Douglas, M. E., Ali, F. A., Costa, A., Diffley, J. F. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mechanism+of+eukaryotic+CMG+helicase+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The mechanism of eukaryotic CMG helicase activation.</a> Nature. 555 (7695), 265-268 (2018).</li>
<li>Ilves, I., Petojevic, T., Pesavento, J. J., Botchan, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activation+of+the+MCM2-7+helicase+by+association+with+Cdc45+and+GINS+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Activation of the MCM2-7 helicase by association with Cdc45 and GINS proteins.</a> Mol Cell. 37 (2), 247-258 (2010).</li>
<li>Dewar, J. M., Walter, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+DNA+replication+termination%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of DNA replication termination.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 18 (8), 507-516 (2017).</li>
<li>Burnham, D. R., Kose, H. B., Hoyle, R. B., Yardimci, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mechanism+of+DNA+unwinding+by+the+eukaryotic+replicative+helicase%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">The mechanism of DNA unwinding by the eukaryotic replicative helicase.</a> Nat Commun. 10 (1), 2159(2019).</li>
<li>Kose, H. B., Larsen, N. B., Duxin, J. P., Yardimci, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamics+of+the+eukaryotic+replicative+helicase+at+lagging-strand+protein+barriers+support+the+steric+exclusion+model%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Dynamics of the eukaryotic replicative helicase at lagging-strand protein barriers support the steric exclusion model.</a> Cell Rep. 26 (8), 2113-2125.e6 (2019).</li>
<li>Kose, H. B., Xie, S., Cameron, G., Strycharska, M. S., Yardimci, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Duplex+DNA+engagement+and+RPA+oppositely+regulate+the+DNA-unwinding+rate+of+CMG+helicase%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Duplex DNA engagement and RPA oppositely regulate the DNA-unwinding rate of CMG helicase.</a> Nat Commun. 11 (1), 3713(2020).</li>
<li>Tanner, N. A., Van Oijen, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualizing+DNA+replication+at+the+single-molecule+level%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Visualizing DNA replication at the single-molecule level.</a> Methods Enzymol. 475, 259-278 (2010).</li>
<li>Swoboda, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymatic+oxygen+scavenging+for+photostability+without+ph+drop+in+single-molecule+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Enzymatic oxygen scavenging for photostability without ph drop in single-molecule experiments.</a> ACS Nano. 6 (7), 6364-6369 (2012).</li>
<li>Baris, Y., Taylor, M. R. G., Aria, V., Yeeles, J. T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+and+efficient+DNA+replication+with+purified+human+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Fast and efficient DNA replication with purified human proteins.</a> Nature. 606, 204-210 (2022).</li>
<li>Lewis, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tunability+of+DNA+polymerase+stability+during+eukaryotic+DNA+replication%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Tunability of DNA polymerase stability during eukaryotic DNA replication.</a> Mol Cell. 77 (1), 17-25.e5 (2020).</li>
<li>Li, Z., Xu, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Post-translational+modifications+of+the+mini-chromosome+maintenance+proteins+in+DNA+replication%5BTitle%5D)+AND+%22Genes%22%5BJournal%5D)">Post-translational modifications of the mini-chromosome maintenance proteins in DNA replication.</a> Genes. 10 (5), 331(2019).</li>
<li>Lewis, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanism+of+replication+origin+melting+nucleated+by+CMG+helicase+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Mechanism of replication origin melting nucleated by CMG helicase assembly.</a> Nature. 606 (7916), 1007-1014 (2022).</li>
<li>Zeman, M. K., Cimprich, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Causes+and+consequences+of+replication+stress%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Causes and consequences of replication stress.</a> Nat Cell Biol. 16 (1), 2-9 (2014).</li>
<li>Sparks, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+CMG+helicase+bypasses+DNA-protein+cross-links+to+facilitate+their+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The CMG helicase bypasses DNA-protein cross-links to facilitate their repair.</a> Cell. 176 (1-2), 167-181.e21 (2019).</li>
<li>Taylor, M. R. G., Yeeles, J. T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+initial+response+of+a+eukaryotic+replisome+to+DNA+damage%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">The initial response of a eukaryotic replisome to DNA damage.</a> Mol Cell. 70 (6), 1067-1080.e12 (2018).</li>
<li>Amunugama, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Replication+fork+reversal+during+DNA+interstrand+crosslink+repair+requires+CMG+unloading%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Replication fork reversal during DNA interstrand crosslink repair requires CMG unloading.</a> Cell Rep. 23 (12), 3419-3428 (2018).</li>
<li>Wu, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TRAIP+is+a+master+regulator+of+DNA+interstrand+crosslink+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">TRAIP is a master regulator of DNA interstrand crosslink repair.</a> Nature. 567 (7747), 267-272 (2019).</li>
<li>Vrtis, K. B., Dewar, J. M., Chistol, G., Wu, R. A., Graham, T. G. W., Walter, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-strand+DNA+breaks+cause+replisome+disassembly%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Single-strand DNA breaks cause replisome disassembly.</a> Mol Cell. 81 (6), 1309-1318.e6 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>2-メルカプトエタノール</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>M3148-25ML</td><td></td></tr><tr><td>アクリルアミド/ビス溶液 40%&nbsp;</td><td>バイオラッド</td><td>1610148</td><td></td></tr><tr><td>アガロース・ウルトラピュア&nbsp;</td><td>インビトロジェン</td><td>16500-500</td><td>トリスバッファー(pH8)の調製に使用済み</td></tr><tr><td>&Auml;KTA Pure&nbsp;</td><td>GEヘルスケア</td><td>-</td><td>分数収集器F9-Cと併用;タンパク質精製システム</td></tr><tr><td>アンチフラッグM2アフィニティジェル</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>A2220</td><td></td></tr><tr><td>APS 10%&nbsp;</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>A3678-25G</td><td></td></tr><tr><td>ATP(200 mM)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>A7699-5G</td><td></td></tr><tr><td>ATP-g-s(100 mM)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>11162306001</td><td></td></tr><tr><td>ビオチン-PEGカバースリップ</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td>説明通りに準備:https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2012.03.033</td></tr><tr><td>ビオチニル化抗ジゴキシジニン抗体およびnbsp;</td><td>パーキン・エルマー</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>ブルータック</td><td>ボスティック</td><td>該当なし</td><td>接着性パテ</td></tr><tr><td>ホウ酸</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>B/3800/53</td><td></td></tr><tr><td>BSA;33 mg/mL</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>A3858-10G</td><td>ストックから希釈された</td></tr><tr><td>CaCl2</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>C7902</td><td></td></tr><tr><td>CaptoHiresの質問(5/50)</td><td>シチバ</td><td>29275878</td><td>AKTAタンパク質精製システムに接続され、高分解能イオン交換クロマトグラフィーカラム</td></tr><tr><td>カゼイン(水に5%、50 mg/mL)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>C4765-10ML</td><td></td></tr><tr><td>ケミドックシステム</td><td>バイオ・ラッド</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>クリップ</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>まな板</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>透析チューブ(3.5 kDa)</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>11425859</td><td></td></tr><tr><td>ジゴキシゲニン-11-dUTP</td><td>ロッシュ</td><td>11209256910</td><td></td></tr><tr><td>DNAローディング染料6x&nbsp;</td><td>NEB</td><td>B7024S</td><td></td></tr><tr><td>dNTP 10 mM</td><td>NEB</td><td>N0447S</td><td></td></tr><tr><td>両面テープ(厚さ0.14mm)</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>DTT</td><td>フルオロケム・リミテッド</td><td>M02712-10G</td><td></td></tr><tr><td>DYKDDDDK ペプチド&nbsp;</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td>フランシス・クリック研究所の化学生物学STPによる合成</td></tr><tr><td>EDTA</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>D/0700/68</td><td></td></tr><tr><td>EGFP-RPA&nbsp;</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td>「単一分子解析』、分子生物学のシリーズ手法、第783巻(2011年)、Peterman, E. J. G. および Wuite G. J. L. 編集、Humana Press。タンパク質情報:2 mM、ヒト、大腸菌で発現。</td></tr><tr><td>EGTA</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>03779-10G</td><td></td></tr><tr><td>エポキシ - 5分</td><td>デヴコン</td><td>20845</td><td></td></tr><tr><td>富士フイルムFLA-5000&nbsp;</td><td>富士フイルム</td><td>&nbsp;FLA-5000&nbsp;</td><td>蛍光画像解析器</td></tr><tr><td>GelRed核酸染色;10000x</td><td>ケンブリッジ・バイオサイエンス</td><td>41003-BT</td><td>エチド臭化物のより安全な代替である核酸染色の例。</td></tr><tr><td>チューブ用の穴が開いたガラスまたは石英スライドなど;</td><td>ドレメル モデル395</td><td></td><td>厚さ1mmのスライド、2.4cm×1cmにカットし、1.4mm間隔で2つの穴を開けています。穴はそれぞれの端に異なるチューブを収容できるよう、異なるサイズにドリルを開けるべきです。</td></tr><tr><td>グリセロール</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>G/0650/17</td><td></td></tr><tr><td>グリシンHCl、pH 3.5</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>G8898</td><td></td></tr><tr><td>ハミルトンシリンジ、1000シリーズガスタイト、PTFEルアーロック1010TLL、PTFEルアーロック(スロット付き)、容量10mL</td><td>メルク</td><td>26211-U</td><td></td></tr><tr><td>HEPES pH 7.5</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>H4034</td><td></td></tr><tr><td>イ・ケル</td><td>NEB</td><td>R0699L</td><td></td></tr><tr><td>KCl</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>P/4280/53</td><td></td></tr><tr><td>アセテートマグネシウム</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>M2545</td><td></td></tr><tr><td>Maxi GeBaFlexチューブ透析キット;MWCO 14 kDa&nbsp;</td><td>ジェネロン</td><td>D055</td><td></td></tr><tr><td>金属スパチュラ</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>金属ピンセット</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>MgCl2</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>M2393</td><td></td></tr><tr><td>Millex-GP(シリンジフィルター)0.22 & micro;m&nbsp;</td><td>メルク</td><td>SLGP033RS</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>針</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>NotI-HF</td><td>NEB</td><td>R3189L</td><td></td></tr><tr><td>NuPAGE 4%&ndash;12% ビストリスプロテインゲル</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>10247002;</td><td></td></tr><tr><td>NuPAGE MOPS SDS ランニングバッファ&nbsp;</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>NP0001</td><td></td></tr><tr><td>対物加熱器</td><td>オコラブ</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>PCRミックス - 2倍</td><td></td><td></td><td>Phusion DNAポリメラーゼ(20 & micro;L)、10 mM dNTP(40 & micro;L)、5×フュージョンHFバッファー(400およびマイクロ;L)および水(540 & micro;L).</td></tr><tr><td>LD655-MALおよびnbspで標識されたペプチドNH2-CHHHHHHHHHHHHPETGG-COOH;</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td>ペプチドNH2-CHHHHHHHHHHHHHHPETGG-COOHは、システイン残基にLD655-MALで標識され、フランシス・クリック研究所のペプチド化学STPで合成・精製されました</td></tr><tr><td>pGC261プラスミド</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td>https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.10.053</td></tr><tr><td>フュージョン高忠実度DNAポリメラーゼ</td><td>NEB</td><td>M0530L</td><td></td></tr><tr><td>プラスチックピンセット</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>ポリエチレンチューブPE20(内径0.015インチ、外径0.043インチ)</td><td>ベクトン・ディキンソン</td><td>427406</td><td></td></tr><tr><td>ポリエチレンチューブ PE60(内径0.03インチ、外径0.048インチ)</td><td>ベクトン・ディキンソン</td><td>427416</td><td></td></tr><tr><td>ポリプレップクロマトグラフィーカラム;10mlと20ml&nbsp;</td><td>バイオ・ラッド</td><td>7311550</td><td></td></tr><tr><td>グルタミン酸カリウム(L-グルタミン酸カリウム塩一水和物)</td><td>シグマ</td><td>G1501-1KG</td><td></td></tr><tr><td>プロテアーゼ阻害剤カクテル(cOmplete、EDTAフリー)</td><td>ロッシュ</td><td>5056489001</td><td></td></tr><tr><td>ポンプ11 エリート注入/引き出しプログラム可能単一注射器</td><td>ハーバード・アパラタトゥス</td><td>70-4504</td><td></td></tr><tr><td>QIAquickのPCR精製キット</td><td>奇アゲン</td><td>28104</td><td></td></tr><tr><td>カミソリの刃</td><td>VWRインターナショナル株式会社</td><td>233-0156</td><td></td></tr><tr><td>rCutSmart バッファ;10倍</td><td>NEB</td><td>B6004S</td><td></td></tr><tr><td>酢酸ナトリウム</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>S/2120/53</td><td></td></tr><tr><td>ソルターズ(ペンタミュータント)</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td>純粋された理由:https://doi.org/10.1073/pnas.1101046108</td></tr><tr><td>Spin-X遠心分離機チューブフィルター;0.22 & micro;Mセルロース酢酸塩&nbsp;</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>10310361</td><td></td></tr><tr><td>滅菌メス</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>ステリトップ真空駆動使い捨てろ過システム;0.22 um;PES;&nbsp;</td><td>ミリポール</td><td>S2GPT05RE</td><td></td></tr><tr><td>ストレプタビジン(1 mg/mL)を1x PBSバッファーに投与</td><td>シグマ</td><td>S4762-10MG</td><td>20 & マイクロ;Lが引用符を述べる</td></tr><tr><td>SYBRゴールド</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>S11494</td><td>DNAフォーク基質を可視化するために使用した高感度核酸染色。</td></tr><tr><td>SYTOX オレンジ;5 & micro;DMSO における M</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>S11368</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNAリガーゼ</td><td>NEB</td><td>M0202M</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNAリガーゼ反応バッファー&nbsp;</td><td>NEB</td><td>B0202S</td><td></td></tr><tr><td>テメッド</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>T9281-25ML&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>TEVプロテアーゼ(1 mg/mL);EZCut&nbsp;</td><td>バイオビジョン</td><td>7847-10000</td><td></td></tr><tr><td>ティッシュグラインダー、ドーンスタイプ(40 mL、ウィートン)</td><td>DWKライフサイエンス</td><td>432-1273</td><td></td></tr><tr><td>トリスベース</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>T1503</td><td>トリスバッファー(pH8)の調製に使用済み</td></tr><tr><td>トリスHCl</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>T3253</td><td></td></tr><tr><td>トゥイーン-20</td><td>プロメガUKリミテッド</td><td>H5152</td><td></td></tr></tbody></table>

cmgヘリカーゼによるdna巻き戻しの1分子リアルタイム可視化

Single-Molecule Real-Time Visualization of DNA Unwinding by CMG Helicase

CMGヘリカーゼによるDNA巻き戻しの1分子リアルタイム可視化

Faithful genome duplication is essential for preserving the genetic stability of dividing cells. DNA replication is carried out during the S phase by a ...

single-molecule-real-time-visualization-dna-unwinding-cmg

Research

JoVE Journal

Biochemistry

生物化学

このプロトコルは、リアルタイムで個々のreplisomesによってDNA複製を視覚化するためのシンプルな単一分子蛍光顕微鏡の技法を示しています。...

蛍光顕微鏡による可視化単分子のDNAの複製

我々は、バクテリオファージの複製システムのタンパク質によって媒介個々のDNA分子のリアルタイムレプリケーションを観察するための方法を説明します。...

アッセイをストレッチ単一分子のDNAを用いて酵素の複製DNAの直接観察

蛍光標識され、完全に再構成されたCdc45/Mcm2-7/GINS(CMG)ヘリカーゼの動きを光学トラップに保持された直鎖状DNA分子上で直接画像化および定量化するためのハイブリッドアンサンブルおよび単一分子アッセイを報告します。...

完全に再構成されたCMGの動きを画像化するためのハイブリッドアンサンブルおよび単一分子アッセイ

このプロトコルは、蛍光顕微鏡法に基づく単一分子DNA複製アッセイの概要を示しており、DNAポリメラーゼとG-四重鎖構造などの障害物との間の相互作用をリアルタイムで可視化することができます。...

G-四重鎖におけるDNAポリメラーゼダイナミクスの1分子蛍光可視化

このプロトコルは、DNA 分子の一次元 (1 D)...

シンプルで堅牢、かつ高スループットの単一分子 DNA 分子の輸送を研究するためのストレッチ法の実装を流れ

伝統的なスラブゲル電気泳動（SGE）実験は、複雑な装置および高い化学消費を必要とする。この研究は、短い時間枠内でDNA断片を分離する低コストの方法を記載したプロトコールを提示する。...

スマートフォンによるDNA断片分離のリアルタイム追跡

G quadruplexes を操作する単一分子磁気ピンセット プラットフォームによって報告されます、G4 の安定性と制御の研究によって、様々...

磁気ピンセットで G quadruplexes の単一分子マニピュレーション

このプロトコルを記述する、heterobifunctional シラン カップリング剤による酸化シリコン薄膜表面の原子間力顕微鏡による単一分子力分光法のために設計するで例示されている蛋白質の共有結合固定化、RrgA の相互作用 (毛 1 先端付着性S.

力の単一分子分光法のための蛋白質の共有結合固定

蛍光共鳴エネルギー移動に基づくリアルタイム観察システム DNA のストランドの Rad51...

Rad51 を介した DNA 鎖交換反応のリアルタイム観察

ここでは、単一分子レベルの複雑な蛋白質のサンプルのそれぞれのタンパク質種のラベリングの均質性を評価するためのプロトコルを提案する.

プロテオーム的分類の単一分子レベルでの均一性の定量化

学ぶCMGヘリカーゼによるDNA巻き戻しの1分子リアルタイム可視化手法。TIRF顕微鏡と蛍光標識を用いて、Drosophila melanogaster由来CMGヘリカーゼのDNA複製動態を解析し、複製ストレス下での分子メカニズムを解明する。

CMGヘリカーゼによるDNA巻き戻しの1分子リアルタイム可視化

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