Name: NMRベースのメタボロミクスを用いた重症患者における代謝異常物の同定と定量 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-29T14:20:00.000+00:00
Duration: 11 min 2 s
Description: 学ぶNMRベースのメタボロミクスを用いた重症患者の代謝異常物同定と定量法。ARDSの異なる重症度段階における代謝プロファイルの変化を解析し、個別化医療への応用と病態理解の深化に貢献します。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

倫理的承認(IECコード:2022-71-PhD-126)は、ラクナウのSanjay Gandhi Postgraduate Institute of Medical Sciences(SGPGIMS)のIECから取得されました。患者またはその親族から書面によるインフォームドコンセントが得られ、研究目的でデータを公開しました。さらに、研究は機関のガイドラインに従って実施されました。
1. 研究デザインと倫理的クリアランス
<ol>
	<li>各グループのサンプルサイズを決定します。参加者の選考基準を慎重に検討し、設定してください。さらに、研究デザインでヒトまたは動物のサンプルを含める必要がある場合は、サンプル収集を開始する前に、適切な機関倫理委員会(IEC)から倫理的許可を得てください。</li>
	<li>動脈血中の酸素分圧 (PaO2) と吸気酸素分率 (FiO2) (P/F) の比率に基づくベルリン 2012 の定義の診断基準に基づいて、軽度、中等度、重度に分類された ARDS 患者を選択します。P/F 範囲が 300-200 の ARDS 患者は軽度、200-100 は中等度、100 未満は重度38 と見なされます。ここでは、軽度と中等度のARDS患者の2つのグループに焦点を当てています( 表1を参照)。 注:この研究では、血液サンプルから得られた血清を使用してNMRベースのメタボロミクスを実行します。この研究では、参照のために含まれた参加者の平均年齢は42歳(±10.9歳)で、性別分布は男性2人、女性6人でした。</li>
</ol>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>カテゴリ</td>
			<td>P/Fレシオ</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>軽度</td>
			<td>300-200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>適度</td>
			<td>200-100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>重度</td>
			<td>100-0</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
表1:ARDS患者の分類。
2. サンプルの選別、採取、処理
<ol>
	<li>以下で説明する手順に従って、血清の単離を行います。<ol>
		<li>実験のために、プレーン(添加物なし)と滅菌バイアルに入った滅菌針を使用して、動脈から2 mLの血液サンプルを採取します。サンプルを室温で30分間凝固させます。この研究では、軽度のARDSと診断された4人の患者と、中等度のARDSと診断された4人の患者が選択されました。</li>
		<li>サンプルを3100 x g で15分間遠心分離し、血清25を分離します。血清を滅菌微量遠心チューブに移し、少量(すなわち、400-500μL)のアリコートを作成し、それらを適切に標識し(患者名、CR番号、日別ポイントなど)、将来の分析のために-80°Cで保存します。 注:この時点で、実験は都合の良いときに一時停止および再開できます。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>NMR実験の前に、以下の手順で血清サンプルを処理します。<ol>
		<li>NMR実験を行う前に、サンプルを解凍してください。血清のアリコート250μLを生理食塩水リン酸緩衝液250μL(100%D2O、0.9%NaCl、50 mMリン酸ナトリウム緩衝液、pH 7.4を含む)と混合して、pHの変動を最小限に抑えます。</li>
		<li>混合物を数秒間(~15秒)ボルテックスして、均一に混合されていることを確認します。最後に、調製したサンプルを、0.05 mMの濃度でプロピオン酸トリメチルシリル(TSP)を含む同軸インサートを備えたきれいなNMRチューブに移します。これは、キャリブレーションおよび定量41の外部標準として機能します。 注:参考までに、分析種と相互作用しない不活性で非反応性の化合物を使用します。その他の一般的に使用される参照化合物には、テトラメチルシラン(TMS)およびトリメチルシリルプロパンスルホン酸ナトリウム(DSS)が含まれます。</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
3. NMR実験
注:血清サンプル中の小分子の同定に焦点が当てられているため、高分子シグナルを抑制するCarr-Purcell-Meiboom-Gill(CPMG)パルスシーケンスを使用しました。この研究のすべての血清サンプルは、極低温冷却された三重共鳴TCI 5 mm広帯域逆プローブヘッドとシールドされたzグラジエントを備えた800 MHz NMR分光計を使用して記録されました。
<ol>
	<li>サンプルを磁石に入れます。コマンドwrpa(実験番号を記載)を記述し、Enterキーを押して、cpmgパルスプログラムを使用した陽子実験を設定します。「 タイトル」オプションをクリックして、患者の名前と必要なその他の詳細を伝えます。</li>
	<li>コマンド「Lock」を書き込み、Enterキーを押して、オプション「90%H2O」および「10%D2O」をさらに選択して、磁場をロックします。ATMMでプローブを手動で調整および一致させることで、無線周波数パルスの効率を最適化し、感度を最大化します。トプシムをクリックして1Dグラデーションシミングを実行します。</li>
	<li>5秒の緩和遅延、12ppmのスペクトル掃引幅、300μsのエコー時間など、以下の集録パラメータを設定します。これらのパラメータはすべて、上部パネルで [Acquisition Parameters ]オプションを選択することで簡単に変更できます。</li>
	<li>指数ウィンドウ関数を使用して 0.3 Hz の線幅拡張を適用し、128 回のスキャンで 64,000 ポイントにデータを収集します。これらのパラメータは、上部パネルで [Acquisition Parameters ]オプションを選択することで、同様に変更できます。 [Acquisition Parameters]をクリックすると、仕様のリストが表示され、前述の属性と他のパラメータを最適化中に変更できます。</li>
	<li>NMRプロセッシングおよび分析ツールを使用してNMRスペクトルを取得します。最終的なスペクトルが得られたら、コマンド apk と absn を書き込み、Enter キーを押して、それぞれ位相補正とベースライン補正を実行します。上部パネルにある [Calibrate Axis ]オプションをクリックし、TSPピークを自動または手動で0 ppmにキャリブレーションします。</li>
	<li>取得したデータをシステムからワークステーションに転送し、そこでさらなる処理と分析が行われます。 注:実験フェーズは完了し、一時停止できます。データの前処理、分析、解釈を便利に行うことができます。</li>
</ol>
4. データの前処理
<ol>
	<li>NMRプロセッシングおよび分析ツール、およびNMR代謝物定量ソフトウェアを使用してデータ前処理を行います。<ol>
		<li>時には自動修正だけでは不十分で、その場合は手動修正も必要になります。位相補正を手動で行うには、NMR処理および解析ツールの上部メニューバーにある 「プロセス 」オプションをクリックします。次に、[ 位相の調整]をクリックし、マウスをドラッグして、スペクトルが位相補正されるまで観察します。完了したら、同じメニューバーにある[ 保存して戻る ]オプション(アイコンの形で表示)をクリックします。</li>
		<li>手動ベースライン(Whittaker法)補正を行うには、NMR代謝物定量ソフトウェアのプロセッサーモジュールでスペクトルファイルを開きます。 「ベースライン補正」オプションを選択します。次に、オプション「 Whittaker Method」を選択します。次に、スペクトル全体のピークの基部にドットを配置します(通常は血清の場合、またはスペクトル内の代謝物の利用可能性に応じて0.0〜10 ppm)ベースを調整します。すべてのスペクトル ファイルのベースラインが補正されたら、それらを 1 つのフォルダーに保存します。さらに、プロセッサーまたはNMR代謝物定量ソフトウェアのプロファイラーモジュールを使用して、特定の形式で保存された同じファイルを使用して、さらなる処理を行うことができます。</li>
		<li>同じソフトウェアのプロファイラーモジュールを使用してビニングを実行します。「 ツール」オプションを選択し、「 バッチ処理」を選択し、「 スペクトルビニング」を選択します。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>統計分析に使用する最終的なビニングシートを生成するには、スペクトルビニングをクリックした後、ベースライン補正されたすべてのスペクトルファイルを含むフォルダを選択します。</li>
	<li>スペクトルを、0.01〜0.04 ppmの範囲で定義されたスペクトル幅を持つ同じサイズのビンのセット数に分割します(研究に従って最適化できます)。このプロセスにより、スペクトルデータが簡素化および整理され、より一貫性のある分析が容易になります。バケットのサイズと開始および終了のppm値を指定し、出力ビニングシートを保存するフォルダを指定します。</li>
	<li>スペクトル干渉42,43,44を防ぐために、水と溶媒TSP(4.8-5.2および0.0-0.7 ppm)に対応する化学シフト領域を除外します。</li>
	<li>このスプレッドシートには、1 つの行にサンプル名が含まれ、他の行には異なるビン値と ppm が含まれています。このシートを統計分析に使用する前に、サンプルを分析用のグループに整理し、カンマ区切り(CSV)形式でのみ保存して変更してください。 注:たとえば、軽度のグループと中等度のARDS患者グループを比較する場合、データを軽度と中等度のラベルで整理し、シリアル番号を追加し、ファイルをCSV形式で保存しました。</li>
</ol>
5. 統計分析
注: 前の手順で取得したビニング シートは、統計分析の入力ファイルとして機能します。本研究では、メタボロミクス統計解析ソフトウェアの統計解析(一因子)モジュールを用いた。
<ol>
	<li>統計分析の前に、sum、log、およびParetoを使用して正規化ステップを実行しますが、異なる研究45によって異なる場合があります。</li>
	<li>単変量解析と多変量解析を実行して、異なるグループを区別し、同定された代謝物の精度を判断します。<ol>
		<li>主成分分析 (PCA)、部分最小二乗判別分析 (PLS-DA)、および直交部分最小二乗判別分析 (OPLS-DA) を実行して、代謝プロファイルの違いの原因となるすべての代謝物について、予測の変数重要度 (VIP) スコアをもたらすグループ間の識別を観察します。</li>
		<li>スチューデントt検定やANOVAなどの単変量法を実行し、p値が0.05未満であるという基準に基づいて有意な代謝物を特定します。どちらの試験でも、代謝物の相対濃度の違いを示すボックスウィスカープロットが得られます。</li>
		<li>バイオマーカー分析を実行すると、レシーバー動作特性曲線(AUROC)グラフの下の面積が得られます。0.8 &gt; の AUC (曲線下面積) 値は有意な46 と見なされます。</li>
		<li>基準 VIP スコア&gt;1、ボンフェローニ補正 p 値&lt;0.0544、および AUC &gt; 0.846 を使用して、有意な代謝物の最終リストを選択します。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>以下に説明するように代謝物を特定します。.<ol>
		<li>ビニングは、名前ではなくppm値の形で重要な代謝物を提供します。Biological Magnetic Resonance Bank(BMRB)47やHuman Metabolome Database(HMDB)などのデータベースを使用して、特定のppm値に対応する代謝物を特定します。</li>
		<li>これら以外に、以前に公開された文献42,44を同定および検証に使用する。</li>
		<li>NMR代謝物定量ソフトウェアのプロファイラーモジュールを使用して、同定された代謝物とそのppm値を確認します。</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
6. NMR代謝物定量ソフトウェアによる代謝物の定量
注:ソフトウェアのプロファイラーモジュールは、同定された代謝物を定量するために広く使用されています。
<ol>
	<li>定量を開始する前に、プロセッサーモジュールを使用して、研究用に選択した参照化合物(この研究で使用したtsp)をキャリブレーションします。「 CSI(化学形状インジケーター)のキャリブレーション」オプションをクリックします。参照化合物の濃度(この研究では0.05 mM)に言及してください。次に、ソフトウェアピークをスペクトル基準ピークにドラッグし、その高さと幅を適切に調整します。スペクトル基準ピークがソフトウェアのピークに適合したら、[ Accept]をクリックします。</li>
	<li>プロファイラーモジュールで目的のスペクトルを開き、研究に適した化合物ライブラリを選択します。</li>
	<li>画面下部に代謝物のリストが表示されます。このリストから目的の代謝物を選択します。選択すると、選択した代謝物の可能なppmがスペクトルの上隅に表示されます。</li>
	<li>上隅の Ppm値 を選択し、スペクトルを代謝物の特定のppmスケールにズームインします。</li>
	<li>この時点で、2つのピークが画面に表示されます。1つは記録されたデータを表し、もう1つはソフトウェアのピークを表す点線で表示されます。両方のピークを揃えます。ソフトウェアのピークをドラッグし、サンプルに存在するピークと一致するように高さと位置を調整します。</li>
	<li>適切に整列すると、代謝物の濃度は、その代謝物のmM単位の見出しの下に表示された値から取得できます(図1)。</li>
	<li>すべての代謝物とサンプルについて同じ手順に従い、定量化された値をスプレッドシートにエクスポートします。出力ファイルを生成するには、[ツール]メニューの[バッチ操作]オプションをクリックします。出力ファイルを保存するフォルダを指定します。</li>
</ol>
7. パスウェイ解析
注:分析後に同定された有意な代謝物は、疾患群の結果に直接影響を与える主要な経路を決定するために利用されます。この目的のために、メタボロミクス統計解析ソフトウェアのパスウェイ解析モジュールとKEGGデータベースが一般的に使用されます。
<ol>
	<li>得られた重要な代謝物のリストをモジュールに入力します。パスの名前を含むリストが生成されます。</li>
	<li>インパクトファクターが0.1より大きいという基準に基づいて、最終的な経路を選択します。有意な影響値は、疾患関連の経路を示しています30。</li>
	<li>得られた経路を徹底的に分析し、疾患の重症度に関連する調節不全を解明します。この方法の欠点の1つは、有意な代謝物が3未満の場合に調節不全の経路を特定するのが非効率的であることです。</li>
	<li>これに対処するために、同定された代謝物およびその疾患の重症度との相関関係は、以前に発表された文献を使用して決定することもできる。徹底的な文献調査を行い、同定された代謝物があなたの興味と同じ傾向をたどっているかどうかを観察してください。</li>
</ol>
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67319/67319fig01.jpg"> 
図1:NMRベースのメタボロミクスにおける基本的なステップ。 この図は、NMRベースのメタボロミクスにおける主要なステップである、サンプルの収集と調製、NMR分光法の実施、データの前処理、統計分析の実施、代謝物の同定と定量化、生物学的意義の解釈を示しています。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67319/67319fig01large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>

<meta charset="utf8"></head><body>NMR分光法を用いた代謝異常物質の同定のためのメタボロミクス

<table><tbody><tr><td>Centirfuge</td><td>Sigma aldrich</td><td>3-18KS</td><td></td></tr><tr><td>Chenomx NMRスイート&nbsp;</td><td>NMR Suite, v9, Chenomx Inc., エドモントン, カナダ</td><td></td><td>NMR代謝物定量ソフトウェア</td></tr><tr><td>同軸インサート</td><td>Sigma aldrich</td><td>Z278513</td><td></td></tr><tr><td>Deuterim oxide</td><td>Sigma aldrich</td><td>151882</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf tubes</td><td>Tarsons</td><td>500020</td><td></td></tr><tr><td>Metaboanalyst</td><td>Wishart Research Group</td><td></td><td>Metabolomics 統計解析ソフトウェア</td></tr><tr><td>NMRチューブ</td><td>Wilmad</td><td>Z412007</td><td>5mm径</td></tr><tr><td>ピペット</td><td>エッペンドルフ研究プラス</td><td>3123000039</td><td>0-100 &mu;l</td></tr><tr><td>サンプル収集バイアルター</td><td>ソンクライオチルバイアル</td><td>523194</td><td></td></tr>ア<tr><td>ジ化ナトリウム</td><td>シグマアルドリッチ</td><td>S2002</td><td></td></tr>塩化<tr><td>ナトリウム結晶</td><td>シグマアルドリッチ</td><td>S9625</td><td></td></tr>リン酸<tr><td>ナトリウム二塩基</td><td>性シグマアルドリッチ</td><td>567550</td><td></td></tr>リン酸<tr><td>ナトリウムモノ塩基性</td><td>シグマアルドリッチ</td><td>S0751</td><td></td></tr><tr><td>トップスピン3.6.4</td><td>ブルカーNMR</td><td></td><td>処理および分析ツール</td></tr><tr><td>Tsp塩</td><td>シグマアルドリッチ</td><td>269913</td><td></td></tr></tbody></table>

nmrベースのメタボロミクスを用いた重症患者における代謝異常物の同定と定量

Identification and Quantification of Deranged Metabolites in Critically Ill Patients Using NMR-Based Metabolomics

メタボロミクス研究を実施するには、サンプルサイズと分析する特定のグループを決定することが不可欠です。適切なサンプルサイズを選択することは、疾患の重症度と正確に相関する有意な結果を得るために不可欠である48。しかし、この特定の研究では、主に参照を目的としていたNMRベースのメタボロミクスを使用した代謝物の同定と定量に関与するステップを示すために、小さなサンプルサイズを使用しました。この研究では、ICU 入院の 1 日目に、ARDS の軽度および中等度の段階にある患者間の代謝の違いを調べました 合計 8 人の被験者を含む。プロトコールに従って、すべてのサンプルのNMRスペクトルを取得および処理し、最終的にビニング結果を含むスプレッドシートを作成しました。
次に、ビニングシートを入力ファイルとして使用し、sum、log、およびParetoを使用してデータを正規化する厳密な統計分析を実行しました。PCA(図2A)とOPLS-DA(図2B)を実施したところ、前者はクラスタリングを示しましたが、後者ではグループ間の明確な識別が明らかになり、代謝の違いが強調されました。順列検定の統計分析(20倍)では、R2Y=0.99、Q2=0.47の値が得られました。その後、スチューデントのt検定(図2C)とバイオマーカー分析(図2D)を行い、調節不全の代謝物を特定しました。プロトコールのセクションで概説した基準に従って、結果を有意な代謝物にフィルタリングしました(表2)。
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67319/67319fig02.jpg"> 
(A)軽度のARDS患者(赤色で表される)および中等度のARDS患者(緑色で表される)の直交部分最小二乗判別分析(OPLS-DA)。(C)ボックス兼ウィスカープロットは、血清サンプル中の陽子核磁気共鳴分光法によって検出された軽度と中等度のARDS患者間の代謝物の相対濃度の違いを強調しています。x軸は研究グループを表し、y軸はICU入院1日目に軽度のARDS患者(赤色で表される)と中等度のARDS患者(緑色で表される)を比較したときの相対濃度を示しています。(D) ICU 入院の 1 日目に軽度と中等度の ARDS 患者を比較したバイオマーカー分析を実施した後に得られた重症度を予測する有意な代謝物の曲線下面積 (AUC) プロット。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67319/67319fig02large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>S.No。</td>
			<td>名前</td>
			<td>スペクトル位置 (ppm)</td>
			<td>p値</td>
			<td>要人</td>
			<td>AUC 値</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1</td>
			<td>乳酸</td>
			<td>1.34</td>
			<td>0.04</td>
			<td>1.99</td>
			<td>1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2</td>
			<td>イソロイシン</td>
			<td>1.42</td>
			<td>0.03</td>
			<td>2.01</td>
			<td>0.875</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
表 2: ICU 入院の 1 日目に軽度と中等度の ARDS 患者を比較した後に得られた有意な代謝物のリスト。
結果はppm値で得られたため、以前の文献を使用して代謝物を割り当て、プロファイラーを通じて検証しました。割り当て後、乳酸とイソロイシンが有意な代謝物として得られ、これは以前のいくつかのARDS研究でも報告されています30,40。十分に分離された、重なり合わないピークを確実に選択しました。同定後、プロトコルに記載されている基準を使用して、有意な代謝物のリストをフィルタリングしました。次に、プロファイラーモジュールを使用してスペクトルを開き、目的の代謝物を検索し、ソフトウェアのピークをスペクトルで得られたピークに適合させることにより、目的の代謝物を定量しました。これにより、代謝産物の定量化された値をmMで提供しました。サンプル名、代謝物名、および濃度を含むスプレッドシートを参照用に作成しました。ソフトウェアで定量した後、プロテオミクスなどの他のアプローチによる検証を行うことができます。
さらに、同定された代謝物を徹底的に分析して、疾患の重症度との相関関係を判断し、これらの代謝物が積極的に関与している生化学的経路を特定します。材料および分析法のセクションに記載されている基準を使用した後に同定された有意な代謝物は 2 つだけであったため、ソフトウェアを使用したパスウェイ解析は不可能でした。したがって、狂った代謝サイクルを強調するために徹底的な文献調査が行われました。この研究で特定された2つの代謝物は、ARDSの重症度とうまく相関していました。乳酸の増加は肺の炎症と嫌気性呼吸を示し、一方、イソロイシンの増加は肺の損傷、感染、およびエネルギー代謝に関連するタンパク質異化作用を示した40。これらの代謝経路を理解することには、2つの目的があります。まず、病気の複雑さを明らかにし、その生物学的メカニズムについての洞察を提供します。第二に、臨床医が患者に合わせた治療を指導することで治療の進歩を支援し、最終的には臨床転帰を改善します。

NMRベースのメタボロミクスを用いた重症患者における代謝異常物の同定と定量

Metabolomics is emerging as a significant approach to reflect the individual's response to pathophysiological conditions. Nuclear magnetic resonance (NMR) ...

identification-quantification-deranged-metabolites-critically-ill

Research

JoVE Journal

Biology

生物学

微生物のプランクトンコミュニティからの代謝物抽出のための方法が示されています。コミュニティ全体のサンプリングが特別に用意されたフィルター上にろ過することにより達成される。凍結乾燥後、水性の水溶性代謝物が抽出されます。このアプローチは、自然または実験的な微生物群集のトランスオミクス研究への環境メタボロミクスの応用が可能になります。...

核磁気共鳴分光法を用いた環境メタボロミクスのための低密度プランクトンコミュニティからの代謝物の濃度

プログレッシブ植民地化の手順は、さらにホストの肝代謝への影響を評価するために記述されています。肝代謝が高分解能マジック角スピニング（人事MAS）無傷の生検のNMRプロファイリングによって評価されている間植民地化は、NMRベースの代謝プロファイリングによる共同代謝微生物の尿中排泄を評価することにより、侵襲的、非監視されます。...

無菌マウスでのプログレッシブ植民地時代に肝代謝変化を評価する 1 H NMR分光法

代謝物プロファイリングは、健康と病気における代謝の研究に貴重な資産となっている。極性切り替えと迅速なデューティサイクルの高分解能質量分析に連結された正常相化液体クロマトグラフィーを利用して、我々は、高感度、精度、および解像度を有する生物学的物質の極性代謝物を分析するためのプロトコルを記載している。...

敏感な、大規模定量的メタボロームのための戦略

哺乳類の脳の神経化学は、多くの神経疾患や全身疾患で変化しています。脳代謝産物の特徴的なプロファイルは、脳組織の粗抽出物に基づいて効率的に取得できます。そのために、高分解能NMR分光法を採用し、代謝物濃度の詳細な定量分析(メタボロミクス)を可能にしています。...

組織抽出物の高分解能核磁気共鳴分光法によるラット脳のメタボローム解析

この論文では、植物の代謝プロファイリングにおけるPSYCHEとSAPPHIRE-PSYCHEの使用を紹介し、サンプル調製と最適なPure Shift...

ピュアシフト核磁気共鳴:植物メタボロミクスのための新しいツール

XY-MetaとmetaXを統合した非標的メタボロミクスワークフローを構築しました。このプロトコルでは、XY-Metaを使用してオープンアクセススペクトルリファレンスからデコイスペクトルライブラリを生成する方法を示し、FDR制御を行い、メタボロミクススペクトルを同定した後、metaXを使用して代謝産物を定量しました。...

FDR制御ベースの非標的メタボロームにおける同定と定量化の統合ワークフロー

このプロトコルは、カスタムメイドのバイオリアクターシステムと過分極¹³C...

過分極 13C NMRを用いた生細胞のリアルタイム代謝検出

分子マーカーとしてγH2AX形成を用いてDNA二本鎖縞の定量化は、放射線生物学における非常に貴重なツールとなっています。ここでは、放射線に対する細胞の曝露後のγH2AX病巣の定量化のための免疫蛍光アッセイの使用方法を示しています。...

電離放射線への応答でγH2AX病巣の定量化

ワンステップのメタボロミクス：炭水化物、1つの手続きが定量化された有機とアミノ酸

代謝を介したゲノム、共発現遺伝子の解析と標的化合物の同定の組み合わせは、遺伝子の機能アノテーションを付与します。...

複合ゲノミクス、メタボロミクスと情報を介した植物遺伝子の機能注釈

学ぶNMRベースのメタボロミクスを用いた重症患者の代謝異常物同定と定量法。ARDSの異なる重症度段階における代謝プロファイルの変化を解析し、個別化医療への応用と病態理解の深化に貢献します。

NMRベースのメタボロミクスを用いた重症患者における代謝異常物の同定と定量

さらに動画を探す