Name: ネイティブγH2Aによる一般的な脆弱サイトブレークのキャプチャ。X ChIPの (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-24T14:20:00.000+00:00
Duration: 9 min 46 s
Description: 学ぶネイティブγH2A.X ChIP法による一般的な脆弱サイトブレークの検出法。従来法より時間と労力を大幅に削減しつつ、高い再現性と信頼性を維持する革新的な手法です。

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<ol><li>Glover, T. W., Berger, C., Coyle, J., Echo, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+polymerase+alpha+inhibition+by+aphidicolin+induces+gaps+and+breaks+at+common+fragile+sites+in+human+chromosomes%5BTitle%5D)+AND+%22Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">DNA polymerase alpha inhibition by aphidicolin induces gaps and breaks at common fragile sites in human chromosomes.</a> Hum Genet. 67 (2), 136-142 (1984).</li>
<li>Bignell, G. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Signatures+of+mutation+and+selection+in+the+cancer+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Signatures of mutation and selection in the cancer genome.</a> Nature. 463 (7283), 893-898 (2010).</li>
<li>Hellman, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+role+for+common+fragile+site+induction+in+amplification+of+human+oncogenes%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">A role for common fragile site induction in amplification of human oncogenes.</a> Cancer Cell. 1 (1), 89-97 (2002).</li>
<li>Kotzot, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Parental+origin+and+mechanisms+of+formation+of+cytogenetically+recognisable+de+novo+direct+and+inverted+duplications%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Genet%22%5BJournal%5D)">Parental origin and mechanisms of formation of cytogenetically recognisable de novo direct and inverted duplications.</a> J Med Genet. 37 (4), 281-286 (2000).</li>
<li>Miller, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+amplification+of+MET+with+boundaries+within+fragile+site+FRA7G+and+upregulation+of+MET+pathways+in+esophageal+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Genomic amplification of MET with boundaries within fragile site FRA7G and upregulation of MET pathways in esophageal adenocarcinoma.</a> Oncogene. 25 (3), 409-418 (2006).</li>
<li>Zack, T. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pan-cancer+patterns+of+somatic+copy+number+alteration%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Pan-cancer patterns of somatic copy number alteration.</a> Nat Genet. 45 (10), 1134-1140 (2013).</li>
<li>Gao, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Common+fragile+sites+%28CFS%29+and+extremely+large+CFS+genes+are+targets+for+human+papillomavirus+integrations+and+chromosome+rearrangements+in+oropharyngeal+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Chromosomes+Cancer%22%5BJournal%5D)">Common fragile sites (CFS) and extremely large CFS genes are targets for human papillomavirus integrations and chromosome rearrangements in oropharyngeal squamous cell carcinoma.</a> Genes Chromosomes Cancer. 56 (1), 59-74 (2017).</li>
<li>Thorland, E. C., Myers, S. L., Gostout, B. S., Smith, D. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Common+fragile+sites+are+preferential+targets+for+HPV16+integrations+in+cervical+tumors%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Common fragile sites are preferential targets for HPV16 integrations in cervical tumors.</a> Oncogene. 22 (8), 1225-1377 (2003).</li>
<li>Matovina, M., Sabol, I., Grubisić, G., Gasperov, N. M., Grce, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+human+papillomavirus+type+16+integration+sites+in+high-grade+precancerous+cervical+lesions%5BTitle%5D)+AND+%22Gynecol+Oncol%22%5BJournal%5D)">Identification of human papillomavirus type 16 integration sites in high-grade precancerous cervical lesions.</a> Gynecol Oncol. 113 (1), 120-127 (2009).</li>
<li>Yu, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+viral+integration+in+the+development+of+cervical+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Genet+Cytogenet%22%5BJournal%5D)">The role of viral integration in the development of cervical cancer.</a> Cancer Genet Cytogenet. 158 (1), 27-34 (2005).</li>
<li>Bignell, G. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Signatures+of+mutation+and+selection+in+the+cancer+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Signatures of mutation and selection in the cancer genome.</a> Nature. 463 (7283), 893-898 (2010).</li>
<li>Thavathiru, E., Ludes-Meyers, J. H., MacLeod, M. C., Aldaz, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+common+chromosomal+fragile+site+genes%2C+WWOX%2FFRA16D+and+FHIT%2FFRA3B+is+downregulated+by+exposure+to+environmental+carcinogens%2C+UV%2C+and+BPDE+but+not+by+IR%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Carcinog%22%5BJournal%5D)">Expression of common chromosomal fragile site genes, WWOX/FRA16D and FHIT/FRA3B is downregulated by exposure to environmental carcinogens, UV, and BPDE but not by IR.</a> Mol Carcinog. 44 (3), 174-182 (2005).</li>
<li>Sirbu, B. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+protein+dynamics+at+active%2C+stalled%2C+and+collapsed+replication+forks%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">Analysis of protein dynamics at active, stalled, and collapsed replication forks.</a> Genes Dev. 25 (12), 1320-1327 (2011).</li>
<li>Barlow, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+early+replicating+fragile+sites+that+contribute+to+genome+instability%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Identification of early replicating fragile sites that contribute to genome instability.</a> Cell. 152 (3), 620-632 (2013).</li>
<li>Petermann, E., Orta, M. L., Issaeva, N., Schultz, N., Helleday, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hydroxyurea-stalled+replication+forks+become+progressively+inactivated+and+require+two+different+RAD51-mediated+pathways+for+restart+and+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Hydroxyurea-stalled replication forks become progressively inactivated and require two different RAD51-mediated pathways for restart and repair.</a> Mol Cell. 37 (4), 492-502 (2010).</li>
<li>Rogakou, E. P., Pilch, D. R., Orr, A. H., Ivanova, V. S., Bonner, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+double-stranded+breaks+induce+histone+H2AX+phosphorylation+on+serine+139%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">DNA double-stranded breaks induce histone H2AX phosphorylation on serine 139.</a> J Biol Chem. 273 (10), 5858-5868 (1998).</li>
<li>Shanbhag, N. M., Rafalska-Metcalf, I. U., Balane-Bolivar, C., Janicki, S. M., Greenberg, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATM-dependent+chromatin+changes+silence+transcription+in+cis+to+DNA+double-strand+breaks%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">ATM-dependent chromatin changes silence transcription in cis to DNA double-strand breaks.</a> Cell. 141 (6), 970-981 (2010).</li>
<li>Stiff, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATR-dependent+phosphorylation+and+activation+of+ATM+in+response+to+UV+treatment+or+replication+fork+stalling%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">ATR-dependent phosphorylation and activation of ATM in response to UV treatment or replication fork stalling.</a> EMBO J. 25 (24), 5775-5782 (2006).</li>
<li>Nelson, J. D., Denisenko, O., Bomsztyk, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+chromatin+immunoprecipitation+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Fast chromatin immunoprecipitation assay.</a> Nuc Acids Res. 34 (5), e2(2006).</li>
<li>Dorbic, T., Wittig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+oligonucleosomes+from+active+chromatin+using+HMG17-specific+monoclonal+antibodies%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Isolation of oligonucleosomes from active chromatin using HMG17-specific monoclonal antibodies.</a> Nuc Acids Res. 14 (8), 3363-3376 (1986).</li>
<li>Dorbic, T., Wittig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+from+transcribed+genes+contains+HMG17+only+downstream+from+the+starting+point+of+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Chromatin from transcribed genes contains HMG17 only downstream from the starting point of transcription.</a> EMBO J. 6 (8), 2393-2399 (1987).</li>
<li>Hebbes, T. R., Thorne, A. W., Crane-Robinson, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+direct+link+between+core+histone+acetylation+and+transcriptionally+active+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">A direct link between core histone acetylation and transcriptionally active chromatin.</a> EMBO J. 7 (5), 1395-1402 (1988).</li>
<li>Hebbes, T. R., Thorne, A. W., Clayton, A. L., Crane-Robinson, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+acetylation+and+globin+gene+switching%5BTitle%5D)+AND+%22Nuc+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Histone acetylation and globin gene switching.</a> Nuc Acids Res. 20 (5), 1017-1022 (1992).</li>
<li>Hebbes, T. R., Clayton, A. L., Thorne, A. W., Crane-Robinson, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Core+histone+hyperacetylation+co-maps+with+generalized+DNase+I+sensitivity+in+the+chicken+beta-globin+chromosomal+domain%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Core histone hyperacetylation co-maps with generalized DNase I sensitivity in the chicken beta-globin chromosomal domain.</a> EMBO J. 13 (8), 1823-1830 (1994).</li>
<li>Orlando, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+chromosomal+proteins+in+vivo+by+formaldehyde-crosslinked-chromatin+immunoprecipitation%5BTitle%5D)+AND+%22Trend+Biochem%2C+Sci%22%5BJournal%5D)">Mapping chromosomal proteins in vivo by formaldehyde-crosslinked-chromatin immunoprecipitation.</a> Trend Biochem, Sci. 25 (3), 99-104 (2000).</li>
<li>Myers, F. A., Evans, D. R., Clayton, A. L., Thorne, A. W., Crane-Robinson, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+and+extended+acetylation+of+histones+H4+and+H3+at+active+and+inactive+genes+in+chicken+embryo+erythrocytes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Targeted and extended acetylation of histones H4 and H3 at active and inactive genes in chicken embryo erythrocytes.</a> J Biol Chem. 276 (23), 20197-20205 (2001).</li>
<li>Litt, M. D., Simpson, M., Recillas-Targa, F., Prioleau, M. N., Felsenfeld, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transitions+in+histone+acetylation+reveal+boundaries+of+three+separately+regulated+neighboring+loci%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Transitions in histone acetylation reveal boundaries of three separately regulated neighboring loci.</a> EMBO J. 20 (9), 2224-2235 (2001).</li>
<li>Madisen, L., Krumm, A., Hebbes, T. R., Groudine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+immunoglobulin+heavy+chain+locus+control+region+increases+histone+acetylation+along+linked+c-myc+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">The immunoglobulin heavy chain locus control region increases histone acetylation along linked c-myc genes.</a> Mol Cell Biol. 18 (11), 6281-6292 (1998).</li>
<li>Clayton, A. L., Hebbes, T. R., Thorne, A. W., Crane-Robinson, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+acetylation+and+gene+induction+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Lett%22%5BJournal%5D)">Histone acetylation and gene induction in human cells.</a> FEBS Lett. 336 (1), 23-26 (1993).</li>
<li>Tseng, Z., Wu, T., Liu, Y., Zhong, M., Xiao, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+native+chromatin+immunoprecipitation+to+interrogate+histone+variant+protein+deposition+in+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Using native chromatin immunoprecipitation to interrogate histone variant protein deposition in embryonic stem cells.</a> Methods Mol Biol. 1176, 11-22 (2014).</li>
<li>Durkin, S. G., Glover, T. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromosome+fragile+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Genetics%22%5BJournal%5D)">Chromosome fragile sites.</a> Ann Rev Genetics. 41, 169-192 (2007).</li>
<li>Lee, J. B., Keung, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+immunoprecipitation+in+human+and+yeast+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Chromatin immunoprecipitation in human and yeast cells.</a> Methods Mol Biol. 1767, 257-269 (2018).</li>
<li>Miyamoto, R., Yokoyama, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+fractionation-assisted+native+ChIP+%28fanChIP%29+to+capture+protein-protein%2FDNA+interactions+on+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for fractionation-assisted native ChIP (fanChIP) to capture protein-protein/DNA interactions on chromatin.</a> STAR Protoc. 2 (2), 100404(2021).</li>
<li>Mendez, J., Stillman, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+association+of+human+origin+recognition+complex%2C+cdc6%2C+and+minichromosome+maintenance+proteins+during+the+cell+cycle%3A+Assembly+of+prereplication+complexes+in+late+mitosis%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Chromatin association of human origin recognition complex, cdc6, and minichromosome maintenance proteins during the cell cycle: Assembly of prereplication complexes in late mitosis.</a> Mol Cell Biol. 20 (22), 8602-8612 (2000).</li>
<li>Nowak, D. E., Tian, B., Brasier, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-step+cross-linking+method+for+identification+of+NF-%CE%BAB+gene+network+by+chromatin+immunoprecipitation%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">Two-step cross-linking method for identification of NF-κB gene network by chromatin immunoprecipitation.</a> BioTechniques. 39 (5), 715-725 (2005).</li>
<li>Schmittgen, T. D., Livak, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+real-time+PCR+data+by+the+comparative+C%28T%29+method%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Analyzing real-time PCR data by the comparative C(T) method.</a> Nat Protoc. 3 (6), 1101-1108 (2008).</li>
<li>Lu, X., Parvathaneni, S., Hara, T., Lal, A., Sharma, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Replication+stress+induces+specific+enrichment+of+RECQ1+at+common+fragile+sites+FRA3B+and+FRA16D%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cancer%22%5BJournal%5D)">Replication stress induces specific enrichment of RECQ1 at common fragile sites FRA3B and FRA16D.</a> Mol Cancer. 12, 29(2013).</li>
<li>Ruijter, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amplification+efficiency%3A+linking+baseline+and+bias+in+the+analysis+of+quantitative+PCR+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Amplification efficiency: linking baseline and bias in the analysis of quantitative PCR data.</a> Nucl Acids Res. 37 (6), e45(2009).</li>
<li>Lyu, X., Chastain, M., Chai, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+mapping+and+profiling+of+%CE%B3H2AX+binding+hotspots+in+response+to+different+replication+stress+inducers%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Genome-wide mapping and profiling of γH2AX binding hotspots in response to different replication stress inducers.</a> BMC Genomics. 20, 579(2019).</li>
<li>Farmer, P. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+epidemiology+studies+of+carcinogenic+environmental+pollutants.+Effects+of+polycyclic+aromatic+hydrocarbons+%28PAHs%29+in+environmental+pollution+on+exogenous+and+oxidative+DNA+damage%5BTitle%5D)+AND+%22Mutat+Res%22%5BJournal%5D)">Molecular epidemiology studies of carcinogenic environmental pollutants. Effects of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) in environmental pollution on exogenous and oxidative DNA damage.</a> Mutat Res. 544 (2-3), 397-402 (2003).</li>
<li>Phillips, D. H., Arlt, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genotoxicity%3A+damage+to+DNA+and+its+consequences%5BTitle%5D)+AND+%22EXS%22%5BJournal%5D)">Genotoxicity: damage to DNA and its consequences.</a> EXS. 99, 87-110 (2009).</li>
<li>Nitsch, S., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Native+ChIP%3A+Studying+the+genome-wide+distribution+of+histone+modifications+in+cells+and+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Meth+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Native ChIP: Studying the genome-wide distribution of histone modifications in cells and tissue.</a> Meth Mol Biol. 2846, (2024).</li>
<li>Nikitina, T., Wang, D., Gomberg, M., Grigoryev, S. A., Zhurkin, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combined+micrococcal+nuclease+and+exonuclease+III+digestion+reveals+precise+positions+of+the+nucleosome+core%2Flinker+junctions%3A+implications+for+high-resolution+nucleosome+mapping%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Combined micrococcal nuclease and exonuclease III digestion reveals precise positions of the nucleosome core/linker junctions: implications for high-resolution nucleosome mapping.</a> J Mol Biol. 425 (11), 1946-1960 (2013).</li>
<li>Teves, S. S., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salt+fractionation+of+nucleosomes+for+genome-wide+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Salt fractionation of nucleosomes for genome-wide profiling.</a> Methods Mol Biol. 833, 421-432 (2012).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0.2 & マイクロ;m ニトロセルロース膜</td><td>アマルサム</td><td>10600011</td><td></td></tr><tr><td>アクチンB</td><td>プロテインテック</td><td>20536-1-APです</td><td></td></tr><tr><td>アフィジコリン</td><td>メドケムエクスプレス</td><td>ハイ-N6733</td><td></td></tr><tr><td>ChIPグレードの磁性プロテインA/Gビーズ</td><td>サーモフィッシャー</td><td>26162</td><td></td></tr><tr><td>Clarity Western ECL基板</td><td>バイオラッド</td><td>#1705061</td><td></td></tr><tr><td>グリコーゲン、分子生物学グレード</td><td>サーモフィッシャー</td><td>猫。いいえ&nbsp;R0561</td><td></td></tr><tr><td>HRP結合二次抗体&nbsp;</td><td>プロテインテック</td><td>SA00001-2</td><td></td></tr><tr><td>ヒドロキシ尿素&NBSP;</td><td>メドケムエクスプレス</td><td>ハイ-B0313</td><td></td></tr><tr><td>ミクロコッカスヌクレアーゼ&nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0247S</td><td></td></tr><tr><td>正常なIgG&nbsp;</td><td>サンタクルス</td><td>SC-2025</td><td></td></tr><tr><td>Taq ユニバーサル SYBR グリーン スーパーミックス&nbsp;</td><td>バイオラッド</td><td>1725120</td><td></td></tr><tr><td>&ガンマ;H2Aです。X抗体&nbsp;(ChIPの場合)</td><td>シグマ・アルドリッチ</td><td>05-636</td><td></td></tr><tr><td>&ガンマ;H2Aです。X抗体(WB用)</td><td>細胞シグナル伝達</td><td>#25955</td><td></td></tr></tbody></table>

ネイティブγh2aによる一般的な脆弱サイトブレークのキャプチャ。x chipの

Capturing Common Fragile Site Breaks by Native &#947;H2A.X ChIP

クロマチンフラグメントのサイズは、抗体結合のためのDNA領域のアクセシビリティに直接影響を与えるため、Native ChIPの成功にとって非常に重要です。クロマチンフラグメンテーションに最適なMNase濃度を決定するために、さまざまな濃度のMNase(つまり、反応あたり0.0625 U、0.125 U、0.25 U、0.5 U、1 U、2 U、4 U、8 U)と40 μLの単離核を含む一連の微量遠心チューブを調製しました。各反応を37°Cで5分間インキュベートし、さまざまなクロマチンフラグメントサイズを達成しました。MNase消化の結果を 図2に示します。
図2に示すように、MNaseの濃度が高いほど、クロマチンの消化がより広範囲に行われ、その結果、モノヌクレオソームフラグメントが優勢になりました(図2、レーン1、2、および3)。対照的に、MNase濃度が低い場合、クロマチンフラグメントの大部分は大きく、...

ネイティブγH2Aによる一般的な脆弱サイトブレークのキャプチャ。X ChIPの

Replication stress induced by exposure to extrinsic agents can lead to DNA breaks at common fragile sites, which are regions in the genome known to be ...

capturing-common-fragile-site-breaks-by-native-h2ax-chip

Research

JoVE Journal

Biochemistry

生物化学

ここではそれらの完全な複製および/または時系列の寿命の間に単一の出芽酵母細胞の連続的かつ高分解能顕微鏡イメージングを可能にするマイクロ流体装置の動作を説明する。...

出芽酵母の老化複製の連続高分解能顕微鏡観察

この記事では、単一細胞解析のためのマイクロ流体チップを提示する。これは、蛍光アッセイまたはイムノアッセイによって細胞内タンパク質、酵素、補因子、およびセカンドメッセンジャーの定量化を可能にする。...

単一細胞の多彩な化学分析マイクロ流体チップ

オンチップインターコネクトスタックの時間依存型絶縁破壊(TDDB)は、マイクロエレクトロニクスデバイスにとって最も重要な故障メカニズムの一つです。この論文では、透過型電子顕微鏡でのin situ...

その場での透過型電子顕微鏡での時間依存絶縁破壊：マイクロエレクトロニクスデバイスの故障メカニズムを理解することが可能

表面パターニングのための走査型トンネル顕微鏡の原子計測と選択的原子層堆積および反応性イオンエッチングを組み合わせるためのプロトコルを報告します。多数の大気への曝露と輸送を伴う堅牢なプロセスを使用して、原子計測を備えた3Dナノ構造が作製されます。...

アトミックトレーサブルナノ構造作製

ここで紹介する自己組織化プロセスのリアルタイム観測のための実験プロトコル液晶セルの透過型電子顕微鏡を用いたします。...

ナノ粒子の自己集合の追跡のため液晶セルの透過電子顕微鏡観察

ここでは、伸縮性、デュアル チャネルの作製、臓器レベルの機能体外の概説のため器官チップ マイクロ細胞培養装置を記述するプロトコルを提案する.

伸縮性、デュアル チャネル、オルガン マイクロ流体チップのスケーラブルな作製

本論文では、高圧条件に適した2つのマイクロ流体製作技術、すなわちフォトリソグラフィー/ウェットエッチング/熱結合および選択的レーザー誘導エッチング(SLE)の比較研究と共にプロトコルについて説明する。これらの技術は、リザーバ条件下での代理透過性媒体および破壊されたシステムにおける流体流量を直接観察するためのプラットフォームを可能にするプラットフォームを構成する。...

破壊された非伝統的な貯留層におけるマイクロスケール超臨界CO2 フォーム輸送の高圧試験のためのマイクロ流体製造技術

ここでは、いくつかの一般的に使用されるサンプル調製方法を詳述しながら 、Situ...

透過型電子顕微鏡 で の密閉セルガス反応の実施

マイクロ流体チップ上のマウス胚組織の培養および操作のためのプロトコールが提供される。経路変調器のパルスを印加することにより、このシステムは、マウスのソミトジェネシスの機能的調査のためのシグナル伝達振動を外部的に制御するために使用することができる。...

ソミトジェネシスを支配するシグナル伝達振動の機能的調査のためのマイクロフルイディクスアプローチ

この記事では、窒化ケイ素膜共振器のライフサイクルを、設計から製造、特性評価までたどります。...

高Q窒化ケイ素膜共振器の作製と特性評価

ポリジメチルシロキサン(PDMS)チップデバイスの膜用防水シリコーン系シールを製造するための新しいシーリングプロトコル。ラボでのチップモデルの構築や小規模なチッププラットフォーム開発を目的としています。このプロトコルはプラスチックとネイティブ組織膜を用いて実証します。この手順にはPDMS、トルエン、型、膜、真空チャンバーのみが必要です。...

柔軟で信頼性の高い接着のためのシリコーンチップ・トゥ・膜シールのアクセスしやすい手順

学ぶネイティブγH2A.X ChIP法による一般的な脆弱サイトブレークの検出法。従来法より時間と労力を大幅に削減しつつ、高い再現性と信頼性を維持する革新的な手法です。

ネイティブγH2Aによる一般的な脆弱サイトブレークのキャプチャ。X ChIPの

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