Name: 空間トランスクリプトーム解析のためのゼブラフィッシュ幼生切片の空間コンパクト配置 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-16T12:50:00.000+00:00
Duration: 7 min 40 s
Description: 学ぶゼブラフィッシュ幼生の空間コンパクト配置による空間トランスクリプトーム解析法。コストを抑えつつバッチ効果を最小化し、膀胱発生と機能を大規模に研究する効率的な手法です。

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<ol><li>Rao, A., Barkley, D., França, G. S., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+tissue+architecture+using+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.</a> Nature. 596 (7871), 211-220 (2021).</li>
<li>Longo, S. K., Guo, M. G., Ji, A. L., Khavari, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+single-cell+and+spatial+transcriptomics+to+elucidate+intercellular+tissue+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics.</a> Nat Rev Genet. 22, 627-644 (2021).</li>
<li>Duhan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics%3A+background%2C+technologies%2C+applications%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Rep%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges.</a> Mol Biol Rep. 51, 600(2024).</li>
<li>Ståhl, P. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualization+and+analysis+of+gene+expression+in+tissue+sections+by+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics.</a> Science. 353 (6294), 78-82 (2016).</li>
<li>Colman, R. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-genome+and+targeted+sequencing+of+drug-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+on+the+iSeq100+and+MiSeq%3A+A+performance%2C+ease-of-use%2C+and+cost+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Med%22%5BJournal%5D)">Whole-genome and targeted sequencing of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis on the iSeq100 and MiSeq: A performance, ease-of-use, and cost evaluation.</a> PLOS Med. 16 (4), e1002194(2019).</li>
<li>Marques, I. J., Lupi, E., Mercader, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model+systems+for+regeneration%3A+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Model systems for regeneration: zebrafish.</a> Development. 146 (18), dev167692(2019).</li>
<li>Mohideen, M. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histology-based+screen+for+zebrafish+mutants+with+abnormal+cell+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Histology-based screen for zebrafish mutants with abnormal cell differentiation.</a> Dev Dyn. 228 (3), 414-423 (2003).</li>
<li>Copper, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+fixation+and+embedding+techniques+for+optimized+histological+preparation+of+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Biochem+Physiol+C+Toxicol+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of fixation and embedding techniques for optimized histological preparation of zebrafish.</a> Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. 208, 38-46 (2018).</li>
<li>Stock, R. J., Labudovich, M., Ducatman, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Asymptomatic+first-trimester+liver+cell+adenoma%3A+diagnosis+by+fine-needle+aspiration+cytology+with+cytochemical+and+ultrastructural+study%5BTitle%5D)+AND+%22Obstet+Gynecol%22%5BJournal%5D)">Asymptomatic first-trimester liver cell adenoma: diagnosis by fine-needle aspiration cytology with cytochemical and ultrastructural study.</a> Obstet Gynecol. 66 (2), 287-290 (1985).</li>
<li>Petukhov, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+segmentation+in+imaging-based+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Cell segmentation in imaging-based spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (3), 345-354 (2022).</li>
<li>Meyer, T., Tiburcy, M., Zimmermann, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cardiac+macrotissues-on-a-plate+models+for+phenotypic+drug+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Drug+Deliv+Rev%22%5BJournal%5D)">Cardiac macrotissues-on-a-plate models for phenotypic drug screens.</a> Adv Drug Deliv Rev. 140, 93-100 (2019).</li>
<li>Kimmel, C. B., Ballard, W. W., Kimmel, S. R., Ullmann, B., Schilling, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stages+of+embryonic+development+of+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Stages of embryonic development of the zebrafish.</a> Dev Dyn. 203 (3), 253-310 (1995).</li>
<li>Yu, K., Xing, J., Zhang, J., Zhao, R., Zhang, Y., Zhao, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+multiple+cycles+of+freeze-thawing+on+the+RNA+quality+of+lung+cancer+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Tissue+Bank%22%5BJournal%5D)">Effect of multiple cycles of freeze-thawing on the RNA quality of lung cancer tissues.</a> Cell Tissue Bank. 18 (3), 433-440 (2017).</li>
<li>Yang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decontamination+of+ambient+RNA+in+single-cell+RNA-seq+with+DecontX%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX.</a> Genome Biol. 21 (1), 57(2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1 L ビーカー</td><td>パイレックス</td><td>1003</td><td></td></tr><tr><td>200 プルーフ ピュア エタノール</td><td>Koptec</td><td>V1001</td><td></td></tr><tr><td>酢酸、氷河</td><td>VWR</td><td>0714</td><td>酸性化アルコール</td></tr><tr><td>アルミ ホイル</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>カバー スリップ</td><td>エプレディア</td><td>24X50-1.5-001G</td><td></td></tr><tr><td>使い捨てベース金型</td><td>フィッシャー ヘルスケア</td><td>22-363-556</td><td></td></tr><tr><td>蒸留水</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DPXの封入剤</td><td>Sigma-Aldrich</td> 組織学のための<td>06522</td><td>の封入剤</td></tr><tr><td>ドライアイスの餌</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Dumont #5SF Forceps</td><td>Fine Science Tools</td><td>11252-00</td><td></td></tr><tr><td>Eosin-Y アルコール</td><td>性Epredia</td><td>71204</td><td>Eosin Y 1%</td></tr><tr><td>Gill 1 Hematoxylin</td><td>Epredia</td><td>72411</td><td>ヘマトキシリン</td></tr><tr><td>Kimwipe</td><td>Kimberly-Clark Professional</td><td>34120</td><td>吸収性、糸くずの出ないワイプ</td></tr><tr><td>ラボラベリングテープ</td><td>VWR</td><td>89097-934</td><td></td></tr><tr><td>ミクロトームブレード MX35 Ultra</td><td>Epredia</td><td>3053835</td><td></td></tr><tr><td>ミクロトーム クライオスタット</td><td>Thermo Scientific</td><td>Microme HM 525</td><td></td></tr><tr><td>O.C.T. Compound</td><td>Fisher HealthCare</td><td>23-730-571</td><td>凍結媒体</td></tr><tr><td>パラホルムアルデヒド</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>158127</td><td>PFA</td></tr><tr><td>油性マーカー</td><td>VWR</td><td>52877-886</td><td></td></tr><tr><td>分度器</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SafeClear キシレン代替品</td><td>フィッシャーブランド</td><td>68551-16-6</td><td>キシレン代替品</td></tr><tr><td>片刃</td><td>アメリカンライン</td><td>66-0407</td><td></td></tr><tr><td>Steriomicroscope</td><td>Zeiss</td><td>4350639000</td><td>Stemi 305 w/ double spot LED (4355259020) and Stand K lab (4354259010)</td></tr><tr><td>Superfrost Plus Micro Slides</td><td>VWR</td><td>48311-703</td><td></td></tr><tr><td>Transfer pipet</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Xenium V1 slide</td><td>10X/Xenium</td><td>3000941</td><td>spatial transcriptomic imaging slide</td></tr></tbody></table>

空間トランスクリプトーム解析のためのゼブラフィッシュ幼生切片の空間コンパクト配置

Spatially Compact Arrangement of Larval Zebrafish Sections for Spatial Transcriptomic Analysis

この方法(図1)では、ゼブラフィッシュを動物モデルとして用い、空間的に分解された遺伝子発現パターンを探索します。ゼブラフィッシュの幼生を効率的に凍結切片化して空間イメージングを行うことは困難です。切片は、組織構造と検出可能な遺伝子を保持するために高品質でなければなりません(図4)。空間効率の高いイメージングのためには、複数のサンプルを含む切片を正確に位置合わせして、すべてのサンプルの関心領域を解析する必要があります(図2および図5)。最後に、空間トランスクリプトミクススライドのイメージング領域内の潜在的なデータポイントの数を最大化するために、セクションを効率的に収集し、間隔を空ける必要があります(図3および図6)。これら3つのパラメータを使用して実験...

Spatial transcriptomic techniques are a sophisticated tool in biomedical research to visualize spatially registered gene expression patterns. Imaging and ...

spatially-compact-arrangement-larval-zebrafish-sections-for-spatial

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

発生生物学

in situハイブリダイゼーション全体のマウントは、発生生物学で最も広く使用されている技術の一つです。ここで、我々は、単一の遺伝子の正確な発現パターンを解析するためと、二つの遺伝子の発現領域の重なりを判定するためのin...

ゼブラフィッシュの全マウント高分解能二重蛍光上皮内ハイブリダイゼーション

体節形成には、その空間的なパターン脊椎動物の胚の体軸リズミカルな発達過程である。以前、我々はこのプロセスを駆動する巡回遺伝子を観察する蛍光レポーターを使用したトランスジェニックゼブラフィッシュ系統を開発しました。ここでは、in vitroでの時間をかけて、これらの線とイメージ、その振動からの培養分散した細胞。...

シングル細胞におけるゼブラフィッシュセグメンテーション時計のイメージングのための分散前体節中胚葉細胞培養物の世代

我々の研究室では、7日齢のゼブラフィッシュの幼虫で、いくつかの異なる挙動の検出に有用な新規なハイスループット自動化されたイメージングシステムを開発しました。幼虫は、環境毒素又は薬剤に曝露された後にシステムが動作の微妙な変化を検出するために用いることができる。...

ゼブラフィッシュ幼生における自動化ハイスループット行動分析

ゼブラフィッシュの個体やグループを追跡できる3D自動ビデオシステムの使用について説明しています。応用例として、NMDA受容体拮抗薬MK-801がゼブラフィッシュの群れに及ぼす影響について検討します。...

自動3D追跡システムを使用して、成魚のゼブラフィッシュの個体群と群れを記録

このような増殖、パターニング、分化、および軸索ガイダンスとして発生プロセスを容易にゼブラフィッシュ脊髄でモデル化することができる。この記事では、これらのイベントの可視化を最適化した、ゼブラフィッシュ胚の取付け手順を説明します。...

解剖やゼブラフィッシュ胚の横方向の取付：脊髄発達の解析

ゼブラフィッシュの心臓発生中の心臓遺伝子発現プロファイルを分析するために、総RNAを単離した心臓から抽出されなければならない。ここでは、心臓特異的mRNAを得るために、ゼブラフィッシュの胚からの迅速な手動の切開によって、機能/鼓動心を収集するためのプロトコルを提示する。...

転写分析のための大規模ゼブラフィッシュ胚心臓解剖

ここでは、通常の発達過程を妨げずにゼブラフィッシュの胚のサイズを小さくする方法について述べる。この手法により、サイズ変更に対するパターンのスケーリングと開発の堅牢性の検討が可能になります。...

胚性パターンスケーリングの研究のためのゼブラフィッシュの外科的サイズ縮小

このプロトコルでは、ゼブラフィッシュ胚切片の in situ ハイブリダイゼーションと免疫組織化学を組み合わせて画像を取得する方法について説明します。凍結切片の前に in situ...

その場で 凍結切片ゼブラフィッシュ胚における免疫組織化学と組み合わせたハイブリダイゼーション

ここでは、3次元蛍光顕微鏡を用いたゼブラフィッシュ仔魚の in vivo...

インビボ 3次元蛍光顕微鏡を用いたゼブラフィッシュ幼生の全脳イメージング

ここでは、ゼブラフィッシュ仔魚の受精後5日目の腸管分離法について、シングルセルRNAシーケンシング解析法について述べる。...

シングルセルRNAシーケンシングのためのゼブラフィッシュ幼生からの腸管分離

ライトシート顕微鏡を使用して、無傷の絨毛膜内の初期のゼブラフィッシュ胚をイメージングするためのサンプル調製戦略について説明します。これは、70%エピボリーおよび芽の段階で胚が絨毛膜内で獲得するさまざまな向きを分析し、ライトシートシステムを使用して胚全体で細胞スケールの分解能を得るためのイメージング戦略を詳しく説明します。...

初期ゼブラフィッシュ胚のライトシート顕微鏡イメージングとマウント戦略

学ぶゼブラフィッシュ幼生の空間コンパクト配置による空間トランスクリプトーム解析法。コストを抑えつつバッチ効果を最小化し、膀胱発生と機能を大規模に研究する効率的な手法です。

空間トランスクリプトーム解析のためのゼブラフィッシュ幼生切片の空間コンパクト配置

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