Name: 大面積イメージングによる水中環境の構造・組成・変化の測定 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T13:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 19 s
Description: 学ぶ大面積イメージングプロトコルによるサンゴ礁生態系の構造複雑性と群集組成の測定法。高品質な水中画像を用いて詳細な生態データを抽出し、長期的な変化追跡を可能にします。

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<table><tbody><tr><td>1 "x 4 1/4" x 3 1/4 "カスタム機械加工アセタール</td><td>N / A</td><td>N / A</td><td>1.1ギアの準備;カメラのスライドとマウントのcontruction用</td></tr><tr><td>1/2インチ マリングレード高密度ポリエチレン</td><td>キングスターボード</td><td>N/A</td><td>1.1 ギア準備;カメラの外枠とカメラ取り付けパネルの取り付け用</td></tr><tr><td>18-8 フラットヘッド ステンレス鋼 プラス フラットヘッド ネジ、3/8"-16 ネジ サイズ、1-1/2"ロング</td><td>マクマスター</td><td>カー91771A628</td><td>1.1ギアの準備;カメラフレームアセンブリ用</td></tr><tr><td>18-8ステンレス鋼ソケットヘッドネジ、10-24スレッドサイズ、1-1 / 8 "ロング</td><td>McMaster-Carr</td><td>92196A248</td><td>1.1ギア準備;</td></tr><tr><td>1ポンドのダイビングウェイト</td>ハウスオブ<td>スキューバ</td><td>WBELT24 1LB</td><td>1.2プロットセットアップを処理するための取り付けプレートを固定するために使用されます。参照フロート</td></tr><tr><td>200DLニコンD780デジタル一眼レフカメラ</td><td>Ikelite</td><td>71019</td><td>1.1ギアの準備のための水中ハウジングに使用されます。デジタルカメラ用水中ハウジング</td></tr><tr><td>24mm固定レンズ (AF-S NIKKOR 24mm f/1.8G ED)</td><td>Nikkor</td><td>20057</td><td>1.1 ギア準備;画像のオーバーラップを増やすための広角レンズ</td></tr><tr><td>250# グレー はえ縄 ポリソフト</td><td>コンチネンタル ウエスタン</td><td>503086</td><td>1.2 プロット セットアップ;スケールバーを作成します。モデルスケールを決定するための地上制御マーカー</td></tr><tr><td>3ポンド掘削ハンマー</td><td>Estwing</td><td>B3-3LB</td><td>1.2プロットセットアップ;調査サイトでステンレス鋼の杭を取り付けるために使用されます</td></tr><tr><td>3/8-16 X 18インチ THRD ロッド W / 60度ポイント 316 S / S</td><td>アババボルト</td><td>37C1800ROD6/60DEG</td><td>1.2 プロットセットアップ;調査サイト</td></tr><tr><td>316ステンレス鋼ナイロンインサートロックナット超耐食性、1/4 "-20スレッドサイズ</td><td>McMaster-Carr</td><td>90715a125</td><td>1.2プロットセットアップをマークするための恒久的な設置用。スケールバーとフレームアセンブリ用。</td></tr><tr><td>316ステンレス鋼ナイロンインサートロックナット超耐食性、3/8 "-16スレッドサイズ</td><td>McMaster-Carr</td><td>90715A145</td><td>1.2プロットセットアップ;プロット</td></tr><tr><td>316ステンレス鋼フィリップス平頭ネジ、10-32スレッドサイズ、3/8 "ロング</td><td>McMaster-Carr</td><td>91500a827</td><td>1.1ギアの準備の向きのために左のステンレス鋼の杭に取り付けられています。カメラフレームアセンブリ用</td></tr><tr><td>4 "x4" Agisoftマーカー防水紙に印刷</td><td>Agisoft</td><td>N / A</td><td>1.2プロットセットアップ。コーナータイルを構築します。モデルの向きを決定するための地上制御マーカー</td></tr><tr><td>4 "x4" x1 / 4 "ステンレス鋼タイル</td><td>N / A</td><td>N / A</td><td>1.2プロットセットアップ;コーナータイルを構築します。モデルの向きを決定するための地上制御マーカー</td></tr><tr><td>4 "x4" x3 / 4 "カスタム印刷プラスチックagisoftマーカー高密度ポリエチレンカラーコア</td><td>N / A</td><td>N / A</td><td>1.2プロットセットアップ;スケールバーを作成します。モデルスケールを決定するための地上制御マーカー</td></tr><tr><td>512 GB Extreme PRO SDXC UHS-I カード - C10、U3、V30、4K UHD、SD カード</td><td>SanDisk</td><td>SDSDXXY-512G-GN4IN</td><td>1.1 ギアの準備;高速・大容量のストレージカード。カメラ1台につき最大2台を画像保存に使用</td></tr><tr>、<td>5TBエレメント、ポータブル外付けハードドライブ、HDD、USB 3.0</td>、<td>Western Digital</td>、<td>WDBU6Y0050BBK-WESN</td><td>、1.3、画像キャプチャ。画像保存および画像バックアップ用の大容量外付けハードドライブ</td></tr><tr><td>60 mm 固定レンズ (AF-S Micro NIKKOR 60mm F2.8G ED)</td><td>Nikkor</td><td>2177</td><td>1.1 ギア準備;マクロズームレンズ、デュアルカメラセットアップ用オプション</td></tr><tr><td>アセタール加工され、1インチx12インチ3/8インチ16スレッドサポートブレースN</td><td>/A</td><td>N/A</td><td>1.1ギア準備用にタップされています。カメラフレームサポートコラム</td></tr><tr><td>AquaMendエポキシパテスティック</td><td>JD工業用供給</td><td>470550</td><td>1.2プロットセットアップ;調査サイトでステンレス鋼の杭をインストールするために使用されます</td></tr><tr><td>建築 6063 アルミニウム U チャネル、1/8 インチ 壁の厚さ、1/2 インチ 高さ x 3/4 インチ 幅 外側</td><td>McMaster-Carr</td><td>9001k46</td><td>1.2 プロット セットアップ。スケールバーを作成します。モデルスケールを決定するための地上制御マーカー</td></tr><tr><td>ブラックオキサイド 18-8 ステンレス鋼なべ頭フィリップス ネジ、1/4 インチ -20 ネジ、1/2 インチ ロング</td><td>McMaster-Carr</td><td>91249a537</td><td>1.1 ギアの準備。ハウジングにアイクライトハンドルを取り付けるには</td></tr><tr><td>、ブラックオキサイド18-8ステンレス鋼なべ頭フィリップスネジ、1/4 "-20スレッド、5/8"ロング</td><td>McMaster-Carr</td><td>91249A539</td><td>1.2プロットセットアップ。スケールバーを作成します。モデルスケールを決定するための地上制御マーカー</td></tr><tr><td>ブルースチールロープ</td><td>コンチネンタルウエスタン</td><td>402020</td><td>1.2プロットセットアップ;調査中に底生生物に潜水フロートを固定するために使用されます</td></tr><tr><td>D780カメラ本体</td><td>ニコン</td><td>1618</td><td>1.1 ギアの準備;カメラ本体モデル</td></tr><tr><td>DGX Tech Compass (バンジーマウントとコード</td>付き) <td>Dive Gear Express</td><td>DX-9050x</td><td>1.2 プロットセットアップ;プロットベアリングのコレクションや、ナビゲーション補助ダイブコンピュータとしてのカメラフレームへの追加用</td></tr><tr><td>- Suunto Zoop Novo</td><td>Suunto&nbsp;</td><td>N/A</td><td>1.2プロット設定;参照タイルで深さを記録するには</td></tr><tr>、<td>ダイブスレート</td><td>TexWipe</td><td>TX5835</td><td>1.2プロットセットアップ。タイルの深さ、コード化されたターゲット番号などのプロットメタデータを記録するために使用されます</td></tr><tr><td>DL 8インチ ドームポート</td><td>イケライト</td><td>75340</td><td>1.1 ギアの準備;水中ハウジング用ドームポート</td></tr><tr><td>フロート、PVCスポンジ、直径5-3/4 "BY 3/4"、RUST</td><td>メンフィスネット&Twine</td><td>SB1</td><td>1.2プロットセットアップ;カメラオペレーターのプロット境界と水泳の高さを決定するための視覚的な参照として使用されます</td></tr><tr><td>Garmin 78s GPS</td><td>Garmin</td><td>010-00864-01</td><td>1.2プロットセットアップ。調査サイトの場所を記録するために使用されます</td></tr><tr><td>高性能コンピュータ</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>2.0 モデル構造;3D高密度点群処理の場合、高速10+コアCPU、128GB RAM(最小64 GB)、1TBソリッドステートドライブ、および専用のNVIDIAまたはAMD GPUを含む推奨仕様。</td></tr><tr><td>インフレータブルサーフェスダイブフロート</td><td>Omer</td><td>Atol 6246</td><td>1.2プロットセットアップ;デュアルパーパスサーフェスマーカーブイと&nbsp;</td></tr><tr><td>JOHNSONクロスチェックレベル:非磁性、2 1/4インチ x 1 7/16インチ x 3/16インチ、プラスチック、吊り下げ穴、1mm / m</td><td>グレイン</td><td>ジャー6C225</td><td>1.1ギア準備;ナビゲーション補助としてカメラフレームにオプション追加</td></tr><tr><td>長い巻尺、1/2 In x 30m、Pumpkin</td><td>Grainger</td><td>3LJW9</td><td>1.2プロットセットアップ。プロットエリアを設定するために使用されます</td></tr><tr><td>マンタリール SR. リール</td><td>マンタインダストリーズ</td><td>N/A</td><td>1.2 プロット設定;調査中に使用するためのダイブフロートに取り付けられ</td></tr>ています<tr>:<td>Metashapeプロフェッショナルライセンス</td><td>、Agisoft</td><td>N / A</td>、<td>2.0モデルコンストラクション。高密度点群処理用ソフトウェア</td></tr><tr><td>ノングレアクリアアクリル</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 プロットセットアップ;コーナータイルを構築します。モデルの向きを決定するための地上制御マーカー</td></tr><tr><td>DLポートシステム用Oリング0132.45、ULTRAcompact Housings</td><td>Ikelite</td><td>132.45</td><td>1.1ギアの準備;水中ハウジング用Oリング</td></tr><tr><td>デジタル一眼レフ用Oリング0132.59 &ミラーレスハウジング(タイプ1)</td><td>Ikelite</td><td>132.59</td><td>1.1ギアの準備;水中ハウジング用Oリング</td></tr><tr><td>パラコードまたはダクロンライン</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 プロットセットアップ;潜る重量に参照フロートを添付するために使用され</td></tr><tr><td>、不動態化18-8ステンレス鋼フィリップスフラットヘッドネジ、82度皿穴、1/4 "-20スレッド、1"ロング</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771A542</td><td>1.1ギアの準備。フレームスライダーパネル</td></tr><tr><td>パッシベーション18-8ステンレス鋼フィリップス皿頭ネジ、82度皿穴、1/4 "-20スレッド、1-3 / 4"ロング</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771a548</td><td>1.1ギア準備。フレームスライダーパネル</td></tr><tr><td>パッシベーション18-8ステンレス鋼フィリップスフラットヘッドネジ、82度皿穴、10-32スレッド、3/8 "ロング</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771A827</td><td>1.2プロットセットアップ。コーナータイルを構築します。モデルの向きを決定するための地上制御マーカー</td></tr><tr><td>ペリカン 1060 マイクロケース</td><td>ペリカン</td><td>1060-025-100</td><td>1.2 プロット設定;インフレータブルダイブフロートに取り付けられているGPSユニット用ハウジング</td></tr>プラスチック<tr><td>ヘッドつまみネジ1/4 "-20 x 2"</td> <td>McMaster-Carr</td><td>91185A819</td><td>1.1ギアの準備。カメラハウジングをフレームに固定するために使用します</td></tr><tr><td>エクステンション付き右手クイックリリースハンドル</td><td>Ikelite</td><td>4077.02</td><td>1.1ギアの準備;水中ハウジング用ハンドル</td></tr><tr><td>R</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>3.0 生態学的分析;構造複雑性スクリプトを実行するためのソフトウェア</td></tr><tr><td>Taglab</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>3.0 Ecological Analysis;セグメンテーション分析用ソフトウェア</td></tr><tr><td>シャッターまたは戻るボタンフォーカス用トリガーエクステンションv2</td><td>Ikelite</td><td>4077.95</td><td>1.1ギア準備;水中ハウジングのシャッターボタン制御のためのトリガー拡張</td></tr><tr><td>ゲージ付き真空ポンプ</td><td>Ikelite</td><td>47011</td><td>1.1 ギアの準備;水中カメラハウジングのOリングシールの完全性をテストするには、</td></tr><tr><td>Viscore</td><td>N / A</td><td>N / A</td><td>2.0モデル構造; 3.0生態学的分析;生態学的分析用ソフトウェア</td></tr></tbody></table>

大面積イメージングによる水中環境の構造・組成・変化の測定

Measuring the Structure, Composition, and Change of Underwater Environments with Large-area Imaging

現場での大面積の画像収集が成功すると、調査エリアを完全にトップダウンでカバーする高密度の点群再構成が作成されるはずですが、カバレッジの冗長性が不十分な場合、点群のギャップや完全な劣化につながる可能性があります(図4)。2016 年にハワイ諸島全体で実施された 43 の大面積画像調査では、データセットごとに平均 99.6% の画像が位置合わせされ、66% の画像セットで 100% の画像が位置合わせされました。広角レンズカメラから収集された画像の平均GSDは0.52 mm px-1 で、ズームレンズカメラからの平均GSDは0.18 mm px-1でした。これらの調査では、平均サイズが 5 億 5,770 万ポイント (15 GB) の高密度の点群が生成されました。
ここで説明する生態学的ワークフローは、サンゴ礁モニタリングの既存の方法論に匹敵するデータを生成するように設計されました78。ハワイ全土のLAI調査から抽出された生態学的データは、いくつかの外れ値を除けば、構造複雑性ワークフローから生じる線形粗さの測定値を示しており、これはサイト81全体の複雑さのその場の測定値と比較して相対値とよく一致しています81(図5A、B)。主要な底生機能群の被覆率を測定するためのLAIからの追加のコミュニティ組成分析は、従来のフォトクワドラット調査と比較して同様の整列を示している82(図5C、D)。ここでのクワッドラットサンプリングは、固着性無脊椎動物の密度を測定するために使用され、最も一般的なのはウニであり、これは相対的な存在量のカテゴリ別尺度として要約されました。LAI法は、in situ法81(図5E、F)と比較して、より高いレベルの存在量を定期的に記録しましたが、これは、迅速な目視センサスと比較して、特定のエリア内のすべての個人を包括的に検索および調査する能力によるものと考えられます。2Dオルソプロジェクションを使用してサンゴのコロニーをセグメント化すると、一般的なサンゴ分類群のサイズ分布がin situ法と同様のものであることも明らかになりました83(図5G、H)。
LAI調査の主な利点は、高密度の点群の共レジストレーションを通じて、サンゴ礁領域の経時的な変化をアーカイブおよび追跡できることです。サンゴ礁は生きた基質であり、LAIの調査では、異なる時点からの密集した点群を確実に共登録するために使用できる、自然または設置された恒久的な表面を特定するのが難しい場合があります。ミレニアム環礁の例(図6)は、高成長と構造損失の両方の例を示しており、サンゴ礁の表面が時間にわたってほとんどまたはまったく安定していないにもかかわらず、補助付き共レジストレーションワークフローが密集した点群の共レジストレーションに使用されました。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig01.jpg"> 
図1:組み立てられたカメラフレームの図。 (A、B)デュアルおよび(C、D)シングルカメラフレームのセットアップのビューの例。Ikelite カメラハウジングは、ハウジングハンドルに取り付けられたスライダープレートを使用して、カメラ取り付けパネルのフレームに取り付けられます。B に示すように、レベル、コンパス、ダイブコンピューターなどのナビゲーションを支援するオプションの計器をフレームに取り付けることができます。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig01large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig02.jpg"> 
図2:セットアップ100m2の大面積画像プロットの図。面積 100 m2 のフルセットアップの大面積イメージプロットの概略図。一時的なプロット マーカーには、6 つの境界タイル マーカー、4 つのスケール バー、4 つの参照フロートが含まれます。永久プロットマーカーには、オンショアを見たときに左の杭にロックナットを含む2つのステンレス鋼の杭が含まれています。プロットのGPS参照は、左中央のタイルまたは賭け金の上に取得する必要があります。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig02large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig03.jpg"> 
図3:ダイバーコレクションパターン。 例:(A)バッファーを含めてプロットエリアの十分なカバレッジとオーバーラップを確保するためのダイバーの遊泳経路、および(B)カメラシステムとダイバーの配置、および参照フロートが遊泳高さのガイドを提供する例。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig03large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig04.jpg"> 
図4:画像の重なりの減少。 重なり合う画像の数による密集した点群の劣化は、ランダムサンプリングによって減少します。各パネルには、元の画像の(A)全画像、(B)1/2、(C)1/3、(D)1/5、(E)1/10から生成された高密度点群が表示されます。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig04large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig5v2.jpg"> 
図5:生態学的データの抽出。 各生態学的ワークフローの大面積イメージングから抽出された候補データを、確立されたin situデータ収集方法と比較して示しています。これには、(A、B)構造の複雑さ、(C、D)コミュニティ構成(エラーバーは標準誤差を示します)、(E、F)無脊椎動物の密度、および(G、H)サイズ構造の人口統計が含まれます。略語:LAI=大面積イメージング。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig5v2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig06.jpg"> 
図6:密集した点群の共レジストレーション。 時間的に共登録された 2 つの密な点群の視覚的な比較の例。構造物の損失領域 (スウェル損傷によるものと思われる) は、マゼンタの矢印で示されているように、赤で視覚的にコード化されています。構造的な追加が見られる領域は、通常、サンゴのコロニーの成長に起因するとされ、黄色の矢印で示されているように、青色で視覚的にコード化されています。ここで説明する同時登録ワークフローは、ここで見られるように動的なサンゴ礁エリアでも使用でき、恒久的に設置された地上基準点(GCP)は、過成長や移動のために信頼性が低くなります。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig06large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>カメラ機能</td>
			<td>推奨設定</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>焦点</td>
			<td>自動</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">撮影モード</td>
			<td>広角レンズ用P(Programmed Auto)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>A(絞り優先オート)、マクロレンズ用絞りF8に設定</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>リリースモード</td>
			<td>S(シャッター優先オート)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>オートフォーカス設定</td>
			<td>オートフォーカスセントラル(AF-C)、シングルセントラルポイント(S)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>自動ISO感度制御</td>
			<td>オン</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>最大ISO感度</td>
			<td>3200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>最小シャッタースピード</td>
			<td>1/320</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>画質</td>
			<td>RAW+JPEG</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>インターバルタイマー</td>
			<td>1秒</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ホワイトバランス</td>
			<td>習慣</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
表1:推奨されるカメラ設定。 以下は、画質を最適化するために使用される主要なカメラ設定のリストです。これらの設定は、水中の照明条件で移動するオペレーターによってキャプチャされたピントの合った画像のキャプチャを優先します。
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="2">写真を整列</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>精度</td>
			<td>高い</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ジェネリック事前選択</td>
			<td>いいえ</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>キーポイント制限</td>
			<td>5000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>タイポイント制限</td>
			<td>0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ガイド付き画像マッチング</td>
			<td>いいえ</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>適応型カメラモデルのフィッティング</td>
			<td>はい</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">高密度のクラウドの構築</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>品質</td>
			<td>高い</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>深度フィルタリング</td>
			<td>軽度</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ポイントの色を計算</td>
			<td>はい</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ポイントの信頼度を計算</td>
			<td>はい</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">エクスポートポイント</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ファイルの種類</td>
			<td>スタンフォードPLY</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>座標系</td>
			<td>ローカル座標 (m)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ソースデータ</td>
			<td>密集した雲</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ポイントの色を保存する</td>
			<td>はい</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>セーブポイントノーマル</td>
			<td>はい</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>セーブポイントの信頼度</td>
			<td>はい</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>セーブポイントクラス</td>
			<td>いいえ</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>色を8ビットRGBに変換する</td>
			<td>はい</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>バイナリエンコーディング</td>
			<td>はい</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
表2:3D密集点群の構築設定。 Agisoft Metashape で高品質の高密度点群再構成を作成およびエクスポートするために使用される設定のリスト。
補足ファイル1:ロードマップ。 再調査のためのプロットエリアを見つけるのに役立つプロットの特徴と深さでマークされたオルソモザイク画像の例。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%201%20Roadmap.pdf" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル2:Extract_meta.py。 Agisoft Metashape でスクリプトを実行して、カメラのポーズとファイルディレクトリ情報をエクスポートし、 Viscore で元の画像をクエリするために使用します。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%202%20extract_meta.py" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル3:Viscoreのガイド。 Viscoreのソフトウェアガイド には、 モデルの視覚化、共レジストレーション、および生態学的分析のワークフローが含まれています。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental_3_Guide_to_Viscore_Final.pdf" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル4:Rugosity_Functions.Rmd. Viscore から抽出された Rugosity データを処理する関数を含む R で使用されるスクリプト。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%204%20Rugosity_Functions.Rmd" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル5:Rugosity_Analysis.rmdm. Rugosityメトリックを計算するためにRで使用されるスクリプト。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%205%20Rugosity_Analysis.Rmd" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル6:Quadrat_sampling.rpl.json。 Viscoreで四角形密度解析ワークフローに使用されるスクリプト。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%206%20Quadrat_sampling.repl.json" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル7:Density_taxo_lookup.json。 クワッドラットサンプリングスクリプトを実行して、タクソノミックグループごとにクォードラットサンプリングデータを集約するためのボタンルックアップファイル。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%207%20Density_taxo_lookup.json" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
増補ファイル8:Density_Analysis.R 調査レベルで分類グループごとに密度を計算する四角形サンプリング データを集計するために R で使用されるスクリプト。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%208%20Density_Analysis.R" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル9:README.txt 画像キャプチャの方法論を説明する、データ アーカイブ用のオリジナル画像に含めるテキスト ファイルの例。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%209%20README.txt" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
増補ファイル10:METADATA_KAH_2016-07_03.txt LAI 調査のメタデータ フィールドを含む、データ アーカイブ用のオリジナル画像に含めるテキスト ファイルの例。これには、参照用の調査縮尺と深度データのフィールド、および地理情報の全体的なサイト メタデータが含まれます。略語:LAI=大面積イメージング。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%2010%20METADATA_KAH_2016-07_03.txt" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>

Digital imaging and processing technology have evolved to facilitate the expansion of large-area imaging surveys, which increase our capacity to study the ...

measuring-structure-composition-change-underwater-environments-with

Research

JoVE Journal

Environment

環境

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微細藻類中の脂肪酸含量および組成の分析

以上のタンパク質の半分以上は、電子顕微鏡像および三次元再構成の両方に挑戦している小タンパク質（分子量&lt;200 kDa）のである。最適化されたネガティブ染色は、高いコントラストと異なる生理学的条件下で小さな非対称のタンパク質または複合体の比較的高い解像度（〜1 nm）の画像を得るため、堅牢かつ高スループットのプロトコルである。...

最適化された負の染色：電子顕微鏡による小型·非対称蛋白質構造を調べるためのハイスループットプロトコル

放射性トレーサーで植物にミネラル栄養素や毒性物質のフラックスを測定する

学ぶ大面積イメージングプロトコルによるサンゴ礁生態系の構造複雑性と群集組成の測定法。高品質な水中画像を用いて詳細な生態データを抽出し、長期的な変化追跡を可能にします。

大面積イメージングによる水中環境の構造・組成・変化の測定

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