Name: 沿岸湿地におけるメタン循環微生物動態の可視化 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: 学ぶ沿岸湿地におけるメタン循環微生物遺伝子の空間・季節的分布の可視化手法。最適化PCRとGISを用いて環境要因の影響を評価し、メタン動態の理解に貢献する。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>0.2 mL PCRチューブ</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620</td></tr><tr><td>0.5 mL PCRチューブ</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 &L チップ</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Fisherbrand SureGrip ピペット チップ ラックまたはリロード システム チップ ナチュラル;10&mu;L; |Fisher Scientific</td></tr><tr><td>15 mL遠心分離管</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 & mu;L チップ</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Fisherbrand SureGrip ピペット チップ ラックまたはリロード システム チップ ナチュラル;200&mu;L; |フィッシャーサイエンティフィック</td></tr><tr><td>1000&mu;L チップ</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB&ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB:G:s &ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402__715434303113_1555 377385658230343&ev_chn=sh op&s_kwcid=AL!4428!3!71543430 3113!!g!2366517300713!&gad_source=1</td></tr><tr><td>アプライド バイオシステム パワー SYBR グリーン マスター ミックス&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4368577</td><td></td></tr><tr><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4368577 ArcGIS Pro&nbsp;</td><td>Esri</td><td></td><td>https://www.esri.com/en-us/arcgis/products/arcgis-pro/overview?srsltid=AfmBOopatJ4 JvHJfscHRcAaDx0Jz5_Jrl8l5 vYkkBvfOqE-uNSsMghN1</td></tr><tr><td>CFX Duet リアルタイム PCR システム&nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>12016265</td><td></td></tr><tr><td>https://www.bio-rad.com/en-us/product/cfx-duet-real-time-pcr-system?ID=97722926-9ed9-16a4-1d83-c92f587e427a Corning Lambda plus シングルチャンネルピペッター 容量 0.5-10 &L</td><td>シグマ・アルドリッチ</td><td>CLS4071-1EA</td><td></td></tr><tr><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4071 コーニング&nbsp;ラムダ&nbsp;プラスシングルチャンネルピペッター容量100-1000&nbsp;&ミュー;L</td><td>シグマ・アルドリッチ</td><td>CLS4075-1EA</td><td></td></tr><tr><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4075 コーニング&nbsp;ラムダ&nbsp;プラスシングルチャンネルピペッターボリューム20-200&nbsp;&ミュー;L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4074-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4074</td></tr><tr><td>FastDNA スピンキット</td><td>土壌用 MP Biomedical</td><td>116560200-CF</td><td>https://www.mpbio.com/us/116560000-fastdna-spin-kit-for-soil-samp-cf?srsltid=AfmBOoqOxxGilzY3IHNIZR ajegGTr9MoX1oMZUh 3dcbJqe0UvvukY128</td></tr><tr><td>遺伝子コピー&nbsp; 電卓</td><td>サイエンス プライマー</td><td></td><td>https://scienceprimer.com/copy-number-calculator-for-realtime-pcr&nbsp;。</td></tr><tr><td>高速卓上遠心分離機</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>75004241</td><td>https://newlifescientific.com/products/thermo-scientific-sorvall-st16-high-speed-benchtop-centrifuge-75004241?gad_source=1&gclid=Cj0KCQiApN W6BhD5ARIsACmEbkVC_-cCIN9j 20TvYq8iDsBlUR5cPK_1_wN OBEcjMdv-CYVoGCfeOLYaAv enEALw_wcB</td></tr><tr><td>高速マイクロ遠心分離機</td><td>VWR</td><td>75838-336</td><td>https://us.vwr.com/store/product/20546590/null</td></tr> 溶解<tr><td>マトリックス E チューブ&nbsp;</td><td></td><td></td><td>ガラスビーズ/セラミック球体含有チューブ</td></tr><tr><td>マイクロ遠心チューブ</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-681-320</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-low-retention-microcentrifuge-tubes-8/02681320?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACm EbkWbG4_o3oUiGk HJPU-_31-CuexDwQ fmWPnfyhBOf2BHXsy K3fFW1toaAgJbEALw_ wcB&ef_id=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kWbG4_o3oUiGkHJPU- _31-CuexDwQfmWPnfy hBOf2BHXsyK3fFW1toa AgJbEALw_wcB:G:s&ppc _id=PLA_goog_21757693 617_171052169911_0268 1320__715434303113_10 349826094968484711&ev _chn=ショップ&s_kwcid=AL!4 428!3!715434303113!!!g!23 66517300713!&gad_source=1</td></tr><tr><td>PCRマスターミックス&nbsp;</td><td>Promega</td><td>M7502</td><td>https://www.promega.com/products/pcr/taq-polymerase/master-mix-pcr/?catNum=M7502</td></tr><tr><td>Quantiflour ONE dsDNA システム&nbsp;</td><td>プロメガ</td><td>E4871</td><td>https://www.promega.com/products/rna-analysis/dna-and-rna-quantitation/quantifluor-one-dsdna-system/?gad_source=1&gbraid=0AAAAAD _rg189yJTY3cxeVqMdu8RPx10 Ma&gclid=CjwKCAjwxNW2BhAk EiwA24Cm9FUgViPNyWq7UfZL VeeoroLAZ5JIP6w07RGK_4D0w oZgAqf-G1XTmxoCxm8QAvD_B wE&catNum=E4871</td></tr><tr><td>クォンタス蛍光光度計&nbsp;</td><td>Promega</td><td>E6150</td><td>https://www.promega.com/products/microplate-readers-fluorometers-luminometers/fluorometers/quantus-fluorometer/?catNum=E6150</td></tr><tr><td>YSI Pro 2030</td><td>YSI 木部ブランド</td><td>603174</td><td>https://www.ysi.com/product/id-p2030/pro2030-kits</td></tr></tbody></table>

沿岸湿地におけるメタン循環微生物動態の可視化

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

テキサス州南部の沿岸湿地におけるCH4サイクリング関連遺伝子(mcrA、pmoA1、pmoA2、mmoX)の分布と存在量を理解するために、各サンプルから抽出されたeDNAをcPCRとqPCRで解析しました。各バイオマーカーのユニバーサルプライマーは、以前の研究(表1)22,34,35,36,37からcPCRを実行するために選択され、サンプルの特性および環境条件に基づいてアニーリング温度および濃度を最適化するための修正が加えられた。例えば、16S rRNA、pmoA1、およびpmoA2は、そのほとんどが標準アニーリング温度をかなり下回る濃度で増幅されたため...

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

visualizing-methane-cycling-microbial-dynamics-in-coastal-wetlands

Research

JoVE Journal

Environment

環境

フローサイトメトリーによる解析は、純粋培養の調査および微生物群集の動態を監視するための貴重な証明されています。それぞれサンプリング データの分析、純粋培養と挑戦の行列のように明確な媒体同様に複雑なコミュニティからの 3...

特徴マイクロバイ ダイナミクス-フローサイトメトリー ベースの自然なコミュニティに純粋培養からワークフロー

このプロトコルでは、相補的な分析とオミックス技術の天然有機物と異なる生態系における微生物のプロテオミクスの完全にペアの特性で最高潮に達する単一のスループットについて説明します。この方法は、代謝と環境変化への応答を予測する温室効果ガス生産を記述するため重要な変換を識別するための堅牢な比較を許可します。...

シングル スループット複雑な天然有機物の混合物の評価の補完的な高解像度分析の手法

マイクロ流体およびミリ流体のセットアップ内の光の解析による動的化学景観の生成のためのプロトコルが提示されます。この方法論は、単一細胞および集団レベルの両方で、運動行動、栄養取り込み、または微生物の化学物質への適応を含む多様な生物学的プロセスを研究するのに適している。...

微生物の挙動を研究するための制御された動的化学景観の生成

本研究では、ロードアイランド州ナラガンセット湾における生物生産性のゾーネーションを、窒素物質収支モデルに基づいて可視化することを目指しています。この結果は、低酸素と富栄養化を減らすための沿岸地域の栄養管理に情報を提供します。...

ロードアイランド州ナラガンセット湾における窒素マスバランスモデルに基づく生産性ゾーンの可視化

この研究では、閉ループの注入チャンバーに結合されたポータブル光学分析計を使用して、水性サンプル中のメタンガス濃度を測定するアプローチを示しています。結果は従来のガスクロマトグラフィーと同様であり、特に遠隔地でのフィールド研究に適した実用的で低コストの代替手段を提供します。...

光学分光ガス分析器を用いた水生生態系の溶存メタンの測定

好気性メタン酸化細菌の自然生息地に見られるメタン-酸素カウンター勾配を再現する単純なモデル生態系を準備するためのプロトコルが説明されており、空間的に解決されたコンテキストでそれらの生理機能を研究できます。また、アガロースベースのモデルエコシステムで使用するための一般的な生化学的アッセイの改良についても説明します。...

メタン-酸素カウンターグラジエントにおけるメタン栄養生物の培養のためのアガロースベースモデル生態系

ここでは、木の標本をその成長構造の全体的な評価のためにサンプリングする方法を概説するプロトコルを提示します。十分に複製され、高分解能の木材解剖学的および樹状生態学的データセットを生成するために必要なマクロおよびミクロの調製および視覚化技術について説明します。...

現代の木リング研究の技術的な観点 -  Dendroecologicalと木材解剖課題を克服する方法

この原稿は、次世代シーケンシングのためのDNA断片を精製するための自動ゲルサイズ選択アプローチについて説明しています。Ranger...

環境水試料から調製した次世代シーケンシングライブラリの品質を向上させるために自動化されたゲルサイズの選択

リアルタイムPCRにより、沿岸堆積物からの細菌の16S rRNA遺伝子と転写物を定量するプロトコールが提供されています。この方法論には、DNAとRNAの共抽出が含まれます。DNAフリーRNAの調製;RT-q-PCRによる16S...

リアルタイムPCRによる沿岸堆積物および定量16SのrRNA遺伝子と転写物からの同時DNA-RNA抽出

リン脂質脂肪酸は土壌微生物群集の構造に関する情報を提供します。我々は、単相クロロホルムの混合物で土壌サンプルからの抽出、固相抽出カラムを用いて抽出された脂質の分画、およびキャピラリーガスクロマトグラフィーにより分析された脂肪酸メチルエステルを生成するためのメタノリシスのための方法を提示します。...

土壌中の微生物のリン脂質脂肪酸の抽出と分析

学ぶ沿岸湿地におけるメタン循環微生物遺伝子の空間・季節的分布の可視化手法。最適化PCRとGISを用いて環境要因の影響を評価し、メタン動態の理解に貢献する。

沿岸湿地におけるメタン循環微生物動態の可視化

さらに動画を探す