Name: 膵管細胞株におけるpH変化を伴うがん遺伝子発現解析 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 24 s
Description: 学ぶ膵管細胞における低pH環境下でのがん遺伝子発現変化。RNA-seq解析により酸性条件下で3つのオンコジェン発現増加を確認し、膵管腺がんの炎症性環境における研究に貢献します。

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<ol><li>Franck, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%3A+Moving+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Advanced pancreatic ductal adenocarcinoma: Moving forward.</a> Cancers (Basel). 12 (7), 1955(2020).</li>
<li>Kong, X., Sun, T., Kong, F., Du, Y., Li, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis+and+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gastrointest+Tumors%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis and pancreatic cancer.</a> Gastrointest Tumors. 1 (3), 123-134 (2014).</li>
<li>Jura, N., Archer, H., Bar-Sagi, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pancreatic+adenocarcinoma+and+the+black+box+in-between%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pancreatic adenocarcinoma and the black box in-between.</a> Cell Res. 15 (1), 72-77 (2005).</li>
<li>Kloppel, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pseudotumors+and+other+tumor-like+lesions%5BTitle%5D)+AND+%22Mod+Pathol%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pseudotumors and other tumor-like lesions.</a> Mod Pathol. 20 (Suppl 1), S113-S131 (2007).</li>
<li>Schneider, A., Whitcomb, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hereditary+pancreatitis%3A+a+model+for+inflammatory+diseases+of+the+pancreas%5BTitle%5D)+AND+%22Best+Pract+Res+Clin+Gastroenterol%22%5BJournal%5D)">Hereditary pancreatitis: a model for inflammatory diseases of the pancreas.</a> Best Pract Res Clin Gastroenterol. 16 (3), 347-363 (2002).</li>
<li>Boedtkjer, E., Pedersen, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+acidic+tumor+microenvironment+as+a+driver+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Physiol%22%5BJournal%5D)">The acidic tumor microenvironment as a driver of cancer.</a> Annu Rev Physiol. 82, 103-126 (2020).</li>
<li>Coussens, L. M., Werb, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer.</a> Nature. 420 (6917), 860-867 (2002).</li>
<li>Balkwill, F., Mantovani, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%3A+back+to+Virchow%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer: back to Virchow.</a> Lancet. 357 (9255), 539-345 (2001).</li>
<li>Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((At+the+crossroads+of+inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">At the crossroads of inflammation and cancer.</a> Cell. 118 (6), 671-674 (2004).</li>
<li>Kato,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidic+extracellular+microenvironment+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell+Int%22%5BJournal%5D)">Acidic extracellular microenvironment and cancer.</a> Cancer Cell Int. 13 (1), 89(2013).</li>
<li>Hegyi, P., Maléth, J., Venglovecz, V., Rakonczay, Z. Jr <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pancreatic+ductal+bicarbonate+secretion%3A+challenge+of+the+acinar+acid+load%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Physiol%22%5BJournal%5D)">Pancreatic ductal bicarbonate secretion: challenge of the acinar acid load.</a> Front Physiol. 2, 36(2011).</li>
<li>Ibrahim-Hashim, A., Estrella, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidosis+and+cancer%3A+from+mechanism+to+neutralization%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Metastasis+Rev%22%5BJournal%5D)">Acidosis and cancer: from mechanism to neutralization.</a> Cancer Metastasis Rev. 38 (1-2), 149-155 (2019).</li>
<li>Vakkila, J., Lotze, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+necrosis+promote+tumour+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Inflammation and necrosis promote tumour growth.</a> Nat Rev Immunol. 4 (8), 641-648 (2004).</li>
<li>Zepecki, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+human+glioma+cell+migration%2C+tumor+growth%2C+and+stemness+gene+expression+using+a+Lck+targeted+inhibitor%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of human glioma cell migration, tumor growth, and stemness gene expression using a Lck targeted inhibitor.</a> Oncogene. 38 (10), 1734-1750 (2019).</li>
<li>Kim, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+lymphocyte-specific+protein+tyrosine+kinase+%28LCK%29+in+the+expansion+of+glioma-initiating+cells+by+fractionated+radiation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Role of lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) in the expansion of glioma-initiating cells by fractionated radiation.</a> Biochem Biophys Res Commun. 402 (4), 631-636 (2010).</li>
<li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Requirement+of+Src+kinases+Lyn%2C+Hck+and+Fgr+for+BCR-ABL1-induced+B-lymphoblastic+leukemia+but+not+chronic+myeloid+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Requirement of Src kinases Lyn, Hck and Fgr for BCR-ABL1-induced B-lymphoblastic leukemia but not chronic myeloid leukemia.</a> Nat Genet. 36 (5), 453-461 (2004).</li>
<li>Sharp, N. A., Luscombe, M. J., Clemens, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+c-fgr+proto-oncogene+expression+in+Burkitt%27s+lymphoma+cells%3A+effect+of+interferon+treatment+and+relationship+to+EBV+status+and+c-myc+mRNA+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of c-fgr proto-oncogene expression in Burkitt's lymphoma cells: effect of interferon treatment and relationship to EBV status and c-myc mRNA levels.</a> Oncogene. 4 (8), 1043-1046 (1989).</li>
<li>Hui, A. B., Lo, K. W., Yin, X. L., Poon, W. S., Ng, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+multiple+gene+amplifications+in+glioblastoma+multiforme+using+array-based+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Detection of multiple gene amplifications in glioblastoma multiforme using array-based comparative genomic hybridization.</a> Lab Invest. 81 (5), 717-723 (2001).</li>
<li>Fang, Z. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+identification+and+functional+characterization+of+a+novel+ARF6+GTPase-activating+protein%2C+ACAP4%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic identification and functional characterization of a novel ARF6 GTPase-activating protein, ACAP4.</a> Mol Cell Proteomics. 5 (8), 1437-1449 (2006).</li>
<li>Okabe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+development+and+differentiation+enhancing+factor-like+1+%28DDEFL1%29+as+a+drug+target+for+hepatocellular+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Isolation of development and differentiation enhancing factor-like 1 (DDEFL1) as a drug target for hepatocellular carcinomas.</a> Int J Oncol. 24 (1), 43-48 (2004).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>15 mL目盛り付き遠心チューブ(ファルコン)&nbsp;</td><td>ターソンズ&nbsp;</td><td></td><td>サンプル調製に使用500031&nbsp;</td></tr><tr><td>50 mL目盛り付き遠心チューブ(ファルコン)</td><td>ターソン&nbsp;</td><td></td><td>サンプル調製に使用500041&nbsp;</td></tr><tr><td>Agilent 2100 バイオアナライザー機器</td><td>Agilent</td><td>Agilent G2938A</td><td>RNA品質評価用機器&nbsp;</td></tr><tr><td>抗生物質抗真菌剤溶液 100倍液体</td><td>Himedia</td><td>A002-100 mL</td><td>汚染を防ぐために使用&nbsp;</td></tr><tr><td>回転刃付きセルスクレーパー</td><td>Himedia&nbsp;</td><td>TCP223</td><td>細胞の掻き取りと収集</td></tr><tr><td>CO2 incubator&nbsp;</td><td>ニューブランズウィック</td><td>ギャラクシー170 S</td><td>培養物のインキュベーションに使用&nbsp;</td></tr><tr><td>ダルベッコ修正イーグルミディアム(DMEM)、高グルコース&nbsp;</td><td>Himedia</td><td>AL007S-500 mL</td><td>細胞の培養に使用される培地</td></tr><tr><td>Dulbecco's Phosphate Buffered saline 1x</td><td>Himedia</td><td>TL1006-500mL</td><td>cell washing</td></tr><tr><td>Galaxy&nbsp;</td><td>(https://usegalaxy.org)</td><td></td><td>NSGデータ処理用オンラインツール&nbsp;</td></tr><tr><td>HI FBS(原産地:オーストラリア)</td><td>Gibco</td><td>10100-147</td><td>細胞の増殖に使用&nbsp;</td></tr><tr><td>ヒト膵管上皮細胞株 (HPDEC/ H6C7)</td><td>Addex Bio</td><td>T0018001</td><td>膵管細胞株</td></tr><tr><td>イオン Total RNA-Seq Kit v2</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>4475936</td><td>RNA サンプル調製キット</td></tr><tr><td>層流</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Na2HPO4 Diabasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3264-250G</td><td>リン酸ナトリウムバッファーの準備&nbsp;</td></tr><tr><td>NaH2PO4 モノベーシック</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3139-250G</td><td>リン酸ナトリウム緩衝液の調製&nbsp;</td></tr><tr><td>NovaSeq 6000</td><td>Illumina</td><td>3376672</td><td>シーケンサー&nbsp;</td></tr><tr><td>Nunclon Delta Surface (6-well plate)</td><td>Thermo Scientific</td><td>140675</td><td>細胞の培養&nbsp;</td></tr><tr><td>冷蔵卓上遠心分離機</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>Sorvall ST 8R</td><td>遠心分離に使用</td></tr><tr><td>RiboMinus 真核生物システム v2</td><td>Thermo fisher scientific</td><td>A15026</td><td>rRNA depletion kit&nbsp;</td></tr><tr><td>Rneasyミニキット&nbsp;</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>細胞からTotal RNAを単離するためのキット&nbsp;</td></tr><tr><td>サーマルサイクラー</td><td>Eppendorf</td><td>E950040025</td><td>PCR reaction&nbsp;</td></tr><tr><td>ウォーターバス&nbsp;</td><td>Equitron</td> <td>#8406M</td><td>サンプルの解凍</td></tr></tbody></table>

膵管細胞株におけるph変化を伴うがん遺伝子発現解析

Oncogene Expression Analysis with Alterations in pH in a Pancreatic Ductal Cell Line

形態学的変化 酸性培地でのヒト膵管細胞のインキュベーションは、細胞の形態を変化させました。コンフルエントで密集した細胞パターンにより、酸性条件下で細胞が分散し、細胞死は時間とともに顕著になります。正常な培地含有細胞と比較して、乳管細胞は縮小し、サイズが縮小しました。インキュベーションの6時間後に死亡率の劇的な変化が観察されました。24時間後、細胞数は減少し、細胞はストレス状態にあるように見えました(図1、 図2、 および図3)。したがって、インキュベーション期間は、さらなる分析の前に酸性媒体中で6時間に延長されました。
RNA-seq解析 トランスクリプトームの生のファイルは、Mendeley Data (https://data.mendeley.com/datasets/kd994sftcs/1) の DOI: 10.17...

膵管細胞株におけるpH変化を伴うがん遺伝子発現解析

The fourth leading cause of cancer-related death, pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), has a 12% five-year survival rate. This disease has a poor ...

oncogene-expression-analysis-with-alterations-ph-pancreatic-ductal

Research

JoVE Journal

Cancer Research

がん研究

膵臓癌生物学の理解の向上は非常に重要膵臓癌を治療するための良好な治療選択肢の開発を可能にするために必要とされる。このニーズに対応するために、我々は使用して癌の進行の非侵襲的なモニタリングを可能に膵臓癌の同所性モデルを示す...

膵臓癌の進行の生物発光同所性モデル

ここでは、間葉系細胞の単離に着目し、胚、新生児および成体マウス組織からの膵臓微小環境内の細胞を単離するための方法を記載します。この方法は、膵臓の発達、機能、及び腫瘍形成を調節する外因性シグナルを解明するために、細胞遺伝子発現およびタンパク質分泌のプロファイリングを可能にします。...

フローサイトメトリーによる膵臓間葉の細胞を単離と解析

原発の腺房細胞分離、蛋白質の表現や活動の変調、文化、およびダウン ストリーム アプリケーションは ex の豊富有用腺房の上皮化生...

真似をして 3次元細胞培養の膵腺房の上皮化生を操作します。

このプロトコルは、プローブベースのリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、スルフォルホダミンB(SRB)アッセイ、3'未翻訳領域(3'UTR)クローニング、および目的のmiRNAの標的遺伝子を検証し、miRNAの機能を理解するためにルシフェラーゼアッセイを使用します。...

腫瘍細胞におけるマイクロRNAレベル、機能、および関連する標的遺伝子を評価するためのインビトロプロトコル

この記事では、所定の患者から異なる検体間のクローンおよびサブクローンの変化を同定する方法について説明する。ここで説明する実験は特定の腫瘍タイプに焦点を当てていますが、このアプローチは他の固形腫瘍に広く適用可能です。...

目標シーケンシングアプローチによる比較病変分析

ここでは、腫瘍のゲノム構成に基づいて選択された標的療法の有効性を試験するプロトコルを提示する。このプロトコルは、構造的DNA再構成の同定と検証、患者の腫瘍のマウスへの生着、および対応する薬物に対する応答のテストを記述する。...

構造DNA改変解析と患者由来異種移植片を用いたがんの標的治療の試験

膵液は、ヒト膵臓がんのバイオマーカーの貴重な供給源です。ここでは、術中収集手順の方法について説明します。マウスモデルでこの手順を採用するという課題を克服するために、代替サンプルである腫瘍間質液を提案し、ここではその分離のための2つのプロトコルについて説明します。...

膵臓腺癌の腫瘍微小環境を調べるための近位液の分離

膵臓の転生細胞は、膵臓腫瘍を引き起こす悪性細胞の前駆体です。しかし、無傷の生膵細胞を単離することは困難です。ここでは、膵臓組織を解離するための効率的な方法を紹介します。その後、細胞はシングルセルRNAシーケンシング(scRNA-seq)または2次元または3次元の共培養に使用できます。...

生存可能な単一細胞を単離するための膵臓組織解剖

このプロトコルの目的は、LC3免疫蛍光およびLC3ドット定量を通じて、膵臓癌および膵臓腺房細胞のオートファジーレベルを決定することです。...

LC3免疫蛍光を用いた2つの異なる膵臓細胞モデルにおけるオートファジーレベルの評価(英語)

本プロトコルは、膵管腺癌(PDAC)および正常な膵管上皮細胞を人工多能性幹細胞(iPS細胞)に再プログラミングすることを記述する。レンチウイルスの調製から安定なiPS細胞株の樹立まで、最適化された詳細な手順を段階的に提供します。...

膵管腺癌の多能性へのリプログラミング

膵臓がんは、依然として治療が最も困難ながんの1つです。したがって、治療効果を評価する前臨床モデルが再現性があり、臨床的に関連性があることが重要です。このプロトコールは、再現性があり、臨床的に関連性のある線維形成性スフェロイドを生成するための簡単な共培養手順を説明しています。...

共培養による線維形成性三次元膵臓がんスフェロイドの増殖

学ぶ膵管細胞における低pH環境下でのがん遺伝子発現変化。RNA-seq解析により酸性条件下で3つのオンコジェン発現増加を確認し、膵管腺がんの炎症性環境における研究に貢献します。

膵管細胞株におけるpH変化を伴うがん遺伝子発現解析

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