Name: 光合成微生物とそのウイルスの環境サンプリング:フィールドからラボまで (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-07-03T14:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 1 s
Description: 学ぶ光合成微生物とシアノファージの環境サンプリング法。電子顕微鏡、定量PCR、次世代シーケンスを用いてウイルス-宿主相互作用の動態を解析し、予測モデル構築に貢献する。

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<ol><li>Zhang, D., You, F., He, Y., Te, S. H., Gin, K. Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+the+first+freshwater+cyanophage+infecting+Pseudanabaena%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of the first freshwater cyanophage infecting Pseudanabaena.</a> J Virol. 94 (17), 10-1128 (2020).</li>
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<li>Jacquet, S., Miki, T., Noble, R., Peduzzi, P., Wilhelm, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viruses+in+aquatic+ecosystems%3A+important+advancements+of+the+last+20+years+and+prospects+for+the+future+in+the+field+of+microbial+oceanography+and+limnology%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Oceanography+Limnol%22%5BJournal%5D)">Viruses in aquatic ecosystems: important advancements of the last 20 years and prospects for the future in the field of microbial oceanography and limnology.</a> Adv Oceanography Limnol. 1 (1), 97-141 (2010).</li>
<li>Tucker, S., Pollard, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+cyanophage+Ma-LBP+and+infection+of+the+cyanobacterium+Microcystis+aeruginosa+from+an+Australian+subtropical+lake+by+the+virus%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Identification of cyanophage Ma-LBP and infection of the cyanobacterium Microcystis aeruginosa from an Australian subtropical lake by the virus.</a> Appl Environ Microbiol. 71 (2), 629-635 (2005).</li>
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<li>Ceballos, R. M., Stacy, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+relative+virulence%3A+when+%C2%B5+max+fails+and+AUC+alone+just+is+not+enough%5BTitle%5D)+AND+%22J+General+Virol%22%5BJournal%5D)">Quantifying relative virulence: when µ max fails and AUC alone just is not enough.</a> J General Virol. 102 (1), 001515(2021).</li>
<li>Hour, S., Pierce, A. J., Heng, S. Y., Plymale, R., Ceballos, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+Resilience+in+Single-Host%2FSingle-Virus+Infections%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Quantifying Resilience in Single-Host/Single-Virus Infections.</a> Appl Microbiol. 5 (1), 18(2025).</li>
<li>Ceballos, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+virus+host-ranges+of+the+Fuselloviridae+of+hyperthermophilic+Archaea%3A+implications+for+evolution+in+extreme+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Differential virus host-ranges of the Fuselloviridae of hyperthermophilic Archaea: implications for evolution in extreme environments.</a> Front Microbiol. 3, 295(2012).</li>
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<li>Rippka, R., Deruelles, J., Waterbury, J. B., Herdman, M., Stanier, R. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generic+assignments%2C+strain+histories+and+properties+of+pure+cultures+of+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Generic assignments, strain histories and properties of pure cultures of cyanobacteria.</a> Microbiology. 111 (1), 1-61 (1979).</li>
<li>Kliphuis, A. M., Janssen, M., van den End, E. J., Martens, D. E., Wijffels, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Light+respiration+in+Chlorella+sorokiniana%5BTitle%5D)+AND+%22J+Appl+Phycol%22%5BJournal%5D)">Light respiration in Chlorella sorokiniana.</a> J Appl Phycol. 23, 935-947 (2011).</li>
<li>Lea-Smith, D. J., Vasudevan, R., Howe, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generation+of+marked+and+markerless+mutants+in+model+cyanobacterial+species%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Generation of marked and markerless mutants in model cyanobacterial species.</a> J Vis Exp. (111), e54001(2016).</li>
<li>Noroozi, M., Amozegar, M. A., Rahimi, R., Shahzadeh Fazeli, S. A., Bakhshi Khaniki, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+isolation+and+preliminary+characterization+of+native+cyanobacterial+and+microalgal+strains+from+lagoons+contaminated+with+petroleum+oil+in+Khark+Island%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+J+Microorg%22%5BJournal%5D)">The isolation and preliminary characterization of native cyanobacterial and microalgal strains from lagoons contaminated with petroleum oil in Khark Island.</a> Biol J Microorg. 5 (20), 33-41 (2017).</li>
<li>Nübel, U., Garcia-Pichel, F., Muyzer, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PCR+primers+to+amplify+16S+rRNA+genes+from+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">PCR primers to amplify 16S rRNA genes from cyanobacteria.</a> Appl Environ Microbiol. 63 (8), 3327-3332 (1997).</li>
<li>Tragin, M., Lopes dos Santos, A., Christen, R., Vaulot, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+and+ecology+of+green+microalgae+in+marine+systems%3A+an+overview+based+on+18S+rRNA+gene+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Perspect.+Phycol%22%5BJournal%5D)">Diversity and ecology of green microalgae in marine systems: an overview based on 18S rRNA gene sequences.</a> Perspect. Phycol. 3 (3), 141-154 (2016).</li>
<li>Uchida, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+coupled+assay+system+for+the+lysis+of+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Japanese+J+Water+Treatment+Biol%22%5BJournal%5D)">A coupled assay system for the lysis of cyanobacteria.</a> Japanese J Water Treatment Biol. 34 (1), 67-75 (1998).</li>
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<li>Flores, E., Wolk, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Production%2C+by+filamentous%2C+nitrogen-fixing+cyanobacteria%2C+of+a+bacteriocin+and+of+other+antibiotics+that+kill+related+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Production, by filamentous, nitrogen-fixing cyanobacteria, of a bacteriocin and of other antibiotics that kill related strains.</a> Arch Microbiol. 145, 215-219 (1986).</li>
<li>Wick, C., McCubbin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+purified+MS2+bacteriophage+by+the+physical+counting+methodology+used+in+the+integrated+virus+detection+system+%28IVDS%29%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Methods%22%5BJournal%5D)">Characterization of purified MS2 bacteriophage by the physical counting methodology used in the integrated virus detection system (IVDS).</a> Toxicol Methods. 9 (4), 245-252 (1999).</li>
<li>Marei, E. M., Elbaz, R., Hammad, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+temperate+cyanophages+using+heavy+metal-copper%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Microbiol+Res+Rev%22%5BJournal%5D)">Induction of temperate cyanophages using heavy metal-copper.</a> Int J Microbiol Res Rev. 5 (5), 472(2013).</li>
<li>Bratchkova, A., Kroumov, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microalgae+as+producers+of+biologically+active+compounds+with+antibacterial%2C+antiviral%2C+antifungal%2C+antialgal%2C+antiprotozoal%2C+antiparasitic+and+anticancer+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Microbiol+Bulgarica%22%5BJournal%5D)">Microalgae as producers of biologically active compounds with antibacterial, antiviral, antifungal, antialgal, antiprotozoal, antiparasitic and anticancer activity.</a> Acta Microbiol Bulgarica. 36 (3), 79-89 (2020).</li>
<li>Storms, Z. J., Teel, M. R., Mercurio, K., Sauvageau, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+virulence+index%3A+a+metric+for+quantitative+analysis+of+phage+virulence%5BTitle%5D)+AND+%22Phage%22%5BJournal%5D)">The virulence index: a metric for quantitative analysis of phage virulence.</a> Phage. 1 (1), 27-36 (2020).</li>
<li>Omata, T., Murata, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+three+types+of+membranes+from+the+cyanobacterium+%28blue-green+alga%29+Synechocystis+PCC+6714%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of three types of membranes from the cyanobacterium (blue-green alga) Synechocystis PCC 6714.</a> Arch Microbiol. 139, 113-116 (1984).</li>
<li>Wilson, W. H., Joint, I. R., Carr, N. G., Mann, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+molecular+characterization+of+five+marine+cyanophages+propagated+on+Synechococcus+sp.+strain+WH7803%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation and molecular characterization of five marine cyanophages propagated on Synechococcus sp. strain WH7803.</a> Appl Environ Microbiol. 59 (11), 3736-3743 (1993).</li>
<li>Grasso, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+of+cyanophage-host+relationships%3A+Highlighting+cyanophages+as+a+potential+cyanobacteria+control+strategy%5BTitle%5D)+AND+%22Toxins%22%5BJournal%5D)">A review of cyanophage-host relationships: Highlighting cyanophages as a potential cyanobacteria control strategy.</a> Toxins. 14 (6), 385(2022).</li>
<li>Srivastava, A., Gupta, N., Mishra, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cyanophages%3A+interacting+mechanism+and+evolutionary+significance%5BTitle%5D)+AND+%22Cyanobacteria%22%5BJournal%5D)">Cyanophages: interacting mechanism and evolutionary significance.</a> Cyanobacteria. , 255-282 (2024).</li>
<li>Cai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abundant+and+cosmopolitan+lineage+of+cyanopodoviruses+lacking+a+DNA+polymerase+gene%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Abundant and cosmopolitan lineage of cyanopodoviruses lacking a DNA polymerase gene.</a> ISME J. 17 (2), 252-262 (2023).</li>
<li>Komárek, J., Kaštovský, J., Mareš, J., Johansen, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Taxonomic+classification+of+cyanoprokaryotes+%28cyanobacterial+genera%29+2014%2C+using+a+polyphasic+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Preslia%22%5BJournal%5D)">Taxonomic classification of cyanoprokaryotes (cyanobacterial genera) 2014, using a polyphasic approach.</a> Preslia. 86 (4), 295-335 (2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1 hpステンレス鋼移送ポンプ&nbsp;</td><td>Utilitech、米国ノースカロライナ州シャーロット</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>1.5mlチューブ</td><td>www.eppendorf.com</td><td>30123611</td><td></td></tr><tr><td>10K NMWL Centricon Plus 70 スピンコンセントレーター &nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>UFC701008</td><td></td></tr><tr><td>250 mLバッフル三角フラスコ&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS4450250</td><td></td></tr><tr><td>3800ワットインバーター発電機&nbsp;</td><td>WEN Products、米国イリノイ州ウェストダンディー</td><td>ウェン 56380i</td><td></td></tr><tr><td>3K NMWL アミコン 15 mL&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>UFC800308</td><td></td></tr><tr><td>500 mLバッフル三角フラスコ&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS4450500</td><td></td></tr><tr><td>5ガロンの水差し&nbsp;</td><td>www.homedepot.com</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>長さ80フィート、0.5インチ直径、ナイロン&NBSP;</td><td>https://facomex.mx/producto/combo/</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>26 フィートのディープ V センター コンソール Sailfish 2660 と 2 つのヤマハ 150 馬力船外機&nbsp。</td><td>https://yamahaoutboards.com/</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>酢酸アンモニウム(CH3CO2NH4)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>631618</td><td></td></tr><tr><td>ホウ酸(H3BO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10043353</td><td></td></tr><tr><td>塩化カルシウム二水和物(CaCl2.2H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10035048</td><td></td></tr><tr><td>遠心分離機 5920&nbsp;R</td><td>www.eppendorf.com</td><td>5948000107</td><td></td></tr><tr><td>クエン酸(C6H8O7)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>77929</td><td></td></tr><tr><td>硝酸コバルト(II)六水和物[Co(NO3)2.6H2O]</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10026229</td><td></td></tr><tr><td>耐崩壊ゴム製フレックスホース&nbsp;</td><td>swanhose.com</td><td>CELTF58050</td><td></td></tr><tr><td>硫酸銅(II)五水和物(CuSO4.5H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7758998</td><td></td></tr><tr><td>Corning 50 mL遠心分離管&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS430291</td><td></td></tr><tr><td>リン酸二カリウム(K2HPO4)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7758114</td><td></td></tr><tr><td>エチレンジアミン四酢酸二ナトリウム(Na2EDTA)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>6381926</td><td></td></tr><tr><td>DS-11 FX+_Microvolumeおよび分光光度計およびフロロメーター</td><td>www.denovix.com</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>ダクトテープ&nbsp;</td><td>www.homedepot.com</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>エッペンドルフチューブ</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>EP022364120</td><td></td></tr><tr><td>エタノール</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>64175</td><td></td></tr><tr><td>エチレンジアミン四酢酸(EDTA)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>60004</td><td></td></tr><tr><td>クエン酸第二鉄アンモニウム(C6H8O7&middot;xFe3+&middot;yNH<サブ>3</サブ>)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>1185575</td><td></td></tr><tr><td>フレックスプラスブルーPVCチューブ&nbsp;</td><td>www.carlonsales.com</td><td>12008-750</td><td></td></tr><tr><td>Innova S44i - スタッカブルインキュベーターシェーカー</td><td>www.eppendorf.com</td><td>2231001081</td><td></td></tr><tr><td>LVEM5 卓上型電子Microscope_Transmission電子顕微鏡(TEM)</td><td>delongamerica.com</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>硫酸マグネシウム七水和物(MgSO4.7 H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10034998</td><td></td></tr><tr><td>塩化マンガン(II)四水和物(MnCl2.4H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>13446349</td><td></td></tr><tr><td>マッシュルームアンカーブラックビニールコーティング/30ポンド</td><td>www.homedepot.com</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>シャーレ、ポリスチレン</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>P5481</td><td></td></tr><tr><td>ポリエーテルスルホン(PES)メンブレンフィルターカップ、0.22 mm</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Z358193-1CS</td><td></td></tr><tr><td>ポリエーテルスルホン(PES)メンブレンフィルターカップ、0.45 mm</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Z370622-1CS</td><td></td></tr><tr><td>キサントゲン酸エチルカリウム(C2H5OCSSK)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>140896</td><td></td></tr><tr><td>炭酸ナトリウム(Na2CO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>497198</td><td></td></tr><tr><td>ドデシル硫酸ナトリウム [CH3(CH2)11OSO3Na]</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>151213</td><td></td></tr><tr><td>モリブデン酸ナトリウム二水和物(Na2MoO4.2H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10102406</td><td></td></tr><tr><td>硝酸ナトリウム(NaNO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7631994</td><td></td></tr><tr><td>トリス(ヒドロキシメチル)メチル]-2-アミノエタンスルホン酸アシ(TES)(C6H15NO6S)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7365448</td><td></td></tr><tr><td>トリトンX-100&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>T8787</td><td></td></tr><tr><td>塩酸トリズマ(Tris-HCl)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>1185531</td><td></td></tr><tr><td>真空/圧力ポンプ&nbsp;</td><td>コール・パーマー;米国イリノイ州バーノンヒルズ</td><td>EW-79204-00</td><td></td></tr><tr><td>ビニールチューブ&nbsp;</td><td>www.homedepot.com</td><td>該当なし</td><td></td></tr><tr><td>硫酸亜鉛七水和物(ZnSO4.7H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7446200</td><td></td></tr></tbody></table>

光合成微生物とそのウイルスの環境サンプリング:フィールドからラボまで

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この出版物は、カスタマイズ可能な光レジームを備えた実験室用フォトバイオリアクター(PBR)の設計について説明しています。シアノバクテリアまたは微細藻類の増殖は、炭酸水素塩を炭素源として使用し、体積酸素産生を測定することによって継続的に監視される。これらのPBRは、実験中のユーザーの介入をほとんど伴わずに、迅速で複製された実験室の成長比較を容易にします。...

オンライン成長測定とカスタマイズ可能な光レジームを備えた実験室用フォトバイオリアクターの操作

環境水および廃水サンプルからのウイルス濃度は困難な作業であり、主にウイルスの同定と定量のために実行されます。いくつかのウイルス濃縮法が開発およびテストされていますが、ここでは、異なるサンプルタイプのRNAウイルスに対する限外ろ過と脱脂粉乳凝集の有効性を示します。...

スキムミルク凝集と限外ろ過を用いた環境水および廃水サンプルからのウイルス粒子の濃縮

信頼性が高く正確な現場展開可能なDNA分析は、多くの産業にとって非常に重要です。本論文では、現場での環境微生物分析のための2つの方法を提案します。1) 生物学的抽出フィールドキットを用いた環境サンプルから微生物DNAを分離する方法、2) フィールドqPCRユニットを用いたDNA解析です。...

生物学的抽出フィールドキットとフィールドqPCRユニットを用いた現地での微生物DNA解析

このビデオでは、シロアリの後腸内に常駐微生物の種からDNAを抽出する手法を示しています。腸内の微生物群集を視覚化するのに便利ですウェットマウントスライドの準備も図示され、そして種が豊富な腸内環境を経由してツアーが与えられます。...

シロアリの腸内微生物（Zootermopsis Angusticollis）からDNAを抽出し、腸内微生物の可視化

このビデオでは、文書の沿岸海洋水のサンプルを収集し、バイオマス濃度、核酸精製、細胞の豊富さ、栄養および微量ガス分析を含む様々なダウンストリームアプリケーションのためにそれらを処理するための方法を。...

海水のサンプリングとコレクション

学ぶ光合成微生物とシアノファージの環境サンプリング法。電子顕微鏡、定量PCR、次世代シーケンスを用いてウイルス-宿主相互作用の動態を解析し、予測モデル構築に貢献する。

光合成微生物とそのウイルスの環境サンプリング:フィールドからラボまで

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