Name: シロイヌナズナロゼットを用いた葉表面とアポプラスドRNAの単離と解析の段階的ガイド (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: 学ぶシロイヌナズナの葉表面とアポプラストからの細胞外RNA単離法。高分解能シェル電気泳動とIllumina解析を用いて、生物的ストレス応答におけるRNA動態を研究する。

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<ol><li>Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+life+in+the+phyllosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial life in the phyllosphere.</a> Nat Rev Microbiol. 10 (12), 828-840 (2012).</li>
<li>Ritpitakphong, U., Falquet, L., Vimoltust, A., Berger, A., M'etraux, J., L'Haridon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+microbiome+of+the+leaf+surface+of+Arabidopsis+protects+against+a+fungal+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">The microbiome of the leaf surface of Arabidopsis protects against a fungal pathogen.</a> New Phytol. 210 (3), 1033-1043 (2016).</li>
<li>Chaudhry, V., Runge, P., Sengupta, P., Doehlemann, G., Parker, J. E., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+leaf+microbiota%3A+plant-microbe-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Shaping the leaf microbiota: plant-microbe-microbe interactions.</a> J Exp Bot. 72 (1), 36-56 (2021).</li>
<li>Vacher, C., Hampe, A., Port'e, A. J., Sauer, U., Compant, S., Morris, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phyllosphere%3A+microbial+jungle+at+the+plant-climate+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Ecol+Evol+Syst%22%5BJournal%5D)">The phyllosphere: microbial jungle at the plant-climate interface.</a> Ann Rev Ecol Evol Syst. 47, 1-24 (2016).</li>
<li>Mahmoudi, M., Almario, J., Lutap, K., Nieselt, K., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+communities+living+inside+plant+leaves+or+on+the+leaf+surface+are+differently+shaped+by+environmental+cues%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">Microbial communities living inside plant leaves or on the leaf surface are differently shaped by environmental cues.</a> ISME Commun. 4 (1), ycae103(2024).</li>
<li>Borniego, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+plant+RNAs+coat+Arabidopsis+leaves+and+are+distinct+from+apoplastic+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Diverse plant RNAs coat Arabidopsis leaves and are distinct from apoplastic RNAs.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (1), e2409090121(2025).</li>
<li>Ren, B., Wang, X., Duan, J., Ma, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhizobial+tRNA-derived+small+RNAs+are+signal+molecules+regulating+plant+nodulation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Rhizobial tRNA-derived small RNAs are signal molecules regulating plant nodulation.</a> Science. 365 (6456), 919-922 (2019).</li>
<li>Chery, M., Drouard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+tRNA+functions+beyond+their+major+role+in+translation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Plant tRNA functions beyond their major role in translation.</a> J Exp Bot. 74 (7), 2352-2363 (2022).</li>
<li>Panstruga, R., Spanu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transfer+RNA+and+ribosomal+RNA+fragments-Emerging+players+in+plant-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Transfer RNA and ribosomal RNA fragments-Emerging players in plant-microbe interactions.</a> New Phytol. 241 (2), 567-577 (2024).</li>
<li>Baldrich, P., Rutter, B. D., Karimi, H. Z., Podicheti, R., Meyers, B. C., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+extracellular+vesicles+contain+diverse+small+RNA+species+and+are+enriched+in+10-+to+17-nucleotide+%26%2334%3BTiny%26%2334%3B+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Plant extracellular vesicles contain diverse small RNA species and are enriched in 10- to 17-nucleotide &#34;Tiny&#34; RNAs.</a> Plant Cell. 31 (2), 315-324 (2019).</li>
<li>Rutter, B. D., Rutter, K. L., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+quantification+of+plant+extracellular+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and quantification of plant extracellular vesicles.</a> Bio Protoc. 7 (17), e2533(2017).</li>
<li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OsHSD1%2C+a+hydroxysteroid+dehydrogenase%2C+is+involved+in+cuticle+formation+and+lipid+homeostasis+in+rice%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">OsHSD1, a hydroxysteroid dehydrogenase, is involved in cuticle formation and lipid homeostasis in rice.</a> Plant Sci. 249, 35-45 (2016).</li>
<li>Zhou, L., Ni, E., Yang, J., Zhou, H., Liang, H., Li, J., Jiang, D., Wang, Z., Liu, Z., Zhuang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rice+OsGL1-6+is+involved+in+leaf+cuticular+wax+accumulation+and+drought+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rice OsGL1-6 is involved in leaf cuticular wax accumulation and drought resistance.</a> PLoS One. 8 (5), e65139(2013).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>14-30 nt ssRNAラダーマーカー</td><td>タカラ</td><td>3416</td><td></td></tr><tr><td>1.5 mLマイクロ遠心チューブ</td><td>VWRの</td><td>20170-038</td><td></td></tr><tr><td>10 mL無針シリンジ</td><td>BDの</td><td>303347</td><td></td></tr><tr><td>15 mL ファルコンチューブ</td><td>VWRの</td><td>89039-668</td><td></td></tr><tr><td>15% ミニプロテアン TBE-尿素ゲル、10 ウェル/12 ウェル、30 &L / 20 & マイクロ;L</td><td>バイオラッド</td><td>4566053 / 4566055</td><td></td></tr><tr><td>36セルトレイインサート</td><td>トゥルーリーフマーケット</td><td></td><td></td></tr><tr><td>40%アクリルアミドおよびビスアクリルアミド溶液、37.5:1</td><td>バイオラッド</td><td>1610148</td><td></td></tr><tr><td>4インチの丸い鍋</td><td>トゥルーリーフマーケット</td><td></td><td></td></tr><tr><td>50 mL ファルコンチューブ</td><td>VWRの</td><td>89039-656</td><td></td></tr><tr><td>50 mL無針シリンジ</td><td>BDの</td><td>309653</td><td></td></tr><tr><td>96ウェルプレート黒底</td><td>グレニエ</td><td>655090</td><td></td></tr><tr><td>アクロディスク 0.22 &Mシリンジフィルター</td><td>バケツ</td><td>4192</td><td></td></tr><tr><td>アクロディスク 0.45 &Mシリンジフィルター</td><td>バケツ</td><td>4454</td><td></td></tr><tr><td>過硫酸アンモニウム(APS)&nbsp;</td><td>シグマ・アルドリッチ</td><td>A3678</td><td></td></tr><tr><td>塩化カルシウム&nbsp;</td><td>シグマ・アルドリッチ</td><td>C1016</td><td></td></tr><tr><td>クロロホルム(RNaseフリー)</td><td>マクロンファインケミカルズ</td><td>MK444110</td><td></td></tr><tr><td>透明なプラスチックドーム</td><td>ハマート・インターナショナル</td><td>11 3348</td><td>プラスチック製のドームを使用して、植物を覆い、湿度を維持できます</td></tr><tr><td>綿先スティック医療グレード</td><td>ユーリン</td><td>S-21102</td><td></td></tr><tr><td>エタノール(Rnaseフリー)</td><td>デコンラボラトリーズ株式会社</td><td>2716GEAの</td><td></td></tr><tr><td>フレンチプレスコーヒーメーカー、24液量オンス</td><td>スノーピーク</td><td>CS-111</td><td></td></tr><tr><td>穴のない栽培トレイ 10 x 20</td><td>トゥルーリーフマーケット</td><td></td><td></td></tr><tr><td>アイスバケツ&nbsp;</td><td>Schuett-Biotech、Spongex</td><td>3-680 052</td><td></td></tr><tr><td>イソプロパノール</td><td>サーモサイエンティフィック</td><td>149320050</td><td></td></tr><tr><td>JA-14 固定角ローター</td><td>ベックマン・コールター;モデル:JA-14</td><td>339247</td><td></td></tr><tr><td>キムワイプ</td><td>KCWW、キンバリークラーク</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>ローレンジssRNAラダー</td><td>NEB</td><td>N0364S</td><td></td></tr><tr><td>MESハイドレート</td><td>シグマ・アルドリッチ</td><td>M8250</td><td></td></tr><tr><td>マイクロプレートリーダー</td><td>バイオテック</td><td>&nbsp;シナジーH1</td><td></td></tr><tr><td>ミラクルグロ</td><td>ミラクルグロ</td><td>24-8-16</td><td>万能植物性食品です。植物の育てに使用される土壌源に応じて、用途を調整できます。</td></tr><tr><td>ナルジーンセンチフジボトル 250 mL (キャップなし)</td><td>ナルジーン</td><td>3120</td><td></td></tr><tr><td>ペーパータオル</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>パラフィルム&nbsp;Mラボフィルム</td><td>パラフィルム</td><td>S-25929</td><td></td></tr><tr><td>プラスチックビーカー(500mL)</td><td>ユーリン</td><td>S-21658</td><td></td></tr><tr><td>RNaseフリーグリコーゲン(20 mg/mL)</td><td>サーモサイエンティフィック</td><td>R0561</td><td></td></tr><tr><td>RootShield Plus WP 生物学的殺菌剤</td><td>バイオワークス</td><td>68539-9</td><td></td></tr><tr><td>鋏</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>シルウェット L-77</td><td>フィトテックラボ</td><td>S7777</td><td>どのブランドのSilwet L-77も使用できます。ただし、シルウェットは一定期間にわたってその有効性を失います。年に一度交換するのが理想的です。</td></tr><tr><td>塩化ナトリウム</td><td>シグマ・アルドリッチ</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>ソフトナイロンヘアペイントブラシ</td><td>私達。アート用品</td><td>第6位</td><td></td></tr><tr><td>スプレーボトル</td><td>ユーリン</td><td>S-7272</td><td>どのスプレーボトルでも使用できますが、スプレー設定はシャワーにする必要があります。</td></tr><tr><td>Sungro プロフェッショナル グローイング ミックス</td><td>ソンロ</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sungro Propagation Mix</td><td>ソンロ</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SYBR ゴールド核酸ゲル染色剤 (DMSO 中 10,000 倍濃縮液)</td><td>サーモサイエンティフィック</td><td>S11494</td><td></td></tr><tr><td>テメド</td><td>サーモサイエンティフィック</td><td>17919</td><td></td></tr><tr><td>TRIzol試薬</td><td>インビトロゲン</td><td>15596026</td><td></td></tr><tr><td>超純度Dnase/Rnaseフリー水</td><td>インビトロゲン</td><td>10977015</td><td></td></tr><tr><td>尿素</td><td>シグマ・アルドリッチ</td><td>U5378</td><td></td></tr><tr><td>真空チャンバー、0.20立方フィート</td><td>SP Scienceware - ベルアート製品 - H-B Instrument</td><td>F42031-0000</td><td></td></tr><tr><td>真空ポンプ、3.5 CFM</td><td>理想的な真空製品</td><td>P101532</td><td></td></tr><tr><td>体重計</td><td>エスカリ</td><td>WBB480535</td><td>これは単なる例です。どんな体重計でも使用できます。</td></tr></tbody></table>

シロイヌナズナロゼットを用いた葉表面とアポプラスドrnaの単離と解析の段階的ガイド

A Stepwise Guide to the Isolation and Analysis of Leaf Surface and Apoplastic RNA Using Arabidopsis Rosettes

シロイヌナズナロゼットを用いた葉表面とアポプラスドRNAの単離と解析の段階的ガイド

The surface of plant leaves and intercellular space within leaves (the apoplast) serve as key interfaces for molecular exchange between plants and their ...

a-stepwise-guide-to-isolation-analysis-leaf-surface-apoplastic-rna

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免疫学と感染症

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の14日齢の苗の組織からのプロトプラストの単離シロイヌナズナ</em

の細胞特異的な分析<em&gt;シロイヌナズナ</em&gt;蛍光活性化細胞選別を使用した葉

我々は、より開発の初期段階で胚を単離するための効率的で簡単な方法を報告する...

から初期段階の胚の効率的かつ迅速な単離<em&gt;シロイヌナズナ</em&gt;種子

このプロトコルは、結合したリボソームの数に基づいて植物組織から転写物を抽出し、分画する簡単な方法を説明しています。これにより、翻訳活性の全体的な推定と、特定のmRNAの翻訳状態の決定が可能になります。...

工場ポリソームプロファイリングのための簡単​​な方法

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植物のプロトプラストからのmRNAインターアクチベント捕獲

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