Name: 質量分析によるエピジェネティックプロファイリングのための臨床標本からヒストン抽出 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 54 s
Description: 学ぶ臨床標本からのヒストン抽出法によるエピジェネティックプロファイリング。質量分析で50種類の翻訳後修飾を1000細胞から定量し、がんのバイオマーカー発見と創薬標的特定に応用します。

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<table><tbody><tr><td><ストロング>ケミカルズ</ストロング></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>組織学のためのHistolemon RS</td><td>カルロ・エルバ</td><td>454912</td><td>2.5L</td></tr><tr><td>アセトニトリル(ACN)</td><td>カルロ・エルバ</td><td>412341</td><td>1年生</td></tr><tr><td>重炭酸アンモニウム(AmBic)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>A6141</td><td>500 g</td></tr><tr><td>過硫酸アンモニウム(APS)</td><td>WDR</td><td>1.012.010.500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>アプロチニンプロテアーゼ阻害剤</td><td>シグマ・オルドリッチ&nbsp;</td><td>A1153</td><td>5mg</td></tr><tr><td>ベンゾナーゼヌクレアーゼ</td><td>メルク</td><td>E1014</td><td>25 KU</td></tr><tr><td>ビサクリルアミド 30% 37.5 M</td><td>AppliChem</td><td>APA36261000</td><td>1 L</td></tr><tr><td>バッファーAはddH2Oに0.1%の蟻酸を含んでいます</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>10229884</td><td>500 mL &nbsp;</td></tr><tr><td>バッファーBは0.1%蟻酸/80%アセトニトリルをddH2Oに含めています</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>15431423</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>C18樹脂</td><td>メルク</td><td>66883-U</td><td>直径47mmです</td></tr><tr><td>クーマッシー・インスタントブルー</td><td>アブカム</td><td>AB119211</td><td>1 L</td></tr><tr><td>ディチオトレイトール(DTT)&nbsp;</td><td>WDR</td><td>441496P</td><td>25 g</td></tr><tr><td>エタノール</td><td>カルロ・エルバ</td><td>414608</td><td>2.5L</td></tr><tr><td>Leupeptin&nbsp;プロテアーゼ阻害剤</td><td>シグマ・オルドリッチ&nbsp;</td><td>L8511</td><td>5mg</td></tr><tr><td>N,N,N&prime;,N&prime;-テトラメチルエチレンジアミン(TEMED)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>1.107.320100</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>NuPAGE LDSサンプルバッファ</td><td>インビトロジェン</td><td>NP0007</td><td>4倍</td></tr><tr><td>PBS - リン酸塩緩衝塩水&nbsp;</td><td>マイクロジェム</td><td>TL1006</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>フェニル・イソシアネート(PIC)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>185353</td><td>100 g</td></tr><tr><td>フェニルメチルスルフォニルフッ化物(PMSF)プロテアーゼ阻害剤</td><td>シグマ・オルドリッチ&nbsp;</td><td>P7626</td><td>1 g</td></tr><tr><td>プロピオン無水物(PRO)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>240311</td><td>50 g</td></tr><tr><td>組換えヒストーンH3.1ヒト</td><td>ニューイングランド・バイオラボ</td><td>M2503</td><td>1 & micro;g/&micro;L</td></tr><tr><td>シーケンシンググレードトリプシン</td><td>プロメガ</td><td>V5113</td><td>100 ug</td></tr><tr><td>ナトリウムブチル酸ナトリウム(NaBut)ヒストン脱エセタリアゼ阻害剤</td><td>メルク</td><td>B5887</td><td>5 g</td></tr><tr><td>ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>L3771</td><td>100 g</td></tr><tr><td>トリエチルアンモニウム重炭酸塩</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>T7408</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>トリフルオロアセチン酸(TFA)</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>28904</td><td>1×10mL</td></tr><tr><td>トリスHCl</td><td>シグマ・オルドリッチ</td><td>T3253</td><td>100 g</td></tr><tr><td>トリトンX-100洗剤</td><td>シグマ・オルドリッチ&nbsp;</td><td>X100RS</td><td>5 g</td></tr><tr><td>キット/機器/ソフトウェア</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>96ウェルマイクロプレート</td><td>コーニング</td><td>PCR-96-FS-C</td><td>発熱性がなく、RNASE/DNASEフリー</td></tr><tr><td>秤</td><td>カーン</td><td>19024</td><td></td></tr><tr><td>ベンチトップ遠心分離機</td><td>ハレウス・バイオフュージ研究所</td><td>ピコ、23396</td><td></td></tr><tr><td>バイオラプター超音波装置</td><td>ディアゲノード</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ブランソン・デジタルソニファイア250</td><td>エマーソン</td><td></td><td></td></tr><tr><td>セルストレーナー100とマイクロ;m</td><td>隼</td><td>352360</td><td></td></tr><tr><td>コンセントレータープラス</td><td>エッペンドルフ</td><td>5305000509</td><td></td></tr><tr><td>ドゥンスホモジナイザー(例:g&nbsp;ドゥンス、ウィートン...)</td><td>ドーンス、ウィートン</td><td></td><td>1 mL ティッシュグラインダー</td></tr><tr><td>EASY-nLC 1200 液体クロマトグラフィー</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td></td><td></td></tr><tr><td>EASY-Spray HPLC C18カラム</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>ES902</td><td>2 & micro;m、100&nbsp;& Aring;, 75 & micro;m x 25 cm</td></tr><tr><td>EpiProfile2.0スクリプト</td><td>https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family</td><td></td><td></td></tr><tr><td>フィジーソフトウェア</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>https://www.mathworks.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MaxQuant検索エンジン</td><td>https://maxquant.net/maxquant/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ペステルA(緩和)</td><td>ドーンス、ウィートン</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ペステルB(タイト)</td><td>ドーンス、ウィートン</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Q Exactive Plus Orbitrap LC-MS/MS システム</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td></td><td></td></tr><tr><td>回転車輪</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>11496548</td><td></td></tr><tr><td>メス</td><td>キアト</td><td>13010</td><td></td></tr><tr><td>鋏</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>15207266</td><td></td></tr><tr><td>シーリングマット</td><td>コーニング</td><td>AM-96-PCR-RD</td><td>自動化互換</td></tr><tr><td>スイングアウトローター遠心分離機</td><td>ベックマン・カウルター</td><td>アレグラX-15R</td><td></td></tr><tr><td>サーモミキサーコンパクト</td><td>エッペンドルフ</td><td>5350</td><td></td></tr><tr><td>渦動</td><td>PBI</td><td>バイブロミックス</td><td></td></tr><tr><td>Xcaliburソフトウェア</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>OPTON-30965</td><td></td></tr></tbody></table>

質量分析によるエピジェネティックプロファイリングのための臨床標本からヒストン抽出

Extraction of Histones from Clinical Specimens for Epigenetic Profiling by Mass Spectrometry

Extensive experimental evidence supports the role of epigenetic mechanisms in cancer onset, progression, and recurrence. Among these, histone variants and ...

extraction-histones-from-clinical-specimens-for-epigenetic-profiling

Research

JoVE Journal

Cancer Research

がん研究

ネイティブ組み合わせると高解像度質量分析とクロマチン免疫沈降を架橋することにより、ChroPアプローチはヒストン修飾、変異体及び機能的に異なるクロマチンドメインで相乗非histonicタンパク質の複合プロテオミクスアーキテクチャを分析することができます。...

ChroPアプローチは、クロマチンの遺伝子座特異的プロテオームの風景を分析するために、チップと質量分析を組み合わせ

このプロトコルは、質量分析（MS）を用いて、ヒストンの翻訳後修飾を特徴付けるための完全に統合されたワークフローの概要を説明します。ワークフローは、ナノ流液体クロマトグラフィーおよびデータ分析のための命令を使用して、細胞培養物または組織、ヒストン誘導体、消化、MS分析から、ヒストンの精製を含みます。 3日 - プロトコルは2以内に完了するために設計されています。...

ヒストンの抽出からデータ解析まで：ボトムアップ質量分析法を用いてヒストンの翻訳後修飾の解析のための完全なワークフロー

この資料の目的は、ヒストン H3、H4...

H3 ・ H4 ヒストン蛋白質細胞および脳組織におけるアセチル化ヒストンの定量化の浄化

このプロトコルは、エンジニアリングの干ばつ耐性作物を支援するための潜在的なエピジェネティックマーカーとして機能するヒストン翻訳後修飾のプロファイリングのために、ソルガム葉材料から無傷のヒストンを効果的に抽出するために開発されました。...

潜在的エピジェネティックマーカーのトップダウン質量分析プロファイリングのためのソルガム葉組織からのヒストンの分離

このプロトコルは、3次元細胞培養システムを使用して、ほぼ生理学的状態のクロマチン修飾をモデル化、処理、および分析する方法を概説しています。...

肝組織の3D細胞培養モデルにおけるヒストン翻訳後修飾のグローバルレベルの定量化

液体クロマトグラフィー、トラップ型イオンモビリティー分光、飛行時間型質量分析(LC-TIMS-ToF...

液体クロマトグラフィー、トラップ型イオンモビリティー分光分析、飛行時間型質量分析を用いたヒストン修飾スクリーニング(英語)

この方法は、ヒストンプロテオフォームの特性評価と調査のためのシンプルで迅速な戦略を示しています。...

2D-TAUゲル電気泳動によるヒストンプロテオフォームの解明

ここでは、同位体2重ラベリング戦略とArgC消化を用いて、単細胞ヒストンの翻訳後修飾解析を自動化するプロトコルを紹介します。このワークフローにより、クロマチンの異質性およびエピジェネティック応答の定量的かつ再現性が高く高感度なプロファイリングが単一細胞分解能で実現します。...

単細胞ヒストーンの翻訳後修飾(sc-hPTM2)の多重解析のための自動サンプル調製

二次元ゲル電気泳動 (2DE) 質量分析 (MS) を人間の下垂体腺腫組織プロテオーム良いと再現可能な 2DE パターンを提示を区別して結合を紹介します。高感度 MS を使って複雑ながんのプロテオームを解析するとき、多くの蛋白質は各 2DE...

ひと下垂体腺腫の組織のプロテオームの分析のための質量分析法と相まって二次元ゲル電気泳動

腫瘍組織から高品質 DNA を取得は、次世代シーケンシングによる遺伝子の変異を分析するための重要な第一歩です。この記事では腫瘍細胞を豊かにし、押印細胞診標本のタッチから無傷の DNA を取得する簡単かつ迅速な方法を提案する.

タッチ捺印細胞診を用いた臨床病理標本から質の高い腫瘍 DNA を取得する簡易法

学ぶ臨床標本からのヒストン抽出法によるエピジェネティックプロファイリング。質量分析で50種類の翻訳後修飾を1000細胞から定量し、がんのバイオマーカー発見と創薬標的特定に応用します。

質量分析によるエピジェネティックプロファイリングのための臨床標本からヒストン抽出

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