Name: 大規模データセットのユーザーフレンドリーで強力なR分析 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-04T13:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 56 s
Description: 学ぼう、RStudioを用いた大規模時系列データのユーザーフレンドリーな解析手法。植物の概日時計と活性酸素バーストアッセイの96ウェルプレートデータを、プログラミング経験がなくても効率的に統計解析できる。

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<ol><li>Yamazaki, S., Takahashi, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+luminescence+reporting+of+circadian+gene+expression+in+mammals%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Real-time luminescence reporting of circadian gene expression in mammals.</a> Methods Enzymol. 393 (10), 288-301 (2005).</li>
<li>McClung, C. R., Xie, Q. Measurement of luciferase rhythms in plant circadian networks. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMcClung%2C+CR+%22Circadian+Networks%22">Circadian Networks</a>. Staiger, D. , Springer. New York. 1-11 (2014).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22El+Temps%22">El Temps</a>. , Barcelona. (2020).</li>
<li>Abhilash, L., Sheeba, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RhythmicAlly%3A+Your+R+and+Shiny-based+open-source+ally+for+the+analysis+of+biological+rhythms%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Rhythms%22%5BJournal%5D)">RhythmicAlly: Your R and Shiny-based open-source ally for the analysis of biological rhythms.</a> J Biol Rhythms. 34 (5), 551-561 (2019).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22CAT%3A+Chronomics+Analysis+Toolkit%22">CAT: Chronomics Analysis Toolkit</a>. , University of Minnesota. (2013).</li>
<li>Geissmann, Q., Garcia Rodriguez, L., Beckwith, E. J., Gilestro, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rethomics%3A+An+R+framework+to+analyse+high-throughput+behavioural+data%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rethomics: An R framework to analyse high-throughput behavioural data.</a> PLoS One. 14 (1), e0209331(2019).</li>
<li>ShinyR-DAM. v.3. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22GNU+General+Public+License%22">GNU General Public License</a>. , (2007).</li>
<li>Zielinski, T., Moore, A. M., Troup, E., Halliday, K. J., Millar, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strengths+and+limitations+of+period+estimation+methods+for+circadian+data%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Strengths and limitations of period estimation methods for circadian data.</a> PLoS One. 9 (5), e96462(2014).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22RStudio%3A+Integrated+Development+for+R%22">RStudio: Integrated Development for R</a>. , Boston, MA. (2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R%3A+A+Language+and+Environment+for+Statistical+Computing.%C2%A0v.4.0.2%22">R: A Language and Environment for Statistical Computing. v.4.0.2</a>. , Vienna, Austria. (2020).</li>
<li>Wu, G., Anafi, R. C., Hughes, M. E., Kornacker, K., Hogenesch, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MetaCycle%3A+An+integrated+R+package+to+evaluate+periodicity+in+large+scale+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MetaCycle: An integrated R package to evaluate periodicity in large scale data.</a> Bioinformatics. 32 (21), 3351-3353 (2016).</li>
<li>Yang, R., Su, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+circadian+expression+data+by+harmonic+regression+based+on+autoregressive+spectral+estimation%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Analyzing circadian expression data by harmonic regression based on autoregressive spectral estimation.</a> Bioinformatics. 26 (12), i168-i174 (2010).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22ggplot2%3A+Elegant+Graphics+for+Data+Analysis%22">ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis</a>. , Springer-Verlag. New York. (2016).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22dplyr%3A+A+Grammar+of+Data+Manipulation%22">dplyr: A Grammar of Data Manipulation</a>. v.1.0.2, (2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22magrittr%3A+A+Forward-Pipe+Operator+for+R%22">magrittr: A Forward-Pipe Operator for R</a>. v.2.0.3, (2022).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22stringr%3A+Simple%2C+Consistent+Wrappers+for+Common+String+Operations%22">stringr: Simple, Consistent Wrappers for Common String Operations</a>. v.1.4.0, (2019).</li>
<li>filesstrings: An R Package for File and String Manipulation. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22J+Open+Source+Softw%22">J Open Source Softw</a>. , (2017).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R+package+%27circular%27%3A+Circular+Statistics%22">R package 'circular': Circular Statistics</a>. v.0.4-95, (2022).</li>
<li>Mazerolle, M. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMazerolle%2C+MJ+%22AICcmodavg%3A+Model+Selection+and+Multimodel+Inference+Based+on+%28Q%29AIC%28c%29%22">AICcmodavg: Model Selection and Multimodel Inference Based on (Q)AIC(c)</a>. , (2023).</li>
<li>broom: Convert Statistical Objects into Tidy Tibbles. , 
 <a target="_blank" href="https://CRAN.R-project.org/package=broom">https://CRAN.R-project.org/package=broom</a> (2023).</li>
<li>Gao, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+regulation+of+the+GLYCINE-RICH+RNA-BINDING+PROTEIN+gene+by+the+master+clock+protein+CIRCADIAN+CLOCK-ASSOCIATED+1+is+important+for+plant+innate+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Circadian regulation of the GLYCINE-RICH RNA-BINDING PROTEIN gene by the master clock protein CIRCADIAN CLOCK-ASSOCIATED 1 is important for plant innate immunity.</a> J Exp Bot. 74 (3), 991-1003 (2023).</li>
<li>Gao, M., Zhang, C., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coronatine+is+more+potent+than+jasmonates+in+regulating+clock%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Coronatine is more potent than jasmonates in regulating clock.</a> Sci Rep. 10 (1), 12862(2020).</li>
<li>Zhang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LUX+ARRHYTHMO+mediates+crosstalk+between+the+circadian+clock+and+defense+in+Commun%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">LUX ARRHYTHMO mediates crosstalk between the circadian clock and defense in Commun.</a> Nat Commun. 10 (1), 2543(2019).</li>
<li>Straume, M., Frasier-Cadoret, S. G., Johnson, M. L. Least squares analysis of fluorescence data. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aStraume%2C+M+%22Topics+in+Fluorescence+Spectroscopy%22">Topics in Fluorescence Spectroscopy</a>. 2, Plenum. 117-240 (1991).</li>
<li>Cal-Kayitmazbatir, S., Francey, L. J., Lee, Y., Liu, A. C., Hogenesch, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PSMD11+modulates+circadian+clock+function+through+PER+and+CRY+nuclear+translocation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">PSMD11 modulates circadian clock function through PER and CRY nuclear translocation.</a> PLoS One. 18 (3), e0283463(2023).</li>
<li>Zhang, E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genome-wide+RNAi+screen+for+modifiers+of+the+circadian+clock+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A genome-wide RNAi screen for modifiers of the circadian clock in human cells.</a> Cell. 139 (1), 199-210 (2009).</li>
<li>Baggs, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+features+of+the+mammalian+circadian+clock%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Network features of the mammalian circadian clock.</a> PLoS Biol. 7 (3), e52(2009).</li>
<li>Zipfel, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+disease+resistance+in+Arabidopsis+through+flagellin+perception%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Bacterial disease resistance in Arabidopsis through flagellin perception.</a> Nature. 428 (6984), 764-767 (2004).</li>
<li>Kunze, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+N+terminus+of+bacterial+elongation+factor+Tu+elicits+innate+immunity+in+Arabidopsis+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The N terminus of bacterial elongation factor Tu elicits innate immunity in Arabidopsis plants.</a> Plant Cell. 16 (12), 3496-3507 (2004).</li>
<li>Fabian, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+flowering+time+regulator+FLK+controls+pathogen+defense+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">The flowering time regulator FLK controls pathogen defense in Arabidopsis thaliana.</a> Plant Physiol. 191 (4), 2461-2474 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>R</td><td>Rプロジェクト</td><td><a href="https://www.r-project.org/">https://www.r-project.org/&nbsp;</a></td><td>オンラインからダウンロードでき、特に統計学のコーディングに使える無料のオープンソースプラットフォームです。</td></tr><tr><td>Rstudio</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://posit.co/download/rstudio-desktop/">https://posit.co/download/rstudio-desktop/&nbsp;</a></td><td>Rへのアクセスをより使いやすいためにオンラインからダウンロードできる無料ソフトウェアです。</td></tr><tr><td>メタサイクル</td><td>ガン・ウー、ザビエル・リー、マシュー・カルッチ、ロン・アナフィ、マイケル・ヒューズ、カール・コーナッカー、ジョン・ホゲネッシュ</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/MetaCycle/vignettes/implementation.html">https://cran.r-project.org/web/packages/MetaCycle/vignettes/implementation.html&nbsp;</a></td><td>MetaCycleパッケージのARSERアルゴリズムは、クロックパラメータ、周期、位相、振幅の評価に使用されます。&nbsp;</td></tr><tr><td>ggplot2</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html&nbsp;</a></td><td>特に統計グラフィックスのためのデータ可視化を作成します。</td></tr><tr><td>DPLYR</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html&nbsp;</a></td><td>効率的なデータ操作のための基本的なRライブラリ。</td></tr><tr><td>マグリットル</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/magrittr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/magrittr/index.html&nbsp;</a></td><td>コードの可読性を高め、データ操作のより自然な流れを促進するための一連のオペレータを提供します。</td></tr><tr><td>ストリンジャー</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/stringr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/stringr/index.html&nbsp;</a></td><td>文字列の扱いに一貫性があり、シンプルで使いやすい関数セットを提供します。</td></tr><tr><td>ファイルストリング</td><td>ローリー・ノーランとセルジ・パディーラ・パラ</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/filesstrings/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/filesstrings/index.html&nbsp;</a></td><td>ファイル名やパスに関連するファイルや文字列の操作に便利な機能を提供します。</td></tr><tr><td>円形</td><td>ウルリック・ルンド、クラウディオ・アゴスティネッリ、荒井浩義、アレッサンド・ガリアルディ、エドゥアルド・ガルクーテ;ポルトグ&エカテ;ディミトリ・ジュンチ、ジャン・オリヴィエ・イリソン、マシュー・ポチェルニッヒ、フェデリコ・ロトロ</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/circular/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/circular/index.html&nbsp;</a></td><td>循環データの統計分析およびグラフィック表現を提供します。</td></tr><tr><td>AICcmodavg</td><td>マーク・J・マズロール</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/AICcmodavg/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/AICcmodavg/index.html&nbsp;</a></td><td>赤池情報基準(AIC)および関連情報に基づいてモデル選択表を作成します。&nbsp;</td></tr><tr><td>ほうき</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/broom/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/broom/index.html&nbsp;</a></td><td>さまざまな統計モデルやオブジェクトの出力を「整頓」したティブル(現代のデータフレーム形式)に変換し、モデル結果の扱い、分析、可視化を容易にします。</td></tr><tr><td>オートクレーブ機</td><td>ステリス アムスコ イーグルセンチュリー SG120 サイエンティフィック社</td><td>8901400012</td><td>オートクレーブ媒体</td></tr><tr><td>化学煙幕フード</td><td>ラボ設計&供給&nbsp;</td><td></td><td>種子を滅菌する</td></tr><tr><td>オメガ・ルミネセンス・リーダー&nbsp;</td><td>BMG LABTECH, Inc.</td><td></td><td>ナンバープレートリーダー</td></tr><tr><td>層流キャビネット</td><td>NuAire Nu-408FM-400</td><td>クラスII/タイプA&nbsp;</td><td>苗を96ウェルプレートに移す</td></tr><tr><td>96ウェルマイクロプレート</td><td>パーキン・エルマー</td><td>OptiPlate-96&nbsp;</td><td>ルシフェラーゼアッセイのための苗木の育成</td></tr><tr><td>FLG22</td><td>GenScript社</td><td>RP19986</td><td>細菌鞭毛からの誘導体です。</td></tr><tr><td>エルフ26</td><td>アルファ・ダイアジショナル・インテル インテンツ</td><td>2427</td><td>細菌翻訳によるエリシターである伸長因子-Tu。</td></tr><tr><td>D-ルシフェリン・ファイアフライ、カリウム塩</td><td>バイオ合成化学&生物学</td><td>L-8220</td><td>ルシフェラーゼ基質</td></tr><tr><td>L-012(ルミノール)</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>NC0733364</td><td>ROSアッセイ試薬</td></tr></tbody></table>

大規模データセットのユーザーフレンドリーで強力なr分析

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