A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

Myunggeun Oh; Seunghwa Jeong; Seung-Kyoon Kim

doi:10.3791/69400

マウス胚性幹細胞における遺伝子間/遺伝子内エンハンサーRNA定量のための計算パイプライン

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Genetics

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A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

マウス胚性幹細胞における遺伝子間/遺伝子内エンハンサーRNA定量のための計算パイプライン

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06:02 min

October 28, 2025

DOI: 10.3791/69400-v

Myunggeun Oh*¹, Seunghwa Jeong*¹, Seung-Kyoon Kim¹

¹Department of Convergent Bioscience and Informatics, and Graduate School of Biological Sciences,Chungnam National University (CNU)

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

このプロトコルは、初期のエンハンサー転写産物を定量化するための合理化された計算パイプラインを提供します。クロマチンアクセシビリティ、クロマチン特徴、転写データを統合することで、複雑な遺伝子内領域におけるエンハンサー活性の正確な検出と鎖特異的分析を可能にし、広範なバイオインフォマティクスのトレーニングを受けなくても研究者がアクセスできるようにします。

私たちのグループはエンハンサーエピジェネティクスとエピトランスクリプトミクスを調査し、エンハンサー活性化の指標としてエンハンサーRNAを定量する正確な方法の開発に注力しています。遺伝子内増強体が宿主転写産物と共存するため、増強剤DERシグナルを区別し、正確に定量化することは困難です。開始するには、ターミナルを開き、エンハンサー識別に必要なファイルや参照を準備するコマンドを入力してください。

ターミナルでコマンドを入力して作業ディレクトリに入ります。次に、エンハンサー識別スクリプトを現在のディレクトリにコピーするコマンドを実行します。その後、対応するコマンドを実行し、ジェンコード注釈を使ってプロモーター領域、遺伝子体、タンパク質コード遺伝子のBEDファイルを生成します。

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