EasyFiji:フィジーにおけるユーザーフレンドリー蛍光画像処理のためのグラフィカルインターフェース

Fijiを使ったことがあれば、その強力さと、メニューや設定にどれだけ早く没頭してしまうかをご存知でしょう。EasyFijiは、シンプルなボタンやスライダー、スマートツールで画像処理のストレスを軽減してくれます。フィジーですが、親しみやすいです。

EasyFijiのインストールの推奨方法は、Fijiのアップデートサイトを利用することです。ヘルプ、アップデート、更新管理サイトをクリックし、「EasyFiji」と入力してください。これをクリックして、適用して閉じるのを忘れないでください。

変更を適用してからEasyFijiを再起動してください。上級者はGitHubのウェブページからJARファイルをダウンロードすることも選択できました。カラーチャンネル調整は、マルチチャンネル画像を開いて、チャンネルカラータブを使ってここで異なるルックアップテーブルを選択できます。

赤、緑、青、エクストラ、または黒いチャンネルを選択して特定のチャンネルを無効にすることもできます。すべてのチャンネルで全チャンネルの色を表示することもできますし、各チャンネルで特定のチャンネルだけを表示することもできます。ゲインスライダーでは、画像をより明るくすることができます。

もし画像が暗すぎる場合は、明るくすることができます。オフセットの方については、画像に最小強度を設定することができます。つまり、すべてのチャンネルの色を調整したり、特定のチャンネルだけを調整したりできます。

チャンネルビューでは、興味のある画像を開いてください。これはマルチチャンネルの画像です。つまり、各チャンネルは強度や場所が異なります。

共位置化ボタンは2つのチャンネルを使ってRGB画像を作成します。両チャンネルが同じ強度を持つ領域は黄色で表示され、ハイライトされます。FFMergeボタンも2つのチャンネルをRGBディスプレイに合成しますが、その方法は異なります。

ここでは、各チャンネルが均等に見えるままです。これにより、重なり合う領域を解釈しやすくなり、チャネルバランスを失いません。FGMergeボタンは、1つ以上のチャンネルを緑色のスケールチャンネルに重ねます。

これはDICやEMのような緑スケール画像と組み合わせる際に有用です。チャンネルは緑スケールのチャンネルサイズによって保持され、全体のコントラストがより良い画質をもたらします。こちらはFGMergeを使った別の例画像です。スタックビューについては、EasyFijiプラグインが最大強度投影、直交スライスビュー、キモグラフなどの機能を提供します。

画像処理タブ。画像を開き、録画ボタンをクリックして録画を開始します。スムーズな機能でガウスのぼかしを適用し、ノイズ除去機能で中央値フィルターを適用し、シャープボタンで2Dのアンシャープマスクを適用し、被写体背景にはローリングボール信号が適用され、ローリングボールアルゴリズムで背景を除去します。

適用したルックアップテーブルは、表示パネルで指定したゲインとオフセットを適用します。ここで、この処理コマンドを適用すると、画像の品質が大幅に向上するのがわかります。ここでは、ローカル補正ボタンを使って補正係数を適用し、各フレームの中強度がフィット曲線の値に局所的に変わる例を示します。

局所補正とグローバル補正は同じデータセットに対して順次適用可能です。ここでは漂白剤補正前後の強度プロファイルを示しています。信号が修正されているのがわかりました。

ここでは、さまざまなセーブオプションを示します。セーブパネルは、専門家でない人でも適切なファイルフォーマットを選ぶユースケースを目指しています。画像は生データセットとして保存できます。

画像のすべての情報が入ります。プレゼンテーション用にJPEGとして保存するか、PNJ形式で保存できます。また、画像スタックをムービーとして保存することも可能です。

画像情報パネルは、ベンダー固有の取得メタデータを人間が読みやすい形で表示します。この動画を見れば、このプラグインを使って生体医学画像を可視化・処理する方法がよく理解できるはずです。EasyFijiの開発目的は、生命科学者にとって画像解析をより簡単で、迅速かつアクセスしやすくすることです。

コントラストのチャート作成、フィルターの適用、画像メタデータの探索など、EasyFijiはフィジーでの作業をよりスムーズで楽しいものにします。