Name: CUT and RUNを用いた神経内分泌小細胞肺がん細胞株におけるヒストン修飾および転写因子結合部位のゲノムワイドマッピング (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-03T12:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 50 s
Description: 学ぶ CUT&RUN-seqを用いた神経内分泌小細胞肺がん細胞株におけるヒストン修飾と転写因子結合部位のゲノムワイドマッピング手法。低入力で高感度なエピゲノム解析により、治療標的となる調節機構を同定できます。

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<ol><li>Kimura, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+for+human+epigenome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone modifications for human epigenome analysis.</a> J Hum Genet. 58 (7), 439-445 (2013).</li>
<li>Millan-Zambrano, G., Burton, A., Bannister, A. J., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+post-translational+modifications-cause+and+consequence+of+genome+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone post-translational modifications-cause and consequence of genome function.</a> Nat Rev Genet. 23 (9), 563-580 (2022).</li>
<li>Seligson, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+histone+modification+patterns+predict+risk+of+prostate+cancer+recurrence%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Global histone modification patterns predict risk of prostate cancer recurrence.</a> Nature. 435 (7046), 1262-1266 (2005).</li>
<li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STAT3+facilitates+super+enhancer+formation+to+promote+fibroblast-to-myofibroblast+differentiation+by+the+analysis+of+ATAC-seq%2C+RNA-seq+and+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">STAT3 facilitates super enhancer formation to promote fibroblast-to-myofibroblast differentiation by the analysis of ATAC-seq, RNA-seq and ChIP-seq.</a> J Cell Mol Med. 29 (11), e70639(2025).</li>
<li>Zhao, Z., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+modifications+of+histones+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenetic modifications of histones in cancer.</a> Genome Biol. 20 (1), 245(2019).</li>
<li>Takumida, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+epigenome+and+transcriptome+analyses+reveal+transcriptional+programs+differentially+regulated+by+ASCL1+and+NEUROD1+in+small+cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Integrative epigenome and transcriptome analyses reveal transcriptional programs differentially regulated by ASCL1 and NEUROD1 in small cell lung cancer.</a> Oncogene. 44 (34), 3113-3125 (2025).</li>
<li>Sivakumar, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+analysis+of+a+large+real-world+cohort+of+small+cell+lung+cancer+identifies+distinct+genetic+subtypes+and+insights+into+histologic+transformation%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Integrative analysis of a large real-world cohort of small cell lung cancer identifies distinct genetic subtypes and insights into histologic transformation.</a> Cancer Discov. 13 (7), 1572-1591 (2023).</li>
<li>Rudin, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Author+correction%3A+Molecular+subtypes+of+small+cell+lung+cancer%3A+A+synthesis+of+human+and+mouse+model+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">Author correction: Molecular subtypes of small cell lung cancer: A synthesis of human and mouse model data.</a> Nat Rev Cancer. 19 (7), 415(2019).</li>
<li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+genome-wide+protein-DNA+interactions+detected+at+single-nucleotide+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution.</a> Cell. 147 (6), 1408-1419 (2011).</li>
<li>Teytelman, L., Thurtle, D. M., Rine, J., van Oudenaarden, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+expressed+loci+are+vulnerable+to+misleading+ChIP+localization+of+multiple+unrelated+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Highly expressed loci are vulnerable to misleading ChIP localization of multiple unrelated proteins.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (46), 18602-18607 (2013).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+efficient+targeted+nuclease+strategy+for+high-resolution+mapping+of+DNA+binding+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites.</a> Elife. 6, e21856(2017).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+in+situ+genome-wide+profiling+with+high+efficiency+for+low+cell+numbers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers.</a> Nat Protoc. 13 (5), 1006-1019 (2018).</li>
<li>Meers, M. P., Bryson, T. D., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+CUT%26RUN+chromatin+profiling+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Improved CUT&RUN chromatin profiling tools.</a> Elife. 8, e46314(2019).</li>
<li>Custers, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cleavage+under+targets+%26+release+using+nuclease+%28CUT%26RUN%29+protocols+for+the+study+of+genetic+and+epigenetic+regulation+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Cleavage under targets & release using nuclease (CUT&RUN) protocols for the study of genetic and epigenetic regulation in cancer.</a> Methods Mol Biol. 2944, 207-225 (2025).</li>
<li>Hainer, S. J., Boskovic, A., McCannell, K. N., Rando, O. J., Fazzio, T. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+of+pluripotency+factors+in+single+cells+and+early+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Profiling of pluripotency factors in single cells and early embryos.</a> Cell. 177 (5), 1319-1329.e11 (2019).</li>
<li>Marroquin-Rivera, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immune-related+transcriptomic+and+epigenetic+reconfiguration+in+BV2+cells+after+lipopolysaccharide+exposure%3A+An+in+vitro+omics+integrative+study%5BTitle%5D)+AND+%22Inflamm+Res%22%5BJournal%5D)">Immune-related transcriptomic and epigenetic reconfiguration in BV2 cells after lipopolysaccharide exposure: An in vitro omics integrative study.</a> Inflamm Res. 73 (2), 211-225 (2024).</li>
<li>Huang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+the+role+of+histone+modifications+in+memory+and+exhausted+CD8+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Deciphering the role of histone modifications in memory and exhausted CD8 T cells.</a> Sci Rep. 15 (1), 17359(2025).</li>
<li>De Sarkar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleosome+patterns+in+circulating+tumor+DNA+reveal+transcriptional+regulation+of+advanced+prostate+cancer+phenotypes%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Nucleosome patterns in circulating tumor DNA reveal transcriptional regulation of advanced prostate cancer phenotypes.</a> Cancer Discov. 13 (3), 632-653 (2023).</li>
<li>Roberti, A., Fraga, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenomic+profiling+of+histone+posttranslational+modifications+in+frozen+cancer+tissue+using+CUT%26RUN%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenomic profiling of histone posttranslational modifications in frozen cancer tissue using CUT&RUN.</a> Methods Mol Biol. 2930, 229-243 (2025).</li>
<li>Black, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Master+regulators+and+cofactors+of+human+neuronal+cell+fate+specification+identified+by+CRISPR+gene+activation+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Master regulators and cofactors of human neuronal cell fate specification identified by CRISPR gene activation screens.</a> Cell Rep. 33 (9), 108460(2020).</li>
<li>Augert, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+cell+lung+cancer+exhibits+frequent+inactivating+mutations+in+the+histone+methyltransferase+KMT2D%2FMLL2%3A+CALGB+151111+%28Alliance%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Thorac+Oncol%22%5BJournal%5D)">Small cell lung cancer exhibits frequent inactivating mutations in the histone methyltransferase KMT2D/MLL2: CALGB 151111 (Alliance).</a> J Thorac Oncol. 12 (4), 704-713 (2017).</li>
<li>Kaya-Okur, H. S., Janssens, D. H., Henikoff, J. G., Ahmad, K., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+low-cost+chromatin+profiling+with+CUT%26Tag%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag.</a> Nat Protoc. 15 (10), 3264-3283 (2020).</li>
<li>Yang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((H3K9me3+involved+in+FOXL2+regulation+of+SerpinE2+expression+to+affect+steroid+hormone+synthesis+in+follicular+granulosa+cells%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">H3K9me3 involved in FOXL2 regulation of SerpinE2 expression to affect steroid hormone synthesis in follicular granulosa cells.</a> FASEB J. 39 (12), e70730(2025).</li>
<li>Panday, A., Elango, R., Willis, N. A., Scully, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+CUT%26RUN-seq+technique+for+qPCR+analysis+of+chromatin-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">A modified CUT&RUN-seq technique for qPCR analysis of chromatin-protein interactions.</a> STAR Protoc. 3 (3), 101529(2022).</li>
<li>Lardo, S. M., Hainer, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+factor+localization+on+chromatin+using+ultra-low+input+cleavage+under+targets+and+release+using+nuclease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Single-cell factor localization on chromatin using ultra-low input cleavage under targets and release using nuclease.</a> J Vis Exp. (180), e63536(2022).</li>
<li>Hsieh, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resolving+the+3D+landscape+of+transcription-linked+mammalian+chromatin+folding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Resolving the 3D landscape of transcription-linked mammalian chromatin folding.</a> Mol Cell. 78 (3), 539-553.e8 (2020).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+Efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">HiChIP: Efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Methods. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td><ストロング>レジェント</ストロング></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RPMI-1640メディア&nbsp;</td><td>ギブコ・サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>11875093</td><td>細胞培養培地</td></tr><tr><td>胎児用牛血清(FBS)</td><td>神経学</td><td>FBS002-HI</td><td>細胞培養培地の構成要素</td></tr><tr><td>1% ペニシリン-ストレプトマイシン&nbsp;</td><td>ギブコ・サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>15140122</td><td>抗菌薬、細胞培養の細菌汚染防止</td></tr><tr><td>トライパンブルー溶液、0.4%</td><td>ギブコ・サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>15250061</td><td>トリパンブルー染色法を用いて自動細胞カウンターによる透過性評価に使用しました。</td></tr><tr><td>ロシュ cOmplete、EDTAフリーのプロイーズ阻害剤カクテル</td><td>ロッシュ</td><td>11873580001</td><td>プロテアーゼ阻害剤。ウォッシュバッファーの成分</td></tr><tr><td>5% ジジトニン&nbsp;</td><td>エピサイファー</td><td>21-1004</td><td>バッファコンポーネント&nbsp;バッファーのレシピはバッファシートで確認できます</td></tr><tr><td>ビーズ活性化バッファー</td><td>エピサイファー</td><td>21-1001</td><td>バッファコンポーネント&nbsp;バッファーのレシピはバッファシートで確認できます</td></tr><tr><td>コンカナバリンA(ConA)ビーズ</td><td>エピサイファー</td><td>21-1401</td><td>ConA共役常磁性微小球は、脂質膜結合を可能にするレクチン被覆磁性ビーズです</td></tr><tr><td>カット&RUN Kit&nbsp;</td><td>CUTANA ChIC エピサイファー</td><td>14-1048</td><td>CUT&の試薬RUN DNA生成</td></tr><tr><td>DNA精製キット</td><td>CUTANA&nbsp;エピサイファー</td><td>14-0050</td><td>反応イオンで上層から放出された標的DNA断片からDNAを抽出します。</td></tr><tr><td>カット&RUN ライブラリー準備キット</td><td>CUTANA エピサイファー</td><td>14-001</td><td>CUT&を生成します。RUN次世代シーケンシング(NGS)ライブラリ</td></tr><tr><td>&nbsp;DNA精製磁気ビーズ</td><td>アジャンコート AMPure XP ベックマン・カウルター</td><td>A63880</td><td>PCR製品のクリーンアップとサイズ選択(例:アダプター、ダイマー、プライマー除去)</td></tr><tr><td>大腸菌スパイクインDNA</td><td>エピサイファー</td><td>18-1401</td><td>一連のサンプルにわたるシーケンス読み取りのキャリブレーションに用いられます。例えば、治療済みと未治療の状態</td></tr><tr><td>pAG-MNase</td><td>エピサイファー</td><td>&nbsp;15-1016</td><td>一次抗体に結合すると、カルシウムによって活性化されると結合タンパク質の両側の標的DNA断片を切断します</td></tr><tr><td>PBS PH7.4 1倍</td><td>Gibco(サーモ・フィッシャー・サイエンティフィック)</td><td>10010-049</td><td>洗浄セル</td></tr><tr><td>プリウォッシュバッファー</td><td>エピサイファー</td><td>21-1002</td><td>バッファコンポーネント&nbsp;バッファーのレシピはバッファシートで確認できます</td></tr><tr><td>dsDNA高感度&nbsp;アッセイキット</td><td>QubitTM サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>Q32854</td><td>カット&RUN DNA定量</td></tr><tr><td>ストップバッファ</td><td>エピサイファー</td><td>21-1003</td><td>バッファコンポーネント&nbsp;バッファーのレシピはバッファシートで確認できます</td></tr><tr><td>高感度DNAキット&nbsp;</td><td>アジレント・テクノリギーズ</td><td>5067-4626</td><td>カット&RUN:DNAおよびNGSリブラ、クアタイフィケーションおよび断片サイズ分布解析</td></tr><tr><td><ストロング>マテリアル<ストロング></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>8ストリップ0.2mL PCRチューブ</td><td>エピサイファー</td><td>10-0009k</td><td>CUT&の管0.2mlチューブの磁気分離ラックに対応したRUN反応</td></tr><tr><td>LUNA 8チャンネルスライド</td><td>ロゴス・バイオシステムズINC</td><td>L72001</td><td>細胞数のスライド、nbsp;細胞の生存可能性と完全性のチェック</td></tr><tr><td>多チャネル試薬貯留槽</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>14-387-072</td><td>洗浄バッファー容器</td></tr><tr><td>DynaMagTM-2(磁気分離ラック)、1.5 mLチューブ</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>12321D</td><td>ConAビーズは磁気分離ラックで貯蔵バッファーから分離され、その後1.5 mLマイクロ遠心分離機管内の活性化バッファー内で再懸濁されて活性化されました。</td></tr><tr><td>磁気分離ラック、0.2 mLチューブ</td><td>エピサイファー</td><td>10-0008</td><td>別々に立つこと...nbsp;ビーズ結合細胞、抗体、反応および洗浄バッファーからのpAG/MNase</td></tr><tr><td>エッペンドールリサーチと8チャンネルピペット、0.5-10 uL&nbsp;</td><td>エッペンドルフ</td><td>3125000010</td><td>吸引8ストリップ管のサンプル&nbsp;ワークフローを加速させるために、同等のマルチチャネルピペットを</td></tr><tr><td>エッペンドルフ Refrence 2 8チャンネルピペット、30-300 uL</td><td>エッペンドルフ</td><td>4926000050</td><td>吸引と洗浄のステップを高速化し、同等のマルチチャネルピペッター</td></tr><tr><td><ストロング>装備</ストロング></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>サイエンティフィック・インダストリーズ ボルテックス-ジーニー2ミキサー、可変速度、120V</td><td>フィッシャー・サイエンティフィック</td><td>50-728-002</td><td>ミニ遠心分離機とスピン</td></tr><tr><td>LUNA FX7自動セルカウンター</td><td>ロゴス・バイオシステムズINC</td><td>L70001</td><td>セルカウンター</td></tr><tr><td>ヌーテーティングミキサー</td><td>VWR</td><td>82007-202</td><td>ビーズのインキュベーションステップ(一晩の抗体培養、pAG-MNase消化反応)。</td></tr><tr><td>エッペンドルフ 6331 Nexus Gradient MasterCycler サーマルサイクラー</td><td>エッペンドルフ</td><td>6331</td><td>カット&RUN 次世代ライブラリの構築</td></tr><tr><td>量子ビット4フルオロメーター</td><td>サーモフィッシャー・サイエンティフィック</td><td>Q33226</td><td>DNA定量。</td></tr><tr><td>Agilent 2100バイオアナライザー</td><td>アジレント・テクノロジーズ</td><td>G2939A</td><td>CUT&の断片サイズ、濃度解析RUN DNAとCUT&RUN libraries, andnbsp;同等の毛細管電気泳動装置(例:Agilent TapeStation)</td></tr><tr><td>アジレント・テープステーション</td><td>アジレント・テクノロジーズ</td><td>G2992AA</td><td>CUT&の断片サイズ、濃度解析RUN DNAとCUT&RUN ライブラリ</td></tr><tr><td>イルミナ・ノヴァセクイション6000システム</td><td>&nbsp;イルミナ、サンディエゴ、カリフォルニア州、アメリカ合衆国</td><td></td><td>プールされたCUT&のシーケンスRUN libraries&nbsp;</td></tr></tbody></table>

cut&amp;runを用いた神経内分泌小細胞肺がん細胞株におけるヒストン修飾および転写因子結合部位のゲノムワイドマッピング

Genome-Wide Mapping of Histone Modifications and Transcription Factor Binding Sites in Neuroendocrine Small Cell Lung Cancer Cell Lines Using CUT&amp;RUN

CUT&amp;RUNを用いた神経内分泌小細胞肺がん細胞株におけるヒストン修飾および転写因子結合部位のゲノムワイドマッピング

Chromatin remodeling proteins and transcription factors (TFs) play critical roles in the tumor biology of small cell lung cancer (SCLC). Genome-wide ...

genome-wide-mapping-histone-modifications-transcription-factor

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Cancer Research

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DNA シーケンス データとは異なり、エピゲノムのデータはテキスト ベースの検索に容易に服従しません。エピゲノム データと DNA 要素の百科事典を含む利用可能なオンラインのデータベースを比較することで類似のパターン ベースの検索を行う GeNemo、web ベースのバイオインフォマティクス...

GeNemo を用いたエピゲノム データのパターン ベースの検索

ここでは、最適化された高スループット チップ シーケンス プロトコルと冷凍腫瘍組織や細胞からゲノム...

腫瘍組織に高スループット チップ シーケンスを用いたクロマチン状態のゲノム マッピングの統合プラットフォーム

エピジェネティックなメカニズムは、神経膠腫で頻繁に変更されます。クロマチン免疫沈降は、クロマチン構造と遺伝子の転写を調節するヒストンの修正の変更から発生する神経膠腫の遺伝子変異の結果を研究に使用できます。このプロトコルはマウスの脳腫瘍細胞のネイティブのクロマチン免疫沈降をについて説明します。...

マウスの脳腫瘍細胞を使用してネイティブのクロマチン免疫沈降

本質的に障害が発生したドメインは、発癌性融合転写因子機能にとって重要である。これらのタンパク質を治療的に標的にするためには、これらのドメインで採用される調節機構のより詳細な理解が必要である。ここでは、Ewing肉腫における本質的に無秩序なEWSドメインの重要な構造的特徴をマッピングするために、トランスクリプトミクスを使用する。...

トランスクリプトーム解析を用いた無秩序発がん性転写因子の構造機能関係のマッピング

本論文では、ChIP液体ハンドラプラットフォームを用いた特定のヒストン修飾(H3K27ac)に関連するDNA領域の半自動マイクロスケールのChIP-Seqプロトコルについて説明し、続いてタグメンテーションを用いたライブラリ調製について述べている。この手順には、品質と量の目的に対する制御評価が含まれており、他のヒストン修飾または転写因子に採用することができます。...

大規模エピジェネティック研究のための半自動化されたChIP-Seq法

ここで著者らは、網膜におけるトランスクリプトームおよびクロマチンアクセシビリティプロファイルを特徴付ける際の表現型決定およびその後のscRNA-seqおよびscATAC-seqのペアに対するMULTI-seqの有用性を示す。...

scRNA-SeqおよびscATAC-Seqを用いた網膜遺伝子発現およびクロマチンアクセシビリティの多重化解析

CUT&amp;RUNおよびその変異体は、クロマチン上のタンパク質占有率を決定するために使用することができる。このプロトコルは、単一細胞uliCUT&amp;RUNを使用してクロマチン上のタンパク質局在を決定する方法を説明しています。...

標的下での超低入力切断とヌクレアーゼを用いた放出を用いたクロマチン上の単一細胞因子局在化

非扁平上皮非小細胞肺がん(NS-NSCLC)のケア管理のために検査される分子バイオマーカーの増加は、迅速で信頼性の高い分子検出法の開発を促しています。超高速次世代シーケンシング(NGS)アプローチを使用したNS-NSCLC患者のゲノム変化評価のワークフローについて説明します。...

非扁平上皮非小細胞肺癌における超高速アンプリコンベースの次世代シーケンシング

エピジェネティックな分野に不慣れな研究者は、CUT&amp;TagがChIPアッセイの非常に簡単な代替手段であることに気づくでしょう。CUT&amp;Tagは、希少細胞集団と初代細胞集団のエピジェネティック研究に多大な恩恵をもたらし、非常に少数の細胞から高品質のデータを生成しました。このプロトコールでは、マウス後肢筋から単離したマウス筋芽細胞に対するH3K4me1...

Cleavage Under Targets and Tagmentation (CUT&#38;Tag) Assay in Mouse Myobblast Researchにおける活用

本研究は、組織切片の直接的な空間バーコードと単一細胞マルチオーム解析を組み合わせた空間的Trekker–CUT&amp;Tagマルチオームプロトコルを提示します。このアプローチにより、遺伝子発現とヒストンH3K27ac修飾の空間的に分解された単一細胞プロファイリングを同時に可能にし、組織微細解剖学の文脈における遺伝子調節に関する機構的洞察を提供します。...

凍結組織切片におけるトランスクリプトームおよびエピゲノム標的の空間的に分解された統合マルチオミクスプロファイリング

学ぶ CUT&RUN-seqを用いた神経内分泌小細胞肺がん細胞株におけるヒストン修飾と転写因子結合部位のゲノムワイドマッピング手法。低入力で高感度なエピゲノム解析により、治療標的となる調節機構を同定できます。

CUT&RUNを用いた神経内分泌小細胞肺がん細胞株におけるヒストン修飾および転写因子結合部位のゲノムワイドマッピング

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