Name: Caenorhabditis elegans L4幼虫全体におけるクロマチンアクセス性プロファイリング (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-17T13:25:00.000+00:00
Duration: 8 min 2 s
Description: 学ぶATAC-seqプロトコルでCaenorhabditis elegans L4幼虫全体のクロマチンアクセス性を効率的にプロファイリングする方法。コラーゲン豊富なクチクルの課題を克服し、最小細胞数でゲノムワイドな解析を実現します。

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<ol><li>Poulet, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+characterization+of+histones+in+Physarum+polycephalum+evidence+a+phylogenetic+vicinity+of+mycetozoans+to+the+animal+kingdom%5BTitle%5D)+AND+%22NAR+Genom.+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Identification and characterization of histones in Physarum polycephalum evidence a phylogenetic vicinity of mycetozoans to the animal kingdom.</a> NAR Genom. Bioinform. 3 (4), lqab107(2021).</li>
<li>Meléndez-Ramírez, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+landscape+of+chromatin+accessibility+and+transcriptomic+changes+during+differentiation+of+human+embryonic+stem+cells+into+dopaminergic+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Rep%22%5BJournal%5D)">Dynamic landscape of chromatin accessibility and transcriptomic changes during differentiation of human embryonic stem cells into dopaminergic neurons.</a> Sci. Rep. 11 (1), 16977(2021).</li>
<li>Mansisidor, A. R., Risca, V. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility%3A+methods%2C+mechanisms%2C+and+biological+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility: methods, mechanisms, and biological insights.</a> Nucleus. 13 (1), 236-276 (2022).</li>
<li>Koyanagi, K. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inferring+chromatin+accessibility+during+murine+hematopoiesis+through+phylogenetic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Res.+Notes%22%5BJournal%5D)">Inferring chromatin accessibility during murine hematopoiesis through phylogenetic analysis.</a> BMC Res. Notes. 16 (1), 222(2023).</li>
<li>Gómora-García, J. C., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pioneer+factors+outline+chromatin+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Pioneer factors outline chromatin architecture.</a> Curr. Opin. Cell Biol. 93, 102480(2025).</li>
<li>Boivin, A., Dura, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+chromatin+accessibility+correlates+with+gene+silencing+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">In vivo chromatin accessibility correlates with gene silencing in Drosophila.</a> Genetics. 150 (4), 1539-1549 (1998).</li>
<li>Penagos-Puig, A., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterochromatin+as+an+important+driver+of+genome+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Front.+Cell+Dev.+Biol%22%5BJournal%5D)">Heterochromatin as an important driver of genome organization.</a> Front. Cell Dev. Biol. 8, 579137(2020).</li>
<li>Escamilla-Del-Arenal, M., Recillas-Targa, F. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GATA-1+modulates+the+chromatin+structure+and+activity+of+the+chicken+alpha-globin+3%E2%80%B2+enhancer%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell.+Biol%22%5BJournal%5D)">GATA-1 modulates the chromatin structure and activity of the chicken alpha-globin 3′ enhancer.</a> Mol. Cell. Biol. 28 (2), 575-586 (2008).</li>
<li>Zhong, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+nucleosome+positions+using+DNase-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping nucleosome positions using DNase-seq.</a> Genome Res. 26 (3), 351-364 (2016).</li>
<li>Johnson, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flexibility+and+constraint+in+the+nucleosome+core+landscape+of+Caenorhabditis+elegans+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Flexibility and constraint in the nucleosome core landscape of Caenorhabditis elegans chromatin.</a> Genome Res. 16 (12), 1505-1516 (2006).</li>
<li>Boyle, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-resolution+mapping+and+characterization+of+open+chromatin+across+the+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome.</a> Cell. 132 (2), 311-322 (2008).</li>
<li>Buenrostro, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transposition+of+native+chromatin+for+fast+and+sensitive+epigenomic+profiling+of+open+chromatin%2C+DNA-binding+proteins%2C+and+nucleosome+position%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins, and nucleosome position.</a> Nat. Methods. 10 (12), 1213-1218 (2013).</li>
<li>Buenrostro, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATAC-seq%3A+A+method+for+assaying+chromatin+accessibility+genome-wide%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Protoc.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">ATAC-seq: A method for assaying chromatin accessibility genome-wide.</a> Curr. Protoc. Mol. Biol. 109, 21.29.1-21.29.9 (2015).</li>
<li>Corces, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chromatin+accessibility+landscape+of+primary+human+cancers%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The chromatin accessibility landscape of primary human cancers.</a> Science. 362 (6413), eaav1898(2018).</li>
<li>Shema, E., Bernstein, B. E., Buenrostro, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+and+single-molecule+epigenomics+to+uncover+genome+regulation+at+unprecedented+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Genet%22%5BJournal%5D)">Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution.</a> Nat. Genet. 51 (1), 19-25 (2019).</li>
<li>Cao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+human+cell+atlas+of+fetal+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A human cell atlas of fetal gene expression.</a> Science. 370 (6518), eaba7721(2020).</li>
<li>Ma, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+potential+identified+by+shared+single-cell+profiling+of+RNA+and+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Chromatin potential identified by shared single-cell profiling of RNA and chromatin.</a> Cell. 183 (4), 1103-1116.e20 (2020).</li>
<li>Jänes, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+dynamics+across+C.+elegans+development+and+ageing%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility dynamics across C. elegans development and ageing.</a> eLife. 7, e37344(2018).</li>
<li>Dhillon-Richardson, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fishing+for+developmental+regulatory+regions%3A+Zebrafish+tissue-specific+ATAC-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Fishing for developmental regulatory regions: Zebrafish tissue-specific ATAC-seq.</a> Methods Mol. Biol. 2599, 271-282 (2023).</li>
<li>Huynh, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+variation+in+chromatin+state+across+multiple+tissues+in+Drosophila+melanogaster%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Genetic variation in chromatin state across multiple tissues in Drosophila melanogaster.</a> PLoS Genet. 19 (5), e1010439(2023).</li>
<li>Lee, R. C., Feinbaum, R. L., Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+C.+elegans+heterochronic+gene+lin-4+encodes+small+RNAs+with+antisense+complementarity+to+lin-14%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14.</a> Cell. 75 (5), 843-854 (1993).</li>
<li>Fire, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Potent+and+specific+genetic+interference+by+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 391 (6669), 806-811 (1998).</li>
<li>Hillier, L. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomics+in+C.+elegans%3A+so+many+genes%2C+such+a+little+worm%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Genomics in C. elegans: so many genes, such a little worm.</a> Genome Res. 15 (12), 1651-1660 (2005).</li>
<li>Daugherty, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+dynamics+reveal+novel+functional+enhancers+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility dynamics reveal novel functional enhancers in C. elegans.</a> Genome Res. 27 (12), 2096-2107 (2017).</li>
<li>Johnstone, I. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cuticle+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%3A+a+complex+collagen+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Bioessays%22%5BJournal%5D)">The cuticle of the nematode Caenorhabditis elegans: a complex collagen structure.</a> Bioessays. 16 (3), 171-178 (1994).</li>
<li>Zhang, S., Banerjee, D., Kuhn, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+culture+of+larval+cells+from+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Isolation and culture of larval cells from C. elegans.</a> PLoS One. 6 (4), e19505(2011).</li>
<li>Stiernagle, T. Maintenance of Caenorhabditis elegans. WormBook. , The C. elegans. Research Community. (2006).</li>
<li>Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Cerón, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Basic+Caenorhabditis+elegans+methods%3A+synchronization+and+observation%5BTitle%5D)+AND+%22JoVE%22%5BJournal%5D)">Basic Caenorhabditis elegans methods: synchronization and observation.</a> JoVE. (64), e4019(2012).</li>
<li>Corces, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+ATAC-seq+protocol+reduces+background+and+enables+interrogation+of+frozen+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues.</a> Nat. Methods. 14 (10), 959-962 (2017).</li>
</ol>

```html
<table>
<tbody>
<tr>
<td>250 mL, 0.22 &micro;m PES</td>
<td>Ultra Curz</td>
<td>sc-200253</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Agar</td>
<td>BD</td>
<td>214010</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Agencourt AMPURE XP</td>
<td>Nalgene</td>
<td>A63886</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Bovine Serum Albumin</td>
<td>Maplica</td>
<td>200100</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Calcium Chloride</td>
<td>Sigma</td>
<td>C5670-100G</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>CellTrics 20 &micro;m</td>
<td>Sysmex</td>
<td>04-0042-2315</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Cholesterol</td>
<td>Sigma</td>
<td>C8503-25G</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Digitonin</td>
<td>Sigma</td>
<td>D141-500 mg</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Disposable gloves</td>
<td>Microflex</td>
<td>94-243</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>DL-Dithiothreitol</td>
<td>sigma</td>
<td>D0632-10G</td>
<td>有害</td>
</tr>
<tr>
<td>Ethyl alcohol, pure</td>
<td>Sigma</td>
<td>1003661421</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Fetal Bovine Serum</td>
<td>biowest</td>
<td>S181S-500</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>HEPES</td>
<td>Sigma</td>
<td>H3375-250 G</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Illumina Tagment DNA Enzyme and Buffer (large Kit)</td>
<td>Illumina</td>
<td>20034211</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Kapa Syber 50 mL</td>
<td>Sigma</td>
<td>KK4618</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>L-15 Medium (Leivobitz)</td>
<td>sigma</td>
<td>L4386-10L</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Magnesium Chloride anhydrous</td>
<td>Sigma</td>
<td>M8266-100G</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Magnesium Sulfate Heptahydrate</td>
<td>Sigma</td>
<td>M1880-500G</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Magnesium Sulfate Heptahydrate</td>
<td>Sigma</td>
<td>M1880-500G</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>MinElute PCR Purification Kit (50 preps)</td>
<td>Qiagen</td>
<td>28004</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>NEBNext&reg; High-Fidelity 2X PCR Master Mix</td>
<td>NEB</td>
<td>M0541S</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Nonidet P40 Substitute</td>
<td>Sigma</td>
<td>74835-1L</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Pen Strep</td>
<td>Gibco</td>
<td>15140-122</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Peptone</td>
<td>BD</td>
<td>211677</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Petri dish 60 mm</td>
<td>Tritech</td>
<td>T3308</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Petri dish 90 mm</td>
<td>Interlux</td>
<td>C9015-2C</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Pipet tips 10 &micro;L, filter</td>
<td>Cellpro</td>
<td>800108</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Pipet tips 20 &micro;L, filter</td>
<td>Cellpro</td>
<td>800708</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Pipet tips 200 &micro;L, filter</td>
<td>Cellpro</td>
<td>800608</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Potassium Chloride</td>
<td>Sigma</td>
<td>P9541 -500G</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Potassium Phosphate Dibasic Powder</td>
<td>J.T. Baker</td>
<td>3252-01</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Potassium Phosphate Monobasic, Crystal</td>
<td>J.T. Baker</td>
<td>3246-01 500G</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Sodium Chloride</td>
<td>JT Baker</td>
<td>3624-01</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Sodium dodecyl sulfate</td>
<td>sigma</td>
<td>L4509-100G</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Sodium Hydroxide</td>
<td>Macron</td>
<td>7708-10</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Sodium Hypochlorite</td>
<td>Cloralex</td>
<td>544394479</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Sodium Phosphate Dibasic 7-Hydrated Crystal</td>
<td>J.T. Baker</td>
<td>3824-01</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>SPRIselect</td>
<td>Beckman</td>
<td>B23318</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Sucrose</td>
<td>Sigma</td>
<td>S0389-500G</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Syringe Filter PVDF 0.22 &micro;m</td>
<td>Ultra Curz</td>
<td>Sc-358812</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Trizma base</td>
<td>Sigma</td>
<td>T1503 1KG</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Tween 20</td>
<td>Sigma</td>
<td>P9416-50ML</td>
<td></td>
</tr>
</tbody>
</table>
```

caenorhabditis elegans l4幼虫全体におけるクロマチンアクセス性プロファイリング

Chromatin Accessibility Profiling in Whole Caenorhabditis elegans L4 Larvae

タグメント後の品質管理により、正確なライブラリ準備が保証されます プロトコル中は、クロマチン標識後に行われるqPCRに特に注意を払うことが重要です(セクション9)。これはDNAの質と実験の性能を評価する上で重要なステップです。図1Aは2つの増幅曲線を示しています。左のもの(15サイクル未満)は、これまですべてが成功していたことを示す良質な資料なので、続けても問題ありません。右側の曲線(図1A)は質の低い材料を示しているため、このサンプルは継続すべきではありません。次に注意すべき点は、ライブラリの増幅および精製後に断片長分布を評価するために毛細管電気泳動を行うことが推奨される点です。転座DNAを正しく検証するために、ヌクレオソームパターンに対応する断片を示す必要があります:~150 bp(単一塩基体)、~300 bp(バイヌクレオソーム)などです(図1B–D、サンプル1および2)。...

Caenorhabditis elegans L4幼虫全体におけるクロマチンアクセス性プロファイリング

Chromatin accessibility plays essential roles in transcription, DNA repair, and chromosome segregation. Hyper-accessible regions usually correlate with ...

私たちの研究は、エピジェネティック制御が遺伝子発現をどのように形成するか、特にクロマチンアクセシビリティが異なる生物学的条件下で遺伝子活性をどのように制御するかに焦点を当てています。C. elegansのATAC-seqは、その保護的なキューティクルによって制限されています。私たちのプロトコルは、この障壁を克服し、信頼性の高いクロマチンアクセシビリティ分析を可能にします。まず、L1ワームの同期的な個体群を入手し、20度セルシウスで26時間成長させます。顕微鏡でほとんどのワームがL4段階にあることを確認します。M9バッファーでプレートからすべてのワームを回収し、1.5ミリリットルの遠心分離チューブに移します。ワームを5回、1ミリリットルの滅菌水で重力によって沈殿させます。次に、ワームを含むチューブを25度セルシウスのインキュベーターに30分間入れ、腸内の食物残渣を取り除きます。その後、ワームペレットの50マイクロリットルを新しいチューブに移します。ワームを裂くために、200マイクロリットルの新しいSDS-DTTバッファーを加え、チューブロテーターで5分間混合します。次に、1ミリリットルの冷たい卵バッファーを加えます。その後、ピコフュージで遠心分離し、上清を取り除き、6回繰り返します。その後、80マイクロリットルの新鮮に調製したプロナーゼを加えます。200マイクロリットルのフィルター付きチップを備えたピペットを使用して、ワームとプロナーゼの混合物を70回混合し、室温で15分間インキュベートします。800マイクロリットルのL15 10％胎児牛血清培地を加え、4度セルシウスで500Gで5分間遠心分離します。上清を除去した後、1ミリリットルのL15 10％胎児牛血清培地を加え、先ほど示したように遠心分離します。ペレットを3回洗浄した後、上清を取り除き、ペレットを900マイクロリットルのL15 10％胎児牛血清培地に再懸濁します。その後、20マイクロメーターのフィルターで懸濁液をろ過します。ろ過した細胞懸濁液を4度セルシウスで500G、5分間遠心分離します。その後、上清を取り除き、約50マイクロリットルを残します。45マイクロリットルの新鮮に調製した溶解バッファーを加え、慎重にサンプルを再懸濁します。その後、サンプルを混ぜずに50マイクロリットルの洗浄バッファーを慎重に加えます。4度セルシウスで500G、5分間遠心分離します。上清を取り除き、サンプルを氷上で保持します。遠心分離している間に、サンプルごとにTN5ミックスを調製します。TN5バッファー25マイクロリットル、核酸フリー水24.8マイクロリットル、TN5酵素0.2マイクロリットルを組み合わせます。遠心分離後、上清を取り除き、核を氷上で保持します。核ペレットに50マイクロリットルのTN5ミックスを加えます。その後、それを7回上下にピペットで混合します。37度セルシウスで30分間熱ブロック上でインキュベートし、10分ごとにチューブを優しくタップします。TN5インキュベーション後、PBバッファー300マイクロリットルを加え、最大速度で25秒間ボルテックスで混合します。チューブから全容量をスピンカラムに移します。室温で1分間最大速度で遠心分離します。スピンカラムに750マイクロリットのPEバッファーを加え、再度遠心分離します。その後、コレクションチューブで上清を廃棄します。空のスピンの後、カラムを新しい1.5ミリリットルのラベル付きチューブに入れます。37度セルシウスのEBバッファー10マイクロリットルをカラムの中央に、触れずに加えます。室温で1分間放置します。その後、室温で最大速度で1分間遠心分離します。その後、溶出ステップを繰り返し、EBバッファーで最終的に20マイクロリットルの体積を得ます。ATACライブラリー増幅の適切なサイクル増幅数を推定するためにリアルタイムPCRを行います。各サンプルについて、増幅信号が最大値の1/3に達するサイクルを選択して、最終増幅サイクル数を推定します。ATACライブラリーの最終増幅を行い、各サンプルに異なるリバースプライマーを割り当て、記録します。各サンプルをそのサンプルの推定サイクル数で増幅します。200マイクロリットルのチューブで、総反応容積50マイクロリットルでDNAライブラリー10マイクロリットルを使用して、示されたポリメラーゼ連鎖反応を行います。プロトコルを一時停止する場合は、サンプルをマイナス20度セルシウスで保管します。増幅したライブラリーを精製した後、毛細血管電気泳動を行い、断片サイズ分布パターンを確認します。最終ライブラリー増幅が15サイクル未満と推定される増幅曲線は、継続に適した良質な材料を示します。増幅曲線が遅延増加を示す場合は、質の悪い材料であり、継続すべきではありません。増幅後の断片長分布は、有効なサンプルで約150塩基対および300塩基対で核小体パターンを示しました。スミアした断片パターンは、過剰に断片化されたDNAを示し、サンプルの繰り返しが必要でした。私たちのプロトコルは、全ワームでゲノムワイドなクロマチンアクセシビリティプロファイリングを可能にし、環境が遺伝子制御にどのように影響するかを理解します。主要な課題は、不十分または過剰な断片化を避けるために、ワームの入力とTN5活性のバランスを取ることであり、最適なクロマチンアクセシビリティプロファイリングを確保します。このアプローチは、野生個体、環境条件、さらには代替種にわたるエピジェネティック変異を研究する機会を提供します。

chromatin-accessibility-profiling-whole-caenorhabditis-elegans-l4

Research

JoVE Journal

Genetics

遺伝学

マイクロアレイ解析はで遺伝子発現プロファイルを決定するために実施された...

で遺伝子発現プロファイルを決定 C.エレガンスマイクロアレイとリアルタイムPCRを用いて

生体内でゲノムにどのような影響を与えるかクロマチン制御因子とクロマチンの状態の問題は、細胞運命決定が発生中の胚になっている様子を、早期の我々の理解の鍵である。 ChIPの-SEQ-グローバルレベル-さアフリカツメガエル胚のためにここで概説でクロマチンの機能を調査するための最も一般的なアプローチ。...

クロマチンレギュレータと米国でのゲノムワイドスナップショット<em&gt;アフリカツメガエル</emChIPの-配列によって&gt;胚

新規メトリックは、線虫の胚伸びを特徴づけるために、<em&gt;線虫（Caenorhabditis elegans）</em

ここでは、遺伝子発現および寿命に関連して広範な範囲の食餌療法の制限するためのフレームワークを提案する.広い範囲の食餌療法の制限のため、このパラダイムの下での遺伝子発現の定量的影像化のためのプロトコルについて述べる。我々...

線虫の遺伝子発現レベルの間に寿命変調下広い範囲食事制限によってエンコードされた情報の定量化

線虫生殖.の三次元再構成のための自動化手法を提案します。本手法は、数と生殖と生殖細胞蛋白質の分布の解析と細胞骨格構造内にある各核の位置を決定します。...

核の分布、蛋白質および細胞骨格を研究する線虫生殖細胞の解析

ここでは、 elegans胚における高分解能顕微鏡、計算ツール、および単一細胞標識法を用いて、neurodevelopment...

等方性光シート顕微鏡と自動細胞系譜分析による、細胞内分解能を Caenorhabditis elegans 胚発生

この方法は、細胞株におけるPRC2媒介クロマチンドメインの形成に従うように設計されており、この方法は他の多くのシステムに適応することができる。...

クロマチンドメインのノボ形成を研究する方法

C.エレガンス胚発生を解析するセミハイスループットイメージング法とデータ可視化ツールキット

蛍光標識End結合タンパク質を用いて 生体内で 動的微小管をイメージングするプロトコルが提示された。...

インビボカエノハブディティス・エレガンスニューロンにおける微小管動態と向きの評価

本プロトコルは、ゲノミクス、プロテオミクス、マイクロバイオーム、または他のアッセイにおける入力のために、成虫の カエノラブディティス・エレガンス 線虫から腸を手作業で単離するための手順を記載している。...

カエノラブディティスエレガンス腸の手剖

このプロトコルはC .のelegansのRNAi誘導されたサイレンシングおよび準のchromatinの修正のエピジェネティックな遺伝を調査するRNAの干渉およびChIPの試金を記述する。...

線虫の世代間エピジェネティック遺伝の蛍光レポーターとクロマチン免疫沈降(ChIP)による解析

学ぶATAC-seqプロトコルでCaenorhabditis elegans L4幼虫全体のクロマチンアクセス性を効率的にプロファイリングする方法。コラーゲン豊富なクチクルの課題を克服し、最小細胞数でゲノムワイドな解析を実現します。

Caenorhabditis elegans L4幼虫全体におけるクロマチンアクセス性プロファイリング

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