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찰스 다윈(Charles Darwin)은 서로 다른 종들 사이의 진화적 관계를 모두 공통 조상으로부터 유래한 나무의 가지에 비유한 것으로 유명하다.
역사적으로 나무에서 유기체의 위치는 잎, 척추 또는 눈의 존재와 같은 관찰 가능한 특성이나 표현형에 따라 단순히 결정되었습니다.
멸종된 종들은 화석 기록에 보존된 표현형 형질을 사용하여 비슷한 방식으로 나무에 놓일 수 있습니다.
다윈이 '종의 기원(On the Origin of Species)'을 발표한 직후, 헥켈은 1866년에 쉽게 관찰할 수 있는 표현형에 기초하여 식물, 동물, 원생생물이라는 세 가지 생명의 '왕국'을 제안했다.
결국, 식물과 동물의 구별은 이전에 제안된 것보다 덜 중요하다는 것이 밝혀졌다.
그리하여 1937년에, 생명의 나무는 두 개의 큰 '제국', 즉 막으로 묶인 핵을 가진 진핵생물과 막으로 묶인 핵생물이 없는 원핵생물을 포함하도록 진화했다.
그러나 이 패러다임은 원핵생물을 나무에 배치하는 데 약간의 어려움을 초래했습니다: 하나의 막대 모양의 미생물은 다른 미생물과 구별하기가 표현형적으로 어렵습니다.
유전자 분석의 발전, 특히 16S rRNA 염기서열 분석은 전통적으로 원핵생물로 분류되는 유기체가 유전적으로 다른 진화적 기원을 가지고 있음이 밝혀지면서 곧 이 나무를 무너뜨렸습니다.
그래서 생명의 나무는 1990년에 다시 한 번 진화했고 원핵생물은 두 영역으로 나뉘어 현대 생명나무의 세 영역인 박테리아, 고세균, 진핵생물을 갖게 되었습니다.
이러한 영역 중 첫 번째 영역인 박테리아는 막으로 묶인 핵이 없는 단세포의 원핵 유기체로 구성됩니다.
다음 영역인 고세균(archaea)도 독특한 진화 역사로 인해 박테리아와 구별되는 단세포, 원핵 생물로 구성되어 있습니다.
마지막으로, 진핵생물은 막으로 묶인 핵으로 구별되는 단세포 및 다세포 유기체로 구성됩니다. 이 영역에는 곰팡이, 식물 및 동물이 포함됩니다.
진화론적 생명의 나무는 실제 나무와 매우 흡사하며, 많은 유기체의 분류, 심지어 고세균과 박테리아의 구별조차도 종종 논쟁의 여지가 있으며 때때로 변경되기도 합니다.
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