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분류는 생물을 표현형의 유사성이나 진화적 관계에 따라 계층적으로 포괄적인 그룹으로 구성하는 과정입니다. 종은 하나 이상의 균주로 구성되며, 밀접한 관련이 있는 종은 속으로 분류됩니다. 속은 과로, 과는 목으로, 목은 강으로, 그리고 도메인 수준까지 더 세분화됩니다. 도메인 수준은 표현형과 유전형 데이터의 조합으로 도출된 가장 광범위한 분류학적 순위입니다.
생물의 명명법은 칼 린네가 개발한 이명법을 따르며, 각 생물에는 속명과 종소명이 이탤릭체로 표시됩니다. 새로운 미생물 분류군의 명명은 국제 원핵생물 분류 위원회(ICSP)에서 관장합니다.
ICSP는 국제 세균 명명 규약(세균학 규약이라고도 함)을 감독합니다. 이 규약은 검증에 필요한 공식적인 절차를 설명합니다. 새로운 종명에는 해당 종의 특징에 대한 자세한 설명과 최소 두 곳 이상의 국제 저장소에 보관된 생존 가능한 배양균에 대한 정보가 포함되어야 합니다. 아직 배양하거나 순수한 형태로 얻을 수 없는 생물의 경우, "Candidatus" 접두사를 붙여 임시 명칭을 부여합니다. 예를 들어, Candidatus Pelagibacter ubique(실험실에서 배양하기 매우 어려운 널리 분포하는 세균종), Candidatus Heliomonas lunata(실험실에서 순수 배양이 불가능한 세균종) 등이 있습니다. 최신 및 검증된 세균 및 고균 목록은 List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature (http://www.bacterio.net) 및 Prokaryotic Nomenclature Up-to-Date (http://www.dsmz.de)에서 확인할 수 있습니다.
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology는 세균 및 고균에 대해 가장 널리 인정받는 분류 체계입니다. 1923년 설립 이후, 이 자료는 미생물학자들에게 필수적인 자료로 자리매김했으며, 계통표, 그림, 동정 도구 등 상세한 정보를 제공합니다. 또 다른 중요한 자료는 원핵생물의 생리학, 생태학, 계통발생학 및 배양에 대한 광범위한 통찰력을 제공하는 원핵생물(The Prokaryotes)입니다.
미국 미생물 배양 컬렉션(American Type Culture Collection), 벨기에 미생물 협력 컬렉션(Belgian Coordinated Collection of Microorganisms), 파스퇴르 연구소 컬렉션(College of the Institut Pasteur) 등 여러 국립 미생물 배양 컬렉션은 미생물 계통학에서 중요한 역할을 합니다. 이러한 저장소는 유전적 온전성을 보존하는 조건에서 생존 가능한 배양균을 보관하여 연구 및 생물다양성 보존을 위한 접근성을 보장합니다. 전통적인 박물관 표본과 달리, 이러한 배양균은 살아있는 상태로 유지되어 지속적인 연구와 특성 분석이 가능합니다. 또한, 이러한 컬렉션은 향후 분류학적 비교를 위한 기준점으로 활용되는 모식균주를 보호합니다.
