하여 HIV - 1 V3 루프 크라운 R2 시퀀스 Immunologically 관련 동적 차 구조 기능의 평가 순이 론적 접는

Summary

HIV - 1의 표면 봉투 당단백질 (gp120)의 다른 V3 루프 시퀀스의 왕관 지역은 구조 위치의 silico 폴딩에 의해 대부분의 경우 특색 수있는 최첨단의를 사용하여 루프의 10-22 순이 론적 접는 알고리즘. 여기 우리는 HIV - 1의 R2 스트레인, 기괴 기능적 특성을 가진 독특한 중화 민감한 변형에서 V3 루프의이 지역의 접는 및 평가를 보여줍니다.

Abstract

HIV - 1의 antigenic 다양성 길이 백신 설계에 장애물을하고 있으며,이 변화는 특히 바이러스 '표면 봉투 당단백질의 V3 루프의 발음입니다. 우리는 이전에 V3 루프의 왕관,하지만 역동적이고 순서 변수, immunologically 관련 β - 헤어핀 차 구조 HIV - 1 바이러스의 인구에 걸쳐 제약이 있다고 제안했습니다. 중요한 것은, 다른 V3 루프 왕관 시퀀스 수천 crystallography 나 NMR에 의해 어렵거나 불가능 바이러스의 다양성에 걸쳐 트렌드의 3D 구조 특성 만들기, HIV - 1 바이러스를 순환에 있습니다. V3 왕관 ^{1, 2} 접는과 함께 이전의 성공적인 연구 ICM - PRO 분자 모델링 소프트웨어 패키지 (Molsoft LLC, 라 호야, CA)에 접근 순이 론적 알고리즘 ³ 사용하고 제안하는 V3 루프의 왕관, 구체적으로부터 위치 10-22 충분한 유연성과 자유롭게 솔루션 접는 거리낌없는 펩타이드 것처럼 큰 정도로 동작하기 위해 측면 줄기의 길이에서 혜택을 제공합니다. 60000의 개별 변형의 V3 루프의 그냥이 부분 등, 빠른 순이 론적 접는로 + 순환 HIV - 1 계통 정보를 수 있습니다. 여기, 우리는 독특한 속성의 구조적 기초에 대한 통찰력을 얻으려면 R2 변형의 V3 루프를 접어. R2는 환자와 단클론 항체 세라 ^{4 5} 중화이 변형의 아름다운 감성에 대한 책임 것으로 생각 드문 V3 루프 시퀀스를 맺는다. 변형 CD4 독립 감염 mediates하고 널리 중화 항체를 이끌어내는 것으로 나타났습니다. 우리는 접는의 결과 평가가 R2에 대한 관찰 면역 활동과 접는에서 관찰 구조와 연결에 대한 정보를 수있는 방법을 보여줍니다.

Protocol

1. 방법론

1. 프로토콜의 첫 번째 단계는 silico에 접어하고자하는 V3 왕관 시퀀스를 선택합니다. R2 스트레인 들어,이 조각에 대한 시퀀스 KSIPMGPGRAFYT입니다.
2. 이 순서에 해당하는 펩타이드의 3D 원자 구조는 컴퓨터의 가상 공간에 건설되어야합니다. 이에 대한 ICM 명령은 다음과 같습니다 :
   buildpep "KSIPMGPGRAFYT"
   또는 파일 : 새 : 펩타이드는 풀다운 메뉴에 따라 선택할 수 있습니다
3. 절차의 몇 가지 매개 변수는 다음 검색 단계의 번호 (검색 길이), 시뮬레이션 온도, 바이어스 합리적인 지역 에너지 용어, 다른 에너지 계산 방법의 선택으로 검색을하기 위해 변수의 구속을 포함하여 검색 전략 매개 변수를 포함하여, 설정 그리고 검색이 같은 동영상을 기록 여부로 기록하고 얼마나 많은 중간 점수 conformations되는 방법을 나타내는 매개 변수가 기록되어야합니다. 이러한 모든 매개 변수는 이전의 출판물 (www.molsoft.com 참조)에 의해 최적화되었습니다.
4. 접지는 다음 명령으로 시작됩니다 :
   몬테 칼
   또는 파일 : 새 : 펩타이드는 메뉴 분자 역학 풀다운에 따라 선택할 수 있습니다 : 최소화 : 글로벌
   
   전자의 경우에는 3 단계....

Discussion

순이 론적 접힘은 차 구조 특성, 순차적으로 각각의 아미노산을 공부에서 뚜렷하지 않을 수있는 효과를 나타낸다. R2 V3 루프 왕관 몇 가지 이전에 애매한 구조 특성은 접는 시뮬레이션에 의해 공개됩니다. 이러한 관찰 구조적 환경 즉 R2 스트레인, 중화 및 hyperinfectivity ⁵ 감도의 관찰 기능 특성과 상관 관계 수 있습니다.

첫째, 위치 12-14에서 R2의 V3 크라운의 N - 터미널의 절반은 분명 β - 스트랜드 경향이 관찰됩니다. 이것은 R2 변형의 특이한 이소 류신 - 프롤린 - 메티오닌 (IPM) 순서의 위치입니다. V3 루프 펩티드, 위치 바운드 때 V3 루프의 12-14는이 항체에 의해 바운드, 그리고에 바인딩 crystallographic 447 - 52D의 구조, 2219, Be48, 2557, 2558 및 537 - D 백신 V3 루프 항체에서 세그먼트는 로컬 β - 스트랜드 형태를 채택. 접지 시뮬레이션 따.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
ICM-프로	Molsoft LLC