Method Article

비주얼 분석 기법과 면역 데이터 분석을 촉진

DOI:

10.3791/2397

⸱

January 2nd, 2011

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Paediatrics, Division of Infectious and Immunological Diseases, Child and Family Research Institute, University of British Columbia, 2Department of Computer Science, University of British Columbia, 3Department of Psychology, University of British Columbia

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

영상 분석 (VA)는 대화식으로 데이터를 분석하는 새로운 접근 방식입니다. 이 비디오에서는, 우리는 높은 처리량 생물학 실험에 의해 가져온 데이터 과부하 문제를 논의하고, 그러한 문제에 대한 솔루션으로 VA를 만나볼 수 있습니다. 비디오 이내에 테이블오라는 VA 도구를 사용하여 면역 데이터 세트 사이의 분석을 보여줍니다.

Abstract

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영상 분석 (VA)는 인터랙티브 영상 디스플레이를 통해 대형 데이터 세트를 분석하는 새로운 방법으로 떠오르고있다. 우리는 유틸리티 및 생물 학적 데이터 세트의 분석에 VA 방식의 유연성을 보여주었다. 면역학에서 이러한 데이터 세트의 예는 유동세포계측법, Luminex 데이터, genotyping (예 : 단일 염기 다형성) 데이터를 포함합니다. 전통적인 정보 시각화 방식과는 반대로, VA는 분석이 실시간 데이터 탐사 과정에 참여할 수 있도록함으로써 애널리스트의 손에 분석 능력을 복원합니다. 우리는 몇 가지 VA 도구를 평가 후 테이블오라는 VA 소프트웨어를 선택했습니다. 분석 작업 집합 내의 사이 분석의 두 가지 유형의 접근 이점 분석라는 사용하여 비디오 프레 젠 테이션에서 시연했다. 로 VA에 정의된 결합하여 분석, VA 도구 전문가는 분석 도중에 도메인 전문가와 함께 나란히 작동하는 분석 방법입니다. 도메인 전문가는 데이터의 중요성을 이해하고, 수집된 데이터가 주소에있는 것 같은 그런 질문을 한 것입니다. 도구 전문가 그런 다음 질문에 대답 수있는 데이터의 패턴을 찾을 수 있도록 시각화를 생성합니다. 가설 생성 및 데이터의 빠른 영상 표시 사이의 짧은 지연 시간은 VA 방식의 큰 장점입니다.

Protocol

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1. 테이블오을 탐험 기반 분석

  1. 당신은 데이터 세트를 당신은 데이터 내의 열 사이의 다양한 관계를 탐험 싶어요.
    1. (그림 1) '데이터에 연결'을 클릭하여 DataSet을 가져옵니다. 데이터 원본 유형을 선택하고 데이터 집합을 가져올 지침을 따르십시오.
    2. (그림 1) 측정 선반은 DataSet에서 숫자 컬럼을 포함하는 동안 크기의 선반이 범주에 속하는 열이 포함되어 있는지 확인합니다. 가 numerated있다면 가끔은 그런 주제 식별자로 차원 칼럼은 조치로 나타날 수 있습니다. 그것에 마우스 오른쪽 클릭하여 크기로 변경하고 '차원 변환'을 선택합니다. 그림 1에서와 같은 자극 농도 수준과 주제 식별자로 DataSet에서 무조건적인 열이 제대로 차원의 선반에 배치하고 있으며, 크린 시토킨의 관찰된 농도가 제대로 측정 선반에 배치됩니다.
    3. (그림 2) 분석 과정, 계산 필드가 필요한 경우, 단순히 오른쪽 크기 또는 측정 선반 중 하나를 클릭하고 '계산 필드 만들기'를 선택합니다. 기능이나 수학 연산과 결합 필드의 수식 상자에서 계산 입력. 그림 2는 PFD2, PFD3 및 PFD4 가치를 통합하여> 2 PFD라는 새로운 분야를 만드는 방법을 보여줍니다.
    4. (그림 3) 차원과 관심의 척도로 일반적으로 테이블오에서 ....

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Discussion

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현대 생물 의학 연구에 높은 처리량 기술의 출현은 분석보다 효율적인 방법을 필요로 연구 데이터의 폭발되었다. 영상 분석 (VA)는 인터랙티브 비주얼 인터페이스 (1)에 의해 촉진 분석 추론의 과학이다. VA 방식은 컴퓨터에 의해 패턴을 감지하는 전통적인 접근에 반하는 인간 분석의 손에있는 분석 능력을 복원합니다. 영상 분석은 이러한 국방 연구 (1) 허리케인 동향 (2) 등 다양한 분야의 연구에 적용되었습니다. 지금까지 생물학 VA 애플 리케이션 (3) 몇 예가있다. 우리는 VA 분석 도구의 생물학의 무기고에 추가할 수있는 방법입니다이 동영상을 문서에 보여주었다. 많은 VA 소프트웨어는 상업적으로 사용할 수 있습니다 - 사람을 학문 연구소에서 개발하는 사람에 이르기까지 사용할 수 있습니다. 신생아 타고난 면역력 (4)에서 저희가하는 일을 위해, 우리는 때문에 실험실에서 사용할 수있는 스프레드 시트 스타일의 데이터 세트를 분석에서의 적합성 테이블오를 선택했습니다. 우리가 비디오 문서에서 설명하는 일부의 다른 VA 도구, 생물 학.......

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Disclosures

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관심 없음 충돌 선언하지 않습니다.

Acknowledgements

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우리는 프로젝트에 대한 의견과 조언을 제공을위한 비주얼 분석 (VIVA)의 밴쿠버 연구소의 구성원을 감사드립니다. 특히, 우리는 존 딜, 브라이언 피셔, 데이비드 다빌 감사하고 싶습니다. 우리는 또한 그들의 지원과 도움이 토론에 대한 Kollmann 실험실의 구성원을 감사드립니다. 이 작품은 국립 알레르기 연구소 전염성 질환, 건강 그랜트 N01 AI50023 국립 연구소에 의해 부분적으로 지원되었다; 알레르기 항원의 제정신의 보조금 07 - A1A 및 07 - B2B 및 건강 연구에 대한 마이클 스미스 재단. TRK는 식 - 어린이 재단, 어린이 가정 연구소와 협력 캐나다 어린이 보건 임상 과학 프로그램의 보건 연구 교육 그랜트를 위해 캐나다의 연구소에 의해 버로우즈 웰컴 펀드 광고에서 의생명 과학의 경력 수상 (에 의해 일부 지원 브리티시 컬럼비아), 여성과 어린이 건강 연구소 (앨버타) 및 아동 보건 연구소 마니토바.

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References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Thomas, J., Cook, K. Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics. , IEEE CS Press. (2005).
  2. Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates. IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , IEEE. Atlantic City. 19-26 (2009).
  3. Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K.

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