PCR 후 DNA 앰플리콘의 아가로스 겔 전기영동: 멀티플렉스 PCR의 산물을 분석하고 PCR 반응 성공을 평가하는 방법

초록

출처: Gulla, S. et al. Multix PCR 및 Capillary Electrophoresis에 의한 어류 병원성 박테리아 Yersinia ruckeri의 다중 궤적 가변 번호 탠덤 반복 분석. J. Vis. 특급 (2019년)

이 비디오에서는 아가로스 겔 전기영동을 사용하여 박테리아 PCR 증폭 DNA를 분리하는 방법을 보여줍니다. 아가로스 겔은 분자체로 기능하여 음전하를 띤 DNA가 적용된 전기장 하에서 크기에 따라 이동할 수 있도록 합니다.

프로토콜

1. 겔 전기영동에 의한 PCR 앰플리콘 확인

1. 제조업체의 권장 사항에 따라 테스트할 PCR 반응 수에 적합한 1x 트리스-붕산염-EDTA(TBE) 완충액에 1.5%(w/v) 아가로스 겔 부피를 준비합니다. 주조하기 전에 겔 용액 50μL당 형광 핵산 염료 5μL를 첨가하고 혼합합니다. 주조에 적합한 트레이와 빗을 사용하여 DNA 참조 사다리를 위한 적절한 수의 웰을 남겨 둡니다.
2. 설정 후 GE 시스템에서 1x TBE 버퍼에 겔을 담그십시오. 5μL의 PCR 산물과 2μL의 로딩 염료를 혼합하여 겔 웰로 이동합니다. 참고용으로 빈 웰에 5μL의 DNA ladder를 추가합니다.
3. 약 1시간 동안 15cm당 110V에서 겔을 실행하고 UV 기반 겔 이미징/시각화 시스템을 사용하여 PCR 앰플리콘을 나타내는 다중(최대 5개) 밴드의 존재를 확인합니다(그림 1의 예 참조). 젤을 버리십시오. 추가 처리까지 남은 PCR 산물을 4°C에서 보관하십시오.

결과

그림 1: 여러 PCR 산물의 존재를 확인하는 겔 전기영동. 이 이미지는 샘플을 포함하는 12개 레인 모두에 여러 PCR 앰플리콘이 존재함을 확인하며, 첫 번째 레인은 사용된 DNA ladder를 나타냅니다. 선택된 ladder fragments의 크기가 표시되었으며, 각 lane의 PCR 분석 및 균주 제휴도 표시되었습니다.

재료

이 논문에 사용된 재료 목록

이름	회사	카탈로그 번호	댓글
아가로스, 유니버설, peqGOLD	폭스바겐	전화: 732-2789/732-2788
트리스-보레이트-EDTA(TBE) 완충액	해당 없음	해당 없음	표준 레시피; 사내에서 생산합니다.
DNA 겔 로딩 염료 (6X)	써모 피셔 사이언티픽(Thermo Fisher Scientific	R0611
겔 전기영동 시스템	선호되는 대로	해당 없음
GelRed 핵산 염색제, 10,000X 수중	비오티움	41003	형광 핵산 염료
GeneRuler 50 bp DNA Ladder, 즉시 사용 가능	써모 피셔 사이언티픽(Thermo Fisher Scientific	SM0373	DNA 사다리
UV 기반 겔 이미징/시각화 시스템	선호되는 대로	해당 없음

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