펩타이드 차 아미드 (학부모 교사 협의회)를 포함하지만, 펩티드, peptoids 및 N-메틸화 펩티드에 국한되지 않습니다 펩티 도미 메틱의 슈퍼 패밀리입니다. 여기에서 우리는 학부모 교사 협의회의 한 구슬 한 화합물 라이브러리를 합성하는 분할과 풀과 하위 단량체 전략을 결합 합성 방법을 설명합니다.
이 콘텐츠를 보려면 JoVE 구독이 필요합니다. 로그인하거나 오늘 무료 평가판을 시작하세요.
이 논문에서
요약
초록
펩티 단백질 리간드의 좋은 소스입니다. 이들 화합물의 올리고머 자연 조합 화학을 사용하여 고체 상태에 큰 합성 라이브러리에 액세스하는 가능하게한다. 펩티 도미 메틱의 가장 잘 공부 클래스 중 하나는 peptoids입니다. Peptoids는 합성하기 쉽고 단백질 분해를 방지하고 세포 투과성 것으로 표시되었습니다. 지난 10 년간 많은 유용한 단백질의 리간드는 펩 토이 드 라이브러리의 검사를 통해 확인되었습니다. 그러나, 펩 토이 드 라이브러리에서 확인 된 리간드의 대부분은 드문 예외를 제외하고, 높은 선호도를 표시하지 않습니다. 이것은 펩 토이 드 분자 내에 키랄 중심과 구조적 제약의 부족 때문에, 부분적으로 기인 할 수있다. 최근에, 우리는 펩타이드 차 아미드 (학부모 교사 협의회)에 액세스 할 수있는 새로운 합성 경로를 설명했다. 학부모 교사 협의회는 포함하지만, 펩티드, peptoids 및 N-메틸화 펩티드에 국한되지 않습니다 펩티 도미 메틱의 슈퍼 패밀리입니다. α-탄소 및 주쇄에 질소 원자를 모두에 측쇄와,이러한 분자의 형태는 크게 sterical 방해하고 알릴 1,3 변형에 의해 제한됩니다. (도 1) 우리의 연구는 이러한 PTA 분자 높게 용액으로 구성되는 단백질 리간드를 식별하기 위해 사용될 수 있음을 시사한다. 우리는이 분자가 높은 친 화성 단백질의 리간드의 미래 원천이 될 수 있다고 생각합니다. 여기에서 우리는 샘플 학부모 교사 협의회의 1 구슬 한 화합물 (OBOC) 라이브러리를 합성하는 분할과 풀과 하위 단량체 전략 모두의 힘을 결합하는 합성 방법을 설명합니다.
서론
펩티 천연 펩티드의 구조를 모방하는 화합물이다. 이들은 단백질 분해 1-3 대 세포 투과성과 안정성을 포함한 천연 펩티드와 관련된 몇 가지 문제를 극복하면서 생리 활성을 유지하도록 설계된다. 때문에 이들 화합물의 올리고머 성격, 큰 합성 라이브러리는 쉽게 단량체 또는 하위 단량체 합성 경로 4-7를 통해 액세스 할 수 있습니다. 펩티 도미 메틱의 가장 공부 클래스 중 하나는 peptoids입니다. Peptoids는 서브 단량체 전략 (8, 9)를 이용하여 용이하게 합성 할 수있는 N-알킬화 글리신의 올리고머이다. 많은 유용한 단백질의 리간드가 성공적으로 단백질 표적 1, 10 ~ 14에 대한 큰 합성 펩 토이 드 라이브러리를 스크리닝에서 확인되었습니다. 그럼에도 불구하고, 펩 토이 드 라이브러리에서 확인 된 "히트"거의 단백질 표적 1,10-14,22으로 매우 높은 친화력을 보관하지 않습니다. 한 엄마조 peptoids 천연 펩티드 간의 차이 peptoids의 대부분은 일반적으로 인해 키랄 중심과 구조적 제약 부족 이차 구조를 형성하는 능력이 부족하다는 것이다. 이 문제를 해결하기 위해, 여러 전략은 크게 주쇄 질소 원자 15-22에 함유 측쇄의 변형 예에 초점을 지난 10....
액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.
프로토콜
1. 분할 및 풀 합성의 기초
효율적 고상 다수의 화합물을 생성하기 위해서, 분할 및 풀 합성은 종종 일반적인 전략으로서 채용된다. 도 4에 도시 된 바와 같이, tentagel 비즈는 세 부분으로 우선 분할이다. 각 부분은 비드의 첫번째 잔기를 생성, 다른 시약과 반응시킨다. 첫 번째 반응 후, 세 가지 부분은 함께 풀링 혼합 한 다음 세 부분으로 다시 분할됩니다. 각 부분은 다시 비즈에 제 잔류 물을 생성하는 다른 시약과 반응 할 것이다. 두 개의 분할 및 풀 단계 후, 아홉 화합물이 생성된다.
서브 단량체 합성, 비드 제 커플 링제의 존재하에 브로 다른 아미노산과 반응 몇개의 부분으로 분할된다. 용매로 세척 한 후, 모든 구슬은 또 다른 반응하는 여러 부분으로 나누어, 함께 혼합 풀링됩니다주 아민. 아 민화 후, 모든 구슬 함께 풀링 각 구슬에 대한 전체 단량체를 완료, 철저하게 세척. 원하는 다이버 시티에 도달 될 때까지이 프로세스는 반복 될 수있다.
천연 아미노산의 산 브로마이드 2. 준비
.. 산 브로마이드와 주 아민이 아 민화 (그림 2....
액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.
결과
여기에서 우리는 링커와 PTA 트리머에서 세 대표 MALDI 스펙트럼을 보여줍니다. 도 6a에 도시 된 바와 같이 50 % TFA / DCM 용액을 사용하여 실온하에 절단 될 때, 상당한 저하가 관찰된다. 그림 6a에, 593 피크와 484은 전체 분자가 성공적으로 구슬에 합성하지만 분열하는 동안 저하 된 것을 보여 각각 링커와 PTA 트리머에 해당합니다. 전술 한 바와 같이, 저온 조건에서 절단하면도 6b에 도시 된 바와 같이, TFA 유도 열화 량은 크게 억제된다. 이러한 분열의 메커니즘은 이전 문헌 24에 기재되어 있으며, 이는 옥사 졸리 딘 중간 통과 여겨진다. PTA 분자는 MS / MS에 의해 서열화 될 수 있고,도 6c에 도시 된 바와 같이 단편화 패턴은, 펩티드 및 peptoids 유사하다. 와 (S)-2-bromopropanoic 일반적으로 산 - D 4
액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.
토론
펩타이드 차 아미드 (학부모 교사 협의회)는 펩티 올리고머의 슈퍼 패밀리입니다. 잘 공부 펩타이드, peptoids 및 N-메틸화 펩티드 게다가,이 가족 내에서 화합물의 큰 부분은 할 majorly 때문에 일반적으로 N-알킬화 펩타이드 액세스 할 수있는 합성 방법의 부족으로 understudied 아르 남아있다. 여기에서 우리는 아미노산에서 파생 된 키랄 빌딩 블록과 학부모 교사 협의회를 합성하는 효율적인 방법을 설명합니다. 이전에, 우리는 PTA 분자 (23)의 합성 라이브러리에 새 하위 단량체 경로를 사용하는 것으로보고있다. 우리는 학부모 교사 협의회의 백본을 통해 구조적 제지을 가지고 고도로 구조화 된 올리고머 것으로 나타났습니다. 생체 내에서 시험 할 때 PTA 분자는 개선 된 세포 투과성 따라서 향상된 활성을 보여 주었다 (25). 그러나 함께 모든 장점과 함께, 학부모 교사 협의회는 할 majorly 방해 된 위치에서 2 급 아민의 실화에서 .......
액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.
공개 사항
저자는 더 경쟁 재정적 이익이 없다는 것을 선언합니다.
감사의 글
저자는 가치있는 도움 박사 Jumpei 모리모토 박사 토드 도란에게 감사의 말씀을 전합니다. 이 작품은 NHLBI (NO1-HV-00242)에서 계약에 의해 지원되었다.
....액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.
재료
| 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 |
|---|---|---|---|
| 2,4,6 트리메틸 피리딘 | 아크로스 | 161950010 | CAS : 108-75-8 |
| 2- 모르 폴리 노 에탄 아민 | 시그마 - 알드리치 | 06680 | CAS : 2038-03-1 |
| 48 % HBr 수용액 | ALFA AESAR | AA14036AT | CAS : 10035-10-6 |
| 아세트 알데히드 | 시그마 - 알드리치 | 402788 | CAS : 75-07-0 |
| 아세토 니트릴 | 피셔 | SR015AA-19PS | CAS : 75-05-8 |
| 무수 테트라 하이드로 푸란 (THF) | EMD EM-TX0277-6 | CAS : 109-99-9 | |
| 벤질 아민 | 시그마 - 알드리치 | 185701 | CAS : 100-46-9 |
| 비스 (트리클로로 메틸) 탄산염 (BTC) | 아크로스 | 258950050 | CAS : 32315-10-9 |
| 브로 모 아세트산 | 아크로스 | 106570010 | CAS: 79-08-3 |
| 클로라 닐 | 시그마 - 알드리치 | 23290 | CAS : 118-75-2 |
| 시클로 헥산 메틸 아민 | 시그마 - 알드리치 | 101842 | CAS : 3218-02-8 |
| D2< / sub>O | 캠브리지 동위 원소 | DLM-4-99.8-1000 | CAS : 7789-20-0 |
| D- 알라닌 | 아나 스펙 | 61387-100 | CAS : 338-69-2 |
| 디클로로 메탄 (DCM) | 피셔 | BJ-NS300-20 | CAS : 75-09-2 |
| 디메틸 포름 아미드 (DMF) | 피셔 | BJ-076-4 | CAS : 68-12-2 |
| 에틸렌 글리콜 | 오크 우드 | 44710 | CAS : 107-21-1 |
| 이소 펜틸 아민 | 시그마 - 알드리치 | W321907 | CAS : 107-85-7 |
| KBr 아크로스 | 424070025 | CAS : 7758-02-3 | |
| L- 알라닌 | 아나 스펙 | 61385-100 | CAS: 56-41-7 |
| 3- 메 톡시 프로필 아 | 민 시그마 - 알드리치 | M25007 | CAS : 5332-73-0 |
| 2- 메 톡시 에틸 아민 | 시그마 - 알드리치 | 143693 | CAS : 109-85-3 |
| N- (3- 아미노 프로필) -2- 피 롤리 디논 | 시그마 - 알드리치 | 136565 | CAS : 7663-77-6 |
| N, N'- 디 이소 프로필 카르 보디 이미드 (DIC) | 아크로스 | 115211000 CAS : 693-13-0 | |
| N, N- 디 이소 프로필 에틸 아민 (DIPEA) | 시그마 - 알드리치 | D125806 | CAS : 7087-68-5 |
| NaNO 2 < / sub> | ACROS | 424340010 | CAS : 7631-99-4 |
| Naod 40 % 용액 | ACROS | 200058-506 | CAS : 7732-18-5 |
| Piperidine | ALFA AESAR | A12442-AE | CAS : 110-89-4 |
| 피페로 닐 아민 | 시그마 - 알드리치 | P49503 | CAS : 2620-50-0 |
| 프로필 아민 | 시그마 - 알드리치 | 240958 | CAS : 107-10-8 |
| 트리 플루오로 아세트산 | 시그마 - 알드리치 | 299537 | CAS : 76-05-1 |
| α -시아노 -4- 하이드 록시 신남 산 | 시그마 - 알드리치 | 39468 | CAS : 28166-41-8 |
| α-Ketoglutarate | ALFA AESAR | AAA10256-22 | CAS:328-50-7 |
| RINK 링커가 있는 텐타젤 수지 | Rapp-Polymere | S30023 | |
| 알라닌 트랜스아미나제 | Roche | 10105589001 AKA: 글루타메이트-피루베이트 트랜스아미나제(GPT) | |
| 인큐베이터 | New Brunswick Scientific | Innova44 | |
| NMR | Bruker | 400MHz | |
| MALDI 질량 분석기 | Applied Biosystems | 4800 MALDI-TOF/TOF | |
| 동결 건조기 | SP Scientific | VirTis 벤치탑 K | |
| 주사기 반응 | INTAVIS | 반응 기둥 | 3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml |
| 진공 매니폴드 | Promega | A7231 | Vac-Man |
참고문헌
- Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -S., Sikder, D., Kodadek, T. Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic. Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).
- Miller, S. M., et al.
액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.
재인쇄 및 허가
